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颅骨锁骨发育不良综合征患者RUNX2基因突变检测

颅骨锁骨发育不良综合征患者RUNX2基因突变检测
颅骨锁骨发育不良综合征患者RUNX2基因突变检测

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。

(3)理解基因突变的检测方法

第十章基因突变 一、教学目的与要求: (1)了解基因突变的类型和性质、特征 (2)掌握基因突变分子机理和诱变因素的作用方式 (3)理解基因突变的检测方法 (4) 掌握基因突变的修复途径 二、教学重点、难点、疑点: 1.突变的概念、类型和性质 2.诱发突变的分子基础 3.诱发突变与人类癌症 4.生物体基因突变的修复机制 5.果蝇基因突变的检出 6.植物基因突变的检出 7.人类基因突变的检出 [解决方法] (1)通过出示基因结构变化的示意图,加深学生对基因突变内涵的理解。 (2)课堂教学中不断提出问题,让学生通过概念的运用达到巩固概念和知识迁移的目的。 2.教学难点及解决办法 基因突变的原因。 [解决办法] 对人类镰刀型细胞贫血症病因结合图解进行分析,使学生真正明白基因突变的原因——DNA复制过程也可能发生差错,基因中个别碱基的变化,就会造成性状改变。 3.教学疑点及解决办法 为什么说基因突变是变异的主要来源? [解决办法]讲明基因突变与基因重组的区别,联系实际举例。 三、教学方法设计: 四、教具或教学手段:多媒体课件 五、教学过程与板书设计:

第一节基因突变的概念和特征 一、基因突变的概念及类别 1、基因突变:指在染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变基因突变:指染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变 2、类别 隐性突变:A a 显性突变:a A 自发突变—外界环境条件的自然作用或生物体内的生理生化变化而产生的突变 诱发突变—在专门诱变因素影响引起的突变,为“诱发突变” 形态突变型—可见突变:指造成外形改变的突变型 至死突变型—能造成个体死亡或生命力明显下降的突变型 条件突变型—在一定条件下有致死效应 3.一般特征 ①突变的频率:指生物体在每一世代中发生突变的机率,或者在一定时 间内突变可能发生的次数。 高等植物 10-5— 10-8 细菌和噬菌体 10-4—10-10范围大、突变频率比动植物高 例如:氨基酸过程中三种疾病是由三种基因突变导致酶发生变化引起的,有一定的突变频率 苯丙氨酸羟化酶缺乏导致苯丙酮尿症;尿黑尿酸氧化酶缺乏会产生尿黑酸尿症;酪氨酸酶缺乏导致白化病 苯丙氨酸羟化酶 苯丙酮酸苯丙氨酸酪氨酸 积累尿黑尿酸氧化酶 酪氨酸酶 苯丙酮尿症尿黑酸黑色素

颅骨锁骨发育不良综合征患者RUNX2基因突变检测

颅骨锁骨发育不良综合征患者RUNX2基因突变检测 梁国健;谢宝仪;轩东英 【期刊名称】《广东牙病防治》 【年(卷),期】2011(019)001 【摘要】Objective Cleidocranial dysplasia is an autosomal dominant inheritable skeletal disease caused by heterozygous mutations in the osteoblast-specific transcription factor RUNX2, and the mutation analyses of RUNX2 were done on four Chinese family with CCD. Methods The proband and her parents were investigated in the present study. Radiological examination regarding osseous malformations was carried out over the entire body. Genomic DNA was extracted fromwhole blood, and the RUNX2 gene was amplified by PCR from genomic DNA. DNA sequences were analyzed using BLASTN (BLAST nucleotide) program. Results Different mutations for each CCD case were detected. A novel c. 475 G > C( p G159R)misseuse mutation was included, while such mutation were not found with their healthy parents. Although the other three mutations were reported in the literatures, R225W and R391X mutations were reported in Chinese cases with CCD for the first time. Conclnsion This study supplemented the data of RUNX2 gene mutation, and expanded the corresponding study field.%目的鉴定4个颅骨锁骨发育不良(eleidoeranial dysplasia,CCD)家系RUNX2基因突变点.方法采用先证者查证法,对各家系成员进行全身健康状况及口腔专

儿童口腔医学题库

儿童口腔医学复习题Al型题 1.乳牙常见的萌出顺序是 A. A-B-C-D-E B. A-B-D-C-E C. A-B-C-E-D D.A-B -D-E-C E.A -C-B -D-E 2.上颌恒牙萌出时常见的顺序是 A.6-l-2-3-4-5-7 B.6-l-2-3-5-4-7 C.6-1-2-4-3-5-7 D.1-6-2-3-4-5-7 E.l-2-6-4-3-5-7 3.混合牙列的时期为 A. 6~ 12岁 B. 7~ 13岁 C. 8~ 15岁 D.6个月~2.5岁 E.2.5~7岁 4.年轻恒牙牙根完全形成在萌出后多长时 间 A.l年 B. 1年~1年半 C.2~2年半 D.3~5年 E.6年 5.乳尖牙早失最常见的原因是 A.龋齿 B.恒尖牙阻生 C.先天缺失 D.侧切牙萌出时的压迫 E.牙外伤 6.下列哪项是造成乳磨牙早失的原因? A.邻面龋 B.牙齿固连 C.慢性牙髓炎 D.晚期龋被拔除 E.外伤 7.发育期的上颌正中间隙,在哪个牙萌出后间隙关闭? A.上颌中切牙 B.下颌尖牙 C.上颌第一双尖牙 D.上颌尖牙 E.上颌第二双尖牙

A.乳牙早失 B.多生牙、牙瘤、囊肿 C.颅骨锁骨发育不全 D.乳牙滞留 E.牙胚发育畸形 9.乳牙经常在出生后多长时间就可萌出 A.2个月 B.6个月 C.1岁半 D.2岁 E.2岁半 10.FC活髓切断术时FC小棉球应放置的时间为 A.1分钟 B.2分钟 C,3分钟 D.5分钟 E.8分钟 11.活髓切断术成功的关键因素是 A.去尽腐质 B.髓室顶揭除完全 C.止血彻底 D.无菌操作 E.放置盖髓剂 12.FC活髓切断术牙髓的组织变化为 A.根髓固定纤维化 B.根管口形成硬组织桥 C.牙髓钙变 D.牙髓活力正常 E.根管内壁吸收 13.FC活髓切断时去除牙髓组织的量是 A.露髓点周围4mm范围内的牙髓 B.冠髓的上半部分 C.牙冠颈部缩窄以上的全部牙髓 D.根分歧以上的全部牙髓 E.每一个根管口以上的牙髓 14.下列哪种情况不可做活髓切断? A.乳牙深龋极近髓 B.乳牙去尽腐质,意外露髓 C.畸形中央尖折断 D. 乳牙去腐未净露髓 E.外伤冠折露髓就诊及时 15.下列有关乳牙固连的各项中哪项是错误的? A.发生在乳牙吸收的活动期 B.局部牙槽骨与牙根间发生骨性粘连

基因突变的检测方法(完整资料).doc

此文档下载后即可编辑 基因突变的检测方法 基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且 由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化 程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据 检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象, 一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp 的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过

儿童口腔医学题库

儿童 口腔 医学 复习 题 Al 型题 1.乳牙常见的萌出顺序是 A.A-B-C-D-E B.A-B-D-C-E C. A-B-C-E-D D.A-B -D-E-C E.A -C-B -D-E 2.上颌恒牙萌出时常见的顺序是 A .6-l-2-3-4-5-7 B .6-l-2-3-5-4-7 C .6-1-2-4-3-5-7 D .1-6-2-3-4-5-7 E .l-2-6-4-3-5-7 3.混合牙列的时期为 A . 6?12岁 B . 7?13岁 C . 8 ?15 岁 D . 6 个月?2. 5 岁 E . 2 . 5 ?7 岁 4. 年轻恒牙牙根完全形成在萌出后多长时间 A . l 年 B . 1 年?1 年半 C . 2?2年半 D . 3?5年 E . 6 年 5. 乳尖牙早失最常见的原因是 A .龋齿 B .恒尖牙阻生 C .先天缺失 D .侧切牙萌出时的压迫 E .牙外伤 6. 下列哪项是造成乳磨牙早失的原因? A .邻面龋 B .牙齿固连 C .慢性牙髓炎 D .晚期龋被拔除 E .外伤 7. 发育期的上颌正中间隙,在哪个牙萌出后间隙关闭? A .上颌中切牙 B .下颌尖牙 C .上颌第一双尖牙

D .上颌尖牙

E .上颌第二双尖牙 8.恒牙迟萌的原因中哪项较罕见? A .乳牙早失 B .多生牙、牙瘤、囊肿 C .颅骨锁骨发育不全 D .乳牙滞留 E .牙胚发育畸形 9.乳牙经常在出生后多长时间就可萌出 A. 2 个月 B. 6 个月 C. 1 岁半 D. 2岁 E. 2 岁半 10.FC 活髓切断术时FC 小棉球应放置的时间为 A .1 分钟 B .2 分钟 C ,3 分钟 D .5 分钟 E .8 分钟 11.活髓切断术成功的关键因素是 A .去尽腐质 B .髓室顶揭除完全 C .止血彻底 D .无菌操作 E .放置盖髓剂 12. FC活髓切断术牙髓的组织变化为 A .根髓固定纤维化 B .根管口形成硬组织桥 C .牙髓钙变 D .牙髓活力正常 E .根管内壁吸收 13. FC活髓切断时去除牙髓组织的量是 A .露髓点周围4mm范围内的牙髓 B .冠髓的上半部分 C .牙冠颈部缩窄以上的全部牙髓 D .根分歧以上的全部牙髓 E .每一个根管口以上的牙髓 14. 下列哪种情况不可做活髓切断? A .乳牙深龋极近髓 B .乳牙去尽腐质,意外露髓 C. 畸形中央尖折断 D. 乳牙去腐未净露髓 E .外伤冠折露髓就诊及时 15. 下列有关乳牙固连的各项中哪项是错误的? A .发生在乳牙吸收的活动期 B .局部牙槽骨与牙根间发生骨性粘连

基因突变检测多少钱检测方法是什么

基因突变检测多少钱检测方法是什么 一代测序法(Sanger法): 科学家Sanger,于1977年建立,他本人也因此而获得了诺贝尔奖。该技术至今已用 三十多年,现在已相当成熟完善。人类基因组计划的测序工作就是使用该项技术完成的, 现在***的仪器是美国ABI公司的***3730型全自动遗传分析仪,是经过国际和国家认证的仪器,可重复性达到100%,是亲子鉴定和法医鉴定的专用仪器。该方法是目前基因检测的国际金标准。缺点是通量小,适合少量样本,可进行个性化位点检测,成本极高,比芯片 或高通量检测高100倍。 Taqman法: 准确性好,适合于大量样本、少量位点,价格贵,缺点是不能读出序列,不太直观。 质谱法: 准确性较好,缺点只能读出质量数据,不能读出序列,对于缺失和插入突变无法读出,但这种突变更加可怕,适合于大量样本、多位点(最多能检测25个位点),所以可能会 出现少量假阳性和假阴性。 二代基因检测芯片法: 适合于超多位点,大量样品检测和科研参考,每个样本做几百个位点和做几千个位点 的检测成本,相差无几,最大优点是成本低廉,一个位点的价格只相当于一代测序价格的1%,缺点是出来的大量数据,可信度不高。 我们都知道“是药三分毒”,癌症患者的过度治疗会造成患者的器脏损伤,甚至化疗 整个过程费钱费力却“不讨好”,所以进行在进行治疗之前先进行基因测序检测,会让靶 向药物治疗事倍功半。 肺癌的靶向药基因检测,现在很多公司都可以做,医院基本上也是外送公司做,看你 检测几个几个基因,一般不会超过7200,一般检测就是EGFR,融合基因ALK,ROS1,C-MET,中源协和基因检测。 一般的,基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对DNA进行检测的技术。 基因检测可以诊断疾病,也可以用于疾病风险的预测。疾病诊断是用基因检测技术检 测引起遗传性疾病的突变基因。目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、 遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检 测技术做出诊断。

颅骨锁骨发育不全综合征一例

颅骨锁骨发育不全综合征一例颅骨锁骨发育不全综合征( cle idocran ia l dysplasia, CCD ),是一种罕见的先天性全身骨骼发育不全性疾病,发病率约百万分之一。近年来,有报道颅骨锁骨发育不全综合征的致病原因是RunX2/Cbfal基因突变所致。大约2/ 3 有家族史,其主要特征是全身多发性骨骼发育畸形和牙面的发育异常。现将重庆医科大学附属口腔医院颌面外科收治的一例颅骨锁骨发育不全综合征病例报道如下。 1.病例简介患者,男性,11岁,以全口乳牙未换来我院就诊。体格检查情况 如下:身材矮小,营养较差,额骨呈方圆形,颅骨膨大,额骨前突明显,囟门已闭,颅面部不成比例,两眼距离较宽,下颌骨扁小。全口乳牙滞留,恒牙迟萌,乳牙牙体未见明显异常,无松动,第一磨牙发育良好。右侧锁骨发育不全,形成假关节,右肩下垂,肩关节活动度大并前耸,左侧肩胛骨内角向后伸出如翼状,肩关节盂浅,喙突短小。胸部呈鸡胸,左侧手臂外翻。本例患者智力正常,生活学习不受任何影响,学习成绩优秀。家族遗传史:患者外祖母及母亲均患此病。 2.辅助检查口腔曲面体层片示:全口乳牙滞留,无松动,12-22,32-42牙根 发育已完成,乳牙牙根未见明显吸收,多个恒牙牙根短小、缺失,可见多个多生牙位于上下颌前牙、前磨牙区,恒牙阻生于上下颌骨内(图1) 。胸片示:右侧锁骨发育不全,外段缺如。 头颅正位片示:颅骨骨缝未闭合。血清学检查:T3,T4,TSH,IGI,BP3,GH均未见异常。染色体核型分析结果未见染色体数目及结构异常。 3.讨论颅骨、锁骨发育不全症是一种先天性骨骼发育畸形,临床比较少见。病 因目前尚不清楚,多数认为属常染色体的显性遗传性疾病,系RunX2/Cbfa l基因突变所致。该病无明显性别差异,可在任何年龄发病,具有突发性。临床表现为颅骨和面部不成比例,头颅较大,面部相对较小,前囟不闭或晚闭,从额到枕部中线区可有明显凹陷,顶颞和额

P53基因突变检测方法

2、试剂和耗材) GIAGEN,德国QIAamp?DNA Blood Mini Kit ()Platiinim?Taq DNA Polymerase High Fidelity (Invitrogen, 11304-102 Nuclease-Free Water (Promega,P 1195) d NTP Mix (Promega,P 151B) PCR引物:北京博迈德科技有限公司合成 DL10000 DNA Marker(TAKARA,大连宝生物)DNA分子定量标准:技术Bioer 产物回收纯化试剂盒(BioSpiii Gel Extraction kit,日本PCR有限公司)公司) Axygen, 200-1000 ul 吸头(美国110.5?10 u、2?20 u k 20-200 □、管EP、 仪.器3 ;Taimon1600R凝胶成像系统分析仪(上海天龙公司)Eppendorf 5417R 高速冷冻离心机(Eppendorf公司,德国)公司,美国)Allegra 6R离心机(Beckman-Coulter应涡旋混合器(北京北德科学仪器厂)MVS-1公司,德国) 1000 u 150 口1、200 ul、(Eppendorf^ 口1 移液器、10 U 1、NEWAIR 公司,美国)1【级生物安全柜NU425-400E (拓速冷冻离心机(BECKMAN COULTER 公司,美国)X-15R 公司德国)仪(Eppendorf Eppendorf Masteicycter PCR 公司,美国)(Bio-Rad电泳仪:Universal 024BR电热恒温水浴器(北京来亨科贸有限责任公司)240全自动凝胶成像系统(中国)凝胶成像分析系统:Tocan 测序仪:GenomeLab CEQ/GeXP (BECKMAN COULTER 公司,美国)20 u k 200 ul和1000 ul加样器(吉尔森公司,法国)旋涡震荡器(Scientific Industries公司,美国) 二、实验方法 1、样品采集,送检和保存 乙二胺四乙酸(EDTA) -3K抗凝管采集HIV和HEV合并感染者外周静脉血,于24h内测定CD4+T淋巴细胞计?数,抗凝血经常规离心分离全血中间层,分装后-80°C冻存用于P53基因变异的测定。 2、血浆样本DNA的提取 取200 P1全血中间层于1.5ml无菌EP管中,加入20 口1蛋白酶K;再加入200 ul AL缓冲液,涡旋振荡15秒,56°C孵育10分钟;瞬时离心EP管,加入200 u 1 无

儿童口腔习题

Al型题 1乳牙常见的萌出顺序是 A. A-B-C-D-E B. A-B-D-C-E C. A-B-C-E-D D.A-B -D-E-C E.A -C-B -D-E 2.上颌恒牙萌出时常见的顺序是 A.6-l-2-3-4-5-7 B.6-l-2-3-5-4-7 C.6-1-2-4-3-5-7 D.1-6-2-3-4-5-7 E.l-2-6-4-3-5-7 3.混合牙列的时期为 A. 6~ 12岁 B. 7~ 13岁 C. 8~ 15岁 D.6个月~2.5岁 E.2.5~7岁 4.年轻恒牙牙根完全形成在萌出后多长时间 A.l年B. 1年~1年半 C.2~2年半 D.3~5年 E.6年 5.乳尖牙早失最常见的原因是 A.龋齿B.恒尖牙阻生 C.先天缺失 D.侧切牙萌出时的压迫 E.牙外伤 6.下列哪项是造成乳磨牙早失的原因? A.邻面龋 B.牙齿固连 C.慢性牙髓炎 D.晚期龋被拔除 E.外伤 7.发育期的上颌正中间隙,在哪个牙萌出后间隙关闭? A.上颌中切牙 B.下颌尖牙 C.上颌第一双尖牙 D.上颌尖牙 (上颌侧切牙) E.上颌第二双尖牙 8.恒牙迟萌的原因中哪项较罕见? A.乳牙早失

B.多生牙、牙瘤、囊肿 C.颅骨锁骨发育不全 D.乳牙滞留 E.牙胚发育畸形 9.乳牙经常在出生后多长时间就可萌出 A.2个月 B.6个月 C.1岁半 D.2岁 E.2岁半 10.FC活髓切断术时FC小棉球应放置的时间为 A.1分钟 B.2分钟 C,3分钟 D.5分钟(书p148是1min) E.8分钟 11.活髓切断术成功的关键因素是 A.去尽腐质 B.髓室顶揭除完全 C.止血彻底D.无菌操作 E.放置盖髓剂 12.FC活髓切断术牙髓的组织变化为 A.根髓固定纤维化 B.根管口形成硬组织桥 C.牙髓钙变 D.牙髓活力正常 E.根管内壁吸收 13.FC活髓切断时去除牙髓组织的量是 A.露髓点周围4mm范围内的牙髓 B.冠髓的上半部分 C.牙冠颈部缩窄以上的全部牙髓 D.根分歧以上的全部牙髓 E.每一个根管口以上的牙髓 14.下列哪种情况不可做活髓切断? A.乳牙深龋极近髓 B.乳牙去尽腐质,意外露髓 C.畸形中央尖折断 D. 乳牙去腐未净露髓(牙髓炎症) E.外伤冠折露髓就诊及时

肿瘤基因突变检测

肿瘤基因突变检测 癌症是一类难以预防的疾病,中晚期癌症治愈的可能性又很小,而早期癌症的治愈率可达65%以上,有些肿瘤可达90%以上,因此,战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症早期常无特殊症状,甚至毫无症状,故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT 等检查,但这些方法的敏感性和特异性均不高,发现有异常时往往已是中晚期。 17种常见高发肿瘤,包括乳腺癌(breast cancer)、结肠癌(colorectalcancer)、子宫癌(endometrial cancer)、脑胶质瘤(glioma)、白血病(leukemia)、肺癌(lungcancer)、淋巴癌(lymphoma)、成神经管细胞瘤(medulloblastoma)、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell cancer)和恶性内瘤(sarcoma),其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介导的分子改变,参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过程中的遗传学变异,对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台,可同时开展多个肿瘤基因突变检测项目,如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。 突变体富集PCR法(mutant-enriched PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某个密码子部位存在已知的限制性内切酶位点,如K-ras基因第12密码子的BstNI位点,第13密古巴子有BgⅠⅡ位点。用链续二次的巢式PCR来扩增包括K-ras第12、13密码子的DNA片段,在两次扩增反应之间用相应的内切酶消化扩增的DNA片段,野生型因被酶切而不能进入第二次PCR扩增,而突变型则能完整进入第二次PCR扩增并得到产物的富集。 变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradinent electrophoresis,DGGE) DGGE法分析PCR 产物,如果突变发生在最先解链的DNA区域,检出率可达100%,检测片段可达1kb,最适围为100bp-500bp。基本原理基于当双链DNA在变性梯度凝胶中进行到与DNA变性湿度一致的凝胶位置时,DNA发生部分解链,电泳适移率下降,当解链的DNA链中有一个碱基改变时,会在不同的时间发生解链,因影响电泳速度变化的程

成骨发育不全2例

成骨发育不全2例 【关键词】成骨发育不全 1 病例介绍 例1,孕妇,25岁,已婚,孕2产0。因孕40 +1 周,不规律腹痛3h于1988年3月26日15:30入院。孕期经过顺利,既往体健,否认药物过敏史、外伤史。否认家族遗传病史。入院查体:生命体征正常,心肺未发现异常,肝脾肋下未及,腹围101cm,宫高30cm,左枕前位,胎心136次/min,宫口开大2cm,先露棘上1cm。骨盆外测值正常。入院后产程进展顺利,产程中胎心一直正常。在宫口开大5cm时阴道检查感觉胎头触不到明显骨感,宫口近全时在胎头周边始触及胎头颅骨,但骨质薄,轻按即可使颅骨塌陷,因胎儿胎心尚正常,当时条件所限未做进一步检查,胎儿娩出后即无哭声,胎心逐渐减缓直至消失。新生儿胸廓狭窄,颅骨薄如乒乓球壁。建议家属行尸体解剖病理检查,但被拒绝。 例2,孕妇,24岁,已婚,孕1产0,因孕39 +3 周臀位于2000年12月4日入院。孕妇平素月经规律,孕期经过顺利,无患病、用药及有害物质接触史。既往体健,否认药物过敏史,否认家族

遗传病史。夫妻非近亲结婚。无外伤史。入院查体:血压130/85mmHg,脉搏88次/min,心肺(-),肝脾肋下未及,腹围98cm,宫高31cm,骶左前位,胎心140次/min,骨盆外测值正常。孕7个月及入院前1周行彩超检查均未发现异常。于2000年12月5日在硬膜外麻醉下行子宫下段剖宫产术,术中胎儿取出经过顺利,新生儿断脐后交台下处理,当时即发现新生儿双下肢肌张力较差,因外观未见异常,未引起重视。术后第2天产妇家属再述新生儿双下肢活动不佳,遂行X线检查,发现右股骨1/2处骨折,后请骨科专家会诊,发现左股骨存在成角畸形,右股骨骨折为陈旧性骨折,考虑骨折发生在胎内,最后诊断为成骨发育不全。出院后4年随访,患儿尚不能自行行走,卧床在家。 2 讨论 成骨发育不全(osteogenisis imperfecta)又称脆骨症(frag-ililis ossium)、原发性骨脆症(idiopathic osteopsathyrosis)及骨膜发育不良(periosteal dysplasia)等,发病率为1∶28500 [1],是常染色体显性遗传,15%以上的患者有家族史。胶原分子缺陷、葡萄糖氨基糖胺(GAGS)基质改变、非胶原蛋白改变是成骨不全的主要病理基础。该病可以分为四种类型:1型:为常染色体显性遗传,患者有蓝巩膜、骨质脆弱及耳聋,也可有耳聋家族史。新生儿时体重及身高均正常,也无骨折。2型:为致死性成骨不全,可能是常染色体隐性遗传,

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一,检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述,对于基因突变的检测,1985以前,利用Southern印迹法,可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变,只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是突变研究中的最重大进展,使基因突变检测技术有了长足的发展,目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上,并且由PCR衍生出的新方法不断出现,目前已达二十余种,自动化程度也愈来愈高,分析时间大大缩短,分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性(single-strand comformational polymorphism,SSCP)和异源双链分析法(heteroduplex analysis,HA)。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法,可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构,这种二级结构依赖于其碱基组成,即使一个碱基的不同,也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速,因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时,突变检出率可达70%-95%,片段大于400bp时,检出率仅为50%左右,该法可能会存在1%的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件,一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响,同时该法不能测定突变的准确位点,还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段,用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因,也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法,仅检测第5-8外显子即可发现85%以上的p53基因突变。由于该法简便快速,特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法(HA) HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起,在非变性凝胶中电泳时,会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似,所不同的是SSCP分离的是单链DNA,HA法分离的是双链DNA,也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用,两者结合使用,可使突变检出率提高到近100%。 突变体富集PCR法(mutant-enriched PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某个密码子部位存在已知的限制性内切酶位点,如K-ras基因第12密码子的BstNI位点,第13密古巴子有BgⅠⅡ位点。用链续二次的巢式PCR来扩增包括K-ras第12、13密码子的DNA片段,在两次扩增反应之间用相应的内切酶消化扩增的DNA片段,野生型因被酶切而不能进入第二次PCR扩增,而突变型则能完整进入第二次PCR扩增并得到产物的富集。 变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradinent electrophoresis,DGGE) DGGE法分析PCR 产物,如果突变发生在最先解链的DNA区域,检出率可达100%,检测片段可达1kb,最适

preMiD基因突变检测技术原理和应用

preMiD?基因突变检测技术原理和临床应用简介: 原癌基因和抑癌基因的驱动突变(driver mutation)是肿瘤特有的标记。以PreGen-Plus?筛查大肠癌4基因突变的粪便筛查被FDA批准为标志,更多突变检测肿瘤的新技术和产品处于临床开发阶段。自主创新的preMid?技术可一次检测38个基因198突变点,覆盖包括胰腺癌、肺癌、乳腺癌和胃癌等14种肿瘤,国际上第一次实现多突变的血浆检测。临床验证preMid?技术可实现癌症(超)早期,疑似患者的辅助诊断和术后复发的实时监控,总体准确率可达80%。 正文: 原理: 1. 突变——肿瘤特异标志。 癌症是基因突变累积的结果。“所有癌症的发生,都源自脱氧核糖核酸(DNA)序列的异常。”国际癌症基因组联合计划参与单位之一、英国剑桥大学桑格研究所首席科学家斯特拉顿教授指出。 癌变的形成要经过8--10年甚至更长,而这漫长的时间其实就是一个多基因突变并累积的过程(图1)。肿瘤相关基因可分为原癌基因和抑癌基因,其中起主要作用的突变属于驱动型突变(driver mutation)。当抑癌基因突变失去抑制癌症作用,或原癌基因突变激活,就会诱发癌症。正常细胞在向癌细胞转化的过程中,发生多种不同原癌基因和抑癌基因突变。 图1 肿瘤是基因突变的结果 相比临床检测中常规使用的肿瘤蛋白血清标志物,突变无疑是更特异的肿瘤标记。 2009年12月,桑格研究所在《自然》杂志上刊文宣布,他们率先在世界上破译肺癌、

皮肤癌和乳腺癌等5种肿瘤全部基因密码,绘制出相应的肿瘤基因突变图谱(表1)。 表1 5种癌症基因突变相关数据 Nature.2010.8;466(7308):869-873. 2.循环DNA是检测突变的重要来源 肿瘤起源DNA存在于血液循环DNA中。循环DNA存在于血清或血浆、滑膜液和脑脊液等体液中的非细胞里面存在的片段,亦称细胞游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)。 早在1947年Mandel和Metais就发现循环核酸;30年后Leon等研究表明肿瘤患者外肿瘤患者cfDNA水平大大高于正常人1989年Stroun等发现血液游离DNA具有肿瘤细胞DNA的一些特征;5年后研究者在肿瘤患者的血浆和血清中检测到癌基因突变,与原发肿瘤一致。 图2 肿瘤cfDNA来源示意图 肿瘤细胞cfDNA如何进入血液,目前认为:1) 循环肿瘤细胞或微转移灶的裂解;2) 肿瘤细胞的凋亡;3) 肿瘤细胞坏死;4) 肿瘤细胞自发性释放。 cfDNA突变检测具有特异、实时且无创等突出特点,无疑是肿瘤早期筛查、辅助诊断、预后判断及跟踪复发等有效靶标。

常见发育畸形影像学检查

常见发育畸形影像学检查 1透明隔发育缺如:左右侧侧脑室之间无透明隔,双侧额角前方变扁,交角变钝。透明隔发育缺损:缺少透明隔,两侧侧脑室融合形成脑室畸形。 透明隔发育缺损:T1加权像显示透明隔缺如,第三脑室与视交叉隐窝扩大,视交叉发育不良。 2 透明隔囊肿:透明隔腔形成,腔内含有脑脊液,透明隔囊肿壁呈平行向后止于侧脑室室间孔,透明隔腔内液体增多。平行的透明隔薄壁向外膨隆突出。中线有一椭圆形或圆形、脑脊液密度囊肿,横径大于3mm,双侧有一薄膜与额角相隔,双侧额角轻度分离外移,脉络丛外移,脑室轻度扩大。 3 一侧性大脑半球发育不全 CT平扫显示一侧大脑半球较另一侧导脑半球明显缩小,无脑沟、脑回,该侧脑室明显扩大。 MR:横断面T1加权像显示一侧脑室及该侧脑裂明显扩大,同侧大脑半球脑组织少于对侧,同时该侧颅腔缩小。 4 巨脑回畸形 MRI:横断面T1加权像上显示两侧脑室前角间呈八字形分离,脑回粗大,脑沟浅少。CT:脑回粗大,脑沟浅少。T1加权像显示:脑沟回减少,皱折减少,脑回浅宽而粗大。 5 脑小畸形 CT显示脑室系统扩大,蛛网膜下腔扩大,表现为脑池和脑沟增宽,

脑皮质光滑,缺少脑回、脑沟。颅腔缩小,前额部更明显,颅板较厚,板障增宽,颅骨内板平坦光滑。 MRI:脑室系统、蛛网膜下腔扩大,表现为脑池和脑沟增宽,脑皮质光滑,缺少脑回、脑沟。合并胼胝体发育不全,透明隔发育异常,脑室穿通畸形等。 6 脑灰质异位症 1.小灶性灰质异位的小岛位于脑室周围,悬在室管膜上或突入脑室,也可位于半卵圆中心的白质内,孤立或散在,不一定与正常脑灰质相连,呈结节状。 2.大灶性灰质异位的块状灶位于脑深部白质或皮层下白质,呈板层状,往往与脑灰质相连,常有占位效应。 3.灰质异位可为局灶性或弥漫性、单发或多发、一侧或双侧性,其T1值与T2值均与正常脑灰质相同,注射GD-DTPA不强化。异位灰质与正常灰质同等密度,不强化,一般无钙化。位于白质内的异位灰质,在低密度的白质内出现灰质密度。 7 Chiari’s畸形 Ⅰ型:小脑扁桃体由枕大孔向下疝出超过5MM,枕大池极小,与硬脑膜、蛛网膜、扁桃体及颈髓相连,颈髓合并脊髓空洞症、脑积水。 Ⅱ型:脊髓下移,上颈部神经根相对上升至出口水平;脑干明显延长,延髓疝入颈椎管内;小脑发育不良,向尾端延长,经枕大孔疝至C1椎弓上缘,枕大孔明显扩大,天幕发育不良;小脑狭长的舌状突出物可经椎下移至C2-C4水平或以下。疝入颈部的第四脑室扩张,形成泪

基因变异的研究方法与进展

基因变异广义上说就是指基因结构变化从而产生了可遗传的变异。也就是说DNA水平上的突变造成的基因改变。而这一突变过程可能有很多原因,有自发性的,比如DNA配对过程中的装配错误,也有外源性的诱导因素,如物理,化学,生物因素等造成染色体结构改变或者基因结构的直接变化。 突变的形式多种多样,常见的有:点突变,即一个或多个核苷酸发生了改变;框内突变指的是3个或是的倍数的碱基缺失或插入导致的突变,使基因丢失或增加1个或几个氨基酸;除此之外,还存在着DNA大片段的缺失,通常是指几百个bp至几十个kb的碱基缺失或复制。 这其中,最常见的莫过于点突变,他是指一个或者几个核苷酸的缺失或改变,通常会形成三种类型,第一种是同义突变,即碱基替换后,虽然密码子发生改变,但编码氨基酸没有改变(遗传密码的兼并性),亦称静止突变,第二种是错义突变,指的是碱基替换,密码子发生改变后,编码氨基酸亦发生改变,编码另一个氨基酸,第三种是无义突变,即碱基替换后,使编码氨基酸的密码子变成一个终止密码子。 基于上述的变化,常见的基因变异研究方法有如下几种 一、筛选性方法 有人将这类方法分为2类,根据电泳性质不同及其他包括化学修饰法等 1 RNase 法 该法是一种最早提出的检测DNA突变的方法口。其原理是RNase可以识别RNA:DNA或RNA:RNA杂交链中错误配对的碱基并将其切断。经聚丙烯酰胺凝胶电泳将正常链及被切断的含有突变点的链区分开来。杂交方法是将同位素或其它方法标记的正常野生型RNA 片段与相对应的待测DNA 片段混合,90"C

左右变性并在室温下复性形成杂交分子。当待测DNA 片段中存在碱基突变时,在该位点上二条链不能正常配对,便成为RNase的识别和切割位点 2 DGGE、CDGE、TGGE、TSGE法 梯度变性凝胶电泳(DGGE)原理是当双链DNA在梯度变性的聚丙烯酰胺凝胶中行进到与DNA变性温度(熔点温度)一致的凝胶变性浓度位臵时,DNA 发生解旋变性此时电泳速度迅速降低。而当解旋的DNA链中有一个碱基突变时,将会影响其电泳速度变化的程度,从而将正常与突变的DNA区别开。 CDGE(constant denatural gel electrophoresis)法通过预实验或理论计算预先精确确定待测DNA片段的熔点温度后采用单一变性浓度凝胶电泳,简化了DGGE 法的操作 类似于CDGE法,TSGE (temperature sweep gel electropnoresis)法则取消了温度梯度而代之以单一温度 这类方法的优点是:(1)检出率高,~100 (2)可用于分析突变——正常DNA 混合样品;(3)可以回收分离出的DNA 片段;(4)可以直接测定未经扩增的DNA 。这类方法的缺点也很多,如(1)分析片段较小,<500 bp;(2)需要制备昂贵的GC clamp(3)需要事先经过复杂的计算机处理计算熔点温度或预试验确定变性条件; (4)位于高度富含GC的片段中的突变可能漏检。鉴于以上不利因素,DGGE等一类方法有逐渐被SSCP(单链构象多态性)法取代的倾向。尽管如此,这类方法一经建立,应用十分方便,适于大规模样品分析 3 SSCP法 单链构象多态性(single strand conlotraation polymorphism,)是在非变性聚丙烯酰胺凝胶上,短的单链DNA或RNA分子依其碱基序列不同而形成不同构象,

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