DNA Marker 使用常见问题

1、 DNA条带不可见或很淡，可能原因及解决方法

a) DNA Marker上样量不够
按照说明书要求加样，或根据自己的实验调整加样量

b) DNA电泳跑出凝胶
电泳时，将溴酚蓝跑到凝胶2/3处即可停止电泳。更小的DNA片段可能需要电泳的距离更短。

c) DNA条带被示踪染料遮盖
选用不同的电泳loading dye，使待检测的DNA样品避开示踪染料的干扰，或适当降低loading dye的用量。

d) 凝胶中未加核酸染料或后染时核酸染色不充分。
比如过夜存放的凝胶中EB会分解很多，第二天使用时，DNA条带会明显变弱。因此使用EB作为核酸染料的凝胶，最好当天制作并使用。少数剩余的凝胶如果想第二天使用，需要在凝胶表面加入适当缓冲液，并且最好用封口膜盖好。

2、 条带弥散或分离不开条带

a) DNA有部分降解。
b) 电泳时电压过低，使DNA条带发生扩散。
c) DNA上样量过大，条带变粗，条带间不易分离。
d) 适当减少加样体积可以较明显地改善电泳带型。
e) 使用不合适浓度的琼脂糖凝胶。参照各浓度的琼脂糖凝胶对应的有效分离范围重新制备凝胶。
f) 凝胶质量较差，换用高质量的琼脂糖做胶。

3、 电泳时Marker前端条带容易变弱或丢失。

特指使用EB作为核酸染料时，由于EB与DNA的结合力比较弱，并且EB与DNA的电泳方向相反。当电泳时DNA条带跑到EB的前沿时，EB就会有很大一部分与DNA脱离，DNA条带将变弱。因此，电泳时，将溴酚蓝跑到凝胶2/3处即可停止电泳。GelRed核酸染料由于与DNA的结合非常牢固，不会出现电泳时间长条带变弱的情况。

4、 样品条带与DNA Marker条带相比，出现大小不一致现象

DNA的迁移不仅与实际大小有关，与是否结合有蛋白、离子状态、DNA的结构、凝胶等都有关。

如果使用SYBR Green I，GelRed等核酸染料时，核酸的电泳迁移率与DNA/染料的量的比例关系比较重要，当核酸染料量不足时，就会发生迁移率误差较大的情况。

另外，样品中如果含有较高的盐离子浓度，也会引起较大的迁移误差。

样品上样量与DNA ladder条带的量相差较大或者体积相差较大时，也会引起较大的迁移误差。最好是将混好Loading Buffer后的样品体积与DNA Ladder的体积比较接近，这样可以跑出理想的结果。
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Q：为什么marker条带非常模糊，无法辨别具体条带？

A：出现上述情况，可能有以下几个原因：1. marker条带出现了降解。请确保在使用过程中避免核酸酶污染；2. 电泳缓冲液陈旧。电泳缓冲液多次使用后，离子浓度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液

；3. 电泳条件不合适。电泳时电压应不超过20V/cm，温度应低于30℃；4. marker上样量过多。请根据说明书选用合适上样量；5. 凝胶质量不好。建议使用质量较好的琼脂糖；此外，凝胶凝固不均匀也会导致条带模糊。

Q：为什么marker条带出现不规则的条带（如哑铃状等）？

A：出现上述情况，多与以下几个原因有关：1. 电泳缓冲液陈旧。老化的电泳缓冲液离子浓度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液；2. 电泳条件不合适。电泳时电压应不超过20V/cm，电压太高可能也会导致marker条带出现不规则现象。此外，凝胶质量差以及凝胶冷却时凝固不均匀也会导致该现象出现。

Q：为什么marker条带非常弱或者根本没有条带？

A：出现上述情况可能是：1. marker上样量较低，可适当增加上样量；2. 凝胶质量较差或凝胶凝固不均匀也会导致电泳条带弱或根本没有条带；3. 电泳时间过长导致marker条带跑出凝胶，可缩短电泳时间，降低电压，增加凝胶浓度。

Q：为什么marker缺带？

A：对于含有较小片段的marker，如果出现缺带现象，可能是因为：1. 小条带跑出凝胶或分子量大小非常相近的条带不易辨认所致，可适当缩短电泳时间，降低电压，同时增加凝胶浓度；2. 凝胶中EB含量过低，导致大片段结合EB量太少或没有，在紫外光下亮度太低，可适当增加EB用量。