GATK使用方法详解-plob最详尽说明书

GATK使用方法详解

一、使用GATK前须知事项：

（1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验设计（RNA-Seq）的分析方法。

（2）GATK是一个应用于前沿科学研究的软件，不断在更新和修正，因此，在使用GATK进行变异检测时，最好是下载最新的版本，目前的版本是2.8.1（2014-02-25）。下载网站：https://www.wendangku.net/doc/1d13224189.html,/gatk/download。

（3）在GATK使用过程中（见下面图），有些步骤需要用到已知变异信息，对于这些已知变异，GATK只提供了人类的已知变异信息，可以在GATK的FTP 站点下载（GATK resource bundle）。如果要研究的不是人类基因组，需要自行构建已知变异，GATK提供了详细的构建方法。

（4）GATK在进行BQSR和VQSR的过程中会使用到R软件绘制一些图，因此，在运行GATK之前最好先检查一下是否正确安装了R和所需要的包，所需要的包大概包括ggplot2、gplots、bitops、caTools、colorspace、gdata、gsalib、reshape、RColorBrewer等。如果画图时出现错误，会提示需要安装的包的名称。

二、GATK的使用流程

GATK最佳使用方案：共3大步骤，即:

原始数据的处理 --> 变异检测--> 初步分析。

原始数据的处理

1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping）

对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。

Bwa比对步骤大致如下：

（1）对参考基因组构建索引：

例子：bwa index -a bwtsw hg19.fa。

构建索引时需要注意的问题：bwa构建索引有两种算法，两种算法都是基于BWT 的，这两种算法通过参数-a is 和-a bwtsw进行选择。其中-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的，必须要大于等于10Mb；-a is是默认参数，这个参数不适用于大的参考序列，必须要小于等于2G。

（2）寻找输入reads文件的SA坐标。

对于pair end数据，每个reads文件单独做运算，single end数据就不用说了，只有一个文件。

pair end：

bwa aln hg19.fa read1.fq.gz -t 4 -I > read1.fq.gz.sai

bwa aln hg19.fa read2.fq.gz -t 4 -I > read2.fq.gz.sai

single end：

bwa aln hg19.fa read.fq.gz -l 30 -k 2 -t 4 -I > read.fq.gz.sai

主要参数说明：

-o int：允许出现的最大gap数。

-e int：每个gap允许的最大长度。

-d int：不允许在3’端出现大于多少bp的deletion。

-i int：不允许在reads两端出现大于多少bp的indel。

-l int：Read前多少个碱基作为seed，如果设置的seed大于read

长度，将无法继续，最好设置在25-35，与-k 2 配合使用。

-k int：在seed中的最大编辑距离，使用默认2，与-l配合使用。

-t int：要使用的线程数。

-R int：此参数只应用于pair end中，当没有出现大于此值的最

佳比对结果时，将会降低标准再次进行比对。增加这个值可以提高

配对比对的准确率，但是同时会消耗更长的时间，默认是32。

-I int：表示输入的文件格式为Illumina 1.3+数据格式。

-B int：设置标记序列。从5’端开始多少个碱基作为标记序列，

当-B为正值时，在比对之前会将每个read的标记序列剪切，并将

此标记序列表示在BC SAM 标签里，对于pair end数据，两端的

标记序列会被连接。

-b ：指定输入格式为bam格式。这是一个很奇怪的功能，就是对

其它软件的bam文件进行重新比对的意思

bwa aln hg19.fa read.bam > read.fq.gz.sai

（3）生成sam格式的比对文件。如果一条read比对到多个位置，会随机选择一种。

例子：single end：

bwa samse hg19.fa read.fq.gz.sai read.fq.gz > read.fq.gz.sam

参数：

-n int：如果reads比对次数超过多少次，就不在XA标签显示。

-r str：定义头文件。‘@RG\tID:foo\tSM:bar’，如果在此步骤

不进行头文件定义，在后续GATK分析中还是需要重新增加头文件。

pair end：

bwa sampe -a 500 read1.fq.gz.sai read2.fq.gz.sai read1.fq.gz read2.fq.gz > read.sam

参数：

-a int：最大插入片段大小。

-o int：pair end两reads中其中之一所允许配对的最大次数，

超过该次数，将被视为

single end。降低这个参数，可以加快运算速度，对于少于30bp

的read，建议降低-o值。

-r str：定义头文件。同single end。

-n int：每对reads输出到结果中的最多比对数。

对于最后得到的sam文件，将比对上的结果提取出来（awk即可处理），即可直接用于GATK的分析。

注意：由于GATK在下游的snp-calling时，是按染色体进行call-snp的。因此，在准备原始sam文件时，可以先按染色体将文件分开，这样会提高运行速度。但是当数据量不足时，可能会影响后续的VQSR分析，这是需要注意的。

2. 对sam文件进行进行重新排序（reorder）

由BWA生成的sam文件时按字典式排序法进行的排序（lexicographically）进行排序的（chr10，chr11…chr19，chr1，chr20…chr22，chr2，chr3…chrM，chrX，chrY），但是GATK在进行callsnp的时候是按照染色体组型（karyotypic）进行的（chrM，chr1，chr2…chr22，chrX，chrY），因此要对原始sam文件进行reorder。可以使用picard-tools中的ReorderSam完成。

eg.

java -jar picard-tools-1.96/ReorderSam.jar

I=hg19.sam

O=hg19.reorder_00.sam

REFERENCE=hg19.fa

注意：

1) 这一步的头文件可以人工加上，同时要确保头文件中有的序号在下面序列中也有对应的。虽然在GATK网站上的说明chrM可以在最前也可以在最后，但是当把chrM放在最后时可能会出错。

2) 在进行排序之前，要先构建参考序列的索引。

e.g. samtools faidx hg19.fa。最后生成的索引文件：hg19.fa.fai。

3) 如果在上一步想把大文件切分成小文件的时候，头文件可以自己手工加上，之后运行这一步就好了。

3. 将sam文件转换成bam文件（bam是二进制文件，运算速度快）

这一步可使用samtools view完成。

e.g. samtools view -bS hg19.reorder_00.sam -o hg19.sam_01.bam

4. 对bam文件进行sort排序处理

这一步是将sam文件中同一染色体对应的条目按照坐标顺序从小到大进行排序。可以使用picard-tools中SortSam完成。

e.g.

java -jar picard-tools-1.96/SortSam.jar

INPUT=hg19.sam_01.bam

OUTPUT=hg19.sam.sort_02.bam

SORT_ORDER=coordinate

5. 对bam文件进行加头（head）处理

GATK2.0以上版本将不再支持无头文件的变异检测。加头这一步可以在BWA

比对的时候进行，通过-r参数的选择可以完成。如果在BWA比对期间没有选择-r参数，可以增加这一步骤。可使用picard-tools中AddOrReplaceReadGroups完成。

e.g.

java -jar picard-tools-1.96/AddOrReplaceReadGroups.jar

I=hg19.sam.sort_02.bam

O=hg19.reorder.sort.addhead_03.bam

ID=hg19ID

LB=hg19ID

PL=illumine

PU=hg19PU

SM=hg19

ID str：输入reads集ID号；LB：read集文库名；PL：测序平台（illunima或solid）；PU：测序平台下级单位名称（run的名称）；SM：样本名称。

注意：这一步尽量不要手动加头，本人尝试过多次手工加头，虽然看起来与软件加的头是一样的，但是程序却无法运行。

6. Merge

如果一个样本分为多个lane进行测序，那么在进行下一步之前可以将每个lane 的bam文件合并。

e.g.

java -jar picard-tools-1.70/MergeSamFiles.jar

INPUT=lane1.bam

INPUT=lane2.bam

INPUT=lane3.bam

INPUT=lane4.bam

……

INPUT=lane8.bam

OUTPUT=sample.bam

7. Duplicates Marking

在制备文库的过程中，由于P CR扩增过程中会存在一些偏差，也就是说有的序列会被过量扩增。这样，在比对的时候，这些过量扩增出来的完全相同的序列就会比对到基因组的相同位置。而这些过量扩增的reads并不是基因组自身固有序列，不能作为变异检测的证据，因此，要尽量去除这些由PCR扩增所形成的duplicates，这一步可以使用picard-tools来完成。去重复的过程是给这些序列设置一个flag以标志它们，方便GATK的识别。还可以设置

REMOVE_DUPLICATES=true 来丢弃duplicated序列。对于是否选择标记或者删除，对结果应该没有什么影响，GATK官方流程里面给出的例子是仅做标记不删除。这里定义的重复序列是这样的：如果两条reads具有相同的长度而且比对到了基因组的同一位置，那么就认为这样的reads是由PCR扩增而来，就会被GATK标记。

e.g.

java -jar picard-tools-1.96/MarkDuplicates.jar

REMOVE_DUPLICATES= false

MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=8000

INPUT=hg19.reorder.sort.addhead_03.bam

OUTPUT=hg19.reorder.sort.addhead.dedup_04.bam

METRICS_FILE=hg19.reorder.sort.addhead.dedup_04.metrics

注意：dedup这一步只要在library层面上进行就可以了，例如一个sample如果建了多个库的话，对每个库进行dedup即可，不需要把所有库合成一个sample 再进行dedup操作。其实并不能准确的定义被mask的reads到底是不是duplicates，重复序列的程度与测序深度和文库类型都有关系。最主要目的就是尽量减小文库构建时引入文库的PCR bias。

8. 要对上一步得到的结果生成索引文件

可以用samtools完成，生成的索引后缀是bai。

e.g.

samtools index hg19.reorder.sort.addhead.dedup_04.bam

9.Local realignment around indels

这一步的目的就是将比对到indel附近的reads进行局部重新比对，将比对的错误率降到最低。一般来说，绝大部分需要进行重新比对的基因组区域，都是因为插入/缺失的存在，因为在indel附近的比对会出现大量的碱基错配，这些碱基的错配很容易被误认为SNP。还有，在比对过程中，比对算法对于每一条read 的处理都是独立的，不可能同时把多条reads与参考基因组比对来排错。因此，即使有一些reads能够正确的比对到indel，但那些恰恰比对到indel开始或者结束位置的read也会有很高的比对错误率，这都是需要重新比对的。Local realignment就是将由indel导致错配的区域进行重新比对，将indel附近的比对错误率降到最低。

主要分为两步：

第一步，通过运行RealignerTargetCreator来确定要进行重新比对的区域。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-R hg19.fa

-T RealignerTargetCreator

-I hg19.reorder.sort.addhead.dedup_04.bam

-o hg19.dedup.realn_06.intervals

-known Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.vcf

-known 1000G_phase1.indels.hg19.vcf

参数说明：

-R：参考基因组；

-T：选择的GATK工具；

-I：输入上一步所得bam文件；

-o：输出的需要重新比对的基因组区域结果；

-maxInterval：允许进行重新比对的基因组区域的最大值，不能

太大，太大耗费会很长时间，默认值500；

-known：已知的可靠的indel位点，指定已知的可靠的indel位

点，重比对将主要围绕这些位点进行，对于人类基因组数据而言，

可以直接指定GATK resource bundle里面的indel文件（必须是

vcf文件）。

对于known sites的选择很重要，GATK中每一个用到known sites的工具对于known sites的使用都是不一样的，但是所有的都有一个共同目的，那就是分辨真实的变异位点和不可信的变异位点。如果不提供这些known sites的话，这些统计工具就会产生偏差，最后会严重影响结果的可信度。在这些需要知道known sites的工具里面，只有UnifiedGenotyper和HaplotypeCaller对known sites没有太严格的要求。

如果你所研究的对象是人类基因组的话，那就简单多了，因为GATK网站上对如何使用人类基因组的known sites做出了详细的说明，具体的选择方法如下表，这些文件都可以在GATK resource bundle中下载。

Tool dbSNP 129dbSNP >132Mills

indels

1KG indels HapMap Omni

RealignerTargetCreator X X IndelRealigner X X

BaseRecalibrator X X X

(UnifiedGenotyper/

X

HaplotypeCaller)

VariantRecalibrator X X X X VariantEval X

但是如果你要研究的不是人类基因组的话，那就有点麻烦了，

https://www.wendangku.net/doc/1d13224189.html,/gatk/guide /article?id=1243，这个网站上是做非人类基因组时，大家分享的经验，可以参考一下。这个known sites如果实在没有的话，也是可以自己构建的：首先，先使用没有经过矫正的数据进行一轮SNP

calling；然后，挑选最可信的SNP位点进行BQSR分析；最后，在使用这些经过BQSR的数据进行一次真正的SNP calling。这几步可能要重复好多次才能得到可靠的结果。

第二步，通过运行IndelRealigner在这些区域内进行重新比对。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-R hg19.fa

-T IndelRealigner

-targetIntervals hg19.dedup.realn_06.intervals

-I hg19.reorder.sort.addhead.dedup_04.bam

-o hg19.dedup.realn_07.bam

-known Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.vcf

-known 1000G_phase1.indels.hg19.vcf

运行结束后，生成的hg19.dedup.realn_07.bam即为最后重比对后的文件。

注意：

1. 第一步和第二步中使用的输入文件（bam文件）、参考基因组和已知indel文

件必须是相同的文件。

2. 当在相同的基因组区域发现多个indel存在时，这个工具会从其中选择一个最

有可能存在比对错误的indel进行重新比对，剩余的其他indel不予考虑。

3. 对于454下机数据，本工具不支持。此外，这一步还会忽略bwa比对中质量值为0的read以及在CIGAR信息中存在连续indel的reads。

10.Base quality score recalibration

这一步是对bam文件里reads的碱基质量值进行重新校正，使最后输出的bam文件中reads中碱基的质量值能够更加接近真实的与参考基因组之间错配的概率。这一步适用于多种数据类型，包括illunima、solid、454、CG等数据格式。在GATK2.0以上版本中还可以对indel的质量值进行校正，这一步对indel calling 非常有帮助

举例说明，在reads碱基质量值被校正之前，我们要保留质量值在Q25以上的碱基，但是实际上质量值在Q25的这些碱基的错误率在1%，也就是说质量值只有Q20，这样就会对后续的变异检测的可信度造成影响。还有，在边合成边测序的测序过程中，在reads末端碱基的错误率往往要比起始部位更高。另外，AC 的质量值往往要低于TG。BQSR的就是要对这些质量值进行校正。

BQSR主要有三步：

第一步：利用工具BaseRecalibrator，根据一些known sites，生成一个校正质量值所需要的数据文件，GATK网站以“.grp”为后缀命名。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-T BaseRecalibrator

-R hg19.fa

-I ChrALL.100.sam.dedup.realn.07.bam

-knownSites dbsnp_137.hg19.vcf

-knownSites Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.vcf

-knownSites 1000G_phase1.indels.hg19.vcf

-o ChrALL.100.sam.recal.08-1.grp

第二步：利用第一步生成的ChrALL.100.sam.recal.08-1.grp来生成校正后的数据文件，也是以“.grp”命名，这一步主要是为了与校正之前的数据进行比较，最后生成碱基质量值校正前后的比较图，如果不想生成最后BQSR比较图，这一步可以省略。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-T BaseRecalibrator

-R hg19.fa

-I ChrALL.100.sam.dedup.realn.07.bam

-BQSR ChrALL.100.sam.recal.08-1.grp

-o GATK/hg19.recal.08-2.grp

-knownSites dbsnp_137.hg19.vcf

-knownSites Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.vcf

-knownSites 1000G_phase1.indels.hg19.vcf

第三步：利用工具PrintReads将经过质量值校正的数据输出到新的bam文件中，用于后续的变异检测。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-T PrintReads

-R hg19.fa

-I ChrALL.100.sam.dedup.realn.07.bam

-BQSR ChrALL.100.sam.recal.08-1.grp

-o ChrALL.100.sam.recal.08-3.grp.bam

主要参数说明：

-bqsrBAQGOP：BQSR BAQ gap open 罚值，默认值是40，如果是对

全基因组数据进行BQSR分析，设置为30会更好。

-lqt：在计算过程中，该算法所能考虑的reads两端的最小质量

值。如果质量值小于该值，计算过程中将不予考虑，默认值是2。

注意：

（1）当bam文件中的reads数量过少时，BQSR可能不会正常工作，

GATK网站建议base数量要大于100M才能得到比较好的结果。

（2）除非你所研究的样本所得到的reads数实在太少，或者比对

结果中的mismatch基本上都是实际存在的变异，否则必须要进行

BQSR这一步。对于人类基因组，即使有了dbSNP和千人基因组的

数据，还有很多mismatch是错误的。因此，这一步能做一定要做。

11. 分析和评估BQSR结果

这一步会生成评估前后碱基质量值的比较结果，可以选择使用图片和表格的形式展示。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-T AnalyzeCovariates

-R hg19.fa

-before ChrALL.100.sam.recal.08-1.grp

-after ChrALL.100.sam.recal.08-2.grp

-csv ChrALL.100.sam.recal.grp.09.csv

-plots ChrALL.100.sam.recal.grp.09.pdf

参数解释：

-before：基于原始比对结果生成的第一次校对表格。

-after：基于第一次校对表格生成的第二次校对表格。

-plots：评估BQSR结果的报告文件。

-csv：生成报告中图标所需要的所有数据。

12.Reduce bam file

这一步是使用ReduceReads这个工具将bam文件进行压缩，生成新的bam文件，新的bam文件仍然保持bam文件的格式和所有进行变异检测所需要的信息。这样不仅能够节省存储空间，也方便后续变异检测过程中对数据的处理。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-T ReduceReads

-R hg19.fa

-I ChrALL.100.sam.recal.08-3.grp.bam

-o ChrALL.100.sam.recal.08-3.grp.reduce.bam

到此为止，GATK流程中的第一大步骤就结束了，完成了variants calling所需要的所有准备工作，生成了用于下一步变异检测的bam文件。

变异检测

1. Variant Calling

GATK在这一步里面提供了两个工具进行变异检测——UnifiedGenotyper和HaplotypeCaller。其中HaplotypeCaller一直还在开发之中，包括生成的结果以及计算模型和命令行参数一直在变动，因此，目前使用比较多的还是UnifiedGenotyper。此外，HaplotypeCaller不支持Reduce之后的bam文件，因此，当选择使用HaplotypeCaller进行变异检测时，不需要进行Reduce reads。UnifiedGenotyper是集合多种变异检测方法而成的一种Variants Caller，既可以用于单个样本的变异检测，也可以用于群体的变异检测。UnifiedGenotyper使用贝叶斯最大似然模型，同时估计基因型和基因频率，最后对每一个样本的每一个变异位点和基因型都会给出一个精确的后验概率。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-glm BOTH

-l INFO

-R hg19.fa

-T UnifiedGenotyper

-I ChrALL.100.sam.recal.08-3.grp.reduce.bam

-D dbsnp_137.hg19.vcf

-o ChrALL.100.sam.recal.10.vcf

-metrics ChrALL.100.sam.recal.10.metrics

-stand_call_conf 10

-stand_emit_conf 30

上述命令将对输入的bam文件中的所有样本进行变异检测，最后生成一个vcf

文件，vcf文件中会包含所有样本的变异位点和基因型信息。但是现在所得到的结果是最原始的、没有经过任何过滤和校正的Variants集合。这一步产生的变异位点会有很高的假阳性，尤其是indel，因此，必须要进行进一步的筛选过滤。这一步还可以指定对基因组的某一区域进行变异检测，只需要增加一个参数-L：target_interval.list，格式是bed格式文件。

主要参数解释：

-A：指定一个或者多个注释信息，最后输出到vcf文件中。

-XA：指定不做哪些注释，最后不会输出到vcf文件中。

-D：已知的snp文件。

-glm：选择检测变异的类型。SNP表示只进行snp检测；INDEL表示只对indel 进行检测；BOTH表示同时检测snp和indel。默认值是SNP。

-hets：杂合度的值，用于计算先验概率。默认值是0.001。

-maxAltAlleles：容许存在的最大alt allele的数目，默认值是6。这个参数要特别注意，不要轻易修改默认值，程序设置的默认值几乎可以满足所有的分析，如果修改了可能会导致程序无法运行。

-mbq：变异检测时，碱基的最小质量值。如果小于这个值，将不会对其进行变异检测。这个参数不适用于indel检测，默认值是17。

-minIndelCnt：在做indel calling的时候，支持一个indel的最少read数量。也就是说，如果同时有多少条reads同时支持一个候选indel时，软件才开始进

行 indel calling。降低这个值可以增加indel calling的敏感度，但是会增加耗费的时间和假阳性。

-minIndelFrac：在做indel calling的时候，支持一个indel的reads数量占比对到该indel位置的所有reads数量的百分比。也就是说，只有同时满足

-minIndelCnt和-minIndelFrac两个参数条件时，才会进行indel calling。

-onlyEmitSamples：当指定这个参数时，只有指定的样本的变异检测结果会输出到vcf文件中。

-stand_emit_conf：在变异检测过程中，所容许的最小质量值。只有大于等于这个设定值的变异位点会被输出到结果中。

-stand_call_conf：在变异检测过程中，用于区分低质量变异位点和高质量变异位点的阈值。只有质量值高于这个阈值的位点才会被视为高质量的。低于这个质量值的变异位点会在输出结果中标注LowQual。在千人基因组计划第二阶段的变异检测时，利用35x的数据进行snp calling的时候，当设置成50时，有大概10%的假阳性。

-dcov：这个参数用于控制检测变异数据的coverage(X)，4X的数据可以设置为40，大于30X的数据可以设置为200。

注意：GATK进行变异检测的时候，是按照染色体排序顺序进行的（先call chr1，然后chr2，然后chr3…最后chrY），并非多条染色体并行检测的，因此，如果数据量比较大的话，建议分染色体分别进行，对性染色体的变异检测可以同常染色体方法。

大多数参数的默认值可以满足大多数研究的需求，因此，在做变异检测过程中，如果对参数意义不是很明确，不建议修改。

2. 对原始变异检测结果进行过滤（hard filter and VQSR）

这一步的目的就是对上一步call出来的变异位点进行过滤，去掉不可信的位点。这一步可以有两种方法，一种是通过GATK的VariantFiltration，另一种是通过GATK的VQSR（变异位点质量值重新校正）进行过滤。

通过GATK网站上提供的最佳方案可以看出，GATK是推荐使用VASR的，但使用VQSR数据量一定要达到要求，数据量太小无法使用高斯模型。还有，在使用VAQR时，indel和snp要分别进行。

VQSR原理介绍：

这个模型是根据已有的真实变异位点（人类基因组一般使用HapMap3中的位点，以及这些位点在Omni 2.5M SNP芯片中出现的多态位点）来训练，最后得到一个训练好的能够很好的评估真伪的错误评估模型，可以叫他适应性错误评估模型。这个适应性的错误评估模型可以应用到call出来的原始变异集合中已知的变异位点和新发现的变异位点，进而去评估每一个变异位点发生错误的概率，最终会给出一个得分。这个得分最后会被写入vcf文件的INFO信息里，叫做VQSLOD，就是在训练好的混合高斯模型下，一个位点是真实的概率比上这个位点可能是假阳性的概率的log odds ratio（对数差异比），因此，可以定性的认为，这个值越大就越好。

VQSR主要分两个步骤，这两个步骤会使用两个不同的工具：VariantRecalibrator 和ApplyRecalibration。

i) VariantRecalibrator

VariantRecalibrator：通过大量的高质量的已知变异集合的各个

注释（包括很多种，后面介绍）的值来创建一个高斯混合模型，然

后用于评估所有的变异位点。这个文件最后将生成一个

recalibration文件。

原理简单介绍：这个模型首先要拿到真实变异数据集和上一步骤

中得到的原始变异数据集的交集，然后对这些SNP值相对于具体注

释信息的分布情况进行模拟，将这些变异位点进行聚类，最后根

据聚类结果赋予所有变异位点相应的VQSLOD值。越接近聚类核心

的变异位点得到的VQSLOD值越高。

ii) ApplyRecalibration

ApplyRecalibration：这一步将模型的各个参数应用于原始vcf

文件中的每一个变异位点，这时，每一个变异位点的注释信息列中

都会出现一个VQSLOD值，然后模型会根据这个值对变异位点进行

过滤，过滤后的信息会写在vcf文件的filter一列中。

原理简单介绍：在VariantRecalibrator这一步中，每个变异位

点已经得到了一个VQSLOD值了，同时，这些LOD值在训练集里也

进行了排序。当你在这一步中设置一个tranche sensitivity 的

阈值（这个阈值一般是一个百分数，如设置成99%），那么，如果

LOD值从大到小排序的话，这个程序就会认为在这个训练集中，LOD

值在前99%的是可信的，当这个值低于这个阈值，就认为是错误

的。最后，程序就会用这个标准来过滤上一步call出来的原始变

异集合。如果LOD值超过这个阈值，在 filter那一列就会显示

PASS，如果低于这个值就会被过滤掉，但是这些位点仍然会显示在

结果里面，只不过会在filter那一列标示出他所属于的 tranche

sensitivity 的名称。在设置tranche sensitivity 的阈值时，

要兼顾敏感度和质量值。

初步分析

这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析，比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外，还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计，识别是否为CpG位点以及氨基酸的简并信息等。这一步主要是利用GATK中的VariantEval来完成。

需要注意的是，有些计算内容不能同时进行，例如AlleleCount和VariantSummary 或者Sample和VariantSummary。如果选择了这样的组合方式，程序就会报错。但是GATK并没有告诉我们到底哪些不能同时运行，所以当选择计算内容的时候可以先做一下测试。

e.g.

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

-R hg19.fa

-T VariantEval

--eval hg19.snp.filter.t97.Q10_13.both.vcf

-D dbsnp_137.hg19.vcf

-o hg19.PASS.Eval_15_Final.gatkreport

主要参数解释：

--eval 输入要进行summary的文件，也就是

hg19.snp.filter.t97.Q10_13.both.vcf。

-EV 选择模块计算相应的分析内容，。

--list 列出可供选择的计算模块。

-noEV 不是用默认的模块，只计算用-EV选定的模块。

OA系统主要功能模块说明1

诚杰集团OA主要功能模块 1、通知发布：通知发布采用office在线编辑器，良好的可视环境，可插入文件、图片、数据库、动画、视频、音乐等附件，支持图文编排系统。立发布即刻显示在系统首页，支持点击统计。发布后，可自由管理，修改与删除，实时开通与关闭。通知阅读精确统计点数；已更新通知，系统以红色注明。 2、内部短信：支持短信点对点、点对多发送及系统群发与部门群发。可自由定制好友群组，选择常用对象集中发送。支持在线回复与转发继续发送，删除等。短信接收支持“未读”标记，同时可在线查看短信发送记录与时间。系统支持来信文字动画、语音提示服务，并提供快速连接；本短信系统，根据各部门与系统用户姓名生成2级列表，可轻松选择接收对象，无迟缓与刷新。 3、文件传输：文件传输系统，可轻松选择用户对象发送，一次可最多发送6个文件，同时也可以直接传给自己，可查看文件传输历史记录，查看接收人阅读下载记录，包括时间、IP 等信息。整合短信系统，提供文件回执与小秘书提醒服务。进入文件系统后，可对文件进行在线阅读、下载、转发、回复、删除等。同时，本oa系统还按照部门对文件分类，便于查阅与管理。系统还提供对已发送文件和接收文件查询检索服务。为最大保证系统文件传输安全，程序内部加强了对文件类型及容量的安全与高速传输。这些设置可由管理员在后台轻松设置与调整。系统支持来信文字动画、语音提示服务，并提供快速连接；本文件传输系统，根据各部门与系统用户姓名生成2级列表，可轻松选择接收对象，无迟缓与刷新。 4、公文收发：支持一对一部门发送及群发公文,可在线阅读、下载公文。整合短信系统，提供公文回执与小秘书提醒服务；同时也可在线签阅，对签阅意见进行修改与删除，实时查看他人审批意见；公文发送人可查看与删除发送记录，支持公文阅读下载统计，包括阅读人姓名、部门、时间、IP等。公文接收部门可对公文进行催办提醒，同时为接受提醒人并提供公文快速连接。同时，为公文接收人与发送人提供公文信息包括公文文件、签阅意见、发送与接收人信息的查询服务。视频演示 5、邮件服务：包括内外网邮件，手机wap邮件服务。内网邮件与短信系统集成。外网邮件：支持internet邮件发送、接收、回复等。用户与管理员可自由配置邮件SMTP与POP3信息，用户个人配置信息将只对其个人收发邮件产生作用，管理员进行的邮件配置将对全局用户产生效力，但与用户个人的邮件配置同步存在与互相保护。本办公系统内置wap手机邮件程序，

Honeywell SFC操作手册

Honeywell SFC操作手册 Honeywell Industrial Automation and Control

目 录 第一章第一章、、SFC 概述概述 1.1、SFC 技术规格 ............................................................2 1.2、SFC 简介 ..................................................................3 1.3、SFC 外观 ..................................................................5 1.4、SFC 开关和电池组 ......................................................5 1.5、SFC 键盘说明 ............................................................7 1.6、键区颜色说明 ............................................................10 1.7、提示符含义 (11) 第二章第二章、、SFC 操作操作 2.1、建立通讯 ..................................................................12 2.2、改变通讯方式 ............................................................13 2.3、DE 通讯模式（单PV 变送器）设置 .................................14 2.4、DE 通讯模式（多PV 变送器）设置 .................................15 2.5、存储数据到SFI .........................................................16 2.6、调整阻尼时间 ............................................................16 2.7、显示、设置和校准下限值LRV .......................................17 2.8、显示、设置和校准上限值URV .......................................18 2.9、显示、改变量程 .........................................................19 2.10、恢复工厂设置 (20)

Python py2exe使用方法

一、简介 py2exe是一个将python脚本转换成windows上的可独立执行的可执行程序(*.exe)的工具，这样，你就可以不用装python而在windows系统上运行这个可执行程序。 py2exe已经被用于创建wxPython,Tkinter,Pmw,PyGTK,pygame,win32com client和server,和其它的独立程序。py2exe是发布在开源许可证下的。 二、安装py2exe 从https://www.wendangku.net/doc/1d13224189.html,/py2exe下载并运行与你所安装的Python对应的py2exe 版本的installer，这将安装py2exe和相应的例子；这些例子被安装在lib\site-packages\py2exe\samples目录下。 三、py2exe的用法 如果你有一个名为helloworld.py的python脚本，你想把它转换为运行在windows上的可执行程序，并运行在没有安装python的windows系统上，那么首先你应写一个用于发布程序的设置脚本例如mysetup.py，在其中的setup函数前插入语句import py2exe 。 mysetup.py示例如下: # mysetup.py from distutils.core import setup import py2exe setup(console=["helloworld.py"]) 然后按下面的方法运行mysetup.py: python mysetup.py py2exe 上面的命令执行后将产生一个名为dist的子目录，其中包含了helloworld.exe,python24.dll,library.zip这些文件。 如果你的helloworld.py脚本中用了已编译的C扩展模块，那么这些模块也会被拷贝在个子目录中，同样，所有的dll文件在运行时都是需要的，除了系统的dll文件。 dist子目录中的文件包含了你的程序所必须的东西，你应将这个子目录中的所有内容一起发布。 默认情况下，py2exe在目录dist下创建以下这些必须的文件： 1、一个或多个exe文件。 2、python##.dll。 3、几个.pyd文件，它们是已编译的扩展名，它们是exe文件所需要的；加上其它的.dll文件，这些.dll是.pyd所需要的。 4、一个library.zip文件，它包含了已编译的纯的python模块如.pyc或.pyo 上面的mysetup.py创建了一个控制台的helloword.exe程序，如果你要创建一个图形用户界的程序，那么你只需要将mysetup.py中的console=["helloworld.py"]替换为windows=["myscript.py"]既可。

正确使用手机的方法

正确使用手机的方法 手机的广泛使用，使我们被罩在“电子雾”中，无处躲避。很多人都会有这种体会，打手机超过几分钟后，耳朵和脸部都会有发热的感觉。长时间使用手机会影响大脑的功能，造成记忆力减退、失眠，甚至会发生情绪的改变。个别人也可能因为神经细胞和神经胶质细胞的畸变形成恶性脑肿瘤。 这样用手机危害大： 年轻人爱煲电话粥 许多年轻人有意无意的成为煲电话粥的一员，从大学生到社会上的白领阶层，煲电话粥可以说成为一种非常常见的事情。然而长时间的手机辐射会对大脑造成伤害。 热心肠电话变细菌中转站 有些人非常的热心肠，手机常常给别人使用，这样造成的后果就是手机变成细菌的中转站，成为各种病菌的乐园。 大忙人接电话 有些个大忙人，分秒中几百万，所以为了省事就侧着头接电话，长此以往必将危害脊椎，危害大脑，形成健康隐患。 躲起来说悄悄话 有些人打电话害羞，就爱躲到楼梯里避开大家打，可这样的往往让手机的辐射翻倍的增长，对自己的辐射更加厉害。 聊到尽兴充电打 有时候聊的尽兴了，会边充电边打，这样固然能很好的保持气氛，但对健康很不利 打电话性急 有些性急的人拨完号就开始把手机放在耳朵上，其实所有电话在接通状态时辐射都是非常厉害的，所以接电话不用性急。

用质量不好的手机 有些人贪图小便宜用一些非常廉价的手机，这样的手机质量不好，接听电话时往往造成很大的辐射。 正确使用手机的方法 1、在手机呼出时最好先将手机远离头部，以避免手机较大功率发射时对头部的辐射。 2、尽量减少每次使用手机的时间，以及每天使用手机的次数。在必须要较长时间通话时，应左右耳交替或者使用耳机更为科学。 3、当手机信号变弱时，手机会自动提高电磁波的发射功率，此时不要把耳朵紧贴手机。 4、不要在墙角处接打手机，建筑物角落的信号覆盖比较差，因此会在一定程度上使手机的辐射功率增大。基于同样道理，身处电梯等小而封闭的环境时，应慎打手机。 5、接打手机时不要随意走动,频繁移动位置会造成接收信号的强弱起伏，从而引发不必要的短时间高功率发射。

ZB206+全功能详细使用说明

全功能详细使用说明： 一、测试操作： 1.被测试电池必须先用充电器充满电。 2.将被测试电池正极和负极分别连接至电池输入端子的“BAT+”及“BA T-”，要确保连接可靠，接线粗短！如果启用了四线测试模式，请同时将夹具的电压测试线正负极连接BV端口的“+”、“-”。给测试仪通工作电源12V，测试仪正常启动后进入电流设定状态，数码管显示设定电流（例如1.00A），按动“S++”或者“S--”来调整设定电流（长时间按住按键可以快速增减），调整合适后按动“SK”按键。 3.自动识别模式（出厂默认为此模式）：测试仪自动识别被测试电池类型，并选择最佳终止电压及放电模式，显示2秒终止电压后进入测试工作程序。 3. 手动终止电压设定模式：此模式下需要手动设定终止电压，按动“S++”、“S--”按键改变电池终止电压（长时间按住按键可以快速增减数字），其中P*.*u代表连续电流测试模式，b*.*u为经典的间歇电流测试模式（主要用于2线下测试电池时抵消线路电阻影响），例如P 4.5u则代表连续电流测试，终止电压4.5V。设定范围为b1.0u-b6.0u以及P1.0u-P6.0u，注意当开启四线测试时，不支持间歇电流测试模式！设定好终止电压后，按动“SK”按键开始测试。 4.测试过程初期测试仪会进行线路及电池诊断，如果线路或者电池不合适，测试仪将不进行测试，显示诊断故障代码Err*（具体代码含义以及处理方法详见前面介绍）。诊断通过后会进入正常测试环节，RUN灯点亮，测试仪开始正常放电测试，数码管会以2秒A.h，1秒W.h，1秒电池电压，1秒放电电流的时间和顺序轮显数值，单位指示灯会同步变化。当电池测试完毕，RUN灯就会熄灭，数码管显示会停留在A.h数值并且快速闪烁，蜂鸣器也同时发出短促报警声（蜂鸣器开启时）。 5.测试完毕后按动一下“SK”按键即可停止闪烁以及报警，按动“S++”或者“S--”按键可查阅电池测试的三个基本结果：电池电量容量（Ah）、电池能量容量（Wh）以及电池放电过程平台电压（匀压），再次按动“SK”按键将会清除显示回到最初电流设定状态。 二、测试仪工作参数设定： 按住“SK”按键同时给测试仪通12V工作电源，测试仪进入工作参数设定状态，按动“S++”或者“S--”修改参数，按动“SK”按键进入下一条，你可以按照以下顺序设定各各参数： 1. “LJ 2”使用二线测试（出厂设置），“LJ 4”使用四线模式。 2.“Auon”电池自动识别功能开启（出厂设置），“AuoF”电池自动识别功能关闭，关闭后终止电压需要手动设定。 3.“bEon”蜂鸣器开启（出厂设置），“bEoF”蜂鸣器关闭。 4.“LPon”功率限制开启（出厂设置），“LPoF”功率限制关闭。警告：关闭功率限制可以使得超过

正确使用说明的方法

恰当使用说明的方法 一、教学目标 1．掌握几种最常见的说明方法。 2．学会运用恰当的说明方法写说明文。 二、教学重点 教师讲解和学生讨论、训练相结合。 三、教学过程 （一）导入新课 师：同学们，现在假设你们面前有一条河，大家到河对岸去，应该怎么去? 生：从桥上走过去。 趟过去。 乘船…… 师：对，大家的方法都很好!但究竟是趟河、是过桥还是乘船呢?这就要根据情况来选择。比如现在是夏天，河水也很浅，你就可以趟过去。但如果河水很深，而河上又没有桥，那你就只有乘船了。总之，到河的对岸，这是我们的目的。现在，如果我把“过河”比作说明的目的，那么我们过河的各种方法就是说明方法。大家想—想：我们写说明文的目的是什么? 生：是为了把事物特征说清楚，或者把事理阐述明白。 师：对!为了达到这个目的，我们在写说明文时就必须运用恰当的说明方法。(板书) （二）讲授新课 师：现在大家回忆一下，我们学过的说明方法有那些? 生：举例子、打比方、列数据、下定义、作比较、作诠释、分类别、摹状貌、画图表。(教师板书) 师：对!那么我们经常用到的说明方法有那些呢? 生：举例子、打比方、列数据。 师：那么，谁能告诉我，“恰当”是什么意思?(指导学生查字典，回答) 生：恰当，是能够恰如其分的说明事物或事理。 师：对!我们写说明文，就是要根据说明对象和写作目的，选用最佳的方法。比如刚上课时为了让大家明白说明方法的重要，我就采用了打比方的说明方法。好，现在大家打开书，回忆一下我们学过的《中国石拱桥》、《万紫千红的花》这两课，看作者都运用丁那些恰当的说明方法。 (学生分组讨论) 生：《中国石拱桥)说“石拱桥的桥洞成弧形，就像虹”，是打比方；说卢沟桥“桥长265米，由11个半圆形的石拱组成，每个石拱长度不一。自16米到21．6米”，是列数据：说桥上的石狮子“有的母子相抱，有的交头接耳，有的像倾听水声，千态万状，惟妙惟肖”，是摹状貌。 师：《万紫千红的花》举了很多大家熟悉的例子，用图表来说明。如果不用这些说明方法行不行?

示波器基础使用说明和功能详细讲解

示波器基础使用说明和功能详细讲解 2009/7/30/10:56 来源：慧聪教育网 【慧聪教育网】示波器基础使用说明和功能 说明和功能 我们可以把示波器简单地看成是具有图形显示的电压表。 普通的电压表是在其度盘上移动的指针或者数字显示来给出信号电压的测 量读数。而示波器则与共不同。示波器具有屏幕，它能在屏幕上以图形的方式显示信号电压随时间的变化，即波形。 示波器和电压表之间的主要区别是： 1.电压表可以给出祥测信号的数值，这通常是有效值即RMS值。但是电压表不能给出有关信号形状的信息。有的电压表也能测量信号的峰值电压和频率。然而，示波器则能以图形的方式显示信号随时间变化的历史情况。 2.电压表通常只能对一个信号进行测量，而示波器则能同时显示两个或多个信号。 显示系统 示波器的显示器件是阴极射线管，缩写为CRT，见图1。阴极射线管的基础是一个能产生电子的系统，称为电子枪。电子枪向屏幕发射电子。电子枪发射的电子经聚焦形成电子束，并打在屏幕中心的一点上。屏幕的内表面涂有荧光物质，这样电子束打中的点就发出光来。 图1阴极射线管图 电子在从电子枪到屏幕的途中要经过偏转系统。在偏转系统上施加电压就可以使光点在屏幕上移动。偏转系统由水平（X）偏转板和垂直（Y）偏转板组成。这种偏转方式称为静电偏转。 在屏幕的内表面用刻划或腐蚀的方法作出许多水平和垂直的直线形成网络，称为标尺。标尺通常在垂直方向有8个，水平方向有10个，每个格为1cm。有的标尺线又进一步分成小格，并且还有标明0％和100％的特别线。这些特别的线和标明10％和90％的标尺配合使用以进行上升时间的测量。我们后面会讨论这个问题。 如上所述，受到电子轰击后，CRT上的荧光物质就会发光。当电子束移开后，荧光物质在一个短的时间内还会继续发光。这个时间称为余辉时间。余辉时间的长短随荧光物质的不同而变化。最常用的荧光物质是P31，其余辉时间小于一毫

py2exe使用方法

py2exe使用方法 一、简介 py2exe是一个将python脚本转换成windows上的可独立执行的可执行程序(*.exe)的工具，这样，你就可以不用装python而在windows系统上运行这个可执行程序。 py2exe已经被用于创建wxPython,Tkinter,Pmw,PyGTK,pygame,win32com client和server,和其它的独立程序。py2exe是发布在开源许可证下的。 二、安装py2exe 从https://www.wendangku.net/doc/1d13224189.html,/py2exe下载并运行与你所安装的Python对应的py2exe 版本的installer，这将安装py2exe和相应的例子；这些例子被安装在lib\site-packages\py2exe\samples目录下。 三、py2exe的用法 如果你有一个名为helloworld.py的python脚本，你想把它转换为运行在windows上的可执行程序，并运行在没有安装python的windows系统上，那么首先你应写一个用于发布程序的设置脚本例如mysetup.py，在其中的setup函数前插入语句import py2exe 。 mysetup.py示例如下: # mysetup.py from distutils.core import setup import py2exe setup(console=["helloworld.py"]) 然后按下面的方法运行mysetup.py: python mysetup.py py2exe 上面的命令执行后将产生一个名为dist的子目录，其中包含了helloworld.exe,python24.dll,library.zip这些文件。 如果你的helloworld.py脚本中用了已编译的C扩展模块，那么这些模块也会被拷贝在个子目录中，同样，所有的dll文件在运行时都是需要的，除了系统的dll文件。 dist子目录中的文件包含了你的程序所必须的东西，你应将这个子目录中的所有内容一起发布。 默认情况下，py2exe在目录dist下创建以下这些必须的文件： 1、一个或多个exe文件。 2、python##.dll。 3、几个.pyd文件，它们是已编译的扩展名，它们是exe文件所需要的；加上其它的.dll文件，这些.dll是.pyd所需要的。 4、一个library.zip文件，它包含了已编译的纯的python模块如.pyc或.pyo 上面的mysetup.py创建了一个控制台的helloword.exe程序，如果你要创建一个图形用户界的程序，那么你只需要将mysetup.py中的console=["helloworld.py"]替换为windows=["myscript.py"]既可。 py2exe一次能够创建多个exe文件，你需要将这些脚本文件的列表传递给console或windows 的关键字参数。如果你有几个相关联的脚本，那么这是很有用的。 运行下面个命令，将显示py2exe命令的所有命令行标记。 python mysetup.py py2exe --help

流程图说明模板

流程图说明

流程图说明 发货人以传真或实质性的单据或邮件等形式下货物预定单传递给客服部; 客服部审核订单并根据发货人所写订单的类型分为普通单据和特殊单据两大类; 特殊单据需和发货人及其配送部沟通协调确认发货方式和注意事项并在客服部备案以便查询; 普通单据按照正常的手续办理。 客服部审核完单据后把确认无误的单据提交给配送部, 有疑问或者是有问题的单据与发货人和客户进行沟通; 客服部打印运输单并递交给配送部; 配送部根据客服部提交的运输订单信息确认货物的发货方式; 发货方式分为: 客户自提、公司自配车、外发第三方物流和正常压货四大类; 1.客户自提: 首先到客服部办理相关的发货手续, 然后到配送部办理专用的发货章, 由配送专员陪同客户一起去出纳室交纳本次的货款; ( 以上所有程序如有问题的由客服部负责和发货人沟通协调) 2.自配车: 由配送专员生成配送计划并调度车辆, 然后通知相关送货司机和押运员办理相关的发货票据和注意事项等; 最后要求她们在配送单据上签字确认并以此做为押运员的提货欠条; 押运员办理完所有手续后须在晚十点以前以电话的形式首次通知客户产品名称及其数

量、到货时间、货款金额等信息, 如果客户对通知的信息有误, 押运员将把此信息反馈给配送专员, 由配送专员与发货人沟通、协调并调整配送计划; 3.外发第三方物流: 来仓储接货的三方物流由配送专员开具第三方物流票据并整理三方物流票据和发货票据; 不来仓储接货的三方物流由调度员调度车辆由配送专员协助司机办理发货票据, 司机在运输单上签字并确认, 司机在第三方物流公司开具三方物流票据; 4.正常压货: 有特别原因的货物, 今天无法发走的等待确认以后再发货, 如果订单票据时间过久仍旧无法发货的将反馈到客服部由客服与发货人沟通协调并重新开具票据或者确认发货方式等!

图书馆藏书目检索系统的主要功能和使用方法

OPAC书目检索系统使用方法 图书馆馆藏书目检索系统OPAC书目检索系统的使用方法及操作步骤如下： 1.书目检索：输入要查询书目的题名，该系统即可检索到该书的具体信息：索书号、作者， 出版社，是否可借等，读者可根据以上信息进书库找到该书的确切位置，进行借阅。 2.登录“我的图书馆”这个模块，可以进行续借、预约，读者荐购等功能的操作，详细的登 录方式，在进入“我的图书馆”这个页面后，屏幕的右方有详细提示，如用户名，初始密码等。 3.温馨提示：“我的图书馆”操作完成后，一定要注销，否则别的用户能继续操作，给读者造 成不必要的麻烦。 OPAC书目检索系统使用方法 图书馆馆藏书目检索系统OPAC书目检索系统的使用方法及操作步骤如下： 1.书目检索：输入要查询书目的题名，该系统即可检索到该书的具体信息：索书号、作者， 出版社，是否可借等，读者可根据以上信息进书库找到该书的确切位置，进行借阅。 2.登录“我的图书馆”这个模块，可以进行续借、预约，读者荐购等功能的操作，详细的登 录方式，在进入“我的图书馆”这个页面后，屏幕的右方有详细提示，如用户名，初始密码等。 3.温馨提示：“我的图书馆”操作完成后，一定要注销，否则别的用户能继续操作，给读者造 成不必要的麻烦。 OPAC书目检索系统使用方法 图书馆馆藏书目检索系统OPAC书目检索系统的使用方法及操作步骤如下： 1.书目检索：输入要查询书目的题名，该系统即可检索到该书的具体信息：索书号、作者， 出版社，是否可借等，读者可根据以上信息进书库找到该书的确切位置，进行借阅。 2.登录“我的图书馆”这个模块，可以进行续借、预约，读者荐购等功能的操作，详细的登 录方式，在进入“我的图书馆”这个页面后，屏幕的右方有详细提示，如用户名，初始密码等。 3.温馨提示：“我的图书馆”操作完成后，一定要注销，否则别的用户能继续操作，给读者造 成不必要的麻烦。 OPAC书目检索系统使用方法 图书馆馆藏书目检索系统OPAC书目检索系统的使用方法及操作步骤如下： 1.书目检索：输入要查询书目的题名，该系统即可检索到该书的具体信息：索书号、作者， 出版社，是否可借等，读者可根据以上信息进书库找到该书的确切位置，进行借阅。2.登录“我的图书馆”这个模块，可以进行续借、预约，读者荐购等功能的操作，详细的登 录方式，在进入“我的图书馆”这个页面后，屏幕的右方有详细提示，如用户名，初始密码等。 3.温馨提示：“我的图书馆”操作完成后，一定要注销，否则别的用户能继续操作，给读者 造成不必要的麻烦。

JASON操作手册

第一章数据的加载 jason是目前最常用的反演软件，它操作上的特点是它需要什么数据或参数就给它什么数据或参数。下面是它的主窗口（图1）。 图1 因为作反演之前已经将坨163区块进行了构造解释，所以可以直接从lanmark中将地震、测井、层位数据导入jason中，操作比较简单。步骤如下： 一,选择工区（即一个文件夹） 主窗口——File——Select Project（图2），弹出图3。选择一个工区，ok。 图2 图3 1. 数据的导入 主窗口——Datalinks——Landmark——Landmark Link（2003）（图3），弹出图4。

图3 图4 2. 工区的选择 File——Seisworks project：选地震工区t163，ok。（图5） 图5 File——Openworks project——选SHNEGCAI, 选井列表t163，ok。（图5） 此时，图5 窗口的状态栏将会发生变化，以上选择的工区将会显示。（图6） 图6 3. 地震数据的导入 Select——Import——Seismic/property data（图7）,弹出图8。选cb 3dv（纯波数据，作反演时一定要用纯波数据），ok。

图7 图8 4. 层位数据的导入Select——Import——Horizons，选择反演时需要的层位和断层（图9）。 图9 5. 井数据的导入 Select（图7）——wells，弹出图10。选择需要的井，ok。

图10 E： Transport——Import，以上所选的landmark中的数据将传入jason中。 图11 第二章合成记录的建立 在jason上建合成记录的特点是精度高，但随意性大。建立合成记录的步骤是:井曲线、地震数据、子波的加载，子波的编辑和评价，合成记录的生成和编辑。 1. 井曲线、地震数据、子波的输入 主窗口——Analysis——Well log editing and seismic tie（图1），弹出图2。 图1

Python对Excel操作详解

Python对Excel操作 详解 文档摘要： 本文档主要介绍如何通过python对office excel进行读写操作，使用了xlrd、xlwt 和xlutils模块。另外还演示了如何通过Tcl tcom包对excel操作。 关键字： Python、Excel、xlrd、xlwt、xlutils、TCl、tcom

1Python简介 Python是一种面向对象、直译式电脑编程语言，具有近二十年的发展历史，成熟且稳定。它包含了一组完善而且容易理解的标准库，能够轻松完成很多常见的任务。它的语法简捷和清晰，尽量使用无异义的英语单词，与其它大多数程序设计语言使用大括号不一样，它使用縮进来定义语句块。 与Scheme、Ruby、Perl、Tcl等动态语言一样，Python具备垃圾回收功能，能够自动管理存储器使用。它经常被当作脚本语言用于处理系统管理任务和网络程序编写，然而它也非常适合完成各种高级任务。Python虚拟机本身几乎可以在所有的作业系统中运行。使用一些诸如py2exe、PyPy、PyInstaller之类的工具可以将Python源代码转换成可以脱离Python解释器运行的程序。 2Python安装 Python目前的版本已经更新到3.4.0，本文使用的版本为2.7.5，所有的版本都可以在python官网https://www.wendangku.net/doc/1d13224189.html,/下载，至于2.x和3.x版本的具体区别也可以在官网查看。 从官网下载了python 2.7.5安装文件python-2.7.5.msi后，直接双击就可以安装python了，可以选择安装路径，我改为C:\Python2.7.5\了，然后一路next就完成安装了，安装完成后在C盘下就多了一个文件夹Python2.7.5。 Python也是一种实时交互语言，可以通过自带的IDLE编写python语句并反馈回显信息，可以通过图1方式调出python IDLE。 图1

引导孩子合理使用电子产品的正确方法

引导孩子合理使用电子产品的正确方法 家长朋友们： 大家好，今天和大家交流的话题是：如何引导孩子合理使用电子产品。这是家长很头痛的问题，也是教育部门高度关注的问题。随着信息时代的发展，电子产品已经走进了千家万户。高科技的生活方式，为我们带来便利的同时，也出现了一些难以应对的问题，尤其是电子产品对青少年学生的冲击较大。今天我主要围绕孩子在使用网络及电子产品时产生的问题与大家做个交流。 一、学生使用手机、电脑等电子产品的现状及危害 （一）学生使用电子产品的现状 生活中常见的电子产品，主要包括：电脑、平板电脑、智能手机、智能手表、电视机、摄像机等等。今后随着数字产业的发展和人们生活需求的提高，还会有更多的电子产品融入我们的生活。电子产品的普及，给我们的生活带来便利的同时，也带来了一些不利的影响。虽然说，很多电子产品的利大于弊，但从不利影响来看，主要是网络、手机等电子产品对自制力差的人群，尤其是青少年学生，产生了较大的危害。 目前中小学生使用频率最高的电子产品就是手机了，其次是电脑。作为家长，我们对这些现象并不陌生：孩子放学一回到家就千方百计的想玩手机，好多孩子周末、假期不喜欢到户外活动，宅在家里玩手机、电脑；一群孩子即使聚集在一起，多数也是在组团打网络游戏；亲子相处，即使同处

一室，多数是拿着手机在各自的虚幻世界里遨游。手机更成为我们教育孩子的重要难题：孩子小的时候，为了哄孩子开心，手机无形中成为电子保姆；稍大一点的孩子，可以把玩电脑、玩手机作为和父母谈判的交换条件，甚至会用生闷气、哭闹、威胁的方式对抗父母。父母明知长时间玩电子产品对孩子的健康和心理发展有害，却束手无策。我就亲眼见到一个孩子因为家住深沟无信号，他周末每天起床很早，坐在沟口桥上玩一天手机，不吃不喝，十分投入。 学校对手机也是屡禁不止。学生偷偷把手机带到学校，上课下课钻空子玩，晚上在宿舍偷着玩；甚至有学生半夜从窗户翻进教师办公室玩通宵；有的三五成群蹲坐在教师办公室窗下蹭wifi；有的在课间打开教室里的多媒体设备玩游戏；有的甚至因为老师的批评而顶撞老师，厌学，逃学……这些现象严重影响了学生的成长和师生关系，成为学校教育的难题之一。 在玩电子产品的时间上，专家则建议：4-6 岁，每天大约20-30分钟，7-10 岁每天大约30-45分钟，11-13 岁每天大约60分钟。而据统计，中小学生手机持有率逐年攀升，目前已达到71.1%，用手机上网比较普遍，且年级越高上网的人数越多。有41.07%学生放学回家后，不是先写作业，而是去用电子产品娱乐放松，有46.43%的学生偶尔会这么做；课堂上使用电子产品的占8.93%，在家庭中使用的占83.93%； 16.07%的玩游戏，25%的是聊天，50%看视频听音乐，学习的只有8.93%，使用时间在一小时内占28.57%，1—2小时的占

几种重要的气体检测仪详细功能说明与使用

气体检测仪中重要的部分是气体传感器，用于检测气体成份和浓度的传感器都称作气体传感器，不管它是用物理方法，还是用化学方法。比如，检测气体流量的传感器不被看作气体传感器，但是热导式气体分析仪却属于重要的气体传感器，尽管它们有时使用大体一致的检测原理。 市场上目前流行的气体传感器/气体检测仪有如下种类： 一、催化燃烧式气体传感器 催化燃烧式气体传感器选择性地检测可燃性气体：凡是可以燃烧的，都能够检测到;凡是不能燃烧的，传感器都没有任何响应。 这种传感器是在白金电阻的表面制备耐高温的催化剂层，在一定的温度下，可燃性气体在其表面催化燃烧，燃烧是白金电阻温度升高，电阻变化，变化值是可燃性气体浓度的函数。 催化燃烧式气体传感器计量准确，响应快速，寿命较长。传感器的输出与环境的爆炸危险直接相关，在安全检测领域是一类主导地位的传感器。 缺点：在可燃性气体范围内，无选择性。暗火工作，有引燃爆炸的危险。大部分元素有机蒸汽对传感器都有中毒作用。 目前这种传感器的主要供应商在中国、日本、英国(发明国)。目前中国是这种传感器的最大用户(煤矿行业)，也拥有最佳的传感器生产技术。 二、热导池式气体传感器 每一种气体，都有自己特定的热导率，当两个和多个气体的热导率差别较大时，可以利用热导元件，分辨其中一个组分的含量。这种传感器已经传感器地用于氢气的检测、二氧化碳的检测、高浓度甲烷的检测。 三、半导体式气体传感器 半导体式气体传感器可以有效地用于：甲烷、乙烷、丙烷、丁烷、酒精、甲醛、一氧化碳、二氧化碳、乙烯、乙炔、氯乙烯、苯乙烯、丙烯酸等很多气体地检测。尤其是，这种传感器成本低廉，适宜于民用气体检测的需求。 它是利用一些金属氧化物半导体材料，在一定温度下，电导率随着环境气体成份的变化而变化的原理制造的。比如，酒精传感器，就是利用二氧化锡在高温下遇到酒精气体时，电阻会急剧减小的原理制备的。 缺点：稳定性较差，受环境影响较大;尤其，每一种传感器的选择性都不是唯一的，输出参数也不能确定。因此，不宜应用于计量准确要求的场所。 目前这种传感器的主要供应商在日本(发明者)，其次是中国，韩国及美国等其他国家也有类似的产品，但是始终没有汇入主流。中国在这个领域投入的人力和时间都不亚于日本，但是由于多年来国家政策导向以及社会信息闭塞等原因，我国流行于市场的半导体式气体传感器性能质量都远逊于日本产品，随着市场进步，中国产的半导体式气体传感器达到和超越日本水平已经指日可待

使用 PYTHON 开发 WINDOWS 桌面程序

使用python 开发windows 应用程序 本人以前一直用的是C++,MFC，毕业到了公司以后，公司用python做流程，我 顺便最近研究了一下用python开发windows 应用程序的整个流程，大体如下： 一、开发前期准备 1.boa-constructor-0.6.1.bin.setup.exe #一个wxWidges 的集成开发环境，简单如Delphi，可以直接拖拽控件，并且和其他集成环境不一样， #它不与集成开发环境的MainLoop冲突，用pythonwin,pyScripter都会冲突，典型 报错就是运行第二次 #程序的时候，直接导致 集成开发环境的强制退出，因为MainLoop冲突了 2.wxPython2.8-win32-unicode-2.8.10.1-py26.exe #wxPython库，提供了用C++写的 windows 组件库wx 3.py2exe-0.6.9.win32-py2.6.exe #打包发布工具，将python写的windows 程序或控 制台程序直接打包成exe 可执行文件，供用户使用 上述三个软件都是基于python2.6的，软件版本一定要配套，因为他们默认的安装路径和python版本有关系，否则会找不到相关库的存在。 二、开发 软件安装完以后，打开BOA，哇塞，拖控件真简单，而且属性啥的和Dephi差 不多，你只要改改属性，代码会自动生成，它生成的控件很漂亮，记得以前用C++6.0开发软件的时候，那个控件真丑，都需要我重新用控件库去绑定优化， 现在不用了~BOA生成的控件，视觉效果相当好~开发软件速度相当快，再也 不用为了软件界面而写太多代码，也不用为了生成一个小程序而生成了很多的 文件，python开发的程序，没有多余的文件，而且文件很小。 三、发布 很多人都想在自己的软件程序写好以后，发布给其他人使用，一方面不希望自 己的代码泄露，一方面以此显出一点成就感，呵呵，可以使用py2exe将你的windows 程序打包发布了！当然，首先你得写个如下的setup.py文件： 代码 1 from distutils.core import setup 2 import py2exe 3 includes = ["encodings", "encodings.*"] 4 options = {"py2exe": 5 { "compressed": 1, 6 "optimize": 2, 7 "includes": includes, 8 "bundle_files": 1 9 } 10 } 11 setup( 12 version = "0.1.0",

学会正确使用语言的方法

学会正确使用语言的方法 根据"通顺"和"文采"的要求，我们在选择和使用语言时，要注意以下一些问题： ⒈要学会锤炼语言 经过锤炼的语言是被认真筛选并确定的语言，只有这样的语言才能达到“准”、“美”、“生动”的标准。 锤炼语言范围要广，涉及到词语、句子和句群。 在词语的锤炼上要注意同义词词义的细微差别、感情色彩以及语境的要求。写文章首先要选用最能反映事物本质特征的那一个词语，使用词恰当，鲜明生动，富于变化，增添文章的文采。如大家熟悉的鲁迅小说《孔乙己》中的“窃书不算偷”，不用“偷书”而用“窃书”，正是孔乙巳身份和性格的体现，深刻揭示了人物形象。 选用恰当而富有表现力的动词、形容词，力求准确传神。如果平淡无味，只是枯燥地叙述一件事或几件事，就不能给人以艺术美的享受。下面的几个例子就非常传神。 “不必说碧绿的菜畦，光滑的石井栏，高大的皂荚树，紫红的桑枯;也不必说鸣蝉在树叶里长吟，肥胖的黄蜂伏在菜花上，轻捷的叫天子忽然从草间直窜上云霄里去了。” “爷爷站成一轮弯弯的月亮，目送着孙子远去” 在句子的锤炼上，要达到结构完整。一个完整的句子不仅要能够回答“谁，干什么”或“什么，怎么样”，还要能够回答“什么时候，谁，在什么地方，干什么，怎样干”或“什么时候，什么，在什么地方，干什么，怎样干”。 内容要具体生动。例如，同样用到“抚摸”，下面的句子一句比一句生动： ①朝阳抚摸着土地。 ②朝阳柔和地抚摸着土地。 ③深秋的早晨，朝阳柔和地抚摸着一望无际的土地。 ④深秋的早晨;在辽阔的北方平原上，薄薄的雾气正馒馒散去，朝阴柔和地抚摸着一望无际的土地。 角色也要富于变换。同一个词语，可以从不同的角度，按不同的语序来造句，产生不同的意义： ①隋朝大运河依旧拍打着干年的堤岸。 ②隋朝的大运河拍打着堤岸，干年依旧。 ③干年的堤岸，隋朝大运河依旧拍打着。 ④干年依陌，隋朝的大运河拍打着堤岸。。 2．选择生动的词语 语言的生动性，往往是与形象性紧密相连、不可分割的，就如同形与影一样。形象化的语言，它能调动读者的形象思维，引起读者丰富的想像与联想，能给人一种如临其境、如见其物、如闻其声的感觉。苏联作家阿?托尔斯泰曾经指出:语言艺术中最重要的是动词。因为全部生活都是运动的，大凡运动的东西，往往最富有感人的魅力。古人讲究炼字，在许多情况下，是讲究动词的锤炼。例如，“僧敲月下门”中的“敲”、“春风又绿江南岸”中的“绿”、“红杏枝头春意闹”中的“闹”，都是几经斟酌、反复修改才定下来的。由于这几个词用得生动恰当、具有立体感，才使得作品成为千古流传的佳篇。 动词的锤炼一般有下面三个要求: 第一，所使用的动词，必须是唯一准确的动词。 在世界的语言宝库中，无论哪一种语言，描写某一动作的动词，最准确的往往只有一个。在写作时，找到了这个唯一准确的动词，对人物动作的描写，才具有独特性，才最富于表现力和感染力。 ①夏季的豆荚长满门的四周。

系统功能使用说明

系统功能使用说明 1、审批查询 企业在此模块中能够管理属于本企业所有审批事项详细情况。列表如图所示： 点按钮可以查询已上报审批事项的详细内容。 点按钮可以查询已上报审批事项的收费情况。 点按钮可以删除已上报但局端尚未签收的审批事项，即只有“当前状态”一栏处于资料签收时可删除。 2、企业信息 企业在此模块中能够查询企业的基本信息情况，如图所示 点按钮可以查询本企业的详细信息。 点按钮即可查看本企业的许可证信息。 3、经营品种情况 对企业已有的经营品种可通过输入商品名(助记码) 、经营企业、供货单位、经营年及经营月进行搜索。可对列表中信息可进行修改、删除、查看操作，如图所示

修改：可修改品种的信息。 删除：可删除品种的信息。 查看：可查看品种的详细信息。 添加：可添加经营品种，如图所示： 其中经营年须按“2006” ，经营月按“11”此方式录入。 4、人员管理 企业在此模块能够管理属于本企业的所有人员信息，并且企业可以添加、查询、注销等操作

用户可以根据自己的需要查询信息，通过输入姓名、身份证信息查询相匹配的数据 4.2添加 点击页面下放的按钮，打开添加人员页面，如图： 用户输入的身份证号码如果不正确系统会提示“请输入正确的身份证号码” ，用户重复输入本企业已有人员的身份证号码则系统会提示“该人员已是本企业人员” ，用户输入的人员身份证号码不是本企业的，但属于其他企业的人员身份证号码时则提示“该人员已是某某企业工作人员” 。 输入正确的人员身份证号码后会显示录入人员信息的页面，如图： 用户输入企业人员姓名、联系电话、专业、毕业学校。选择文化程度、性别、 专业技术资格、职业准入资格、开始工作日期、岗位，点按钮进行保 存。点按钮会将已填内容清空，也可以点击按钮放弃增加返回到人员列表页面。

WinMTR 使用方法及软件介绍

WinMTR下载链接：https://www.wendangku.net/doc/1d13224189.html,/share/link?shareid=236531&uk=1126982975 WinMTR 使用方法及软件介绍： WinMTR 集成了tracert与ping 这两个命令的图形界面工具，使用winmtr可以直接的看到各个节点的响应时间及丢包率，适合windows下客户做路由追踪及PING测试，使用方法简单，WinMTR 不需安裝，解压之后即可执行。 ping 与tracert 通常被用來检测网络状况和服务器状态。ping 命令会送出封包到指定的服务器，如果服务器有回应就会传送回封包，另外也会告诉我们封包来回的时间。而tracert 命令则是用来告诉我们从用户的电脑到指定的服务器中间一共会经过那些节点(路由)和每个节点的回应速度。 WinMTR 测试结果名词解释： Hostname：到目的服务器要经过的每个节点主机IP或名称。 Nr ：经过节点的数量。 Loss% ：ping数据包回复失败的百分比 Sent ：已经传送的数据包数量。 Recv ：成功接收的数据包数量。 Best ：回应时间的最小值。 Avrg ：平均回应时间。 Worst ：回应时间的最大值。 Last ：最后一个数据包的回应时间 WinMTR使用教程： 1. 把下载到的winmtr压缩包先解压出来，请双击wintMTR.exe 2.请在host：对应方框内输入您的产品Ip，然后按star 开始测试如下图 3.按了开始后已经开始测试了，如图：

4.等Sent 值达到50左右就可以，按下如图所示的那个复制按钮（copy text to clipboard），按了后就可以粘贴发给我们的客服检测，如果有问题我们的客服就会和机房那反映，让机房处理问题。