新手FreeCAD使用手册01

?? ??

???

??

-??)

!"

! "

# ! "

# $ $ $ ! "

% # &# ! "

# $ $ $

生物软件使用说明书大全

生物软件使用说明书大全 生物软件使用说明书大全 转自： SPSS10教程 SAS6.12统计教程 统计软件SAS 8.2教程 Stata统计学教程入门 Eviews3.1使用入门教程1 软件中文使用说明书大全 ? ·NoteExpress初级教程（step by step） ? ·常用生物软件简介汇总(window 版） ? ·STATISTICA/w 5.0及其在医学中的应用 ? ·利用Excel处理统计数据 ? ·数据分析、科技绘图的必备工具－Microcal O () ? ·Band Leader中文使用说明书 ? ·BioEdit中文使用说明书下载 ) ? ·Cn3D中文说明书下载 ? ·Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作 ) ? ·Gene Construction Kit中文使用手册 ) ? ·aminoXpress中文使用说明书 ) ? ·DNAtools中文说明书下载 ? ·综合性序列分析软件DNAStar中文使用说明书 ) ? ·Reference Manager 10中文使用说明书 ? ·Genamics中文使用说明书) ? ·Vector NTI9.0中文使用说明书 ) ? ·Winplas中文使用说明书 ? ·RNA Structure 3中文使用说明书) ? ·Primer Premier中文使用说明) ? ·进化树分析及相关软件使用说明) ? ·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6 ) ? ·RNAdraw1.1b2功能介绍) ? ·SEQUIN3使用中文说明书 ? ·JELLYFISH 1.3 使用手册) ? ·Omiga使用中文说明书 ? ·Excel 提速12招 ? ·修复受伤的Excel文件 ? ·用好Word 2003的比较功能 ? ·抓图高手:SnagIt使用技巧3例 ? ·DNASTAR-MAPDRAW软件使用教程[图解] ? ·DNASTAR-EDITSEQ软件使用教程[图解] ? ·核酸序列分析软件DNAssist1.0教程[图解] ? ·BandScan使用教程[图解] ? ·蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文说明书

Gblocks使用说明书-by florawz1

Gblocks使用说明书（by florawz） 1.首先打开软件，进入主页面 2.输入O ，然后回车，对话框显示输入一个文件或路径 此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图） 按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息 3.快速比对：输入G，然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现Gblocks 已经处理好的文件

.fas-gb文件可用Bioedit和DNAMAN打开。 打开.htm文件，可查看可视化的处理结果（如图） 4.主菜单： t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA或者密码子）。 输入一个t，回车。序列类型改为Condons 再输入一个t，回车。序列类型改为DNA（如此循环修改）

o. 打开一个文件。必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式 ，序列长度不限。打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型 如： >P1;byflorawz ------MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA----------------------* (fas格式则不需要，第一行直接为>byflorawz即可) 注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。 在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。 打开多个文件 ：必须建立一个path文件。输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个"paths"范例，用word打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图） 多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理，但是最后不能连接。 b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页). s. 显示保存菜单(详情见下页). g. 处理计算 q. 退出 5.限定性参数菜单

常见生物软件使用技巧汇集

常见生物软件使用技巧汇集 Q1.怎么查找序列保守区？ A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP--> “Analysis” -->“Conserved DNA regi on”...

Q2. 多个FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？ A2 ：一条条添加，费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustal aln 文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。 Q3. 如何解决Clustalx 多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA 格式时提示出错的问题？ A3：检查所转换MEGA 的*.meg 文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为Clustalx 多重比对后，程序会自动添加一致序列。

Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？ A4：DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试... Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅？ A5：推荐使用Web Logo （https://www.wendangku.net/doc/5f19219975.html,/logo.cgi）或Sequence L ogo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。 Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？ A6：使用ESPript（http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可，效果如下图所示，详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》一文。具体操作方法可以参考《ESpript 美化多重比对序列图解(By Raindy) 》。

PAML 中文说明

PAML: 最大似然法分析系统发育Phylogenetic Analysis by Maximum Likelyhood 版本：4.3（2009年9月） Ziheng Y ang 马向辉翻译

1、概述 PAML (for Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) 是一个用最大似然法分析蛋白质或DNA序列系统发育的一个程序包。 1.1 PAML 文件： 除了这个手册以外，以下资源也需要注意： PAML网站：https://www.wendangku.net/doc/5f19219975.html,/software/PAML.html。在这个网站上有PAML的下载以及编译程序; PAML FAQ页面：https://www.wendangku.net/doc/5f19219975.html,/software/pamlFAQs.pdf; PAML讨论群：https://www.wendangku.net/doc/5f19219975.html,/phpBB2/，在这里你可以提出你的问题，或者提出你发现的漏洞。 1.2 PAML 可以做些什么？ PAML 的最新版本包含一下几个程序模块：baseml, basemlg, codeml, evolver, pamp, yn00, mcmctree, 以及chi2。其中最常用的模块的介绍可以参考杨子恒教授2007年发表的文章。模块运行中用到的计算、统计方法在杨子恒教授的书中有详细的介绍。模块的主要作用包括：计算以及检测系统发育树（baseml 和codeml）; 计算复杂的碱基替代或者氨基酸替代模型中的参数，如不同位点间不同速率的模型或多个基因或者位点的综合分析模型（baseml和codeml）; 用似然比例检测比较几个模型（baseml，codeml以及chi2）; 用全局分子钟或者局部分子钟估算分歧时间（baseml和codeml）; 用最大似然法重建祖先氨基酸、核苷酸序列以及密码子模型（baseml和codeml）; 用蒙特卡洛模拟生成氨基酸、密码子

Phylip中文使用说明

Phylip中文使用说 Introduction PHYLIP程序的运行 这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。 在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。它启动的方是：开始->所有程序->附件->命令提示符。 大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在 outfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plotfile中。 因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。 程序 重抽样工具 该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。这些样本在后继的分

析中作为一个序列对文件，要设置选项M（use multiple datasets）。 Seqboot 生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。 距离方法： 顺序使用这些程序。首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或 neighbor程序转换为树。Dandist 和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor 前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。 Dnadist DNA距离矩阵计算器 Protdist 蛋白质距离矩阵计算器 Fitch 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Kitsch 有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Neighbor Neighbor-Joining和UPGMA树 基于字符的方法 这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。 Dnapars DNA简约法 Dnapenny DNA简约法using branch-and-bound Dnaml DNA最大似然，无分子时钟