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MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)

MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)
MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)

MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)

本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的

分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化,是用它的DNA序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?序列的选取要遵循以下原则:1)如果DNA序列的两两间的一致度≥70%,选用DNA 序列。因为,如果DNA序列都如此相似,它的蛋白质会相似到看不出区别,这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列,而不选蛋白质序列。2)如果DNA序列的两两间的一致度≤70%,DNA序列和蛋白质序列都可以选用。

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件,注意:所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。

想要做系统发生树先要做多序列比对,然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树,所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对,也可以输入一条原始序列,让MEGA先来做多序列比对,再建树(一般我们都是原始序列)。所以我们以后者为例。

2.打开MEGA软件,选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件,这时会询问以何种方式打开,我们是原始序列,需要先进行多序列比对,所以选择“Align”。如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。

3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对(MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法,这里选择熟悉的ClustalW),弹出窗口询问“Nothing selected for alignment,Select all?”选择“OK”。

4. 之后,弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和EMBL在线多序列比对一样,可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分(罚分填写的是正数,计算时按负数计算)等参数。MEGA的所有默认参数都是经过反复考量设置的,这保证了MEGA傻瓜机全自动档的品质,所以当你无从下手,或者没有什么特别要求的时候,直接点击“OK”,接受这些默认参数,开始多序列比对。

了解两个参数:

①替换记分矩阵,替换记分矩阵是反映残基之间相互替换率的矩阵,也就是说,它描述了残基两两相似的量化关系。DNA 序列有DNA 序列的替换记分矩阵,蛋白质序列有蛋白质序列的替换记分矩阵,两者不可混用。

DNA 序列的替换记分矩阵主要有三种:1)等价矩阵。相同核苷酸得分为1,不同核苷酸间的替换得分为0。由于不含碱基的理化信息和不区别对待不同的替换,一般只用于理论计算。2)转换-颠换矩阵。转换:DNA分子中的嘌呤被嘌呤或嘧啶被嘧啶替换。颠换:DNA分子中的嘌呤被嘧啶或嘧啶被嘌呤替换。在进化过程中,转换发生的频率远比颠换高。为了反映这一情况,转换-颠换矩阵中,转换的得分比颠换要高为-1 分,而颠换的得分为-5 分。3)BLAST 矩阵。经过大量实际比对发现,如果令被比对的两个核苷酸相同时得分为+5 分,不相同为-4 分,这时比对效果最好。这个矩阵广泛地被DNA 序列比较所采用。没有为什么,就是好,实践经验所得。因为这个矩阵最早应用于BLAST 工具,因此得名BLAST 矩阵。

蛋白质的替换记分矩阵要比核酸的复杂一些: 1)等价矩阵。相同得1 分,不同得0 分。2)PAM矩阵。基础的PAM-1矩阵反应的是进化产生的每一百个氨基酸平均发生一个突变的量值,是基于相似度>85%的序列产由统计方法计算得到的。由PAM-1 自乘n 次可以外推得到 PAM-n ,表示发生了更多次突变。如果序列亲缘关系远,也就是说序列间会有很多突变,那就选PAM 后面跟一个大数字的矩阵;如果亲缘关系近,也就是突变比较少,序列间大多数地方都是一样的,那就选PAM 后面跟一个小数字的矩阵。3)BLOSUM矩阵。后面也有一个编号,是通过对大量符合特定要求的序列计算而来的。比如BLOSUM62是指这个矩阵是由一致度≥62%的序列计算得到的。如果序列亲缘关系远,序列相似度低,那就选BLOSUM 后面跟一个小数字的矩阵;如果序列亲缘关系近,序列相似度高,那就选BLOSUM 后面跟一个大数字的矩阵。总结,亲缘关系较近的序列之间的比较,用PAM 数小的矩阵或BLOSUM 数大的矩阵;而亲缘关系较远的序列之间的比较,用PAM 数大的矩阵或BLOSUM数小的矩阵。对于关系较远的序列之间的比较,由于PAM250 是通过矩阵自乘推算而来的,所以其准确度受到一定限制。相比之下BLOSUM 矩阵更具优势。对于关系较近的序列之间的比较,用PAM 或BLOSUM 矩阵做出的比对结果,差别不大。如果关于要比较的序列不知道亲缘关系远近,那么就闭着眼睛用BLOSUM62 吧!如果你记

不住或者听不懂上面讲的种种,那就记住 BLOSUM62 这个名字,也可以走遍天下全不怕!

②空位罚分包括两种:gap 开头(gap open)和gap延长(gap extend)。默认gap开头罚分高,gap延长罚分低,这样得出的结果gap很集中,有很多长串出现的gap,这可以比对两条很相似的序列--同源序列;相反,如果gap开头罚分少,gap延长罚分高,比对结果gap就比较分散,极少出现连续长串的gap(可以想象其中的原因,总是要保证得分高),这可以比对两条绝大部分序列都很相似,但其中一条的一个功能区在另一条序列中是缺失的两条序列,可以找出这个功能区。

5. 比对过程是先进行双序列比对,在进行多序列比对,最后会出现一个多序列比对结果。将之作为中间结果保存下来。在Alignment Explorer窗口中选择“Data”→“Export Alignment”→“MEGA Format”。这里一定选择MEGA format以方便MEGA后续分析(其他格式适用于其他软件的分析),MEGA自动赋予“.meg”后缀名,保存后,

弹出窗口,“为这组数据命名”,自己看得懂知道就可以,我这里命名为“il1r2 alignment”。

6. 生成的“.meg”文件可以双击直接导入MEGA。也可以将其拖入MEGA主窗口中。拖入后主窗口增加了一个“TA”按钮,点击弹出新窗口“Sequence Data Explorer”,其是多序列比对结果。再点击“Sequence Data Explorer”上的“TA”按钮,点击后多序列最上面增加了一行,这一行是根据多序列比对结果分析得出的共有序列(consensus sequence),也就是一列里出现次数最多的字母。多序列比对中每一列里的字母如果和共有序列相同则打点,不同则标出不同的字母,空位还是空位。

如果还想进一步了解序列的保守程度,可以点击“C”按钮,以黄色标记保守序列;或者点击“V”按钮,以黄色标记不保守序列。通过进一步的分析,可以淘汰掉一些序列,比如海选的的序列里有一些不合群的序列,就可以把他们去掉,不让他们参与建树,以免影响建树质量。

此外,还可以对这些序列进行分组标记。点击分组按钮,点击“加号”按钮,更改组名,然后按住Ctrl键同时选中Ungrouped

Taxa 列表中的要放入这个组的序列,选中后点击“箭头”按钮,即可将序列放入分组。同理,可以创建其他分组。当序列数量较多时,人为分组,可以从树上更加清晰的看出组内哪些成员叛逃了去了别的组。

此外,输入序列的名字较长,作为构建的系统发生树上叶子的名字,会破坏树的外观也不利于信息的解读。因此,需要人为修改一

下序列的名字。选中序列后点击,把名字改为能区分彼此的关键词,全部改好之后点击“save”按钮,准备工作全部完成。

7. 开始建树。点击MEGA主窗口上的Phylogeny下拉菜单,选择Neighbor Joining(最近邻居法)。弹出窗口询问是否使用当前.meg 里面的数据,选Yes。接下来,弹出参数设置窗口(Analysis Preferences)。参数设置对构建的系统发生树的准确程度非常重要。在树构建好之后,还经常需要根据树的具体情况,重新设置参数,并重新建树,如此反复,纸质结果令人满意为止。同样的如果对参数设置摸不着头脑,就接受默认设置,也能做出基本满意的系统发生树。至少应该掌握其中三个参数的设置:

① Test of Phylogeny(建树的检验方法),是用来检验建树的质量的。默认的检验方法是Bootstrp method (步长检验)。步长检验需要设

定检验次数,通常为100的倍数,默认设置为500。步长检验是根据所选择的建树方法,计算并绘制指定次数株系统发生树。因为大多数建树的方法的核心算法都是统计概率模型,所以每次计算出来的树都会有所差别。而剑豪的系统发生树上每个节点上都会标有一个数字,它代表了指定次数次计算所得出的系统发生树中有百分之多少的树都含有这一节点。一般来讲,绝大多数节点上的数值都大于70%的树才可信。个别低于70%的节点可以暂且容忍,或通过添加、山间序列来改善质量。

② Substitution Model。是选择计算遗传距离时使用的计算模型。理论上应该尝试各种模型,根据检验结果选择最合适的模型计算。但在实际操作中,可先尝试选用较简单的距离模型,比如p-distance。

③ Gap/Missing Data Treatment,大多数建树方法会要求删除多序列比对中含有空位较多的列。但是根据遗传距离度量方法的不同,删除原则也不同。如果是以序列间不同残基的个数来度量遗传距离的话,这里需要选择Complete deletion(全部删除)。如果是其他方

法,比如这里选用的NJ 方法,可以选择Partial deletion(部分删除)。删除程度定在50%,即,保留一半含有空位的列。

8. 按照以上方案参数设置后,点击“Compute”按钮,开始构建系统发生树。经过一番计算之后,新窗口Tree Explorer 里展示的就是创建好的系统发生树。这个窗口里有两个标签页。第一个是Original Tree(原始树),第二个是Bootstrap consensus tree(步长检验合并出来的树)。Bootstrap consensus tree 上,节点处的数字表示,经步长检验有百分之几的树具有这根树枝,即,反应了该树枝的可信度。当前构建的这株系统发生树中,绝大多数节点处的数值都是≥70 的话,这株树整体上就是可信的。

Original Tree 是步长检验构建的500 株树中的一株,未经过多棵树合并,所以树枝的长短可以精确代表遗传距离。此外,从这株树也可以看出之前的人为分组情况是不是发生了意想不到的变化。比如,有的可能似乎脱离了分组,成为了外类群,从而确定了树根。

树构建好之后,外形也许还不太令人满意。比如也许你想要将

树的外形改成圆形或三角型,可以通过按钮选择。或者你想要调整树枝的粗细或字体的大小,可以从View 下拉菜单下的Option 选项卡中调整。调整好之后,就可以把这棵树保存成图片了。保存图片可以点Image 下拉菜单,选择保存格式。或者将窗口放大,再点

按钮将树放大之后屏幕截图。

使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外,还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。

至此,一株NJ 树就构建好了。

一般说来,MEGA适用于对少量的序列进行比对和画Tree,如需处理大量或海量的序列数据,建议使用ARB。

构建进化树方法比较

【转载】分子进化树构建及数据分析的简介 分子进化树构建及数据分析的简介 mediocrebeing, rodger, lylover[1], klaus, oldfish, yzwpf [1] lylover. Email: lylover_2005@https://www.wendangku.net/doc/a3381403.html, 一、引言 开始动笔写这篇短文之前,我问自己,为什么要写这样的文章?写这样的文章有实际的意义吗?我希望能够解决什么样的问题?带着这样的疑惑,我随手在丁香园(DXY)上以关键字“进化分析求助”进行了搜索,居然有289篇相关的帖子(2006年9月12日)。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索,分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关,这里我保守的估计,大约有3,000~4,000篇帖子的内容,是关于分子进化的。粗略地归纳一下,我大致将提出的问题分为下述的几类:1.涉及基本概念。例如,“分子进化与生物进化是不是一个概念”,“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”,等等。 2.关于构建进化树的方法的选择。例如,“用boostrap NJ得到XX图,请问该怎样理解?能否应用于文章?用boostrap test中的ME法得到的是XXX树,请问与上个树比,哪个更好”,等等。 3.关于软件的选择。例如,“想做一个进化树,不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题,并且有没有说明如何做”,“拿到了16sr RNA数据,打算做一个系统进化树分析,可是原来没有做过这方面的工作啊,都要什么软件”,“请问各位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”,“请问有做过进化树分析的朋友,能不能提供一下,做树的时候参数的设置,以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思,说明的问题等”,等等。 4.蛋白家族的分类问题。例如,“搜集所有的关于一个特定domain的序列,共141条,做的进化树不知具体怎么分析”,等等。 5.新基因功能的推断。例如,“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树,这个进化树能否说明这个新基因A和B同源,属于同一基因家族”,等等。 6.计算基因分化的年代。例如,“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近,具体推算出他们之间的分歧时间”,“如何估计病毒进化中变异所需时间”,等等。 7.进化树的编辑。例如生成的进化树图片,如何进行后续的编辑,比如希望在图片上标注某些特定的内容,等等。 由于相关的帖子太多,作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时,作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念,作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》(Molecular Evolution and Phylogenetics)一书,以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7,作者之一lylover一般使用Powerpoint 进行编辑,而Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。

如何做系统进化树

大家好: 我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN (LINUX)。 在介绍软件之前,我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树,英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤:⑴要对所分析的多序列目标进行排列(To align sequences)。做ALIGNMENT的软件很多,最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW,前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。⑵要构建一个进化树(To reconstrut phyligenetic tree)。构建进化树的算法主要分为两类:独立元素法(discrete character methods)和距离依靠法(distance methods)。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的(例如:一个序列上可能包含很多的酶切位点,而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的,也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态,当多个序列进行进化树分析时,进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了)。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法(Maximum Parsimony methods)和最大可能性法(Maximum Likelihood methods);距离依靠法包括除权配对法(UPGMAM)和邻位相连法(Neighbor-joining)。⑶对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。进化树的构建是一个统计学问题。我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法,那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说,最大简约性法适用于符合以下条件的多序列:i 所要比较的序列的碱基差别小,ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率,iii 没有过多的颠换/转换的倾向,iv 所检验的序列的碱基数目较多(大于几千个碱基);用最大可能性法分析序列则不需以上的诸多条件,但是此种方法计算极其耗时。如果分析的序列较多,有可能要花上几天的时间才能计算完毕。UPGMAM(Unweighted pair group method with arithmetic mean)假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率,也就

乳酸菌系统进化树

Lactobacillus.plantarum 204Lactobacillus.pentosus Lactobacillus.paraplantarum 575Lactobacillus.collinoides Lactobacillus.brevis Lactobacillus.farciminis Lactobacillus.alimentarius Lactobacillus.paralimentarius Lactobacillus.kimchii Lactobacillus.sanfranciscensis Lactobacillus.lindneri Lactobacillus.fructivorans Lactobacillus.hilgardii Lactobacillus.parakefiri Lactobacillus.buchneri Lactobacillus.parabuchneri Lactobacillus.kefiri Lactobacillus.kunkeei P.selangorensis Lactobacillus.perolens Lactobacillus.algidus Lactobacillus.mali Lactobacillus.nagelii Lactobacillus.murinus Lactobacillus.animalis Lactobacillus.ruminus Lactobacillus.equi Lactobacillus.agilis Lactobacillus.cypricasei Lactobacillus.acidipiscis Lactobacillus.salivarius Lactobacillus.salicinius Lactobacillus.aviarius Lactobacillus.araffinosus Lactobacillus.coryniformis Lactobacillus.bifermentans Lactobacillus.sakei Lactobacillus.curvatus Lactobacillus.sharpeae Lactobacillus.manihotivorans Lactobacillus.rhamnosus Lactobacillus.zeae Lactobacillus.casei Lactobacillus.panis Lactobacillus.frumenti Lactobacillus.oris Lactobacillus.vaginalis Lactobacillus.pontis Lactobacillus.reuteri Lactobacillus.colehominis Lactobacillus.mucosae Lactobacillus.fermentum Lactobacillus.amylophilus Lactobacillus.johnsonii Lactobacillus.gasseri Lactobacillus.iners Lactobacillus.jensenii Lactobacillus.fornicalis Lactobacillus.psittaci https://www.wendangku.net/doc/a3381403.html,ctis Lactobacillus.delbrueckii Lactobacillus.bulgaricus Lactobacillus.acetotolerans Lactobacillus.hamsteri Lactobacillus.amylolyticus Lactobacillus.intestinalis Lactobacillus.gallinarum Lactobacillus.helveticus Lactobacillus.acidophilus Lactobacillus.crispatus Lactobacillus.amylovorus Lactobacillus.fructosus B.subtilis 99579999 99 704924 98 90 79 999999859996949999 9955 99 85746473999985 999445 404332 67 89 7599 998475999972 6599 5799 52 4798 92 97 91853836481621 59 49 3943 358829 37 12 16 0.01

Mega的使用以及进化树的绘制

1.MEGA构建系统进化树的步骤 2.CLUSTALX进行序列比对 1.MEGA构建系统进化树的步骤 1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件,注意:所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。如图: 2. 打开MEGA软件,选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL",在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK,找到准备好的序列文件并打开,如图: 。 3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐,对齐过程需要一段时间,对齐完成后,最好将序列两端切齐,选择两端不齐的部分,

单击右键,选择delete即可,如图: 。 4. 关闭当前窗口,关闭的时候会提示两次否保存,第一次无所谓,保存不保存都可以,第二次一定要保存,保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title,然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开,选择Yes,如图: 。 5. 回到MEGA主窗口,在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”,打开一个窗口,里面有很多参数可以设

置,如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书,不会设置就暂且使用默认值,不要修改,点击下面的Compute按钮,系统进化树就画出来了,如图: 在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图: 在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图: 在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”,

运用mega5构建系统发生进化树.

1.准备序列文件 准备fasta格式序列文件(fasta格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。 核酸序列: >sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列: >sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2.多序列比对 打开MEGA 5,点击Align,选择Edit/Build Alignment,选择Create a new alignment,点击OK。

这时需要选择序列类型,核酸(DNA)或氨基酸(Protein)。 选择之后,在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列(如果所有序列在同一个文件中,即可全选序列,复制)。也可以:点击Edit,选择Insert Sequence From File,选择序列文件(可多选)。

序列文件加载之后,呈蓝色背景(为选中状态)。点击按钮,选择Align DNA (如果是氨基酸序列,则会出现Align Protein)。弹出的窗口中设置比对参数,一般都是采用默认参数即可。点击OK,开始多序列比对。

比对完成后,呈现以下状态。 这时需要截齐两端含有---的序列:选中含有---的序列,按键Delete删除(注意:两端都需要截齐)。截齐之后,保存文件为:filename.mas

3.构建系统进化树 多序列比对窗口,点击Data,选择Phylogenetic Analysis,弹出窗口询问:所用序列是否编码蛋白质,根据实际情况选择Yes或No。此时,多序列比对文件就激活了,可以返回MEGA 5主界面建树了。

构建系统进化树的方法步骤

构建系统进化树的方法步骤 1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序,它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写,意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990[62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段,并作为内核向两端延伸,以找出尽可能长的相似序列片段。 首先登录到提供BLAST服务的常用网站,比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多,但所用的程序有所差异。它们都有一个大的文本框,用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明行,以“>”符号开始,后面是序列的名称、说明等,其中“>”是必需的,名称及说明等可以是任意形式,换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框,选择合适的BLAST程序和数据库,就可以开始搜索了。如果是DNA序列,一般选择BLASTN搜索DNA数据库。 这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。 BLASTN结果如何分析(参数意义): >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus Query: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58 Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120 || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118 Score :指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值,越高说明越相似;

MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)

MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例) 本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的 分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化,是用它的DNA序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?序列的选取要遵循以下原则:1)如果DNA序列的两两间的一致度≥70%,选用DNA 序列。因为,如果DNA序列都如此相似,它的蛋白质会相似到看不出区别,这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列,而不选蛋白质序列。2)如果DNA序列的两两间的一致度≤70%,DNA序列和蛋白质序列都可以选用。 1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件,注意:所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。 想要做系统发生树先要做多序列比对,然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树,所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对,也可以输入一条原始序列,让MEGA先来做多序列比对,再建树(一般我们都是原始序列)。所以我们以后者为例。 2.打开MEGA软件,选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件,这时会询问以何种方式打开,我们是原始序列,需要先进行多序列比对,所以选择“Align”。如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。 3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对(MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法,这里选择熟悉的ClustalW),弹出窗口询问“Nothing selected for alignment,Select all?”选择“OK”。 4. 之后,弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和EMBL在线多序列比对一样,可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分(罚分填写的是正数,计算时按负数计算)等参数。MEGA的所有默认参数都是经过反复考量设置的,这保证了MEGA傻瓜机全自动档的品质,所以当你无从下手,或者没有什么特别要求的时候,直接点击“OK”,接受这些默认参数,开始多序列比对。

进化树软件MEGA最新6.06说明书

第一步:打开软件 下面介绍菜单的使用: Data菜单: Creat a new :创建一个新的数据比对文件,也就是说当我们比对完一组后,想接着比对另一组,那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入; Open :打开先前已经比对并保存好的文件,它包含两个子菜单:retive sequence from file 和saved aligment session ; Close: 关闭当前的比对数据文件;

Save session :保存当前比对结果,可以给比对的结果一个文件名; Export alignment :将当前的序列比对结果输出到指定文件,有两种输入格式可供选 择:MGTA 和FASTA. DNA sequence :使用它来选择输入的数据DNA 序列,这里需要说明的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话,比对窗口只显示一个标签,若是DNA 序列的话则显示两个标签,一个是DNA 序列的,另一个是氨基酸序列的。 Protein sequences :选择输入的氨基酸序列,选择后,所以的位点就被当作氨基酸残 基位点来对待。 Translate/untranslate :只有比对的序列是编码蛋白的DNA序列的时候才可用。它可以根据指定的遗传密码表将DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。 Select genetic code table :使用它将编码蛋白的DNA 翻译成特定的蛋白序列。 R everse complement :将选择的一整行的DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。Exit alignment explorer :退出序列比对的资源管理窗口 Edit 菜单: 使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为 Undo:撤销上一步操作; Copy:复制;Cut:剪切;Paste:粘贴;这三个操作都可以只针对一个碱基或 氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列; Delete:从比对表格中删除一段序列; Delete gaps:去掉序列中的空缺; Insert blank sequence:重新插入一空行;标签和序列都是空的; Insert sequence from file :从已保存的文件中插入新的序列;

MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)教学文案

M E G A构建系统进化树的步骤(以M E G A7为 例)

MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例) 本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的 分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化,是用它的DNA序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?序列的选取要遵循以下原则:1)如果DNA序列的两两间的一致度≥70%,选用DNA序列。因为,如果DNA序列都如此相似,它的蛋白质会相似到看不出区别,这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列,而不选蛋白质序列。2)如果DNA 序列的两两间的一致度≤70%,DNA序列和蛋白质序列都可以选用。 1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件,注意:所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。 想要做系统发生树先要做多序列比对,然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树,所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对,也可以输入一条原始序列,让MEGA先来做多序列比对,再建树(一般我们都是原始序列)。所以我们以后者为例。 2.打开MEGA软件,选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件,这时会询问以何种方式打开,我们是原始序列,需要先进行多序列比对,所以选择“Align”。如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。 3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对(MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法,这

用MEGA构建进化树

如何用MEGA构建进化树 MEGA3、1就是一个关于序列分析以及比较统计得工具包,其中包括有距离建树法与MP建树法;可自动或手动进行序列比对,推断进化树,估算分子进化率,进行进化假设测验,还能联机得Web数据库检索。下载后可直接使用,主要包括几个方面得功能软件:i)DNA与蛋白质序列数据得分析软件。ii)序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析得软件。iii)对基因频率与连续得元素分析得软件。iv)把序列得每个碱基/氨基酸独立瞧待(碱基/氨基酸只有0与1得状态)时,对序列进行分析得软件。v)绘制与修改进化树得软件,进行网上blast搜索。 用MEGA构建进化树有以下步骤: 1、16S rDNA测序与参考序列选取 从环境中分离到单克隆,去重复后扩增16S rDNA序列并测序,然后与数据库比对,找到相似度最高得几个序列,确定一下您分离得细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定您分离得到得就就是Blast到得那个,然后找一到两个同科得,再找一到两个同目得,再找一到两个同纲得细菌,把序列全部下下来,以FSATA形式整合在TXT文档中,如 >TS1 GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCTCGGGA TGCATGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC >gi|117572706|gb|EF028124、1| Rhodococcus sp、Atl25 16S ribosomal RNAgene,partial sequence CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGA TCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGAT >TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGA TTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGA CGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGG GAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT >gi|56383044|emb|AJ809498、1|Bacillus cereus partial16S rRNA gene, strainTMW 2、383 GA TGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGA TAACTCCGGGAAACCGGGGCTAA TACCGGATAACA TTTTGAACYGCA TGGTTC…………………………、 …………………………、 参考序列选择有几个原则:a,不选非培养(unclutured)微生物为参比;b,所选参考序列要正确,里面无错误碱基;c,在保证同属得前提下,优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序得种;d,每个种属选择一个参考序列,如果自己得序列中同一属得较多,可适当选择两个参考序列。 2、序列比对

构建系统进化树的详细步骤

构建系统进化树的详细步骤 1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序,它是Basic Local Alignment Search Tool 的缩写,意 为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990[62];1997[63])。国际著名生物信息中心 都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序 列之间相似性程度最高的片段,并作为核向两端延伸,以找出尽可能长的相似序列片段。 首先登录到提供BLAST服务的常用,比如国的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些提供的BLAST服务在界面上差不多,但所用的程序有所差异。它 们都有一个大的文本框,用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明 行,以“>”符号开始,后面是序列的名称、说明等,其中“>”是必需的,名称及说明等可以是 任意形式,换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框,选择合适的BLAST程序和数据库,就 可以开始搜索了。如果是DNA序列,一般选择BLASTN搜索DNA数据库。 这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。 BLASTN结果如何分析(参数意义): >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus

一步一步教你如何做系统进化树

一步一步教你如何做系统进化树 在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP 、PUZZLE 、PAUP 、TREEVIEW 、CLUSTALX 和PHYLO-WIN (LINUX )。 在介绍软件之前,我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。 进化树也称种系树,英文名叫“Phyligenetic tree ”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤:⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列(To align sequences )。做ALIGNMENT 的软件很多,最经常使用的有CLUSTALX 和CLUSTALW ,前者是在WINDOW 下的而后者是在DOS 下的。⑵ 要构建一个进化树(To reconstrut phyligenetic tree )。构建进化树的算法主要分为两类:独立元素法(discrete character methods )和距离依靠法(distance methods )。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的(例如:一个序列上可能包含很多的酶切位点,而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的,也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态,当多个序列进行进化树分析时,进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了)。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法(Maximum Parsimony methods )和最大可能性法(Maximum Likelihood methods );距离依靠法包括除权配对法(UPGMAM )和邻位相连法(Neighbor-joining )。⑶ 对进化树进行评估。主要采用Bootstraping 法。进化树的构建是一个统计学问题。我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法,那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说,最大简约性法适用于符合以下条件的多序列:i 所要比较的序列的碱基差别小,ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率,iii 没有过多的颠换/转换的倾向,iv 所检验的序列的碱基数目较多(大于几千个碱基);用最大可能性法分析序列则不需以上的诸多条件,但是此种方法计算极其耗时。如果分析的序列较多,有可能要花上几天的时间才能计算完毕。UPGMAM (Unweighted pair group method with arithmetic mean )假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率,也就是存在着一个分子钟。这种算法得到的进化树相对来说不是很准确,现在已经很少使用。邻位相连法是一个经常被使用的算法,它构建的进化树相对准确,而且计算快捷。其缺点是序列上的所有位点都被同等对待,而且,所分析的序列的进化距离不能太大。另外,需要特别指出的是对于一些特定多序列对象来说可能没有任何一个现存算法非常适合它。最好是我们来发展一个更好的算法来解决它。但无疑这是非常难的。我想如果有人能建立这样一个算法的话,那他(她)完全可以在 生 物秀-专心做生物 w w w .b b i o o .c o m

构建生物进化树的方法比较

极为详细的建树方法,新手入门推荐 生物进化树的构建 目录 前言 (2) 一、NCBI (6) 二、Mega (9) 三、DNAMAN (15) 四、DNAStar (18) 五、Bio edit (21)

前言 1.背景资料 进化树(evolutionary tree)又名系统树(phylogenetie tree)进化树,用来表示物种间亲缘关系远近的树状结构图。在进化树中,各个分类单元(物种)依据进化关系的远近,被安放在树状图表上的不同位置。所以,进化树简单地表示生物的进化历程和亲缘关系。已发展成为多学科(包括生命科学中 的进化论、遗传学、分类学、分子生物学、生物化学、生物物理学和生态学,又包括数学中的概率统计、图论、计算机科学和群论)交叉形成的一个边缘领域 归纳总结生物进化的总趋势有以下几类: ①结构上:由简单到复杂 ②生活环境上:由水生到陆生 ③进化水平上:由低等到高等 般来说,进化树是一个二叉树。它由很多的分支和节点构成。根据位置的不同,进化树的节

点分为外部节点和内部节点,外部节点就是我们要进行分类的分类单元(物种)。而物种之间的进化关系则用节点之间的连线表示。内部节点表示进化事件发生的地方,或表示分类单元进化的祖先。在同一个进化树中,分类单元的选择应当标准一致。进化树上不同节点之间的连线称为分支,其中有一端与叶子节点相连的分支称为外枝,不与叶子节点相连的分支称为内枝。 进化树一般有两种:有根树和无根树。有根树有一个鲜明的特征,那就是它有一个唯一的根节点。这个根节点可以理解为所有其他节点的共同祖先。所以,有根树能可以准确地反映各个物种的进化顺序,从根节点进化到任何其他节点只有能有一条惟一的路径。无根树则不能直接给出根节点,无根树只反映各个不同节点之间的进化关系的远近,没有物种如何进化的过程。但是,我们可以在无根树种指派根节点,从而找出各个物种的进化路径。 无根树 有根树

用MEGA作进化树[2]

用MEGA2做进化树的步骤(图示) 1、打开程序 如下图所示: 2、MEGA2只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,我们在这里用aln格式(Clustal的输出文件)转换meg文件。点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框 如下图所示:

3、选择文件和转换文件对话框,选择aln文件,点OK 如下图所示: 4、转换好的meg文件,点存盘保存meg文件,meg文件会和aln文件保存在同一个目录 如下图所示: 5、关闭转换窗口,回到主窗口,现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg 文件 如下图所示:

6、选择meg文件,点“打开” 如下图所示: 7、程序会自动识别序列的类型,如果识别错误,请手工选择数据类型。然后点OK就行了如下图所示:

8、数据输入之后的样子,窗口下面有序列文件名和类型 如下图所示: 9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了,MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析,Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法,可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致,我们在此以UPGMA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。 如下图所示:

10、...会弹出如下的对话框,在此你可以选择计算参数。 如下图所示: 11、Distance Options标签页中的Models可以下拉,其中有若干个计算距离的方法可以选择,在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。 如下图所示:

用MEGA构建进化树

如何用MEGA构建进化树 MEGA3.1是一个关于序列分析以及比较统计的工具包,其中包括有距离建树法和MP 建树法;可自动或手动进行序列比对,推断进化树,估算分子进化率,进行进化假设测验,还能联机的Web数据库检索。下载后可直接使用,主要包括几个方面的功能软件:i)DNA 和蛋白质序列数据的分析软件。ii)序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析的软件。iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待(碱基/氨基酸只有0和1的状态)时,对序列进行分析的软件。v)绘制和修改进化树的软件,进行网上blast搜索。 用MEGA构建进化树有以下步骤: 1. 16S rDNA测序和参考序列选取 从环境中分离到单克隆,去重复后扩增16S rDNA序列并测序,然后与数据库https://www.wendangku.net/doc/a3381403.html,/blast/Blast.cgi比对,找到相似度最高的几个序列,确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个,然后找一到两个同科的,再找一到两个同目的,再找一到两个同纲的细菌,把序列全部下下来,以FSATA形式整合在TXT文档中,如 >TS1 GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCG GA TAGGACCTCGGGA TGCA TGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC >gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGA TCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA GTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACAC GTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAA TACCGGA T >TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGA TTAAGAGCTTGCTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTG AGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAA TACCGGATAACA TTTTGAACTGCATGGTTCGAAA TTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT >gi|56383044|emb|AJ809498.1| Bacillus cereus partial 16S rRNA gene, strain TMW 2.383 GA TGAACGCTGGCGGCGTGCCTAA TACATGCAAGTCGAGCGAA TGGATTAAGAGCTTG CTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGAC TGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC …………………………. …………………………. 参考序列选择有几个原则:a,不选非培养(unclutured)微生物为参比;b,所选参考序列要正确,里面无错误碱基;c,在保证同属的前提下,优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种;d,每个种属选择一个参考序列,如果自己的序列中同一属的较多,可适当选择两个参考序列。

怎样使用MEGA建立进化树

怎样使用MEGAt 立进化树 如何使用MEGA4.0#立进化树 1、首先是双击软件打开如下图所示 |M| ijaKMr 3 valj 141 Mrhr ArgrwricQt iVvta “qplii :护 忏冲 i 二客H - I 号筍需.廿星"L IF M ■ H 、- | II ■ DKi -Mjrsrze: H r? r-r r ^c>az^ LCS 2、现在是处于DNA 序列,而我们要做蛋白质的进化树的话,就如下操作

M4. Aligmr>&nl Explof頁 H L lQnmt*Ft ji Edit m e祁 3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头,贝U出现下面的窗口

刚M4: Alfgnment Explorer 匚;日屯EJrt S?ar di Aflgmnenl Wfrb $e<)□ d | D ◎日 「蹇輻酋1 41象 Protein S^quer匚弊 1 |主曲色"匕色丄 4、然后右击sequenee 1,修改名字,如改成DPV Frotejn Sequence? 5、然后从Word里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴 G 辱Copf PTCtfiT X CU, 書 f sterna 6则可出现如下图的序列了 □ Q CW1C 3 iRWfl Wq^ri[ V ^i>n irequ^Ki 幷册枷? 1話皿讥曲佰i" —喇?ct Mgeirc 惟 ■ sy

7、然后点击窗口上的保存图标保存 8、重复从3开始,直到你的序列输入完 9、序列输入元后进行最后的保存,方法如下 垂邑trit 5|讨之斗和"1 of op?r * dow 亠 P TOUMT 1

系统进化树视频教程-多序列比对教程等

所有视频内容和编号: 001-1系统进化树构建序列文件格式说明(1080P) 001-2 MEGA软件构建邻接树(NJ树) (1080P) 001-3 MEGA软件构建最大简约树(MP树) (1080P) 001-4 MEGA软件构建最大似然树(ML树) (1080P) 001-5 MEGA软件构建UPGMA树(1080P) 001-6 MEGA软件计算遗传距离和导出Excel(1080P) 001-7 MEGA软件分析序列特征-信息位点变异位点等(1080P) 001-8 MEGA软件对序列饱和性检验和作图(1080P) 001-9 MEGA软件最序列分组并计算组间和组内遗传距离(1080P) 001-10 MEGA软件对树图置根修改字体和字号等(1080P) 002-1 贝叶斯法Mrbayes构建系统进化树教程视频(1080P) 002-2 PAUP软件构建最大似然(ML)树教程 002-3 Mrbayes贝叶斯建树(MrMTgui模型计算)视频教程(1080P) 002-4 贝叶斯不收敛问题的解决办法(1080P) 002-5 PAUP软件构建最大似然(ML)树教程(1080P) 002-6 PAUP软件构建简约树(MP)树教程(1080P) 002-7 PAUP软件构建邻接树(NJ)树教程(1080P) 003-1 MAFFT多序列比对教程 003-2 Jmodeltest模型计算方法与说明 003-3 primer5引物设计 003-4 Photoshop图片排版(期刊格式) 003-4 primer5引物设计(加酶切位点)(1080P) 004-1 多基因序列快速联合(拼接)与格式转换-软件SequenceMatrix(1080P) 004-2 多基因序列快速联合(拼接)详细版-SequenceMatrix(1080P) 004-3 贝叶斯多基因片段联合分区建树(分区设定模型)(1080P) 005-1 MEGA软件美化树图置根等内容补充 005-2 如何编辑贝叶斯或PAUP(ML)树图(PDF格式)的名称、字体、分枝等并输出图片格式 005-3 MEGA软件修改树图标尺显示分枝长度自举值显示方式等设置(1080P)

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