信号转导与转录活化因子5和Bax在非小细胞肺癌中表达的相关性研究

肺癌并发症的预防及护理

肺癌并发症的预防及护理 肺癌到了晚期之后经常会出现一些并发症，而这些并发症一般对身体的伤害都非常的大，而且此类并发症的预防和护理是肺癌患者综合治疗的重要部分之一，肺癌患者治疗后并发症的出现也是常见的现象，但是肺癌并发症的出现无疑给后期的治疗增加了难度，甚至部分患者会死于并发症。因此肺癌并发症的预防和护理是治疗过程中的关键，常见的肺癌并发症主要有以下几种： 1 穿刺部位出血或血肿虽然股动脉穿刺技术较为安全，但毕竟是一种创伤性方法，可对局部血管特别是动脉造成损伤。预防及护理:①术前向患者宣教，训练床上排尿。②术后用手指压迫穿刺点上方1cm处止血20min。③加压包扎，并以1.0kg沙袋压迫止血6h。④术后必须卧床24h，术侧肢体制动，向患者解释伸直的重要性。 2 动脉栓塞操作时可能损伤血管内皮细胞，激活内源性凝血系统，引起动脉血栓形成栓塞，穿刺口包扎过紧，血液淤滞，促进动脉血栓形成。预防及护理:①术中动作要轻柔，避免损伤内皮。②术后1h，每隔0.5h拿起沙袋5min。③密切观察下肢血运，每15～30min双手同时触摸双侧足背动脉，观察搏动情况。④观察下肢皮肤的颜色、温度、感觉。⑤经常询问患者有无下肢麻木、疼痛。 3 脊髓损伤支气管动脉与脊髓动脉有吻合，化疗药物损伤脊髓或者脊髓根动脉水肿，造成脊髓缺血所致，表现为术后数小时，开始出现横断性脊髓损伤症状。预防及护理:①抗癌药物充分稀释后缓慢注入。②嘱患者15～30min主动运动健侧下肢或针刺皮肤上下平面有无感觉异常。③观察患者有无尿潴留。④备好血管扩张剂，低分子右旋糖酐、丹参、氟美松等。 4 褥疮术后平卧24h，受压部位毛细血管微循环受阻，产生局部缺血，若持续时间较长易发生褥疮。预防及护理:①术前给患者高蛋白、丰富维生素饮食，以增加机体抵抗力。②将手平伸于受压部位，用手掌环形按摩皮肤1次/h。③保持床单平整无皱折，睡海绵床垫。④保持皮肤清洁、干燥，及时擦拭汗液。 5 术后感染由于抗肿瘤药物对骨髓的抑制，患者常有白细胞下降，血小板减少，且多数抗肿瘤药物对机体免疫机能有影响，化疗后易发生感染。预防及护理:①每日紫外线空气消毒1次，做空气细菌培养，细菌数少于500/m 3 。②一切治疗护理严格按照程序进行，加强无菌观念。③做好口腔护理，饭后漱口，鼓励患者多饮水，以促进毒素排泄。④限制陪床探视人员。⑤鼓励患者进食高蛋白、高热量、高维生素饮食，以增加机体抵抗力，促进康复。 6 发热及胃肠道反应发热是由于癌细胞坏死后的吸收热，一般体温波动在

WRKY转录因子表达谱的研究进展

基因组学与应用生物学，2009年，第28卷，第4期，第803－808页Genomics and Applied Biology,2009,Vol.28,No.4,803－808 专题介绍Review WRKY 转录因子表达谱的研究进展 张颖蒋卫杰* 凌键 余宏军 王明 中国农科院蔬菜花卉研究所,北京,100081*通讯作者,jiangwj@https://www.wendangku.net/doc/b812225494.html, 摘 要环境胁迫对植物的生长发育造成重大影响，因此，提高植物的抗逆性是农业面临的重要问题。自然 界中存在多种抗逆基因，如抗盐基因、 抗旱基因、抗寒基因等。利用植物基因工程和分子生物学技术提高植物对逆境的适应性及其抗逆分子机制的研究已成为当今热点。WRKY 转录因子是一类参与多种胁迫反应的诱导型转录因子，本文综述了WRKY 转录因子家族的结构特点、WRKY 转录因子在非生物胁迫(高温、低温、 干旱、盐)、外源物质(激素及O 3)处理及生物胁迫下的表达模式。各种胁迫下的表达谱均呈现不同特点，这些差异表达可能与它们所行使的不同生物学功能有关。 关键词 WRKY 转录因子,表达谱,非生物胁迫,RT-PCR Advance on Expression Profile of Transcription Factor WRKY Zhang Ying Jiang Weijie * Ling Jian Yu Hongjun Wang Ming Institue of Vegetable and Flower,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing,100081*Corresponding author,jiangwj@https://www.wendangku.net/doc/b812225494.html, DOI:10.3969/gab.028.000803 Abstract Environmental stress has an adverse effect on the growth of plants and the productivity of crops,so it is very important for agriculture to improve plant resistance to stress.Expression of a variety of genes is induced by these stresses in various plants,such as salt-resistant,drought-resistant,chilling-resistant genes and so on.It has become a hotspot to enhance plant adaptability to stress and study its molecular mechanism by plant genetic engi-neering and molecular biological technology.WRKY transcription factor is an inducible transcription factor which is involved in a variety of stress responses.In this paper,the structural characteristics of WRKY transcription factor family,and the expression profile of WRKY transcription factors in abiotic stresses (heat,cold,drought and salt),in exogenous substances (hormones and O 3)and in biotic stresses are reviewed.The expression profile in different stressshowed different characteristics,which may be related to the different biological functions of WRKY tran-scription factors. Keywords WRKY transcription factor,Expression profile,Abiotic stress,RT-PCR https://www.wendangku.net/doc/b812225494.html,/doi/10.3969/gab.028.000803 基金项目：本研究由国家973计划项目(2009CB119001)资助 植物对胁迫的响应是一种积极主动的应激过程。植物接受胁迫信号后，通过一系列的信号传递途径，最终诱导相关基因的表达。转录因子在基因表达的调控过程中起着重要作用，它们与靶基因上游的各种特定DNA 元件结合，激活或抑制靶基因的转录活性，以调控其时空特异性表达。WRKY 类转录因子是一类研究较多的转录因子，它广泛的参与生物、非生物胁迫应答反应、信号分子传递、植物衰老和器官 发育等一系列生理活动(刘戈宇等,2006)。WRKY 转 录因子最早是在甜薯中发现(Ishiguro and Nakamura,1994)，随后在多种植物中陆续发现了大量的WRKY 转录因子。WRKY 基因家族通常具有一个或者两个WRKY 域，WRKY 域能特异的与靶基因启动子区的W-box 结合，从而调控靶基因的表达(Rushton et al.,1995)。近年来，基于传统的分子生物学方法研究WRKY 基因功能的基础上，利用各种物种基因组数

肿瘤细胞信号转导

摘要 细胞信号转导的存在及其过程是近年细胞生物学、分子生物学和医学领域的研究热点之一。细胞信号转导异常与肿瘤等多种疾病的发生、发展和预后直接相关。综述与肿瘤发生相关的几条主要信号通路, 阐明它们的作用机制对于探索肿瘤发病机制并最终攻克肿瘤具有重要的意义。 关键词:肿瘤;细胞信号转导

Abstract The existence and the process of cell signal transduction is one of the hot topics in cell biology, molecular biology and medicine. Cell signal transduction is directly related to the occurrence, development and prognosis of many diseases, such as cancer. Summary of several major signaling pathways associated with tumor development, to clarify their role in the pathogenesis of cancer and to explore the ultimate tumor has important significance. Key word: tumor cell signal transduction

前言 信号转导(signal transduction)是20世纪90年代以来生命科学研究领域的热点问题和前沿。信号转导的基本概念是细胞外因子通过与受体(膜受体或核受体)结合,所引发细胞内的一系列生物化学反应,直至细胞生理反应所需基因的转录表达开始的过程[1]。随着癌基因和抑癌基因的发现,细胞信号转导通路的阐明,极大地丰富了人们对细胞癌变机制的认识。通过对癌基因产物(癌蛋白,oncopro- tein)功能的分析,发现许多癌蛋白位于正常细胞信号转导通路的不同部位,对促进细胞分裂增殖起着重要的作用。在肿瘤发生发展的过程中,由于正常的基因调控紊乱,可导致细胞信号传递网络的异常。与正常细胞相比,往往一些通路处于异常活跃状态, 而有一些通路却传递受阻。 1与肿瘤发生相关的几条主要信号通路 1.1 Hedgehog信号通路:Hedgehog信通路是近年来备受关注的一个调控胚胎发育的信号转导途径,而且与人类肿瘤的发生与发展紧密相关。Hedgehog信号通路的异常激活可以导致多种肿瘤的形成, 如基底细胞癌、髓母细胞瘤、肺小细胞癌、胰腺癌、前列腺癌、胃肠道恶性肿瘤等[2]。Hedgehog信号通路主要由3部分组成:Hh信号肽(Shh、Ihh、Dhh)、跨膜受体(Ptch、Smo)和下游转录因子(Gli)。在正常状态下,Hh蛋白由其经过自我裂解产生的N末端裂解物(Hh-N)与胆固醇或脂酰基结合, 附着于细胞模表面。Hh信号通路的激活是通过配体Hh与跨膜蛋白Ptch结合, 进而解除Ptch对另一跨膜蛋白Smo的抑制作用,Smo再通过下游转录 因子Gli来调控基因转录。Hedgehog信号通路成员Shh、Ptch、Smo和Gli-1在结肠癌、胰腺癌及结肠腺瘤细胞中有不同程度的表达, 环靶明(Smo受体特异性小分子抑制剂)对Smo高表达细胞的生长有明显抑制作用,从而说明Hedgehog信号通 路可能在部分消化道肿瘤细胞中被活化[3]。在肝癌组织和肝癌细胞系中,Ihh、Ptch、Smo、Gli基因的转录和蛋白表达可检测到差异,环靶明可使Hedgehog信号转导通路各成员的表达出现不同程度的降低,从而说明原发性肝癌中Hedgehog 信号转导通路是活化的,并且环靶明有阻断Hedgehog信号转导通路的作用[4]。 1.2 Wnt信号通路:Wnt信号通路是一条在进化上保守的信号途径,在胚胎发育和中枢神经系统的形成中起关键作用,可调控细胞的生长、迁移和分化。目前研究表明,在乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌、黑色素瘤及子宫内膜癌、卵巢癌中都存在Wnt信号通路异常[5]。Wnt信号通路主要分为3种类型:(1)经典的Wnt 信号途径:通过β-连环蛋白(β-catenin)核易位。激活靶基因的转录活性。(2)细胞平面极性途径:此途径涉及RhoA蛋白和Jun激酶,主要控制胚胎的发育时间和空间。在细胞水平上,此途径通过重排细胞骨架来调控细胞极性。(3)Wnt/Ca2+途径:此途径可诱导细胞内Ca2+浓度增加并激活Ca2+敏感的信号转导组分,如信赖钙调蛋白的蛋白激酶Ⅱ、钙调蛋白敏感的蛋白磷酸酶和活化T细胞核因子NF-AT。在Wnt通路中任何一步发生障碍都可致癌。一是组成Wnt信号途径的蛋白、转录因子或基因被破坏或变异导致该途径关闭或局部途径异常活跃;二是过多的Wnt

转录调节位点和转录因子数据库介绍_张光亚

１０生物学通报２００５年第４０卷第１１期 ２００３年即Ｗａｔｓｏｎ和Ｃｒｉｃｋ发表ＤＮＡ双螺旋结构５０周年，宣布了人类基因组计划的完成，与此同时，其他许多生物的基因组计划已完成或在进行中，在此过程中产生的大量数据库对科学研究的深远影响是以前任何人未曾预料到的。然而遗憾的是，许多生物学家、化学家和物理学家对这些数据库的使用甚至去何处寻找这些数据库都只有一个比较模糊的概念。 基因转录是遗传信息传递过程中第一个具有高度选择性的环节，近２０年来对基因转录调节的研究一直是基因分子生物学的研究中心和热点，因此亦产生了大量很有价值的数据库资源，对这些数据库的了解将为进一步研究带来极大便利，本文对其中一些数据库进行简要介绍。 １ＤＢＴＳＳ ＤＢＴＳＳ（ＤａｔａＢａｓｅｏｆＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ）由东京大学人类基因组中心维护，网址：ｈｔｔｐ：／／ｄｂｔｓｓ．ｈｇｃ．ｊｐ。最初该数据库收集用实验方法得到的人类基因的ＴＳＳ（ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ，转录起始位点）数据。对转录起始位点（ＴＳＳ）的确切了解具有非常重要的意义，可更准确的预测翻译起始位点；可用于搜索决定ＴＳＳ的核苷酸序列，而且可更精确地分析上游调控区域（启动子）。自２００２年发布第一版以来已作了多次更新。目前包含的克隆数为１９０９６４个，含盖了１１２３４个基因，在ＳＮＰ数据库中显示了人类基因中的ＳＮＰ位点，而且现在含包含了鼠等其他生物的相关数据。ＤＢＴＳＳ最新的版本为３．０。 在该最新的版本中，还新增了人和鼠可能同源的启动子，目前可以显示３３２４个基因的启动子，通过本地的比对软件ＬＡＬＩＧＮ可以图的形式显示相似的序列元件。另一个新的功能是可进行与已知转录因子结合位点相似的部位的定位，这些存贮在ＴＲＡＮＳＦＡＣ（ｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ＴＲＡＮＳＦＡＣ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）数据库中，免费用于研究，但ＴＲＡＮＳＦＡＣ专业版是商业版本。 ＤＢＴＳＳ对匿名登录的用户是免费的，该网站要求用户在使用前注册，用户注册后即可使用。主页分为２个区域，一个介绍网站的部分信息和用户注册，另一区域为用户操作区，该区约分为１０个部分，可分别进行物种和数据库的选择、ＢＬＡＳＴ、ＳＮＰ以及ＴＦ（转录因子）结合部位搜索等部分。后者的使用可以见网页中的Ｈｅｌｐ部分，里面有比较详细的介绍。ＤＢＴＳＳ还提供了丰富的与其他相关网站的链接，如上文提到的ＴＲＡＮＳＦＡＣ数据库、真核生物启动子数据库（Ｅｕｋａｒｙｏｔ－ｉｃＰｒｏｍｏｔｅｒＤａｔａｂａｓｅ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｐｄ．ｉｓｂ－ｓｉｂ．ｃｈ／）以及人类和其他生物ｃＤＮＡ全长数据库等。 ２ＪＡＳＰＡＲ ＪＡＳＰＡＲ是有注释的、高质量的多细胞真核生物转录因子结合部位的开放数据库。网址ｈｔｔｐ：／／ｊａｓｐａｒ．ｃｇｂ．ｋｉ．ｓｅ。所有序列均来源于通过实验方法证实能结合转录因子，而且通过严格的筛选，通过筛选后的序列再通过模体（ｍｏｔｉｆ）识别软件ＡＮＮ－Ｓｐｅｃ进行联配。ＡＮＮ－Ｓｐｅｃ利用人工神经网络和吉布斯（Ｇｉｂｂｓ）取样算法寻找特征序列模式。联配后的序列再利用生物学知识进行注释。 目前该数据库收录了１１１个序列模式（ｐｒｏｆｉｌｅｓ），目前仅限于多细胞真核生物。通过主页界面，用户可进行下列操作：１）浏览转录因子（ＴＦ）结合的序列模式；２）通过标识符（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）和注解（ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ）搜索序列模式；３）将用户提交的序列模式与数据库中的进行比较；４）利用选定的转录因子搜索特定的核苷酸序列，用户可到ＣｏｎＳｉｔｅ服务器（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｈｙｌｏｆｏｏｔ．ｏｒｇ／ｃｏｎｓｉｔｅ）进行更复杂的查询。ＪＡＳＰＡＲ数据库所有内容可到主页下载。 与相似领域数据库相比，ＪＡＳＰＡＲ具有很明显优势：１）它是一个非冗余可靠的转录因子结合部位序列模式；２）数据的获取不受限制；３）功能强大且有相关的软件工具使用。ＪＡＳＰＡＲ与ＴＲＡＮＳＦＡＣ（一流的ＴＦ数据库）有较明显的差异，后者收录的数据更广泛，但包含不少冗余信息且序列模式的质量参差不齐，是商业数据库，只有一部分是可以免费使用。用户在使用过程中会发现二者的差异，这主要是由于二者对数据的收集是相互独立的。另外该数据库还提供了相关的链接：如ＭａｔＩｎｓｐｅｃｔｏｒ检测转录因子结合部位，网址ｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｍａｔｉｎｓｐｅｃｔｏｒ／；ＴＥＳＳ转录元件搜索系统，网址ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｉｌ．ｕｐｅｎｎ．ｅｄｕ／ｔｅｓｓ／。 转录调节位点和转录因子数据库介绍! 张光亚!!方柏山 （华侨大学生物工程与技术系福建泉州３６２０２１） 摘要转录水平的调控是基因表达最重要的调控水平之一，对转录调节位点和转录因子的研究具有重要意义。介绍了ＤＢＴＳＳ、ＪＡＳＰＡＲ、ＰＲＯＤＯＲＩＣ和ＴＲＲＤ等相关数据库及其特征、内容和使用。 关键词转录调节位点转录因子数据库生物信息学 !基金项目：国务院侨办科研基金资助项目（０５ＱＺＲ０６） !!通讯作者

肺癌的临床表现及预防措施

肺癌的临床表现及预防措施 远处转移病灶引起首发症状者占32%，常见的远处转移部位有：淋巴结，肾上腺，肝，骨，肺，脑和胸壁，产生一些相应的症状，说明肺癌已到达晚期，如：近纵隔面的肿瘤可侵犯膈神经，引起同侧膈肌麻痹，在透视下显示膈肌位置升高和反常呼吸运动；侵犯同侧喉返神经，引起声音嘶哑，同侧声带麻痹并固定在正中位；压迫上腔静脉，引起头面部及上肢水肿，静脉怒张；侵犯胸膜。引起胸膜腔大量血性积液，加重气促症状，或直接侵入胸壁，引起剧烈胸痛；上叶尖部肺癌正处在胸廓入口处，又称肺上沟癌，可侵犯和压迫臂丛神经，颈交感神经节，锁骨下动静脉，产生一系列特经，颈交感神经节，锁骨下动静脉，产生一系列特有的症状，如同侧上肢发麻，疼痛，逐渐加剧难于耐受；肌肉和皮肤呈现萎缩性改变，上肢静脉怒张和水肿；和同侧上睑下垂，瞳孔缩小，眼球内陷，面部无汗等颈交感神经综合症。 原发肿瘤引起的首发症状占27%，症状与原发肿瘤的部位有关，中心型肺癌表现为刺激性干咳，憋气，反复发作的同一部位的肺炎，咯血或哮喘，喉返神经，膈神经压迫症状或上腔静脉压迫综合征，周围型肿瘤更常见胸痛，憋气或胸腔积液等症状，大的周围型病灶，中心坏死，空洞最终出现类似肺脓肿的表现，原发性肺癌常见症状分组。 肺癌肺癌是肺部最常见的恶性肿瘤。绝大多数的肺癌起源于支气管粘膜上皮，故称支气管肺癌。近50年来许多国家都报道肺癌的发病率明显增高，在男性癌瘤病人中，肺癌已居首位，在女性发病率也迅速增高。 肺癌的临床表现与癌肿的部位，大小，是否压迫，侵及邻近器官以及有无转移等情况有密切关系，癌肿在较大的支气管内生长，常出现刺激性咳嗽，癌肿增大影响支气管引流，继发肺部感染时可以有脓痰，另一个常见的症状是血痰，通常为痰中带血点，血丝或间断少量咯血；有些病人即使出现一两次血痰对诊断也具有重要参考价值，有的病人由于肿瘤造成较大支气管阻塞，可以出现胸闷，气短，发热和胸痛等症状。 早期多无症状，几乎2/3的肺癌患者在就诊时已是晚期（Ⅲ期或Ⅳ期），95%的病人可有临床检查结果，原发瘤，转移瘤，全身症状或肿瘤伴随症状均可是病人的首诊症状。 肺癌发生于支气管粘膜上皮亦称支气管癌，也叫原发性支气管肺癌。近50年来许多国家都报道肺癌的发病率明显增高，在男性癌瘤病人中肺癌已居首位。肺癌的预防方法： （一）减少工业污染的危害：应从以下几个方面着手。 1、改善工作场所的通风环境，减少空气中的有害物质浓度。 2、改造生产的式艺流程，减少有害物质的产生。 3、在粉尘污染的环境中工作者，应带好口罩或其它防护面具以减少有害物质的吸入。 （二）禁止和控制吸烟：吸烟致肺癌的机理现在已经研究较清楚，流行病学资料和大量的动

ChIP-Seq技术在转录因子结合位点分析的应用

ChIP-Seq技术在转录因子结合位点分析的应用 摘要：染色质免疫沉淀(Chromatin immunoprecipitaion, ChIP)技术是用来研究细胞 内特定基因组区域特定位点与结合蛋白相互作用的技术。将ChIP与第二代高通量测序技术相结合的染色质免疫沉淀测序(chromatin immunoprecipitation followed by sequencing，ChIP-Seq)技术能在短时间内获得大量研究数据，高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区段，在细胞的基因表达调控网络研究中发挥重要作用。本文 简要介绍了ChIP-Seq技术的基本原理、实验设计和后续数据分析，以及ChIP-Seq技术在 研究转录因子结合位点中的。 关键词：ChIP-Seq；转录因子； 引言 染色质是真核生物基因组DNA主要存在形式，为了阐明真核生物基因表达调控机制，对于蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用的研究是基本途径。转录因子是参与基因表达调控的一类重要的细胞核蛋白质，基因的转录调控是生物基因表达调控层次中最关键的一层，转录因子通过特异性结合调控区域的DNA序列来调控基因转录过程。转录因子由基础转录因子和调控性转录因子两类组成，其中基础转录因子在转录起始位点附近的启动子区，与RNA聚合酶相互作用实现基因的转录；而调控性转录因子一般与位置多样的增强子序列结合，再通过形成增强体在组织发育、细胞分化等基因表达水平调控中发挥极其重要的作用[1]。 ChIP-Seq是近年来新兴的将ChIP与新一代测序技术相结合，在全基因s组范围内分析转录因子结合位点(transcription factor binding sites，TFBS)、组蛋白修饰(histone modification)、核小体定位(nucleosome positioning)和DNA 甲基化(DNA methylation)的高通量方法[2-4]。其中ChIP是全基因组范围内识别DNA与蛋白质体内相互作用的标准方法[5]，最初用于组蛋白修饰研究[6]，后来用于转录因子[7]。同时，新一代测序技术的迅猛发展也将基因组学水平的研究带入了一个新的阶段，使得许多基于全基因组的研究成为可能。相对于传统的基于芯片的ChIP-chip (chromatin immunoprecipitation combined with DNA tiling arrays)，ChIP-seq 提供了一种高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究蛋白质-DNA 相互作用的手段[8]，可以应用到任何基因组序列已知的物种，可以研究任何一种DNA 相关蛋白与其靶定DNA 之间的相互作用，并能确切得到每一个片段的序列信息．随着测序成本的降低，ChIP-seq 逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段。此外，为了达到更好的检测效果和更为完整的信息，近年来，将ChIP-Seq和ChIP-chip两者融合的研究具有很好的应用前景[9,10]。 转录因子在器官发生过程中起至关重要的作用，在全基因组水平将转录因子定位于靶基因DNA是认识转录调控网络的有效方法之一，了解基因转录调控的关键是识别蛋白质与DNA的相互作用。ChIP-Seq技术能够揭示转录因子的结合位点和确定直接的靶基因序列，可在体内分析特定启动子的分子调控机制，因此被广泛应用于转录调控机制的研究。本文主要就这一技术在转录因子结合位点研究中的基本原理、实验设计和数据分析等技术层面、以及实际应用层面进行讨论。 1 ChIP-seq基本原理及实验设计 1.1 ChIP技术 蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键，也是启动基因转录的前提。ChIP是在全基因组范围内检测DNA与蛋白质体内相互作用的标准方法[11］，该技术由Orlando等[12］于1997年创立，最初用于组蛋白修饰的研究，后来广泛应用到转录因子作用位点的研究中[13］。ChIP的基本原理为：活细胞采用甲醛交联后裂解，染色体分离成为一定大小的片段，然后用特异性抗体免疫沉淀目标蛋白与DNA交联的复合物，对特定靶蛋白与DNA片段进行

谈肺癌的预防及治疗

谈肺癌的预防诊断及治疗 作者:朱文约 中国医师协会放射肿瘤治疗医师分会会员。 中国抗癌协会中西医结合肿瘤专业委员会会员。 什么是肺癌？ 肺癌是生长在肺支气管上皮或肺泡上皮的癌症。支气管是管状结构，管腔内被覆着一层上皮，这部分上皮细胞发生恶变长了结节就是肺癌。肺癌是一个现代疾病，在19世纪即一百年前，肺癌是一个十分罕见的疾病，肺癌现在之所以变多有两大因素，主要是烟草、空气污染。烟草从印第安引入欧洲，最早是由上流社会消费，随着工业化生产，香烟的成本大大降低，老百姓也可以享用到，所以在1920年到1930年期间，肺癌在欧洲呈抛物线式上升。中国比西方在这方面也落后半个多世纪，上世纪70年代中国老百姓才时兴起抽烟，但到80年代中国的肺癌就开始逐步升高。 肺癌很凶，但究竟凶到什么程度呢？从全球来看，肺癌发病率在男性中是第一位，在女性中排在第二位，仅次于乳腺癌。但在导致病人死亡的排位上，无论男性还是女性，肺癌都排在第一位。而且是其他六个常见癌种加在一起的致死率总和，三分之一的男性癌症死亡基本是由肺癌引起的，占女性因癌症死亡比例的四分之一。 为什么会得肺癌 我们知道肺癌致病因素无非外因、内因，内因起源于病人自身因素，即遗传因素(遗传易感性)导致天生容易得肺癌，这是由基因决定的。这就是为什么同样三个吸烟者，有一个得病，有两个可能就不得或者被动吸烟者得肺癌，而吸烟者没得肺癌。第二是外因，一是生活习惯，吸烟、饮食等。二是生活环境，大气污染，室内污染等。三是职业因素。 关于吸烟问题，吸烟和肺癌的关系是十分明确的。上世纪20年代末米勒教授就提出吸烟与肺癌有关。所以吸烟是肺癌的病因是明确的，比任何其他因素都明确。但知道了病因，为什么不能治疗呢？就是因为致癌因素的复杂性，吸了一口烟，不知道里面有几种致癌物，可能是几种，几十种甚至二百种，还有复合作用。所以一个病越复杂，治疗的效果就越差。吸烟到底与肺癌有多大的关系？从吸烟种类上讲，香烟是致癌危险因子最高的，雪茄和烟斗反而小一点，当然不是说他们的危险因子低，只不过香烟是雪茄和烟斗的二三倍。吸烟的量越多越危险，吸烟的年数越长越危险，越年轻开始吸烟，得癌症的几率越高。很多人感觉戒烟以后得癌了，其实不是戒烟以后得癌，而是戒烟前他的量已经达到了危险水平。有人是得了肺癌以后很难受，自己不想抽所以戒烟，最后导致假象是先戒烟后得癌。第二是被动吸烟问题，有人说被动吸烟没事，其实研究表明被动吸烟比无被动吸烟危险因子高。非吸烟因素包括职业污染、饮食污染，家装污染等，。 关于肺癌会遗传和传染吗？肺癌确实有遗传相关性，但肺癌不是遗传性疾病，只是有易感性因素，所以即使有家族病史，只要你不抽烟、不接触污染因素也不会轻易得肺癌。同时肺癌不是传染病，不会通过接触、亲吻传染。因为肿瘤进入到别人身体里是非常困难的，即使进去了，别人的免疫系统可以把它杀死，所以不要歧视肺癌病人。 肺癌的分类、症状

转录因子

转录因子 ? 1 简介 ? 2 方法 ? 3 转录因子 转录因子-简介 基因转录有正调控和负调控之分。如细菌基因的负调控机制是当一种阻遏蛋白(repressor protein)结合在受调控的基因上时，基因不表达；而从靶基因上去除阻遏蛋白后，RNA聚合酶识别受调控基因的启动子，使基因得以表达，这是正调控。这种阻遏蛋白是反式作用因子。 转录因子(transcription factor)是起正调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态，RNA聚合酶自身无法启动基因转录，只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后，基因才开始表达。 转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与mRNA结合的区域。按照常识，转录因子（transcription factor，TF）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有22％的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端。 转录因子-方法 这篇文章的试验方法是，通过高密度的寡核苷酸芯片，反映出人21和22号染色体的几乎所有的非重复序列，通过这种芯片，检测三种转录因子，Sp1、 cMyc、和p53的结合位点。结果表明，每种转录因子都有大量的TFBS与之结合。然而，只有22％的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端， 36％的TFBS分布在蛋白编码基因的中部或3'端，并且这36％的TFBS常常和基因组中的非蛋白编码RNA分布在一起。这暗示，在人的基因组中，不仅包含蛋白编码基因，也包含数量相当的非编码基因（noncoding genes），他们都受常见的转录因子所调控。 真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一种蛋白质是不是转录机构的一部分往往是通过体外系统看它是否是转录起始所必须的。一般可将这些转录所需的蛋白质分为三大类： (1)RNA聚合酶的亚基，它们是转录必须的，但并不对某一启动子有特异性。 (2)某些转录因子能与RNA聚合酶结合形成起始复合物，但不组成游离聚合酶的

肺癌防治知识

肺癌防治知识 肺癌是最常见的恶性肿瘤，其发病率和死亡率在世界各国均呈明显上升的趋势，一个严重的现实是肺癌目前早期发现率仍然低迷，临床诊断肺癌的病人约80%以上为中、晚期病例。肺癌发病率约为50/10万，五年生存率仅为10-15%左右。“一人生病，全家受累”，支气管肺癌已成为威胁人类健康的一个严重的公共卫生问题，理应受到全社会的关注。 1.什么是肺癌？ 肺癌是由支气管上皮细胞或支气管腺体细胞发生突变导致失控性过度增殖而形成的一种恶性肿瘤，它分为中央型肺癌和周围型肺癌，其中中央型肺癌主要发生于肺中心部位气管及较大的支气管，周围型肺癌主要发生于肺的周边部位。按照病理类型肺癌可分为鳞癌、腺癌、小细胞未分化癌和大细胞癌，其中鳞癌和小细胞癌多表现为中央型肺癌，与吸烟有密切关系；腺癌多发生于女性，与吸烟关系不密切。 2.肺癌有哪些症状？ 肺癌主要表现为咳嗽、痰血、胸闷、胸痛和消瘦等，部分病例可出现发热、咳痰。肿瘤组织压迫邻近组织和器官，可出现声音嘶哑、呼吸困难、吞咽困难、上腔静脉阻塞综合征等。部分病例还可并发胸腔积液、阻塞性肺炎、阻塞性肺不张和局限性肺气肿，使病情更加复杂化。 3.吸烟与肺癌有关系吗？ 吸烟者中患肺癌的机率明显大于非吸烟者，这已是一个不争的事实。烟草焦油中含的3，4苯丙芘等均是易致癌物质。吸烟越早，烟龄越长，罹患肺癌的危险因素明显增加。有人说，吸烟者每年上交大量利税，是对国家一大贡献。事实远非如此，每年因烟草致发的火灾一项即花掉全部利税，这还不包括花在与吸烟相关疾病的医疗费用。为了你和家人及他人的身体健康，我们建议①最好不吸烟；②公共场所戒烟；③少吸并尽量减少吸烟对他人的危害。 4.肺癌是否会传染或遗传？ 肺癌不是由细菌或其他微生物引起，没有直接的致病病原体，故不具传染性，亦不需要住院隔离。肺癌是由支气管或肺泡上皮细胞出现过度增生，继而出现变异，最后形成癌变。在某些情况下，肺癌发病有一定的家庭集聚性。与遗传病不同，肺癌并不存在显性或非显性遗传规律。故肺癌的“遗传性”只是一种潜在可能性，而非必然性。故家庭中即使有人曾患过肺癌，其他人也没有必要过度紧张。 5.怎样才能早期发现肺癌？ 1）．开展群众性的肺癌普查，至少每年一次。对于年龄大于40岁，吸烟指数大于400年支，应每6个月普查一次。2）．早期症状，与一般肺结核病极易混淆，如持续性咳嗽大于3周，咯痰带血（尤其是血丝痰）及不明原因胸痛等，均应及时去专科医院就诊。 6.如何合理应用现代检查技术发现早期肺癌？

转录因子

转录因子 基因转录有正调控和负调控之分。如细菌基因的负调控机制是当一种阻遏蛋白(repressor protein)结合在受调控的基因上时，基因不表达；而从靶基因上去除阻遏蛋白后，RNA聚合酶识别受调控基因的启动子，使基因得以表达，这是正调控。这种阻遏蛋白是反式作用因子。而顺式作用因子则指的是基因上与反式作用因子结合的对基因表达起调控作用的基因序列。 转录因子(transcription factor)是起正调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态，RNA聚合酶自身无法启动基因转录，只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后，基因才开始表达。 转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与mRNA结合的区域。按照常识，转录因子（transcription factor，TF）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有22％的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端。 真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一种蛋白质是不是转录机构的一部分往往是通过体外系统看它是否是转录起始所必须的。一般可将这些转录所需的蛋白质分为三大类： (1)RNA聚合酶的亚基，它们是转录必须的，但并不对某一启动子有特异性。 (2)某些转录因子能与RNA聚合酶结合形成起始复合物，但不组成游离聚合酶的成分。这些因子可能是所有启动子起始转录所必须的。但亦可能仅是譬如说转录终止所必须的。但是，在这一类因子中，要严格区分开哪些是R NA聚合酶的亚基，哪些仅是辅助因子，是很困难的。 (3)某些转录因子仅与其靶启动子中的特异顺序结合。如果这些顺序存在于启动子中，则这些顺序因子是一般转录机构的一部分。如果这些顺序仅存在于某些种类的启动子中，则识别这些顺序的因子也只是在这些特异启动子上起始转录必须的。 黑腹果蝇的RNA聚合酶需要至少两个转录因子方能在体外起始转录。其中一个是B因子，它与含TATA盒的部位结合。人的因子TFⅡD亦和类似的部位结合。同样，CTF(CAAT结合因子)则与腺病毒的主要晚期启动子中与CAAT盒同源的部位相结合。结合在上游区的另一个转录因子是USF(亦称MLTF)，则可以识别腺病毒晚期启动子中靠近-55的顺序。转录因子Sp1则能和GC盒相结合。在SC40启动子中有多个GC盒，位于-70到-110之间。它们均能和Sp1相结合。然而含有GC盒的不同的DNA顺序与Sp1的亲和力却各不相同。可见GC盒两侧的顺序对Sp1-GC盒的结合究竟如何能影响转录。有时候需要几个转录因子才能起始转录。例如胞苷激酶的启动子需要S p1与GC盒结合和CTF与CAAT盒结合;腺病毒晚期启动子需要TFⅡD与TATA盒结合和USF与其邻近部位相结合。以上所述的因子是一般转录都需要的，似乎并没有什么调节功能。另一些转录因子则可以调控一组特殊基因的转录。热休克基因就是一个很好的例子。真核生物的热休克基因在转录起始点的上游15bp处有一个共同顺序。H STF因子仅在热休克细胞中有活性。它与包括热休克共同顺序在内的一段DNA相结合，所以这个因子的激活可以引起约包括20个基因的一组基因起始转录。在这里，转录因子和RNA聚合酶Ⅱ之间关系很类似细菌的σ因子与核心酶之间的关系。 转录因子是一种具有特殊结构、行使调控基因表达功能的蛋白质分子，也称为反式作用因子。植物中的转录因子分为二种，一种是非特异性转录因子，它们非选择性地调控基因的转录表达，如大麦(Hordeum vulgare) 中的HvCBF2 (C-repeat/DRE binding factor 2) (Xue et al., 2003)。还有一种称为特异型转录因子，它们能够选择性调控某种或某些基因的转录表达。典型的转录因子含有DNA结合区(DNA-binding domain)、转录调控区(acti vation domain)、寡聚化位点(oligomerization site) 以及核定位信号(nuclear localization signal) 等功能区域。这些功能区域决定转录因子的功能和特性(Liu et al., 1999)。DNA结合区带共性的结构主要有：1）HTH 和HL H 结构：由两段α-螺旋夹一段β-折叠构成，α-螺旋与β-折叠之间通过β-转角或成环连接，即螺旋-转角-螺旋结构和螺旋-环-螺旋结构。2）锌指结构：多见于TFIII A 和类固醇激素受体中，由一段富含半胱氨酸的多肽链构成。每四个半光氨酸残基或组氨酸残基螯合一分子Zn2+ ，其余约12-13 个残基则呈指样突出，刚好能嵌入DNA 双螺旋的大沟中而与之相结合。3）亮氨酸拉链结构：多见于真核生物DNA 结合蛋白的 C 端，与癌基因表达调控有关。由两段α - 螺旋平行排列构成，其α - 螺旋中存在每隔7 个残基规律性排列的亮氨酸残基，亮氨酸侧链交替排列而呈拉链状，两条肽链呈钳状与DNA 相结合。

肺癌的预防和注意事项

肺癌的预防和注意事项 目前全世界的大都市都面临缺氧的问题，阴霾，雾霾，灰霾，大气原本的氧含量是21%，但自二十世纪起，因为森林绿地被大量的开垦破坏，氧气的来源减少，大量使用汽油、柴油、天然气、煤为燃料，导致更多氧气被消耗掉。运动不足使心肺机能下降，或过敏、抽烟、贫血等等呼吸循环或血液循环的问题，也会导致缺氧。若长时间处于密闭拥挤的空间，如地下室、封闭的购物中心，不通风的办公室及狭小厨房、KTV等，空气中的含氧量甚至会下降到19%，甚至是18%。海外华人压力大、过劳、忙碌、焦虑、情绪起伏、大量用脑，都会增加氧气的消耗，导致缺氧。这也导致癌症和心血管疾病高发，过早衰老，甚至癌变，您也会观察到身边从事“缺氧”工作的华人，患病几率很高！ 缺氧是致癌的主要因素，诺贝尔医学奖得主1955年就提出，体内细胞氧气足够就能防癌的理论：缺氧可以加快心血管疾病的发生，缺氧可以导致酸性体质，让癌细胞无限复制，并促进癌细胞周围血管的再生并促进癌细胞的转移，并降低正常细胞的抵抗能力，并产生大量“活性的自由基”，损害您的健康。 如何避免“缺氧”来预防疾病呢？ 1.从实验数据表明，如果您每1-2个小时之内离开缺氧的环境，到室外休息5-10分钟，身体就会调整过来，尤其是在有绿树绿地的地方每天散步，那里氧气充足。 2.改善通风。每天多找机会打开门窗换气，尤其是阳光明媚的时间。 3.室内种植绿色植物。可在房间种植万年青，富贵竹，常春藤等绿色植物，改善环境缺氧，卧室除外。 4.多多食用还有硒元素的食物，能有效抗癌，如蘑菇、大蒜、各类海产品，必要时候可以通过硒维康补硒，有机硒没有毒副作用吸收好。 4.养成深呼吸的习惯。每日有意识的多做深呼吸，补充氧气，每次做6遍深呼吸，缓缓吐气。 5.女性贫血也是导致“缺氧”的原因。人体血红蛋白是携带运输氧气的，注意补充血红蛋白叶酸和生物铁。 6.肥胖及心血管疾病也是导致缺氧的原因，注意养护心脏，控制体重。 7.均衡饮食不过量，但也不能挨饿，必须保持体质和免疫功能正常运作。 8.养成运动的习惯，增强心肺功能能改善“缺氧”。 9.调整心态，忘却忧虑烦恼，多生喜乐，平静情绪会降低氧气的损耗。 其实万物之源在于氧气。对生命而言，呼气、吸气之间，似乎就是一种奇迹，呼吸中生命就这样得以存活、延续。不可想象的是，若没有了呼吸，没有了自然氧气的供应，一个生命究竟能存活多久？ 只要我们每个人每天注意能改善环境缺氧状态，提高血红素、改善心肺及呼吸循环，就能减低癌证和心血管疾病的发病机率，甚至大幅度的提高患者的寿命和生存机率。充足、流通的氧气，配合均衡的饮食，深呼吸，多活动，人体会产生源源不断的能量流，保护着机体细胞不受癌细胞的侵害和阴阳平衡，这无疑是最有效的防病和延缓衰老的自然方法。

转录因子功能预测新方法

TF-coEx：一种基于基因共表达网络的转录因子功能预测新方法 TF-coEx： Transcription Factor Function Prediction based on Gene Co-e xpression Network收藏本页导出题录 分享 作者：陈靖祺[1] 柳靓婧[1,2] 田卫东[1] CHEN Jing-qi,LIU Jing-jing,TIAN Wei-dong （1.Institute of Biostatistics,Fudan University,Shanghai 200433,China ; 2.Institute of Plant Biology,Fudan University,Shanghai 200433,China）机构地区：[1]复旦大学生物统计研究所,上海200433 [2]复旦大学植物科学研究所,上海200433 出处：《复旦学报：自然科学版》 SCI CAS CSCD 2012年第51卷第6期 803-812页,共10页《Journal of Fudan University （Natural Science）》 摘要：转录因子在细胞内的各种生物通路中起着重要的调控作用．在人基因组中有1000多个注释为DNA结合蛋白的编码基因，其中部分基因已被证明为转录因子，对它们调控的生物通路也相对比较清楚．其余的大多数DNA结合蛋白可能是潜在的转录因子，但它们的功能并不明确．鉴于转录因子与其所调控的靶基因在基因表达水平上密切关联，本文从基因共表达网络出发建立了]。个预测转录因子功能的新方法——co-expression-based transcription factor function prediction（TF-coEx）．首先，利用大规模高通量表达芯片数据建立了不同条件下人全基因组的基因共表达网络，并通过网络划分获得包含转录因子的一系列基因共表达模块．之后，通过对模块内基因的功能富集分析，并整合不同网络的模块功能富集结果，对所有潜在的转录因子编码基因进行了功能预测．通过与已知功能的对比，我们证明TF-coEx的预测效果显著好于随机．此外，对预测分值最大的50个结果的文献验证显示，54％的预测有实验证据支持．方法的预测结果为进一步设计具体的实验来验证潜在转录因子的功能提供了方向．

肺癌的致病因素治疗及预防

肺癌的致病因素治疗及预防 一：定义及病因 定义：肺癌又称原发性支气管肺癌，是指主要发生于支气管粘膜上皮细胞，少数发生于肺泡组织的恶性肿瘤，临床发病率较高，尤其是近年来我国肺癌的发病率持续上升，占所有恶性肿瘤的第二位。大量材料解释肺癌多发于40岁以上的男性，其发病率与吸烟和环境污染有很大的关系，果此积极提倡戒烟和加强城市环境卫生对于预防原发性支气管肺癌有着重要的临床意义。 肺癌的疾病原理，症状，治疗及预防 病因：肺癌的病因至今尚不完全明确，大量医学资料表明肺癌的危险因子包含吸烟（包括二手烟）、石绵、氡、砷、电离辐射、卤素烯类、多环性芳香化合物、镍等。具体如下： 、吸烟：长期吸烟可引致支气管粘膜上皮细胞增生磷状上皮生诱发鳞状上皮癌或未分化小细胞癌无吸烟嗜好者虽然也可患肺癌但腺癌较为常见.，纸烟燃烧时释放致癌物质。 、大气污染： 、职业因素：长期接触铀镭等放射性物质及其衍化物致癌性碳氢化合物砷铬镍铜锡铁煤焦油沥青石油石棉芥子气等物质均可诱发肺癌主要是鳞癌和未分化小细胞癌。 、肺部慢性疾病：如肺结核、矽肺、尘肺等可与肺癌并存这些病例癌肿的发病率高于正常人此外肺支气管慢性炎症以及肺纤维疤痕病变在愈合过程中可能引起鳞状上皮化生或增生在此基础上部分病例可发展成为癌肿。 、人体内在因素：如家族遗传以及免疫机能降低代谢活动内分泌功能失调等。 肺癌的疾病原理，症状，治疗及预防 二：分类 基本类型 、小细胞肺癌：小细胞肺癌（ SCLC）或燕麦细胞癌，近20%的肺癌患者属于这种类型。 、非小细胞肺癌：非小细胞肺癌（NSCLC）类，约80%的肺癌患者属于这种类型。 肺癌的疾病原理，症状，治疗及预防 临床类型 、鳞形细胞癌(又称鳞癌)：在各种类型肺癌中最为常见，约占50%。患病年龄大多在50岁以上，男性占多数。 、未分化癌：发病率仅次于鳞癌，多见于男性，发病年龄较轻，一般起源于较大支气管。 、腺癌：起源于支气管粘膜上皮，少数起源于大支气管的粘液腺。发病率比鳞癌和未分化癌低，发病年龄较小，女性相对多见。 、肺泡细胞癌：起源于支气管粘膜上皮，又称为细支气管肺泡细胞癌或细支气管腺癌。部位在肺野周围，在各型肺癌中发病率最低，女性比较多见。 肺癌的疾病原理，症状，治疗及预防 三：临床表现 早期症状