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生物信息学数据库大全

综合数据库

★INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/embl.html ★GenBank ，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Web/Genbank/

★DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。http://www.ddbj.nig.ac.jp/

★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/gsdb/

★TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/tdb/hcd/overview.html

DNA序列数据库

包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。

★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★CUTG,MM子使用频度表。

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

http://www.kazusa.or.jp/codon/

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。

http://www.epd.isb-sib.ch/

★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。

http://transfac.gbf.de/TRANSFAC

★TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。

http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~server/repbase.html

★MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html

★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/jmc/alu/)

★Simple Repeats,简单重复序列库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,

★COMPEL,复合元件数据库。

ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

★MPDB,分子探针数据库。

http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html

★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/

★PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。

http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/

★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/

ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

★Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。

http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html

★OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/OPD/

★dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbSTS/

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/repository/dbSTS)

★dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbEST/

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/repository/dbEST)

★AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB>http://bio-[url]https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:800 0/BioWWW/#AMMTDB[/url]

★HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。

http://acnuc.univ-lyon1.fr/

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,biogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)

★DNA结构参数库.

ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)

★NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pub/databases/nucleosomal_dna/

★SELEX_DB,随机化序列库.

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/

★ASDB,交替剪接基因的数据库.

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8888/

★Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~kent/intronerator/

★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/intron/index.html

★EID,外显子、内含子数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/gilbert/EID/

★ExInt,外显子、内含子数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,.sg/rint/exint.html

★NDB,核酸晶体结构数据库。

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/NDB/ndb.html

★VectorDB,载体数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/repository/vetcor-ig)

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/repository/vector)

RNA序列和核糖体数据库:

★1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~rna1/

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html

★snoRNA,小核仁RNA数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/biochem ... noRNA-DataBase.html

★Small RNA数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/smallRNA/smallrna.html

★RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型

。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/RNAseP/home.html

★tmRNA网点。包含tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~tmrna/

★tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbs/tmRDB/tmRDB.html

★gRNA,导引RNA数据库。

http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/

★SRPDB,信号识别粒子数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbs/SRPDB/SRPDB.html

★TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Transterm/

l 类病毒和类病毒样RNA数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,herb.ca/~jpperra/

★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/EmbIT/UTRHome/

★ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。

http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html

★RNAmods,RNA修饰数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/RNAmods/RNAmods.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/library/RNAmods)

★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。

http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html

★tRNA序列和基因、结构与功能数据库。

http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/

★PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/srs6/"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/srs6/>http://bio-[url]https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/srs6/[/url] https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/services/

★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、23S-likeMDBexp数据库，是一批16S 和23S核糖体RNA突变数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/departments/biology/databasee/rna.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/nar/)

★RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8080/RNA/

★uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbs/uRNADB/uRNADB.html

★U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/RNA/trypanosome/database.html

★PseudoBase,假扭结数据库。

http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html

★RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/RDP/

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/)

★SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。

http://rrna.uia.ac.be/ssu/

★LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。

http://rrna.uia.ac.be/lsu/

★5S rRNA数据库。

http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html

★DRC,核糖体交链数据库。

http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/

★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/

★RNA非正则配对数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bp_type/

基因图谱数据库:

★Rhdb,辐射杂交数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/RHdb

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/databases/RHdb)

★Mouse RH数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/mouse_rh/

★GDB,人类基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,

★GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/genemap/

★HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/databases/RHdb/gm99.map)

人类基因组测序中心:

★HUGO是人类基因组组织的缩写。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中国情况的短文在：http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html

★美国能源部支持的人类基因组计划

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/production/ober/hug_top.html

★美国国家卫生署对人类基因组计划的支持，通过NHGRI即国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）体现。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★英国Wellcome Trust是人类基因组计划的另一个主要资助者。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★百慕大原则：测序的中间和最终结果都必须迅速的公开。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/hugo/bermuda.html

★世界上主要人类基因组测序中心的名单。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/inf/Hgcenters.html

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/hgmis/centers.html

★NCBI的GenBank数据库从1999年10月起，建立了智人基因组子目录，其下按染色体编号设子目录。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/genbank/genomes/H_sapiens/

★英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有到其他染色体数据的链接。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/HGP/

★日本的DDBJ和信息生物学中心（CIB）联合建立了一个Human Genomics Studio，可以按染色体编号检索和查找基因序列。

http://studio.nig.ac.jp/

★Sanger 中心是世界上最大的DAN测序中心之一。承担人类基因组计划的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/HGP/stats.html

★LBNL，Lawrence Berkeley 国家实验室。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/GenomeHome.html

★LLNL，Lawrence Livermore 国家实验室。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bbrp/genome/genome.html

★LANL，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/index.html

★JGI，由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所（Joint Genome Institute）。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★UWGC，华盛顿大学基因中心，是国际上最活跃的测序中心之一。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★SHGC，斯坦福大学人类基因中心，主要做高分辨率辐射杂交图谱，以及人类第四号染色

体BAC克隆的测序。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★DOGS，基因组尺寸数据库。

http://www.cbs.dtu.dk

★GenBank的/genomes/子目录：

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/databases/genband/genomes/)

★EuGenes,真核生物基因综合知识库，目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/eugenes

原核生物基因组:

★细菌基因组计划的进展情况，可从以下网站查询：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/PMGifs/Genomes/bact.html

★MOT ，欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~sterk/genome-MOT/

★GIB，日本DDBJ设立的Genome Information Broker for microbial genomes 的缩写。http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/

★MAGPIE测序计划清单也可以参考。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~gaasterland/genomes.html

★EMGLib,增补微生物基因组库。

http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html

★大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列，可由GenBank的子目录/genomes/获取，或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心，即Blattner实验室的网页读取：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pub/sequence/

★ECDC,大肠杆菌菌株K12的基因序列库，包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA 和rRNA等。

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,)/pub/databases/ecdc)

★EcoGene和EcoWeb,大肠杆菌K12菌株基因组数据库，包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/EcoGene/EcoWeb/

★RegulonDB,大肠杆菌转录调控和操作子数据库。

http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/

★NRSub,非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库，包括完全基因组、MM子使用表、基因图谱和基因家族。

http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)

★HIDB,流感嗜血菌完全基因组的原始数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pub/data/h_influenzae

★HIDC,流感署血菌基因序列库。

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html

★CyanoBase,蓝细菌数据库，实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。

http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

★MJDB,詹氏甲烷球菌基因组数据库。

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/data/m_jannaschii)

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html

★MycDB,分枝杆菌数据库。

http://www.biochem.kth.se/MycDB.html

★PGI,疫霉属基因预研究计划的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pgi/

真菌基因组:

★SGS,酿酒酵母基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Saccharomyces/"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Saccharomyces/>http://genome-[url]www.standford.ed u/Saccharomyces/[/url]

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/yeast)

★LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

ftp://bioftp.unibas.ch

★MYGD,酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库。

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

★YIDB,酵母内含子数据库。

http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

★MNCDB,由德国MIPS所维护的粗糙链孢霉基因组数据库。

http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

★真菌基因组资源的网址：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:5080/main.html

★FGSC,真菌遗传学信息中心。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

原生生物和线虫基因组:

★欧洲生物信息研究所EBI的原生生物网页：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Projects/Protozoa/

★AceDB,线虫综合数据库。

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/acedb)

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(repository/acedb)

ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

★关于线虫发育特别是化学感觉神经的研究。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

昆虫基因组:

★斯坦福大学的果蝇基因组中心。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★FlyBase,果蝇胚胎发育过程中基因相互作用的WWW数据库。

http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

★哈佛大学的果蝇网页。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★MsqDB,蚊子基因数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/acedb/MsqDB-acedb.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,

鱼类数据库:

★美国国家卫生署1997年建立的斑马鱼网页。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/science/models/zebrafish/

★ZFIN,斑马鱼基因组、发育突变和野生种系数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/ZFIN/

★Fugu是河豚的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★RainMap彩虹鳟鱼基因图谱数据库。

http://locus.jouy.inra.fr/

★另一个鳟鱼科基因数据库在美国华盛顿州立大学：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8000/~thorglab/DATA.html

啮齿动物基因组(主要是有关家鼠的数据库):

★M.Musculus基因组库。

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/genbank/genomes/M_muslulus)

★MGD,家鼠基因组库，现在又称MGI即家鼠基因组信息库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/mgd.html

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★Cre转基因家鼠系的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/periodical/yc/yc9903/990314html

★RatMap,大鼠基因图谱数据库。

http://ratmap.gen.gu.se/

细胞器数据库:

主要是线粒体和叶绿体基因的数据。

★MitoNuc

http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

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http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

★MitBASE,线粒体DNA数据库，集成所有已知线粒体基因信息。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★人类线粒体数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it8000/Tutorials/MitBASE/"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it8000/Tutorials/MitBASE/>http://bio-[url]https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it8000/Tu torials/MitBASE/[/url]

★MitBASE Pilot,酵母线粒体中核基因数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★植物和藻类线粒体数据库。

http://www3.biologie.uni-ulm.de/ ... e/plant_mt_gene.gif

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8889/mitb ... .pla_show_qry_opts/

★原生生物线粒体数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/Tutorials/MitBASE/protist_table.html"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/Tu>http://bio-[url]https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/Tu[/url] ... /protist_table.html

★脊椎动物线粒体数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html>http://bio-[url]www. https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html[/url]

拟南芥基因组:

★MATDB,国际拟南芥基因组计划的数据汇总。

http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/

★AtDB,拟南芥基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Arabidopsis/"

target="_blank">https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Arabidopsis/>http://genome-[url]https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Arab idopsis/[/url]

ftp://https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,(/pub/arabidopsis)

★DatA,拟南芥基因组注释库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/group/arabprotein/

★TAIR,拟南芥信息资源。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★AGR,拟南芥基因组资源。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/agr/agr.html

★TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/tdb/at/at.html

病毒数据库:

★ICTVdB,病毒数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html

★VIDEdB,病毒鉴定交换数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,.au/research-groups/MES/vide/

★RDV,水稻矮缩病毒基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/rdv/

蛋白质序列数据库:

★SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的库。

http://www.expasy.ch/sprot/

★TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列，已经完成了自动注释。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:5000

★PIR是蛋白质信息资源的缩写。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pir/

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/

★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列，与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,biogen.fr/srs/

★PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库。

http://www.expasy.ch/prosite/

★PrositeScan服务器，根据用户填表提交的蛋白质序列搜索PROSITE模式。

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

★PSD,蛋白质序列数据库，是PIR的主体。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pirwww/dbinfo/texpsd.html

★PATCHX,PIR的子库之一，收入尚未纳入PIR库的蛋白质序列。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pirwww/dbinfo/patchx.html

★ARCHIVE,PIR的子库之一，保存PIR库中条目的原始文献或最初提交的序列。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pirwww/dbinfo/achive.html

★ProClass,蛋白质类数据库，是根据PROSITE库和PIR库中超家族的关系组织起来的非冗余蛋白质库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/gsfserver/prolclass.html

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/proclass.html

★PIR-ASDB,PIR的注释和相似性数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/por/

★KIND,瑞典斯德哥尔摩生物信息中心维护的非冗余蛋白质序列库。

ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)

★ENZYME,基于命名系统的酶数据库。

http://www.expasy.ch/enzyme/

★BRENDA,这是一个内容广泛的酶的信息库。

http://www.brenda.uni-koeln.de/

★OWL,蛋白质序列库，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻译序列和PDB等数据库产生的非冗余的蛋白质序列库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bmb5dp/owl.html

★GeneCards,由以色列魏茨曼科学研究所维护的关于基因及其产物，以及它们的生物医学应用的文献库。

http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards

★SWISS-2DPAGE,由二维聚丙烯酰胺凝胶电泳所确定的蛋白质的参考图谱数据库，包括文本和图象信息，通向其他2D-PAGE数据库的链接等。

http://www.expasy.ch/ch2d/

★HDB,组蛋白数据库，包括联配好的组蛋白序列以及已确认包含有组蛋白折叠模体的非蛋白序列，以及所有已知组蛋白和组蛋白质折叠的结构，同时指出不同数据库中类似序列的差异。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/histones/

★HOBACGEN数据库，包含按家族组织的所有细菌的蛋白质序列，有助于从各种细菌选取同源家族，作多序列联配和构建亲缘树。

http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html

★MITOP,线粒体蛋白质组数据库，包括线粒体有关的基因、蛋白质和疾病信息。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★MITOMAP,人类线粒体基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/mitomap.html

★REBASE,限制性内切酶和甲基化酶数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/rebase

★ProtoMap,蛋白质分类数据库。

http://www.protomap.cs.huji.ac.il/

★ISSD蛋白质序列数据库。

http://www.protein.bio.msu.su/issd/

★PRF,日本蛋白质研究基金会维护着三个蛋白质和多肽数据库：PRF/LITDB文献库、PRF/SEQDB序列库及PRF/SYNDB合成产物库。

http://prfsun2.prf.or.jp/

★MEROPS,肽酶数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Merops/Merops.html

★PKR,蛋白激酶信息库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html

★Wnt基因网页。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/rnusse/wntwindow.html

★PhosphoBase,磷酸化位点数据库。

http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/

★SYSTERS,蛋白质集团数据库。

http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/

★DIP蛋白质相互作用数据库

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★DexH/D数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~ej67/dbhome.htm

★Homeodomain,同源异形结构域数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/homeodomain/

★InBase,新英格兰生物实验公司的蛋白质剪接数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/neb/inteins.html

★LGICdb,配体门控离子通道数据库。

http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html

★SENTRA,信号传递蛋白质数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/WIT2/Sentra/

★ICN,离子通道网络，是由美国神经科学数据库中心等单位联合建立的一个内容丰富的网页。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/csn/

★Aaindex,氨基酸索引数据库。

http://www.genome.ad.jp/aaindex/

蛋白质结构和分类数据库:

★PDB,蛋白质结构数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pdb/

★RCSB,结构生物信息学信息学合作研究组织。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★PDBNEW,下一版PDB库正式发布前收到的全新或更新条目。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基础上建立的二级库，包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二级结构等。

http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/

ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)

★PDB at a Glance清单。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/modeling/pdb_at_a_glance.html

★PDBselect数据库。

http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/

★PDBsum是PDB库中数据的更便于阅读的总结和分析，以及一些衍生数据。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bsm/pdbsum/index.html

★BioMagResBank简称BMRB，是关于多肽、蛋白质和核酸的核磁共振数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★CSD,剑桥结构数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/prods/csd.html

★NRL-3D,三维结构已经确定的蛋白质序列库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Dan/proteins/nr13d.html

★FAMBASE,,是每个蛋白质家族的代表序列的集合，它有助于加速同源性搜索。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pirwww/dbinfo/fambase.html

★ProtFam,蛋白质超家族的序列联配数据库。

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/

★SCOP,蛋白质结构分类数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/scop/

★CATH,蛋白质结构与功能关系分类数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bsm/cath/

★PIR-ALN,蛋白质序列联配数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pir/alndb.html

★3Dee,蛋白质结构域定义的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8080/3Dee/

★ProTherm,蛋白质及其变异体热力学数据库。

http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html

★ASTRAL是基于SCOP数据库的一组分析蛋白质结构和蛋白质序列的数据库和工具。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★RESID,蛋白质翻译后修饰情况的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pirwww/search/textresid.html

★SMART是简单模块构架搜索工具的缩写。

http://SMART.embl-heidelberg.de/

★PROMISE数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bmbknd/promise/MAIN.html

★MMDB蛋白质分子模型数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Structure/

★VAST矢量联配搜索工具。

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

★DSSP,PDB库中所有蛋白质条目的二级结构归属数据库。

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

★HSSP,按同源性导出的蛋白质二级结构数据库。

http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/

★Dali/FSSP,基于PDB数据库中现有蛋白质三维结构，用自动结构对比程序Dali逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库。

http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dali/fssp/

★3d_ali数据库，搜集彼此相关的蛋白质序列和结构数据。

http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html

★DEF蛋白质折叠类的预测数据库。

http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html

★INFOGENE,Sanger中心计算基因组学小组维护的、各基因组测序计划所提供的序列中已知的蛋白质和预测出的基因与蛋白质的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/inf/infodb.html

★TMBase,跨膜蛋白数据库。

ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)

★PRESAGE是关于结构基因组学的一个数据库，它为库中每个蛋白质搜集了反映当前实验状况、结构、模型和研究建议的注释。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★SBASE,带有注释的蛋白质序列片、即蛋白质结构域的数据库，由ICGEB建立和维护。http://www.icgeb.trieste.it/sbase/

★InterPro,集成的蛋白质结构域和功能位点数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/interpro/

★HITS,瑞士新近建立的一个蛋白质结构域数据库。

http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index

★BLOCKS,蛋白质分类与同源性数据库，包含蛋白质家族中保守区域的组块多序列联配的数据。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★BLOCKS+数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★PFAM高质量的蛋白质结构域家族数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Sorfware/Wise2/

★PRINTS数据库最近改名为PRINTS-S，这是一个蛋白质家族的指纹和模体数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbbrowser/PRINTS/

★ProDom自动产生的蛋白质结构域家族数据库。

http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html

★DOMO,蛋白质结构域数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,biogen.fr/services/domo/

★GRBase,这是参与基因调控的蛋白质的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~regulate/

★PMD,蛋白质突变体数据库。

http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/

★GLYCBASE,蛋白质糖基化位点数据库。

http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/

★ORDB嗅觉受体蛋白质序列数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/senselab/ordb/

★CarbBank亦称CCSD，复杂碳水化合物结构数据库，通常与蛋白质结构数据库归在一起。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,

★SWISS-3DIMAGE,蛋白质三维图象和PDB浏览器。

http://www.expasy.ch/sw3d/

★IMB,大分子三维图象库。

http://www.imb-jena.de/IMAGE.html

★BioImage,多维生物学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★MolMovDB,耶鲁大学的生物信息学研究室维护的分子运动数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/MolMovDB/

★ModBase,蛋白质结构模型比较数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/modbase/

比较基因组学和蛋白质组学数据库:

★COG直系同源聚类数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/COG/

★GeneCensus,耶鲁大学生物信息学研究室维护的各物种基因组的比较数据库，着重于折叠单元的结构对比。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/XREFdb/

★XREFdb,哺乳动物和模式生物的基因和遗传学交叉引用数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/XREFdb/

★YPD,酿酒酵母蛋白质组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/YPDhome.html

★WormPD,线虫蛋白质组学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/YPDhome.html

基因表达数据库:

★Flyview,果蝇基因表达数据库。

http://flyview.uni-muenster.de/

★Flybrain,果蝇神经系统图谱和数据库。

http://flybrain.uni-freiburg.de/

★NEXTDB,线虫基因表达模式数据库。

http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/

★MAGEST数据库，其名字来自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短语的缩写。

http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/

★BodyMap,人类和家鼠基因表达数据库。

http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/

★Axeldb,非洲爪蟾基因表达数据库。

http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html

★XMMR,非洲爪分子标记资源。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★TRIPLES,酵母基因功能数据库，设在耶鲁大学医学院的基因组分析中心。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/triples/

★MGEIR,集成的家鼠基因表达信息资源。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★GXD,家鼠基因表达数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/searches/gxdindex_form.html

★EpoDB,脊椎动物红细胞生成基因表达分析数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/epodb/

★KidneyDB,肾脏发育数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/anatomy/kidbase/kidhome.html

★ToothExp,牙齿基因表达数据库。

http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html

基因突变、病理和免疫数据库:

★HGMD人类基因突变数据库，可用于预测基因疾病。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/uwcm/mg/hgmd0.html

★Marfan人类FBN1基因突变数据库及分析软件。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/uwcm/mg/hgmd0.html

★Collagen人类胶原数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,//genetics/collagen/

★人类PAX2等位基因变异数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Softdata/PAX2/

★人类PAX6等位基因突变数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Softdata/PAX6/

★Androgen雄激素受体突变数据库，包含与男性性器官发育不良、前列腺癌等有关图谱，密度、频度以及基因型和表现型关联数据。

http://www.mcgill.ca/androgendb/

★ALFRED为Allele FREquency Database 的缩写。这是由耶鲁大学K.K.Kidd实验室维护的一个针对人口多样性和DNA多态性的等位基因数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/alfred/

★CD40LBASE,CD40L基因突变数据库。

http://www.expasy.ch/cd40lbase/

★KMDB由日本庆应义塾大学医学院建立的一组与人类疾病有关的基因突变数据库。http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMeyeDB人类疾病和眼病基因突变人类心脏病基因突变数据库。

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/

★KMearDB人类耳病基因突变数据库。

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMbrainDB人类脑病基因突变数据库。

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMcancerDB人类癌症基因突变数据库。

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★OMIA是一大批动物的孟德尔遗传、疾病、基因型和表现型的数据库。

http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html

★Atlas法国建立的针对肿瘤学和血液学的遗传与细胞遗传交互数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,biogen.fr/services/chromcancer/

★HAMSTeRS凝血因子VIII结构和突变位点数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★HaemB,B型血友病凝血因子IX点突变和短插入或删除序列的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/molgen/haemBdbatabase.html

★TTMD转基因动物和靶突变数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★FIMM功能分子免疫学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,.sg:8080/fimm/

MTB家鼠肿瘤生物学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★BCGD人类乳腺癌基因数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/ermb/bcgd/bcgd.html

★PAH是导致人类苯丙酮尿症的苯丙氨酸羟化酶特异位点数据库。

http://www.mcgill.ca/pahdb/

★CFTR,囊性纤维变跨膜调控子突变数据库。

http://genet.sickkids.on.ca/cftr/

★NRR核受体资源计划，包括糖类皮酯激素、矿质肾上腺皮质激素、甲状腺激素、维生素D 受体、类固醇受体等信息的数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/nrr/nrr.html

★IMGT1989年建立的国际免疫遗传学数据库。

http://imgt.cines.fr:8104/

★HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金会的人类白细胞抗体HLA住处30年前由E.A.Kabat 建立的具有免疫学意义的蛋白质序列数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/HIG/

★PEDB前列腺表达数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/PEDB/

★HIV,艾滋病分子免疫学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/immunology/immuno-main.html

★斯坦福大学的HIV RT数据库，包含几乎全部已发表的HIVＲＴ和蛋白酶序列，是研究抗HIV药物靶分子演化和与药物有关变化的原始资料。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,.hiv/

代谢途径和细胞调控数据库:

★WIT是Ｗhat Is There的缩写。是美国阿贡国家实验室的一个集成的重构代谢途径和模型的系统。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/WIT/

★EMP是酶与代谢途径的缩写。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/emphome.html/

★MPW代谢途径数据库，是EMP库的一个子集。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/MPW/

★PUGA原是单细胞生物代谢途径亲缘联配数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/home/compbio/PUMA/

★EcoCyc数据库和MetaCyc数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/ecocyc/

★PathDB,代谢途径数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Software/pathdb/

★KEGG,京都基因与基因组百科全书，它包含核酸分子、蛋白质序列、基因表达、基因组图谱、代谢途径图等。

http://www.genome.ac.jp/kegg/

★由Boehringer Mannheim公司提供的代谢途径图，悬挂在许多生化实验室的墙壁上。http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/

★SMILES是一个辅助性数据库，它搜集与代谢途径有关的化合物名称。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dayhtml/smiles/

★LIGAND,酶反应化学数据库，由日本京都大学化学研究所维护。

http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand

★CSNDB细胞中信号网络的数据库。

http://geo.nihs.go.jp/csndb/

★Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~lynda/index.html

★美国农业部国家农业图书馆基因组信息系统，它本身的服务器基于AceDB。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8000/

★ARS农业研究服务处新设立在康奈尔大学的USDA-ARS生物信息学和比较基因组学中心，ARS是Agricultural Research Service的缩写。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★AgDB农业数据库和信息资源总清单。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/agdb/

★设在英国爱丁堡的Roslin研究所的生物信息组，发展了名为“方舟”的系统来搜集和比较各种动物基因图谱。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/cgi-bi ... swer.sh?species=pig

★INRA法国国家农业研究所。

http://locus.joun.inra.fr/

★美国得克萨斯A&M大学是牛类基因图谱数据库的原始网址和绵羊、马数据库的镜象点：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,

★美国衣阿华州立大学有猪和鸡基因图谱数据库的镜象点：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,

农作物:

★UK CropNet英国农作物植物生物信息网络。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★INE水稻基因数据库。

http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

★我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括基因组注释库、重复序列库，以及基因索引。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/tdb/rice/

★RiceGenes是美国康奈尔大学的水稻基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/ricd/

★GrainGenes是美国农业部和国家农业图书馆的植物基因组计划支持的麦、燕麦和甘蔗遗传数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★关于世界范围的水稻生产和市场等情况。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★WHEAT小麦基因图谱数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★KOMUGI日本小麦网。是由6所大学和研究所联合维护。

http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

★MaizeDB玉米基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/top.html

★ZmDB玉米基因组数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★ILDIS国际豆科植物数据库和信息服务。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/LegumeWeb/

★豆类基因图谱：

http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanref/

★MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金会联合开展的豆科苜蓿属植物Medicago truncatula 的基因组研究，在2000年４月已经提交15000多条EST。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/research/mgi/

★cottonDB美国南方平原农业研究中心所维护的棉花数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★TreeGenes树木遗传图谱数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8000/plant/abouttreegenes.html

基因组信息分析

1．基因组序列信息的提取和分析

dbEST https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbEST/index.html

UniGene https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/entr ... arch&DB=unigene

Transcription factor database http://transfac.gdb.de/TRANSFAC/)

基因组信息分析

2．功能基因组相关信息分析

NCBI https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

Entrez https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Entrez

OMIM https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/entrez/query.fcgi?db=OMIM)

蛋白质组学相关信息分析

SWISS-2DPAGE https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/ch2d/

SIENA-2DPAGE http://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html

Human 2D-PAGE Databases http://proteomics.cancer.dk/

PROSITE https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/prosite/

PRINTS https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dbbrowser/PRINTS/

Pfam（http:// https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Software/Pfam/

Blocks(http:// https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/)

SWISS-PROT蛋白质序列库https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/sprot/)

大分子结构模拟和药物设计生物信息分析

PDB https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pdb/);

SCOP https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/scop/)

CATH https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bsm/cath/);

SWISS-3DIMAGE https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/sw3d/)

DSSP https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dssp/)

PDBsum https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bsm/pdbsum/)

核酸序列的预测分析

1. 重复序列分析

CENSOR https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

RepeatMasker https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/cgi-bin/RepeatMasker

XBLAST程序https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/BLAST/

核酸序列的预测分析

2. 数据库搜索

NCBI的BLAST https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/BLAST/

3. 编码区统计特性分析:

GRAIL https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Grail-1.3/

GenMARK https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

tRNAscan-SE https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/eddy/tRNAscan-SE/ GENSCAN https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/GENSCAN.html

蛋白质结构和功能的预测分析

预测蛋白质的物理性质

ExPASy http://www.expasy.ch/tools/

PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.htm

SAPS http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html

蛋白质结构和功能的预测分析

蛋白质二级结构预测:

NnPredict https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~nomi/nnpredict.html PredictProtein（国内镜像）：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/predictprotein/ Tmpred https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/software/TMPRED_form.html SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

蛋白质结构和功能的预测分析

蛋白质三维结构预测:

SWISS-MODEL http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

PSI-BLAST https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/BLAST/

家畜和家禽:

★ChickGBASE鸡基因图谱计划，搜集全世界鸡基因图谱信息。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/chickmap/chickgbase/manager.html

★Swimemap猪基因图谱计划，饮食店染色体图谱和标记。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/genome/swine/swine.html

★PiGBASE,猪基因图谱信息库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/pigmap/arkpig/

★SheepBase已发表的绵羊基因位点数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★Goatmap,山羊基因图谱数据库。

http://locus.jouy.inra.fr/

★HorseMap马基因图谱数据库。

http://locus.jouy.inra.fr/

★Bovmap法国的牛基因图谱数据库。

http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

★BovBase英国的牛基因图谱数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/bovmap/arkbov/

★BovGBASE美国农业部的家畜基因组图谱计划中的牛基因数据库。https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,:8000/animal/aboutbovgbase.html

★Buffmap水牛基因图谱数据库。

http://locus.jouy.inra.fr/

★DogMap狗基因图谱数据库。

http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html

★CatMap猫基因图谱数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/catmap/ark/

生物医学文献数据库

★MEDLINE是美国国家医学图书馆的文献摘要库，反映美国及其他国家3800多种医学和生物期刊的作者摘要和引用情况。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/dtabases/medline.html

★最为方便的查询MEDLINE的方式，是通过NCBI的PubMed服务：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/PubMed/

★SeqAnalRef这是由A.Bairoch个人维护的有关序列分析的文献目录。

http://www.espasy.ch/seqanalref/

★SCI是设在美国费城的科学信息研究所所提供的文献引用情况的检索服务。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★CancerWeb癌症网页：

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/cancerweb.html

★HUMAT人体解剖学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/anatomy/database/humat/

★KeyNet按生物序列功能组织的基因和蛋白质名称关键字库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,r.it/keynet.html/

★BioABACUS生物学与生物技术以及计算机科学缩写字表。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/~molbio/bioABACUShome.html

其他数据库:

★Taxonomy分类学数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Taxonomy/tax.html

★ETI世界生物多样性数据库设在荷兰的分类鉴定专家中心。

http://www.eti.uva.nl/

★位于美国麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一个海洋动物数据库。

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/

★TAED适应性演化数据库。

http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html

★Integrated Database Retrieval Systems

★Entrez

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Entrez/default.htm

★Sequence Retrieval System (SRS)

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/srs/srsc

★The Institute for Genomic Research (TIGR), Human Gene Index (HGI) Sequence Search

4-1-2-DDPDE/USA

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/tdb/hgi/searching/hgi_seq_search.html

Search for nucleotides and peptides.

★TIGR HGI Reports

3-1-2-DDcW/USA

https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/tdb/hgi/searching/hgi_info.html

分子生物学复习题(有详细答案)

绪论思考题：（P9） 1.从广义和狭义上写出分子生物学的定义？广义上讲的分子生物学包括对蛋白质和核酸等生物大分子结构与功能的研究，以及从分子水平上阐明生命的现象和生物学规律。狭义的概念，即将分子生物学的范畴偏重于核酸（基因）的分子生物学，主要研究基因或DNA结构与功能、复制、转录、表达和调节控制等过程。其中也涉及与这些过程相关的蛋白质和酶的结构与功能的研究。 2、现代分子生物学研究的主要内容有哪几个方面？什么是反向生物学？什么是后基因组时代？研究内容： DNA的复制、转录和翻译；基因表达调控的研究；DNA重组技术和结构分子生物学。反向生物学：是指利用重组DNA技术和离体定向诱变的方法研究已知结构的基因相应的功能，在体外使基因突变，再导入体内，检测突变的遗传效应，即以表型来探索基因结构。后基因组时代：研究细胞全部基因的表达图式和全部蛋白质图式，人类基因组研究由结构向功能转移。 3、写出三个分子生物写学展的主要大事件（年代、发明者、简要内容） 1953年Watson和Click发表了?脱氧核糖核苷酸的结构?的著名论文，提出了DNA的双螺旋结构模型。 1972~1973年，重组DNA时代的到来。H.Boyer和P.Berg等发展了重组DNA 技术，并完成了第一个细菌基因的克隆，开创了基因工程新纪元。 1990~2003年美、日、英、法、俄、中六国完成人类基因组计划。解读人类遗传密码。 4、21世纪分子生物学的发展趋势是怎样的？随着基因组计划的完成，人类已经掌握了模式生物的所有遗传密码。又迎来了后基因组时代，人类基因组的研究重点由结构向功能转移。相关学说理论相应诞生，如功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学。生命科学又进入了一个全新的时代。第四章思考题：（P130） 1、基因的概念如何？基因的研究分为几个发展阶段？概念：基因是原核、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列，是遗传的基本单位和突变单位以及控制形状的功能单位。发展阶段：○120世纪50年代以前，主要从细胞的染色体水平上进行研究，属于基因的染色体遗传学阶段。 ○220世纪50年代以后，主要从DNA大分子水平上进行研究，属于分

生物信息学软件及使用概述

生物信息学软件及使刘吉平 liujiping@https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html, 用概述生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念：科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点）生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

数据库SQL查询语句大全修订稿

数据库S Q L查询语句大全公司标准化编码 [QQX96QT-XQQB89Q8-NQQJ6Q8-MQM9N]

经典SQL查询语句大全一、基础 1、说明：创建数据库 CREATE DATABASE database-name 2、说明：删除数据库 drop database dbname 3、说明：备份sql server --- 创建备份数据的 device USE master EXEC sp_addumpdevice 'disk', 'testBack', 'c:\mssql7backup\' --- 开始备份 BACKUP DATABASE pubs TO testBack 4、说明：创建新表 create table tabname(col1 type1 [not null] [primary key],col2 type2 [not null],..) 根据已有的表创建新表： A：create table tab_new like tab_old (使用旧表创建新表) B：create table tab_new as select col1,col2… from tab_old definitio n only 5、说明：删除新表 drop table tabname 6、说明：增加一个列 Alter table tabname add column col type

注：列增加后将不能删除。DB2中列加上后数据类型也不能改变，唯一能改变的是增加varchar类型的长度。 7、说明：添加主键：Alter table tabname add primary key(col) 说明：删除主键： Alter table tabname drop primary key(col) 8、说明：创建索引：create [unique] index idxname on tabname(col….) 删除索引：drop index idxname 注：索引是不可更改的，想更改必须删除重新建。 9、说明：创建视图：create view viewname as select statement 删除视图：drop view viewname 10、说明：几个简单的基本的sql语句选择：select * from table1 where 范围插入：insert into table1(field1,field2) values(value1,value2) 删除：delete from table1 where 范围更新：update table1 set field1=value1 where 范围查找：select * from table1 where field1 like ’%value1%’ ---like的语法很精妙，查资料! 排序：select * from table1 order by field1,field2 [desc] 总数：select count as totalcount from table1 求和：select sum(field1) as sumvalue from table1 平均：select avg(field1) as avgvalue from table1 最大：select max(field1) as maxvalue from table1 最小：select min(field1) as minvalue from table1 11、说明：几个高级查询运算词 A：UNION 运算符

SQL查询语句大全集锦

SQL查询语句大全集锦一、简单查询简单的Transact-SQL查询只包括选择列表、FROM子句和WHERE子句。它们分别说明所查询列、查询的表或视图、以及搜索条件等。例如，下面的语句查询testtable表中姓名为“张三”的nickname 字段和email字段。代码:SELECT `nickname`,`email`FROM `testtable`WHERE `name`='张三' (一) 选择列表选择列表(select_list)指出所查询列，它可以是一组列名列表、星号、表达式、变量(包括局部变量和全局变量)等构成。 1、选择所有列例如，下面语句显示testtable表中所有列的数据：代码:SELECT * FROM testtable 2、选择部分列并指定它们的显示次序查询结果集合中数据的排列顺序与选择列表中所指定的列名排列顺序相同。

代码:SELECT nickname,email FROM testtable 3、更改列标题在选择列表中，可重新指定列标题。定义格式为：列标题=列名列名列标题如果指定的列标题不是标准的标识符格式时，应使用引号定界符，例如，下列语句使用汉字显示列标题：代码:SELECT 昵称=nickname,电子邮件=email FROM testtable 4、删除重复行 SELECT语句中使用ALL或DISTINCT选项来显示表中符合条件的所有行或删除其中重复的数据行，默认为ALL。使用DISTINCT选项时，对于所有重复的数据行在SELECT返回的结果集合中只保留一行。 5、限制返回的行数使用TOP n [PERCENT]选项限制返回的数据行数，TOP n说明返回n 行，而TOP n PERCENT时，说明n是表示一百分数，指定返回的行数等于总行数的百分之几。

生物信息学名词解释

1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics）是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。 2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。 3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。代表测序方法：solid 测序。 4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如：454测序仪：用蛋白质序列查找核苷酸序列。 :STS是序列标记位点（sequence-tagged site）的缩写，是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断，一般长200bp －500bp。它可用PCR方法加以验证。将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。在基因组作图和测序研究时，当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时，可用STS来加以鉴定和验证，并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置；还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。 :表达序列标签技术（EST，Expressed Sequence Tags）EST技术直接起源于人类基因组计划。：生物信息学数据库。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。 :开放阅读框（ORF，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的ORF。 10.分子钟检验：只有分子钟的，没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说，认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系

SQL数据库查询语句范例

推荐一、简单查询简单的Transact-SQL查询只包括选择列表、FROM子句和Where子句。它们分别说明所查询列、查询的表或视图、以及搜索条件等。例如，下面的语句查询testtable表中姓名为“张三”的nickname字段和email字段。Select nickname,email FROM testtable Where n ame=’张三’ (一) 选择列表选择列表(select_list)指出所查询列，它可以是一组列名列表、星号、表达式、变量(包括局部变量和全局变量)等构成。 1、选择所有列例如，下面语句显示testtable表中所有列的数据：Select * FROM testtable 2、选择部分列并指定它们的显示次序查询结果集合中数据的排列顺序与选择列表中所指定的列名排列顺序相同。例如：Select nickname,email FROM testtable 3、更改列标题在选择列表中，可重新指定列标题。定义格式为：列标题=列名列名列标题如果指定的列标题不是标准的标识符格式时，应使用引号定界符，例如，下列语句使用汉字显示列标题： Select 昵称=nickname,电子邮件=email FROM testtable 4、删除重复行 Select语句中使用ALL或DISTINCT选项来显示表中符合条件的所有行或删除其中重复的数据行，默认为ALL。使用DISTINC T选项时，对于所有重复的数据行在Select返回的结果集合中只保留一行。 5、限制返回的行数使用TOP n [PERCENT]选项限制返回的数据行数，TOP n说明返回n行，而TOP n PERCENT时，说明n是表示一百分数，指定返回的行数等于总行数的百分之几。例如： Select TOP 2 *FROM testtable Select TOP 20 PERCENT * FROM testtable (二) FROM子句 FROM子句指定Select语句查询及与查询相关的表或视图。在FROM子句中最多可指定256个表或视图，它们之间用逗号分隔。在FROM子句同时指定多个表或视图时，如果选择列表中存在同名列，这时应使用对象名限定这些列所属的表或视图。例如在usertable和cityta ble表中同时存在cityid列，在查询两个表中的cityid时应使用下面语句格式加以限定： Select username,citytable.cityid FROM usertable,citytable Where usertable.cityid=citytable.cityid 在FROM子句中可用以下两种格式为表或视图指定别名：表名 as 别名表名别名

生物信息学简介范文

1、简介生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。具体而言，生物信息学作为一门新的学科领域，它是把基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学，蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看，生物信息学应包括这3个主要部分：（1）新算法和统计学方法研究；（2）各类数据的分析和解释；（3）研制有效利用和管理数据新工具。生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是因特网技术）的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。 1990年代以来，伴随着各种基因组测序计划的展开和分子结构测定技术的突破和Internet的普及，数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。对生物信息学工作者提出了严峻的挑战：数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息？基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育？基因组本身又是怎样进化的？生物信息学的另一个挑战是从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质结构。这个难题已困扰理论生物学家达半个多世纪，如今找到问题答案要求正变得日益迫切。诺贝尔奖获得者W. Gilbert在1991年曾经指出：“传统生物学解决问题的方式是实验的。现在，基于全部基因都将知晓，并以电子可操作的方式驻留在数据库中，新的生物学研究模式的出发点应是理论的。一个科学家将从理论推测出发，然后再回到实验中去，追踪或验证这些理论假设”。生物信息学的主要研究方向：基因组学- 蛋白质组学- 系统生物学- 比较基因组学，1989年在美国举办生物化学系统论与生物数学的计算机模型国际会议，生物信息学发展到了计算生物学、计算系统生物学的时代。姑且不去引用生物信息学冗长的定义，以通俗的语言阐述其核心应用即是：随着包括人类基因组计划在内的生物基因组测序工程的里程碑式的进展，由此产生的包括生物体生老病死的生物数据以前所未有的速度递增，目前已达到每14个月翻一番的速度。同时随着互联网的普及，数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长。然而这些仅仅是原始生物信息的获取，是生物信息学产业发展的初组阶段，这一阶段的生物信息学企业大都以出售生物数据库为生。以人类基因组测序而闻名的塞莱拉公司即是这一阶段的成功代表。原始的生物信息资源挖掘出来后，生命科学工作者面临着严峻的挑战：数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息？基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育？基因组本身又是怎样进化的？生物信息学产业的高级阶段体现于此，人类从此进入了以生物信息学为中心的后基因组时代。结合生物信息学的新药创新工程即是这一阶段的典型应用。 2、发展简介生物信息学是建立在分子生物学的基础上的，因此，要了解生物信息学，就必须先对分子生物学的发展有一个简单的了解。研究生物细胞的生物大分子的结构与功能很早就已经开始，1866年孟德尔从实验上提出了假设：基因是以生物成分存在，1871年Miescher从死的白细胞核中分离出脱氧核糖核酸（DNA），在Avery和McCarty于1944年证明了DNA是生命器官的遗传物质以前，人们仍然认为染色体蛋白质携带基因，而DNA是一个次要的角色。1944年Chargaff发现了著名的Chargaff规律，即DNA中鸟嘌呤的量与胞嘧定的量总是相等，腺嘌呤与胸腺嘧啶的量相等。与此同时，Wilkins与Franklin用X射线衍射技术测

数据库基本SQL语句大全

数据库基本SQL语句大全数据库基本----SQL语句大全一、基础 1、说明:创建数据库 Create DATABASE database-name 2、说明:删除数据库 drop database dbname 3、说明:备份sql server --- 创建备份数据的device USE master EXEC sp_addumpdevice 'disk', 'testBack', 'c:\mssql7backup\MyNwind_1、d at' --- 开始备份 BACKUP DATABASE pubs TO testBack 4、说明:创建新表 create table tabname(col1 type1 [not null] [primary key],col2 typ e2 [not null],、、) 根据已有的表创建新表: A:create table tab_new like tab_old (使用旧表创建新表) B:create table tab_new as select col1,col2…from tab_old definit ion only 5、说明:删除新表 drop table tabname 6、说明:增加一个列 Alter table tabname add column col type 注:列增加后将不能删除。DB2中列加上后数据类型也不能改变,唯一能改变的就是增加varchar类型的长度。 7、说明:添加主键: Alter table tabname add primary key(col) 说明:删除主键: Alter table tabname drop primary key(col) 8、说明:创建索引:create [unique] index idxname on tabname(col…、) 删除索引:drop index idxname 注:索引就是不可更改的,想更改必须删除重新建。 9、说明:创建视图:create view viewname as select statement

生物信息学数据库或软件

一、搜索生物信息学数据库或者软件数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。核酸序列数据库有GenBank，EMBL，DDB等，核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank ，欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL），日本遗传研究所的DDBJ 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT，PIR，OWL，NRL3D，TrEMBL等，蛋白质片段数据库有PROSITE，BLOCKS，PRINTS等，三维结构数据库有PDB，NDB，BioMagResBank，CCSD等，与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP，CATH，FSSP，3D-ALI，DSSP等，与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB，GSDB等，文献数据库有Medline，Uncover等。另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。二、搜索生物信息学软件生物信息学软件的主要功能有：分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间；提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能；蛋白高级结构预测。如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 NCBI的网址是：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,。 Entrez的网址是：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/entrez/。 BankIt的网址是：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/BankIt。 Sequin的相关网址是：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/Sequin/。数据库网址是：https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/embl/。

分子生物学数据库

陈成一、国内的一些有针对性的数据库 BIOSINO 我国的核酸序列公共数据库更像是一个论坛，有一些提问，互动等功能，信息的筛选也不是特别的严格。但是规模较小 0条记录可以看出网站的维护和使用都不怎么频繁。其他许多网站也没有明显的巨大差距。二、国内的一些大型数据库中国知网

大部分高校已经购买了它的资源，是国内较权威、全面的数据库。主要是文献下载，不针对我们实验过程中对数据遇到问题时的解答。

冀鼎觉SciFinder SciFinder使用简介 SciFinder Scholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS（Chemical Abstract Service）所出版的《Chemical Abstract》化学文摘的在线版数据库学术版。其内容涵盖应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。 https://www.wendangku.net/doc/b616093408.html,/products/scifinder/ SciFinder是可以与交大图书馆相连的，在找到文献时，可以直接连接到交大图书馆进行检索帮助。下面以检索Molecular Dynamics为例简单解释其使用。在登进SciFinder之后会进入检索界面。上图即为SciFinder的文献检索界面，可以对文件类型，语言，作者等信息作初步筛选。除此之外也可以看到左面可以选择对作者，公司，杂志，专利进行直接检索。

在搜索之后会出现题目和内容相关两种文献分类，如我们选择内容相关Molecular dynamics，点进Get Reference。这是检索完成的结果。我们可以看到，在Reference字样之后又Getsubstances等字样，我们可以通过这些选项获取选定文献中相关的物质、反应、相关的引用及被引用等。在右侧可以看到Analysis以及Refine选项。现在显示的是Analysis中的Journal Name选项，可以看到对于MD来说，JCP, JPC, Biochemistry, JACS等杂志具有较多的信息。除此之外，还有对作者，公司的分析，为我们对相关内容的行业情况的了解提供了方便。

数据库SQL语句大全

SQL语句大全--语句功能 --数据操作 SELECT --从数据库表中检索数据行和列 INSERT --向数据库表添加新数据行 DELETE --从数据库表中删除数据行 UPDATE --更新数据库表中的数据 -数据定义 CREATE TABLE --创建一个数据库表 DROP TABLE --从数据库中删除表 ALTER TABLE --修改数据库表结构 CREATE VIEW --创建一个视图 DROP VIEW --从数据库中删除视图 CREATE INDEX --为数据库表创建一个索引 DROP INDEX --从数据库中删除索引 CREATE PROCEDURE --创建一个存储过程 DROP PROCEDURE --从数据库中删除存储过程CREATE TRIGGER --创建一个触发器 DROP TRIGGER --从数据库中删除触发器 CREATE SCHEMA --向数据库添加一个新模式DROP SCHEMA --从数据库中删除一个模式CREATE DOMAIN --创建一个数据值域 ALTER DOMAIN --改变域定义 DROP DOMAIN --从数据库中删除一个域 --数据控制 GRANT --授予用户访问权限 DENY --拒绝用户访问 REVOKE --解除用户访问权限 --事务控制 COMMIT --结束当前事务 ROLLBACK --中止当前事务 SET TRANSACTION --定义当前事务数据访问特征 --程序化SQL DECLARE --为查询设定游标 EXPLAN --为查询描述数据访问计划 OPEN --检索查询结果打开一个游标

数据库sql查询语句练习4_习题_结果图书_习题

现有图书管理数据库的三个关系模式：图书（总编号, 分类号, 书名, 作者, 出版单位, 单价）读者（借书证号, 单位, 姓名, 性别, 职称, 地址）借阅（借书证号, 总编号, 借书日期）具体数据为：

借阅：根据以上描述，请完成： DDL 1.写出创建上述表的语句命令：create table图书(总编号varchar(7)primary key,分类号varchar(8),书名varchar(18),作者varchar(8),出版单位varchar(18),单价float) create table读者(借书证号varchar(4)primary key,单位varchar(7),姓名varchar(8),性别varchar(2),职称varchar(8),地址varchar(18)) create table借阅(借书证号varchar(3),总编号varchar(6),借书日期date,primary key(借书证号,总编号,借书日期)) DML 2.给出插入上述数据的insert语句命令： insert into图书values('445501','TP3/12','数据库导论','王强','科学出版社', insert into图书values('445502','TP3/12','数据库导论','王强','科学出版社', insert into图书values('445503','TP3/12','数据库导论','王强','科学出版社', insert into图书values('332211','TP5/10','计算机基础','李伟','高等教育出版社', insert into图书values('112266','TP3/12','FoxBASE','张三','电子工业出版社', insert into图书values('665544','TS7/21','高等数学','刘明','高等教育出版社', insert into图书values('114455','TR9/12','线性代数','孙业','北京大学出版社', insert into图书values('113388','TR7/90','大学英语','胡玲','清华大学出版社', insert into图书values('446601','TP4/13','数据库基础','马凌云','人民邮电出版社', insert into图书values('446602','TP4/13','数据库基础','马凌云','人民邮电出版社', insert into图书values('446603','TP4/13','数据库基础','马凌云','人民邮电出版社', insert into图书values('449901','TP4/14','FoxPro大全','周虹','科学出版社', insert into图书values('449902','TP4/14','FoxPro大全','周虹','科学出版社', insert into图书values('118801','TP4/15','计算机网络','黄力钧','高等教育出版社', insert into图书values('118802','TP4/15','计算机网络','黄力钧','高等教育出版社', insert into读者values('111','信息系','王维利','女','教授','1号楼') insert into读者values('112','财会系','李立','男','副教授','2号楼')

生物信息学复习题及答案

生物信息学复习题一、名词解释生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2）利用Entrez检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什

常用分子生物学软件简介

常用分子生物学软件一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠

数据库语句大全

一、基础 1、说明：创建数据库 Create DATABASE database-name 2、说明：删除数据库 drop database dbname 3、说明：备份sql server --- 创建备份数据的device USE master EXEC sp_addumpdevice …disk…, …testBack…, …c:\mssql7backup\MyNwind_1.dat… --- 开始备份 BACKUP DATABASE pubs TO testBack 4、说明：创建新表 create table tabname(col1 type1 [not null] [primary key],col2 type2 [not null],..) 根据已有的表创建新表： A：create table tab_new like tab_old (使用旧表创建新表) B：create table tab_new as select col1,col2… from tab_old definition only 5、说明：删除新表 drop table tabname 6、说明：增加一个列 Alter table tabname add column col type 注：列增加后将不能删除。DB2中列加上后数据类型也不能改变，唯一能改变的是增加varchar类型的长度。 7、说明：添加主键：Alter table tabname add primary key(col)

说明：删除主键：Alter table tabname drop primary key(col) 8、说明：创建索引：create [unique] index idxname on tabname(col….) 删除索引：drop index idxname 注：索引是不可更改的，想更改必须删除重新建。 9、说明：创建视图：create view viewname as select statement 删除视图：drop view viewname 10、说明：几个简单的基本的sql语句选择：select * from table1 where 范围插入：insert into table1(field1,field2) values(value1,value2) 删除：delete from table1 where 范围更新：update table1 set field1=value1 where 范围查找：select * from table1 where field1 like ?%value1%? ---like的语法很精妙，查资料! 排序：select * from table1 order by field1,field2 [desc] 总数：select count as totalcount from table1 求和：select sum(field1) as sumvalue from table1 平均：select avg(field1) as avgvalue from table1 最大：select max(field1) as maxvalue from table1 最小：select min(field1) as minvalue from table1 11、说明：几个高级查询运算词 A：UNION 运算符 UNION 运算符通过组合其他两个结果表（例如TABLE1 和TABLE2）并消去表中任何重复行而派生出一个结果表。当ALL 随UNION 一起使用时（即UNION ALL），不消除重复行。两种情况下，派生表的每一行不是来自TABLE1 就是来自TABLE2。

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