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《生物信息学》练习题

《生物信息学》练习题
《生物信息学》练习题

1、在Genbank中查找以下6个植物蛋白序列:protein1:NP_974673.2; protein2: NP_187969.1; protein3: NP_190855.1; protein4: NP_565618.1; protein5: NP_200511.1; protein6: NP_191407.1 (以FASTA格式)。

(1)用EBI上的ClustalW2工具对其进行多序列比对,分析各蛋白序列之间的同源性。

序列比对结果

比对结果表明:protein1:NP_974673.2和protein4: NP_565618.1的亲缘关系最近。

(2)利用Phylip软件,选择距离法构建其进化树(要求写出具体的建树步骤)。

1.将蛋白序列保存为FASTA格式,存于txt文档;

2.用Clustalx打开txt文本,保存为*.phy文件;

3.用seqboot程序打开phy文件,输出结果文件*_seqboot

4.用protdist程序打开*_seqboot文件,输出为*_protdist文件

5. 用neighbor程序打开*_protdist文件,输出为*_neighbor文件

6. 用consense程序打开*_neighbor文件,输出为*_consense文件

7.用dratree程序打开*_consense文件得到进化树。

(注:由于seqboot软见无法正常运行,因此进化树无法显示)

(3)任意选取其中的一个蛋白进行蛋白质一级序列分析、二级结构预测及三维结构的模拟。

选择protein3: NP_190855.1

一级结构

网址:https://www.wendangku.net/doc/469180772.html,/tools/protparam.html

Number of amino acids: 456 氨基酸数目

Molecular weight: 51154.5 相对分子质量

Theoretical pI: 8.69 理论 pI 值

Amino acid composition 氨基酸组成

Ala (A) 30 6.6%

Arg (R) 28 6.1%

Asn (N) 15 3.3%

Asp (D) 27 5.9%

Cys (C) 5 1.1%

Gln (Q) 18 3.9%

Glu (E) 28 6.1%

Gly (G) 37 8.1%

His (H) 16 3.5%

Ile (I) 16 3.5%

Leu (L) 42 9.2%

Lys (K) 32 7.0%

Met (M) 5 1.1%

Phe (F) 17 3.7%

Pro (P) 16 3.5%

Ser (S) 46 10.1%

Thr (T) 21 4.6%

Trp (W) 8 1.8%

Tyr (Y) 19 4.2%

Val (V) 30 6.6%

Pyl (O) 0 0.0%

Sec (U) 0 0.0%

(B) 0 0.0%

(Z) 0 0.0%

(X) 0 0.0%

正/负电荷残基数

Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 55

Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 60

Atomic composition: 原子组成

Carbon C 2270

Hydrogen H 3531

Nitrogen N 645

Oxygen O 686

Sulfur S 10

Formula: C2270H3531N645O686S10 分子式

Total number of atoms: 7142 总原子数

Extinction coefficients: 消光系数

Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.

Ext. coefficient 72560

Abs 0.1% (=1 g/l) 1.418, assuming all pairs of Cys residues form cystines Ext. coefficient 72310

Abs 0.1% (=1 g/l) 1.414, assuming all Cys residues are reduced

Estimated half-life: 半衰期

The N-terminal of the sequence considered is M (Met).

The estimated half-life is: 30 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).

>20 hours (yeast, in vivo).

>10 hours (Escherichia coli, in vivo).

Instability index: 不稳定系数

The instability index (II) is computed to be 48.99

This classifies the protein as unstable.

Aliphatic index: 75.26 脂肪系数

Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.554 总平均亲水性

https://www.wendangku.net/doc/469180772.html,/tools/protscale.html

蛋白质亲疏水性分析

所用氨基酸标度信息

Ala: 1.800 Arg: -4.500 Asn: -3.500 Asp: -3.500 Cys: 2.500 Gln: -3.500 Glu: -3.500 Gly: -0.400 His: -3.200 Ile: 4.500 Leu: 3.800 Lys: -3.900 Met: 1.900 Phe: 2.800 Pro: -1.600 Ser: -0.800 Thr: -0.700 Trp: -0.900 Tyr: -1.300 Val: 4.200 : -3.500 : -3.500 : -0.490

分析所用参数信息

Weights for window positions 1,..,9, using linear weight variation model:

1 2 3 4 5 6 7 8 9

1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00

edge center edge

跨膜结构预测结果(没有跨膜结构)

信号肽分析:

二级结构预测

三级结构预测

网站https://www.wendangku.net/doc/469180772.html,/~phyre

2、在拟南芥基因组数据库中(https://www.wendangku.net/doc/469180772.html,/)查找编号分别为At4G33050, At3G13600,At3G52870或At2G26190基因,针对所查找的基因进行初步的生物信息学分析(每人任选其中一个基因)。(1)在基因全长序列中标识出5′UTR,exon,intron以及3′UTR等基因特征(具体到碱基数)。

登录网站https://www.wendangku.net/doc/469180772.html,/ ,输入登录号At3G52870,然后点击Search,结果:

(2)分别利用PLACE和PlantCARE工具对该基因的启动子(假设启动

子是ATG上游2000bp)进行分析,试比较分析的结果。PLACE分析

Place结果有以下3种呈现方式:

①grouped by signal

该结果没有显示启动子区的碱基序列,结果则是按照名字的首字母排序。

②mapped to sequence scan

③by sequence order

同grouped by signal 显示的结果相似,不过Factor or Site Name的序号由大到小排列。

Plantcare分析

网址http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

点击“Search for CARE”,进入,输入fasta格式的基因序列

PlantCARE不仅列出了“+”链和“-”链,且有颜色标示启动子区的各个顺式作用元件和反式作用因子。如下:

PlantCARE较PLACE更简洁方便,容易查找。且有function一项,说明这些元件在其结构中的作用。如下:

(3)预测该基因的功能,并在PubMed中查找一篇相关文献。

Gene Finding

(https://www.wendangku.net/doc/469180772.html,/berry.phtml)的Gene Finding工具在Softberry主页选择“Gene Finding in Eukaryota”类中的“FGENESH”

【微生物学期末考试题库】经典题目判断题

2020届微生物学期末考试经典题目 题库整理 判断题 1.内毒素是G-菌的外壁物质。( √ ) 2.抗生素的抗微生物效果一般低于消毒剂和防腐剂。( × ) 3.血球计数板可以检测酵母培养液中所有酵母细胞个数,而平板倾注法只能测定活细胞个 数。( √ ) 4.在细菌生长曲线中,稳定期的细胞数目处于稳定,是因为此期细胞不再增殖。( × ) 5.做固体培养基常加2%琼脂作凝固剂,做半固体培养基时,琼脂加入量通常是1%。( × ) 6.稀释平板测数时,细菌、放线菌、真菌的计数标准是选择每皿中菌落数在10-100个的 稀释度进行计数。( × ) 7.细菌中紫外线引起的突变是由于相邻鸟嘌呤分子彼此结合而形成二聚体的突变。( × ) 8.大肠杆菌和枯草芽孢杆菌属于单细胞生物,唾液链球菌和金黄色葡萄球菌属于多细胞生 物。( × ) 9.自发突变是指那些实验室中由于加入诱变剂所发生的突变。( × ) 10.内生菌根的真菌可进入根的皮层间隙和细胞内部,在根外较少,不形成菌套。( √ ) 11.英国科学家罗伯特?虎克在观察标本中观察到了一段线状的细菌。( × ) 12.所有的微生物都能利用氨态氮作为氮源。( × ) 13.发酵是微生物以无机物作为最终的电子受体的生物氧化过程。( × ) 14.蓝细菌是好氧细菌,通过糖酵解过程,利用光能产生它们的糖类。( × ) 15.固氮酶只有在严格厌氧条件下才有活性,所以固氮菌均为厌氧菌。( × ) 16.Hfr菌株与F-菌株接合后会使F-菌株转性变为F+菌株。( × ) 17.Parastism是指一种微生物生活在另一生物体表面或体内并对后者产生危害作用的现象。 ( × ) 18.大肠杆菌存在与否常作为判断水源是否被粪便污染的一个重要指标。在鉴定该菌时V.P (V oges Proskauer)实验和M.R (Methyl Red)实验结果应该是,前者为阳性,后者为阴性。 ( × ) 19.在培养根瘤菌时常加1/200000的结晶紫抑制G+细菌的生长。( √ ) 20.所有的原核微生物都具有鞭毛。( × ) 21.真菌中除环状质粒外还有线状质粒存在。( √ ) 22.在没有高压蒸汽灭菌设备情况下,不可能进行培养基质的彻底灭菌。( × ) 23.烟草花叶病毒的2130个壳粒反向缠绕成杆状病毒粒子。( × ) 24.促进扩散是微生物吸收营养物质的主要机制,通过特异性载体蛋白可将营养物质进行逆 浓度梯度运行。( × )

五年级语文课内阅读练习

五年级语文课内阅读练习 一根据所学内容填空 第六组课文的主题是。《地震中的父与子》故事发生在(地名),课文以()人称的口吻,按照()的顺序,记述了一位父亲冒着生命危险在地震中救出儿子的故事。父亲经常对儿子说 ,这是父亲对儿子 的,也是儿子在恐惧和黑暗中信心和力量的源泉。赞扬了 ()。 《慈母情深》的作者是当代著名作家。课文以()人称的口吻,按照()的顺序,通过描写母亲的()()和()展示了“慈母”的高大形象。 二、语句收集 1.描写人物外貌的句子: 2.描写人物动作的句子: 3.描写人物语言的句子: 三用修改符号修改 1、大厅里摆满了看演出的观众。 2、校园里生满了白的、红的、黄的等五颜六色的花。 3、我站在操场上,仔细地看着练习身体的同学们。 4、我们班取得了竞赛第一名,大家的心里露出了胜利的喜悦。 5、小组讨论会上,大家的发言很猛烈。 6、异口同声地说:“赞成!” 7、在老师的教育下,他明确了学习态度。 8、我爱看《小蜜蜂》、《小溪流》、《小学生学习报》等课外书。 9、改革开放以后,人们的生活越来越富强。 10、春天的景色我觉得十分美丽。

课内文段(10分)(一)我______地把握住生活的_____,使它不被哪一股风刮倒。我从心底里知道,“_______”也好,“_______”也好,这两个极端的______有一个共同的出发点——那就是爱。在爱的_____下,我努力地向前______。(3分) 1 完成文段。(4分) 2 片段选自《》,课文以()人称的口吻,按照()顺序描写了父母对我的爱。(2分) 3“哪一股风”指的是什么?(1分) _______________________________ 4破折号在这里起什么作用?(1分)_______________________________ 5你怎么理解“我谨慎地把握生活的小船,使它不被哪一股风刮倒”。(2分) ______________________________ _ 课内文段(10分)(二)儿子摇摇晃晃地走了。从他出门的那一分钟起,我就开始后悔。我想我一定是世上最狠心的母亲,在孩子有病的时候,不但不帮助他,还给他雪上加霜。我就是想锻炼他,也领着他一道去,一路上指点指点,让他先有个印象,以后再按图索骡(jì j ìn)。这样虽说可能留不下记忆的痕迹(jī jì),但来日方长,又何必在这病中这分分秒秒呢?时间艰涩(sè shè)地流动着,像沙漏坠入我忐忑不安的心房。两个小时过去了,儿子还没有回来。虽然我知道看病是件费时间的事,但我的心还是疼痛地收缩(suō suò)成一团。 1、将文中加点字的不正确的读音划去。(4分) 2、联系上下文,理解词语的意思。(2分) 雪上加霜:______________________________________ 按图索骥:______________________________________ 3、理解画“”句子的含义。(2分) _________________________________________________________ 4、用“—”画出文中描写母亲心理活动的句子,再写表达了母亲怎样的思想感情?(2分)_________________________________________________________

《纪念白求恩》阅读练习及答案

纪念白求恩练习题 ①白求恩同志毫不利己专门利人的精神,表现在他对工作的极端的负责任,对同志对人民的极端的热忱。②每个共产党员都要学习他。③不少的人对工作不负责任,拈轻怕重,把重担子推给人家,自己挑轻的。④一事当前,先替自己打算,然后再替别人打算。⑤出了一点力就觉得了不起,喜欢自吹,生怕人家不知道。⑥对同志对人民不是满腔热忱,而是冷冷清清,漠不关心,麻木不仁。⑦这种人其实不是共产党员,至少不能算一个纯粹的共产党员。 ⑧从前线回来的人说到白求恩,没有一个不佩服,没有一个不为他的精神所感动。⑨晋察冀边区的军民,凡亲身受过白求恩医生的治疗和亲眼看过白求恩医生的工作的,无不为之感动。⑩每一个共产党员,一定要学习白求恩同志的这种真正共产主义者的精神。 5.对上段文字的要点归纳正确的是() A.从前线回来的人都被白求恩的精神所感动。 B.指出不少自私自利的共产党员至少不能算真正的共产党员。 C.赞扬白求恩同志毫不利己专门利人的精神。 D.白求恩同志毫不利已专门利人的精神,表现在他对工作的极端的负责任,对同志对人民的极端的热忱。 6.对下面这句话理解不恰当的一项是() 这种人其实不是共产党员,至少不能算一个纯粹的共产党员。 A.“这种人”是指前文表述的“不少的人”。 B.“其实不是”、“至少不能算”、“纯粹”等词语的运用,使表达更严密。 C.前文列举了“不少的人”的四种表现,从而得出了这个结论。 D.严肃批评了“不少的人”,号召大家学习白求恩。 7.对选文理解错误的一项是() A.在叙述白求恩的情况时,有正面介绍,也有侧面介绍。 B.选文共分三个层次,正确的划分方法应是:①②③/④⑤⑥⑦/⑧⑨⑩。 C.选文采用了夹叙夹议的写法。 D.文中用了三个双重否定句,其作用是:强调白求恩的精神感人之深。 8.选文中用了“白求恩”、“白求恩同志”和“白求恩医生”三种称呼,如果改用同一种称呼好不好?下列分析最恰当的一项是() A.好。这样可以使行文简洁、明了。 B.好。因为称呼只不过是人的代号,只要大家明白就行。 C.不好。同一种称呼会使行文显得呆板。 D.不好。因为这段文字从不同角度介绍了白求恩,所以用词自然要讲究变化。 9.这段文字批判不少人对工作不负责任的态度,同白求恩同志_______ _鲜明对照;批判不少人对同志对人民冷冷清清、漠不关心、麻木不仁的态度,同白求恩同志______ __ 鲜明对照。这种正反对照的论证方法叫正反对比论证。 10.比较下面两个句子,从表达效果看,哪一句好些?为什么? 原句:从前线回来的人说到白求恩,没有一个不佩服,没有一个不为他的精神所感动。 改句:从前线回来的人说到白求恩,个个都佩服,个个都为他的精神所感动。 答:________________________________ ______________ 5.C 6.D 7.B 8.D 9.对工作极端负责任对同志对人民的极端热忱 10.原句好,原句用双重否定,语意更强烈,给人印象更鲜明、更深刻。

(完整word版)微生物学期末考试试题

(完整word版)微生物学期末考试试题 亲爱的读者: 本文内容由我和我的同事精心收集整理后编辑发布到文库,发布之前我们对文中内容进行详细的校对,但难免会有错误的地方,如果有错误的地方请您评论区留言,我们予以纠正,如果本文档对您有帮助,请您下载收藏以便随时调用。下面是本文详细内容。 最后最您生活愉快 ~O(∩_∩)O ~ 试题A总22页第1页

微生物学教程试卷A 一、名词解释(每小题4分,共5小题20分) 1.无菌技术在分离、转接及培养纯培养物时防止其被其他微生物污染,自身也不污染操作环境的技术称为无菌技术。 2.菌落固体培养基中,单个或少数细菌细胞生长繁殖后,会形成以母细胞为中心的一堆肉眼可见、有一定形态构造的子细胞集团是菌落 3.平板是被用于获得微生物纯培养的最常用的固体培养基形式,是冷却凝固后固体培养基在无菌培养皿中形成的培养基固体平面称作平板。 4.发酵发酵是指在无氧条件下,底物脱氢后产生的还原力[H]不经过呼吸链传递而直接交给某一内源氧化性中间代谢产物的一类低效产能反应。 5.培养基人工配制的、适合微生物生长、繁殖和产生代谢产物用的混合营养基质。 二、填空题(每空0.5分,共6小题12分) 旋形 试题A总22页第2页

4.根据营养物质在机体中生理功能的不同,可以将它们分 无机盐,生长因子,水 三、选择题(每小题1分,共10小题10分) 1. 产生假根是()的形态特征。 A.根霉 B.酵母菌 C.青霉 D.曲 霉 2.革兰氏阳性菌细胞壁特有成分是()。 A.蛋白质 B.肽聚糖 C.脂多糖 D.磷壁酸 3.微生物从糖酵解途径获得()ATP分子。 总22页第3页

五年级上册课内阅读练习题及参考答案

五年级上册课内阅读练习题及参考答案) 一、认真阅读《窃读记》第3、4自然段,完成以下练习。 1、在第三自然段中找出描写作者动作的词语写在横线上。跨、踮、挤 2、这两个自然段中一系列动作描写,突出“我”对读书(B)。 A、感到辛苦 B、如饥似渴 C、很是无奈 3、从这两个自然段中,找出文章的中心句,写在横线上。 我很快乐,也很惧怕——这种窃读的滋味! 4、“我像一匹饿狼,贪婪地读着。”这句话运用了(比喻)的修辞手法。 “贪婪”是指贪得无厌,没有满足的时候。作者把满怀读书渴望的“我”比作一匹饥饿的狼,写出了“我”强烈的求知欲,对读书的渴望。 二、认真阅读《窃读记》第7—10自然段,完成以下练习。 1、照样子,写词语。 依依不舍孜孜不倦、振振有词、彬彬有礼 舒舒服服整整齐齐、干干净净、随随便便 2、给下列带点字选择正确的读音。 支撑(chēn chēng)暂时(zàn zhàn)智慧(zìzhì) 3、“你们是吃饭长大的,也是读书长大的。”对这句话的正确理解是(B)。 A、一个人要读书、吃饭才能长身体。 B、一个人既需要粮食哺育身体,又需要读书来长智慧。一个是物质粮食,一个是精神粮食,二者缺一不可。 C、吃饭能使人长大,读书也能使人长大。 三、认真阅读《走遍天下书为侣》第5自然段,完成以下练习。 1、我会写出下列词语的反义词。 熟悉(陌生)喜爱(厌恶) 2、我会按要求改写句子。 (1)你不会因为熟悉家中的一切就弃家而去吧? 改为陈述句:你不会因为熟悉家中的一切就弃家而去。 (2)书是朋友。 扩句:丰富多彩的书是我最真挚的朋友。 3、在这个文段中作者把喜爱的书比作一个朋友和家。 4、作者把喜爱的书比作“家”的理由是什么? 答:作者把喜爱的书比作“家”的理由是:读自己喜爱的书,就是回到自己温暖而亲切的家。 四、认真阅读《走遍天下书为侣》第7、8自然段,完成以下练习。 1、出下列词语的近义词。 欣赏(赞赏)忽略(忽视)思考(思索) 2、读下面的句子,再根据自己读书的感受仿写句子。 一本你喜爱的书就是一位朋友,也是一处你随时想去就去的故地。 一本你喜爱的书就是一位良师,也是让你不断进步的阶梯。

生物信息学复习题及答案

生物信息学复习题 名词解释 1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。 (直系同源):指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列,它们具有相似的功能。 (旁系(并系)同源):指同一个物种中具有共同祖先,通过基因复制产生的一组基因,这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。 (异同源):通过横向转移,来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列,为异同源。 Score:The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。 6.点矩阵(dot matrix):构建一个二维矩阵,其X轴是一条序列,Y轴是另一个序列,然后在2个序列相同碱基的对应位置(x,y)加点,如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线,如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线;如果完全没有相似性则不能连成直线。 7. E值:得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列(query)相匹配的随机或无关序列的概率,E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小,也即相似性越能反映真实的生物学意义,E值越接近零,越不可能找到其他匹配序列。 值:得分为所要求的分值比对或更好的比对随机发生的概率。它是将观测得到的比对得分S,与同样长度和组成的随机序列作为查询序列进行数据库搜索进行比较得到的HSP(高分片段对)得分的期望分布联系起来计算的。通常使用低于来定义统计的显著性。P=1-e-E 9.打分矩阵(scoring matrix):在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论(如考虑核酸和氨基酸之间的类似性)和实际进化距离(如PAM)两类方法,是序列相似性分析的基础,其不同的选择将会出现不同的分析结果。 10.空位(gap):在序列比对时,由于序列长度不同,需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果,这样在其中一序列上产生中断现象,这些中断的位点称为空位。 :美国国家生物技术信息学中心,属于美国国立医学图书馆的一部分,具有BLAST, Entrez ,GenBank等工具,还具有PubMed文献数据库。另外还具有Genome, dbEST, dbGSS , dbSTS, MMDB, OMIM, UniGene, Taxonomy, RefSeq, etc. 序列格式:是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有大于号(>)开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件,其中大于号后可以跟上序列的相关信息,其他无特殊要求。 13genbank序列格式:是GenBank 数据库的基本信息单位,是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分:第一部分包含整个记录的信息(描述符);第二部分包含注释,主要包含生物功能或数据库信息;第三部分是feature,对序列的注释;第四部分是序列本身,以“统发生树(Phylogenetic tree )是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系,是一种亲缘分支分类方法。在树中,每个节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间)。是用来研究物种进化与多样性的基础,是相近物种相关生物学数据的来源。17.基因树与物种树:物种树反映一组物种进化历程的系统树,其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程,而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树,而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因

2019统编版七年级语文上册第四单元12纪念白求恩课后练习题

12 纪念白求恩 知能演练活用 夯基达标 1.下列加点字的注音完全正确的一项是( ) A.狭隘.(yì) 解.放(ji ě) 微. 不足道(w ēi) B.殉.职(xùn) 极端.(du ān) 拈. 轻怕重(zh ān) C.鄙薄. (b áo) 纯粹.(cu ì) 漠.不关心(m ò) D.热忱.(ch én) 派遣.(qi ǎn) 冷冷清.清(q īn ɡ) 2.下列句子中的加点成语使用有误的一项是( ) A.白求恩同志支持中国人民反法西斯斗争的事迹在中国家喻户晓.... 。 B.正是凭着这种对群众负责和对工作精益求精.... 的态度,十年来,她经手的三百余起案件,无一起错案。 C.有了乐于吃苦的理念和心态,就不会在工作中拈轻怕重.... 。 D.张先生如往常一样漠不关心.... 地上网核对前一天下午买的五注双色球机选号码。 3.在下面文段的横线上选填恰当的称呼。 从前线回来的人说到 ,没有一个不佩服,没有一个不为他的精神所感动。晋察冀边区的军民,凡亲身受过 的治疗和亲眼看过 的工作的,无不为之感动。每一个共产党员,一定要学习 的这种真正共产主义者的精神。 A.白求恩同志 B.白求恩 C.白求恩医生 4.下列有关各句的分析错误的一项是( ) A.一个外国人,毫无利己的动机,把中国人民的解放事业当作他自己的事业,这是什么精神?这是国际主义的精神,这是共产主义的精神,每一个中国共产党员都要学习这种精神。 分析:这个句子运用了反问的修辞手法。 B.没有一个不佩服,没有一个不为他的精神所感动。 分析:这个句子中“没有一个不”表达了肯定的意思。 C.对同志对人民不是满腔热忱,而是冷冷清清,漠不关心,麻木不仁。 分析:运用对比手法,严厉批评了“不少的人”,指出了向白求恩学习的必要性。 D.这就是我们的国际主义,这就是我们用以反对狭隘民族主义和狭隘爱国主义的国际主义。 分析:运用反复手法,突出表明“我们的国际主义”是“反对狭隘民族主义和狭隘爱国主义的”,是有着鲜明的针对性的。

微生物学期末考试试题答案

1.细菌特殊构造包括、、、等。(本题2分) 2.溶源性细胞在正常情况下有大约10 -5 细胞会发生现象,这是由于少数溶源细胞中的变成了的缘故。(本题分) 3.营养物质可以通过、、和四种方式进入细胞。(本题2分) 4.控制有害微生物措施中杀灭的方法有和,常用和方法,抑制的方法有和。(本题3分) 5.证明遗传物质的基础是核酸的三个著名的实验为、、。(本题分) 6.微生物基因重组的方式包括、_____、_____和。(本题2分) 1.纯培养是其中()的培养物。 A.只有一种微生物 B.只有细菌生长所需的一种营养物 C.除主要微生物外只有一种微生物 D.没有代谢废物 2.实验室常用的培养细菌的培养基是()。 $ A. 马铃薯培养基 B. 牛肉膏蛋白胨培养基 C.高氏一号培养基 D.麦芽汁培养基 3.己糖单磷酸支路和ED途径是进行()替换的一个机制。 A.微生物中DNA合成 B.光合生物中的光合作用 C.某些种类微生物中的能量代谢 D.化学渗透作用 4.微生物代谢中,硝酸盐和硫酸盐可作为电子受体是在()。 A.无酶时 B.无ATP时 C. 有细胞色素时 D. 无氧时 5.由于控制微生物的目的,灭菌一词指的是()。 A.除去病原微生物 B.降低微生物的数量 ? C.消灭所有的生物 D.只消灭体表的微生物 6.紫外线辐射主要作用于微生物的()。 A. 核酸 B.酶类 C. 糖类 D.细胞壁 7.青霉素族的抗生素主要用于抗()。 A.病毒 B.真菌 C.革兰氏阴性菌 D.革兰氏阳性菌 8.所有下述特征皆适合质粒,除了()之外。 A.它们是自我复制的DNA环 B.它们有10~50个基因 C.它们是细菌存活所必需的成分 D.它们是接合所必需的成分 9.接合时F因子进入受体细胞,受体细胞()。 A.经历裂解 B.快速繁殖 C.变成供体细胞 D.发育出线粒体 — 10.研究不同微生物群落及其环境之间的关系的是()。 A.微生物进化 B.微生物生态学 C.微生物生理学 D.微生物生物化学 四、判断题(每小题1分,共10小题10分)

人教版语文五年级下册课内阅读练习题

课内阅读练习题 学校-------------------------班级---------------姓名-----------------成绩---------------- 1、《草原》 1《草原》的作者是,原名,字,满族人,被称为。代表作有:等。我们曾经学过他写的。 本文表达方法上的特点: (1)作者按照叙述,先描写;再描写 作者,最后,以简明有力、含义丰富的。 (2)课文写景语言优美,善于 (3)三是,无论是描写自然风光还是主客相见、联欢、惜别,处处流露出作者的赞美之情。 2本文是作者第一次访问内蒙古大草原时的、、,赞美了和。 3文章按,描绘了:、、,通过这些画面,表现了草原的、和。 4草原的景:、;草原的人:, 5理解句子: 1〉“蒙汉情深何忍别,天涯碧草话斜阳!” 这句话的意思是: 。这句话是全文的。 2〉在天底下,一碧千里,而并不茫茫。 这句话是,写出了草原、的特点。 3〉在这境界里,连骏马和大牛都有时候静立不动,好像回味着草原的无限乐趣。 “回味”:。这里是骏马和大牛的天然牧场。在作家的眼中,草原的风光如诗如画,有着无限乐趣,因此连静立的牛马,都似乎被陶醉了,像人一样在享受和回味。这种的写法构成了情景交融的艺术境界,增强了草原风光的感染力。 3、《白杨》 1本文运用的写作手法,热情歌颂了, 。 2 理解句子: 1〉白杨树从来就这么直。哪儿需要它,它就在哪儿很快地生根发芽,长出粗壮的枝干。不管遇到风沙还是雨雪,不管遇到干旱还是洪水,它总是那么直,那么坚强,不软弱,也不动摇。 这句话,描述了白杨树的特点:,,,,歌颂了,、、。 2〉爸爸只是向孩子们介绍白杨树吗?不是的,他也在表白着自己的心。 表白:。 这是一个。爸爸以自勉,,勉励自己要像白杨一样扎根边疆,建设边疆。 3〉突然,他的嘴角又浮起一丝微笑,那是因为他看见火车前进方向的右面,在一棵高大的白杨树身边,几棵小树正迎着风沙成长起来。 “高大的白杨树”指;“几棵小树”指 1

生物信息学习题

一:名词解释 1.生物信息学 2.NCBI 3.PubMed 4.生物芯片 5.BLAST 6.UniProt 7.电子克隆 8.EMBL 二:填空题 1.基因芯片可以分为 2. 人类基因组全序列分析分两大步骤即制图和测序,并最终绘制出四张 图谱: 3. 分子系统发生分析主要分为三个步骤即 4. 国际上最主要的三大核酸序列数据库分别是 5. 蛋白质得分矩阵有 7. 文献是掌握科研进展的最直接方式,目前由NCBI维护的大型文献资源 是。 3. 用于核酸序列比对中常见的三种得分矩阵,分别为 4. 根据生物芯片探针分子类型的不同,可以将生物芯片哪三种, 5. 核酸序列分析所获得的信息主要有(举例说明四个) 6. 限制性酶切分析是分子生物学实验中的日常工作之一,这方面最好的

限制酶数据库是 三:选择题 1、如果试图确定一个新蛋白质序列属于哪一个蛋白质家族,或该序列 可能包含何种结构域或功能位点,应使用:() A: PROSITE数据库 B: DDBJ数据库 C: PIR数据库 D: PDB数据库 2、构建序列进化树的一般步骤不包括:() A:建立DNA文库 B:建立数据模型 C:建立取代模型 D:建立进化树3、BLAST教案所程序中,哪个方法是不存在的?() A:BLASTP B:BLASTN C:BLASTX D:BLASTQ 4. 以下常见的几个物种,哪一个目前还没有完成全基因组测序:()A: 茶树 B: 玉米 C: 水稻 D: 小鼠 5、向核酸序列数据库(GenBank/EMBL/DDBJ)提交数据,应该使用下面 哪个软件:()。 A: Blast B:Sequin C:SRS D:Swiss-Model 6、在蛋白质序列数据库中比较查询手头未知的蛋白质序列,应使用Blast中哪个具体的算法:()。 A:BLASTX B:tBLASTN C:BLASTP D:BLASTN 7、下列中属于一级蛋白质结构数据库的是:() A:EMBL B:DDBJ C:PDB D:SWISS-PROT 8、下面不属于SWISS-PROT蛋白质数据库的注释范畴的是:()A: 与其它蛋白质的相似性 B: 蛋白质的二级结构 C: 由于缺乏该蛋白质而引起的疾病 D: 核酸的功能描述 9、下列属于蛋白质二级结构预测的软件程序是() A: BLASTX B:SOPMA C:DNAstar D:GO

《纪念白求恩》阅读题

《纪念白求恩》阅读题 一、阅读下文,回答问题。 ①白求恩同志毫不利己专门利人的精神,表现在他对工作的极端的负责任,对同志对人民的极端的热忱。②每个共产党员都要学习他。③不少的人对工作不负责任,拈轻怕重,把重担子推给人家,自己挑轻的。④一事当前,先替自己打算,然后再替别人打算。⑤出了一点力就觉得了不起,喜欢自吹,生怕人家不知道。⑥对同志对人民不是满腔热忱,而是冷冷清清,漠不关心,麻木不仁。⑦这种人其实不是共产党员,至少不能算一个纯粹的共产党员。 ⑧从前线回来的人说到白求恩,没有一个不佩服,没有一个不为他的精神所感动。⑨晋察冀边区的军民,凡亲身受过白求恩医生的治疗和亲眼看过白求恩医生的工作的,无不为之感动。⑩每一个共产党员,一定要学习白求恩同志的这种真正共产主义者的精神。 1.对上段文字的要点归纳正确的是() A.从前线回来的人都被白求恩的精神所感动。 B.指出不少自私自利的共产党员至少不能算真正的共产党员。 C.赞扬白求恩同志毫不利己专门利人的精神。 D.白求恩同志毫不利已专门利人的精神,表现在他对工作的极端的负责任,对同志对人民的极端的热忱。 2.对下面这句话理解不恰当的一项是() 这种人其实不是共产党员,至少不能算一个纯粹的共产党员。 A.“这种人”是指前文表述的“不少的人”。 B.“其实不是”、“至少不能算”、“纯粹”等词语的运用,使表达更严密。 C.前文列举了“不少的人”的四种表现,从而得出了这个结论。 D.严肃批评了“不少的人”,号召大家学习白求恩。 3.对选文理解错误的一项是() A.在叙述白求恩的情况时,有正面介绍,也有侧面介绍。 B.选文共分三个层次,正确的划分方法应是:①②③/④⑤⑥⑦/⑧⑨⑩。 C.选文采用了夹叙夹议的写法。 D.文中用了三个双重否定句,其作用是:强调白求恩的精神感人之深。 4.选文中用了“白求恩”、“白求恩同志”和“白求恩医生”三种称呼,如果改用同一种称呼好不好?下列分析最恰当的一项是() A.好。这样可以使行文简洁、明了。 B.好。因为称呼只不过是人的代号,只要大家明白就行。 C.不好。同一种称呼会使行文显得呆板。 D.不好。因为这段文字从不同角度介绍了白求恩,所以用词自然要讲究变化。 5.这段文字批判不少人对工作不负责任的态度,同白求恩同志_______ _鲜明对照;批判不少人对同志对人民冷冷清清、漠不关心、麻木不仁的态度,同白求恩同志______ __ 鲜明对照。这种正反对照的论证方法叫正反对比论证。 6.比较下面两个句子,从表达效果看,哪一句好些?为什么? 原句:从前线回来的人说到白求恩,没有一个不佩服,没有一个不为他的精神所感动。

微生物学期末考试试题要点.doc

微生物学教程试卷A 一、名词解释(每小题4分,共5小题20分) 1.无菌技术在分离、转接及培养纯培养物时防止其被其他微生物污染,自身也不污染操作环境的技术称为无菌技术。 2.菌落固体培养基中,单个或少数细菌细胞生长繁殖后,会形成以母细胞为中心的一堆肉眼可见、有一定形态构造的子细胞集团是菌落 3.平板是被用于获得微生物纯培养的最常用的固体培养基形式,是冷却凝固后固体培养基在无菌培养皿中形成的培养基固体平面称作平板。 4.发酵发酵是指在无氧条件下,底物脱氢后产生的还原力[H]不经过呼吸链传递而直接交给某一内源氧化性中间代谢产物的一类低效产能反应。 5.培养基人工配制的、适合微生物生长、繁殖和产生代谢产物用的混合营养基质。 1. 产生假根是()的形态特征。 A.根霉 B.酵母菌 C.青霉 D.曲霉 2.革兰氏阳性菌细胞壁特有成分是()。 A.蛋白质 B.肽聚糖 C.脂多糖 D.磷壁酸 3.微生物从糖酵解途径获得()ATP分子。 A.2个 B.4个 C.36个 D.38个 4.处于对数生长期的细菌其特点是()。 A.生长缓慢 B.生长迅速 C.大多数死亡 D.繁殖代时长

5.深层穿刺接种细菌到试管半固体培养基中()。 A.可以观察细菌是否能运动 B.除去代谢废物的一个机会 C.增加氧气 D.增加钾和钠离子的数目 6.加压蒸汽灭菌锅灭菌参数是()。 A.100℃,30min B. 180℃,10min C. 121℃,20~30min D. 160℃,60min 7.霉菌适宜生长的pH范围为()。 A.<4.0 B.4.0-6.0 C.6.5-8.0 D.8.0 8.str R是()的一种菌株。 A.丙氨酸营养缺陷型菌株 B. 抗链霉素突变株 C.异亮氨酸营养缺陷型菌株 D. 抗庆大霉素突变株 9.微生物是生产以下食品时的一个重要因素,除了()之外。 A.酸菜 B. 朝鲜泡菜 C.纯牛奶 D.酸奶 10.苏云金孢杆菌作为()广泛用于现代生物学中。 A.乳酸菌 B.干酪和干酪产品的生产者 C.水系统的净化者 D. 生物杀虫剂 四、判断题(每小题1分,共10小题10分) 1.溶菌酶抑菌机理是抑制革兰氏阳性菌肽聚糖合成。(×) 2.在固体培养基中,琼脂的浓度一般为2%。(√) 3.ED途径是微生物所特有的底物脱氢途径。(√) 4.对于化能异样微生物来说,碳源可作为能源。(√) 5.高压蒸汽灭菌方法适用于一切物品和培养基的灭菌。(×) 6.微生物最适生长温度是一切生理过程中的最适温度。(×) 7.组成微生物细胞的化学元素来自微生物生长所需要的营养物质。(√) 8.原核生物只存在有性繁殖过程。(×) 9.自发突变具有不对应性和稀有性的特点。(√) 10.在可见光照下可以对微生物进行紫外线诱变而达到育种目的。(×) 五、简答题(共4小题28分) 1.革兰氏染色原理是什么? (本题10分) 答:G+ 菌:细胞壁厚,肽聚糖含量高,交联度大,当乙醇脱色时,肽聚糖因脱水而孔径缩小,故结晶紫-碘复合物被阻留在细胞内,细胞不能被酒精脱色,仍呈紫色。Gˉ菌:肽聚糖层薄,交联松散,乙醇脱色不能使其结构收缩,因其含脂量高,乙醇将脂溶解,缝隙加大,结晶紫-碘复合物溶出细胞壁,酒精将细胞脱色,细胞无色,沙黄复染后呈红色。 2.简答嗜盐菌产能方式及过程? (本题6分)

新人教版五年级语文下册课内阅读专项练习题

新人教版五年级语文下册课内阅读专项练习题 1. 课内阅读,完成练习。 在春天的深处,安静细细地感受着春光。许久,她张开手指,蝴蝶扑闪着翅膀飞走了,安静仰起头来张望。此刻安静的心上,一定划过一条美丽的孤线,蝴蝶在她八岁的人生划过一条极其优美的曲线,述说着飞翔的概念。 我没有惊动安静。谁都有生活的权利,谁都可以创造一个属于自己的缤纷世界。在这个清香袅袅的早晨,安静告诉我这样的道理。 (1)“袅”字用音序查字法,先查音序______,再查音节______。和“清香袅袅(ABCC)”一词结构相同的词语还有______、______。 (2)“张望”的本义是______,安静仰起头来“张望”,她仿佛看到了______ (3)“在这个清香袅袅的早晨,安静告诉我这样的道理。”中“这样的道理”是指______。 (4)联系全文想一想,你认为安静是个怎样的孩子? 2. 重点段落品析。 胡萝卜先生的胡子刚好在风里飘动着()这绳子够长了()就是不知道够不够牢固()小男孩说完就扯了扯胡子,他确定足够牢固,就剪了一段用来放风筝。 (1)找出小男孩说的话。 (2)在文中的括号中加上标点符号。 (3)这段话写了胡萝卜先生做的好事是: 3. 你觉得课文中作者描写的哪些地方最美?试着把你认为最美的地方画下来吧! 4. 阅读下文,回答问题。 拔萝卜 一天,小兔子来拔萝卜,它拔啊拔,就剩下一个大大的萝卜没有拔完,它就去拔那根大萝卜。可是它怎么拔也拔不上来,它急得转圈跑。小狗看见了,对它说:“我来帮你拔萝卜吧。”它们俩一起拔呀拔,还是拔不上来,这时候小熊来了,它们俩一起说:“小熊的力气大,你来帮我们拔萝卜吧。”小熊说:“好吧。”它们又一起拔啊拔,还是拔不出来,,最后小象来了,对它们说:“我来帮你们拔萝卜吧”。于是,小象就用长鼻子把一些萝卜叶子卷上,使劲拔。终于把大萝卜拔上来了。小兔高兴地说:“小狗,小熊,小象,谢谢你们帮我拔萝卜,我们晚上一起吃蜜汁大萝卜吧!” 到了晚上,小狗,小象,还有小熊都来了,小象先把大萝卜用鼻子卷到了桌子上,小狗负责把皮刮掉,小兔把大萝卜切开,小熊往上边抹了很多很多的蜜汁。这下,大萝卜成了又香又脆的蜜汁大萝卜。它们每人都咬一口,呀!这个蜜汁大萝卜实在是太甜了!

最新生物信息学考试复习

——古A.名词解释 1. 生物信息学:广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取,加工,储存,分配,分析和解释。狭义是指综合应用信息科学,数学理论,方法和技术,管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片:将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上,通过物理吸附达到固定化(cDNA芯片),也可以在固相表面直接化学合成,得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交,经过计算机扫描和数据处理,进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI:National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆(NLM)的综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL:European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分,是综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物:PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对:为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性,而将它们按照一定的规律排列。

7. BLAST:Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF:Open Reading Frame.由起始密码子开始,到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列,一个未知的基因,理论上具有6个ORF。 9. 启动子:是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成,核心启动子包括-35区(Sextama box)TTGACA,-10区(Pribnow Box)TATAAT,以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成,启动子基本元件包括启动子上游元件(GC岛,CAAT盒),核心启动子(TATA Box,+1区帽子位点)组成。 10. motif:模体,基序,是序列中局部的保守区域,或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树:通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性:序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性:两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。

部编七上语文同步练习:12课《纪念白求恩》

12.纪念白求恩 毛泽东(1893—1976),字润之,湖南湘潭人。中国革命家、战略家、理论家和诗人,中国共产党、中国人民解放军和中华人民共和国的主要缔造者和领袖,毛泽东思想的主要创立者。代表作有哲学著作《矛盾论》《实践论》《论持久战》,诗词《沁园春·雪》《卜算子·咏梅》等。 本文是一篇议论文。议论文是对某个问题或某件事进行分析、评论,表明自己的观点、立场、态度、看法和主张的一种文体。其三要素是:论点、论据、论证。论点是作者要表达的思想观点,是议论文的中心;论据是用来证明论点的理由和根据,有事实论据和道理论据;论证是用严密的论据来证明论点的过程,论证的目的在于揭示出论点与论据之间的内在逻辑关系。常见的论证方法有:举例论证、引用论证、比喻论证、对比论证等。 白求恩(1890—1939),国际主义战士,加拿大共产党员,著名的胸外科医师。中国抗日战争爆发后,他率领由加拿大人和美国人组成的医疗队到中国解放区,1938年3月底到达延安,不久又转赴晋察冀边区工作,在那里工作了一年多。在一次为伤员施行急救手术时被细菌感染,1939年1l月12日在河北唐县逝世。本文是白求恩逝世一周年之际,毛泽东

同志在延安干部会上的一次演讲。当时抗日战争已经两年多,我晋察冀部队在粉碎日军冬季大“扫荡”中取得了胜利,国民党顽固派在日本诱降和英美劝降之下发动了抗战期间的第一次反共高潮。 本文采用夹叙夹议的手法,高度赞扬了白求恩同志的国际主义精神、毫不利己专门利人的奉献精神和对医术精益求精的敬业精神,并号召全党学习白求恩的伟大共产主义精神。阅读时,要注意理清文章的写作思路,把握段落之间的联系;学习对比手法的运用并理解其作用;学习本文叙议结合、以议为主的写作方法。 1.下列词语中字形和加点字的注音完全正确的一项是(B) A.派遣(qiǎn)拈轻怕重(niān)佩服家谕户晓 B.鄙薄(bó) 以身殉职(xùn) 教训见异思迁 C.狭隘(ài) 满腔热忱(chéng) 极端漠不关心 D.纯粹(cuì) 麻木不仁(rén) 殖民精亦求精 【解析】A项,家喻户晓;C项,满腔热忱(chén);D项,精益求精。 2.下列句子中加点的词语运用有误的一项是(D) A.我们在工作中要勇挑重担,一味地拈轻怕重,只会让我们止步不前,毫无出头之日。 B.人们在事故中表现出来的这种麻木不仁、见死不救的态度已引起全社会的关注。

统编版五年级语文下册课内阅读专项练习

18 课内阅读 班级__________ 姓名__________ 得分__________时间:40分钟满分:100分 (一)刷子李(节选)(19分) 只见师傅的手臂悠然摆来,悠然摆去,如同伴着鼓点,和着琴音,每一摆刷,那长长的带浆的毛刷便在墙面啪地清脆一响,极是好听。啪啪声里,一道道浆,衔接得天衣无缝,刷过去的墙面,真好比平平整整打开一面雪白的屏障。 1.根据你的感受,用一个词语来形容刷子李的技艺:______________。 (3分) 2.这段话描写了刷子李__________的情景,是细节描写。此段先写了刷子李刷墙时的__________,接着写刷墙后的____________,前后映衬,反映了刷子李的____________。这属于____________ (A.正面描写B.侧面描写)。(10分) 3.用“”画出文中的一个比喻句,并仿照这个句子,用上句中的比喻词再写一句话。(6分) ________________________________________________________ (二)祖父的园子(节选)(37分) 花开了,就像睡醒了似的。鸟飞了,就像在天上逛似的。虫子叫了,就像在说话似的。一切都活了,要做什么,就做什么。要怎么样,就怎么样,都是自由的。倭瓜愿意爬上架就爬上架,愿意爬上房就爬上房。黄瓜愿意开一朵花,就开一朵花,愿意结一个瓜,就结一个瓜。若都不愿意,就是一个瓜也不结,一朵花也不开,也没有人问它。玉米愿意长多高就长多高,它若愿意长上天去,也没有人管。蝴蝶随意

地飞,一会儿从墙头上飞来一对黄蝴蝶,一会儿又从墙头上飞走一只白蝴蝶。它们是从谁家来的,又要飞到谁家去?太阳也不知道。1.《祖父的园子》选自________写的《__________________》,选段主要运用的修辞手法是________。(9分) 2.仿照文段中画横线的句子,将下面的句子补充完整。(9分) 树绿了,就像__________________________。蝉叫了,就像 ______________。喜鹊飞来了,就像______________________。3.文段中描写的景物有 ________________________________________________________ _________________________________________________。(14分) 4.概括文段的主要内容。(5分) ________________________________________________________ (三)猴王出世(节选)(21分) 石猴端坐上面道:“列位呵,‘人而无信,不知其可。’你们才说有本事进得来,出得去,不伤身体者,就拜他为王。我如今进来又出去,出去又进来,寻了这一个洞天与列位安眠稳睡,各享成家之福,何不拜我为王?”众猴听说,即拱伏无违。一个个序齿排班,朝上礼拜,都称“千岁大王”。自此,石猴高登王位,将“石”字儿隐了,遂称美猴王。 1.写出画线句子的意思。(4分) ________________________________________________________ ________________________________________________________

2019版国科大生物信息学期末考试复习题

中科院生物信息学期末考试复习题 陈润生老师部分: 1.什么是生物信息学,如何理解其含义?为什么在大规模测序研究中,生物信息学至关重要? 答:生物信息学有三个方面的含义: 1)生物信息学是一个学科领域,包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和 解释的所有方面,是基因组研究不可分割的部分。 2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,破译隐藏在DNA序列中的遗传语 言,特别是非编码区的实质;同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测;其本质是识别基因信号。 3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它 是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。 2.如何利用数据库信息发现新基因,其算法本质是什么? 答:利用数据库资源发现新基因,根据数据源不同,可分2种不同的查找方式: 1)从大规模基因组测序得到的数据出发,经过基因识别发现新基因: (利用统计,神经网络,分维,复杂度,密码学,HMM,多序列比对等方法识别特殊序列,预测新ORF。但因为基因组中编码区少,所以关键是“数据识别”问题。)利用大规模拼接好的基因组,使用不同数据方法,进行标识查找,并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比,从而确定是否为新基因。可分为:①基于信号,如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分,即基因家族、特殊序列间比较,Complexity analysis,Neural Network 2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs: (归属于同一基因的EST片断一定有overlapping,通过alignment可组装成一完整的基因,但EST片断太小,不存在数据来源,主要是拼接问题) 数据来源于大量的序列小片段,EST较短,故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有:构建数据库;将序列纯化格式标准化;从种子库中取序列和大库序列比对;延长种子序列,至不能再延长;放入contig库①构建若干数据库:总的纯化的EST数据库,种子数据库,载体数据库,杂质、引物数据库,蛋白数据库,cDNA数据库; ②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对,去除杂质; ③用种子和纯化的EST数据库比对 ④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较,判断是否为已有序列,再利用该大片段与纯化的EST数据库比对,重复以上步骤,直到序列不能再延伸; ⑤判断是否为全长cDNA序列。 (利用EST数据库:原理:当测序获得一条EST序列时,它来自哪一个基因的哪个区域是未知的(随机的),所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象,就能找出属于同一个基因的所有EST序列,进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止,公共EST数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上,平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。)

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