间日疟原虫裂殖子表面蛋白3α基因分型及序列分析
疟原虫镜检技术操作规范
疟原虫镜检技术操作规范 疟原虫镜检是诊断疟疾、确定虫种及发现传染源的重要手段和方法，具有严格的操作程序和技术要求，为了统一方法、规范程序、提高血检质量，特制定本操作规范 一、血片制作 （一）所需器材 载玻片玻片3张（1张作载玻片，1张作推片，1张作采血后滴于玻片备血用） 采血针采用一次性采血针。 玻片盒存放50或100片玻片的木质或塑料盒。 皮肤消毒液棉签或酒精棉球75%的酒精、安尔碘、碘伏等皮肤表面消毒剂。 记号笔用于玻片上书写血检病人基本信息。 （二）操作步骤 1、载玻片基本信息登记取1张载玻片，首先用目测法将载玻片从右（磨砂处为右）到左等分成6格，接着用记号笔在第1、2格即（磨砂处）写下血检病人基本信息：编号、姓名、制片日期结果（镜检结束后补写）。载玻片上信息应与血检登记表中的项目对应。如图1
2、采血采血部位为手指末端或耳垂，婴儿可从拇趾或足跟取血。用消毒剂消毒取血部位皮肤后，以一次性采血针迅速刺入取血部位1～2mm深，约挤出1-2滴血，滴于玻片上（以备涂制厚薄血膜用）。 3、涂制血膜 厚血膜：用推片的一角，取血一小滴（约4微升），置于平置的载玻片上，由里向外一个方向旋转约4圈，涂成直径0.8~1厘米大小圆形厚血膜。厚血膜的厚度以一个油镜视野内可见到5～10个白细胞为宜。 薄血膜：以推片一端的中部取血一小滴（约1微升），使血滴与载玻片接触，血液沿推片边缘向两侧展开，将推片与载玻片保持25-30度，均匀而迅速适当地用力向前推成舌形薄血膜。薄血膜厚度应以红细胞之间互相接触而不相互重叠为佳，（直观透过玻片能清晰看到报纸上的字）。 二、固定 （一）所需器材1、甲醇2、器具玻璃棒、吸管 （二）操作步骤薄血膜固定薄血膜晾干后，用玻璃棒沾取或用吸管吸取少量甲醇平铺于薄血膜上，起固定薄血膜作用，（注意不能固定厚血膜）。 三、染色 〈一〉吉氏染染色法 （一）所需器材
蛋白质序列分析
蛋白质序列、性质、功能和结构分析 基于网络的蛋白质序列检索与核酸类似，从NCBI或利用SRS系统从EMBL 检索。 1、疏水性分析 ExPASy的ProtScale程序（https://www.wendangku.net/doc/f214248809.html,/cgi-bin/protscale.pl）可用来计算蛋白质的疏水性图谱。输入的数据可为蛋白质序列或SWISS-PROT数据库的序列接受号。也可用BioEdit、DNAMAN等软件进行分析。 2、跨膜区分析 蛋白质跨膜区域分析的网络资源有： TMPRED：https://www.wendangku.net/doc/f214248809.html,/software/TMPRED_form.html PHDhtm: http:www.embl-heidelberg.de/Services/sander/predictprotein/predictpro tein.html MEMSAT: ftp://https://www.wendangku.net/doc/f214248809.html, 3、前导肽和蛋白质定位 一般认为，蛋白质定位的信息存在于该蛋白自身结构中，并且通过与膜上特殊受体的相互作用得以表达。这就是信号肽假说的基础。这一假说认为，穿膜蛋白质是由mRNA编码的。在起始密码子后，有一段疏水性氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就称为信号序列（signal sequence）。 蛋白质序列的信号肽分析可联网到http://genome.cbs.dtu.dk /services/SignalP/或其二版网址 http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/。该服务器也提供利用 e-mail进行批量蛋白质序列信号肽分析的方案 （http://genome.cbs.dtu.dk/services /SignalP/mailserver.html），e-mail 地址为signalp@ genome.cbs.dtu.dk。 蛋白质序列中含有的信号肽序列将有助于它们向细胞内特定区域的移动，如前导肽和面向特定细胞器的靶向肽。在线粒体蛋白质的跨膜运输过程中，通过线粒体膜的蛋白质在转运之前大多数以前体形式存在，它由成熟蛋白质和N端延伸出的一段前导肽或引肽（leader peptide）共同组成。迄今有40多种线粒体蛋白质前导肽的一级结构被阐明，它们约含有20~80个氨基酸残基，当前体蛋白跨膜时，前导肽被一种或两种多肽酶所水解转变成成熟蛋白质，同时失去继续跨膜能力。前导肽一般具有如下性质：①带正电荷的碱性氨基酸（特别是精氨酸）含量较丰富，它们分散于不带电荷的氨基酸序列中间；②缺失带负电荷的酸性
血疟原虫检检查标准操作规程
血疟原虫(MP)厚血片检查法（手工法）标准操作规程1. 实验原理 应用瑞氏染色法对制备好的厚血片进行染色后在显微镜下查找疟原虫。 2. 标本采集 2.1标本采集前病人准备：间日疟及三日疟患者应在发作后数小时至10余小时采血；恶性疟患者，应在发作后20h左右采血。 2.2标本种类：全血或末梢血 2.3标本要求：厚血片的溶血要及时。 3. 标本储存：厚血片的放置期限在夏季不超过48h，冬季不超过62h。 4. 标本运输：室温运输。 5. 标本拒收标准：细菌污染。 6. 操作步骤 6.1 在洁净玻片上，滴患者血液2滴。 6.2 用推片角将血液由内向外转涂成直径约1cm、厚薄均匀的血膜，在室温中自然干燥。 6.3 在干燥的血膜上滴加蒸馏水数滴，完全覆盖血膜，溶血数分钟。脱去血红蛋白的血膜呈浅灰色，倾去溶血液。 6.4 不必待干，进行瑞氏染色。 6.5 干后镜检。 7. 结果判断与分析：在油镜下观察20个视野或以上才能报告“未检出疟原虫”；发现虫体后还应在薄血片上进行分类鉴别。 8. 临床意义：本实验有利于提高疟原虫的阳性检出率。 9. 操作性能：快速简便、阳性检出率高、利于人群普查初筛 10. 方法局限性 10.1 易受溶血不完全的影响。 10.2 经验缺乏者易受其他杂物的影响。 10.3 存在主观判断的失误 10.4 不易鉴别出疟原虫的种类。 11. 参考文献
中国人民共和国卫生部医政司编.全国临床检验操作规程（第二版）.1997,85-86 12. 注意事项 12.1 染色后，水洗时不要先倒去染液，应让清水流进染液，使沉渣冲走。 12.2 注意区别易与疟原虫混淆的其他杂物。
动物学名词解释。
1、物种：分类基本单位，种是具有一定的形态结构和生理特性以及一定自然分布区的生物种群，种内个体间可以彼此交配和产生后代，不同种之间存在生殖隔离。 2、双名法：对每种生物采用两个拉丁词或拉丁化的词的方法进行命名，第一个词为属名，第二个词为种加词。 7、出芽生殖：在亲体的一定部位长出与自身体形相似的个体，称为芽体。以后芽体可以脱离亲体发育成新个体或不脱离亲体而形成群体的生殖方式。 8、卵生：：由母体产出的是受精卵或未受精卵，未受精卵则需在体外受精（孤雌生殖除外）。子代的胚胎发育在外界环境条件下进行，胚胎发育时所需营养物质由卵内所贮存的卵黄供给。 9、胎生：从母体内产出的是幼体。子代胚胎发育时所需的营养物质由母体供给。 10、卵胎生：从母体内产出的也是幼体。幼体胚胎发育时所需的营养仍由卵内所贮存的卵黄供给，母体的输卵管或孵育室仅提供子代胚胎发育的场所。 11、伸缩泡：原生动物所具有的泡状细胞器，能通过收缩和舒张排出体内多余的水分，也有部分的排泄功能。 12、刺丝泡：草履虫等表膜之下的小杆状结构，有孔开口在表膜上，当动物遇到刺激时，射出其内容物，遇水成为细丝，一般认为有防御功能。 13、变形运动：变形虫在运动时，其体表任何部位都可形成伪足，虫体不断向伪足伸出的方向移动，这种现象叫做变形运动。 14、伪足：肉足动物的足不固定，身体伸出的部分即代表足，有运动和取食功能。 15、接合生殖：草履虫等原生动物特有的一种有性生殖方式。生殖时两个虫体口沟贴合，表膜溶解，通过小核的分裂和部分交换，最终产生8个新个体的复杂过程。 16、裂体生殖：又叫复分裂。既细胞核首先分裂成很多个，称为裂殖体，然后细胞质随着核而分裂，包在每个核的外边，形成很多的小个体，称为裂殖子。是一种高效的分裂生殖方式。 17、寄生：一种生物生活在另一种生物的体内或体表，从中获取营养，并对该生物有害。 18、终末宿主：寄生虫成虫或有性生殖时期所寄生的寄主。 19、中间宿主：寄生虫幼虫或无性生殖时期所寄生的寄主。 20、胚层逆转：在胚胎发育中，大分裂球在外，小分裂球在内，与般多细胞动物相反。 24、生物发生律：生物的个体发育史是系统发展史的简单而迅速的重演。 25、世代交替：在动物的生活史中，无性世代和有性世代有规律地交替出现的现象。 26、辐射对称：通过身体的中轴有多个切面将身体分为大致相等的两部分。 27、消化循环腔：腔肠动物体壁围绕的中央腔既有消化功能又有循环功能。 28、网状神经系统：腔肠动物的神经细胞突起相互交织成网状结构。这是动物界首次出现的神经系统类型。网状神经系统无神经中枢，神经传导不定向，神经传导速度慢。 29、皮肌囊：扁形动物等的体壁，由皮肤和肌肉组成。起保护等作用。 30、两侧对称：通过身体的中央轴只有一个切面将身体分为大致相等的两部分的体制类型。 31、实质组织：在涡虫等动物的表皮、肌肉与内部器官之间填满了由中胚层来的实质，疏松地相互连接在一起，形成网状，可贮存养分。 32、不完全的消化系统：扁形动物等低等动物的消化管只有口，没有肛门，消化效率不高，称为不完全的消化系统。 33、原肾管：扁形动物等的排泄系统类型。在虫体两侧有一对弯曲、多次分支的纵行排泄管，每一小分支细管的末端连着焰细胞。通过焰细胞收集多余的水分和液体废物，经排泄管由体背面的排泄孔排出体外。 34、梯式神经系统：扁形动物的神经系统类型。身体前端有“脑”的雏形，由“脑”发出两条腹神经索，腹神经索发出神经分支彼此连接并分布到身体各部。
人体疟原虫红内期形态
人体疟原虫红内期形态 涂制于玻片上的红内期疟原虫，经吉氏染色后核呈红色，胞质呈蓝色，疟色素呈黄褐色或深褐色，不着色部分为空泡。 一、薄血膜中疟原虫形态 薄血膜涂制均匀时疟原虫着色良好，结构清晰，便于观察形态和鉴别虫种。薄血膜上各期红内期疟原虫的形态见表1。 表1 薄血膜4种疟原虫形态(吉氏染剂染色) 间日疟原虫恶性疟原虫三日疟原虫卵形疟原虫 被寄生红细胞大小 形状 颜色 斑点 胀大 褪色 薛氏点，红色，细 小数多 正常 正常或稍紫 茂氏点，红色， 粗大数少 正常或缩小 正常 齐氏点淡红色， 微细 正常或稍胀大 卵圆形或边缘呈伞矢状 褪色 薛氏点，粗大数多 早期滋养体(环状体) 大小 核 胞质 色素 较大，约占红细胞 直径的1/3 1个 较薄 无 较小，约占 红细胞直径的1/6 1或2个 纤细 无 中等 1个 较粗厚 偶见细小褐色颗粒 中等 1个 较粗厚 无 大滋养体大小 核 胞质 色素 较大 1个 阿米巴样，常含空泡 黄褐色，细小，杆状， 散在分布 较小 1或2个 圆形，空泡不显著 黄褐色，细小，结成 团块后，呈黑褐色 较小 1个 带状，空泡不显著 深褐色，粗大，沿边 缘分布 较小 1个 圆形，空泡不显著 棕黄色，较粗大 未成熟裂殖体大小 核 胞质 色素 较大 2个以上 圆形或不规则，空泡 消失 黄褐色，分布不匀 较小 2个以上 圆形，空泡消失 黑褐色团块状 较小 2个以上 圆形，空泡消失 深褐色，分布不匀 较小 2个以上 圆形或卵圆形，空泡 消失 棕黄色，分布不匀 成熟裂殖体 大小 裂殖子 色素 大于正常红细胞 12～24个，常为16～18 个，排列不规则，较大 黄褐色，常聚集一侧 小于正常红细胞 8～32个，常为8～18 个，排列不规则，较小 黑褐色团块 小于正常红细胞 6～12个，常为8个， 常排列如菊花状， 较大 深褐色，常聚集中央 小于正常红细胞 6～12个，常为8个， 排列不规则，较大 棕黄色，聚集中央或一 侧
动物学名词解释
名解 伸缩泡：是一种向周围细胞质伸出放射排列的收集管来收集物质的细胞器，它是原生动物的排泄结构，能够收集过多的水分和代谢废物，调节水分的平衡。 应激性：单细胞的原生动物没有神经系统，但对外界环境的刺激仍能产生一定反应的特性，称为应激性。 滋养体：在疟原虫的红细胞前期内，子孢子侵入的机体肝脏内以胞口摄取肝细胞质为营养逐渐增大的阶段。 裂殖体：滋养体发育成熟后以裂体生殖进行分裂，细胞核首先分裂为多个的多核阶段。 裂殖子：在裂殖体中，细胞质随着核而分裂，包在每个核的外边，形成很多个小体，这样的一个小体即为裂殖子。裂殖子成熟以后破坏肝细胞而出，然后才能侵入红细胞。 裂体生殖：细胞核首先分裂成很多个，然后细胞质随着核而分裂，包在每个核的外边，形成很多小体，这样的分裂方式即为裂体生殖。孢子生殖：指在疟原虫形成卵囊以后，卵囊里的核与胞质进行多次分裂形成成千上万个子孢子的分裂方式，即为孢子生殖。 接合生殖：两个草履虫口沟部分互相粘合，该部分表膜逐渐溶解，细胞质互相通连，小核脱离大核，拉长成新月形，接着大核逐渐消失。小核分裂两次形成4个小核，其中有3个解体，剩下的一个小核又分裂为大小不等的两个核，然后两个虫体的较小核互相交换，与对方较
大的核融合，这一过程相当于受精作用。此后两个虫体分开，接合核分裂3次成为8个核，4个变为大核，其余4个核有3个解体，剩下一个小核连续分裂两次成为4个小核，每个虫体也分裂两次，结果原来两相接合的亲本各自形成4个与自身相同的拥有一大核和一小核的草履虫。接合生殖为草履虫特有的生殖方式。 包囊：在不良环境下，体表分泌一些物质，凝固将自己包围。如：鞭毛类、肉足类 卵囊：合子外层分泌物形成的厚壳，如：孢子纲 原口动物：胚胎时期的胚孔发育为成体的口的动物 后口动物：胚胎时期的胚孔封闭或为成体的肛门，在胚口相对的一端重新开口形成成体的口的动物。 胚层逆转：多孔动物的有性生殖过程中，两囊幼虫的具鞭毛的小细胞内陷形成内层，而另一端大细胞留在外边形成外层细胞，这与其他多细胞动物原肠胚形成正相反的现象即为胚层逆转。（其他多细胞动物的植物极大细胞内陷成为内胚层，动物极小细胞形成外胚层） 辐射对称：通过其体内的中央轴有许多个切面可以把身体分为两个相等的部分的对称形式。原始的低级的对称方式，只有上下之分。（大多数的腔肠动物） 刺细胞：腔肠动物所特有的结构，位于表皮层里。每个刺细胞有一核位于细胞之一侧，并有囊状的刺丝囊，囊内有毒液及一盘旋的丝状管，对捕食和运动起作用。 皮肌囊：（扁形动物）外胚层形成的表皮与中胚层形成的肌肉（环肌、
动物学名词解释
名词解释 1.刺细胞：腔肠动物特有的，分布于体表皮肌细胞之间，以触手上为多。刺细胞内有刺丝囊，囊内有毒液和一盘旋的丝状管（刺丝）：遇到刺激，囊内刺丝翻出，注射毒液或把外物缠卷，利于防御和捕食。 2.马氏管：由体壁昆虫的排泄气管，是着生于中肠与后肠交界处的细长的盲管，从周围血液中摄取离子、尿酸盐和毒素到管内，形成原始的尿液送入后肠。 3.书肺：为蛛形纲的呼吸器官。藏于腹部体表内陷所生的囊内，由许多叶状物重叠组成，各叶的内腔为血体腔，连接于腹窦。 4.书鳃：由足基部体壁向外折叠成书页状，有血管分布，为水生类鲎的呼吸器官。 5.胞饮（作用）：变形虫除了能吞噬固体食物外，还能摄取一些液体物质，这种现象很像饮水一样，因此称为胞饮作用。 6.生物发生律：个体发育史是系统发育史的简单而迅速的重演。系统发育通过遗传决定个体发育，个体发育不仅简单重演系统发育，而且又能补充和丰富系统发育。 7.多态现象：同种动物存在形态结构和功能不同的两类或多类个体的现象。 8.物种：简称“种”。是生物分类的基本单位，是生物进化、发展过程中连续性与间断性的统一形式；种内个体在形态结构、生理生化及行为特征等方面基本相似；有性生物的种内异性个体可相互配育，种间有生殖隔离；并占有一定的自然分布区 9.世代交替现象：在生活史中无性与有性两个世代有规律地相互交替的现象。 10.开管式循环：在循环的过程中血液不是始终在血管里流动，而是要流出血管到器官与器官之间。例如：节肢动物，不因节肢折断而引起流血过多而死亡，是一种生活的适应。 11.闭管式循环：血液自始至终在封闭的血管中流动，血管之间由毛细血管连接，而不直接流到组织间隙之间去。 12.两侧对称：从扁形动物开始出现了两侧对称地体型,即通过动物体地中央轴,
疟原虫镜检操作规程
疟原虫镜检操作规程 1.标本采集 1.1标本采集前病人的准备：间日疟及三日疟患者应在发作后数小时至10余小时采血；恶性疟患者，应在发作后20小时左右采血。1.2标本种类：全血或末梢血。 1.3标本要求：厚血片溶血要及时。 2．标本运送：室温运送。 3．标本拒收标准：被细菌污染。 4．操作步骤 4.1 薄血片法： 4.1.1在洁净玻片上，滴血液标本1滴，以常法推制成薄片。 4.1.2 血膜完全干燥后即可用瑞氏法染色，干后用油镜镜检。 4.2厚血片法： 4.2.1在洁净玻片上，滴血液标本2滴。 4.2.2用推片将血液由内向外转涂成直径约1cm、厚薄均匀的血膜，在室温中自然干燥。 4.2.3 在干燥的血膜上滴加蒸馏水数滴，完全覆盖血膜，溶血约5分钟后倾去溶血液。 4.2.4 不必待干，进行瑞氏染色，干后镜检。 5．结果判断 在油镜下观察，薄片须至少100个视野，厚血片至少20个视野，才能报告“未见疟原虫”；发现虫体后还应在薄血片上进行分类鉴别。
疟原虫胶体金法简易操作步骤 原理 基于双抗体夹心法工作原理，检测时，滴加5μL全血样本于试剂卡加样孔处，随之滴加4滴裂解液，裂解后的样本在毛细管效应下向上层析。如样本中含有恶性疟原虫特异性乳酸脱氢酶（pflDH）和疟原虫乳酸脱氢酶（panLDH），将于胶体金标记物panLDH单克隆抗体反应形成复合物，在层析作用下前移，被预先固定在硝酸纤维膜上检测区的pflDH/panLDH单克隆抗体捕获，在检测区内形成1条/2条红色反应线，此时为阳性结果，如样本中无pflDH/panLDH抗原，在检测区内无红色反应线，此时为阴性反应。 步骤 1.无菌采集患者EDTA-2K抗凝静脉血2ml。 1.沿锡箔袋切口，撕开锡箔纸，取出疟原虫抗原检测卡，用铅笔或水写笔编号 并做好登记。 2.吸取5μL全血样本垂直滴加于加样孔A区，同时滴加4滴裂解液于加样孔B 区。 3.15分钟内观察显示结果，超过30分钟无临床意义。 结果
动物学名词解释一
注：学完原生动物、多孔动物、腔肠动物、扁形动物、假体腔动物后完成 名词解释（任选三个完成） 1. 吞噬营养 2. 渗透营养 3. 伪足 4. 包囊 5. 伸缩泡 6. 胞饮作用 7. 细胞内消化 8. 裂体生殖 9. 孢子生殖10. 刺丝泡 11. 生物发生律12. 真体腔13. 端细胞法（裂体腔法）14. 体腔囊法（肠体腔法）15. 中生动物16. 原口动物17. 后口动物18. 芽球19. 水沟系20. 两囊幼虫 21. 福射对称22. 出芽生殖23. 消化循环腔24. 浮浪幼虫25. 细胞外消化26. 刺细胞27. 原肾管28. 焰细胞29. 幼体生殖30. 再生 31. 两侧对称32. 梯形神经系统33. 皮肤肌肉囊34. 假体腔35. 蜕皮36. 非混交雌体37. 孤雌生殖38.咀嚼器39. 非需精卵 1.吞噬营养：吞噬固体的食物颗粒或微小生物 2.渗透营养：通过体表渗透吸收周围呈溶解状态的物质 3.伪足：变形虫在运动时，由体表任何部位都可形成临时性的细胞质突起，称为伪足。 4.包囊：原生动物在不良环境下，虫体会分泌一种保护性胶质将自己包裹起来，形成包囊。 5.伸缩泡：原生动物细胞内的一个细胞器，用于调节水分平衡，收集细胞质中过多的水分 （其中也有代谢废物），排入储蓄泡，再经过胞口排出体外。 6.胞饮作用：在液体环境中的一些分子（一般是大分子化合物）或离子吸附到质膜表面， 使膜发生反应，凹陷下去形成管道，然后再管道内断下来形成一些液泡，移到细胞质中，与溶酶体结合形成多泡小体（在一个囊泡膜内可有几个胞饮小泡），经消化后营养物质进入细胞质。 7.细胞内消化：食物通过吞噬作用进入细胞内，与溶酶体结合，溶酶体的水解酶将食物分 解，营养物质进入细胞质，废物排出体外。 8.裂体生殖：原生生物孢子纲的无性生殖方式。细胞核先分裂成多个，称为裂殖体，然后 细胞质随核而分裂，包在每个核的外面，形成许多小个体。 9.孢子生殖：疟原虫经有性生殖形成的合子在雌蚊胃壁基膜与上皮细胞之间形成卵囊，卵 囊里的核及胞质进行多次分裂，形成数百至上万的子孢子，成熟后，卵囊破裂，子孢子出来到体腔里。当蚊再次叮人时，这些子孢子就随着唾液进入人体，并随血液侵入肝脏细胞进行无性生殖。 10.刺丝泡：纤毛纲草履虫特有，在表膜之下有一些小杆状结构，整齐的与表膜垂直排列， 有空开在表膜上，当动物遇到刺激时，刺丝泡射出其内容物，遇水成为细丝。有防御功能。 11.生物发生律：也称重演律。是德国人赫克尔用生物进化论的观点总结了当时胚胎学方面 的工作提出来的。生物发展史科分为两个相互密切联系的部分，即个体发育（ontogeny）和系统发育，也就是个体的发育历史和由同一起源所产生的生物群的发展历史。个体发育史是系统发展史的简单而迅速的重演。（个体发育简短重演了其祖先进化的过程） 12.真体腔：又称次生体腔，中胚层之间形成的腔 13.端细胞法：在胚孔的两侧，内外胚层交界处各有一个细胞分裂成很多细胞，形成索状， 深入内外胚层之间，为中胚层细胞。在中胚层质检处形成的空腔为体腔（真体腔）。
核酸蛋白序列比对分析
核酸\蛋白序列比对分析 生物技术 02级 021402198 曾彪 摘要生物信息学——是一门新兴的交叉学科，是采用计算机技术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列等各种生物信息的采集、存储、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。核酸与蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。核酸与蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。 关键词核酸/蛋白质序列分析生物信息数据与查询序列比较 DNA芯片质谱隐马尔可夫模型 正文人类基因组计划完成了人类基因组的测序与分析工作，也积累了大量的核酸和蛋白质序列数据，从而导致了分子数据库的建立。分子生物学家在此基础上依靠计算机进行核酸和蛋白质序列分析。 大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理。这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释；二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸数据库有
Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多，它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色，如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。 要在如此庞大的数据库中找到所需要的目标序列，必须建立数据库查询系统。数据库查询（也称为数据库检索）是指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找。常用的数据库查询系统有Entrez, SRS等。数据库搜索是指通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。常用的数据库搜索系统有BLAST 、FASTA 和BLITZ 。 面对大批由测序仪产生的序列数据，通过序列分析，人们能够了解这些序列的生物学信息和意义。线性核酸序列的分析主要包括同源比较，读框分析，酶切位点查找，GC比例分析，序列翻译，引物设计等；蛋白质序列分析包括同源比较，疏水性分析，序列模体识别，结构域识别，高级结构预测等。 核酸序列分析 核酸序列的基本分析 1.测定分子质量、碱基组成、碱基分布等基本数值； 2.序列变换：反向序列、互补序列、互补反向序列；
实验--基因结构预测分析
学院：______ 班级:_______ 学号:_________ 姓名:__________ 成绩：______ 实验五基因结构预测分析 目的： 1、熟悉并掌握从基因组核酸序列中发现基因的方法。 内容： 1、用NCBI的ORF Finder分析原核生物核酸序列或真核生物的cDNA序列中的开放阅读框； 2、使用GENSCAN在线软件预测真核生物基因； 3、使用POL YAH在线预测转录终止信号； 4、使用PromoterScan在线预测启动子区域。 操作及问题： 随着测序技术的不断发展，越来越多的模式生物启动了全基因组测序计划，完成全基因组测序的物种也越来越多，使得基因结构和功能的预测成为可能。同时，通过基因组文库筛选也可得到目的基因所在克隆。获得克隆序列后，同样也需要对目的基因做结构预测以便指导后续功能研究。本实验介绍几种常用的基因预测分析工具，预测核酸序列的开放阅读框、转录终止信号、启动子、CpG岛等信息。 一、开放阅读框（open reading frame，ORF）的识别 ORF是指从核酸序列上5’端翻译起始密码子到终止密码子的蛋白质编码序列。原核生物与真核生物的基因结构存在很大不同，真核生物的ORF除外显子（平均150bp）外，还含有内含子，因此真核生物基因的预测远比原核生物复杂。 （一）利用NCBI ORF Finder预测原核生物核酸序列或真核生物的cDNA序列中的开放阅读框。https://www.wendangku.net/doc/f214248809.html,/gorf/gorf.html 1、在NCBI上查找AC 号为AE008569 的核酸记录。（见实验五中的AE008569.mht） 问题1：这个序列的名称？ 问题2：这个序列来源物种所属的生物学大分类？
核酸蛋白序列比对分析
核酸\蛋白序列比对分析 生物技术02级021402198 曾彪 摘要生物信息学——是一门新兴的交叉学科，是采用计算机技术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列等各种生物信息的采集、存储、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。核酸与蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。核酸与蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。 关键词核酸/蛋白质序列分析生物信息数据与查询序列比较DNA芯片质谱隐马尔可夫模型 正文人类基因组计划完成了人类基因组的测序与分析工作，也积累了大量的核酸和蛋白质序列数据，从而导致了分子数据库的建立。分子生物学家在此基础上依靠计算机进行核酸和蛋白质序列分析。大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理。这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释；二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有
SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多，它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色，如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。 要在如此庞大的数据库中找到所需要的目标序列，必须建立数据库查询系统。数据库查询（也称为数据库检索）是指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找。常用的数据库查询系统有Entrez, SRS等。数据库搜索是指通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。常用的数据库搜索系统有BLAST 、FASTA 和BLITZ 。 面对大批由测序仪产生的序列数据，通过序列分析，人们能够了解这些序列的生物学信息和意义。线性核酸序列的分析主要包括同源比较，读框分析，酶切位点查找，GC比例分析，序列翻译，引物设计等；蛋白质序列分析包括同源比较，疏水性分析，序列模体识别，结构域识别，高级结构预测等。 核酸序列分析 核酸序列的基本分析 1.测定分子质量、碱基组成、碱基分布等基本数值； 2.序列变换：反向序列、互补序列、互补反向序列； 3.限制性酶切分析：限制酶的所有信息，包括甲基化酶、相应的
动物学名词解释。
1、物种:分类基本单位,种就是具有一定的形态结构与生理特性以及一定自然分布区的生物种群,种内个体间可以彼此交配与产生后代,不同种之间存在生殖隔离。 2、双名法:对每种生物采用两个拉丁词或拉丁化的词的方法进行命名,第一个词为属名,第二个词为种加词。 7、出芽生殖:在亲体的一定部位长出与自身体形相似的个体,称为芽体。以后芽体可以脱离亲体发育成新个体或不脱离亲体而形成群体的生殖方式。 8、卵生::由母体产出的就是受精卵或未受精卵,未受精卵则需在体外受精(孤雌生殖除外)。子代的胚胎发育在外界环境条件下进行,胚胎发育时所需营养物质由卵内所贮存的卵黄供给。 9、胎生:从母体内产出的就是幼体。子代胚胎发育时所需的营养物质由母体供给。 10、卵胎生:从母体内产出的也就是幼体。幼体胚胎发育时所需的营养仍由卵内所贮存的卵黄供给,母体的输卵管或孵育室仅提供子代胚胎发育的场所。 11、伸缩泡:原生动物所具有的泡状细胞器,能通过收缩与舒张排出体内多余的水分,也有部分的排泄功能。 12、刺丝泡:草履虫等表膜之下的小杆状结构,有孔开口在表膜上,当动物遇到刺激时,射出其内容物,遇水成为细丝,一般认为有防御功能。 13、变形运动:变形虫在运动时,其体表任何部位都可形成伪足,虫体不断向伪足伸出的方向移动,这种现象叫做变形运动。 14、伪足:肉足动物的足不固定,身体伸出的部分即代表足,有运动与取食功能。 15、接合生殖:草履虫等原生动物特有的一种有性生殖方式。生殖时两个虫体口沟贴合,表膜溶解,通过小核的分裂与部分交换,最终产生8个新个体的复杂过程。 16、裂体生殖:又叫复分裂。既细胞核首先分裂成很多个,称为裂殖体,然后细胞质随着核而分裂,包在每个核的外边,形成很多的小个体,称为裂殖子。就是一种高效的分裂生殖方式。 17、寄生:一种生物生活在另一种生物的体内或体表,从中获取营养,并对该生物有害。 18、终末宿主:寄生虫成虫或有性生殖时期所寄生的寄主。 19、中间宿主:寄生虫幼虫或无性生殖时期所寄生的寄主。 20、胚层逆转:在胚胎发育中,大分裂球在外,小分裂球在内,与般多细胞动物相反。 24、生物发生律:生物的个体发育史就是系统发展史的简单而迅速的重演。 25、世代交替:在动物的生活史中,无性世代与有性世代有规律地交替出现的现象。 26、辐射对称:通过身体的中轴有多个切面将身体分为大致相等的两部分。 27、消化循环腔:腔肠动物体壁围绕的中央腔既有消化功能又有循环功能。 28、网状神经系统:腔肠动物的神经细胞突起相互交织成网状结构。这就是动物界首次出现的神经系统类型。网状神经系统无神经中枢,神经传导不定向,神经传导速度慢。 29、皮肌囊:扁形动物等的体壁,由皮肤与肌肉组成。起保护等作用。 30、两侧对称:通过身体的中央轴只有一个切面将身体分为大致相等的两部分的体制类型。 31、实质组织:在涡虫等动物的表皮、肌肉与内部器官之间填满了由中胚层来的实质,疏松地相互连接在一起,形成网状,可贮存养分。 32、不完全的消化系统:扁形动物等低等动物的消化管只有口,没有肛门,消化效率不高,称为不完全的消化系统。 33、原肾管:扁形动物等的排泄系统类型。在虫体两侧有一对弯曲、多次分支的纵行排泄管,每一小分支细管的末端连着焰细胞。通过焰细胞收集多余的水分与液体废物,经排泄管由体背面的排泄孔排出体外。 34、梯式神经系统:扁形动物的神经系统类型。身体前端有“脑”的雏形,由“脑”发出两条腹神经索,腹神经索发出神经分支彼此连接并分布到身体各部。 35、再生:动物身体一部分损伤或切除后能重新长出的现象。
实验三蛋白序列比对到基因组
实验三蛋白序列比对到基因组（GeneWise and exonerate）实验目的 1）了解基因结构，acceptor, sponsor 等概念 2）理解将蛋白序列比对到基因组的应用 3）掌握利用GeneWise 将蛋白序列定位到基因组上并得到基因结构 实验数据及软件 ftp://172.28.137.55/pub/lab_materia/biosoft/lab03/ 1、Genewise 简介 Genewise 是EBI 的Ewan Birney
核酸和蛋白质序列分析
核酸和蛋白质序列分析 在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG 岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站 （https://www.wendangku.net/doc/f214248809.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。 下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质,是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。 （一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment） 双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。 除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外，我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件 （http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST
动物学名词解释
一： 光合营养（植物性营养）：具有色素体,在阳光下将无机物合成有机物如鞭毛虫. 渗透营养（腐生营养）：通过体表渗透吸收周围呈溶解状态的物质 吞噬营养（动物性营养）：吞食其它的生物或有机碎片为食 裂体生殖：分裂时细胞核先分裂多次，形成多核之后细胞质再分裂，最后形成许多单核的子体。 吞噬作用：变形虫用伪足将食物包围,摄进胞内,形成食物泡.胞内消化 伪足：体表任何部位形成的临时性的细胞质突起 二： 端细胞法（裂体腔法）：原口动物，在靠近胚孔的内、外胚层交界处有一部分细胞分裂并进入内、外胚层间形成中胚层，如此形成中胚层的方法称为端细胞法。 体腔囊法（肠体腔法）：后口动物，在某些动物的原肠背部两侧，内胚层向囊胚腔 形成的囊状突起称为体腔囊。体腔囊与内胚层分离后扩展成为中胚层，如此形成中胚层的方式称为体腔囊法 生物发生律（重演律）：个体发育史是系统发展史简短而迅速的重演 三： 水沟系：由皮层到胃层组成复杂程度不同的管道，它是水流进身体的通道，称为水沟系， 逆转现象：两囊幼虫从母体随水逸出,具鞭毛的小细胞内陷为内层,大细胞为外层,形成原肠胚.这与多细胞动物的胚胎形成不同 领细胞：海绵体壁由内、外两层细胞构成，外层细胞扁平，内层细胞生有鞭毛，多数具原生质领，故称“领细胞”，主要行摄食和细胞内消化的作用。 侧生动物：侧生动物又称多孔动物。它们有领细胞或称襟细胞,进行细胞内消化，是进化系统树中的一个侧枝，并由此得名，具水沟系、骨针、领细胞、逆转现象
四： 辐射对称：通过动物由口面到反口面的中轴，有许多个切面可以把身体分为两个相等的部分， 刺细胞：是腔肠动物所特有的一种攻击和防卫性细胞，产生于外胚层，有4种刺丝囊皮肌细胞：组成腔肠动物体壁外胚层和内胚层的主要细胞。它的特点是在上皮细胞内含有肌原纤维，这种细胞具有上皮和肌肉的功能，肌原纤维沿着身体的长轴排列世代交替：生活史中无性世代和有性世代相互交替的现象 多态现象：即在同一群体上,有多种不同形态及功能的个体。 五： 两侧对称：通过动物体的中央轴，只有一个切面将动物体分成左右相等的两部分，又称左右对称。 皮肤肌肉囊：由外胚层形成的表皮和中胚层形成的肌肉相互紧贴而组成的体壁称为皮肤肌肉囊。 不完全消化：有口无肛门，胞内和胞外消化 原肾管：由外胚层内陷形成的网状分支的管状系统 终末宿主：指寄生虫成虫或有性生殖阶段所寄生的宿主 中间宿主：寄生虫在幼虫或无性生殖时期所寄生的宿主 六： 假体腔：胚胎时期囊胚腔的剩余部份,保留到成体形成的体腔。只有体壁中胚层，无肠壁中胚层及体腔膜 完全消化管：有口有肛门，胞外消化。
疟原虫镜检技术培训手册-1
目录 第一章疟原虫生活史 一、概述 二、人体内发育 三、蚊体内的发育 第二章疟原虫镜下形态 一、薄血膜中疟原虫形态 二、厚血膜中疟原虫形态 第三章显微镜使用及维护 一、显微镜的构造 二、显微镜使用 三、使用注意事项 四、显微镜的维护保养 第四章血片制作与染色 一、血片制作 二、血膜的染色 第五章疟原虫镜检技术 一、血液 二、血液中各种正常细胞形态 三、薄血膜镜检 四、厚血膜镜检 五、杂质与疟原虫的鉴别 六、疟原虫计数 附录：疟原虫图谱
第一章疟原虫生活史 一、概述 疟原虫是疟疾的病原体。疟原虫为单细胞真核生物，属原生动物亚界顶端复合物门、孢子纲、真球虫目、疟原虫科、疟原虫属。人体疟原虫有4种：间日疟原虫（Plasmodium vivax）、恶性疟原虫(P.falciparum)、三日疟原虫(P.malariae)和卵形疟原虫(P.ovale)，依次引起间日疟、恶性疟、三日疟和卵形疟。在我国间日疟较常见，恶性疟次之，但对人体危害较间日疟严重，三日疟偶尔发现，卵形疟已无病例报告。4种人体疟原虫的生物学特征见表1-1。 疟原虫的发育和繁殖，必须通过脊椎动物与昆虫媒介两个宿主，人体疟原虫的宿主是人和按蚊。疟原虫在人体分别寄生于肝实质细胞和血液中的红细胞内，在蚊体内则寄生于蚊胃，最后积聚于唾腺。4种人体疟原虫的生活史基本相同，包括在人体内的红细胞外期和红细胞内期以及在蚊体内的配子生殖和孢子增殖两个阶段。 二、人体内发育 疟原虫在人体内的发育分成肝细胞内的发育和红细胞内的发育两个阶段。（一）红细胞外期 按蚊吸人血时，按蚊唾腺中的子孢子随唾液进入人体的末梢血液中，在30分钟内，随血流进入肝脏，在肝实质细胞内发育，进行裂体增殖，此时期称红细胞外期（简称红外期）或肝细胞期（简称肝期），此时期的疟原虫称肝期裂殖体。成熟肝期裂殖体直径为45～60 m，内含数以万计的肝期裂殖子。肝期裂殖体成熟致使肝细胞破裂，肝期裂殖子释入血液。不同种疟原虫的此期所需时间不同，从6～12天不等。 间日疟原虫的红外期裂体增殖较为复杂。目前认为间日疟原虫的子孢子在遗传学上具有两种不同的类型，即速发型子孢子和迟发型子孢子。速发型子孢子侵入肝细胞后，遂开始红外期裂体增殖，释放出肝期裂殖子侵入红细胞，经裂体增殖引起临床发作。迟发型子孢子侵入肝细胞后暂不继续发育，处于休眠状态（休眠体），经过一段休眠期后，再发育成为成熟的红外期裂殖体，释放出肝期裂殖子侵入红细胞引起复发。恶性疟原虫和三日疟原虫无迟发型子孢子，因而恶性疟和三日疟也无复发现象 （二）红细胞内期
基因组序列的差异分析
基因组序列的差异分析 ----mVISTA的在线使用说明 当然，除了在线版的，我们还可以在网站上填写信息申请离线的软件。但我试用了一下，需要先自己比对，然后要按照一定的格式来制作文件，当然你还必须得安装java才能运行软件；总之，我感觉没有在线版的方便。 1 将数据放入服务器中 在首页，你将被要求确定你想要分析的基因组序列的数量。输入这个数字之后，点击“提交”，将带你到主提交页面。 mVISTA服务器最多可以同时处理100条序列。 1.1主提交页面必填的内容 E-mail 地址 通过E-mail，我们可以提示你的在线处理已经得到结果。
序列 你可以用2种方式来上传你的序列： 1.使用“Browse”按钮从你的电脑上，上传纯文本的Fasta格式文件。如果是一个作为参 考的生物体的DNA序列必须作为一个contig提交(可以进行一定的定向排列将多个片段合并为一个contig)，而其他非参考序列可以在一个或多个contig中提交(draft)。 Fasta格式的示例序列(您可以在NCBI站点上找到关于该格式的更多细节)： >mouse ATCACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTCTCTCT … ！！！注意:序列里面我们只接受字母CAGTN和X。请确保提交序列是作为一种纯文本格式，而不是Word或HTML文件格式。 如果您以FASTA格式提交序列，我们建议您为它取一个有意义的名称（比如直接是你的物种名之类的），因为这些名称将出现在我们生成的图形中。如果您使用的是一个draft草图序列，那么结果中每个contigs的命名都将按照您在“>”符号后指示的命名进行。 2.您可以给出它的GenBank登录号，系统将自动从GenBank数据库里进行检索序列。 在这两种情况下，序列的总大小都不应超过10M，而且任何一条序列都不应超过2M。 1.2主提交页面选填的内容 这些选项允许您自定义您的VISTA分析。您可以使用独立获得的基因注释，选择合适的Repeat Masker选项，给分析的序列指定名称，并改变序列保存分析的参数。如果您没有填写这些选填选项，我们将使用它们的默认值。 比对程序 根据您分析的具体内容(参见“about”-链接中的详细信息)，您可以选择以下比对程序之一：1、AVID----全局两两比对。如果您选择使用这个程序，其中一个序列应该被完成比对，其他 所有序列可以完成或以草图draft格式完成。对于集合中所有已完成的序列，AVID生成所有相对所有成对的比对结果，可以使用任何序列作为基础(参考)来显示。如果某些序列是草图格式，AVID将生成它们与最终序列的比对，这将被用作基础(参考)。这是该服务器上唯一可以处理草图序列的比对程序。 （小知识：草图序列与完整序列DNA sequence, draft: Sequence of a DNA with less accuracy than a finished sequence. In a draft sequence, some segments are missing or are in the wrong order or are oriented incorrectly. A draft sequence is as opposed to a finished DNA sequence.）2、LAGAN----完成完整序列的全局两两比对和多重比对。如果某些序列是草图格式，您的查 询将被重定向到AVID以获得两两比对。多重比对将由VISTA可视化，它将计算并显示序列的保守区，以您指示的任何序列作为参考。这是该服务器上唯一能够产生真正的多重