Masslynx 操作说明简介

开机步骤

1. 分别打开质谱、液相色谱和计算机电源，此时质谱主机内置的CPU会通过网线与计算机

主机建立通讯联系，这个时间大约需要1至2分钟。

2. 等液相色谱通过自检后，进入Idle状态，依照液相色谱操作程序，依次进行操作。（具

体根据液相色谱不同型号来执行，下面以2695为例）。

a. 打开脱气机 (Degasser On)。

b. 湿灌注(Wet Prime)。

c. Purge Injector。

d. 平衡色谱柱。

3. 双击桌面上的 MassLynx

4.0图标进入质谱软件。

注：如果进入Masslynx软件时出现提示：“The embedded system is not responding, The system will run in standalone mode”，则说明质谱内置的CPU(EPC)与电脑主机的通讯联系还未建立，此时无法控制质谱，请稍等后再进入软件，如果打开软件仅为处理数据则没有关系（质谱主机电源未开时进入软件也会有同样提示）。

4. 检查机械泵的油的状态（每星期），如果发现浑浊、缺油等状况，或者已经累积运行超过

3000小时，请及时更换机械泵油。

5. 点击质谱调谐图标（MS Tune）进入质谱调谐窗口。

6. 选择菜单“Options – Pump”，这时机械泵将开始工作，同时分子涡轮泵会开始抽真

空。几分钟后，ZQ就会达到真空要求，ZQ前面板右上角的状态灯“Vacuum”将变绿。

7. 点击真空状态图标，检查真空规的状态，以确认真空达到要求。

8. 确认氮气气源输出已经打开，气体输出压力为90 psi。

9. 设置源温度（Source Temp）到目标温度。

质谱调谐窗口各项参数设定

电喷雾电离源（ESI）

1. 在质谱调谐窗口选定要使用的离子模式。

2. 点击进入下面Source界面，设定Source界面里的各项参数。

Capillary(KV) 加在ESI源内毛细管上的高压，正离子模式一般是在2.5-3.75KV 之间优化，负离子模式一般是在2.0-3.0KV之间优化。在负离子模式时，

如果毛细管电压设置过高容易引起放电现象。

Cone(V)样品锥孔电压，一般在10-100V之间优化，通常来说，分子量小的样

品选择的锥孔电压要相对小，当提高锥孔电压时，可能得到的碎片信

息会多一些。

Extractor (V)二级锥孔电压，一般在0－5V之间优化。

RF Len(V)六级杆透镜电压，一般在0－0.5V之间优化。

Source Temp源温度，一般在80℃－120℃之间优化，一般来讲，温度的设定与进

入质谱流动相流速大小有关。

如果用注射泵直接进样，流速在5－40Ul/min时，设为80℃，当液相

色谱流速在100－300Ul/min时，设定为120－150℃。

Desolvation Temp脱溶剂气温度，一般在120℃－300℃之间优化，与流动相流速大小、

流动相含水比例高低、是否容易气化相关。

用注射泵直接进样，流速在5－40Ul/min时，设为120℃，当液相色

谱流速在100－300Ul/min时，设为300℃。

Desolvation (L/hr)脱溶剂气流量，一般在300－1000L/Hour之间优化，与流动相流速大

小、流动相含水比例高低、是否容易气化相关。

Cone(L/hr) 锥孔气的流量，一般在0－100L/Hour之间优化。

3. 点击图标，进入Analyser界面，设定Analyser界面里的各项参数。

LM Resolution低质量数分辨率，典型值 15.0。

HM Resolution高质量数分辨率，典型值 15.0。

一般来讲，分辨率越高，灵敏度越低，分辨率越差，灵敏度越高。

注意：当改变分辨率的时候，质量数也会有轻微的偏移，所以在不同分辨率的条件下，应该做质量数校正。Ion Energy离子能量，一般在0－1之间优化。

Multiplier光电倍增管电压，典型值650V。

大气压化学电离源（APCI）

Corona 高压放电针电流，正离子模式一般在0－10uA之间优化，负离子模式

一般在0－5uA之间优化。

Source Temp源温度，一般在120℃－150℃之间优化。

APCI Probe Temp APCI加热器温度，一般在300℃－600℃之间优化。

其余参数设定与ESI相同。

创建项目和打开项目（ Project）

为了便于进行数据管理，可以创建不同的项目（Project），项目的后缀为 .pro，每个项目

都有对应的子目录进行相应文件的管理。

1. 从主菜单中选择“File –Project Wizard”，会引导你去创建一个新的项目。

2. 输入项目名称（Project name）、描述(Description)、存放的路径(Location)，点击

“Next”，进入下一步。

3. 选择

a) Create new project，完全新建一个项目。

b) Current project as Template，将会把上一次所使用项目的子目录（Acqudb、Methdb、

Sampledb）里的方法拷贝到你新建的项目中去。

c) Create using existing project as template，选择某项目，并把该项目里的方法拷贝到你新

建的项目中去（公司建议用户选择Default.pro为母板进行项目创建）

4. 点击 Finish，新的项目会被创建，而且软件会自动切换到新的项目中。

注意：你会看见一个提示“current sample list is invalid” ，没有关系，（因为现在的样品表是空的）点击OK 并继续。

5. 若要打开另外一个项目，在软件主界面选择，或File－Open Project，选择要打开的项

目。

每个项目包括5个子目录：

a) Acqudb 所有采集方法文件，包括质谱方法(*.exp)、液相方法(*.wat)、已存的调谐文

件(*.ipr)、质量校正文件(*.cal)。

b) Curvedb 定量校正曲线。

c) Data 已采集的数据文件(*.raw)。

d) Methdb 定量方法。

e) Peakdb 峰列表。

f) Sampledb样品表(*.spl)。

质量校正

质量校正（Calibration）是与仪器的调谐（Tuning optimization）分开进行的，为了保证质量

的准确，在仪器安装及维护后，必须进行校正，或者按照您所制定的标准操作程序进行。

通常质谱被校正后，校正结果可以被储存起来，以备日后调用。ZQ 采用的是金属钼四级杆，非常稳定，日常工作情况下质谱是不用校正的，只需调用以前做的校正表即可。

1. 双击质谱调谐图标（MS Tune）进入质谱校正和调谐窗口。

2. 点击真空状态图标去检查真空状态，以确认真空已达到要求。

注意：如果ZQ在放空状态（ vented），选择菜单，“Options –Pump”这时机械泵将开始工作，同时分子涡轮泵开始抽真空，几分钟后，ZQ会达到真空要求，ZQ前面板的状态灯“Vacuum”将变绿。

3. 点击分析表头并输入下列参数，如果需要进行其他不同分辨率条件下的校正，则

对应输入LM Resolution和HM Resolution的值。

注意: 必须按回车键（Enter）才能使参数被输入。

选择，Ion Mode – Electrospray + ，在Electrospray + 条件下所做的校正可以用

于其他所有方式。

4. 点击，按下表输入源参数，做校正时采用下列常规的

Electrospray+ 条件。

5. 点击气体图标打开氮气。

6. 点击操作按钮（Operate ）。当质谱的所有电压及温度被加上时, 操作按钮

的颜色会从红变为绿。

7. 将250ul 进样针抽满校正液(Sodium Iodide with Ceasium Iodide) 并安装在质谱下方的注

射泵上，设定注射泵流速为10ul/min。

8. 从调谐界面选择 Options – Syringe Type，确认被选定 (如果用其

它的进样针，可以从表中去选择，或者自己重新定义)。

9. 按下注射器图标（syringe），注射泵开始转动向质谱输入校正液。

10. 要选择想监测的质量数，请在相应的Reference File 里查找。

11. 在Mass 编辑器，打开4个mass 窗口，分别设定

172.8840、622.5667、1072.2494、1971.6149。将

监测范围（ span）和增益（ gain ）调到适当的值。

12. 选择 File – Open，选择 Uncal.cal 并打开，校正窗口的三种校正类型都必须显示“No

Calibration”(如上图所示)，如果不是，点击Calibrate - Default 去删除这些校正。

13. 从菜单栏选择校正（Calibration）。

14. 在Reference file中选择校正文件NaCis2(ZQ2000用)，NaCis4(ZQ4000用)。

15. 从菜单栏选择“Calibrate –Start Acquisition”。

16. 在校正类型界面，三项都打勾选定，接着选择采集参数按钮。

17. 选择参数：

注意：以下设置适合于ZQ 2000 –其他质量数范围或扫描速度可以重新设置，或者点击Default自动定义。

18. 点击OK返回到自动校正对话栏。

19. 选择采集（Acquire）和校正（Calibrate），点击OK 开始校正，质谱将会自动运行校正

并和参考文件(NaCis)中的标准质量数进行比对，采集和校正大约需要2分钟时间。20. 从校正页面选择 File – Save As，并输入校正文件的名称。

注意:这些校正文件可以使用到你所制定的标准操作规程需要你去重新校正，或者怀疑质量精度，以及改变了低端，高端质量数分辨率（LM, HM resolution）的时候。

ZQ现在已经被校正了，下一步可以用调谐界面去优化你的样品的检测灵敏度。

调谐（Tuning）

质谱针对特定的样品都有其特定的最佳化条件，了解样品特性，如何选择电离源，流动相及流动相添加物，使样品能够离子化是关键。通用的调谐参数可以用来分析大部分样品，大部分的参数一旦设定之后不需要调整，调整对于信号的影响不大，而对于部分样品来讲，特别是含量极低的状况下，需要通过调谐来优化最佳参数。

1. 点击质谱调谐图标进入调谐窗口。

2. 点击真空状态图标确认真空规已经达到满量程.

3. 根据样品条件的需要选择相应的离子模式，比如 Ion Mode – Electrospray+。

4. 点击分析页面，按下气体开关按键，打开氮气。

5. 将已经装满你的样品的注射器装在注射泵上，用管路接到质谱，请选择ug/ml级的样品来

调谐。设定注射泵流速 ( 通常为5-10ul) 。

注：也可以用三通，一路是正常工作流速的流动相，一路是你的样品，二者混合后进入质谱。

6. 一般对于ESI正离子模式使用乙晴和水为流动相，提高锥孔电压将增加碎片信息.

7. 按下操作按钮，当电压被加上时, Operate 图标将由变。

8. 点击注射器图标（syringe）注射泵开始转动，向质谱输送样品。

9. 在质谱编辑窗口，输入要调谐的样品的分子离子峰,并设定一个较小的span。所有的输入请

按回车键确认。

10. 调节各项参数包括Probe的位置使目标峰的强度最佳化。

11. 选择 File – Save As, 输入调谐文件名称，以备调用。

12. 点击注射泵图标停止注射泵流速, 并点击Standby当MS 在待机状态

时，会由变。

13. 不同的调谐文件可以在样品表(Samplelist)内被调用于不同的样品。

信号采集

本单元介绍如何直接在调谐界面（Tune Page）进行样品信号采集。

1. 点击气体图标打开氮气，按下操作按钮. 当电压被加上时, Operate 图标将

由变，确定质谱已经在工作状态，并有样品进入质谱。

2. 点击Acquire图标将出现以下对话框。

Data File Name在此输入所采集的数据文件名。

Data Format所采集数据的存储方式，有Centroid、Continuum、MCA三种选择。

Centroid（棒状图）每次扫描的数据都会被存下来，可以单独查看每次扫描

的质谱图或者是summed spectrum ，数据虽然按照连续（continuum）方式采集，

但会被自动处理并以棒状图的方式存储，在一个质量点只选择一个代表性的点存

储，所得到的谱图是一根一根棒状的谱图，优点是文件的数据量小，不会占用很多

的硬盘空间，是较常用的采集方式，缺点是从棒状图中无法去判断谱图的分辨率，

对于没有分开的同位素峰，可能会造成质量不准确。

Continuum （连续扫描）每次扫描的数据都会被存下来，可以单独查看每次扫描

的质谱图或者是summed spectrum，可以得到每个质量点的峰形和分辨率信息，但

数据量较大。

MCA 每次扫描的数据都会被加和在一起，因为噪音信号不会出现在相同位

置，所以MCA方式采集的数据是样品信号被叠加，而噪音则是平均，因而能够提高

信噪比。

通过选择Start Mass和End Mass来确定要扫描的质量范围。

Run Duration信号采集的时间

Scan Time每次扫描所花的时间，

Scan Speed(扫描速率)＝Mass Range/(Scan Time + Inter-scan Time)，在计算扫描时间时，要保证扫描速率在已被校正的范围内。

Inter Scan Delay每次扫描之间的间隔，一般为0.1S。

3. 点击开始键（Start），即可开始采集信号，数据文件会被自动存储在相应的项目(Project)中的

Data子目录里。

创建2695 – 2996 液相方法（Inlet Method）

这个单元帮助你设置泵，进样器和检测器的条件。

1. 点击液相方法图标进入方法编辑界面。

Start/Stop Pump 泵流速的开关控制。

Lamp on / off 控制2996检测器的灯的开或关。

Change Mode 液相控制模式转换（软件控制或脱机），可以使液相处于脱机控制状

态，在液相自己的控制面板来操作仪器。

Wet Prime 2695 Wet Prime(湿灌注)控制。

Load Method 将编辑好的液相方法传输给液相去执行。

2. 点击Inlet 设置泵的参数。

a) 在溶剂和流速页面，按如下设置：

1) 输入溶剂的比例。

2) 设置泵的运行时间。

3) 对于典型的质谱流速 (50ul – 350ul) 在下拉菜单中选择 25 ul 为

Stroke Rate设置。

4) 输入泵的初始流速。

b) 在柱温设定页面，按如下设置：

1) Temperature(℃) 设定柱温箱工作温度。

2) Temperature Limit(+/- ℃)设定柱温箱温度允许范围。

3) High Pressure(Bar)设定液相系统压力最高限，当系统压力超出范围

时，软件会自动停止泵的流速。

4) Pre-column Volume（选项）输入系统滞后体积，对于2695系统，一般为

550ul，该参数只对梯度起作用。

c) 在页面设定梯度表。

1) 设置梯度初始条件，按Insert Line编入梯度表，然后分别编辑、插入各项梯度条

件。 (curve 6是线性梯度变化)。

注意：梯度表的第一行的梯度曲线必须是Curve 1。

3. 如果你的液相色谱系统有样品加热和冷却装置，点击

图标设定温度，并设定自动进

样器吸样速度。

注意：自动进样器进样体积和瓶号不在这里设定，在样品表(Sample List)里编辑。

4. 点击设置 2996 二极管阵列检测器参数。

a) Start Wavelength(nm) ，End Wavelength(nm) 波长采集范围

b) Resolution (nm) 设定光谱分辨率，分辨率越高，数据量越大。通常，要看紫外光谱数

据时，光谱分辨率可以设到最高（1.2nm），如果只为了色谱定量，光谱分辨率可以设定到3.6nm或4.8nm，以减少数据量。同样，波长的采集范围也可以尽量缩小。

c) Sampling Rate 信号采集速率，采集速率越高，数据量越大。如果要保证对一个色谱

峰准确积分，通常这个色谱峰最少要有20个数据采集点拟和而成，以此来设定采集速

率。

d) Stop time 是指每个样品PDA的采集时间，这个时间一般应该与泵的运行时间和

质谱方法的数据采集时间一致。

e) 选择 Save to disk保证PDA数据被采集并存在电脑内。

5. 选择 File – Save As 并输入液相方法的名称。

6. 点击状态图标, 确认所有的状态灯是绿的。

7. 如果液相通讯有问题，在液相方法编辑主菜单选择LC/ 将液相色谱通讯复

位。

创建质谱方法

本单元介绍如何创建质谱采集方法。

1. 在Masslynx软件主界面点击质谱方法（ MS Method ）图标，进入质谱方法编辑

界面。

2. 创建全扫描方法（scan）, 点击MS Scan图标：

a. 输入需要扫描的质量数范围（Mass Range），过宽的质量扫描范围会减低灵敏

度。

b. 输入质谱数据采集时间。

c. 选择数据采集的方式，共有三种方式选择。

1. 对于产生单电荷的化合物，可以选择棒状图（Centroid ）方式。

2. 对于产生多电荷的化合物，可以选择轮廓图（Continuum ）方式。

d. 锥孔电压（Cone Voltage）：

1. 如果希望能够得到分子离子峰，可以选择使用调谐窗口优化时所设置的条

件，。这时的锥孔电压会按照调谐窗口的设置执行。或者直

接在方法编辑窗口设定一个相对较低的锥孔电压。

2. 对于已经确定的分子离子峰，如果希望得到更多的碎片信息，可以选择使

用较高的锥孔电压，(~ 40 – 70V)是一个较好的开始。

e. 设置扫描速率（ Scan time），用你选择的质量数范围除以希望仪器所使用的扫描

速率 (100-5000 DA/sec)，即扫描速率。虽然质谱的扫描速率可

以高达5000 DA/sec，但是使用过高的扫描速率，会造成较差的质谱分辨率及质

量偏移，所以尽量将扫描速率控制在(500－1200DA/sec)之间。

f. 设定扫描间隔（Inter-scan Delay），一般设定为0.1 如果选

择正负离子同时扫描，扫描间隔要设为0.3。

g. 选择 OK，质谱条件将被列在表中。

h. 重复 a-e 步去建立多个正负离子扫描通道，最多可以建立32个采集通道，但过

多的采集通道会降低灵敏度。

3. 创建选择离子采集模式，请选择（SIR）图标，选择离子模式相对于全扫描

模式有较高的灵敏度，用于定量计算。