SpCas9结构域相互作用关键氨基酸的动态网络分析
Hans Journal of Computational Biology 计算生物学, 2016, 6(3), 50-61 Published Online September 2016 in Hans. https://www.wendangku.net/doc/9115861615.html,/journal/hjcb https://www.wendangku.net/doc/9115861615.html,/10.12677/hjcb.2016.63007
文章引用: 李干, 王国栋, 怀聪, 黄强. Sp Cas9结构域相互作用关键氨基酸的动态网络分析[J]. 计算生物学, 2016, 6(3):
Dynamical Network Analysis of Key Amino Acids for Domain Interactions of Sp Cas9
Gan Li, Guodong Wang, Cong Huai, Qiang Huang *
School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai
Received: Sep. 8th , 2016; accepted: Sep. 26th , 2016; published: Sep. 29th , 2016
Copyright ? 2016 by authors and Hans Publishers Inc. This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY).
https://www.wendangku.net/doc/9115861615.html,/licenses/by/4.0/
Abstract
CRISPR-Cas9 system is widely used in gene editing because of its simple operation, flexibility, and high recognition and cleavage efficiency, and it also has the potential for usage in gene therapy. However, Streptococcus pyogenes Cas9 (Sp Cas9), the main component in the powerful system is too large to be transferred to target cells, which limits its application. So it is necessary to shorten the length of Sp Cas9. Previous studies revealed that Sp Cas9 executed its functions by several coo-perate but relatively independent domains, so it is possible to optimize this protein section by section. Nevertheless, the integrated structure of Sp Cas9 and the information on domain interact-ing is still lacking in reported crystal structures. To solve this problem, this study analyzed the structure of Sp Cas9-sgRNA-DNA complex using molecular dynamics (MD) simulation and dynamical network analysis. Firstly, the missing fragment of the existing crystal structure was completed to construct a ternary complex atomic structure containing full-length Sp Cas9 and non-complemen- tary DNA strand. And then, after a long time MD simulation of this new structure, the interactions between domains of Sp Cas9 were analyzed by dynamical network analysis. Finally, we determined the key residues for Sp Cas9 domains to interact with each other. Compared with previous experi-mental results, the identified sites are critical amino acids for proper Sp Cas9 function. Thus, this study not only deepens the understanding of the working mechanisms of the CRIPSR-Cas9 system, but also offers important guidelines for the optimization and improvement of the system. Keywords
Gene Editing, CRISPR-Cas9, Domain Interaction, Molecular Dynamics Simulation, Dynamical Network Analysis
Open Access *通讯作者。
李干等Sp Cas9结构域相互作用关键氨基酸的动态网络分析
李干，王国栋，怀聪，黄强*
复旦大学生命科学学院，上海
收稿日期：2016年9月8日；录用日期：2016年9月26日；发布日期：2016年9月29日
摘要
CRISPR-Cas9系统是一种操作简单、灵活性好、识别和切割效率高的基因编辑技术，具有用于基因治疗的潜能。然而，由于该系统的主要组分Streptococcus pyogenes Cas9 (Sp Cas9)蛋白过大，难于向靶细胞运输，因而亟需构建截短体蛋白，以提高系统的运输效率、扩展其应用前景。前期结构研究表明，Sp Cas9结构域分界清晰，各结构域功能相对独立又彼此协同，易于通过对各结构域进行分步改造实现蛋白截短优化。但报道的晶体结构缺乏Sp Cas9的全长结构，及结构域间相互作用的关键信息。针对此问题，本文运用分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟和动态网络分析方法研究Sp Cas9-sgRNA-DNA复合物结构。我们首先对已有晶体结构的缺失片段进行补齐，构建了一个包含全长Sp Cas9及DNA链的三元复合物原子结构。然后对复合物结构进行长时间尺度MD模拟，通过动态网络分析方法分析了Sp Cas9蛋白各结构域间的相互作用，找出影响Sp Cas9结构域间相互作用的关键氨基酸。与已有实验结果比较，所识别的位点是Sp Cas9蛋白正常工作的关键氨基酸。因此，本研究不仅可以加深人们对Sp Cas9作用机制的了解，也为Sp Cas9蛋白的优化改造提供理论指导。
关键词
基因编辑，CRISPR-Cas9，结构域相互作用，分子动力学模拟，动态网络分析
1. 引言
Cas9是II型CRISPR/Cas (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR asso-ciate)系统的核酸内切酶，可在单向导RNA (single-guide RNA, sgRNA)分子的引导下，特异性地识别靶标DNA，并对其进行双链切割[1]-[4]。由于其操作简便、切割效率高等优点，CRISPR-Cas9系统被广泛应用于基因组编辑、基因表达调控等领域[5]-[7]。近年来，国内外也已开展了一系列基于该系统的基因治疗基础研究，利用最为成熟的Sp Cas9系统进行白内障、地中海贫血、血友病等单基因疾病的基因纠正[8]-[10]。但是由于Sp Cas9编码序列长、蛋白过大，无论通过病毒载体进行基因转移，还是直接进行蛋白穿膜运载，都存在着较大的靶细胞运输难度，这限制了CRISPR/Cas9技术在基因治疗领域的应用[11][12]。为解决这些问题，亟需在保证Sp Cas9活性与功能的同时，对其进行截短改造，拓展其应用前景。
国内外已通过结构与功能研究部分解析了Sp Cas9蛋白的结构及其切割机制。其中，Sp Cas9蛋白由1368氨基酸残基构成的单链折叠而成，主要组成两个叶片状(lobe)结构：REC-lobe主要负责靶DNA的识别，NUC-lobe负责靶DNA的剪切，两个lobe中间的凹槽为Sp Cas9、sgRNA和靶标DNA三者的相互作用提供空间。图1展示了已报道的Sp Cas9-sgRNA-DNA复合物三维结构模型(PDB ID: 4UN3) [15]，可以
李干等
Figure 1. The atomic structure of the Sp Cas9-sgRNA-DNA ternary complex [15]
图1. Sp Cas9-sgRNA-DNA三元复合物原子结构[15]
看出Sp Cas9的两个lobe还可以分为多个次级结构域，它们之间相互协调，共同实现对DNA的识别和剪切。具体来看：REC-lobe首先与sgRNA结合，通过sgRNA的碱基互补配对识别并结合靶标DNA；接着，Sp Cas9 NUC-lobe的两个核酸酶次级结构域(HNH及RuvC结构域)分别对互补及非互补DNA链进行剪切
[13]-[16]。在这个过程中，Sp Cas9的构象也会发生变化。次级结构域的存在使Sp Cas9易于在结构域水平
进行内部的局部优化，其改造难度降低。为了保证酶的完整活性，必须对结构域间的相互作用关系进行详细分析。但是，目前关于这些次级结构间作用关系的信息非常缺乏。
针对上述问题，本文选用分子动力学(Molecular dynamics, MD)模拟和动态网络分析方法研究Sp Cas9-sgRNA-DNA复合物结构，以三者间相互作用关系为基础分析Sp Cas9蛋白次级结构域间的相互作用，最后找出Sp Cas9蛋白次级结构域间相互作用的关键氨基酸[17][18]，以加深人们对Sp Cas9作用机制的了解，也为后续的Sp Cas9蛋白的优化改造提供理论指导。
2. 方法和原理
2.1. Sp Cas9-sgRNA-DNA三元复合物长程分子动力学模拟分析
2.1.1. 模型构建
我们以目前完整程度最高的Sp Cas9复合物晶体结构(PDB ID: 4UN3)为基础，构建完整的复合物原子模型，用于后续MD模拟和动态网络分析[15]。由于4UN3中Sp Cas9蛋白和DNA链都有片段缺失，所以我们首先使用软件补齐缺失片段。对于Sp Cas9缺失的5个8~17残基长度的肽段，使用Modeller通过同源模建的方法进行补齐[19]。随后用AmberTools的NAB模块进行非互补DNA链的延长[20][21]。由
李干等
于4UN3结构中只包含11个碱基(nucleotide, nt)的非互补DNA链，且不含切割部位，因此我们新建了6 nt 的B-DNA片段，与原非互补DNA链连接。新建DNA链穿过Sp Cas9切割活性位点。为保证新建DNA 链处于天然态构象，通过NAMD程序对延长片段进行能量最小化处理[22]。Sp Cas9蛋白补齐片段和DNA 链延长片段的序列信息均来自相关文献[15]。
将新建的全长Sp Cas9、非互补DNA链与原有sgRNA、互补DNA链组装，使用NAMD的IMD功能对新建片段进行局部微调，以消除新引入组分的构象冲突[23]。接着，在活性中心添加合适的催化金属离子(Mg2+)，获得完整的Sp Cas9-sgRNA-DNA复合物的结构原子模型。
2.1.2. 显式溶剂MD模拟
为研究复合物各个区域间的相互作用，我们用NAMD对新构建的复合物模型进行了长时间尺度的显式溶剂MD模拟。用分子可视化程序VMD建立模拟用的复合物—溶剂系统，采用CHARMM27力场描述复合物的蛋白质与核酸分子，溶剂水模型采用TIP3P模型[24][25]。把复合物放置于一定大小的方形盒子中，保证其周围有足够数目的水分子，并加入一定数目的抗衡离子(Na+或Cl?)，以准确表示溶剂的离子浓度(0.15 mol/L l)及保持系统电中性。所构建的模拟体系盒子尺寸为160.8 ? × 151.2 ? × 186.5 ?，包含了约135,000个水分子。MD模拟基于恒温、恒压和恒定粒子数系综(N-P-T系综)和周期性边界条件进行：温度和压力分别为298.15 K和1 atm，模拟所用的时间步长为2 f。在模拟中，应用Berendsen方法调整系统的温度与压力，非键静电力采用PME方法计算，范德华力计算采用截断值方法(cutoff = 10 ?)，与氢原子相连的化合键的键长用SHAKE算法来约束。
2.2. 动态网络分析
2.2.1. 动态网络简介
动态网络是一种分析复杂网络的方法。近年来，随着小世界理论和无标度理论的发展，该方法已经逐渐被应用到生物学领域，并取得实质性进展，在结构生物学方面收获丰硕。该方法的中心思想是把蛋白质等生物大分子结构中的每个残基作为一个节点，通过特殊的数学算法，分析节点间的相互联系，相互作用的节点间以边连接，得出所有节点和边组成的动态网络图。分析此动态网络图隐含的信息，并推断这些信息在分子结构中对应的生物学信息[17][18]。
在构建动态网络的过程中，首先根据模拟轨迹计算所有节点两两之间的相关系数[26]。相关系数的取值范围为?1~1，值越大说明相关性越强。随后找出作用比较密切的节点对，以边连接，并根据两个节点之间的相关系数计算边的强度。其中，密切作用节点对的判定标准为：如果两个节点间的距离在75%的模拟轨迹中都小于4.5 ?，则认为两个节点间作用密切。
动态网络图生成以后，进行社区结构划分。所谓社区，是指动态网络中的一个亚网络，在此亚网络中，内部节点间的连接稠密程度高于与外部节点的连接。事实上，社区之间也存在边进行连接，而这些边的存在对社区间的通讯起着至关重要的作用。与分子结构进行对照，就可以找出紧密联系的残基，划为独立的结构域，并找出结构域间相互作用的关键位点。
2.2.2. 复合物关键位点的动态网络分析
使用VMD的动态网络分析模块对Sp Cas9复合物模拟轨迹进行分析。首先以每个氨基酸和核苷酸为节点，构建所有节点两两之间相关系数的分布图；基于此相关系数分布图，计算动态网络图，进行社区的划分；最后，找出所有社区间的关键节点，把Sp Cas9蛋白分别与sgRNA、DNA作用的关键节点进行RMSD分析，验证关键位点可靠性。
对复合物模拟轨迹进行RMSD分析的理论依据为：在分子动力学模拟轨迹中，强烈相互作用的残基
李干等
在系统稳定后会始终维持比较固定的相对构象，那么这些残基组合的RMSD值通常保持在较小的水平。
具体思路如下：根据动态网络分析的原理，相互作用关键节点的距离在75%的模拟轨迹中都小于4.5 ?，意味着这两个节点代表的残基始终保持稳定的相互作用关系，那么此残基对的RMSD值将维持在较小水平。例如，分别以a、b表示这两个残基，其中a为氨基酸残基，c表示a前后四个残基中与a结构类似，且在网络分析中与b不存在连接边的残基。如果动态网络分析准确，那么a、b间作用会比c、b间作用稳定，则ab组合的RMSD值小于cb组合的RMSD值。
3. 结果与讨论
3.1. 三元复合物原子模型构建与MD模拟分析
三元复合物原子模型构建过程及新建复合物结构如图2所示。其中，补齐的Cas9缺失区域未对Cas9蛋白整体结构造成影响，而延长的非互补DNA链则包围在Cas9切割活性中心区域。经进一步与sgRNA、互补DNA链组装后，获得了完整的复合物模型。
我们对上述复合物进行约100 ns的MD模拟。然后，从每一帧MD模拟轨迹中抽提出复合物的构象，并以第一帧为参考构象计算后续每一构象的RMSD值，结果如图3所示。由图可见，整个体系在约30 ns 后趋于稳定。因此，后续的动态网络分析使用的是30 ns以后的MD模拟轨迹。
3.2. MD模拟轨迹的动态网络分析
MD模拟轨迹中三元复合物中Sp Cas9残基、sgRNA及DNA的相关性如图4所示。其横坐标和纵坐标均表示复合物的各个残基单元，每个点的颜色由对应残基间的相关系数决定，颜色越浅，值越大。其
Red dash in Sp Cas9 lines are missing fragments in the crystal structure. Residues shown as dots
are active sites for shearing non-complementary DNA strand. 红色虚线表示Sp Cas9晶体结构
中缺失片段。点状残基表示切割非互补DNA链的活性位点。
Figure 2. Schematic diagram of building atomic model of Sp Cas9-sgRNA-DNA
complex
图2. Sp Cas9-sgRNA-DNA复合物结构原子模型的构建过程
李干等
Figure 3. MD RMSD of the ternary complex with respect to the initial structure
图3. MD模拟轨迹的复合物RMSD值
Figure 4. MD correlation coefficients of the ternary complex
图4. 复合物模拟轨迹的相关系数热图
李干等
中，左下–右上方向的浅色对角线表示每个残基与其自身及邻近残基存在高度相关性。以这条对角线为轴，相关系数对称排列，与残基间相关系数的计算顺序相符。图中的相关系数分布明显分为两个区域，分别表示核酸结构与蛋白结构。其中核酸区域又分为两部分，分别为sgRNA和DNA，蛋白区域也分为两部分，分别为Sp Cas9的REC-lobe和NUC-lobe，这些分布都与复合物的结构高度吻合，也说明相关性分析的可靠性。
图5展示了基于相关系数分布进行动态网络分析的结果。图5(a)是所有节点间的动态网络图，相关节点间以边连接。此网络图与复合物结构吻合。进一步地，将节点间的边根据作用强弱进行加权(图5(b))，可以看出，同一个结构域内的节点间作用更为强烈。我们对加权的网络进行了社区划分，结果如图5(c)所示，各个社区被标记不同颜色。与复合物结构对照可以发现，社区的划分与三元复合物中sgRNA、DNA 及Sp Cas9的次级结构域高度吻合，因此通过分析社区间的相互作用，可以揭示三元复合物各结构域的相互作用。为找出Sp Cas9结构域间相互作用的关键氨基酸，我们进行了社区间相互联系的关键节点的计算(图5(d))，并将其叠合到三元复合物原子结构模型中。可以发现，多数节点作用对都位于结构域之间，符合次级结构域相互作用的空间位置。
我们发现，在所有相互联系的关键节点中，共包含7组氨基酸-核苷酸作用节点。Sp Cas9晶体结构也显示这7个氨基酸与sgRNA/DNA发生相互作用[14]。为验证关键节点分析可靠性，我们对上述7个氨基酸–核苷酸对进行了RMSD分析。表1列出了动态网络分析获得的氨基酸-核苷酸节点对，及RMSD分析过程中用到的对照氨基酸。对照氨基酸均位于关键氨基酸上下两个位点以内，且结构性质与关键氨基酸相似。MD稳定轨迹中各关键氨基酸及对照氨基酸全原子与相应核苷酸的RMSD值及其统计结果如图6所示。在RMSD计算过程中以MD模拟稳定后的第一帧轨迹作为参考构象。
其中，五组节点对的RMSD值显著低于对照组，表明节点对间存在强烈的相互作用。仅有49ADE-76LYS、45URA-401LYS两个节点对的RMSD值稍大，其原因可能为测试节点氨基酸(赖氨酸)与对照组(精氨酸)的侧链转动能力不同。分析MD模拟轨迹发现，尽管赖氨酸侧链末端的氨基与相互作用的脱氧核糖核酸在绝大多数时间内保持稳定构象，但由于长侧链活动性很强，末端氨基少量偏移就可使整个侧链发生很大构象变化。而精氨酸侧链只包含三元甲基链，且在侧链末端是一个体积巨大的胍基，胍基的存在使甲基链几乎没有空间进行转动，导致精氨酸侧链的构象在整个MD模拟过程中很少变动。
所以，赖氨酸与精氨酸相似的RMSD中值已以说明赖氨酸与脱氧核糖核酸作用的稳定性，这也表明7对氨基酸–核苷酸在模拟中始终保持强烈稳定的作用关系。此外，网络分析得到的832 Arg和1311 His也被实验证实与非互补DNA链的识别效率有关[27]。这些结果也说明，通过动态网络分析识别关键相互作用节点对有相当的可靠性。
基于动态网络分析结果，我们将得到的关键互作位点进行了分类，结果如表2、图7所示。其中，表2列出了序列间隔大于10的氨基酸-氨基酸关键节点对。这些节点对可以分为三个部分：第一部分中各节点对包含的两个节点均位于NUC-lobe，为切割结构域内部的关键氨基酸，主要与DNA切割有关；
第二部分中各节点对包含的的两个节点均位于REC-lobe，为识别结构域内部的关键氨基酸，主要与DNA 识别有关；第三部分中各节点对包含的两个节点分别位于不同lobe，在识别到切割的转换过程中起重要作用。计算分析结果表明，这些位点为结构域间联系的关键位点，十分有必要在蛋白截短优化中保留。
这些位点的详细功能还有待进一步的实验验证。
4. 结论
为揭示Sp Cas9各结构域间的相互作用，本文在已有晶体结构基础上，构建出完整的、切割活性状态下的Sp Cas9-sgRNA-DNA三元复合物结构；通过MD模拟和动态网络分析，进行复合物各残基间相互联
李干等
(a)(b)
(c)(d)
Figure 5. Dynamical network analysis. (a) Unweighted network of Sp Cas9 complex; (b) Network of Sp Cas9 com-plex shown with edge widths corresponding to their weights; (c) Communities of Sp Cas9 complex painted with dif-ferent colors; (d) Key node pairs connecting interacting communities. Key nodes are shown as yellow dots. Interact-ing amino acid-amino acid nodes and amino acid-nucleotide nodes are connected with yellow and red lines respec-tively
图5. 动态网络分析。(a) Sp Cas9复合物无权重网络；(b)边宽与权重相对应的Sp Cas9复合物网络；(c)以不同颜色表示的Sp Cas9复合物社区划分；(d)连接互作社区的关键节点对。关键节点以黄点表示。互作氨基酸–氨基酸节点与互作氨基酸–核苷酸节点分别以黄线和红线连接
Table 1. Amino acid-nucleotide key node pairs
表1. 氨基酸–核苷酸关键节点对
AA residue DNA/RNA DNA/RNA chain control AA residue
62 T 63URA sgRNA 61A
76 K 49ADE sgRNA 75R
163 K 48ADE sgRNA 164F
401 K 45URA sgRNA 400R
839 D 12THY targetDNA 840H
866 K 21THY targetDNA 864R
1019R 28THY targetDNA 1020K
李干等
RMSD of key amino acid-nucleotide is colored in cyan while RMSD of key amino acid-nucleotide in control group is colored in pink. 实验组与对照组关键氨基酸-核苷酸的RMSD曲线分别以蓝绿色和粉红色表示。
Figure 6. RMSD analysis of amino acid-nucleotide key node pairs
图6. 氨基酸–核苷酸关键节点对RMSD分析
李干等Table 2. Key pairs of Sp Cas9 amino acids
表2. Sp Cas9氨基酸关键节点对
NUC lobe REC lobe Both
53F-1096K 81Y-473I 218K-832R
54D-735K 215R-327E 374K-874E
762E-958L 272D-653R
932A-955V Y450-F626
750V-1356Y 596D-656Y
908L-1311H
981Y-1225E
985H-1230S
1141Y-1198L
1094I-1225E
Each amino acid in a pair is labeled in the same color. 每组关键节点对的两个氨基酸以相同颜色表示。
Figure 7. Schematic of key pairs of Sp Cas9 amino acids
图7.Sp Cas9氨基酸关键节点对示意图
系的动态网络分析及社区划分，发现网络社区与复合物三个组分及Sp Cas9次级结构域间高度吻合；最后，通过社间相互联系的关键节点的分析，获得了相互作用的关键氨基酸。通过RMSD分析及与已报道实验结果对照，所预测的关键氨基酸信息可靠。因此，本研究不仅可以加深人们对Sp Cas9作用机制的了解，而且为后续的Sp Cas9的优化设计提供重要的理论指导。
致谢
感谢复旦大学生命科学学院袁慧同学对文本修改提出宝贵意见。本工作的计算研究得到国家自然科学基金(91430112)、NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助和国家超级计算广州中心支持。
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2.3 网络域名及其管理(一)
2.3 网络域名及其管理(一) 【教材分析】 域名与域名管理是广东教育出版社的选修模块《网络技术应用》的第二章第三节的内容。设计授课时间为二课时，本节课为第一课时。主要内容为讲解域名、域名系统、域名空间和域名的构成并理解其管理。域名是因特网组织与管理的重要方式之一，学生将从技术的角度深入讨论网络域名的知识及管理思想。同时，这部分知识也是对IP地址学习的一个承接，同样体现了问题解决与“技术服务于人”的基本思想。 【学情分析】 本节课学生要有很强的自主学习能力，按照我的教学设计为了发挥学生的主体性，加之本节课的内容相对比较枯燥，难以理解，因此先安排他们课下预习书本，找出所要求的知识点。这对本校高一的学生能力要求应该能够做的到。然后针对学生的能力，课上设计几道题目来巩固本节知识点，这样的话学生的学习兴趣将会充分调动，并达到巩固知识的目的。 【涉及课标】 知道域名的概念和域名解析的基本过程，知道域名管理的办法及相应的重要管理机构。 【教学目标】： 知识目标： （1）了解域名的概念及其命名规则； （2）知道域名的管理办法和重要的管理机构； 情感目标： （1）培养学生规范使用域名的意识； （2）遵守信息法规，培养良好的信息情感和信息道德； 【教学重点】 域名、域名系统、域名空间、域名的构成。 【教学难点】 顶级域名与二级域名的命名方式 【教学方法】 演示法，自主学习、讨论、归纳知识点 本节内容以网络域名为主线，理论知识较多，与生活联系紧密，因此教学过程中要做到尽量引导学生在已有的知识和经验的基础上获得新知。学生活动的安
排和教学事例的选择也要尽量贴近生活，便于学生理解，也更容易让学生用课堂所学解决生活中遇到的问题。另外，按照新课改的要求，在课堂中通过小组合作和自主探索的学习方式加强对学生合作意识和合作能力的培养和自学能力的培养。 【教学准备】 【教学过程设计】 一、复习IP地址相关知识，引入新课 1、复习上节课IP地址的格式，分类情况及存在严重的分配不均问题 2、引出上网的方法：（IP地址和域名的关系） 我们如何使用IP地址呢？ 复习IP可以定位互联网上的主机，如输入220.181.18.155可以定位百度搜索引擎，（登陆不同的网页需记忆不同的IP地址） 电话号码比较难记，一般大家都使用通讯薄（书面的或是电子的）来记录电话号码。IP地址更加难记，当我们需要访问某个主机时，同样可以在我们的计算机中找到一个“电子通讯薄”，即hosts文件。 大家可以用记事本在“C:\WINDOWS\system32\drivers\etc\”路径下打开hosts文件查看内部组成和内容（特别注意127.0.0.1和localhost等项目）； 当我们要找某个自己的通讯薄中没有电话号码记录的人时，就需要寻求电话查号台（114）的帮助，而网络也一样，如果hosts中没有地址记录，就需要寻求网络域名系统的帮助了。 推出主题：网络域名及其管理
计算机网络管理实验报告
计算机网络管理实验报告 作者: 孙玉虎学号：914106840229 学院(系):计算机科学与工程学院 专业: 网络工程 题目: SNMP报文和MIB 指导教师陆一飞 2016年 12 月
目录 第一部分：SNMP报文的抓取与分析 (3) 1.实验目的 (3) 2.实验环境 (3) 3.实验内容 (3) 4.实验思路 (4) 5.实验具体过程 (4) 准备工作 (4) 报文抓取 (8) 报文分析 (10) 第二部分：MIB的了解 (13) 1.实验目的 (13) 2.实验环境 (13) 3.实验内容 (13) 4.实验思路 (14) 5.实验具体过程 (14) 准备工作 (14) 查看MIB组成结构 (14) 了解MIB中变量、成员 (16) MIB的基本操作（GET） (17) 第三部分：实验总结与体会 (18) 实验出错的地方和解决方案 (18) 实验总结 (19)
第一部分：SNMP报文的抓取与分析 1. 实验目的 ●熟悉SNMP报文格式 ●熟悉SNMP的基本操作 2. 实验环境 ●系统环境 两台机器均为windows 10系统 ●网络拓扑 两台机器通过网线直连 ●实验工具 Snmputil 和wireshark 3. 实验内容 ●SNMP报文（get-next-request）格式抓取 ●SNMP报文（get-next-request）分析
4. 实验思路 ●SNMP环境的配置 一、在两台电脑上安装SNMP 二、在两台电脑上配置SNMP 三、测试SNMP ●SNMP报文的抓取 一、在一台电脑上发送SNMP报文 二、在另外一台电脑上使用wireshark工具获取 ●SNMP报文的分析 一、在Wireshark上提取SNMP报文 二、对SNMP报文进行分析 5. 实验具体过程 准备工作 一、在主机1上安装软件Wireshark，在主机2上安装软件snmputil，并关闭 两台机器的防火墙
三种分析蛋白结构域的方法
三种分析蛋白结构域(Domains)的方法 1，SMART入门，蛋白结构和功能分析 SMART介绍 SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool) allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular and chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa. For all the details, please refer to the publications on SMART. SMART(，可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说，就是 集合了一些工具，可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区（Transmembrane segments），复合螺旋区（coiled coil regions），信号肽（Signal peptides），蛋白结构域（PFAM domains）等。 SMART前该知道的 1，SMART有两种不同的模式：normal 或genomic 主要是用的数据库不一样。Normal SMART, 用的数据库 Swiss-Prot, SP-TrEMBL 和 stable Ensembl proteomes。Genomic SMART, 用全基因组序列。详细列表：，一些名词解释 进行时 可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl??ID / Accession number (ACC)。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测，勾上就是。看下图 SMART结果 运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。详细请看下面。
2.3网络域名及其管理——教案
2.3网络域名及其管理 ——教案 -CAL-FENGHAI-(2020YEAR-YICAI)_JINGBIAN
2.3 网络域名及其管理 3.1因特网上的信息资源 教学目标： １、掌握IP地址的分类、格式及子网掩码的作用 ２、掌握域名的组成和格式、域名系统的作用 ３、了解客户机域名服务器设置及互联网域名管理 ４、了解什么是网络信息资源、网络信息资源的特点 ５、掌握WWW信息资源、FTP资源 教学重、难点：IP地址类别，会判断IP格式正确与否，会判断网络号和主机号 2
一、IP地址及其管理 １、IP地址：采用TCP/IP协议接入因特网，为了使 网上的每一台主机都能够和其他计算机通信，需要有 一个全球都接受的方法来标识网上的计算机。因特网 上的每台主机都分配了一个唯一的地址，称为互联网 地址（Internet address）或IP地址（IP address），该 地址用在所有与该主机的通信中。 ２、IP格式： IP 地址是由四个用小数点隔开的十进制整数组成的。 实际上，一个IP地址是一个32位的二进制数。每8 个位可以用一个十进制整数数字来表示，以简化人们 的记忆。 例如：某学校网络中的一台计算机IP地址为 202.112.81.34，则对应的二进制表示： 202.112.81.34 11001010.01110000.01010001.00100010 ３、IP地址分类 二、网络域名及其管理 （一）、域名和域名系统 同学们上网的时候在浏览器里有三种输入地址的方 活动一：判断以 下哪些IP地址 是不合法的。 191.37.256.71 21.252.366.184 134.21.78.234 10.0.0.1 活动二：将下列 IP地址进行分 类。 10.231.1.12 192.168.3.117 156.21.12.56 57.201,133.78 判断IP格式 正确与否 3
web前端面试100问
面试造火箭，工作拧螺丝！ 在技术圈毕竟只有百分之一的人能进入BAT，百分之九九的小伙伴只能在普通公司做这普通的事情，厌烦哪些标题党，我们抛开那些高大上的台词，回归到面试的本质。 本课程帮助小伙伴们快速梳理知识，不会设计到具体的很细节的知识点，关注面试本身。 公司一般会从以下5个方面考察一个人的能力，本课程的100问是总结了最近2-3年常问的面试题，适合初中级前端工程师。 1、HTML(5)和CSS3方面 1.前端与后端数据交互的格式有哪些，为什么大部分现在都用json而不用xml。 答：XML：
管理信息系统实验报告
实验一认识计算机硬件和网络结构 一、实验题目 认识计算机硬件和网络结构。 二、实验课时 2课时。 三、实验目的 认识计算机的主要构成部件、功能、型号、在计算机机箱内的位置、网络结构等。 四、实验内容和要求 1、利用多媒体演示计算机的主要组成部件：机箱、主板、CPU、内存条、硬盘、软驱、光驱、插槽、BUS总线、串行接口、并行接口、USB接口等； 2、打开机箱，实物展示并讲解个部件的功能及其连接； 3、机箱、主板、CPU、CPU风扇、内存条、显卡、网卡等分别如下所示。 机箱主板
内存条显卡网卡无线网卡 CPU CPU风扇硬盘 机箱背面并行接口串行接口USB接口 4、观察每个部件在机箱的位置，并掌握每个部件的功能和基本知识。 5、观察实验室网络结构图。 6、结合某网吧的例子更好地理解网络结构。 Parallel port Serial port USB port Keyboard and mouse ports
7、独立完成上述内容，并提交书面实验报告。 五、实验体会 通过本次实验，我了解了计算机的各种硬件和网络结构。知道了各种硬件的形状、功能、特征等。还知道了网络结构的流程、大体构造。这使我对计算机有了初步的认识，为以后更进一步的学习打下了坚实的基础。也为我以后的学习和生活提供了方便。 1、cpu——中央处理器，是一台计算机的运算核心和控制核心。 2、硬盘——是电脑的主要存储媒介之一。 3、主板——又叫主机板、系统板或母板，安装在机箱内，是微机最基本也是最重要的部件之一。 4、机箱——作为电脑配件的一部分，它起的主要作用是放置和固定各电脑配件，起到一个承托和保护作 用。 5、内存条——是连接CPU和其他设备的通道，起到缓冲和数据交换作用。
计算机网络实验报告-双机互联
计算机网络课程实验报告 专业： 班级： 学号： 姓名：
计算机网络课程 实验名称：双机互联实验 一、实验目的 1.利用网络设备，掌握在局域网内如何把两台计算机利用对等网方式进行连接。 2.学会网络连接，了解对等网互联方式。 3.掌握基本的网络参数的设置，学会使用基本的测试命令（ping）来检测网络的设置情况。 4.掌握局域网中的计算机的软、硬件资源共享的设置和使用方法。 二、认识对等网 “对等网”也称“工作组网”，在对等网中没有“域”，只有“工作组”。对等网上各台计算机有相同的功能，无主从之分，网上任意结点计算机既可以作为网络服务器，为其它计算机提供资源，也可以作为工作站，以分享其它服务器的资源。 对等网是利用操作系统中包含的通信协议的功能来实现数据传输，实现网络中的资源共享。 利用集线器的广播技术或者交换机的选择功能来实现点对点的连接方式和通信方式。 三、实验内容及步骤： 步骤一：网络规划 经过分析，本实验考虑网络性能，成本和实现的难易程度，确定组网方案为：用对等网，达到2台计算机软硬件资源共享，预留适当扩展，费用低，易管理等特点。 拓扑结构确定为星型连接，如下图。
步骤二：硬件要求、连接、安装。 1.两台安装Windows XP 的计算机。 2.两个RJ45的网卡，如下图。 网卡是计算机局域网中最重要的连接设备,计算机主要通过网卡连接网络.在网络中,网卡的工作是双重的:一方面它负责接收网络上传过来的数据包,解包后,将数据通过主板上的总线传输给本地计算机;另一方面它将本地计算机上的数据打包后送入网络。网卡与网络进行连接，必须有一个接口使网线通过它与其它计算机网络设备连接起来，常见的接口主要有以太网的RJ45接口。如下图。 安装网卡驱动程序，安装方法较为简单，只要按照网卡驱动程序的安装向导，一步一步执行，最后检查网卡和驱动程序是否安装完整，可以在“计算机管理”里面的“设备管理器”查看，如下图：
3网络域名及其管理——教案
网络域名及其管理 因特网上的信息资源 教学目标： １、掌握IP地址的分类、格式及子网掩码的作用 ２、掌握域名的组成和格式、域名系统的作用 ３、了解客户机域名服务器设置及互联网域名管理 ４、了解什么是网络信息资源、网络信息资源的特点 ５、掌握WWW信息资源、FTP资源 教学重、难点：IP地址类别，会判断IP格式正确与否，会判断网络号和主机号 教师活动学生活动设计意图 一、IP地址及其管理 １、IP地址：采用TCP/IP协议接入因特网，为了使网上的每 一台主机都能够和其他计算机通信，需要有一个全球都接受的 方法来标识网上的计算机。因特网上的每台主机都分配了一个 唯一的地址，称为互联网地址（Internet address）或IP地址（IP address），该地址用在所有与该主机的通信中。 ２、IP格式： IP 地址是由四个用小数点隔开的十进制整数组成的。实际上，一个IP地址是一个32位的二进制数。每8个位可以用一个十进制整数数字来表示，以简化人们的记忆。 ３、例如：某学校网络中的一台计算机IP地址为，则对应的二进制表示： ４、 ５、.地址分类活动一：判断以下 哪些IP地址是不合 法的。 活动二： 将下列IP地址进行 分类。 , 活动三：利用PING 命令，查看常用网 址的实际IP地址。 Ping 活动四：配置 IP设置，了解IP地 址的配置方法。 判断IP格式正 确与否
二、网络域名及其管理 （一）、域名和域名系统 同学们上网的时候在浏览器里有三种输入地址的方法： １、输入IP地址，如：、输入英文名称，如：、输入中文名称， 如：清华大学 其实计算机只能识别IP地址，但这种数对人来说太难记，于 是引入了后面两种方式（域名），当人们使用域名方式访问某 台远程主机时，计算机必须首先将域名“翻译”成对应的IP 地址，然后才能通过IP地址与该主机联系。这个翻译的过程 称为“域名解析”。反过来，由IP地址得出域名地址的过程称 为“域名反向解析”。因特网采用一种分布式分层机制的域名 系统DNS来使域名与IP地址之间的解析和反向解析能快速有 效地进行。 （二）、域名的组成 域名的基本格式： 主机名. 机构名. 网络名. 地区域或行业域名 （三）、客户机域名服务器的设置 以windows XP为例，桌面“网上邻居”右键--属性，在新打开的 窗口中的“本地连接”上右键--属性。 学生自学本部分知 识，最后总结归纳。
网络管理实验报告
实验1:W i n d o w2003S N M P服务配置 1.掌握简单网络管理协议的操作知识 （SNMP网络管理模型，抽象语法表示（ASN.1），管理信息结构（SMI），常用的管理信息（MIB）。SNMP协议数据格式与工作模式，网络管理系统） 2.收集在网络上实现SNMP所必需信息 （1）一个典型的网络管理系统包括四个要素：管理员、管理代理、管理信息数据库、代理服务设备。一般说来，前三个要素是必需的，第四个只是可选项。 （2）网络管理软件的重要功能之一，就是协助网络管理员完成管理整个网络的工作。网络管理软件要求管理代理定期收集重要的设备信息，收集到的信息将用于确定独立的网络设备、部分网络、或整个网络运行的状态是否正常。管理员应该定期查询管理代理收集到的有关主机运转状态、配置及性能等的信息。? 网络管理代理是驻留在网络设备中的软件模块，这里的设备可以是UNIX工作站、网络打印机，也可以是其它的网络设备。管理代理软件可以获得本地设备的运转状态、设备特性、系统配置等相关信息。管理代理软件就象是每个被管理设备的信息经纪人，它们完成网络管理员布置的采集信息的任务。管理代理软件所起的作用是，充当管理系统与管理代理软件驻留设备之间的中介，通过控制设备的管理信息数据库（MIB）中的信息来管理该设备。管理代理软件可以把网络管理员发出的命令按照标准的网络格式进行转化，收集所需的信息，之后返回正确的响应。在某些情况下，管理员也可以通过设置某个MIB对象来命令系统进行某种操作。 路由器、交换器、集线器等许多网络设备的管理代理软件一般是由原网络设备制造商提供的，它可以作为底层系统的一部分、也可以作为可选的升级模块。设备厂商决定他们的管 理代理软件可以控制哪些MIB对象，哪些对象可以反映管理代理软件开发者感兴趣的问题。 （3）管理信息数据库（MIB）定义了一种数据对象，它可以被网络管理系统控制。MIB是一个信息存储库，这里包括了数千个数据对象，网络管理员可以通过直接控制这些数据对象去控制、配置或监控网络设备。网络管理系统可以通过网络管理代理软件来控制MIB数据对象。不管到底有多少个MIB
windows_2008_域网络的组策略__实验报告
N10TH陈松2010.10.24 【实验名称】Windows 2008 域网络的组策略【实验目标】 1.组策略的作用是什么。 2.组策略的结构。 3.实现桌面背景统一。 4.配置组策略实现软件分发。【实验环境及拓扑】XAPC----L1机房【实验步骤】 一. 组策略的作用以及结构。 二. 实现桌面背景统一（案例）。 三. 配置组策略实现软件分发。 具体实验步骤如下：第一步：组策略的作用以及结构。（组策略是系统策略的更高级扩展，它是由Windows 9x/NT的“系统策略”发展而来的，具有更多的管理模板、更灵活的设置对象及更多的功能，目前主要应用于Windows 2000/XP/2003/Vista/2008中。其组策略的作用是：方便管理AD中用户和计算机的工作环境-----用户桌面环境、计算机启动/关机与用户登录/注销时所执行的脚本文件、软件分发、安全设置；还可以对域设置组策略影响整个域的工作环境，对OU设置组策略影响本OU下的工作环境；降低布置用户和计算机环境的总费用；推行公司使用计算机的规范。）（组策略的具体设置数据保存在GPO(组策略对象)中；GPO所链接的对象是SDOU组织单位。） 第二步：实现桌面背景统一（案例）。例如：公司的网络采用域结构进行管理，销售部员工的用户账户都位于Sales_OU中，现要求销售部的员工统一使用公司指定的桌面背景，而且不能随意更改成其它桌面背景。 1.创建域网络环境（1台DC ，2台客户机）域网络服务器
域网络客户机1 域网络客户机2 2.以部门为单位创建sales OU，创建销售部员工账户（sale1)---加入到此OU中。 4.编辑销售部ou组策略----强制桌面-----强制策略生效命令gpupdate /force----
结构域
结构域 科技名词定义 中文名称：结构域 英文名称：domain;structural domain;motif 其他名称：模体,基序 定义1：多肽链内一段类似球形的折叠区。多数结构域具有一定的一级结构和相应功能。 所属学科：免疫学（一级学科）；概论（二级学科）；免疫学相关名词（三级学科） 定义2：蛋白质或核酸分子中含有的、与特定功能相关的一些连续的或不连续的氨基酸或核苷酸残基。 所属学科：生物化学与分子生物学（一级学科）；总论（二级学科） 定义3：蛋白质多肽链中可被特定分子识别和具有特定功能的三级结构元件。 所属学科：细胞生物学（一级学科）；细胞化学（二级学科） 本内容由全国科学技术名词审定委员会审定公布 结构域是生物大分子中具有特异结构和独立功能的区域,特别指蛋白质中这样的区域。在球形蛋白中，结构域具有自己特定的四级结构,其功能部依赖于蛋白质分子中的其余部分,但是同一种蛋白质中不同结构域间常可通过不具二级结构的短序列连接起来。蛋白质分子中不同的结构域常由基因的不同外显子所编码。 目录 编辑本段介绍 (Domain)
在蛋白质三级结构内的独立折叠单元。结构域通常都是几个超二级结构单元的组合 结构域 。 结构域（Structural Domain）是介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。所谓结构域是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域，又称为辖区。多肽链首先是在某些区域相邻的氨基酸残基形成有规则的二级结构，然后，又由相邻的二级结构片段集装在一起形成超二级结构，在此基础上多肽链折叠成近似于球状的三级结构。对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个或多个在空间上可明显区分的、相对独立的区域性结构缔合而成三级结构，这种相对独立的区域性结构就称为结构域。对于较小的蛋白质分子或亚基来说，结构域和它的三级结构往往是一个意思，也就是说这些蛋白质或亚基是单结构域。结构域自身是紧密装配的，但结构域与结构域之间关系松懈。结构域与结构域之间常常有一段长短不等的肽链相连，形成所谓铰链区。不同蛋白质分子中结构域的数目不同，同一蛋白质分子中的几个结构域彼此相似或很不相同。常见结构域的氨基酸残基数在100～400个之间，最小的结构域只有40～50个氨基酸残基，大的结构域可超过400个氨基酸残基。 编辑本段连接状况 有些球 结构域 形蛋白的一条肽链，或以共价键相连的两条或多条肽链在空间结构上可以区分为若干个球状的子结构，其中的每一个球状子结构就被称为一个结构域。
2.3网络域名及其管理——教案
2.3 网络域名及其管理 3.1因特网上的信息资源 教学目标： １、掌握IP地址的分类、格式及子网掩码的作用 ２、掌握域名的组成和格式、域名系统的作用 ３、了解客户机域名服务器设置及互联网域名管理 ４、了解什么是网络信息资源、网络信息资源的特点 ５、掌握WWW信息资源、FTP资源 教学重、难点：IP地址类别，会判断IP格式正确与否，会判断网络号和主机号 教师活动学生活动设计意图一、IP地址及其管理 １、IP地址：采用TCP/IP协议接入因特网，为了使网上的每 一台主机都能够和其他计算机通信，需要有一个全球都接受 的方法来标识网上的计算机。因特网上的每台主机都分配了 一个唯一的地址，称为互联网地址（Internet address）或IP地址（IP address），该地址用在所有与该主机的通信中。 ２、IP格式： IP 地址是由四个用小数点隔开的十进制整数组成的。实际上，一个IP地址是一个32位的二进制数。每8个位可以用一个十进制整数数字来表示，以简化人们的记忆。 例如：某学校网络中的一台计算机IP地址为202.112.81.34，则对应的二进制表示： 202.112.81.34 11001010.01110000.01010001.00100010 ３、IP地址分类活动一：判断以下 哪些IP地址是不 合法的。 191.37.256.71 21.252.366.184 134.21.78.234 10.0.0.1 判断IP格式正 确与否
二、网络域名及其管理 （一）、域名和域名系统 同学们上网的时候在浏览器里有三种输入地址的方法： １、输入IP地址，如：166.111.4.100 ２、输入英文名称，如： ３、输入中文名称，如：清华大学 其实计算机只能识别IP地址，但这种数对人来说太难记，于是引入了后面两种方式（域名），当人们使用域名方式访问某台远程主机时，计算机必须首先将域名“翻译”成对应的IP 地址，然后才能通过IP地址与该主机联系。这个翻译的过程称为“域名解析”。反过来，由IP地址得出域名地址的过程称为“域名反向解析”。因特网采用一种分布式分层机制的域名系统DNS来使域名与IP地址之间的解析和反向解析能快速有效地进行。 （二）、域名的组成 域名的基本格式： 主机名 . 机构名 . 网络名 . 地区域或行业域名 （三）、客户机域名服务器的设置 以windows XP为例，桌面“网上邻居”右键--属性，在新打开的窗口中的“本地连接”上右键--属性。活动二：将下列IP 地址进行分类。 10.231.1.12 192.168.3.117 156.21.12.56 57.201,133.78 活动三：利用PING 命令，查看常用网址的实际IP地址。 Ping
JavaScript：理解执行环境、作用域链和活动对象
本文由我司收集整编，推荐下载，如有疑问，请与我司联系 JavaScript：理解执行环境、作用域链和活动对象2016/09/09 0 作用域的原理，对JS 将如何解析标识符做出了解答。而作用域 的形成与执行环境和活动对象紧密相关。 我们对于JS 标识符解析的判断，存在一个常见误区首先，看一个关于JS 标识 符解析的问题，源于风雪之隅提出的问题 var name = ‘globalName’;function funcA() { console.log(name); var name = ‘funAName’;console.log(name); console.log(age);funcA();这段代码的运行结果是怎样的？ 相信会有人跟我最初遇到这个问题时一样，以为结果会是这样： globalNamefunAName[脚本错误: ReferenceError] 我们认为：在funA 中, 第一次console.log 的时候，会取到全局变量name 的值’globalName’,而第二次值被局部变 量name 覆盖，因此第二次console.log 是’funAName’。而age 属性没有定义, 因此 脚本会出错。 但是实际上，运行结果是这样的： undefinedfunAName[脚本错误: ReferenceError] 为什么会这样呢？在JS 中，标识符解析是沿作用域链一级一级地搜索标识符的过程，搜索过程始终从作用域链的前 端开始，然后逐级地向后回溯，直到找到标识符为止（如果找不到标识符，通常会 导致错误发生）。因此为了正确地判断标识符的解析结果，我们必须把作用域链原理 弄清楚。 深入理解作用域原理能够为我们解密这个误区作用域链（scope chain）的生成 跟执行环境（execution context）、函数对象（function object）和活动对象（activation object）紧密相关。 执行环境执行环境是JavaScript 中最为重要的一个概念。执行函数定义了变量 或函数有权访问的其它数据，决定了它们各自的行为。每个执行环境都有一个与之 关联的变量对象（variable object）和一个作用域链（scope chain），环境中定义的因 此变量和函数都保存在其变量对象中。执行环境分为两种，一种是全局执行环境，
网络管理实验报告
网络管理实验报告 Document number：NOCG-YUNOO-BUYTT-UU986-1986UT
实验1:Window2003 SNMP服务配置 1.掌握简单网络管理协议的操作知识 （SNMP网络管理模型，抽象语法表示（），管理信息结构（SMI），常用的管理信息（MIB）。SNMP协议数据格式与工作模式，网络管理系统） 2.收集在网络上实现SNMP所必需信息 （1）一个典型的网络管理系统包括四个要素：管理员、管理代理、管理信息数据库、代理服务设备。一般说来，前三个要素是必需的，第四个只是可选项。 （2）网络管理软件的重要功能之一，就是协助网络管理员完成管理整个网络的工作。网络管理软件要求管理代理定期收集重要的设备信息，收集到的信息将用于确定独立的网络设备、部分网络、或整个网络运行的状态是否正常。管理员应该定期查询管理代理收集到的有关主机运转状态、配置及性能等的信息。? 网络管理代理是驻留在网络设备中的软件模块，这里的设备可以是UNIX 工作站、网络打印机，也可以是其它的网络设备。管理代理软件可以获得本地设备的运转状态、设备特性、系统配置等相关信息。管理代理软件就象是每个被管理设备的信息经纪人，它们完成网络管理员布置的采集信息的任务。管理代理软件所起的作用是，充当管理系统与管理代理软件驻留设备之间的中介，通过控制设备的管理信息数据库（MIB）中的信息来管理该设备。管理代理软件可以把网络管理员发出的命令按照标准的网络格式进行转化，收集所需的信
息，之后返回正确的响应。在某些情况下，管理员也可以通过设置某个MIB对象来命令系统进行某种操作。 路由器、交换器、集线器等许多网络设备的管理代理软件一般是由原网络设备制造商提供的，它可以作为底层系统的一部分、也可以作为可选的升级模块。设备厂商决定他们的管 理代理软件可以控制哪些MIB对象，哪些对象可以反映管理代理软件开发者感兴趣的问题。 （3）管理信息数据库（MIB）定义了一种数据对象，它可以被网络管理系统控制。MIB是一个信息存储库，这里包括了数千个数据对象，网络管理员可以通过直接控制这些数据对象去控制、配置或监控网络设备。网络管理系统可以通过网络管理代理软件来控制MIB数据对象。不管到底有多少个MIB数据对象，管理代理都需要维持它们的一致性，这也是管理代理软件的任务之一。现在已经定义的有几种通用的标准管理信息数据库，这些数据库中包括了必须在网络设备中支持的特殊对象，所以这几种MIB可以支持简单网络管理协议
局域网组建实训心得
局域网组建实训心得 局域网组建是以我国网络技术为背景，以局域网组建为主线，重点培养学生实际操作技能。全书引用任务引领的写作手法，每个单元由教学任务和项目实训构成。小编为大家整理了局域网组建实训心得相关内容，供大家参考阅读! 局域网组建实训心得篇一 时间过得真快，转眼间，短短两周的实训生活已悄然过去几天了，然而实训的过程还历历在目。 实训期间，让我学到了很多东西，不仅使我在理论上对网络管理有了全新的认识，在实践能力上也得到了提高，真正地做到了学以致用，更学到了很多做人的道理，对我来说受益非浅。除此以外，我还学会了如何更好地与别人沟通，如何更好地去陈述自己的观点，如何说服别人认同自己的观点。第一次亲身感受到理论与实际的相结合，让我大开眼界。也是对以前所学知识的一个初审吧!这次实训对于我以后学习、找工作也真是受益菲浅，在短短的两周中相信这些宝贵的经验会成为我今后成功的重要的基石。
作为一名中职12届的学生，经过差不多两年的在校学习，对网络有了理性的认识和理解。在校期间，一直忙于理论知识的学习，没有机会也没有相应的经验来参与项目的操作。所以在实训之前，网络管理对我来说是比较抽象的，一个完整的项目要怎么来分工以及完成该项目所要的基本步骤也不明确。而经过这次实训，让我明白一个完整项目的开发，必须由团队来分工合作，并在每个阶段中进行必要的总结与论证。 在这次实训中，我们每个人都有属于自己的工作，我负责的是安装服务管理器操作和截图，在操作过程中虽然遇到了不少问题，但是收获不少，加强了自己的独立操作能力，自学能力也得到了加强，以前都是跟着老师依样画葫芦，但是这次没有老师的帮忙，都是通过网上查找资料，看视频，然后自己操作完成项目的。虽然我们组都是男生，而且都是学习不太好的男生，在进度上总是比别人慢，但是我们靠自己完成了此次的项目。 这次实训也让我深刻了解到，不管在工作中还是在生活中要和老师，同学保持良好的关系是很重要的。做事首先要学做人，要明白做人的道理，如何与人相处是现代社会的做人的一个最基本的问题。对于自己这样一个即将步入社会的人来说，需要学习的东西很多，他们就是最好的老师，正所谓“三人行，有我师”，我们可以向他们学习很多知识、道理。
蛋白质结构分析原理及工具-文献综述
蛋白质结构分析原理及工具 （南京农业大学生命科学学院生命基地111班） 摘要：本文主要从相似性检测、一级结构、二级结构、三维结构、跨膜域等方面从原理到方法再到工具，系统地介绍了蛋白质结构分析的常用方法。文章侧重于工具的列举，并没有对原理和方法做详细的介绍。文章还列举了蛋白质分析中常用的数据库。 关键词：蛋白质；结构预测；跨膜域；保守结构域 1 蛋白质相似性检测 蛋白质数据库。由一个物种分化而来的不同序列倾向于有相似的结构和功能。物种分化后形成的同源序列称直系同源，它们通常具有相似的功能；由基因复制而来的序列称为旁系同源，它们通常有不同的功能[1]。因此，推测全新蛋白质功能的第一步是将它的序列与进化上相关的已知结构和功能的蛋白质序列比较。表一列出了常用的蛋白质序列数据库和它们的特点。 表一常用蛋白质数据库 网址可能有更新 氨基酸替代模型。进化过程中，一种氨基酸残基会有向另一种氨基酸残基变化的倾向。氨基酸替代模型可用来估计氨基酸替换的速率。目前常用的替代模型有Point Accepted Mutation (PAM)矩阵、BLOck SUbstitution Matrix (BLOSUM)矩阵[2]、JTT模型[3]。 序列相似性搜索工具。序列相似性搜索又分为成对序列相似性搜索和多序列相似性搜索。成对序列相似性搜索通过搜索序列数据库从而找到与查询序列相似的序列。分为局部联配和全局联配。常用的局部联配工具有BLAST和SSEARCH，它们使用了Smith-Waterman 算法。全局联配工具有FASTA和GGSEARCH，基于Needleman-Wunsch算法。多序列相似性搜索常用于构建系统发育树，这里不阐述。表二列举了常用的成对序列相似性比对搜索工具
JSinDeep1_探索执行环境_ES3
JSinDeep1:探索执行环境(Execution Context)-ES3篇 声明 JSinDeep系列文章主要内容为作者对ECMA-262标准中一些概念的理解和探究，同时意在帮助大家快速理解。本着严谨的态度，同时又需避免API式的枯燥细节罗列。文章会以适当插图、例子去诠释概念，致力于通俗易懂。更具体、严谨、完整的描述建议阅读ECMA262文档。碍于作者水平有限，文中若有错误，欢迎大家批评指正。 概要 在我们写JavaScript代码时会定义一些变量、函数等。解释器在执行这些代码时是如何处理并找到我们定义的这些数据的？在程序执行时，引用这些变量等操作的背后都发生了什么？本文主要探讨ECMA-262-3标准中的执行环境(Execution Context)及与之相关的一些内部机制和模型。 定义 当程序执行的控制权转移至ECMAScript可执行代码时，会进入到一个执行环境中（Execution Context，缩写为EC）。在一个EC内也可能进入到一个新的EC，这些EC逻辑上○1会形成一个栈(Stack)。 EC是程序运行时动态创建的。例如：每一个函数在被调用时都会创建一个EC，重复调用函数（包含递归调用的情形）会重新创建新的EC，而后放置在逻辑栈中。逻辑栈会在程序运行时随着新的函数调用、函数return、未处理的异常抛出等情况动态变化，但逻辑栈的最顶部总是当前正运行的EC，它的最底部总是全局EC(Global Context)。 图：运行时的逻辑EC栈
○1这里的“逻辑上”是因ECMA262标准避免限制实现者的思路，具体实现在遵循标准的前提下不受其它限制。因此这里所说的逻辑上的栈在具体实现时未必是通常意义上的栈。后面我们简称为：“逻辑栈”。 可执行代码的分类 由定义部分可知，“每一段可执行代码都有对应的EC”，为方便按不同情况讨论，先了解几种可执行代码的类型。 a). 全局代码 全局代码是指在任何被解析为函数体的代码以外的最外层的代码。 var i = 0; // 全局代码 function foo() { // foo函数定义部分为全局代码 var j = 1; // foo函数体内为函数代码 } var k = 2; // 全局代码 *字符串中的并动态被eval执行的代码除外，在下一类Eval代码中介绍 在程序执行前会初始化全局EC，逻辑栈（Logical Stack，简称为LS）的结构类似于： [伪代码] LS = { globalContext } b). 函数代码 函数代码是指函数体中的代码。某一个函数体内的函数代码并不包含其内联的其它函数的函数体中的代码。 var i = 0;// 全局代码 function foo() { // 全局代码 var j = 0; // foo的函数代码 function inner() { // foo的函数代码 var k = 0; // inner的函数代码 } if (i++ == 0) foo(); // foo的函数代码，递归调用一次foo } foo(); // 调用一次foo 逻辑栈的结构类似于: [伪代码]
北邮网络管理实验报告 实验二 SNMP协议工作原理验证与分析
信息与通信工程学院 网络管理 实验报告 专业信息工程 班级 2013211124 姓名曹爽 学号 2013210640
实验二SNMP协议工作原理验证与分析 一、实验目的 本实验的主要目的是学习SNMP服务在主机上的启动与配置，以及用MIB 浏览器访问SNMP MIB对象的值，并通过直观的MIB-2树图加深对MIB被管对象的了解。学习捕获SNMP报文，通过分析该报文理解SNMP协议的工作过程、SNMP 的报文结构、MIB-2树的结构、理解管理信息结构SMI及其规定的ASN.1。 二、实验要求 1、SNMP服务在主机上的启动和配置； 2、分析MIB-2树的结构； 3、通过get、getNext、set、trap几种操作访问MIB对象的值。 4、分析并验证SNMP协议的工作过程； 5、分析并验证SNMP协议数据单元的格式； 6、分析理解管理信息结构SMI及其规定的ASN.1。 三、实验工具 AdventNet MIB浏览器、数据包捕获软件Iris 4.0。 四、实验步骤 1.启动SNMP服务并配置共同体 按照书中的步骤启动SNMP服务，如下图所示。
之后完成SNMP Service属性设置，确保服务启动。如下图所示。 之后配置SNMP共同体，如下图所示，配置团体权利为“只读”，团体名称为“public”。
2.配置并熟悉MIB浏览器 启动MibBrowser，窗口如下。 左侧栏显示的就是MIB树，可以点击子节点前方的“+”“-”号展开或收起。选择“sysName”对象，点击“Get SNMP variable”可以访问对象，如下图所示。如果点击“GetNext SNMP variable”可以访问下一个对象。
局域网实验报告
局域网技术与组网工程 实验报告 学年学期：201 ~201 学年第学期班级： 任课教师： 学号 姓名
实验题目 一、实验目的 实现不同VLAN 之间的通信，有助理解、学习VLAN 原理和子接口概念。锻炼同学们的动手能力。 二、实验拓扑 三、实验步骤 首先进行VLAN 配置 划分vlan 10 并加入端口 [H3C] vlan 10 [H3C-Vlan10] port ethernet 1/0/1 to 1/0/10 2. 划分vlan20并加入端口 [H3C] vlan 20 [H3C-Vlan20] port ethernet 1/0/11 to 1/0/23 3. 给连接路由器的端口打trunk [H3C] interface Ethernet 1/0/24 192.168.1.2/24 网关：192.168.1.1 Vlan 10
[H3C-Ethernet0/24] port link-type trunk [H3C] port trunk permit vlan all 路由器配置 [Router]int gi0/0 [Router-Ethernet0/0]int gi0/0.10 //定义子接口GE0/0.10 [Router-Ethernet0/0.10]ip add 192.168.1.1 255.255.255.0 [Router-Ethernet0/0.10]vlan-type dot1q vid 10 [Router]int gi0/0 [Router-Ethernet0/0]int gi0/0.20 //定义子接口GE0/0.20 [Router-Ethernet0/0.20]ip add 192.168.2.1 255.255.255.0 [Router-Ethernet0/0.20]vlan-type dot1q vid 20 四、实验结果