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chemsketch 教程

chemsketch 教程
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ACD/ChemSketch

Version 10.0 for Microsoft Windows

中文使用指南

化学结构式和图形图像的绘制

高级化学发展有限公司(ACD)

本书版权归ACD公司所有。?1997-2006

ACD/LABS 是ACD公司商标。

Microsoft和Windows是微软公司在美国(或其他国家)注册商标。?2006

IBM(International Business Machines)是国际商用机器公司注册商标。?1994-2006

Adobe,Acrobat, PDF(Portable Document Formats)及关联数据结构等都是Adobe系统组合公司在美国(或其他国家)的注册商标。?2006

Camtasia是TechSmith公司的注册商标,Camtasia Studio是TeachSmith公司的商标。? 1999–2006

本指南中提到的所有商标均属于其拥有者。且所有的商标均是被许可的。

本说明书中内容可能不在任何通告下进行改变,公司对以下情况不承担责任,包括但不限于商业或任何其他特殊用途。公司对使用该说明书而直接、间接、专门、附带的和因此而引起的任何错误不承担责任。

目录

目录 (3)

1.ACD/CHEMSKETCH基础 (7)

1.1目标: (7)

1.2启动ACD/C HEM S KETCH (7)

1.3设定可兼容的文件类型 (7)

1.3.1改变可兼容的文件类型 (8)

1.4改变默认路径 (8)

1.5安装附件 (8)

1.6退出C HEM S KETCH (9)

2.绘制简单结构 (10)

2.1目标 (10)

2.2画原子、化学键和标签 (10)

2.2.1使用常用画图工具 (10)

2.2.2双键和三键 (11)

2.2.3个别原子的删除 (11)

2.2.4撤销命令 (11)

2.2.5聚合物 (11)

2.2.6非原子 (12)

2.2.7改变原子 (12)

2.2.8使用连续画图工具 (13)

2.2.9使用鼠标拖拽绘图 (14)

2.2.10优化结构 (14)

2.2.11编辑原子标签 (14)

2.2.12使用画链工具 (15)

2.3清除屏幕 (16)

2.4使用ACD/字典 (16)

2.5翻转结构 (17)

2.6输出 (19)

2.6.1保存ChemSketch(.sk2)文件 (19)

2.6.2保存结构为MDL Molfile 格式 (19)

2.6.3打印 (20)

2.6.4在文件中插入结构式 (20)

3.绘制更复杂结构 (21)

3.1目标 (21)

3.2使用基团表 (21)

3.3使用环节构 (22)

3.4删除原子和基团 (23)

3.4.1同时删除多个原子 (24)

3.5替换原子 (24)

3.6设置双键和三键 (25)

3.7标定电荷和定义阳离子与阴离子 (25)

3.8标记键 (27)

3.8.1原子团标记键 (28)

3.9使用立体键 (29)

3.10绘制配位键 (30)

3.11离域电荷及曲线 (33)

3.12更多键类型 (34)

3.13改变原子属性 (37)

4.超级结构、简化线性分子式和化学反应式 (39)

4.1目标 (39)

4.22D-优化 (39)

4.2.1创建环烷烃结构 (39)

4.2.2画环形的缩氨酸 (40)

4.3简化线性分子式(SMILES N OTATIONS) (41)

4.3.1创建简化线性分子式 (42)

4.3.2从简化线性分子式创建结构式 (42)

4.4IUPAC国际化学标识分子式 (43)

4.4.1生成国际化工标识分子式 (43)

4.4.2从国际化学标识分子式生成结构 (44)

4.53D-优化 (45)

4.5.1创建双[2,2,2]环己烷结构 (45)

4.5.2创建三蝶烯结构 (46)

4.5.3创建立方烷结构 (47)

4.5.4创建C20球碳分子 (49)

4.6绘制、标记和映射化学反应 (50)

4.6.1绘制化学反应 (50)

4.6.2标记化学反应 (52)

4.6.3映射化学反应 (52)

4.6.4计算化学反应数据——仅限商业版! (54)

5.高级绘制:模型 (56)

5.1目标 (56)

5.2概述 (56)

5.3原子团表 (56)

5.3.1创建荧光胺结构 (56)

5.4快速模型工具 (58)

5.4.1创建环状体聚物结构 (58)

5.5模型窗口 (59)

5.5.1创建DNA分子片断 (59)

5.5.1.1绘制去氧核糖-5-磷酸盐链的图象 (60)

5.5.1.2添加碱基 (61)

5.6绘制复杂的生物化学结构 (61)

5.6.1创建β-麦芽糖酶结构 (61)

5.7定义用户模型 (63)

5.7.2*.cfg模板文件 (64)

6.计算宏观性质 (65)

6.1概述 (65)

6.2计算宏观性质 (65)

6.2.1菜单命令 (65)

6.2.2状态栏自动显示 (66)

6.3计算单一同位素质量 (66)

7.特殊功能键 (67)

7.1目标 (67)

7.2同分异构体 (67)

7.2.1举例 (68)

7.2.2化学文献中的错误 (68)

7.3字典 (70)

7.4ACD/免费名称附件 (70)

7.4.1ACD/免费名称的局限 (71)

8.结构搜索――仅限商业版! (72)

8.1目标 (72)

8.2搜索结构 (72)

8.2.1通过哪些文件搜索 (72)

8.2.2鉴于搜索结果 (74)

9.创建绘画对象 (76)

9.1目标 (76)

9.2绘制反应能量图 (76)

9.2.1画一条曲线 (76)

9.2.2修改曲线 (77)

9.2.3绘制X、Y轴 (78)

9.3绘制各种不同轨道 (79)

9.3.1绘制p轨道 (79)

9.3.2绘制d轨道 (80)

9.3.3绘制pi轨道 (81)

9.4绘制真空蒸馏装置 (82)

9.4.1在图形上加注释 (83)

9.4.1.1文字注释 (84)

9.4.1.2插入注释框 (85)

9.4.1.3修改注释框的形状 (85)

9.4.1.4将元素编组/拆开 (86)

9.5绘制一个双链DNA螺旋结构 (86)

9.6绘制脂肪和胶体 (89)

9.6.1绘制脂肪 (90)

9.7创建表格 (91)

9.7.2插入表格 (93)

9.7.3置入数据 (93)

9.7.4修改表格内容 (95)

9.7.5编辑表格外观 (96)

10.管理文件 (98)

10.1插入页眉和页脚 (98)

10.2转换成PDF――仅限商业版! (99)

10.3创建海报 (99)

11.结构模式中的样式 (101)

11.1目标 (101)

11.2改变结构样式 (101)

11.2.1应用期刊样式 (101)

11.2.2准备发表 (102)

11.3创建用户样式 (102)

11.3.1用户定义样式:糖 (103)

11.3.2用户定义样式:磷酸盐 (103)

11.3.3用户定义样式:碱 (104)

11.3.4用户定义样式:强调 (104)

11.4应用现有样式 (105)

11.5设定默认样式 (106)

12.画图模式中的样式 (107)

12.1目标 (107)

12.2改变对象样式 (107)

12.3保存样式 (107)

12.4应用现有样式 (108)

12.5设置默认样式 (108)

12.6管理样式 (108)

13.创建汇报模型 (110)

13.1目标 (110)

13.2关于汇报模型 (110)

13.3输入汇报模型 (110)

13.4插入模型对象 (111)

13.5设定显示参数 (112)

13.6编排模型对象 (117)

13.7保存和应用汇报模型 (117)

1.ACD/ChemSketch基础

1.1 目标:

本章讲解如下内容:

如何启动ACD/ChemSketch

如何设定和改变文件可兼容的文件类型(File Assosciation)

如何设定默认文件路径

如何退出ACD/ChemSketch

1.2 启动ACD/ChemSketch

安装完毕后,按以下步骤操作可启动程序。

1. 打开Windows。

2. 双击图标,启动;

或任务栏中,由开始菜单击图标;

或在ACD栏目中双击CHEM.exe程序文件;

或从正在运行的其他ACD程序中的ACD/Labs目录中选择ChemSketch。

3. 如果是免费版本,您将看到15秒ACD产品滚动图象,请等待并点击取消键(Cancel)。

1.3 设定可兼容的文件类型

1. 在您第一次使用此软件时, 设定可兼容的文件类型(File Associations)对话框将出现.

2. 这些可兼容的形式包括CS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) , 可能还有其他格式的文件, 这些文件都可以在ChemSketch中打开. 具体做法是在您想要添加的选项前的方框内点上对号, 然后点击YES键即可。

3. 如果您不知道或者不确切地知道ChemSketch将打开的文件的扩展名, 不要选任何选项, 然后点击NO键。

4. 然后今日诀窍(Tip of the Day)窗口将跳出, 您可以在阅读结束后关闭。

1.3.1改变可兼容的文件类型

在您没有选择可兼容文件类型以前, ChemSketch将自动使用默认的文件类型,您可以随时改变默认文件类型, 只要在文件(File)菜单下选择相关ACD产品命令(File Associations)即可。

重要启事:如果在Window NT的系统中您没有被授权改变可兼容文件的同时选择File Associations的命令,会出现警告信息,请联系您的系统管理员解决问题。

如果您已经选择了所有的可兼容文件类型, 一条信息会提示您已经选择了所有的文件类型-“all supported file types are alr eady associated with the current application, 您可以通过Windows Explorer选择选项:

1. 打开Windows Explorer, 选择您想选的选项:

2. 按住SHIFT键, 在要打开的文件上右击鼠标,在菜单中选择Open With.

3. 选择您要打开的文件相对应的文件类型, 然后选择Always use this

program(只要在前面的方框内打对号即可)。

4. 点击OK,然后关闭Windows Explorer.

1.4 改变默认路径

如果您使用的是单一用户(可以单独使用的版本), 默认路径可能是没有任何问题的.

如果您使用的是网络版本, 我们建议您改变您的默认路径,将您的文件保存在您自己的硬盘,而不是网络服务器。当做好了单机路径后, 再在每一个单机上进行以下操作:

1. 打开ChemSketch的窗口后,从Option s菜单中选择Preferences命令键。

2. 点击General, 然后在默认栏内键入每次您要输入, 打开, 保存和输出文件的路径。

注意: 在Private栏内, 您可以设定记录每次ChemSketch操作的设置。

3. 点击OK。

1.5 安装附件

从8.00的版本开始就可以安装附件了—编写的用于扩展主要应用的一些程序(有.ADDON的扩展名)。每个附件都包含了用于当前记录或整个数据库的一整套命令。当附件被安装, 它的命令可能被安置或在工具栏作为按钮或在主菜单作为添加子菜单的命令, 或二者都有。

请按以下步骤安装附件:

1. 从选择菜单, 选择附件组织者(Add-on Organizer)。

2. 点击添加, 在出现的打开对话框中, 找到.ADDON文件。点击打开将其添加至目录中。

3. 用户化一些添加选项, 在目录选择它点击编辑:

4. 在可用的命令框中,从ChemSketch界面选择命令是容易实现的。在插入区域, 选择添加命令应该增加的地方: 作为命令对菜单并且/或者作为按钮对一般工具栏(若通过附件自动执行)。点击OK。

5. 点击OK在附件组织者对话框和核实是否菜单或按钮增加到界面。

1.6 退出ChemSketch

您能从以下方式中选择任意一种来退出程序:

在屏幕右上脚点击。

在ACD/Labs菜单中选择Close All,这将退出所有ACD软件。

从File菜单中选择Exit,这将只退出现有的软件。

在退出之前, 计算机将提示您存盘。

2.绘制简单结构

2.1 目标

本章介绍绘制结构的一些基本知识, 这些功能只在结构模式适用。您将掌握以下的功能:

画原子, 化学键(单键, 双键, 三键, 共价键, 等等), 和标签。

翻转分子结构式。

选择, 旋转和扩大与缩小结构图。

将结构式输出至文件夹, 文件及打印机。

清理屏幕。

2.2 画原子、化学键和标签

ChemSketch的基本功能是画化学键和原子, 您必须在结构模式进行以下操作: 2.2.1使用常用画图工具

当程序开始时,常用画图工具是默认的。在这种模式下,您可以很容易地画直鏈和分支结构,并用元素周期表中的原子取代所画的原子。

5. 在画图模式(Draw Mode)下,从原子工具条选择碳原子。

6. 单击空白处,画出CH4。

7. 单击CH4以增加一个CH3基团,并以标准键长连接。再双击同一个碳原子,画

出。

8. 单击Set Bond Vertically, 将从上一步得到的结构旋转至。

9. 单击结构工具栏中常用画图工具。

10. 单击最右边的碳原子,画出。

11. 重复以上步骤,画出一些结构,,

2.2.2 双键和三键

1.在3.

2.1节的第7步所画的结构式中的最后一个单键上再次单击获得双键:

C

H 3C H 2

C H 3

2. 再次在双键上单击获得三键:

C

H 3C H

C H 3

3. 再次在三键上点击将重新得到单键.

2.2.3 个别原子的删除

如果您加了过多的原子, 可以逐一去除原子:

1. 点击Delete 键.

2. 在以上的分子结构上进行逐一去除原子的练习.

2.2.4 撤销命令

另外一个重要的功能是如何恢复以前的界面设置: 1.单击Undo

键。这会将ChemSketch 的界面恢复到以前的设置.

注意: 点击 Undo 键将会击活重做(Redo)键。 2.多次单击恢复Undo

键,直到将其恢复至以下结构:

C

H 3C H 3

C H 3

注意: Undo 键可以连续点击50次.

当您画比较复杂的结构或者物体时, 我们建议您养成及时保存文件的习惯。

2.2.5 聚合物

ChemSketch 提供了聚合物结构的绘制功能:

1.

在结构工具栏上点击Polymers 键,出现聚合物面板后就可以进行如下

设置的更改了:

2. 通过点击或拖拽来选定产生聚合物的区域。当区域被选择, 聚合物出现在工作

区:

3. 再次点击Polymers键就可以离开聚合物绘制模式。

2.2.6非原子

按照以下步骤来创建无终止的聚合物和弯键:

1. 在原子工具栏,点击Pseudo Atom键。

2. 点击结构的结束原子用空的原子替换他们。那么就可以得到一个无终止的聚合

物了。

2.2.7改变原子

按以下方式用一个原子工具栏中没有的元素替换当前元素:

1.点击撤销键直至回到下面的结构或者画出它:

2.单击原子工具条下的元素周期表(Periodic Table)键,打开元素周期表

(Periodic Table of Elements):

3.单击元素周期表中的氟(Fluorine)键 , 注意现在氟 (Fluorine)键出现在原子

工具条中。

4.单击最左边的碳(Carbon), 用氟原子替代碳原子:

注意:当您选择了元素周期表中的某个元素时, 相应的元素键将自动加到原子工具条中。去除工具条中的原子键可以通过双击任何一个原子键或者双击原子工具条, 然后选择YES。但是后者将删除默认原子以外的所有原子键。

2.2.8使用连续画图工具

当连续画图工具(Draw continuous Tool) 被激活后,只有在原子工具条中被选定的原子才能用于画化学键。点击工具条中的原子键,可使其成为被选中的原子。这

种连续画图工具模式在由一个选定原子“衍生”多个相同原子时,非常方便。

1.在结构工具栏中,点击连续画图键。或者单击鼠标右键,选择画图模式。

2.在原子工具栏(Atoms)中选择原子。

3.点击最右边的碳原子,双击以“衍生”出F原子。在同一碳原子上双击,以“衍生”

第二个F原子。

2.2.9使用鼠标拖拽绘图

在正常画图(Draw Normal)和连续画图(Draw Continuous)两种模式下,您可以从一个原子拖动鼠标到另一个原子,画出单键。如果您从一个空白处开始(或结束)拖动,将在开始处(或结束处)生成一个新的原子。在下面结构中,点击一端的碳原子,拖动鼠标到另一端的碳原子。

当正常画图(Draw Normal)和连续画图(Draw Continuous)被激活后,指向到终端碳的当中一个和扯拽到其它终端碳画以下结构:

2.2.10优化结构

点击结构工具栏中“清洁”命令,将使结构中所有的键长与角度平均化,得到

如下结构:

Clean命令不仅使键长和角度平均化,令结构看上去更好看,更使该结构符合于化学意义。例如循环结构,它将SP2轨道上的碳原子的键按120度分布,将SP轨道上的碳原子的键按180度分布。当画平面和立体异构体时,Clean命令保持以上特性将键长和角度平均化。

2.2.11编辑原子标签

编辑原子标签工具允许您用简短的缩写代替最终端的原子。

1.在原子工具栏中,点击原子标签工具键,然后将鼠标移动到结构中最右端的F原子上。

2.在打开的编辑标签(Edit Label)对话框中,键入(CH

2)

3

PH,再点击插入键

(Insert),画出如下结构。

3.选择改变位置(Change Position), 然后点击原子标签,调换Ph 和

)的位置得到以下结构:

(CH

2

提示:如果在选中Change Position键后, 用手指按住Shift, 同时点击结构中的原子标签将达到与3.同样的效果。

4.利用已激活的编辑原子标签工具(Edit Atom Label) ,点击已得到的缩写,将编辑标签对话框再次打开,点击“展开”(Expand)键,得到如下结构:

2.2.12使用画链工具

使用画链工具,通过点击和拖动鼠标,您可以很容易地画出长、短键。

1.点击结构工具栏中画链工具键,将鼠标移动到键头所指的原子上。

F

F

2.按下鼠标键,向左拖动。当鼠标离开结构时,自动生成碳链。注意鼠标箭头旁

的碳原子数(C#)随着碳原子的增减而变化:

3.激活画链工具(Draw Chains),在原子工具栏中选择F原子,点击最

左边的碳原子,衍生出F原子。点击结构工具栏中清洁工具键,得到如下

结构:

2.3 清除屏幕

如果您需要清除屏幕,您可以选择以下的一种方式:

从文件(File)菜单, 选择新建(New)。这将打开一个新的空白文件。

在左上方选择创建新页按钮(New Page),创建新的一页。

在编辑菜单中选择“全选”按钮(Select All),再选择“删除”命令(Delete)。

在工具栏中(General toolbar)点击删除(Delete)按钮,点击空白处,再点击结构的任意部分,将其全部删除。

2.4 使用ACD/字典

我们允许您从普通药品名字中查找分子结构, 但这个模块是只可利用的在

ACD/ChemSketch的商业版本。如果您使用免费软件版本ACD/Dictionary是不可用的, 请跳过这个部分。

1.在参考工具栏点击ACD/字典按钮(ACD/Dictionary)来显示ACD/字

典:

2.在对话框的标题栏上单击鼠标右键来显示快捷菜单,确信没有选中复制带有命

名的结构(Copy Structure with Name)。

3.在快速查找箱,输入咖啡因。当您键入名单即显示对应的名称。当必需的名称

在表单中可见的时候,点击它来选择。对应的结构就会被显示在右边的预览区

域。

4.将被选择的化合物置入工作区,点击OK即可。

5.结构阴影附有指针,指向空白区域并点击即可插入结构:

注意:更多细节在ACD/Dictionary选项中, 参见ACD/Dictionary User's Gudie位于ACD/Labs文献文件夹(\\DOCS\DICT.PDF) 。

2.5 翻转结构

您可以在结构工具栏中通过点击一个键来实现整个结构的旋转和翻转。

1.我们拿前面一节字典中的或手工绘制的咖啡因为例,将下图中红线标记的双键进行

翻转。

2.点击设置水平键(Set Bond Horizontally)然后再点击目标键使其处于水平,

结构其它部分将相应转动。用该工具反复点击此键可使结构绕键不断翻转。

3.点击设置垂直键(Set Bond Vertically)然后点击目标键使其处于垂直,其它

部分将相应翻转。

4.点击翻转键(Flip on Bond)然后点击目标键,结构将会绕着被点击的键转动。

5.首先选中整个分子(或基团),点击上下翻转(Flip Top to Bottom)按钮,则

选中的结构或基团(若无选中项,则所有已绘结构)将从上部旋转至下部。

6.点击左右翻转( Flip Left to Right)使被选结构或基团(若无选中项,则所有已

绘结构)将从右方旋转至左方。

注意:应用翻转工具可能改变立体结构。可以从选项(Options)菜单中选择参数(Preferences),然后切换至结构(Structure)标签来进行控制。保持立体构型(Keep Stereo Configuration on)选区将控制程序是否对分子的真实3D排列进行记忆:

它可以保持真正的3D 结构的分子结构. 我们建议选择Flips, 这样一来尽管位置改变了, 分子结构将和翻转以前的一样.

l

B

r

Yes

否则,分子将变成原来分子的对应异构体:

l

B

C r

H N o

2.6 输出

输出的方式有存盘, 打印或者插入其他文件中, 如: MS Word, Excel 等. 您还可以试试I-Lab 服务。(参见ACD/I-Lab User ’s Guide 位于ACD/Labs 文献文件夹,\\DOCS\ILAB.PDF )

2.6.1 保存ChemSketch(.sk2)文件

将我们在前一节中所画的结构式存为ACD 格式,1 文件名为example1.sk2。 1. 从File 菜单选择 Save 。

2. 在对话框中输入文件名和路径, 然后点击 OK 。

2.6.2 保存结构为 MDL Molfile 格式

一种比较标准的文件格式是由MDL 公司开发的MDL molfile 格式。注意: 只有结构式可以存盘, 图象和文字不能以这种格式存盘。 1. 选择您要存盘的结构式。

2. 从文件夹(File )菜单选择输出(Export )命令, 在对话框下部的文件类型选择栏中选择MDL Molfiles :

3. 输入文件名和路径, 点击 OK 。

1

SK2 格式的细节请参阅 https://www.wendangku.net/doc/9714968516.html,/download/#misc .

2.6.3打印

其它方式保存您的工作将打印报告。在开始的打印之前, 核实页面设置。

1.若您想设置海报选项,从文件菜单, 选择页面设置显示您能指定纸张大小,

取向等(更多有关海报制作的细节可在11.3获得)。

2.点击OK保存。

3.点击全页(Full Page)键进行预览。

4.进行适当的调整。

5.从文件夹(File)菜单选择打印( Print) 或者点击。点击OK开始打印。

2.6.4在文件中插入结构式

有时侯您需要将结构式插入其他类型的文件中。例如: Word document, Excel spreadsheet等。

1.选择所需的结构式。

2.若想从图画板拷贝结构式, 单击拷贝键。

或者

从编辑(Edit)菜单键选择拷贝Copy命令。

或者

在键盘上按CTRL+C 键。

3.然后在您选定的文件中, 点击粘贴(Paste)键。

重要说明:当把结构式粘贴至其他文件时, 如: Microsoft Excel, 结构式可能会变成数字或者图形(MDL molfile格式), 为了得到结构式, 可以点击特殊粘贴(Paste Special), 在粘贴选择(paste options)中, 选择ACD ChemSketch 2.0 Object 或者Picture键, 前者将结构式作为OLE物体插入, 因此您可以将插入的结构式通过ChemSketch 进行修改。

ACD_ChemSketch_10_中文使用指南

ACD/ChemSketch Version 10.0 for Microsoft Windows 中文使用指南化学结构式和图形图像的绘制

高级化学发展有限公司(ACD) 本书版权归ACD公司所有。?1997-2006 ACD/LABS 是ACD公司商标。 Microsoft和Windows是微软公司在美国(或其他国家)注册商标。?2006 IBM(International Business Machines)是国际商用机器公司注册商标。?1994-2006 Adobe,Acrobat, PDF(Portable Document Formats)及关联数据结构等都是Adobe系统组合公司在美国(或其他国家)的注册商标。?2006 Camtasia是TechSmith公司的注册商标,Camtasia Studio是TeachSmith公司的商标。? 1999–2006 本指南中提到的所有商标均属于其拥有者。且所有的商标均是被许可的。 本说明书中内容可能不在任何通告下进行改变,公司对以下情况不承担责任,包括但不限于商业或任何其他特殊用途。公司对使用该说明书而直接、间接、专门、附带的和因此而引起的任何错误不承担责任。

目录 1.引言 (8) 1.1免费版 (8) 1.2关于本指南 (8) 1.2.1高级理解 (9) 1.3鼠标惯用法 (10) 1.4更多信息 (10) 1.4.1如何联络我们 (11) 1.4.2在线升级 (12) 2.ACD/CHEMSKETCH基础 (13) 2.1目标: (13) 2.2启动ACD/C HEM S KETCH (13) 2.3设定可兼容的文件类型 (13) 2.3.1改变可兼容的文件类型 (14) 2.4改变默认路径 (15) 2.5安装附件 (16) 2.6退出C HEM S KETCH (17) 3.绘制简单结构 (18) 3.1目标 (18) 3.2画原子、化学键和标签 (18) 3.2.1使用常用画图工具 (18) 3.2.2双键和三键 (19) 3.2.3个别原子的删除 (20) 3.2.4撤销命令 (20) 3.2.5聚合物 (20) 3.2.6非原子 (21) 3.2.7改变原子 (21) 3.2.8使用连续画图工具 (23) 3.2.9使用鼠标拖拽绘图 (23) 3.2.10优化结构 (24) 3.2.11编辑原子标签 (24) 3.2.12使用画链工具 (25) 3.3清除屏幕 (26) 3.4使用ACD/字典 (27) 3.5翻转结构 (28) 3.6输出 (30) 3.6.1保存ChemSketch(.sk2)文件 (30) 3.6.2保存结构为MDL Molfile 格式 (30) 3.6.3打印 (31) 3.6.4在文件中插入结构式 (32) 4.绘制更复杂结构 (33)

ChemDraw的使用方法

ChemDraw的使用方法【基本功能篇】 ChemDraw是一款学化学的人基本都知晓的画结构式的软件,现已更名为ChemBioDraw 这是一款对于我们研究化学的人来说不可缺少的软件之一,但是能够完整使用它所有动能的人,我想应该很少吧?当然,笔者也是其中之一。 所以,也为了自我学习,就写了一下这篇文章。当然,这篇文章可能无法完全涵盖chemdraw所有的功能,这点也请大家见谅(^_^;)。 前言 有了ChemDraw,我们就能准确的画出标题图这么好看的结构式。但是chemdraw不是免费使用的,要买正规版还是需要花点钱。虽然在中国,大家都用破解版,笔者在这里还是推荐大家尊重知识产权,能够尽量花钱买正版。如果你只是一个大学生,为了写一下作业的话,有两款免费的软件推荐,它们是MarvinSketch和ChemSketch。当然,如果是专门的研究人员,或者硕士博士的话,还是建议买一个完整版。 笔者现在用的是ver.13。本文主要以这款进行说明探讨(2015年1月开始ChemDraw的最新版本是ver.14)。如果仅仅是画一些结构式的话,版本的更新之间的差异不是特别大。

接下来在这里主要介绍一些使用频率比较高的菜单。 File菜单打开的话,除了保存等功能以外,也可以对页面进行一些设定。Open Style Sheets :因为默认的样式表画出来的结构式并不是很漂亮,所 以首先选择你想投的杂志所对应的结构式。初学者的话一般推荐ACS格式。具体的在后面会介绍 Document Setting :可以进行包括结构式的各种样式的设定。 →Layout :在布局方面,经常在画到一半的时候,页面空余不够了。这个时候我们就可以点击Document Size→Height?Width把操作页面扩展后,确保有足够的空间供我们作图。

ACD ChemSketch1.0 简单使用说明

ACD/ChemSketch1.0 简单使用说明 作为一个化学工作者,免不了要写写学术文章。在个人电脑如此普及的今天,文字编辑早就告别了纸与笔,进入了电脑时代,用上了WPS、WORD中文版等文字编辑软件。各种数学公式用WORD中的公式编辑器也可非常方便地输入。可如果要在文章中用到分子结构式、化学方程式,便遇到了难题—没有专业绘制分子结构式的软件。许多人只好用WINDOWS里的画笔一点一点画出分子结构式,不但非常麻烦,而且一点也不美观。还有人就干脆又回到了过去,用手工进行绘制。在这里,我向大家推荐一个完全免费的专业绘制分子结构式的软件,那就是ACD/ChemSketch 1.0。 ACD是软件开发公司的简称,其全称为Advanced Chemistry Development Inc., 是位于加拿大的一家专门制作各种专业化学软件的公司。ACD/ChemSketch是该公司所作软件中的出色代表,目前的最新版本为3.5,但作为商业软件,价格不菲。随着3.5版本的推出,该公司为了扩大其影响,将1.0版本作为免费软件向大众推出,欢迎大家免费使用并互相推荐。尽管是1.0版本,但我使用后,发现其功能强大,运行迅速快捷,使用方便,绘制各种两维分子式得心应手,比我曾经使用过的另一绘制分子式软件ChemWindows(化学之窗)要好用得多,值得向大家推荐。 ACD/ChemSketch1.0安装文件为一自解压可执行文件,大小约880K,安装后为1.7M,运行环境为Windows 3.x或Windows 95。下面我简单介绍一下它的功能与用法。 运行ACD/ChemSketch1.0后,显示的画面如图所示。 最下面的两个按钮为绘制分子式模式与绘制简图模式切换按钮(上图显示的为绘制分子式模式)。两个按钮上方区域为快速帮助栏,每当鼠标移动到各个功能按钮上,在此栏中就会显示相应的帮助说明,以方便用户的操作。再向上一栏为所绘分子式状态栏,可直接显示所绘分子的分子式、分子量以及各元素的分子量百分比。 中间为绘图区。在绘图区的左右及上方,各有一排工具按钮,绘图时,利用这些工具按钮,可以极大地方便分子式的绘制。 最上面的部分为菜单栏。菜单栏中的帮助菜单,对该软件的使用,有详细的说明。 三排工具按钮中,最左面一排为元素按钮。选中某一元素,在绘图区中点击或拖动鼠标,就输入相应的元素。

ChemSketch 12 菜单及其功能

ACD/ChemSketch 12 ACD/3D Viewer 12 菜单及其功能 张忠诚 山东大学化学与化工学院 2012年1月

目录 ACD/ChemSketch 简介 (6) 主要功能特点 (6) 绘图 (6) 结构搜索 (7) 化学 (7) 商业版和免费版功能对照 (7) 安装 (8) 启动 (10) 在Windows中启动 (10) Office中启动 (13) 菜单栏(Structure模式) (13) File 文件 (14) Save As... 另存为... (14) Run ChemBasic... 运行ChemBasic... . (15) Forms Manager... 表单管理器... (16) Page Setup... 页面设置... . (18) Property 属性 (18) Send 发送电子邮件 (19) Edit 编辑 (19) Insert Object... 插入对象... (20) Pages 页面 (20) Color... 颜色... .. (20) Header and Footer 页眉和页角 (21) Tools 工具 (22) Structure Properties 结构属性 (23) Current Style 当前风格 (23) Common 常规 (24) Clean Structure 结构清理 (24) Check Tautomeric Forms 检查互变异构体 (24) 3D Structure Optimization 3D结构优化 (25) MassSpec Scissors 同位素质量 (25) Show Aromaticity 显示芳香性 (25) Hide Aromaticity隐藏芳香性 (26) Expand Shorthand Formulae 扩展分子简式 (26) Add Explicit Hydrogens 显示已知H (26) Remove Explicit Hydrogens 隐藏已知H (26) Bring Bond(s) to Front 键前置 (27) Send Bond(s) to Back 键后移 (27) Auto Renumbering 自动编号 (27) Clear Numbering清除编号 (28) Generate创建 (28) Name for Structure 结构式命名 (28)

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化 学教学中的应用 新课程化学教学,将功能强大的专业化学软件引入到中学化学教学过程,帮助化学教师更圆满地完成教学任务,随时解决很多专业问题,提高了学生的学习兴趣,使学生对化学的怕变为对化学的爱,也使学生的能力得以加强,同时提高了教师的专业能力,强化了教学技能,为新世纪教师应具备现代教育手段打好基础。 关键词:新课程化学教学、专业化学软件 新课程化学教学在我区已经进行了三年,所有的必修和选修教材均已与广大师生见面,化学必修内容更广泛更新颖,选修的内容更深入、学科性特点更强。化学教师在课堂教学、撰写教学论文、制作多媒体课件等过程中,需使用计算机处理各类化学信息的地方更多。作为化学教师,在新课程的高中化学教学中了解一些易用且功能全面的专业化学软件(不是教师自编的课件)的使用是非常必要的。下面将简单介绍可用于新课程教学的几种常用化学软件,目的是帮助化学教师更圆满地完成教学任务,提高教学效果。 1.巧用化学金排,提高化学教师在新课程教学中的专业文档编辑能力。 新课程教学中,化学教师角色发生了转变,经常将化学教学研究用于实践,即在行动中研究,这就需要教师经常总结教学成果,进行各种化学专业的教学设计。此时,要对化学专业文档进行专门的处理。化学金排是以Microsoft Word 为依托的一个国产化学软件,化学中常用的单质和常见化合物的电子式、氧化还原反应中的电子转移表示、原子结构示意简图、有机物结构式和有机反应方程式的输入等均很容易实现,化学仪器的自由组装很方便,还有大量的成套的中学化学装置随时可供化学教师调用。在各类化学符号输入过程中,可以自动识别大小写和上下标。教师接触到该软件后不用专门学习,很容易就会使用,是中学化学教师在新课程教学过程中化学文档编辑的有用帮手。

化学结构式编辑软件ChemDraw课程

目录 第一章 chemdraw基础知识 (1) 1.1、工作环境 (2) 1.1.1工作环境综述 (2) 1.1.2 图形工具板 (2) 1.2 chemdraw的基本操作 (4) 1.1.1 chemdraw文件的建立 (4) 1.1.2 打开chemdraw文件 (4) 1.1.3 chemdraw文件的存储 (5) 1.1.4 关闭chemdraw文件 (6) 1.1.5 退出chemdraw (6) 第二章实例指导 (7) 2.1指导实例1 反应方程式 (7) 2.1.1 绘制前的操作准备 (7) 2.1.1 绘制实例 (8) 2.2 指导实例2 绘制中间体结构 (14) 2.3 指导实例3 复杂环化合物 (17) 2.4 指导实例4 Fischer葡萄糖结构图 (20) 2.5 指导实例5 绘制透视图形 (22) 2.6 指导实例5 Newman结构 (25) 练习: (28)

第一章chemdraw基础知识 计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。它不仅能够帮助我们进行文字及图形处理等文书工作,而且可以在化学学习与研究的各个方面协助我们更快、更好的工作。本章介绍一些常用的能在PC机上使用的化学类软件,以期能帮助读者在自己的学习和研究中做出有效、快速的选择。 有关化学结构式编辑的软件市面上非常之多,它们各有所长。既有商品的,亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类软件有:ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw, ChemSketch等。前两个为商业软件,有关它们的资料可以查阅各自的网站https://www.wendangku.net/doc/9714968516.html,/ 和https://www.wendangku.net/doc/9714968516.html,/。后两个对教育界及家用为免费软件,可以在它们各自的网站https://www.wendangku.net/doc/9714968516.html,/和https://www.wendangku.net/doc/9714968516.html,/上下载。 ChemDraw是世界上使用最多的大型软件包ChemOffice中的一个组件,其它两个组件为Chem 3D(分子结构模型)和ChemFinder(化学数据库信息),其最新版本是Chem Office 2004(ChemDraw Pro 8.0、Chem3D Ultra8.0、ChemFinder Ultra8.0) 。ChemDraw是国内外最流行、最受欢迎的化学绘图软件,它可以建立和编辑与化学有关的一切图形。例如,建立和编辑各类化学式、方程式、结构式、立体图形、对称图形、轨道等,并能对图形进行翻转、旋转、缩放、存储、复制、粘贴等多种操作。基于国际互联网技术开发的智能型数据管理系统,包含的多种化学通用数据库共四十多万个化合物的性质、结构、反应式、文献等检索条目的分析和利用,可为化学家的目标化合物设计、反应路线选择和物化性质预测以及文献的调用提供极大的方便。该软件可以运行于Windows平台下,使得其资料可方便地共享于各软件之间。除了以上所述的一般功能外,其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如:熔点、生成热等;对结构按IUPAC原则命名;预测质子及碳13化学位移动等。

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