应用UCSC查找启动子等

应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列

promoter, 基因, 序列, Ensembl, UCSC

本帖引用网址：https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/thread-47691-1-1.html

启动子的甲基化，转录因子与启动子的结合调控基因的表达等研究领域一直较为热门。本文图文形式讲解了启动子的概念，利用UCSC如何查找一个基因的启动子序列，以及外显子和内含子序列的显示。有很多关于此方面的文章由于写作在早期，近年来查询数据库网站的改版使得这些文章有些落伍，使用起来也不方便。本文是最新的关于查询启动子方法的文章，创作于2009/10/14，大家可以完全按此操作。

在讲述某个基因的启动子查询之间，我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。先看一下中心法则：

启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的，在此要与DNA自身复制起始点（称作复制子）和由mRNA翻译为蛋白质时的翻译起始点（以起始密码子ATG为标志）区别开来。

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。

启动子是RNA聚合酶特异性识别和结合的部位。启动子方向性，位于转录起始点上游，本身并不被转录。DNA链上与RNA链的第一个核苷酸对应的碱基标记为+1（如下图），由此碱基向上游（5’端）数的碱基顺序数为负（-1，-2，……），向下游（3’端）数的碱基为正（+2，+3，……）

区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。

总结起来，也就是说启动子约在与mRNA所对应的DNA序列之前约2000个左右的碱基。

明白了启动子的含义之后，我们以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（CTGF）为例，应用UCSC基因组浏览器开始查找该基因的启动子序列。网址为

https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/。

进入UCSC的主页后，在其左侧（如上图）点击第一项Genome Browser,进入基因组浏览器入口，如下图

在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov. 2004，在position框中键入CTGF，image width选择默认即可，如下图所示：

然后点击Submit，返回的页面如下：

结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列，点击Known Gene中的第一个序列，出现包含这序列的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5X按钮，如下图：

对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。

本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按钮，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较。若查询启动子区域，我们需要将Ensembl Genes选择为dense 或full模式，点击Refresh，即刷新，出现下图：

图中多出了Ensembl Genes的预测路径，我们在红框中圈出。点击用于表达该序列的任何方块出现以下页面：

点击红框中的条形深色方块（不是Ensembl Genes文字），

在此，我们选择并点击Link to sequence中的Genomic Sequence，即显示基因组序列，出现以下窗口：

在该窗口中，终于出现了promoter的字样了，哈哈，快要大功告成了啊。在此我们当然要选择它了，并将其改为2000bp(具体多少bp合适，可根据文献资料和实验目的获取，有的基因可能在其上游戏几百bp就可以了),其他的几个选项分别为5’端非编码区，编码区外显子，3’端非编码区，内含子（我把内含子用绿框圈了起来，突出说明一下用同样的方法可以显示该基因的内含子与外显子，显示出来的结果一目了然，看以下的结果便知道了）等。

同时另外一个非常重要的就是序列显示方式了，这里我们在Sequence Formatting Options选项里进行选择。我们选择上图红框里的内容，即外显子大写，其余的小写，也就是说mRNA的外显子大写，其余上下游非编码区以及内含子均为小写。

选择完后提交，返回如下序列页面：

第一个大写字母以后就是mRNA序列，之前的小写字母序列即为启动子区域了。大家在做后序的甲基化分

析、转录因子结合位点分析等便可以复制下来了。

刚才我们提到第一个大写字母以后就是mRNA序列，但该序列包含外显子和内含子，是未经剪切修饰的mRNA, 我们在上面也提到了用此同样方法也可显示出外显子和内含子，我们接着看该页面的序列就可以了，与上幅图紧挨着截个图看一下，图中两段大写字母中间的小写字母便为内含了序列。

结语：关于启动子区域和外显子、内含子的查找方法有很多，如利用NCBI，其实都使用的是基本相同的工具，大家可以根据具体的情况和个人偏好来决定使用哪种方法。个人觉得，利用上述方法还是比较简便

的。

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、 mRNA、cDNA、Protein、promoter、引 物设计、BLAST 序列比对等 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自 己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使 用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下NCBI 的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我 投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充 First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子（Promoter） 下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Map viewer 页面，网址为：https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：

数据库应急预案

数据库应急预案 一．数据库应急恢复流程图 数据库排错的重点是判断数据库节点的故障还是数据库故障，具体流程如下：

二．数据库应急恢复流程 1.使用本地计算机或者web应用服务器来ping数据库的四个节点，查看 四个节点的状态，确认操作系统没有问题的节点。 2.登录到操作系统没有问题的节点，使用crs_stat –t 命令判断那个实例 出现故障，至少一个实例的CRS的服务资源处于online状态。 3.在此节点上使用sqlplus / as sysdba;命令，登录到数据库，使用select status from v$instance;命令查看数据库状态， 1）.如果数据库处于open状态，使用conn icp_user/dbc命令登录到数据库后，然后使用select sysdate from dual;命令来查询数据库的当前时间，如果能正确显示结构，则数据库没有问题，则只需恢复出现故障的实例就可以。 恢复的过程如下： a).数据库出现宕机的情况下 （1）.重启数据库服务器 （2）.以root用户登录的数据库服务器执行 #/etc/init.d/init.crs start （3）. 执行crs_stat –t命令，查看对应节点的CRS服务资源都处于online 状态。

b).数据库服务器没有宕机的情况 （1）.以root用户登录的数据库服务器执行 #/etc/init.d/init.crs disbale #/etc/init.d/init.crs stop #/etc/init.d/init.crs start （2）. 执行crs_stat –t命令，查看对应节点的CRS服务资源都处于online 状态。 2）. 如果数据库不处于open状态（mount或者nomount），则数据库出现问题，检查alert日志信息， a).如果出现以下提示： ORA-01151: use media recovery to recover block, restore backup if needed 则需要做介质恢复，需要做以下工作： （1）.关闭数据库 SQL>shutdown immediate; （2）以nomount方式打开数据库 SQL>startup nomount; （3）.使数据库处于mount状态

基因启动子分析基本流程

“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋讲堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋 亲爱的螺友们，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让 我们一同在讨论中学习，在交流中成长！ 分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从 某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当 然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因 的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要 谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用 的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有 详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道， 基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游， 当一个基因在没有 确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的 第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发 现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST， 就能够在染色体上找到这段基因 组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,

oracle数据库状态查询

1 状态查询 启动状态 SQL语句 结果 nomount select status from v$instance; STARTED select open_mode from v$database; ERROR at line 1: ORA-01507: database not mounted mount select status from v$instance; MOUNTED select open_mode from v$database; MOUNTED open select status from v$instance; OPEN select open_mode from v$database; READ WRITE 或者READ ONL Y 2 实验过程 SQL> startup nomount; ORACLE instance started. Total System Global Area 125829120 bytes Fixed Size 1247684 bytes Variable Size 92276284 bytes

Database Buffers 25165824 bytes Redo Buffers 7139328 bytes SQL> select status from v$instance; STA TUS ------------ STARTED SQL> select open_mode from v$database; select open_mode from v$database * ERROR at line 1: ORA-01507: database not mounted SQL> alter database mount; Database altered. SQL> select status from v$instance; STA TUS

DNA启动子概述

启动子概述 启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。启动子是一段位于结构基因5’-端上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地结合，并具有转录起始的特异性。基因的特异性转录取决于酶与启动子能否有效地形成二元复合物。启动子分三类：启动子Ⅰ、启动子Ⅱ、启动子Ⅲ.只有启动子Ⅱ指导mRNA的转录。真核生物启动子Ⅱ由两大部分组成：上游元件(upstream element)和启动子核心(core promoter)。上游元件与转录的效率有关；启动子核心包括3部分：TATA 盒、起始子(initinator)及下游元件(downstream element)。TATA盒为转录调控因子包括各种调节蛋白的结合区，与转录起始位点的精确选择及转录有关，起始子是转录起始所必须，下游元件作用尚不清楚。原核生物启动子区范围较小，包括TATAAT区(Pribnow区)及其上游的TTGACA区。 启动子是一段提供RNA聚合酶识别和结合位点的DNA序列，位于基因上游。启动子具有如下特征： 1序列特异性。在启动子的DNA序列中，通常含有几个保守的序列框，序列框中碱基的变化会导致转录启动活性的改变。 2方向性。启动子是一种有方向性的顺式调控元件，有单向启动子和双向启动子两类。 3位置特性。启动子一般位于所启动转录基因的上游或基因内的前端。处于基因的下4种属特异性。原核生物的不同种、属，真核生物的不同组织都具有不同类型的启动 没有启动子，基因就不能转录。原核生物启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成，对mRNA的合成极为重要。启动子区域：（1）Pribnow盒，位于转录起始位点上游5—10bp，一般由6～8个碱基组成，富含A和T， 故又称为TATA盒或—10区。启动子来源不同，Pribnow盒的碱基顺序稍有变化。（2）—35区，位于转录起始位点上游35bp处，故称—35区，一般由10个碱基组成。 质粒设计时都需要加入启动子序列，以保证目的基因的表达。启动子可分为诱导型启动子和组成型启动子两大类，后者包括CMV，SV40，T7,pMC1，PGK启动子等。一下介绍几个常见的启动子。 （1）U6启动子 U6是二型启动子，一般发现是启动小片段，不带PolyA尾的序列。由Ⅲ类RNA聚合酶启动子U6启动子转录产生shRNA，经剪切后产生成熟siRNA，产生干扰效果。这一类 启动子在腺病毒和慢病毒干扰载体的构建中应用很多。U6更多的是用在shRNA的启动，来达到敲低一个基因的作用。

找一个基因的启动子

1、UCSC （1）网址：https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/cgi-bin/hgNear 在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go （2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它 （3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence （4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域 （5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了 2、Ensembl （1）网址：https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/index.html 在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go （2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它 （3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面找“Genomic sequence”，点它 （4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update； （5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦 这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了

数据库知识点总结

二、名词解释 1.数据冗余定义：同一数据存储在不同的数据文件中的现象。 2.DBA 数据库管理员 3.事务指访问并可能更新数据库中各种数据项的一个程序执行单元(unit)。 4.数据字典：数据库中所有对象及其关系的信息集合。 5.数据独立性包括数据的物理独立性和逻辑独立性。 6.物理独立性是指用户的应用程序与存储在磁盘上的数据库中数据是相互独立的 7.逻辑独立性是指用户的应用程序与数据库的逻辑结构是相互独立的 8. 存储过程是一组为了完成特定功能的SQL语句集 9.触发器可以查询其他表，而且可以包含复杂的SQL 语句。它们主要用于强制服从复杂的业务规则或要求 10.SQL语言中的视图 答：在SQL中，外模式一级数据结构的基本单位是视图，它是从若干基本表和(或)其它视图中构造出来的，视图并不存储对应的数据，只是将视图的定义存于数据字典中。 四、简答题 1.数据库管理系统的主要功能有哪些? 答：数据库定义、操纵、保护、存储、维护和数据字典。 2.数据库系统中的常见故障有哪些? 答：.事务故障，系统故障、介质故障。 3.简述SQL语言的组成。 答：分为四个部分： 数据定义、数据操纵、数据控制、嵌入式SQL语言的使用规定。 4.说明关系模型有哪三类完整性规则? 答：实体完整性、参照完整性、用户自定义完整性。 5.请阐述在网状模型和关系模型中，实体之间联系的实现方法。 答：在网状模型中，联系用指针实现。 在关系模型中，联系用关键码(或外键，或关系运算) 来实现。 6.DBS由哪几个部分组成？ 答：DBS由四部分组成：数据库、硬件、软件、数据库管理员。 7.数据库的并发操作会带来哪些问题？ 答:数据库的并发操作会带来三类问题:丢失更新问题;不一致分析问题和“脏数据”的读出。 8.简述客户/服务器模式DBS的一般结构。此时数据库应用的功能如何划分？ 答:DBS ：数据库系统（Database System),DBS是实现有组织地、动态地存储大量关联数据，方便多用户访问的计算机软件、硬件和数据资源组成的系统，即采用了数据库技术的计算机系统。 9.什么是日志文件？为什么要设立日志文件？ 答：（1）日志文件是用来记录事务对数据库的更新操作的文件。 （2）设立日志文件的目的是：进行事务故障恢复；进行系统故障恢复；协助后备副本进行介质故障恢复。 10.SQL中表达完整性约束的规则主要有哪几种？ 答：有主键约束、外键约束、属性值约束和全局约束等。 11.什么是分布式数据库的分布透明性？

数据库常用命令

oracle常用命令 命令解释 $Ps –ef|grep oracle 查看oracle进程是否启动 $ sqlplus "/as sysdba" 以sysdba角色登陆oracle数据库 SQL>startup 显示当前系统中已登录的人员。 SQL>shutdown immediate 关闭数据库 SQL>select * from v$version; 查看oracle数据库版本 SQL>select name from v$database; 查看数据库SID SQL>truncate table table_name 快速清空一个表 SQL>select * from all_users;查看数据库中所有用户 SQL>alter tablespacename offline;将表空间offline SQL> alter tablespacename online ;将表空间online $oerr ora 2236 查错误 alert_{ORACLE_SID}.log 数据库告警日志文件 *.TRC 数据库跟踪文件 Oracle说明 1、数文件：SPFILE不能直接阅读是二进制文件，需要转为文本 2、oracle数据库后，可以查看数据库状态是否open，如果open会显示open字样 SQL> select status, instance_role from v$instance; 3、PFILE：SQL> connect / as sysdba 从spfile创建pfile：SQL> create pfile from spfile; 从pfile创建spfile：CREA TE SPFILE FROM PFILE='/home/oracle/admin/pfile/init.ora'; 4、names是客户端或应用程序需要连接数据库时必须配置的，使用$tnsping service_aliasname可以测试出tns配置的是否正确 5、要文件listener.ora、Tnsnames.ora、Sqlnet.ora，这三个位置在$ORACLE_HOME/network/admin目录下。 6、库启动时要先启动listener Network配置：监听程序lsnrctl

如何查找一个基因的启动子序列

如何查找一个基因的启动子序列 发表者：刘小丰 (访问人次：6102) 刘小丰收集整理 定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。 区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。 这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为 https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/cgi-bin/hgGateway。以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。 进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。 然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。 对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。 起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。 Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路径是利用Acembly程序将人类mRNA 和EST序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。 https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一

数据库状态为置疑.只读.脱机.紧急模式时的解决办法

SQl数据库状态为置疑,只读\脱机\紧急模式时的解决办法 SQl数据库状态为置疑,只读\脱机\紧急模式时的解决办法2010-05-08 18:44这是SQL2000常遇到的错误，楼主按照以下方法修复，修复完，检查一下数据库是否已完全修复，没完全修复时最低都可导出数据，要用数据库生成一个空库脚本，把修复数据库的数据用DTS导入到新库。。。 A．建立一个供恢复使用的数据库 我们使用默认方式建立一个供恢复使用的数据库(如iBusinessWork)。可以在SQL Server Enterprise Manager 里面建立。 B．停掉数据库服务器。 C．调整数据库与日志文件. 将刚才生成的数据库的日志文件iBusinessWork_log.ldf删除，用要恢复的数据库mdf文件覆盖刚才生成的数据库数据文件iBusinessWork_data.mdf。 D．启动数据库服务器。 此时会看到数据库iBusinessWork的状态为“置疑”。这时候不能对此数据库进行任何操作。 E．设置数据库允许直接操作系统表。 use master go sp_configure 'allow updates',1 go reconfigure with override go F．设置iBusinessWork为紧急修复模式 update sysdatabases set status=-32768 where dbid=DB_ID('iBusinessWork') 关闭打开企业管理器，此时可以在SQL Server Enterprise Manager里面看到该数据库处于“只读\置疑\脱机\紧急模式”可以看到数据库里面的表，但是仅仅有系统表 G．下面执行真正的恢复操作，重建数据库日志文件 dbcc rebuild_log('iBusinessWork','E:\Microsoft SQL Server\Data\iBusinessWork_log.ldf') 执行过程中，如果遇到下列提示信息： 服务器: 消息5030，级别16，状态1，行 1 未能排它地锁定数据库以执行该操作。 DBCC 执行完毕。如果DBCC 输出了错误信息，请与系统管理员联系。 说明您的其他程序正在使用该数据库，如果刚才您在F步骤中使用SQL Server Enterprise Manager打开了iBusinessWork库的系统表，那么退出SQL Server Enterprise Manager就可以了。(关闭企业管理器，如果别的机器从网络访问数据库，也把网络关闭) 正确执行完成的提示应该类似于：

如何查找一个基因的启动子序列

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。一般查阅外文文献，老外从转录起始位点（Transcription Strart Site，TSS，记为＋1位）开始上溯2K －3K的区间算做是启动子 区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。 票数 Do One Thing, And Do It Well. mybbff edited on 2005-07-22 08:41 ? ? ? ? 2005-05-07 11:23 分享 分享到哪里？ ? ?

??? ? ? ? ? 下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。。。 票数 Do One Thing, And Do It Well. ??

???2005-05-07 11:29 分享 分享到哪里？ ? ? ? ? ? ? 首先你可以看到该基因的参考序列（reference sequence）,然后看到bcl-2的位置和基因组背景。bcl-2上游是 PHLPP，下游是FVT1基因。在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。

票数 Do One Thing, And Do It Well. Revelation edited on 2005-05-07 11:59 ? ???2005-05-07 11:35 分享 分享到哪里？ ? ? ? ? ? ? 看到基因组序列了么，点进去，根据序列信息自己就能定位转录起始位点，上游就是promoter了，简单吧。不！我觉得麻烦。有更简单的方法么？有！注意到在网页的开头有这么个链接么？HGNC：990

基因启动子分析

基因启动子分析 一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定NCBI上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp左右和下游200bp左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因mRNA序列和基因组序列BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用human的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下. 1 首先需要在NCBI里面查找到AGGF1基因的mRNA序列,这个我想大家都应该很清楚,如下图.

2 然后就是用这段mRNA序列和人类的基因组序列BLAST 3 BLAST得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。

4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第一外显子上面，我用红色的方框标明了。 5 大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 ,刚好2200BP,包括了第一个外显子的前200BP左右. 然后点击红色框标明的Download/view sequence.

6 然后就到了这个界面, Sequence Format 选择GenBank, 然后点击 Display. 就得到我们所需要的序列了. 7 这里我们可以看到1989到2201是AGGF1的mRNA序列,说明我们的确找到了该基因5'非翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp都克隆下来. 以上的步骤就是基因基本启动子的查找,其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是基因的3'非翻译区等,序列查找的步骤和上面是一样的.

高校教学基本状态数据库系统项目

高校教学基本状态数据库系统项目需求分析和技术方案

第一部分项目总体情况 一、项目建设目标 （一）通过研究国内外高校教学评估的标准和方法，建立一整套有利于反映 高等学校教学基本状态的指标体系和教学特征分析方法。 （二）建立有利于突出软件和内涵建设，有利于改进教学评估方法，有利于 加强政府科学决策、分类指导和学校自我诊断，深化改革，规范管理的高校教 学基本状态数据库。 （三）开发基于网络的高校教学基本状态数据库统计分析及监控系统，通过运用多种统计分析方法、对比模型和预测数学模型，分析教学过程中的基本特征要素和关键环节的量化数据信息，客观翔实地展示高校教学资源的投入与效益，分析和预测高校教学状态未来的发展趋势，提供教学状况的监控预警功能，结合直观、灵活的GIS可视化系统有效的展示高校教学的基本特征状态和教育教学规律。二、项目建设内容 本项目包括“高校教学基本状态数据指标体系”、“高校教学基本状态网络数据库”、“高校教学评估方法试验平台”、“基于网络的高校教学基本状态数据统计分析及监控系统”四个建设内容。 A、几个子项目之间的关系是： “高校教学基本状态数据指标体系”是建立“高校教学基本状态网络数据库”的基础；“高校教学基本状态网络数据库”是建设“基于网络的高校教学基本状态数据统计分析及监控系统”的基础。

图 1 项目建设内容 B、其建设内容主要有下面三点： (一)、高等教育教学基本状态指标体系、教学特征分析方法的理论研究 1、高校教学基本状态指标体系研究 通过调查相关指标体系，总结本科教学质量评估的经验，充分吸收现有高等教育教学管理研究的成果，采用文献调研、专家访谈、问卷调查、统计分析等方法，“高校教学评估方法试验平台”、从高校教学工作的大量实际信息中，提取集中体现教学基本特征的数据指标，研究制定高校教学基本状态指标体系。揭示高校教学过程和教学管理的关键特征要素和关键环节，为高校教学的有效评估和质量提升提供依据和指导。 指标体系可以从宏观和微观、动态和静态、投入与产出等不同的视角做出分类描述。在初步调查研究相关指标体系、深入分析其优长和不足的基础上，根据高校教学实际情况，拟提出由教学基本要素、教学过程与方法、教学投入、教学成果和教学管理与改革等五个方面构成的指标体系。 2、教学基本特征及状态监控分析方法和决策支持模型的研究 建立能够体现教学基本特征的数据统计和模型研究方法，对教学基本特征要素、关键环节数据进行统计、对比、相关性和预测分析，为政府部门分类指导提供决策支持，以及为高等院校自我诊断、深化改革、加强建设、科学管理提供依据。 (二)、高校基本状态网络数据库建设 数据库设计的基本原则：良好的数据完备性、扩展性、历史沉淀性、可审计性、分析的支撑性。数据库建设的关键要素：数据库架构设计、数据指标选择。

sql数据库质疑的一般处理命令

寒山sql数据库修复中心https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/ 设置数据库允许直接操作系统表。此操作可以在SQL Server Enterprise Manager里面选择数据库服 务器，按右键，选择"属性"，在"服务器设置"页面中将"允许对系统目录直接修改"一项选中。也可以 使用如下语句来实现 */ use ais09 go sp_configure 'allow updates',1 go reconfigure with override go sp_dboption 'ais09','single user','true' go /*设置为紧急修复模式（操作数据库切记切换为master）1077936153/4194328(正常) -32768(只读\脱机\紧急模式) 32768(紧急模式)*/ /*select * from sysdatabases*/ update sysdatabases set status=-32768 where dbid=DB_ID('ais09') go /*执行真正的恢复操作，重建数据库日志文件*/ dbcc checkdb('ais09','REPAIR_REBUILD')/*REPAIR_ALLOW_DATA_LOSS | REPAIR_FAST | REPAIR_REBUILD */ go sp_dboption 'ais09','single user','false' go /*设置数据库为正常状态*/ sp_dboption 'ais09','dbo use only','false' go /*最后一步，我们要将步骤E中设置的"允许对系统目录直接修改"一项恢复。因为平时直接操作系统表 是一件比较危险的事情*/ sp_configure 'allow updates',0 go reconfigure with override go 二种模式： use ais19 exec sp_dboption ais19,'single user',true dbcc checkdb('ais19','repair_rebuild') exec sp_dboption ais19,'single user',false 三种模式： 1. DBCC CHECKDB 重启服务器后，在没有进行任何操作的情况下，在SQL查询分析器中执行以下SQL进

如何查找一个基因的启动子序列

如何查找一个基因的启动子序列 关键词：基因启动子序列软 件 定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。 区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。 这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为https://www.wendangku.net/doc/233519211.html,/。以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。 进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。 然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full 模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。 对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。 起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。 Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。

数据库日常运维手册

神州数码信息系统有限公司 数据库日常运维手册 神州数码信息系统有限公司 2015/9/5 日常运维操作手册主要针对ORACLE数据库管理员对数据库系统做定期监控: (1)、每天对ORACLE数据库的运行状态、日志文件、备份情况、数据库的空间使用情况、系统资源的使用情况进行检查,发现并解决问题。并要有相关的人员负责每天查瞧,发现问题及时 上报分析。检查每天的数据库备份完成情况。 (2)、每周对数据库对象的空间扩展情况、数据的增长情况进行监控、对数据库做健康检查、对数据库对象的状态做检查。 (3)、每月对表与索引等进行Analyze、检查表空间碎片、寻找数据库性能调整的机会、进行数据库性能调整、提出下一步空间管理计划。对ORACLE数据库状态进行一次全面检查 (4)根据公司数据库的安全策略对ORACLE DB进行加固 一．日维护过程 1、1、确认所有的INSTANCE状态正常 登陆到所有数据库或例程,检测ORACLE后台进程: $ps –ef|grep ora 1、2、检查文件系统的使用(剩余空间) 如果文件系统的剩余空间小于20%,需删除不用的文件以释放空间。 #df –k 1、3、检查日志文件与trace文件记录 检查相关的日志文件与trace文件中就是否存在错误。 A、连接到每个需管理的系统 使用’telnet’命令 B、对每个数据库,进入到数据库的bdump目录,unix系统中BDUMP目录通常就是 $ORACLE_BASE//bdump #$ORACLE_BASE//bdump C、使用Unix ‘tail’命令来查瞧alert_、log文件 #tail $ORACLE_BASE//bdump/alert_、log

Informi数据库常用操作命令

Unix系统及数据库常用操作命令 oninit 数据库启动 onmode -ky 数据库关闭 onstat -l 查看逻辑日志使用情况 ontape -c 连续备份逻辑日志 onstat -g iof 查看每个chunk 的I/O 情况 onstat -g mem 查看数据库内存的情况 onstat -d 查看数据库chunk 的使用情况 ontape -s -L 0 数据库0 级备份 dbimport -d -i