当前位置：文档库 › C_3和C_4植物中PEPC的生物信息学分析

C_3和C_4植物中PEPC的生物信息学分析

高通量测序生物信息学分析(内部极品资料,初学者必看)

基因组测序基础知识㈠De Novo测序也叫从头测序，是首次对一个物种的基因组进行测序，用生物信息学的分析方法对测序所得序列进行组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。目前国际上通用的基因组De Novo测序方法有三种： 1. 用Illumina Solexa GA IIx 测序仪直接测序； 2. 用Roche GS FLX Titanium直接完成全基因组测序； 3. 用ABI 3730 或Roche GS FLX Titanium测序，搭建骨架，再用Illumina Solexa GA IIx 进行深度测序，完成基因组拼接。采用De Novo测序有助于研究者了解未知物种的个体全基因组序列、鉴定新基因组中全部的结构和功能元件，并且将这些信息在基因组水平上进行集成和展示、可以预测新的功能基因及进行比较基因组学研究，为后续的相关研究奠定基础。实验流程：公司服务内容 1.基本服务：DNA样品检测；测序文库构建；高通量测序；数据基本分析（Base calling，去接头，去污染）；序列组装达到精细图标准 2.定制服务：基因组注释及功能注释；比较基因组及分子进化分析，数据库搭建；基因组信息展示平台搭建 1.基因组De Novo测序对DNA样品有什么要求？

(1) 对于细菌真菌，样品来源一定要单一菌落无污染，否则会严重影响测序结果的质量。基因组完整无降解(23 kb以上)， OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；每次样品制备需要10 μg样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*10 μg。 (2) 对于植物，样品来源要求是黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品，最好为纯合或单倍体。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (3) 对于动物，样品来源应选用肌肉，血等脂肪含量少的部位，同一个体取样，最好为纯合。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (4) 基因组De Novo组装完毕后需要构建BAC或Fosmid文库进行测序验证，用于BAC 或Fosmid文库构建的样品需要保证跟De Novo测序样本同一来源。 2. De Novo有几种测序方式目前3种测序技术 Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa 为例，对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序(图2)。图1 Single-read文库构建方法图2 Paired-end文库构建方法

生物信息学软件及使用概述

生物信息学软件及使刘吉平 liujiping@https://www.wendangku.net/doc/3916570533.html, 用概述生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念：科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点）生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

园林植物配置在园林绿化中的应用分析任玉军

园林植物配置在园林绿化中的应用分析任玉军发表时间：2019-07-23T14:56:18.737Z 来源：《基层建设》2019年第13期作者：任玉军 [导读] 摘要：随着我国现代城市建设的不断加速，城市自身的环境质量却在不断的下降。襄阳市襄投智行停车经营有限公司湖北省襄阳市 441000 摘要：随着我国现代城市建设的不断加速，城市自身的环境质量却在不断的下降。而为了能够有效改善城市自身的环境问题，必须要加强城市园林绿化工程的建设，这样不仅能够帮助改善城市环境，还能够提高城市的观赏性。而园林植物的科学配置，是提高园林观赏性的重要方法，所以必须要讲究配置的科学性、适应性等。关键词：园林植物配置；园林绿化；应用分析 1植物配置工作的主要作用植物配置工作是园林绿化环节中的核心任务，设计者需要先选出能有效适应环境的植物，充分呈现植物具有的活力。经过合理排布设计植物的工作，可以获取植物景观，这种绿化景观与园林中的其他景观不同，除了美化作用之外，还能发挥出改善小范围生态环境的作用，有效调节园林内部的气候以及涵养园林中的水源。灵活运用植物，形成植物景观之后，园林中的环境也随之变得更加健康，空气净化程度高，园林内部还能保持适宜的温湿度，游客可以到园林中放松身心，消除日常工作带来的疲劳感，以更佳的态度应对繁忙的都市生活。植物科学配置之后，可直接形成多样化的景观，还能帮助提升园林的人文性，给园林带来更多具有个性化的景观，提升园林在城市中的辨识度，一些植物景观还可彰显出城市主题文化。总之，植物配置是园林景观设计过程中的必要工作。 2园林植物配置的基本原则 2.1因地制宜原则在进行园林植物配置时，首先要遵循的基本原则就是因地制宜。根据园林绿化施工当地的气候环境、土壤条件等一些客观的自然条件，提前对植物做好调查，科学合理地选择在园林绿化施工中种植的各种植物种类。从而避免因为成活率低而浪费社会资源。 2.2建设初期确定主题效果及所具备的功能特性园林绿化施工中植物的种植与建设工程不同，其具有相应的时效性，为了能够保证植物在种植过程中不会出现死亡，必须要在园林绿化设计上进行科学合理的植物配置，这样不仅能够有效地体现园林绿化施工的效果，还能够体现出园林自身的文化内涵，真正地体现出城市发展的精神面貌。 2.3保证园林的经济适用性在进行园林绿化建设过程中，表达城市自身的艺术之美固然非常重要，但是更应该以经济实用性来约束园林绿化建设，从而避免发生资金与资源的浪费现象。尤其是对于水资源的浪费问题，必须要大力发展节水型的园林景观，通过科学合理的植物配置，减少一些对水资源要求较高的草坪植物种植比例，多选用一些乔木与灌木植物。这样不仅能够体现出生物的多样性发展，还能够更好地保证社会生态效益。 3园林绿化中植物配置的措施 3.1园林植物间的相互协调对于园林绿化施工中的植物配置要求，必须要讲究植物之间的协调，这样能够降低不同植物种类之间的相互影响，真正地发挥植物自身的生态价值。其中，园林植物配置过程中，经常会因为设计人员没有掌握植物之间的共生关系，导致将一些不能够共生的植物进行配置，不仅降低了植物的生长能力，还会增加植物遭受病虫害的风险，最终影响了整个园林景观的设计效果。例如，在园林绿化施工中植物配置时很多植物都会抑制另一种植物的生长，如刺柏、桉树、松树等，因此，在进行园林植物配置过程中，必须要加强对植物种类与习性的研究，按照植物之间的互利共生原则进行配置，从而更好地提高城市园林的建设效果。 3.2与景区类型及文化主题氛围相适应对于不同的园林景观，其在植物配置过程中也要有不同的要求，所以在对园林景区内的植物景观进行配置搭配时，必须要根据实际景区的自身类型来选择不同的植物类型。同时从当地的环境氛围出发，这样能够使景观的自身空间结构、色彩搭配关系得到有效的保障。 3.3合理使用本地植物对于不同地区的气候环境来说，其所进行园林植物的配置也有着不同的要求，一些园林植物配置时，往往本地植物会比其他地区的植物生命力更顽强。所以，配置过程中需要合理地选用本地植物，从而提升园林内植物的成活率。对于当下比较热门的园林花境植物配置，需要在植物的配置过程中，能够使景观更加自然、灵活，因此选择的植物种类也需要更加丰富，还要加强对整个景观的层次感与立体感，真正呈现出一种高低错落的感觉。 3.4针对季节条件合理配置植物结合季节变化选择运用不同的配置方法，可在多个季节使用分层配置的手段，保持植物景观的层次性。园林设计者在配置植物时，必须要把控季节性变化，通过季节性配置工作来维持园林的美观化水平，在不同的季节发挥出不同的植物具有的差异化特点。很多植物的开花期都在春季，如果在春季展开植物配置工作，必须要以花期为条件合理地配置能够开花的植物，保持春季园林的整体观赏效果，结合开花类植物的特点，设计者可采用分层法来配置植物，保持园林植物的层次性，除了根据植物的开花状态来配置植物，还可以参考植物的叶色进行配置，植物配置工作具有多样化的特点，主要是受到了配置主体的影响，植物在叶子形状以及花色方面存有显著差异，这也使得分层配置方法更具适用性，在这一季节展开植物配置活动时，应更多地考虑到植物具有的整体效果。我国很多城市在夏季存在高温条件，园林内部的整体气温相对比较高，一些处于内陆位置的区域甚至还会形成干旱的情况，因此夏季园林绿化工作开展难度比较高，绿色人员配置植物时，需考虑植物的基本实用性，调整植物配置方式，使园林内部保持舒适与清凉的特性，使园林成为可以提供绿化服务的场所，植物也需兼备观赏性，游客在消暑时，能够观赏美好的植物景观，更好地在园林中放松身心。夏季园林配置工作的空间比较大，大部分绿化植物都可以在园林中呈现出最好的生长状态，能够支持各种景观设计需求，针对园林干旱的问题，需要及时给植物展开补水工作，避免植物配置的效果无法呈现。根据各种园林植物的生长情况来看，秋季搭配园林植物，需要全面分析植物的种类、生长条件等，才能保证园林植物的生长速度和生命力，是园林绿化实现环保目的的重要保障。因此，尽量选择生态习性比较接近、生存力较强和耐性较好的植物，尤其是本地植物的合理

生物信息学分析实践

水稻瘤矮病毒(RGDV)外层衣壳蛋白 P8的同源模建高芳銮(Raindy) 同源模建(homology modeling) ，也叫比较模建(Compatative modeling)，其前提是一个或多个同源蛋白质的结构已知，当两个蛋白质的序列同源性高于35%，一般情况下认为它们的三维结构基本相同；序列同源性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型。同源模建是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法， SWISS-MODEL 是由SwissProt 提供的目前最著名的蛋白质三级结构预测服务器，创建于1993年，面向全世界的生物化学与分子生物学研究工作者提供免费的自动模建服务。SWISS-MODEL 服务器提供的同源模建有两种工作模式：首选模式(First Approach mode)和项目模式(Project mode)。本实例以RGDV P8蛋白为研究对象采用首选模式进行同源模建。图1 SWISS-MODEL 的主界面操作流程如下： 1.选择模式单击左侧的“MENU ”菜单下方的“First Approach mode ”，右侧窗口自动SWISS-MODEL 工作窗口，在相应文本框中分别输入的E-mail 、项目标题、待模建的蛋白质序列，SWISS-MODEL 支持以FASTA 格式直接输入或提交UniProt 的登录号，如图2所示。《生物信息学分析实践》样稿

图2 SWISS-MODEL 的序列提交页面 2.参数设置当前版本只有一个选项可设置，如果用户需要使用指定的模板，可在“Use a specific template ”后的输入框填入ExPDB 晶体图像数据库中的模板代码，其格式为“PDBCODE+ChainID ”，如“1uf2P ”。本例不使用指定模板，默认留空。完毕，点击“Submit Modeling Request ”提交模建请求，服务器返回提交成功的提示，如图3所示：图3 成功提交 SWISS-MODEL WORKSPACEW 页面会自动刷新，直至模建完成，如图4所示，同时模建结果也会发送到指定的邮箱。 3结果解读点击下图右上方的“Print/Save this page as ”后的图标，可以将整个结果以PDF 文档格式保存到本地计算机中。模建结果给出了五个部分的信息：模建详情(Model Details)、比对信息(Alignment)、模建评价 (Anolea/Gromos/Verify3D)、模建日志(Modelling log)、模板选择日志(Template Selection Log)。《生物信息学分析实践》样稿

【高中生物】功能基因的克隆及生物信息学分析

（生物科技行业）功能基因的克隆及生物信息学分析

功能基因的克隆及其生物信息学分析摘要：随着多种生物全基因组序列的获得，基因组研究正从结构基因组学（structuralgenomics）转向功能基因组学(functionalgenomics)的整体研究。功能基因组学利用结构基因组学研究获得的大量数据与信息评价基因功能(包括生化功能、细胞功能、发育功能、适应功能等)，其主要手段结合了高通量的大规模的实验方法、统计和计算机分析技术[1]，它代表了基因分析的新阶段，已成为21世纪国际生命科学研究的前沿。功能基因组学是利用基因组测序获得的信息和产物，发展和应用新的实验手段，通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能，使生物学研究从对单一基因或蛋白的研究转向多个基因或蛋白同时进行系统的研究，是在基因组静态的组成序列基础上转入对基因组动态的生物学功能学研究[2]。如何研究功能基因，也成为我们面临的一个课题，本文就克隆和生物信息学分析在研究功能基因方面的应用做一个简要的阐述。关键词：功能基因、克隆、生物信息学分析。 1.功能基因的克隆 1.1图位克隆方法图位克隆又称定位克隆，它是根据目标基因在染色体上确切位置，寻找与其紧密连锁的分子标记，筛选BCA克隆，通过染色体步移法逐步逼近目的基因区域，根据测序结果或用BAC、YAC克隆筛选cDNA表达文库寻找候选基因，得到候选基因后再确定目标基因。优点是无需掌握基因产物的任何信息，从突变体开始，逐步找到基因，最后证实该基因就是造成突变的原因。通过图位克隆许多

控制质量性状的单基因得以克隆，最近也有报道某些控制数量性状的主效基因（控制蕃茄果实大小的基因克隆[3]、控制水稻成熟后稻谷脱落基因克隆[4]以及小麦VRN2基因克隆[5]等）也通过图位克隆法获得。 1.2同源序列克隆目的基因首先根据已知的基因序列设计PCR引物，在已知材料中扩增到该片段，并经克隆测序验证，利用放射性同位素标记或其他非同位素标记该PCR片段作为探针，与待研究材料的cDNA文库杂交，就可以获得该基因cDNA克隆，利用克隆进一步筛选基因组文库，挑选阳性克隆，亚克隆并测序，从中就可以筛选到该基因的完整序列。 1.3结合连锁和连锁不平衡的分析方法结合连锁和连锁不平衡的分析方法是未知基因克隆研究领域发展的新方向[6]。(Linkagedisequilibrium,LD)。与连锁分析不同,连锁不平衡分析可以利用自然群体中历史发生的重组事件。历史上发生的重组使连锁的标记渐渐分布到不同的同源染色体上,这样就只有相隔很近的标记才能不被重组掉,从而形成大小不同的单倍型片段(Haplotypeblock)。这样经过很多世代的重组,只有相隔很近的基因,才能仍处在相同的原始单倍型片段上,基因间的连锁不平衡才能依然存在。所以基于连锁不平衡分析,可以实现目的基因的精细定位。林木大多为自由授粉的异交物种,所以连锁不平衡程度很低,林木基因组中的LD可能会仅局限于非常小的区域,这就为目的基因的精细定位提供了可能,结合SNP检测技术,科学家甚至可以将效应位点直接与单个的核苷酸突变关联起来,进行数量性状寡核苷酸

园林植物造景及艺术分析

园林植物造景及艺术分析摘要：园林是城市中的“绿洲”和环境优美的休憩空间。它不仅为城市居民提供了休息娱乐活动的场所，而且对人们了解社会，认识自然，享受现代都市文明成为可能。完美的园林植物景观塑造必须具备科学性和艺术性两方面的高度统一：既要满足植物与环境的生态适应性，又要通过艺术手法，创造出植物个体及群体的形式美以及欣赏时所产生的意境美。关键词：园林植物造景艺术分析 1、引言城市化是20世纪人类社会最引人注目的问题之一，现在全球人口约30亿人生活在城市地区。有资料表明，目前我国城市人口占全国人口总数近30%。由于城市化快速发展带来的一系列生态环境问题，不仅使得人们意识到植物不仅具有环境资源价值，如改善小气候，保持水土，降低噪音，吸收和分解污染物的基本功能，而且还看到了它的美化和观赏等作用。植物配置形成的人工自然植物群落，在很大程度上能够改善城市生态环境，提高居民生活质量，并为野生生物提供适宜的栖息场所。因此尊重自然植物群落的生长规律和保护生物多样性是如今植物配置设计的必然准则。 2、植物造景植物景观，主要指由于自然界的植被、植物群落、植物个体所表现的形象，通过人们的感官传递到大脑皮层，产生一种实在的美的感受和联想，植物景观一词也包括人工的即运用植物题材来创作的景观[1]。植物造景，指利用乔木、灌木、藤木、草本植物来创造景观，并发挥植物的形体、线条、色彩等自然美，配置成一幅幅美丽动人的画面，供人们欣赏[2]。其主要特点是强调植物景观的视觉效应，其植物造景定义中的“景观”一词也主要是针对视觉景观而言的。随着生态园林的深入和发展以及景观生态学、全球生态学等多学科的引入，植物景观的内含也随着景观的范围不断扩展的。植物造景不在仅仅是利用植物来营造视觉艺术效果的景观，它还包含着生态上的景观、文化上的景观甚至更深更广的含义。植物造景的发展不能仅仅停留在概念提出的那个年代，而应随着时代的发展不断发展，尤其是随生态园林的不断发展而发展。园林美是园林设计师对生活，自然的审美意识和优美的原谅形式的有机统一，是自然美，艺术美和社会美的高度融合。园林美源于自然，又高于自然，是大自然造化的典型概观，是自然美的再现[3] 科学的植物造景除了满足植物的生理生态、场地功能、视觉景观等需求外，还必须对植物造景的效果进行预见。植物景观是活体景观，随植物生长而发展变化的景观，对植物栽植施工后的景观变化及养护管理的考虑是植物造景的特色。 3、园林植物的观赏特性园林植物的美主要表现在色彩，形态，芳香及其他等方面，通过叶，花，果，枝，干，根等观赏器官，以体量，冠型，色彩等观赏要素为载体，给人以现实的直观感觉。 3.1 园林植物的色彩 3.1.1 叶色

生物信息学概论

2013/5/23
生物信息学概论
2013-5
提纲
1. 发展简史 2. 主要研究领域 3. 软件和工具
1. 发展简史
1946年 1946 年
美国生产出第一台全自动电子数字计算机“埃尼阿克”
1

2013/5/23
1. 发展简史
1955年 1955 年
Frederick Sanger determined the complete amino acid sequence of insulin in 1955 and earned him his first Nobel prize in Chemistry in 1958.
1. 发展简史
1965年 1965 年
The first Atlas of Protein Sequence and Structure contained sequence information on 65 proteins.
Dr. Margaret Oakley Dayhoff (1925-1983) was a pioneer in the use of computers in chemistry and biology, beginning with her PhD thesis project in 1948. Her work was multi-disciplinary, and used her knowledge of chemistry, mathematics, biology and computer science to develop an entirely new field. She is credited today as a founder of the field of Bioinformatics.
1. 发展简史
1965年 1965 年
First use of molecular sequences for evolutionary studies
One of the founding fathers of the field of molecular evolution
Zuckerkandl, E. and Pauling, L. (1965). "Molecules as documents of evolutionary history." Journal of theoretical biology 8(2): 357.
2

蛋白质组学生物信息学分析介绍

生物信息学分析FAQ CHAPTER ONE ABOUT GENE ONTOLOGY ANNOTATION (3) 什么是GO？ (3) GO和KEGG注释之前，为什么要先进行序列比对（BLAST）？ (3) GO注释的意义？ (3) GO和GOslim的区别 (4) 为什么有些蛋白没有GO注释信息？ (4) 为什么GO Level 2的统计饼图里蛋白数目和差异蛋白总数不一致？ (4) 什么是差异蛋白的功能富集分析&WHY？ (4) GO注释结果文件解析 (5) Sheet TopBlastHits (5) Sheet protein2GO/protein2GOslim (5) Sheet BP/MF/CC (6) Sheet Level2_BP/Level2_MF/Level2_CC (6) CHAPTER TWO ABOUT KEGG PATHWAY ANNOTATION (7) WHY KEGG pathway annotation? (7) KEGG通路注释的方法&流程？ (7) KEGG通路注释的意义？ (7) 为什么有些蛋白没有KEGG通路注释信息？ (8) 什么是差异蛋白的通路富集分析&WHY？ (8) KEGG注释结果文件解析 (8) Sheet query2map (8) Sheet map2query (9) Sheet TopMapStat (9) CHAPTER THREE ABOUT FEATURE SELECTION & CLUSTERING (10) WHY Feature Selection? (10)

聚类分析（Clustering） (10) 聚类结果文件解析 (10) CHAPTER FOUR ABOUT PROTEIN-PROTEIN INTERACTION NETWORK (12) 蛋白质相互作用网络分析的意义 (12) 蛋白质相互作用 VS生物学通路？ (12) 蛋白质相互作用网络分析结果文件解析 (12)

浅析园林景观设计中的植物造景

浅析园林景观设计中的植物造景发表时间：2016-10-24T16:00:34.210Z 来源：《基层建设》2015年32期作者：韩峰 [导读] 摘要：园林景观设计的植物造景本身是比较复杂的，也是综合性很强的一门学科。园林植物是重要要素，是生命要素，赋予植物本身一种美，整体景观就有一种生命之美，这是硬质景观所不能替代的。正因为它的生命之美，所以应该用可持续、生态化的理念引导规划设计者用不同的造景手法营造园林意境，做出自身特色。南京林业大学工程规划设计院有限公司江苏省南京市 210037 摘要：园林景观设计的植物造景本身是比较复杂的，也是综合性很强的一门学科。园林植物是重要要素，是生命要素，赋予植物本身一种美，整体景观就有一种生命之美，这是硬质景观所不能替代的。正因为它的生命之美，所以应该用可持续、生态化的理念引导规划设计者用不同的造景手法营造园林意境，做出自身特色。关键词：景观设计；植物造景；作用；艺术；原则前言随着城市建设步伐加快及国民生活水平的提高，人们对生活周边的环境要求也在不断提高，人们向往自然，追求丰富多彩、变化无穷的植物美，于是，创造自然的植物景观已成为新的潮流。植物景观除了供人们欣赏自然美外，人们更为重视的是植物所产生的生态效应。因此，植物设计在环境景观设计中占据了越来越重要的位置。植物造景通过人工设计、栽植、养护等手段，使植物群落或单个植物个体在形态、色彩、线条、造型上给人们一种美的视觉感受或联想，即通过将观赏植物进行合理的搭配种植、造型等创造出特定的景观。植物造景不仅可以美化环境调节人们生理和心理方面感受，还能起到分隔空间达到步移景异的景观效果。 1植物在园林景观设计中的作用园林景观设计是在传统园林理论的基础上，具有建筑、植物、美学、文学等相关专业知识的人士对自然环境进行有意识改造的思维过程和筹划策略。 1．1园林景观设计具体的讲，就是在一定的地域范围内，运用园林艺术和工程技术手段，通过改造地形、种植植物、营造建筑和布置园路等途径创造美的自然环境和生活、游憩境域的过程。通过景观设计，使环境具有美学欣赏价值，日常使用的功能，并能保证生态可持续性发展。在一定程度上，体现了当时人类文明的程度和价值取向及设计者个人的审美观念。园林景观设计比较宽广，在规划及设计中对景观因素的考虑，通常分为硬景观和软景观。 1．2中国古典园林中国古典园林有着丰富的内涵和独特的艺术构思，她那出神入化的造园风格，曾让世人叹为观止。在中国古典园林中，园林主人都会采用不同的手法造景就成为必然。但是利用自然与自然为一体是设计师最高追求的境界。所谓“外师造化中得心源”，“境生于象外”都说明了自然物的作用，主要是诱发人的意境美感，在园林中自然景色不过是宇宙感，历史感和人生感的寄托，山水花木主要起“比”，“兴”作用，无须强求模山范水，而可以满足于象征性的点缀。 1．3植物在环境景观中的造景作用园林景观主要是体现在植物上，应用乔木、灌木、藤本及草本植物来创造景观，充分发挥植物本身形体、线条、色彩等自然美，配植成一幅幅美丽的图画。所以园林景观的设计离不开植物的点缀和映衬，这些植物不仅可以增加园林的艺术效果，对环境也有很大的作用。 2植物造景的概念植物造景就是应用乔木、灌木、藤本及草本植物来创造景观，充分发挥植物本身形体、线条。色彩等自然美，配植成一幅幅美丽动人的画面，供人们观赏。对植物景观的欣赏，具有不同的爱好和观点。不同的现场以及需要产生的效果使得植物造景的多样性日益突出，体现植物特色的同时也服从人们的意志。当然，在总体布局上，一些规则式的植物景观与规则式建筑的线条、外形、乃至体量较协调一致，有很高的人工美的艺术价值。规则式的植物景观具有庄严、肃穆的气氛，常给人以雄伟的气魄感，另一种则是自然式的植物景观。模拟自按然森林、草原、草甸、沼泽等景观及农村田园风光，结合地形、水体、道路来组织植物景观。体现植物自然的个体美及群体美，从宏观钠季相变化到枝、叶。花、果、刺等细致的欣赏。自然式的植物景观容易体现宁静、深遥、活泼的气氛。 3植物造景的艺术原则为了使景观设计产生更好的效果，更富有美感，我们在设计选取植物时不能随心所意的，应遵循一些原则： 3．1色彩相宜的原则植物配植时应做到色彩相宜，即花木的颜色应与周围环境、地理位置、生态条件、场景气氛等相协调，要能通过花木的色彩，形态等来衬托气氛，突出主题，创造意境，只有做到色彩协调相宜，使人置身其中感到舒适，亲和而放松，才能给人以美的感受，此外，在花木配置时还应同时考虑不同色彩给人的感受。比如常见的可使环境色彩丰富的乔木有银杏、红叶羽毛枫、紫薇、紫丁香、樱花、榔榆等。常见的可使环境色彩丰富的灌木有：月季、南天竹、紫玉兰等。常见的可使环境色彩丰富的草花有：射香兰、风信子、香豌豆、秋百合、蔷薇、旱金莲、长萼水仙、秋英等。 3．2季相相宜的原则植物造景时，应考虑树木花卉的季相特点，使小区环境景观季季有景，要了解不同树木花卉的生长同期，以及因季节物候的变化而变化的色、形、姿态等方面的变化，延长观赏期。 3．3因景制宜的原则不同的景观主题采用不同的植物和花卉以及不同的配置方法。比如，松伯等到一些植物常用在比较严肃的地方如烈土暮园等。因此，植物的种植需考虑到不同地方人们风土人情的喜好和忌讳以及造景的目的，功效等人为因素，其次，无论是群植还是孤植，对植还是行植以及篱植，都要因景观主题的需要而选择不同的配置方式。 3．4位置相宜的原则植物造景的每一处基地都会有地势高低，土壤干燥或潮湿，地面空旷而阳光充足或隐蔽而光照不足四周郁闭而通风不畅或周边开阔而

生物信息学分析

生物信息学分析生物信息学难吗？经常有人向我问这个问题，这有什么疑问吗？如果不难学，根本就不用问我这个问题。也无需投入那么多时间精力就能掌握，更无需花费三四千元参加线下的培训班，也不会月薪过万。所以，答案很肯定，道理很简单：生物信息比较难学。为什么难学？我总结里几点原因。首先，这是一个交叉学科，要求你既要有生物学的基础，又要有很强的计算机操作技能。这个就有点困难了。因为只是一个生物学就包括多个门类，有很多东西需要去学习，还需要学习计算机知识。很多人一门内容还没学明白，现在还得在加一门，这就属于祸不单行，雪上加霜，屋漏偏逢连夜雨。因此，这种既懂生物学，又懂计算机的复合型人才就比较短缺。而且，生物信息本质上属于数据挖掘，除了生物，计算机，到后面还需要极强的统计学知识才能做好数据分析，所以，还得加上统计学，也就是生物信息学=生物学+计算机科学+统计学三门学科的知识，这也就是为什么生物信息学比较难学。第二个原因，生物信息本身就包括很多内容，比如DNA的分析，RNA的分析，甲基化的分析，蛋白质的分析等方面，每一

门类又完全不同，从物种方面来分，动物，植物，微生物，医学等有差别很大，很难有一劳永逸，放之四海而皆准的分析方法。第三个原因就是生物信息是一门快速发展的学习，会出现很多新的测序方法，比如sanger测序，illumina，BGIseq，PacBio，IonTorrent，Nanopore等，每一个平台技术原理完全不同，因此数据特点也完全不同，这就需要针对每一个平台的数据做专门的学习，而且每个平台又在不断的推陈出现，可能今天你刚开发好的方法，产品升级了，都得推倒重来。还有很多新的技术，例如现在比较火的单细胞测序，Hi-C测序，Bionano测序等等内容，以后还出现更多新技术新方法，足够让你活到老，学到老。当然，你先要能活到老，吾生也有涯，而知也无涯。以有涯随无涯，殆已！高风险才有高收益当然啦，虽然你已经看到学习生物信息肯定是不容易了，门槛很高，但是呢，门槛高也有很多好处，就是挡住了一部分人，当你学会了，迈过门槛，你的身价就提高了。如果人人都很容易掌握了，那么也就不值钱了。所以，生物信息，前途是光明的，道路是曲折的。

植物造景分析

园林植物种植设计内容：园林植物种植设计的艺术手法：园林种植设计中有许多应用手法和原则，但绝大多数下不能孤立地运用某一种处理手法，而是要紧密地结合项目环境、建筑造型、功能特点以及总体构图和透视色彩效果等统一考虑。在园林种植设计中常用的艺术手法有： 1、均衡我们总是下意识地在看到的景物中寻找平衡。在植物配置中都存在着虚实或真实的轴线，当群植的植物分布于轴线两侧时，平衡和稳定是十分重要的。均衡就是一种量的均衡感，而将这种平衡将轴线两侧的竞争力协调一致，达到一种视觉上的稳定。

简洁园林植物种植设计的简洁不是指视觉效果上的简单和单调，而是设计中所必需的控制性和适宜度，以期能形成一种长久性的美感，体现出“简洁即是美”的真谛。对比对比的手法在植物配置中应用较多，又可分为色彩对比、形态对比、体量对比以及质感对比等。对比的效果由对比的强弱来体现，实质上也是一种相互的衬托，突出彼此的个性。但是盲目使用对比，可能会造成混乱的视觉，所以应用时要服务于整体效果。

韵律及节奏韵律是一种规则或不规则的间歇式重现，而重复出现其中的空间距离就是节奏。

统一园林中的种植设计都有其中心，即主题。种植设计中的各种手段，从植物种类的选择，到植物配植方式的运用以及后期的养护管理，都统一这一主题中。但统一并不是无变化的，应有主有次，宾主分明，在植物配置上主要是指色彩的变化统一和植物种类的变化统一。 7、重复这是指在植物种植设计时，某些植物材料以相同或相似的外形、质地或颜色反复出现，或者通过将相似物体放在一起，来增强景观的节奏感。

主次和多样性突出主次关系，也就是要突出重点，强调重要的特征。可通过强化种植中主要成分的主导性和次要成分的从属性来实现。这也是植物混合配植中常用的方法，体现出秩序与多而不乱的造景效果，使主与辅有机地结合，营造有序而主题分明的景观效果。

南京园林常见植物配置表综述

南京园林常见的植物配置表南京园林植物造景特点摘要：以南京市几个纪念性公园、自然式公园、代表性高校及主要街道绿化的植物配置和造景为分析对象，从植物配置的科学性和艺术性两方面出发，综合叙述了南京园林植物造景特色，同时针对现有情况，对一些不足之处提出相应改进意见。关键词：南京；园林植物；植物遣景完美的景观设计必须是科学性与艺术性两个方面的高度统一，既满足植物对生态环境的要求，又通过艺术构图原理，体现植物个体、群体的形式美及人们在欣赏时所产生的意境美。本文以南京市的植物造景特色为例，加以讨论。1 南京园林植物造景特色1．1植物造景的科学性1．1．1采用大量乡土树种及生长良好的外来树种南京地处北亚热带，有大量性状优良的乡土树种。南京园林就地取材，应用了大量的乡土树种，符合树种的生物学特性和生态习性；乡土树种的大量运用，节省了成本和养护费用，充分体现了科学性与经济性的统一。南京园林应用的常见乡土树种列于下。(1)常绿乔木及灌木树种：圆柏、粗榧、罗汉松、广玉兰、含笑、樟树、枇杷、椤木石楠、石楠、蚊母树、锦熟黄杨、雀舌黄杨、苦槠、青冈栎、石栎、海桐、冬青、胡颓子、桂花、女贞、六月雪等。(2)落叶开花乔木及色叶树种：白玉兰、银杏、水杉、合欢、山茱萸、灯台树、四照花、枫香、毛白杨、小叶杨、垂柳、枫杨、麻栎、白栎、槲栎、榆类、朴类、构树、杜仲、梧桐、乌桕、卫矛、丝棉木、枣、臭椿、无患子、黄山栾树、黄连木、五角枫、元宝枫、鸡爪槭、红枫、羽毛枫、小檗属、朱砂根、紫金牛、南天竹等。(3)花灌木：月季、木香、棣棠、火棘、海棠、梅、蜡梅、杏、紫荆、红瑞木(冬天观红果)、锦带花、海仙花、天目琼花、蝴蝶绣球、结香、山茶、杜鹃、金钟连翘、八仙花、金银木、金丝桃、紫薇、栀子花等。(4)林下耐荫地被：箬竹、水栀子、络石、石菖蒲、萱草、二月兰、紫萼、玉簪、垂盆草等。(5)爬藤类：紫藤、

园林植物造景分析

XXXX大学地理与生物科学学院《园林植物造景》XXX(地方)植物造景分析姓名:XXX 学号：XXXXXXXXX 年级专业：20XX级园林指导老师：XXX教授 2017年4月9日

一、大学校园环境对于学生学习生活的意义。大学校园是一群朝气蓬勃、思想活跃的年轻人学习、生活的场所，这些年轻人将在这个空间里度过他们的身体和思想成长中最为剧烈的时期，可能四年或者更长的时间。这个园区的每一幢建筑、每一个雕塑、每一个花坛、每一颗树木都可能让他们驻步，让他们在以后很长的时间里仍记忆犹新。环境艺术的核心应该是生活艺术，美化环境，最大程度上是美化生活。大学校园环境是师生们的露天“起居室”，从课间休息，室外阅读，到聚合交往、散步休息等等都与之息息相关。时代的发展，大学生的身心发展更加活跃，比以往的大学生更渴望人际交流，更需要广阔的自然空间，而这些空间很大一部分是在建筑空间以外，校园内的小树林，林荫路，池塘边，往往是学生停留的地方，或交谈，或散步，或静静的看书。课堂上的学习只是人生接受教育的一个方面，校园环境对培养大学生的修养、情操、品德更是不可缺少的要素，校园环境就是学生的第二课堂。良好的植物景观对于大学生而言不仅带来的是感官上的美的享受，更能达到环境教育的目的。以下即对xxx(地方)内各高校校园内植物造景做简要分析。二、植物造景具体分析。 1、多样统一原则：在色彩线条形成风格，等方面都有一定

程度的相似性或一致性，给人以统一的感觉。这种风格比较踏实稳重，不会给别人突兀的感觉，尤其在一些僻静、人烟相对稀少的环境或者山坡、断崖边应用更加符合周围的环境特点。图一（左）图二（右） 2、对比与调和原则：颜色、形状、体量、软硬、线条等对比在xxx(地方)植物造景中应用尤为广泛。体量上的对比与调和在各种植物中，有的体量上的很大差别。可取得不同的景观效果。运用色彩的调和，则可获得宁静稳定与舒适优美的环境，从感官上带给人们新鲜奇特的感觉，多彩缤纷的颜色也符合人们的审美要求。在植物造景时，往往结合周围的环境建筑，通过构造植物不同的线条以及利用植物（大多为草本）的“软”与建筑的“硬”也形成对比，使周围环境均衡协调，不显突兀。

校园植物造景分析

1南京林业大学本科毕业设计（论文）题目：南京师范大学校园植物造景分析学院：专业：园艺学号：学生姓名：指导教师：职称：二O一二年五月十七日

南京师范大学校园植物造景分析摘要：本文通过对南京师范大学校园植物景观案例的综合分析，了解高校校园绿化植物造景概况，调查南京师范大学植物配置情况。拍摄研究区域植物特点，结合实地的调查研究，对南京师范大学的植物种类及组成进行分析。调查南京师范大学校园内植物调查南京师范大学校园植物群落。综合调查研究结果表明：（1）南京师范大学随园校区共有植物46科124种，其中乔木63种，灌木44，草本17种。其中乔木种中水杉、雪松、悬铃木为应用频率较高植物；灌木种中大叶黄杨、红花继木、海桐、杜鹃为应用频率较高植物；地被植物种中鸢尾、麦冬、高羊茅、白三叶草为应用频率较高植物。（2）南京师范大学随园校区植物主要造景方式为规整式，自然式为辅。乔木多列植、对植、孤植。灌木多为丛植呈带状，或修建为球状散植；在整体空间上植物群落以中轴线对称式为主。但局部景观排列较散乱，缺乏连续性。关键词：南京师范大学；植物造景；植物群落；植物组成

Nanjing Normal University campus Plant Landscaping analysis Abstract:In this paper, a comprehensive analysis of the case of Nanjing Normal University campus plant landscape, understand the overview of the college campus green plant landscaping, survey Nanjing Normal plant configuration. Shooting the study area, plant characteristics, combined with field research and analysis of plant species and composition of Nanjing Normal University. Plant communities investigating plant survey the campus of Nanjing Normal University, Nanjing Normal University campus. Comprehensive survey results show that: (1)124 kinds of Nanjing Normal University, with the Park campus a total of 46 plant families, including 63 kinds of trees, shrubs, 44, 17 kinds of herb. Tree species dawn redwood, cedar, sycamore application frequency higher plants; shrub species Euonymus japonicus, safflower Following the wood, Pittosporum, cuckoo application frequency higher plants; to Iris species, Ophiopogon, fescue, white clover for applied frequencies higher plants. (2)Nanjing Normal University, with the main landscaping of the park campus plant structured type, supplemented by natural style. Arbor multi-column plant, planting, solitary plant. Shrub clump planting strip, or the construction of the bulk plant for the ball; plant communities in the whole space, the main axis symmetric. Local landscape arranged in scattered, lack of continuity. Keywords:Nanjing Normal University; Plant Landscaping; Plant communities; Plant composition