ncbi的使用方法
NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册
作者：未知来源：中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间：2006-12-27
NCBI 资源介绍
本文目录：
NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介
NCBI 站点地图
NCBI癌症基因组研究
NCBI－Coffee Break
NCBI－基因和疾病
NCBI－UniGene
Cluster of Orthologous Groups of proteins
（COG）介绍
Gene Expression Omnibus （GEO）介绍
LocusLink介绍
关于RefSeq：NCBI参考序列
NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介
介绍
理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立
后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立
法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分
析的自动系统
实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能
的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究
加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的：
基本研究
NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain 和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。
数据库和软件
在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。
GenBank是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。
GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，
GenBank拥有来自47,000个物
种的30亿个碱基。
孟德尔人类遗传（OMIM），三维
蛋白质结构的分子模型数据库
（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）。
Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI 提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序
列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
教育和训练
NCBI通过赞助会议，研讨会，和系列演讲来培养在应用于分子生物学和遗传学的计算机领域的科学交流。一个科学访问学者项目已经成立，来培养同外部科学家的合作。作为NIH内部的部分研究项目，也提供博士后工作位置。
NCBI站点地图---关于Database的一般介绍
GenBank Overview
基本信息
什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank 属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez
更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。
公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。
遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）
关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体）
Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP 的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）
ESTs- 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
HTGs- 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank 和Human Genome Sequencing页面上访问。）
STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。
国际核苷酸序列数据库合作组织
GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ （DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。
DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录
的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily Updates
GenBank普通文件格式—参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
ASN.1格式—摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
FASTA格式—定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme 文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括
GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览
核酸序列
Entrez核酸—用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。更多的关于
Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
RefSeq— NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers 用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
dbEST —表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
dbGSS —基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
dbSTS —序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
dbSNP —单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。
完整的基因组
参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
UniGene—被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点
repository/UniGene目录下下载。
人类UniGene
小鼠UniGene
大鼠UniGene
斑马鱼UniGene
BLAST —将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）蛋白序列
Entrez蛋白—用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq —NCBI数据库的参考序列。Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和
NC_xxxxxx的形式来表示。 FTPGenPept —下载“genpept.fsa.Z”文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。
完整基因组
参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
Entrez基因组—提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。分类表总结了蛋白BLAST分析的结果，建议他们的可能功能，并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系（参见下面'Genomes和Maps,'部分Entrez
基因组的一般描述）
FTP基因组蛋白—从ftp站点的genbank/genomes目录下下载各种物种的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。参见readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。
PROW — Web上的蛋白资源，关于大约200种人类的CD细胞表面分子的简短官方向导。互相检索，为每个CD抗原提供大约20中标准信息的分类（生化功能，配体，等等）
BLAST —将你的序列同蛋白库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）
结构
结构主页—关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库（PDB）三维结构的一部分，排除了那些理论模型。MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。数据的说明书包括生物多聚体的空间结构，这个分子在化学上是如何组织的，以及联系两者的一套指针。利用将化学，序列，和结构信息整合在一起，MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。MMDB的记录以ASN.1格式存储，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage来显示。另外，数据库中类似的结构已经被用VAST确认，新的结构可以用VASTsearch来同数据库进行比较。
Cn3D —“See in 3-D”，一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列—结构或结构—结构同源比较。Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。
VAST—矢量同源比较搜索工具—一个在NCBI开发的计算算法，用于确定相似的蛋白三维结构。每一个结构的“结构邻居”都是预先计算好的，而且可以通过MMDB的结构概要页面的链接访问。这些邻居可以用来确认那些不能被序列比较识别的远的同源性。
VAST 搜索—结构—结构相似搜索服务。比较一个新解出的蛋白结构和在MMDB/PDB数据库中的结构的三维坐标。VAST搜索计算一系列可能会被交互浏览的结构邻居，用分子图形来观察重叠和同源相似。
分类学
NCBI的分类数据库主页—关于分类计划的一般信息，包括分类资源和同NCBI 分类学家合作的外部管理者的列表。
分类浏览器—搜索NCBI的分类数据库，包括大于70000个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。可以检索一个特定种或者更高分类（如属，科）的核酸，蛋白，和结构记录。如果有新物种的序列数据被放到数据库中，这个物种就被加到（分类）数据库中。NCBI的分类数据库的目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
文献数据库概要
PubMed —一个关于生物医药科学的检索系统，包括引用，摘要，和杂志的索引术语。它包括直接由出版商提供给NCBI的文献引用以及链接到在出版商网址上的全文的URLs。 PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。它还包括一些被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志，（这些文章或杂志）由于内容或在某一时期不在索引范围内。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。杂志浏览器—允许你去查找收录到PubMed系统的杂志的名字，MEDLINE的缩写，或ISSN 号码。 PubRef（开发中）—一个关于来自于广大范围的科学杂志的数目记录，和链接到出版商网址的全文。PubRef包含了PubMEd，加上了来自其它学科的杂志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。这个计划的启动是因为NAS要求为科学领域的电子杂志提供一个“白皮书”服务。 PubMed中心（开发中）— PubMed中心是一个无障碍的NIH资源，用于在生命科学领域中同业互查的基础研究报告。从2000年一月开始接受杂志文章。所有在PubMed 中心的材料将由目前任一主要的摘要和索引服务中列出的杂志提供，或者在编辑委员会中拥有3个以上有主要资金机构的研究经费的拥有人的杂志提供。 OMIM —在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录，有链接到其它相关的文献参考，序列记录，和相关数据库。书籍—同书籍出版商合作NCBI 为网络改编了教科书，并把他们链接到PubMed—生物医药书目数据库。这是为了给PubMed提供背景信息，这样使用者可以探究在PubMed搜索结果中不熟悉的概念。目前收录的书有： Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland
Publishing. 外部链接—一个登记服务，用于建立从在Entrez中的特定的文章，杂志，或生物数据到外部网址的链接。第三方可以提供一个URL，资源名字，关于他们网址的简要的描述，和关于从NCBI数据的哪里他们希望建立链接的详细说明。这个详细说明可以用对Entrez有效的布尔查询来写，也可以用特定的文章或序列的标志列表来写。这样NCBI PubMed的用户将可以通过“NCB I小房间”服务（开发中）来选择哪个外部链接在他们的搜索中是可见的。引用匹配—允许你找到任何一篇在PubMed数据库中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID，给出书目信息（杂志，卷，页码等）。单篇文章的引用匹配。许多文章的批量引用匹配。 E-mail引用匹配也是可以的，也可以用于单篇或许多文章。如果要获得帮助文件，给citation_matcher@https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,写一封只有内容为HELP 的E-Mail。
Genomes and Maps Overview
Entrez基因组：人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒，和真核细胞器。
Entrez基因组（各种物种）
Entrez基因组—超过800种在GenBank中被完整测序的物种，包括大于500
种病毒，〉25种细菌，酵母，和许多viroids，质粒，和细胞器。还包括正在进行中的基因组，比如人，小鼠，线虫，疟原虫，果蝇，利什曼原虫，水稻，和玉米。提供完成的基因组/染色体的图形概览，并可以探究那些逐步细化的区域。也提供那些已经被NCBI工作人员分析过的物种的编码区的摘要和TaxTables。另外，Entrez Map Viewer，Entrez基因组的一个软件组成部分，提供整合的果蝇（细胞遗传学和序列图谱）和人类（细胞遗传学，遗传连锁，序列，放射杂交，和其它图谱）的染色体图谱的浏览。
通过每个物种的Entrez基因组页面来下载〈350kb的基因组。
通过NCBI ftp站点来下载〉350kb的基因组—参见在genbank/genomes目录下的readme文件，ftp链接在每个物种的Entrez基因组页面上也有。
NCBI站点地图---Human Genome人类基因组数据介绍
向导
人类基因组资源向导—可用的人类基因组数据资源概览。包括关于人类基因组的公告和进展报告和提供对以前分离的数据的集中访问。
人类基因组序列数据的状态—描述了目前在GenBank中的数据的范围，包括完成的和草图高通量基因组序列数据的讨论。
染色体
人类基因组测序—每一条染色体，概述了人类基因组计划的测序进展（图示和统计）。提供对基因组序列数据的访问，也有链接到参与的国际基因组中心，各种STS图谱，疾病基因信息，和选择出的参考文献。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被显示出来，以表示组成他们的GenBank中的记录的成分，或者那些由e-PCR确定的位于其上的STS标记。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来，组装的办法是用Jang, et al描述的过程，并给于一个NT_*的accession number，作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG 序列的详细说明见HTG网页。
Entrez图谱浏览器—整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分，用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱，以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于20种序列，细胞遗传，遗传连锁，放射杂交，和其它的图谱。Entrez 图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。
FTP —每个染色体都有一个文件目录包含各种格式的完成的基因组contig （NT_*记录）：
hs_chr*.asn ASN.1 格式 (description above)
hs_chr*.fna.gz FASTA 格式(description above)
hs_chr*.gbk.gz GenBank flat file 格式
（目前注解包括STS标记，已知和预期的基因将被在将来几个月中加入）
hs_chr*.gbs GenBank summary 格式
（这个格式不含有序列数据，但是包含一个“CONTIG”字段，表明这个contig 是如何有独立的GenBank记录组装起来的。）
BLAST人类基因组序列数据
BLAST人类染色体—将一个核酸或蛋白序列同已经完成的HTG contig比较。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来，组装的办法是用Jang, et al描述的过程，并给于一个NT_*的accession number，作为RefSeq 计划的一部分。关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页。同人类染色体作BLAST 是人类基因组测序页面的一个组成部分。
BLAST htgs数据库—将一个核酸或蛋白序列同未完成的HTG序列（第0，1，2期）进行比较（关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页）。尽管htgs数据库包含有来自许多物种的序列，你可以使用Advanced BLAST页面来限定你的搜索只在人类。
BLAST gss数据库—将一个核酸或蛋白序列同随机的“单次（测序）阅读”的基因组调查序列比较，如同cosmid/BAC/YAC末端序列，exon trap获得的基因组序列，和Alu PCR序列。尽管gss数据库包含有来自许多物种的序列，你可以使用Advanced BLAST页面来限定你的搜索只在人类。
基因
位点链接（LocusLink）—为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，同名，序列accesssion number，表型，EC号码，OMIM号码，Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组
织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
OMIM —在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录，有链接到其它相关的文献参考，序列记录，和相关数据库。
RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers 用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点
repository/UniGene目录下下载。
序列
人类基因组测序—每一条染色体，概述了人类基因组计划的测序进展（图示和统计）。提供对基因组序列数据的访问，也有链接到参与的国际基因组中心，各种STS图谱，疾病基因信息，和选择出的参考文献。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被显示出来，以表示组成他们的GenBank中的记录的成分，或者那些由e-PCR确定的位于其上的STS标记。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来，组装的办法是用Jang, et al描述的过程，并给于一个NT_*的accession number，作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG 序列的详细说明见HTG网页。
RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers 用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
Entrez —对GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, Swiss-Prot, and PDB数据库中的核酸和蛋白序列数据提供整合的访问，同时提供对3D蛋白结构，
基因组图谱信息和PubMed MEDLINE的访问。Entrez包含了对每个数据库记录的预先计算好的相似搜索，产生一个相关序列，结构，和MEDLINE记录的表。包括了来自〉70000个物种的序列数据，可以用物种字段来限制记录只在人类搜索。
UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点
repository/UniGene目录下下载。
DbEST —表达序列标签数据库—短的（300—500bp）的cDNA序列，代表mRNA 的单次（测序）阅读。常常有大量的EST被测序，并代表了在一个给定的组织或一个给定的发育阶段的基因表达的快照。同时包含了由CGAP计划产生的ESTs，和来自差异显示及RACE实验的序列。
克隆
克隆登记—由多方人类基因组测序中心使用的数据库，用来记录哪些克隆已经被选来测序，哪些正在被测序，哪些已经完成，哪些已经被送到GenBank中去了。包括BACs, PACs, cosmids, fosmids。使用统一的克隆名字表示克隆在微量板上的位置（板号，行，和列），位置前面加上库的缩写，来产生唯一的名字。包括了克隆定购的信息。
基因组图谱
Entrez基因组—链接到人类基因组测序站点的人类染色体视图。Entrez基因组同时包括了一个人类线粒体的视图（通过真核细胞器来访问），可以查看完整情况或查看逐步详细的信息。
Entrez图谱浏览器—整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分，用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱，以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件
中有关于20种序列，细胞遗传，遗传连锁，放射杂交，和其它的图谱。Entrez 图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。
GeneMap’99 —〉35000个人类基因标记的物理图谱，由国际放射杂交图谱联合用一致的RH试剂和方法建成。提供了突出了染色体上关键标志（富含基因区）的框架，从而加速了测序，代表了超过100名科学家的国际合作努力。
NCBI RH图谱— NCBI整合的RH图谱，包括来自GeneMap’99的G3和GB4的RH单子上的23723个标记。这些标记相对于1084个框架标记（一个G3和GB4
共同的子集）被绘制。所有的标记被统一在GB4的尺度上。R. Agarwala et al.的文章提供了详细的整合策略，以及评估整合图谱质量的方法。
Mitelman癌症染色体变异摘要—由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson 建立的基因组范围的人类癌症中染色体断裂位点图谱。参见Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
OMIM基因图—被报道的和被许多定位方法决定的基因的细胞遗传位点。可以用基因代号或细胞遗传染色体位点来搜索。可以从OMIM页面上访问。
OMIM致病图—按字母排列的疾病和相应的细胞遗传图位点，链接到OMIM的条目。可以从OMIM页面访问。
人类/小鼠同源图—University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一张比较人和老鼠在同源区段DNA上基因的表，按在每个基因组上的位置排列。
绘制的标记
dbSTS —序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，因而可以确定在物理图谱上的特定位置。
电子PCR（e-PCR）—找到一个查询序列的假设位点图。用于在DNA序列上发现STS位点计算过程。
GeneMap’99 —〉35000个人类基因标记的物理图谱，由国际放射杂交图谱联合用一致的RH试剂和方法建成。提供了突出了染色体上关键标志（富含基因区）的框架，从而加速了测序，代表了超过100名科学家的国际合作努力。
人类基因组测序—绘制的标记已经用e-PCR自动被放到完成的HTG序列组成的contig上。标记来源于dbSTS, GeneMap'99（基于基因的标记），Stanford G3 RH 单子（又有基因标记也有非基因标记），Whitehead GB4 RH单子和YAC图谱（又有基因标记也有非基因标记），Genethon遗传图谱，和一些染色体特异的图谱，如NHGRI的7号染色体图谱，Washington University的X染色体图谱。
OMIM基因图—被报道的和被许多定位方法决定的基因的细胞遗传位点。可以用基因代号或细胞遗传染色体位点来搜索。可以从OMIM页面上访问。
基因表达
CGAP cDNA表达谱—在UniGene簇和cDNA库中的ESTs分布。可以在CGAP页面上访问。
SAGEmap —CGAP SAGE（Serial Analysis of Gene Expression）库的差异显示。也包含了对在人类GenBank记录中的SAGE标签的完整分析，在人类GenBank记录中一个UniGene的标志被分配给了每个含有一个SAGE标签的人类序列
遗传变异
dbSNP —单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。DbSNP包含种族特异的频率和基因型数据，实验条件，分子上下文，及中性多态和临床变异的定位信息。
OMIM —在线人类孟德尔遗传—约900个OMIM记录的等位变异。为了查看这些OMIM记录的列表，在等位变异字段上搜索“0001”。或者，把一个疾病的名字同“0001”放到一起。如：Gaucher & 0001。
位点特异突变数据库—从OMIM主页和相关的LocusLink条目链接到许多外部数据库。
失调
基因和疾病—介绍遗传因素和人类疾病的关系。有约60种遗传疾病的概要信息，以及链接到相关数据库和组织。
Mitelman癌症染色体变异摘要—由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson 建立的基因组范围的人类癌症中染色体断裂位点图谱。参见Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
OMIM —在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录，有链接到其它相关的文献参考，序列记录，和相关数据库。
OMIM Morbid Map - alphabetical listing of diseases and corresponding cytogenetic map locations, with links to OMIM entries. Accessible from OMIM page (see Genes).
OMIM致病图—按字母排列的疾病和相应的细胞遗传图位点，链接到OMIM的条目。可以从OMIM页面访问。
癌症研究
CCAP —癌症染色体变异计划—计划用来加速同恶性转移相关的显著染色体变异的定义和详细的特征描述。
CGAP —癌症基因组剖析计划—交叉学科项目，目的是基于cDNA库，鉴定在不同癌症阶段的人类基因表达，和决定正常，癌前和恶性细胞的分子表达谱。是NCI，NCBI和其它许多实验室的合作。
Mitelman癌症染色体变异摘要—由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson 建立的基因组范围的人类癌症中染色体断裂位点图谱。参见Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
SAGE分析—在癌症库中的SAGE标签的差异表达
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍
小鼠基因组
小鼠基因组资源向导—把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。
小鼠基因组测序—小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由测序中心的数据建立，可以contig或染色体的形式来下载。
小鼠UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
位点链接（LocusLink）—为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
Entrez —包括了来自〉70000个物种的序列数据，可以用物种字段来限制记录只在小鼠搜索。
人类/小鼠同源图—University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一张比较人和老鼠在同源区段DNA上基因的表，按在每个基因组上的位置排列。
大鼠基因组
大鼠UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点
repository/UniGene目录下下载
位点链接（LocusLink）—为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
斑马鱼基因组
斑马鱼UniGene—被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
位点链接（LocusLink）—为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
果蝇基因组
黑腹果蝇主页—提供所有可使用的果蝇资源的概要，用图形的方式显示了染色体，允许你通过Entrez基因组浏览器的方法来搜索整个基因组的细胞遗传和序列信息。Entrez基因组提供了对于一个物种一致的遗传，物理，和序列数据的图形界面。当你用一个基因的代号来搜索时，它给出搜索结果的一个图形的基因组视图，从那你可以放大到你所感兴趣的区域的更详细的图谱视图，并且链接到序列数据和包含更多信息的相关资源。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】
N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一
ncbi中文说明书
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url]https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。
ncbi中查找基因序列的方法和三个登录号
ncbi中查找基因序列的方法和三个号码 一．例子：查找酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）里的海藻糖合成酶基因（tps1） 即可出现很多条目，找到Saccharomyces cerevisiae的就是NC_001134了，点击后就进入该基因所在染色体的界面了，再在“编辑”中“查找”tps1就可以看该基因所在的位置，再点击CDS或者GeneID:852423都可以出现相关链接！ 当然，如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_009684.1或者GeneID:852423，那分别在Search后选择Protein或者Gene也可以出现相关链接！ 二．基因CDS区界面的3个号码 https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,/entrez/viewer.fcgi?val=50593115&from=488899&to=490386& view=gbwithparts 找到后，我发现该界面有3个标记，一个是NC_001134 ，其次是gi:50593115，最后是FEATURES中的gene中的/db_xref= “GeneID:852423”，他们分别是什么号码，用在什么地方呢？尝试中，终于发现， 在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是NC_001134，最终go 到该基因所在染色体全长序列的信息，所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧？ 在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是50593115，最终go到该基因所在染色体全长序列的信息，所以50593115应该是该染色体的号吧？ 在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到该基因的信息，所以852423应该是该基因的登录号吧？所以我们如果要记住目的基因在ncbi中的位置就记住这个GeneID！ 其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦，不说了。 我们在文献中查到的基因往往给的是Gene ID 三．引物设计第一步--找编码序列的方法 在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到目的基因的信息
ncbi的使用方法
NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册 作者：未知来源：中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间：2006-12-27 NCBI 资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI 站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins （COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立
法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分 析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能 的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain 和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件
PUBMED使用说明
第一章进入PubMed魔法学校——PubMed 概述 无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 进入PubMed的主界面后，首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和“Advanced search”功能键。这是PubMed的核心部分。在主界面的下方有： ● Journals Database：收录的学术期刊数据库。 ● MeSH Database：检索MeSH数据库。 ● Single Citation Matcher：单引文匹配，输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。 ● Batch Citation Matcher：用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 ● Clinical Queries：这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4 个范围：治疗、诊断、病原学与预后。 ● Topic-Specific Queries：特定主题的查询。 Related Resources ● Order Documents可以使用户在当地得到文献的全文，但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我将在后面的有关章节中详述。 ● Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提供MEDLI NE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 ● Consumer Health提供与MEDLINE plus的链接，MEDLINE plus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。 ● Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。利用左侧框的这些服务，我们不仅能够进行功能更加强大的检索，而且还能得到不少非常有用的服务。这些都将在后续章节中介绍。 在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握PubMed，从而使自己的工作事半功倍。 第二章 PUBMED简单检索技巧
NCBI资源介绍及使用手册
NCBI资源介绍及使用手册 NCBI资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了
在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件 在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。 GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合
NCBI_功能详细介绍
GenBank Overview 基本信息 ?什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。 ?纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 ?访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 ?增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。 ?公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 ?公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。 ?遗传密码- 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。（向）GenBank提交（数据） ?关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 ?BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） ?Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）?ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE 实验的cDNA序列。 ?GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。 ?HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。） ?STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 ?注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。 国际核苷酸序列数据库合作组织 ?GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。 ?DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
一步一步教你使用NCBI
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等 作者：urbest 2007-8-1 苏州大学生命科学学院
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下NCBI的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用STS查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、 启动子（Promoter） 下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Map viewer页面，网址为：https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 2．点击“GO”出现如下页面：
Cn3D 4.1中文使用手册
Cn3D 4.1中文使用手册 这是Cn3D 4.1 的使用手册。希望能够向初次使用或是曾经使用过Cn3D 的用户提供一个关于本软件的基本特点的指导。新用户可能希望通过阅读这篇文档来学习如何使用Cn3D,而有经验的用户则可以通过上面的目录和超连接直接跳转到自己感兴趣的章节。 本手册并不是对程序功能的详尽的介绍。在Cn3D 的安装程序里包含有关于 Cn3D 的用户界面和详细功能介绍的帮助文档。—见Cn3D_Commands.chm。 Cn3D 的基本功能 Cn3D 是一个生物分子的三维结构、序列以及序列比对结果的可视化工具。Cn3D 可以将结构与序列的信息紧密的联系起来，这是它与其它软件的一个重要的区别：例如，一名科学家可以很快的从晶体结构中找出与导致已知疾病的突变相关的残基，或是保留同源序列家族的活性位点的残基。Cn3D 可以通过基于结构的序列比较来显示生物分子结构之间的比较，从而了解相关蛋白的那一个结构域在结构与序列上表现得更为保守。同时，可以自定义标签的特性，高品质的OpenGL 的画质，还有多样的文件输出格式，都使得Cn3D 成为文献注释的强大工具。Cn3D 的特色就是通过网络浏览器来作为NCBI 的Entrez 系统的一个辅助工具，但是它也可以作为一个独立的程序来使用。 在版本 4 当中，Cn3D 已经是一个完整的多序列比较编辑器了，除此之外，还包括一条已知序列和其他序列或是其他结构进行比较的算法。你可以新建一个比对结果或是评价一个已有的结果。Cn3D 可以被用来作为比较CDD project内容的基本的辅助工具。（保守结构域数据库） 下载和安装Cn3D Cn3D 可以应用于Windows，Macintosh，和各种UNIX 平台。这几页将说明如何下载和安装Cn3D，并且如何配置网络浏览器来使用Cn3D。 文档约定 Cn3D 的屏幕界面和序列窗体提供各种形式的示例；他们以极小的图片链接到大图。注意最大的图像是以PNG 格式存储的—这依靠所使用的浏览器，浏览这种格式的文件需要一个支持PNG 的辅助程序。Cn3D 的Windows 版可以用来创建这类图像，但是除了平台的用户界面和窗体变框外，图像基本上在任何平台上都是一样的。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST：下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。
DNAStar中文说明书
DNAStar中文使用说明书 编者：宋晨 一、EditSeq......................................................................................................................................2 三、 MapDraw................................................................................................................................23 四、MegAlign................................................................................................................................32 五、 PrimerSelect............................................................................................................................42 六、Protean....................................................................................................................................54 七、 SeqMan II 开始 (64) https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html, 生物秀－专心做生物！生 物 秀
PubMed中文使用手册
PubMed中文使用手册 （一）PubMed简介： PubMed是美医学图书馆(NLM)下属的生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。 PubMed是NCBI Entrez数个数据库查询系统下中的一个。 PubMed是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。 PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。 PubMed提供与综合分子生物学数据库的与接入服务，这个数据库归NCBI 所有，其容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
（二）页面介绍:（更新很快，但其容变化一般不大） 在你的浏览器中的URL地址框中健 入https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,/pubmed/ 并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图： 1. 主页面左侧框的介绍（注：Cubby和tutorial为最新加 入的） MeSh Browser你可以用它来分层浏览MesH表 Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的容。
Batch Citation Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个围：治疗、诊断、病原学与预后。 Old PubMed(使用以前的PubMed查询方式) 关于每一项的具体使用方法,后面将会有详细介绍。 Related Resources Order Documents提供一种收费性质服务，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝（费用与发送方式各不相同）。 Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 Consumer Health提供与MEDLINE plus的，MEDLINE plus是与消费者健康信息相关的医学图书馆的网络节点。 Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。 2.主页面底部的介绍 Disclaimer 在这里可以得到的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。 Write to the Help Desk发e-mail给NLM消费者服务部。 NCBI|NLM|NIH这里是对创建和维护PubMed的机构网页。 下面将举例说明查询的主体部分，也就是页面上部的使用方法。
mega使用手册
MEGA软件的使用 引言 现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。 因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。 Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。 Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。 Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。Mega软件可以计算个体之间的遗传距离，还可估算群体间的遗传差异，及群体间的净遗传距离；而其还可以估算一个群体或整个样本的基因分歧度的大小。另外Mega还提供了多种构建分子系统树的方法，包括算术平均的不加权对群法（UPGMA，unweighted pair group method with arithmetic mean），邻接法（NJ，Neighbor-Joining），最大简约法（MP，Maximum Parsimony）、最小进化法（ME，Minimum Evolution）等。在此基础上，Mega软件还提供了对已构建系统树的检验，包括自展法（Bootstrap Method）检验和内部分支检验等。在对于自然选择方面，Mega软件提供了Codon-Based Z 检验、Codon-Based Fisher`s 原样检验t和Tajima中性检验三种方法。总之，Mega 软件提供了构建分子系统树，进行系统发育分析各个方面的计算和分析。 本章将以古DNA数据分析为例，介绍Mega软件的基本原理和方法、使用和操作、以及相关结果的分析。 Mega软件包的下载网址为：https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,
Primer_Primer_6说明书
Introduction to Primer Premier 1/2 Introduction to Primer Premier Primer Premier is the most comprehensive tool for designing and analyzing PCR primers. Primer Premier 6 designs primers for standard PCR. It automatically interprets the BLAST search results and utilizes a proprietary algorithm to check for possible secondary structures. Homologies and structures are avoided for designing highly specific and efficient primers. Search algorithm finds optimal PCR, multiplex and SNP genotyping primers with the most accurate melting temperature using the nearest neighbor algorithm. Primers are screened for secondary structures, dimers, hairpins, homologies and physical properties before reporting the best ones for your sequence, in a ranked order Primer Premier provides the following major functionalities: Primer design Optimal primers - designs primers free of dimers, repeats and runs. Multiplexing - Pools of primers are checked for cross homologies to reduce primer dimer. Allele Discrimination - designs primers for detection of both wild and mutant alleles. SNP amplification - designs SNP flanking primers to amplify SNPs. Multiplex primers - checks primers for cross reactivity preventing competition in multip lex reactions. Evaluate pre-designed primers - allows the use of previously designed or published primers of standard PCR assays. Designs a compatible primer given an antisense or sense primer. Avoid cross homology - ensures specificity by automatically avoiding homologies found using BLAST. Primer and amplicon BLAST search - BLAST searches primers and amplicons to verify specificity of the design. BLAST search - BLAST searches the entire sequence, designed primers and amplicon to visualize specificity. BIAS T database - searches local custom databases using StandAlone or Desktop BLAST or connects directly to the NCBI server for public databases. Repeat and low complexity regions - optimizes BLAST search parameters to detect repeats and low complexity regions while searching the genomic databases available at NCBI. BLAST result view - provides result view for BLAST searched on the sequence, primer-
怎么使用NCBI[1]
怎么使用NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url][/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick 和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。
DNASTAR中文使用说明书
从EditSeq开始 EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。 EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制 、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。 序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。 如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,，或者经https://www.wendangku.net/doc/1a10131271.html,. 内容 打开已有序列23 寻找开放读框24 DNA序列翻译24 遗传密码选择使用25 遗传密码修改25 序列的反向互补及反向转换26 BLAST检索27 序列信息查看28 序列校读29 序列的保存与输出29 打开已有序列 我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。 假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用Set Ends命令去除5’和3’污染序列。l 从文件菜单（FILE MENU），选择Open。 l 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。