测序通用引物序列
测序通用引物序列
常见载体的测序引物：
Primer of Vector:
Vector：Primer(F)；Primer(R)
pACT T7 T3
pACT2 GAL4 AD pACT2-R
pAS2-1 GAL4 BD pAS2-1.R
pB42AD pB42ADF pB42ADR
pBACPAK8 BAC1 BAC2
pBK-CMV T7 T3
PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R
pBV220 PBV220F PBV220R
pCAMBIA 1301(1300) P1 P2
pCAMBIA 2300 M13R(-48) M13F(-47)
PCANTB5E S1/M13R S6
pCAT3-enhancer RVP3 此载体无反向引物
pcDNA3.0 CMV-F/T7 SP6/BGH
pcDNA3.1 T7 BGH
pcDNA4 T7/CMV-F BGH
pcDNA6 T7/CMV-F(J21025在T7前面）BGH
pcDNAII T7 SP6
pCE2.1 M13F M13R
pCEP4 pCEP-F EBV-R
pCF-T M13F M13R
pCI T7（17Base）此载体无反向引物
pCI-neo T7（17Base）T3
pCMS-EGFP T7 T3
pCMV-3Tag-4A T3 /PFLAG-CMV-F T7
pCMV5 pCMV5F pCMV5R
pCMV5-Flag pCMV5F pCMV5R
pCMV-MYC/HA pCMV-F pCMV-R
pCMV-Sport M13F/T7 SP6/M13R
pCMV-Tag(KAN+) T3 T7
pCR2.1-TOPO M13F/T7 M13R
pCR3.1 T7 BGH
pCS2 SP6 T7
pDonar M13F M13R
pDONR221 M13F M13R
pDrive T7 SP6
pDRIveR(KAN+) T7 SP6
pDsRED1-C1 pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’(距离很近,一般不用) pDsRED2-C1(KAN+) pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’
pDSRED-N1(KAN+) pEGFP-N-5’ PDSRED-N-R
pECFP-C pEGFP-C-5’ pECFP-C-3′
pECFP-N1 pEGFP-N-5’ pEGFP-N-3’
pEF/myc/ER pEF-F pCDNA3.1R
pEGFP-C(KAN+) pEGFP-C-5’ pEGFP-C-3′
pEGFP-N(KAN+) pEGFP-N-5’ pEGFP-N-3’
pENTR/D-TOPO(KAN+) M13F M13R
pET-*(His)(KAN+) T7 T7 Ter
pET22(a,b,c)(AMP+) T7 T7 Ter
pET28,30,24,49(KAN+) T7 T7 Ter
pET32(a,b,c)(AMP+) T7/S.tag T7 Ter
pET50(amp+) T7/s.tag T7TER
pET44(AMP+) T7/s.tag T7 Ter
pEYFP-N1 pEGFP-N-5’ pEGFP-N-3’
pEYFP-C1 pEGFP-C-5’ pEGFP-C-3′
pFLAG-CMV pFLAG-CMV -F pFLAG-CMV -R pGAD424 GAL4 AD 3′AD
pGADGH GAL4 AD 3′AD
pGADT7-Rec GAL4 AD/T7 3′AD
pGAPZa-A a-FACTOR 3′AOX
pGBKT7(Kana+) T7 3′BD
pGEM-T(-Easy) M13F/T7 SP6/M13R
pGEX-(*)T pGEX-4T-5’ pGEX-4T-3’
pGL2 GLP1 GLP2
pGL3 RVP3 GLP2(RVP4)(没有特别说明用GLP2) PinpointTM Vector Pinpoint Primer SP6
pIRES PIRES-F/T7 T3/PIRES-R (J40720)
pIRES2-EGFP pIRES2-EGFP.P5’ pIRES2-EGFP.P3’pLXSN pLXSN-F pLXSN-R
pMAL-c2E MalE primer M13F(-47)
pMAL-C2x P5’ P3’
pMAL-p2X MalE primer M13F(-47)
PMD18-T M13R(-48) M13F(-47)
PMD19-T M13F(-47) M13R(-48)
pPIC9K(AMP+、ZEO+）5’AOX/a-factor 3’AOX pPICZa 5′AOX/PPICZa-F 3′AOX
pPROEXHTA M13R(-48) 无反向引物
pQE30or40 pQE30-F pQE-R:
pRSET T7 T7TER
pSilencer3.1-H1 hygro M13F(-47) 3.0REV pSILENCEV2.0-U6 T7 2.0REV
pSK01-T M13F M13R
pSK-CMV(KAN+) T7 T3
pSP72 T7 SP6
pSport1 SP6/M13F(-47) T7/M13R
pSUPER T7 T3
pTA2 M13F/T7(优先使用M13F）T3/M13R
pT-Adv M13F /T7 M13R
pTARGET TM pTarget.F(在T7前面）/T7 pTarget.R pTO-T7 T7 T7TER
pTRC99a-c pTRC99C-F pTRC99C-R
pTriPLEx2 5′pTriPLEx2 T7
pTWIN-1 T7 T7TER(客户确认再用）
pUC18(19)/118(119) M13F(-47) M13R(-48)
pUCm-T M13F/T7 M13R
pVAX1 T7 BGH
pWSK29 T7/M13F/M13F(-47) T3/M13R/M13R(-48)
pXT7 T7 SP6
pYES2 T7 pYes2.R
pLEXA pLEXA-F pLEXA-R
pLNCX pLNCX-F pLNCX-R
pRECEIVER CMV-F 此载体无反向引物
pSHUTTLE-CMV PSHUTTLE-CMV-F PSHUTTLE-CMV-R pSP64/65 SP6 此载体无反向引物
pSTBlue-1 T7 SP6
pT7Blue(R) T7 M13F(-47)
引物名称序列(5′-3′)：
M13R：CAG GAA ACA GCT ATG ACC
M13F：TGT AAA ACG ACG GCC AGT
M13F(-47)：CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC
M13R(-48)：AGC GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA M13(-96)：CCC TCA TAG TTA GCG TAA CG
SP6：ATT TAG GTG ACA CTA TAG
T7：TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG
T7 terminator：TGC TAG TTA TTG CTC AGC GG
T3：ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA
pGEX-4T-5′：GGG CTG GCA AGC CAC GTT TGG TG pGEX-4T-3′：CCG GGA GCT GCA TGT GTC AGA GG GLp1：TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG
GLp2：CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA
RVp3：CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC
RVp4：GAC GAT AGT CAT GCC CCG CG
pcDNA3.1R：TAG AAG GCA CAG TCG AGG
PinPoint primer：CGT GAC GCG GTG CAG GGC G pCMV-F：TCT AAA AGC TGC GGA ATT GT
pCMV-R：TCCAAACTCATCAATGTATC
pTRC99C-F: TTG CGC CGA CAT CAT AAC
pTRC99C-R: CTGCGTTCTGATTTAATCTG
pCEP-F: AGA GCT CGT TTA GTG AAC CG
EBV-R : GTG GTT TGT CCA AAC TCA TC
pIRES2-EGFP.P5’: GTA GGC GTG TAC GGT GGG AG pIRES2-EGFP.P3’: AAC GCA CAC CGG CCT TAT TC
3′AD: AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG
CMV -F：CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG
S1：CAA CGT GAA AAA ATT ATT ATT CGC
S6：GTA AAT GAA TTT TCT GTA GTA GG
5`AOX1：GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC
3`AOX1：GCA AAT GGC ATT CTG ACA TCC
α-Factor：TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC
GAL4 AD：TAC CAC TAC AAT GGA TG
pACT2-R：GTGCACGATGCACAGTTGAA
pB42ADF：CCA GCC TCT TGC TGA GTG GAG ATG
pB42ADR：AAG CCG ACA ACC TTG ATT GGA G
pEGFP-N-5’：TGG GAG GTC TAT ATA AGC AGA G pEGFP-N-3’：CGT CGC CGT CCA GCT CGA CCA G pEGFP-C-5’：CAT GGT CCT GCT GGA GTT CGT G pEGFP-C-3′ ：TAT GGC TGA TTA TGA TCA GT
PBV220F：AAG AAG GGC AGC ATT CAA AG
PBV220R：CTG CGT TCT GAT TTA ATC TG
U6：ATG GAC TAT CAT ATG CTT ACC GTA
2.0rev primer：AGG CGA TTA AGT TGG GTA
3.0rev：GAG TTA GCT CAC TCA TTA GGC
S.tag：GAA CGC CAG CAC ATG GAC
5′TriplEx2：CTC CGA GAT CTG GAC GAG C
RVP4：GAC GAT AGT CAT GCC CCG CG
RVP3：CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC
pQE30-R：GTT CTG AGG TCA TTA CTG G
pQE30-F：TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC
pEF-F：TCA AGC CTC AGA CAG TGG TTC
pDSRED-N1-R：TGA AGC GCA TGA ACT CCT TG pDsRED-express-C1-F：TCC CAC AAC GAG GAC TAC AC pCMV5R：ATT ATA GAG GAC ACC TAG TC
pCMV5F：TTC CAA AAT GTC GTA ATA AC
P5′：TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC
P3′：CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG
BAC2：ACG CAC AGA ATC TAG CGC TT
BAC1：AAC CAT CTC GCA AAT AAA TA
3′BD：TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT AC pTarget.F：CCA GGA TTT TCC CAG TCA C
pTarget.R：GGC TTT ACA CTT TAT GCT TC
T7(17base)：ACA TCC ACT TTG CCT TTC TC
pYes2.R：TCG GTT AGA GCG GAT GTG
GAL4 BD：TCA TCG GAA GAG AGT AG
pAS2-1.R：AAG AGT TAC TCA AGA ACA AGA A
pFlag-CMV-F: GGT AGG CGT GTA CGG TGG
pFlag-CMV-R: GCA CTG GAG TGG CAA CTT
pIRES-F: CTT ACT GAC ATC CAC TTT GC
pIRES.R: CAC TGC ATT CTA GTT GTG GT
P1：CCA GGC TTT ACA CTT TAT GC
P2：GCG ATT AAG TTG GGT AAC GC
pLEXA-F：CGT CAG CAG AGC TTC ACC AT
pLEXA-R：TAA AAC CTA AGA GTC ACT TT
pLNCX-F：AGC TCG TTT AGT GAA CCG TCA GAT CG pLNCX-R：ACC TAC AGG TGG GGT CTT TCA TTC CC pLXSN-F：CTT GAA CCT CCT CGT TCG AC
pLXSN-R：GTT GCT GAC TAA TTG AGA TG
pSHUTTLE-CMV-F：GGT CTA TAT AAG CAG AGG TG pSHUTTLE-CMV-R：GTG GTA TGG CTG ATT ATG ATC AG MalE Primer：GGT CGT CAG ACT GTC GAT GAA GCC
分子生物学 常用引物序列
日常备库引物序列(5'-3') 1492R GGTTACCTTGTTACGACTT 27F\8F AGAGTTTGATCCTGGCTCA 35S GACGCACAATCCCACTATCC 3'AD AGATGGTGCACGATGCACAG 3'AOX\AOX1rev GGCAAATGGCATTCTGACAT 3'BD TAAGAGTCACTTTAAAATTTGTATAC 5'AD\GAL4AD\P17110 TACCACTACAATGGATGATG 5'AOX\AOX1for GACTGGTTCCAATTGACAAGC 5'BD\GAL4-BD-Cfor TCATCGGAAGAGAGTAG 96gIII\M13-96 CCCTCATAGTTAGCGTAACG a-FACTOR\Alphafor TACTATTGCCAGCATTGCTGC BAC1 AACCATCTCGCAAATAAATA BAC2 ACGCACAGAATCTAGCGCTT BGH\pCDNA3.1R TAGAAGGCACAGTCGAGG CMV-24 TTAGGACAAGGCTGGTGG CMV-30 ATAACCCCGCCCCGTTG CMV-F\CMV-Profor CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG\ATGGGCGGTAGGCGT G CMV-R TCGTTGGGCGGTCAGC DuetDOWN1 GATTATGCGGCCGTGTACAA DuetUP1 GATCTCGACGCTCTCCCT DuetUP2 TTGTACACGGCCGCATAATC EBVrev GTGGTTTGTCCAAACTCATC EGFP-Cfor AGCACCCAGTCCGCCCTGAGC EGFP-Nrev CGTCGCCGTCCAGCTC GAL1-Profor AACATTTTCGGTTTGTATTACTTC GLP1 TGTATCTTATGGTACTGTAACTG GLP2 CTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCA
测序常用名词解释整理
高通量测序领域常用名词解释大全 什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序（一代测序） Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing） 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低，大规模基因组测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。
常用的β-actin 引物序列
human actin f ctc cat cct ggc ctc gct gt human actin r gct gtc acc ttc acc gtt cc product size:268 rabbit actin r agt gcg acg tgg aca tcc g rabbit actin f tgg ctc taa cag tcc gcc tag product size:295 mouse actin r cgt tga cat ccg taa aga cc mouse actin f aac agt ccg cct aga agc ac product size:281 rat actin f TCAGGTCATCACTATCGGCAAT rat actin r AAAGAAAGGGTGTAAAACGCA product size:432 human actin r gag cta cga gct gcc tga cg human actin f cct aga agc att tgc ggt gg product size:416 mouse actin f tca tca cta ttg gca acg agc mouse actin r aac agt ccg cct aga agc ac product size:399 rat actin f CCCATCTATGAGGGTTACGC rat actin r TTTAATGTCACGCACGATTTC product size:150 rabbit actin f tct tcc agc cct cct tcc tg rabbit actin r cgt ttc tgc gcc gtt agg t product size:409 内参基因名称引物引物最佳退火扩增 基因库序列号引物名称序列位置Tm 温度C 长度 Human actin beta F305 ctgggacgacatggagaaaa 305-324 52.3 BC002409 R868 aaggaaggctggaagagtgc 868-849 52.6 59.4 564 F1379 agcgagcatcccccaaagtt 1379-1398 57.3 R1663 gggcacgaaggctcatcatt 1663-1644 56.3 54 285 Rat actin beta F18 cacccgcgagtacaaccttc 18-37 54.5 NM_031144 R224 cccatacccaccatcacacc 224-205 54.4 60.4 207 F694 gagagggaaatcgtgcgtgac 694-714 54 R1146 catctgctggaaggtggaca 1146-1127 53.2 57.1 452 Mouse actin beta F91 atatcgctgcgctggtcgtc 91-110 57.5 NM_007393 R607 aggatggcgtgagggagagc 607-588 57.8 60.4 517 F1566 gtccctcaccctcccaaaag 1566-1585 54.5 F1831 gctgcctcaacacctcaaccc 1831-1811 54.4 55.7 266 human GAPDH F369 agaaggctggggctcatttg 369-388 55.6 BC004109 R626 aggggccatccacagtcttc 626-607 55.1 57.5 258
一、测序样品要求
一、测序样品要求： 质粒：1. 已纯化质粒大于20ul，溶于超纯水浓度大于100ng/ul； 2．大质粒必须注明载体长度; 3．质粒拷贝数低的样品，请提供质粒。 菌液：1. 请提供１ml以上过夜培养新鲜无污染菌液，用Ependorf管装，并注意封口，以免污染．保存时间较长的甘油菌，请重新摇菌后送样． 2．培养基和抗生素：本公司提供LB培养基和胺卞青霉素、卡那青霉素、氯霉素三种抗生素。若您的菌株培养时有其他要求，请你提供4～5ml培养好的新鲜菌液或沉淀下来的菌体。 3．请提供质粒的名称、抗性、插入片段的长度，指定确切的通用引物。 PCR产物：1. 样品检测标准：上样3～5ul，琼脂糖电泳鉴定，为清晰可见的单一亮带。 2．不接受样品小于150bp、电泳检测有弥散的，多带的样品，非单一条带样品，建议克隆后测序。 3．未纯化的PCR产物样品，体积大于50ul，浓度大于50ng/ul；已纯化PCR产物体积为20ul，浓度大于50ng/ul，可取2ul样品电泳检测条带清晰PCR产物明亮，长片段需加浓度。不管测序是否成功，本公司都将收取纯化费用。 4．若您自己纯化，请一定要进行Agarose凝胶电泳方式纯化回收，溶解在超纯水中（勿用TE溶解），浓度＞30 ng/ul ，同时提供PCR引物。 5．长度超过1kb，需要2个以上的测序反应才能测通的PCR样品，建议克隆后测序，否则单覆盖难以得到包括PCR引物序列在内的完整序列号。 6．引物请提供20ul，浓度大于3μM。 二、免费提供通用引物列表： T7；SP6；M13F；M13R；M13F（-47）；M13R（-48）；M13（-96）；T7TER；T3；S.TAG；A-FACTOR；PBV220F；PBV220FR；5’AOX； 3’AOX；PGEX-5’；PGEX-3；PEGFP-C-5’；PEGFP-C-3’；PEGFP-N-5’；PEGFP-N-3’；PCDNA3.1F；PCDNA3.1R 三、注意事项: 1．客户样品编号请用数字、英文字母（大写）或下划线，不超过5个字符；E-Mail要用大写字母填写，并要求字迹规范、工整、清楚。 2．T载体请注明是PGEM-T还是PMD18T、PUC18、PUC19。 3．M13＋/－请注明是M13F，M13R，还是M13F（-47），M13R（-48）。 4．一般测序样品浓度要求：100ng/ul。 5．若临时变更测序，请尽快电话联系我们，E-Mail通知无效，对于通知前已经安排的反应，照常收费。 6．超过3K需要测通的样品，请客户自己提供引物进行测序。 7．简并引物和随机引物不宜用于测序。 8．样品如需返还请填写备注栏，无特殊要求不返还。 9．所送样品及引物，我们将免费保存一个月，超过一个月后如客户无特殊要求，样品自动被销毁。 10．由于自带引物问题或样品本身原因（复杂结构，高级结构等）造成测序失败照常收费，非样品原因造成测序失败免费。 11．对于选择E-mail发送报告的，如对结果有异议，请在接到报告后3天内用电话联系我公司，未联系的则认为您接受结果与费用。 测序定单 客户姓名：必填手机：必填科室电话：必填 E-Mail（1）: 必填
真菌检测鉴定通用引物-Fungal Primers
ITS1: 5’-CCGTAGGTGAACCTGCGG-3’ ITS4:5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’ Tm 55℃ NS17: CATGTCTAAGTTTAAGCAA NS3: GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC NS4: CTTCCGTCAATTCCTTTAAG NS22: AATTAAGCAGACAAATCACT NS24: AAACCTTgTTACgACTTTTA LR0R: 5’-GTACCCGCTGAACTTAAGC-3’ LR3: 5’-CCGTGTTTCAAGACGGG LR3R: 5’-GTCTTGAAACACGGACC (complementary to RLR3R: GGTCCGTGTTTCAAGAC) LR5: 5’-TTAAAAAGCTCGTAGTTGAAC-3’ LR7: 5’-TACTACCACCAAGATCT LR12: 5’-GACTTAGAGGCGTTCAG Lr0R/LR5: Tm 50-52℃ NL1: 5’-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG NL1: 5′-TGCGTTGATTACGTCCCTGC (also called V9: TGCGTTGATTACGTCCCTGC) NL1: 5’-TGCTGGAGCCATGGATC-3 NL2: 5’-CTCTCTTTTCAAAGTTCTTTTCATCT NL2: 5’-AACGGCTTCGACAACAGC-3 NL2: 5’-CTTGTTCGCTATCGGTCTC (also NL2A: 5′-CTTGTTCGCTATCGGTCTC) NL2: 5’-TACTTGTTCGCTATCGGTCT-3' NL3: 5’-GAGACCGATAGCGAACAAG (also NL3A: 5’-GAGACCGATAGCGAACAAG) NL3: 5’-AGACCGATAGCGAACAAGTA NL3: 5’ NL4: 5’（similar to RLR3R：5′-GGTCCGTGTTTCAAGAC) NL4: 5’-TAGATACATGGCGCAGTC-3
测序引物设计指南
测序引物设计指南 ?P CR引物设计方法： 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primerlength）常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。 GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外，上下游引物的Tm值（meltingtemperature）是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度，一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值，则有效引物的Tm为55~80℃，其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G和C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6.碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（Falsepriming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 7.引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Crossdimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使P CR反应不能正常进行。
实验室常用缓冲液 常用引物序列汇总
实验常用试剂、缓冲液的配制方法 Na2HPO4，2 mM KH2PO4 1 M Tris-HCl 、11M Tris-HCl □组份浓度 □配制量□配制量1L 1L （pH7.4，7.6，8.0） □配置方法1. 称量下列试剂，置于1L烧杯中。烧杯中。□配置方法1. 称量121.1gTris置于1L NaCl 加入约800mL的去离子水，充分搅拌溶解。 8 g 2. KCl 0.2g 3. 按下表量加入浓盐酸调节所需要的pH值。 Na2HPO4 1.42 g 浓值 HCl pH KH2PO4 0.27g 7.4 约70mL 2. 向烧杯中加入约800 mL的去离子水，充分搅拌溶解。 7.6 约60mL 3. 滴加HCl将pH42mL 8.0 约值调节至7.4，然后加入去离子水将溶液定容至1L。 4. 将溶解定容至1L。 4. 高温高压灭菌后，室温保存。 5. 高温高压灭菌后，室温保存。注意：上述PBS Buffer中无二价阳离子，如需要，可在配方中pH注意：应使溶液冷却至室温后再调定pH值，因为Tris溶液的补充1mM CaCl2和0.5 mM MgCl2。pH值随温度的变化差很大，温度每升高1℃，溶液的值大约降低 6、10 M醋酸铵0.03个单位。□组份浓度10 M醋酸铵 □配制量100mL 1.5 M Tris-HCl 2、1.5 M Tris-HCl □组份浓度□配置方法1. 称量77.1g醋酸铵置于100～配制量pH8.8 （）□1L 200 mL烧杯中，加入约30 mL的去离子水搅拌溶解。1L1. □配置方法称取181.7gTris置于烧杯中。 2. 加入约800mL2.加去离子水将溶液定容至100mL。的去离子水，充分搅拌溶解。 3.使用8.8pH3. 用浓盐酸调值至。0.22μm滤膜过滤除菌。 4.密封瓶口于室温保存。。1L 4. 将溶液定容至 5. 高温高压灭菌后，室温保存。注意：醋酸铵受热易分解，所以不能高温高压灭菌。 7、Tris- HCl平衡苯酚□溶液的注意：应使溶液冷却至室温后再调定pH值，因为Tris配置方法 1. 使用原料：大多数市售液化苯酚是清亮无色的，pH值大约无需重蒸馏℃，溶液的值随温度的变化差异很大，温度每升高pH1便可用于分子生物学实验。0.03降低个单位。但有些液化苯酚呈粉红色或黄色，应避免使用。同时也应避免使用结晶苯酚，结晶苯酚必须在160℃对其，□TE Buffer、310×组份浓度100 mM Tris-HCl10 mM EDTA
DNA测序常见问题及分析
DNA测序过程可能遇到的问题及分析 对于一些生物测序公司（如Invitrogen等），我们的菌液或质粒经过PCR和酶切鉴定都没问题，但几天后的测序结果却无法另人满意。 为什么呢？ PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。这是由于Taq酶能够在PCR反应的末端非特异性地加上一个A碱基，我们所用的T载体克隆PCR产物就是应用该原理，通常PCR产物结束的位点，PCR产物测序一般末端的一个碱基为A（绿峰），也就是双脱氧核甘酸ddNTP终止反应的位置之前的A,A后的信号会迅速减弱。 N值情况一般是由于有未去除的染料单体造成的干扰峰。该干扰峰和正常序列峰重叠在一起，有时机器377以下的测序仪无法正确判断出为何碱基。有时，在序列的起始端的小片段容易丢失，导致起始区信号过低，机器有时也无法正确判读。在序列的3’端易产生N值。一个测序反应一般可以读出900bp以上的碱基（ABI3730可以达到1200bp），但是，只有一般600bp以前的碱基是可靠的，理想条件下，多至700bp的碱基都是可以用的。一般在650bp以后的序列，由于测序毛细管胶的分辩率问题，会有许多碱基分不开，就会产生N值。测序模板本身含杂合序列，该情况主要发生在PCR产物直接测序，由于PCR产物本身有突变或含等位基因，会造成在某些位置上有重叠峰，产生N值。这种情况很容易判断，那就是整个序列信号都非常好，只有在个别位置有明显的重叠峰，视杂合度不同N值也不同。 测序列是从引物3’末端后第一个碱基开始的，所以就看不到引物序列。有两种方法可以得到引物序列。1.对于较短的PCR产物 （<600bp），可以用另一端的引物进行测序，从另一端测序可以一直测通，可以在序列的末端得到该引物的反向互补序列。对于较长的序列，一个测序反应测不通，就只能将PCR产物片段克隆到载体中，用载体上的通用引物(T7/SP6)进行测序。载体上的通用引物与所插入序列间
ISSR通用引物序列
ISSR通用引物序列
UBC Primer Set #9 (Microsatellite) 引物名称序列 801 ATA TAT ATA TAT ATA TT 802 ATA TAT ATA TAT ATA TG 803 ATA TAT ATA TAT ATA TC 804 TAT ATA TAT ATA TAT AA 805 TAT ATA TAT ATA TAT AC 806 TAT ATA TAT ATA TAT AG 807 AGA GAG AGA GAG AGA GT 808 AGA GAG AGA GAG AGA GC 809 AGA GAG AGA GAG AGA GG 810 GAG AGA GAG AGA GAG AT 811 GAG AGA GAG AGA GAG AC 812 GAG AGA GAG AGA GAG AA 813 CTC TCT CTC TCT CTC TT 814 CTC TCT CTC TCT CTC TA 815 CTC TCT CTC TCT CTC TG 816 CAC ACA CAC ACA CAC AT 817 CAC ACA CAC ACA CAC AA 818 CAC ACA CAC ACA CAC AG 819 GTG TGT GTG TGT GTG TA 820 GTG TGT GTG TGT GTG TC
821 GTG TGT GTG TGT GTG TT 822 TCT CTC TCT CTC TCT CA 823 TCT CTC TCT CTC TCT CC 824 TCT CTC TCT CTC TCT CG 825 ACA CAC ACA CAC ACA CT 826 ACA CAC ACA CAC ACA CC 827 ACA CAC ACA CAC ACA CG 828 TGT GTG TGT GTG TGT GA 829 TGT GTG TGT GTG TGT GC 830 TGT GTG TGT GTG TGT GG 831 ATA TAT ATA TAT ATA TYA 832 ATA TAT ATA TAT ATA TYC 833 ATA TAT ATA TAT ATA TYG 834 AGA GAG AGA GAG AGA GYT 835 AGA GAG AGA GAG AGA GYC 836 AGA GAG AGA GAG AGA GYA 837 TAT ATA TAT ATA TAT ART 838 TAT ATA TAT ATA TAT ARC 839 TAT ATA TAT ATA TAT ARG 840 GAG AGA GAG AGA GAG AYT 841 GAG AGA GAG AGA GAG AYC 842 GAG AGA GAG AGA GAG AYG
常见载体的测序引物
常见载体的测序引物： Primer of Vector: Vector：Primer(F)；Primer(R) pACT T7 T3 pACT2 GAL4 AD pACT2-R pAS2-1 GAL4 BD pAS2-1.R pB42AD pB42ADF pB42ADR pBACPAK8 BAC1 BAC2 pBK-CMV T7 T3 PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R pBV220 PBV220F PBV220R pCAMBIA 1301(1300) P1 P2 pCAMBIA 2300 M13R(-48) M13F(-47) PCANTB5E S1/M13R S6 pCAT3-enhancer RVP3 此载体无反向引物pcDNA3.0 CMV-F/T7 SP6/BGH pcDNA3.1 T7 BGH pcDNA4 T7/CMV-F BGH pcDNA6 T7/CMV-F(J21025在T7前面）BGH pcDNAII T7 SP6 pCE2.1 M13F M13R pCEP4 pCEP-F EBV-R
pCF-T M13F M13R pCI T7（17Base）此载体无反向引物 pCI-neo T7（17Base）T3 pCMS-EGFP T7 T3 pCMV-3Tag-4A T3 /PFLAG-CMV-F T7 pCMV5 pCMV5F pCMV5R pCMV5-Flag pCMV5F pCMV5R pCMV-MYC/HA pCMV-F pCMV-R pCMV-Sport M13F/T7 SP6/M13R pCMV-Tag(KAN+) T3 T7 pCR2.1-TOPO M13F/T7 M13R pCR3.1 T7 BGH pCS2 SP6 T7 pDonar M13F M13R pDONR221 M13F M13R pDrive T7 SP6 pDRIveR(KAN+) T7 SP6 pDsRED1-C1 pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’(距离很近,一般不用) pDsRED2-C1(KAN+) pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’ pDSRED-N1(KAN+) pEGFP-N-5’ PDSRED-N-R pECFP-C pEGFP-C-5’ pECFP-C-3' pECFP-N1 pEGFP-N-5’ pEGFP-N-3’
常用引物信息列表
3’AOX5′-GGCAAATGGCATTCTGACAT-3‘ 3‘AD5′- AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG-3‘ 3‘BD5′-TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT C-3‘5’AOX5′-GACTGGTTCCAATTGACAAGC-3‘ A-FACTOR5′-TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC-3‘ CMV-F5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3‘ CMV-R5′-GTTCACGGTGCCCTCC-3‘ EGFP-Nrev5′-CGT CGC CGT CCA GCT C-3‘ GLP15′-TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG-3‘GLP25′-CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA-3‘ M13(-96)5′-CCCTCATAGTTAGCGTAACG-3‘ M13-205′-GTA AAA CGA CGG CCA GTG-3‘ M13F5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3‘ M13F（-47）5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC-3‘ M13F-215′-TGT AAA ACG ACG GCC AGT-3‘ M13R5′-CAGGAAACAGCTATGACC-3‘ M13R（-48）5′-AGCGGATAACAATTTCACACAGGA-3‘ P125845′-TTTTCAGTATCTACGAT-3’ P171105′-TACCACTACAATGGATG-3’ pbd-gal4-f5′-GCCTCTAACATTGAGACAGC-3‘ pbd-gal4-r5′-AAGAGTTACTCAAGAACAAGAA-3‘ pbi-121(35s)5′-GACGCACAATCCCACTATCC-3‘ PBV220F5′-AAGAAGGGCAGCATTCAAAG-3‘ PBV220R5′-CTG CGT TCT GAT TTA ATC TG-3‘ PCDNA3.0-R25′-GGC AAC TAG AAG GCA CAG TC-3‘PCDNA3.1F5′-CTAGAGAACCCACTGCTTAC-3’ PCDNA3.1R5′-TAGAAGGCACAGTCGAGG-3’ PCMV-F5′-TCTAAAAGCTGCGGAATTGT-3‘ PCMV-5F5′-TTCCAAAATGTCGTAATAAC-3‘ PCMV-R5′-TCCAAACTCATCAATGTATC-3‘ PCMV-5R5′-ATTATAGAGGACACCTAGTC-3‘ PEGFP-C-3’5′-TATGGCTGATTATGATCAGT-3‘ PEGFP-C-5’5′-CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG-3‘ PEGFP-N-3’5′-CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG-3‘ PEGFP-N-5’5′-TGGGAGGTCTATATAAGCAGAG-3‘ PGEX-3’5′-CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG-3‘ PGEX-5’5′-GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG-3‘PIRES2-EGFP-F5′-GTA GGC GTG TAC GGT GGG AG-3‘PIRES3-EGFP-R5′-AAC GCA CAC CGG CCT TAT TC-3‘ pMAL-C2X-F5′-TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC-3’ pMAL-C2X-R5′-CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG-3’ PQE30F5′- TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC-3‘ PQE30R5′- GTT CTG AGG TCA TTA CTG G-3‘ RVP35′-CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC-3‘
常用的通用引物序列
常用之Universal Primer 序列 Primer Primer sequence Applicable vectors T7 TAATACGACTCACTATAGGG pGEM-T, pGEM-T-Easy, pCRII, pET, pBlueScript, pcDNA3.1, pT7Blue SP6 TATTTAGGTGACACTATAG pGEM-T, pGEM-T-Easy, pCRII T3 ATTAACCCTCACTAAAGGGA pBlueScript pUC/M13 Forward (-40) GTTTTCCCAGTCACGAC pUC, pGEM-T, pCRII, pBlueScript pUC/M13 Forward (-21) TGTAAAACGACGGCCAGT pUC, pCRII, pBlueScript pUC/M13 Reverse TCACACAGGAAACAGCTATGAC pUC, pGEM-T, pCRII, pBlueScript T7 Terminator GCTAGTTATTGCTCAGCGG pET pGEX 5’GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG pGEX pGEX 3’CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG pGEX pQEF GGCGTATCACGAGGCCCTTTCG pQE pQER CATTACTGGATCTATCAACAGG pQE polyhedrin F AAATGATAACCATCTCGCAA Stag GAACGCCAGCACATGGACAGC pET-4x BGH reverse TAGAAGGCACAGTCGAGG pcDNA3.1, pTracer-CMV 5’ AOX GACTGGTTCCAATTGACAAGC pPlCZα α-factor TATTGCCAGCATTGCTGC pPlCZα 3’ AOX GCAAATGGCATTCTGACATCC pPlCZα
引物测序直播问题及回答
1、我想问下：为什么引物不能退火之后跑胶验证纯度呢？ 两条引物退火成功率达不到百分之百，里面会存在单链引物，引物退火后跑胶有杂链很正常，不能以此来判断单链引物纯度。 2、老师您好，我想自己设计测序引物，请问对于测序引物有什么要求吗？ 在待测目的基因前面100bp左右设计引物，GC含量不能太高或太低，3’端不能有错配，引物的长度建议是18-20bp以内。 3、甲基化的建议反向测序,是什么意思? 正向测序有甲基化的结构，会导致测序峰图双峰或者严重的时候导致信号突然中断，就可以反向测序，然后正反双向测序结果拼接起来就可以得到完整的序列。 4、老师请问一个测序反应有效的大概有多长? 普通序列一个测序反应有效长度大概是800bp左右。 5、请问RNA最长能合多少呢 30bp以内。 6、稀释后引物保存时间多久？ 稀释后的引物一般4℃保存3个月内是没有问题的 7、你们的积分的兑换时间有限制吗？ 积分不清零的 8、测序为什么前70bp不准呢 一代测序，由于仪器的缺陷，所以前面会有几十bp是不准确的，严重的时候会有70bp左右不准确。 9、老师请问那引物最长能合多长呢？ 引物最长能合139bp。 10、金开瑞引物合成与外面其他公司引物合成相比，优势有哪些？ 我们公司技术服务内容比较多，内部和外部引物合成需求都是一起合成，效果和质量的反馈方面，我们综合有内部使用和外部使用反馈，更全面。 11、只做常规的pcr，用什么纯化方式的引物呢? 常规的pcr脱盐纯化就可以满足实验了。 12、引物测序时，单向、双向、测通之间的具体区别是什么呀？ 这个主要是根据待测目的序列的长度来决定的，如果待测目的序列700bp以内的话可以选择正向或者反向都行；1500bp以内的序列一般双向测序就可以了；如果是待测目的序列大于1500bp就可以填测通，这边会根据测序结果自动安排测序反应，直到完全测通，我们会默认测通后拼接。
RT-PCR常用引物序列
RT-PCR常用引物序列 RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGA TC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kb β-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGA TC TTCA T GAGGT AGTCA GTC 0.62kb β-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG A TGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kb GAPDH 人有意义链GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kb GAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kb Dynein 小鼠有意义链GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGA TC TTCA T GAGGT AGTCA GTC 12.3 kb Polymerase ε 人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kb Polymerase ε 人有意义链AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GA TGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kb Tuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb 18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG A TCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb *引物不会扩增假基因 PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） HIV gag region 病毒SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAAT SK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kb β-globin 人(29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kb β-globin 人(31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb
20个测序常见的问题
20个测序常见的问题 1．为什么需要新鲜的菌液？ 首先，新鲜的菌液易于培养，可以获得更多的DNA，同时最大限度地保证菌种的纯度。2．如何提供菌液？ 如果您提供新鲜菌液，用封口膜封口以免泄漏；也可以将培养好的4～5ml菌液沉淀下来，倒去上清以方便邮寄。同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中压破。 3．如何制作穿刺菌？ 用灭菌过1.5ml或2ml离心管加入LB琼脂(7g/L)斜面凝固，用接种针挑取分散良好的单菌落穿过琼脂直达管底，不完全盖紧管盖适当温度培养过夜，然后盖紧盖子加封口膜，室温或4度保存。 4．PCR产物直接测序有什么要求？ （1)扩增产物必须特异性扩增，条带单一。如果扩增产物中存在非特异性扩增产物，一般难以得到好的测序结果； (2）必须进行胶回收纯化； (3）DNA纯度在1.6—2.0之间，浓度50ng/ul以上。 5．为什么PCR产物直接测序必须进行Agarose胶纯化？ 如果不进行胶纯化而直接用试剂盒回收，经常会导致测序出现双峰甚至乱峰，这主要是非特异性扩增产物或者原来的PCR引物去除不干净所导致。大多所谓的PCR“纯化试剂盒”实际上只是回收产物而不能起到纯化的作用的。对于非特异性扩增产物肯定无法去除，而且通常他们不能够完全去除所有的PCR引物，这会造成残留的引物在测序反应过程中参与反应而导致乱峰。 6．如何进行PCR产物纯化？ PCR产物首先必须用Agarose胶电泳，将特异扩增的条带切割下，然后纯化。使用凝胶回收试剂盒回收，产物用ddH2O溶解。 7．PCR产物直接测序的好处？ （1) PCR产物直接测序可以反映模板的真实情况； （2) 省去克隆的实验费用和时间； （3) PCR产物测序正确的片段进行下一步克隆实验使结果更有保障； （4) 混合模板进行PCR的产物直接测序可以发现其中的点突变。 8．对用于测序的质粒DNA的要求有哪些？ 对测序模板DNA的一般要求：（1)DNA纯度要求高，1.6—2.0之间，不能有混合模板，也不能含有RNA，染色体DNA，蛋白质等；（2)溶于ddH2O中，溶液不能含杂质，如盐类，或EDTA等螯合剂，将干扰测序反应正常进行。 9．如何鉴定质粒DNA浓度和纯度？ 我们使用水平琼脂糖凝胶电泳，并在胶中加入0.5ug/ml的EB(电泳缓冲液中不必加E，加一个已知浓度的标准样品。电泳结束以后在紫外灯下比较亮度，判断浓度和纯度。此方法可以更直接、准确地判断样品中是否含有染色体DNA、RNA等，也可以鉴别抽提的质粒DNA 的不同构型。 质粒DNA的3种构型是指在抽提质粒DNA过程中，由于各种原因的影响，使得超螺旋的共价闭合环状结构的质粒(SC)的一条链断裂，变成开环状(OC)分子，如果两条链发生断裂，就变成为线状(L)分子。这3种分子有不同的迁移率，通常，超螺旋型(SC)迁移速度最快，其次为线状(L)分子，最慢为开环状(OC)分子。使用紫外分光光度计检测，或者用溴乙锭-标准浓度DNA比较法只能检测抽提到的产物中的浓度，甚至由于抽提的质粒DNA中含有RNA、蛋白质、染色体DNA等因素的干扰，浓度检测的数值也是没有多少意义的。
常用载体测序引物列表
常用载体测序引物列表 载体名称 正向引物 反向引物 pACT T7 T3 pACT2 GAL4 AD(5’AD) 3'AD/pACT2-R PACYCDUET-1(MCSII) DuetUP2 T7TER pAD/pl-DEST CMV-F pAD-Track pAD-Track-F 无 pAS2-1 5’BD M13-26/48 PB42AD PB42ADF PB42ADR PBAD PBAD-F PBAD-R pBABE pBABE5’ pBABE3’ PBACPAK8 BAC1 BAC2 pBK-CMV T7/M13-20 T3/M13-26 PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R pBV220 PBV220F PBV220R pBI121 需根据酶切位点确认 需根据酶切位点确认 pCAMBIA 1301(1300) 需根据酶切位点确认 需根据酶切位点确认 pCAMBIA 2300 需根据酶切位点确认 需根据酶切位点确认 PCANTB5E S1/M13R S6 pCAT3-enhancer pGL3+ pcDNA3.0 pEGFP-N5/T7 SP6/BGH pcDNA3.1 pEGFP-N5/T7 BGH pcDNA4 T7/pEGFP-N5 BGH pcDNA6 T7/pEGFP-N5 BGH pcDNAII T7 SP6 pCE2.1 M13F M13R pCEP4 pCMV5R/PCEP-F pEGFP-N5/EBV-R pCF-T M13F M13R pCI T7（17Base ） pCMV5R pCI-neo T7（17Base ） T3 pCMS-EGFP T7 T3 pCMV-3Tag-4A T3 /pFlag-CMV-F T7 pCMV5 pCMV5F pCMV5R pCMV5-Flag pCMV5F pCMV5R pCMV-MYC/NUC pCMV5F pCMV5R PCMV-HA pCMV5F pCMV5R pCMV-Sport SP6/M13R pCMV-Tag T3 T7 pCMV-TNT T7/SP6 pCMV5R pCR2.1-TOPO M13F/T7 M13R pCR3.1 T7 BGH pCS2 SP6 T7
引物设计常用序列
RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kb β-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kb β-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kb GAPDH 人有意义链GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kb GAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kb Dynein 小鼠有意义链GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 12.3 kb Polymerase ε人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kb Polymerase ε 人有意义链AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GATGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kb Tuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb 18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG ATCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb *引物不会扩增假基因 PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） HIV gag region 病毒SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAAT SK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kb β-globin 人(29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kb β-globin 人(31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb 序列来源nvitrogen 公司