9.华中农业大学生物信息学核酸序列的其他分析方法

华中农业大学硕士研究生培养方案

华中农业大学硕士研究生培养方案 （学科门类：理学一级学科代码：0710 一级学科名称：生物学） （二级学科代码：071005 二级学科名称：微生物学) 一、培养目标 微生物学是生命科学领域研究活跃、应用前景广阔，对其它学科影响最重要的生命科学之一。它的许多理论和实践方法不仅正被广泛应用于其它生命科学研究中，而且，正以前所未有的速度以分子生物学、基因组学和分子生态学等多个层次丰富着新的理论和技术，微生物学目前的研究内容涉及固氮微生物分子生物学、微生物农药及芽胞杆菌分子生物学、放线菌及链霉菌分子生物学、微生物-植物互作及分子生态学、蓝细菌分子生物学、动物病源微生物与分子病毒学、土壤与环境微生物学、植物病源微生物学、应用真菌生物技术、食品微生物学等。 微生物学不仅是现代生物科学、生物技术和生物工程等相关学科的基础，又是处于生命科学前沿的一门实践性极强的独立学科。 二、学习年限 培养适应我国社会主义现代化建设需要，德、智、体全面发展，品学兼优的高级专门人才。具体要求是：1．进一步学习和掌握马克思主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想，树立马克思主义世界观；坚持党的基本路线，政治上同党中央保持高度一致；热爱祖国，关心时事，遵纪守法，品德优良，具有集体主义观念和艰苦奋斗的工作作风；服从国家需要，积极为社会主义现代化建设事业服务。 2．热爱专业，掌握本专业坚实的基础理论、系统的专业知识以及熟练的实验技能；了解所从事研究方向的国内外发展动态；具有从事科学研究、独立担负专门技术工作和管理工作等能力；具有严谨的治学态度、理论联系实际的工作作风和诚挚的协作精神。 3．掌握一门外国语，具有熟练的阅读能力、一定的写译能力和听说能力。 4．身心健康。 三、研究方向 1、分子微生物学 2、杀虫、抗病微生物学 3、微生物与植物相互作用微生物学 4、应用与环境微生物学 5、食品微生物学 6、应用真菌生物学 四、课程设置与考试要求

华中农业大学-武汉市农业科学技术研究院研究生联合培养基地招生简介

2012年华中农业大学-武汉市农业科学技术研究院研究生联合培养基地专业学位招生简介 一、武汉市农业科学技术研究院基本情况 武汉市农业科学技术研究院前身是1984年组建的市农业科学技术研究中心，1989年更名为市农业科学技术研究院。是一个集农业科研、开发、推广、服务为一体的公益性正局级事业单位。 研究院下设六个研究所、两个中心及三个直属公司。即蔬菜科研所、畜牧兽医科研所、水产科研所、农业科研所、林业果树科研所、农业机械化科研所、农业干部培训中心、农业生物技术研究中心、武汉中博生化股份有限公司、武汉科慧都市农业发展有限公司、武汉现代都市农业规划设计院。 现有各类人员1068名，其中在职职工547人。有各类专业技术人员338人，其中高级职称145人（含正高27人），中级职称145人。专业技术人员中有博士11人，研究生52人。享受国务院津贴专家17人；享受省、市政府津贴35人；国家、省、市人才工程人选16人；省市有突出贡献专家15人。 从1984年建院以来，市农科院共承担各级各类科技项目500多项，取得农业科技成果280余项，获国家、部省、市级科技奖244项。与此同时，取得国家新专利16项、产品登记4项、湖北省品种审（认）定36项。先后承担完成了国际生物多样性组织、国家科技部、农业部、建设部、国家星火计划、国家引智项目、湖北省科技厅等省部以上项目30余项。正在实施的重大项目有国家公益性行业（农业）科研专项经费项目、国家科技部支撑计划、农业部“948”项目、国家科技基础条件平台工作重点项目、农业部蔬菜遗传与生理重点开放实验室项目、农业部农作物种质资源保护项目、湖北省科技攻关计划项目、湖北省农业科技成果转化资金项目等。由院蔬菜所主持承担的国家行业计划《甜菜夜蛾防控技术研究与示范》项目及《水生蔬菜产业技术体系研究与示范》项目，确立了市农科院在这两个研究领域国内的主导地位。

【高中生物】功能基因的克隆及生物信息学分析

（生物科技行业）功能基因的克隆及生物信息学分析

功能基因的克隆及其生物信息学分析 摘要：随着多种生物全基因组序列的获得，基因组研究正从结构基因组学（structuralgenomics）转向功能基因组学(functionalgenomics)的整体研究。功能基因组学利用结构基因组学研究获得的大量数据与信息评价基因功能(包括生化功能、细胞功能、发育功能、适应功能等)，其主要手段结合了高通量的大规模的实验方法、统计和计算机分析技术[1]，它代表了基因分析的新阶段，已成为21世纪国际生命科学研究的前沿。功能基因组学是利用基因组测序获得的信息和产物，发展和应用新的实验手段，通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能，使生物学研究从对单一基因或蛋白的研究转向多个基因或蛋白同时进行系统的研究，是在基因组静态的组成序列基础上转入对基因组动态的生物学功能学研究[2]。如何研究功能基因，也成为我们面临的一个课题，本文就克隆和生物信息学分析在研究功能基因方面的应用做一个简要的阐述。 关键词：功能基因、克隆、生物信息学分析。 1.功能基因的克隆 1.1图位克隆方法 图位克隆又称定位克隆，它是根据目标基因在染色体上确切位置，寻找与其紧密连锁的分子标记，筛选BCA克隆，通过染色体步移法逐步逼近目的基因区域，根据测序结果或用BAC、YAC克隆筛选cDNA表达文库寻找候选基因，得到候选基因后再确定目标基因。优点是无需掌握基因产物的任何信息，从突变体开始，逐步找到基因，最后证实该基因就是造成突变的原因。通过图位克隆许多

控制质量性状的单基因得以克隆，最近也有报道某些控制数量性状的主效基因（控制蕃茄果实大小的基因克隆[3]、控制水稻成熟后稻谷脱落基因克隆[4]以及小麦VRN2基因克隆[5]等）也通过图位克隆法获得。 1.2同源序列克隆目的基因 首先根据已知的基因序列设计PCR引物，在已知材料中扩增到该片段，并经克隆测序验证，利用放射性同位素标记或其他非同位素标记该PCR片段作为探针，与待研究材料的cDNA文库杂交，就可以获得该基因cDNA克隆，利用克隆进一步筛选基因组文库，挑选阳性克隆，亚克隆并测序，从中就可以筛选到该基因的完整序列。 1.3结合连锁和连锁不平衡的分析方法 结合连锁和连锁不平衡的分析方法是未知基因克隆研究领域发展的新方向[6]。(Linkagedisequilibrium,LD)。与连锁分析不同,连锁不平衡分析可以利用自然群体中历史发生的重组事件。历史上发生的重组使连锁的标记渐渐分布到不同的同源染色体上,这样就只有相隔很近的标记才能不被重组掉,从而形成大小不同的单倍型片段(Haplotypeblock)。这样经过很多世代的重组,只有相隔很近的基因,才能仍处在相同的原始单倍型片段上,基因间的连锁不平衡才能依然存在。所以基于连锁不平衡分析,可以实现目的基因的精细定位。林木大多为自由授粉的异交物种,所以连锁不平衡程度很低,林木基因组中的LD可能会仅局限于非常小的区域,这就为目的基因的精细定位提供了可能,结合SNP检测技术,科学家甚至可以将效应位点直接与单个的核苷酸突变关联起来,进行数量性状寡核苷酸

华中农业大学研究生学籍管理细则

华中农业大学研究生学籍管理细则 （2005年制订，2010年8月修订） 第一章总则 第一条为全面贯彻党的教育方针，维护学校正常的教育教学秩序，保障研究生合法权益，不断提高教育教学质量，培养德、智、体、美全面发展的社会主义合格建设者和可靠接班人，根据《中华人民共和国高等教育法》和教育部2005年3月颁布的《普通高等学校学生管理规定》，结合学校实际，制定本细则。 第二条本细则适用于接受学历教育的研究生。 第三条硕士研究生学习年限(含休学)一般为2-3年，最长不超过5年；博士研究生学习年限(含休学)一般3-4年，最长不超过6年；硕博连读、提前攻博研究生学习年限（含休学）一般5-6年，最长不超过8年。 研究生在学校规定的基本学习年限内未能完成学业的，经导师、学院和研究生处批准，可以申请延期毕业。但延期毕业年限不得超过学校规定的最长学习年限。 第二章入学与注册 第四条按照国家招生规定，经我校录取的研究生新生持华中农业大学研究生录取通知书和学校规定的其它有关证件，按期到校办理入学手续。因故不能按期入学者，必须向所在学院书面请假并附相关证明。请假时间一般不得超过两周。未请假，或未准假逾期两周不报到者，或假满逾期两周不报到者，除因不可抗力等正当事由外，视为放

弃入学资格。 第五条新生办理入学手续后，学校在三个月内按照国家和学校招生规定对其政治、思想品德、文化、健康状况等进行复查。复查合格者予以注册，取得学籍。复查不合格者，由学校区别情况予以处理，直至取消入学资格。 凡属违反国家招生规定，弄虚作假、徇私舞弊被录取者，无论何时发现，一经查实，取消其入学资格或者学籍，退回原户籍所在地。情节恶劣的，报请有关部门查究。 第六条入学体检复查由华中农业大学医院负责。对达不到入学体检标准的新生，取消其入学资格；对患有疾病经学校指定的二级甲等以上医院（下同）诊断不宜在校学习的新生，经本人申请，学校批准，可保留入学资格一年。保留入学资格的新生应在申请被批准后两周内办理离校手续。治疗期间的医疗费用自理。无故不办理离校手续者，取消入学资格。 保留入学资格的学生，应当在下一学年开学前，持二级甲等以上医院病愈诊断证明和体检表以及所在地街道（乡）等单位开具的学生行为表现证明，向学校招生办公室提交入学申请，经学校指定医院诊断，符合入学体检要求，学校复查合格后，可以按当年新生办理入学手续。 复查不合格者取消入学资格，逾期两周不办理入学手续者，被视为放弃入学资格。 保留入学资格者不具有学籍，不享受在校生或休学生待遇。学校不对学生保留入学资格期间发生的事故负责。保留入学资格期间，如有严重违法乱纪行为者，取消其入学资格。 第七条每学期开学时，已取得学籍的研究生持研究生证，在校历规定的时间内到所在学院办理注册手续，未按学校规定缴纳学费或者其他不符合注册条件者不予注册。确因在校外从事科研、调研、撰写论文、实践等工作，不能按期注册的，应当事先履行暂缓注册手续，

华中农业大学-《畜牧微生物学》课程-试题(附参考答案与评分标准)

华中农业大学本科课程考试试卷 考试课程与试卷类型：畜牧微生物学A 姓名： 学年学期：2004-2005-1 学号： 考试时间：2004-01-18 班级：动物科技学院2002级1-4班_______________________________________________________________________________ ____________ 一. 单项选择题（从下列各题四个备选答案中选出一个正确答案，并将其代号写在答题纸的相应位置。答案选错或未选者，该题不得分。每小题1分, 共10分） 1．创造了低温消毒法的是____。标准答案：B A. 荷兰人吕文虎克 B. 法国学者巴斯德 C. 德国学者柯赫 D. 德国学者贝哲林克 2．酵母菌属____。标准答案：B A. 单细胞原核微生物 B. 单细胞真核微生物 C. 多细胞原核微生物 D. 多细胞真核微生物 3．对乙醇这个药剂来说，其消毒效果最好的浓度是____。标准答案：C A. 25% B. 55% C. 70% D. 95% 4．____含量越高，青贮饲料的品质越差。标准答案：B A. 乳酸 B. 丁酸 C. 酒精 D. 醋酸 5．类毒素具有____。标准答案：C A. 免疫原性和毒性 B. 非免疫原性和毒性 C. 免疫原性和非毒性 D. 非抗原性和非毒性 6．金黄色葡萄球菌的拉丁文命名正确的为____。标准答案：C A. staphylococcus aureus B. Staphylococcus Aureus C. Staphylococcus aureus D. staphylococcus Aureus 7．担子菌是以产生____的方式进行繁殖。标准答案：C A. 节孢子 B. 分生孢子 C. 担孢子 D. 孢子囊孢子 8．沙门氏菌的吲哚试验为阴性，说明该菌不能分解____。标准答案：D A. 葡萄糖 B. 胱氨酸 C. 吲哚 D. 色氨酸 9．大肠杆菌(Escherichia coli)在麦康凯琼脂培养基上生长时，产生____菌落，据此可与沙门氏菌(Salmonella)相区别。标准答案：C A. 白色 B. 黄色 C. 红色 D. 无色 10．下面有关黄曲霉毒素的叙述，错误的是____。标准答案：A A. 不耐热 B. 难溶于水 C. 具有荧光性 D. 没有免疫原性 二．多项选择题（从下列各题四个备选答案中选出所有正确答案。答案选错或未选全者，该题不得分。每小题2分，共10分） 担子菌的三大特点是____。标准答案：ABC

最新生物信息学考试复习

——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。

7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。

2020年华中农业大学研究生院植物科学技术学院介绍

2020年华中农业大学研究生院植物科学技术学院 介绍 2013年研究生考试已经告一段落，出国留学考研网为14年考生 提供华中农业大学介绍相关院校信息及专业简介，帮助考生在复习 之初建立明确的目标院校，有针对性的进行后期复习。 华中农业大学植物科学技术学院办学历史悠久。其前身始于清朝光绪年间湖广总督张之洞1898年创办的湖北农务学堂，后几经演变，于1952年由武汉大学农学院、湖北农学院、中山大学等六所大学的 农艺系合并成立华中农学院农学系，下设农学、植保、土化三个专业。1954年在农学、植保、土化三个专业的基础上设立农学系、植 保系、土化系。农学系和植保系师资力量雄厚，汇聚了一批知名专 家在此任教，有二级岗教授杨新美、胡仲紫、章锡昌、刘后利等。 随着学校改革发展的不断深入，在学校院系与学科调整过程中，原 农学系和原植物保护系于2002年7月合并，成立植物科学技术学院。 学院现设作物遗传育种系、农学系和植物保护系，下设作物育种学、遗传学、作物栽培学、植物病理学、昆虫学、植物生理生化、 农业气象学、农药学和应用真菌学9个教研室，专任教师118人， 开设植物科学与技术（含种子工程）、农学、植物保护（含植物检疫）3个本科专业，现有在校本科生1600余名，研究生800余名， 留学生13名，继续教育学生580余名。 二、学科优势明显，培养条件优越 学院现有作物学与植物保护学两个一级学科，其中：作物学（含作物遗传育种、作物栽培学与耕作学）被评为国家一级重点学科、 国家211工程第三期重点建设学科、湖北省高校优势学科，2002年 作物学评估排名第一；植物保护学被评为湖北省重点学科，植物病 理学被评为湖北省高校特色学科。学院建有2个一级学科博士点、2 个博士后科研流动站，12个博士学位授予权专业,13个硕士学位授 予权专业，具有学士、硕士、博士及博士后的完备人才培养体系。

华中农业大学考研微生物英语题库

Test 1: Development of Microbiology 1 Multiple Choice (choose one answer) 1.The fundamental unit of all living organisms is the Membrane cell nucleus cell wall https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,anisms that do not contain a true nucleus are referred to as fungi eukaryotic prokaryotic nankaryotic 3.The three kingdom classification system of organisms was proposed by Pasteur Bacon Winogradsky Woese 4.Fungi differ from bacteria in a number of characteristics. The cell walls in fungi are composedof , while the cell walls of bacteria are composed of peptidoglycan Chitin phospholipids protein glucosamine 5.The first microscopes were developed by Ehrlich Metchnikoff Leewenhoek Lister 6.Control of microbial infections can be accomplished by chemical or immune mechanisms. The first report on the production of an antibiotic is credited to: Lister Fleming Ehrlich Koch 7The term "antibiotic" means a substance produced by the laboratory that kills or inhibits other microorganisms a substance produced by microorganisms that kills or inhibits molds a substance produced by microorganism that kills or inhibits other microorganisms a substance produced by microorganisms that kills or inhibits cancer cells 8 The first documented use of a vaccine for smallpox was reported by the English physician Lister .Florey Fleming Jenner 9 Active immunity can be distinguished from passive immunity in that the former requires: development of antibodies in one's own body by stimulation with external antibodies development of antibodies in one's own body by stimulation with external antigens Flemingdevelopment of antibodies in a foreign host and transfer to one' s own body development of antigens in one's own body by stimulation with external antibodies 10The process of nitrification by bacteria described by Winogradsky converts ammonia to nitrate ions nitrate ions to ammonia N2 to ammonia ammonia to urea 11The transfer of DNA from one organism to another through the use of a viral vector is referred to as Electroporation conjugation transformation transduction 12The genetic material of a bacteria is located in the molecule: RNA DNA protein lipid 2 Fill in the Blank https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,anisms that contain a true nucleus are called_______ 2.Bacteria do not have a true nucleus and are considered _______ 3.. Bacteria can be divided into two groups, the _______and the ______ 4._______ are organisms that can grow without using molecular oxygen. 5. Microorganisms that can synthesize complex organic compounds from CO2:are called _______.

高通量测序生物信息学分析(内部极品资料,初学者必看)

基因组测序基础知识 ㈠De Novo测序也叫从头测序，是首次对一个物种的基因组进行测序，用生物信息学的分析方法对测序所得序列进行组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。 目前国际上通用的基因组De Novo测序方法有三种： 1. 用Illumina Solexa GA IIx 测序仪直接测序； 2. 用Roche GS FLX Titanium直接完成全基因组测序； 3. 用ABI 3730 或Roche GS FLX Titanium测序，搭建骨架，再用Illumina Solexa GA IIx 进行深度测序，完成基因组拼接。 采用De Novo测序有助于研究者了解未知物种的个体全基因组序列、鉴定新基因组中全部的结构和功能元件，并且将这些信息在基因组水平上进行集成和展示、可以预测新的功能基因及进行比较基因组学研究，为后续的相关研究奠定基础。 实验流程： 公司服务内容 1.基本服务：DNA样品检测；测序文库构建；高通量测序；数据基本分析（Base calling，去接头， 去污染）；序列组装达到精细图标准 2.定制服务：基因组注释及功能注释；比较基因组及分子进化分析，数据库搭建；基因组信息展 示平台搭建 1.基因组De Novo测序对DNA样品有什么要求？

(1) 对于细菌真菌，样品来源一定要单一菌落无污染，否则会严重影响测序结果的质量。基因组完整无降解(23 kb以上)， OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；每次样品制备需要10 μg样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*10 μg。 (2) 对于植物，样品来源要求是黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品，最好为纯合或单倍体。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (3) 对于动物，样品来源应选用肌肉，血等脂肪含量少的部位，同一个体取样，最好为纯合。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (4) 基因组De Novo组装完毕后需要构建BAC或Fosmid文库进行测序验证，用于BAC 或Fosmid文库构建的样品需要保证跟De Novo测序样本同一来源。 2. De Novo有几种测序方式 目前3种测序技术 Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa 为例，对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序(图2)。 图1 Single-read文库构建方法图2 Paired-end文库构建方法

用于新基因的生物信息学分析

用于新基因的生物信息 学分析 ★★★★★ reasonspare(金币+5,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来！ lwf991229(金币+0,VIP+0):置为资源帖~~ 2-9 16:12 lwf991229(金币+0,VIP+0):高亮~ 2-9 16:13 核酸序列的基本分析 运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因做酶切谱分析。 碱基同源性分析 运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析(Translated query vs.protien database(blastx))网站如下：https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/BLAST/ 参数选择：Translated query-protein database [blastx]；nr;stander1 开放性阅读框（ORF）分析 利用NCBI的ORF Finder程序对基因做开放性阅读框分析，网址如下： https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析 运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对基因的ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。 网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析 参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSM

生物信息学分析方法

核酸和蛋白质序列分析 蛋白质, 核酸, 序列 关键词：核酸序列蛋白质序列分析软 件 在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站（https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。 下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质,是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。 （一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment） 双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。 除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外，我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件（http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST （https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/BLAST/）。以上介绍的这些双序列比对工具的使用都比较简单，一般输入所比较的序列即可。 （1）BLAST和FASTA FASTA（https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/fasta33/）和BLAST （https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/BLAST/）是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。这两

华中农业大学园艺林学学院2019年硕士研究生复试录取方案

华中农业大学园艺林学学院2019年硕士研究生 复试录取方案（第一轮） 根据学校关于2019年硕士研究生复试录取工作有关文件精神，结合我院实际，特制定本方案。 一、组织机构 1.学院研究生招生工作领导小组，负责全院复试、录取工作的领导和统筹，实施监督和审核 组长：程运江 副组长：张斌、蔡江 组员：各学科首席专家、刘继红、张俊红、产祝龙、倪德江、吴雪飞、郑波 秘书：张欣 2.各二级学科专业成立复试专家小组（简称：复试小组），复试小组由不少于5名具有副高以上职称的教师组成，学科首席专家任组长，全面负责本学科研究生复试、录取工作，其中1名教师负责英语口语考试，1名秘书负责复试记录和全程摄像、组织联络等工作。 各复试小组负责根据本学科培养目标和学科特色，分别确定学术型和专业学位类型考生复试的具体内容、命制复试试题、确定评分标准、程序，核定复试成绩，写出评语并提出是否录取的意见。 复试小组应遴选经验丰富、业务水平高、公道正派的人员参与复试工作，遵守学术回避原则。组长在复试前应向参与复试的所有人员宣讲政策、纪律和复试工作基本规范，使其明确工作纪律和工作程序、评判规则和评判标准；小组成员现场独立评分。 3.受理申诉电话：027-87281212027-87281532 申诉邮箱：caijiang@https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html, hafu@https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html, 4、招生复试信息公布平台： 学院网站https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/info/1080/4564.htm 学校网站：https://www.wendangku.net/doc/df16701242.html,/info/1008/5336.htm 二、复试资格线及指标分配 各学科复试小组复试资格线确定后学院会陆续在学院网站信息公布平台进行更新。各二级学科专业原则上按照招生指标的120%-180%的比例确定复试人数，对第一志愿考生进行复试及选拔。同一学院同一专业，非全日制与全日制考生进入复试的初试成绩分数线相同。 三、复试的形式和内容： （一）形式 1．各专业复试方式：笔试占复试成绩的40%，面试及实践环节占40%,外语测试占20%。

华中农业大学微生物学硕士试卷1999-2004

清单： 1999，2000，2001，2002，2003，2004， 华中农业大学一九九九年硕士研究生入学考试 试题纸 课程名称：微生物掌共3页 注意：所有答案必须写在答题本上，不得写在试题纸上。 一、．是非判断题(正确“√”，错误‘‘×”，每题1分) 1．中间体(Mesosome)是由细胞膜内陷折叠形成的袋状或颗粒状结构。( ) 2．枝原体(Mycoplasma)是目前已知最小的细胞生物。( ) 3．原生动物是多细胞、无细胞壁和能够自由活动的一类微生物。( ) 4．一种病毒只含有单一类型的的核酸。( ) 5·光合细菌与蓝细菌相同，它们都具有光合色素，进行非环式光合磷磷化作用。( ) 6·酒精发酵是丙酮酸在无氧条件下生成酒精的过程，典型的酒精发酵是在酵母菌作用下进 行的。( ) 7．在没有高压蒸气灭菌设备情况下，不可能进行培养基质的彻底灭菌。( ) 8·转化(transformation) 是指供体菌的DNA片段或质粒DNA转移到受体菌，并组合到基因 组中的过程。( ) 9．金黄色葡萄球菌为G+，具有周生鞭毛。( ) 10. 所有放线菌都具有发达的基内茵丝和气生菌丝。( ) 二、填空题(30分，每空0．5分) 1．原核细胞与真核细胞的主要差异在于(1) 、(2)和(3)。 2．肽聚糖是(4) 特有的一类大分子复合物。以金黄色葡萄球菌为例，它是由(5) (6)与一种(7)和一种(8)的四个亚单位交联而成-的多层次网状结构。 磷壁酸是(9)中所特有的成分。 j 3．脂多糖是(1 O) 所含有的一种化学成分。它由(1 1) 、(1 2) 、(1 3) 三部分组成。： 4·细菌的芽胞是某些细菌在生活周期的特定阶段形成的(14)体。芽胞形成过程可分为 (1 5) 、(1 6) 、(1 7) 、(1 8) 、(1 9) 、(20) 和(2 1) 七个阶段。芽胞对不良环境因子的抗性主要由于(22) 、(23) 和(24) 。5·真菌的有性繁殖产生有性孢子，包括(25)孢子、(26) 孢子、（27）孢子、 (28) 孢子、(29) 孢子。有性孢子产生过程一般包含(30)、（31）(32)几个阶段。 6．根据获取能源、碳源和供氧体的方式，微生物原则上可区分为(33)、（34）、（35）和（36）。 自然界绝大多数微生物都属于(3 7) 型。 7·细菌的基因重组可以由三神方式产生，即(3 8) 、(39) 、和(40) 。真菌除了正常的有性生殖外，还有二个特殊的遗传系统也可以引起遗传变异，即(41) 、

生物信息学分析

生物信息学分析 生物信息学难吗？ 经常有人向我问这个问题，这有什么疑问吗？如果不难学，根本就不用问我这个问题。也无需投入那么多时间精力就能掌握，更无需花费三四千元参加线下的培训班，也不会月薪过万。所以，答案很肯定，道理很简单：生物信息比较难学。 为什么难学？ 我总结里几点原因。首先，这是一个交叉学科，要求你既要有生物学的基础，又要有很强的计算机操作技能。这个就有点困难了。因为只是一个生物学就包括多个门类，有很多东西需要去学习，还需要学习计算机知识。很多人一门内容还没学明白，现在还得在加一门，这就属于祸不单行，雪上加霜，屋漏偏逢连夜雨。因此，这种既懂生物学，又懂计算机的复合型人才就比较短缺。而且，生物信息本质上属于数据挖掘，除了生物，计算机，到后面还需要极强的统计学知识才能做好数据分析，所以，还得加上统计学，也就是生物信息学=生物学+计算机科学+统计学三门学科的知识，这也就是为什么生物信息学比较难学。 第二个原因，生物信息本身就包括很多内容，比如DNA的分析，RNA的分析，甲基化的分析，蛋白质的分析等方面，每一

门类又完全不同，从物种方面来分，动物，植物，微生物，医学等有差别很大，很难有一劳永逸，放之四海而皆准的分析方法。 第三个原因就是生物信息是一门快速发展的学习，会出现很多新的测序方法，比如sanger测序，illumina，BGIseq，PacBio，IonTorrent，Nanopore等，每一个平台技术原理完全不同，因此数据特点也完全不同，这就需要针对每一个平台的数据做专门的学习，而且每个平台又在不断的推陈出现，可能今天你刚开发好的方法，产品升级了，都得推倒重来。还有很多新的技术，例如现在比较火的单细胞测序，Hi-C测序，Bionano测序等等内容，以后还出现更多新技术新方法，足够让你活到老，学到老。当然，你先要能活到老，吾生也有涯，而知也无涯。以有涯随无涯，殆已！ 高风险才有高收益 当然啦，虽然你已经看到学习生物信息肯定是不容易了，门槛很高，但是呢，门槛高也有很多好处，就是挡住了一部分人，当你学会了，迈过门槛，你的身价就提高了。如果人人都很容易掌握了，那么也就不值钱了。所以，生物信息，前途是光明的，道路是曲折的。

高通量测序的生物信息学分析

附件三生物信息学分析 一、基础生物信息学分析 1.有效测序序列结果统计 有效测序序列:所有含样品barcode(标签序列)的测序序列。 统计该部分序列的长度分布情况。 注:合同中约定测序序列条数以有效测序序列为准。 图形示例为: 2.优质序列统计 优质序列:有效测序序列中含有特异性扩增引物、不含模糊碱基、长度大于可供分析标准的序列。 统计该部分序列的长度分布情况。 图形示例为: 3.各样本序列数目统计: 统计各个样本所含有效测序序列与优质序列数目。

结果示例为: A B 4.OTU 根据序列的相似性,将序列归为多个OTU(操作分类单元),以便后续分析。 OTU1 149 410 27 252 45 124 136 101 OTU2 0 0 0 0 0 0 0 0 OTU3 2 3 14 23 1 5 17 29 OTU4 0 47 0 11 0 5 1 7 OTU5 19 28 82 9 57 45 303 9 OTU6 0 0 0 0 0 0 0 0 OTU7 0 182 94 24 14 5 12 60 OTU8 0 0 0 0 0 0 0 0 、、、、、、………………………………………… 5.稀释曲线 根据第4条中获得的OTU数据,做出每个样品的Rarefaction曲线。本合同默认生成OTU相似水平为0、03的rarefaction曲线。 rarefaction曲线结果示例: 6.指数分析 计算各个样品的相关分析指数,包括:

?丰度指数:ace\chao ?多样性指数:shannon\simpson ?本合同默认生成OTU相似水平为0、03的上述指数值。 多样性指数分析结果示例: 注:默认分析以上所列指数,如有特殊需要请说明。 7.Shannon-Wiener曲线 利用各样品的测序量在不同测序深度时的微生物多样性指数构建曲线,反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。当曲线趋向平坦时,说明测序数据量足够大,可以反映样品中绝大多数的微生物信息。 绘制默认水平为:0、03。 例图: 8.Rank_Abuance 曲线 根据各样品的OTU丰度大小排序作丰度分布曲线图。结果文件默认为PDF格式(其它格式请注明)。 例图:

生物信息学复习总结

生物信息期末总结 1.生物信息学（Bioinformatics）定义：（第一章）★ 生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 （或：） 生物信息学是运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。（NSFC） 2. 科研机构及网络资源中心： NCBI：美国国立卫生研究院NIH下属国立生物技术信息中心； EMBnet：欧洲分子生物学网络； EMBL-EBI：欧洲分子生物学实验室下属欧洲生物信息学研究所； ExPASy:瑞士生物信息研究所SIB下属的蛋白质分析专家系统；(Expert Protein Analysis System) Bioinformatics Links Directory； PDB (Protein Data Bank)； UniProt 数据库 3. 生物信息学的主要应用: 1．生物信息学数据库；2．序列分析；3．比较基因组学；4．表达分析；5．蛋白质结构预测；6．系统生物学；7．计算进化生物学与生物多样性。 4.什么是数据库：★1、定义：数据库是存储与管理数据的计算机文档、结构化记录形式的数据集合。（记录record、字段field、值value） 2、生物信息数据库应满足5个方面的主要需求： （1）时间性；（2）注释；（3）支撑数据；（4）数据质量；（5）集成性。 3、生物学数据库的类型：一级数据库和二级数据库。 （国际著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；

生物信息学分析

4、生物信息学分析 通过核苷酸序列数据库和基因序列同源性在线分析途径初步对Rv2029c基因进行分类整理。由于结核分枝杆菌耐利福平野生株与核苷酸序列数据库KEGG GENES中的结核分枝杆菌标准株H37Rv的匹配率为100%，以下对基因的分析按照结核分枝杆菌标准株H37Rv的数据库信息进行，即完全匹配的1020bp长度序列（本次提取基因中包含上下游引物等序列，较长，1346bp）。 4.1基本信息 表1 基因基本信息 4.2基因组信息 表2 基因组信息

5、PLN02341（PfkB型碳水化合物激酶家族蛋白），位点208-294 6、PTZ0029（核糖激酶），位点205-301 药物靶点1、同源基因没有药物靶点 2、非同源但序列相似基因没有药物靶点 图3 蛋白结构域 4.3蛋白表达 4.3.1 二级结构分析 预测结果显示，PfkB蛋白的二级结构中β转角占46.61%，α螺旋占33.63%，β折叠占19.76%。转角结构和螺旋结构构成了结核分枝杆菌PfkB蛋白二级结构的骨架。

图4 蛋白二级结构 4.3.2 跨膜区分析 Tuberculist跨膜蛋白预测结果表明：蛋白长度339aa，预测跨膜蛋白数0。 图5 蛋白跨膜区分析 4.3.3 信号肽预测 Predict Protein分析表明PfkB蛋白氨基酸残基没有信号肽，由此推断此蛋白不包含信号肽，不是分泌型蛋白质。

图6 蛋白信号肽预测 4.3.4 疏水性分析 分析结果显示，蛋白最大疏水指数为2.411，最小疏水指数为-2.372。

图7 蛋白疏水性分析 4.3.5 DNA同源性分析 表3 基因同源性分析 菌株序列覆盖 率 E值一致性 Mycobacterium tuberculosis strain Beijing-like, complete genome 100% 0.0 100% Mycobacterium bovis subsp. bovis AF2122/97 complete genome 100% 0.0 100% Mycobacterium tuberculosis 18b genome 100% 0.0 100% Mycobacterium tuberculosis H37RvSiena, complete genome 100% 0.0 100% Mycobacterium tuberculosis str. Kurono DNA, complete genome 100% 0.0 100% Mycobacterium tuberculosis 49-02 complete 100% 0.0 100%