中科院生物信息学期末考试复习题
中科院生物信息学期末考试复习题
陈润生老师部分：
1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？
答：生物信息学有三个方面的含义：
1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和
解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。
2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语
言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。
3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它
是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。
生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，找到基因组序列中代表蛋白质和RNA 基因的编码区；同时阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律：在此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白谱数据，从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。同时在发现了新基因信息之后，其还利用基因组中编码区信息进行蛋白空间结构模拟和蛋白功能预测，并将此类信息与生物体和生命过程中的生理生化信息结合，阐明其分子机制，最终进行蛋白、核酸分子设计、药物设计、个体化医疗保健设计。
2.如何利用数据库信息发现新基因，基本原理？
答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式：
1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因：
（利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分，即基因家族、特殊序列间比较，Complexity analysis，Neural Network
2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs：
（归属于同一基因的EST片断一定有overlapping，通过alignment可组装成一完整的基因，但EST片断太小，不存在数据来源，主要是拼接问题）
数据来源于大量的序列小片段，EST较短，故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有：构建数据库；将序列纯化格式标准化；从种子库中取序列和大库序列比对；延长种子序列，至不能再延长；放入contig库①构建若干数据库：总的纯化的EST数据库，种子数据库，载体数据库，杂质、引物数据库，蛋白数据库，cDNA数据库；
②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对，去除杂质；
③用种子和纯化的EST数据库比对
④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较，判断是否为已有序列，再利用该大片段与纯化的EST数据库比对，重复以上步骤，直到序列不能再延伸；
⑤判断是否为全长cDNA序列。
（利用EST数据库：原理：当测序获得一条EST序列时，它来自哪一个基因的哪个区域是未知的（随机的），所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象，就能找出属于同一个基因的所有EST序列，进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止，公共EST 数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上，平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。）
3.用蛋白或核酸序列数据库研究生物演化的主要步骤是什么？当前的困难是什么，如何克服？（核酸或氨基酸序列进行进化研究要进行哪些计算步骤？当前遇到什么问题？怎样解决？）
答：计算步骤，构建系统进化树，其主要步骤如下：
1)序列相似性比较。就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序
列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；
2)序列同源性分析。是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行
多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；
3)构建系统进化树。根据序列同源性分析的结果，重建反映物种间进化关系的进化树。为
完成这一工作已发展了多种软件包，如PYLIP、MEGA等；
4)稳定性检验。为了检验构建好的进化树的可靠性，需要进行统计可靠性检验，通常构建
过程要随机地进行成百上千次，只有以大概率（70％以上）出现的分支点才是可靠的。
通用的方法使用Bootstrap算法。
【
(1.序列相似性比较: 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么，完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的序列包有BBLAST、FASTA等；
(2. 序列同源性分析：将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其他序列间的同源性大小，这是理论分析方法中最关键的一步，完成这一工作必须使用多序列比较算法，常用的程序包有CLUSTAL等；
(3.构建系统进化树：根据序列同源性分析的结果，重建反应物种间进化关系的进化树，为完成这一工作，已发展了多种软件包，如PYLIP、MEGA等
(4.稳定性检验：为了检验构建好的进化树的可靠性，需要进行统计可靠性检验，通常构建过程要随机地进行成百上千次，只有以大概率（70%以上）出现的分支点才是可靠的。通用的方法使用Bootstrap算法，相应的软件已包括在构建系统进化树所用的软件包当中。】当前的主要困难：是发现了基因的横向迁移（LGT）现象，即进化程度不同的物种间存在着遗传信息基因的传递，如果拿迁移的基因做进化分析就会出错。
克服LGT的方法（可能的解决途径）：
1)纵向思路：选择垂直进化而来的序列进行研究，即去除横向迁移的数据库，如COG
数据库；
2)横向思路：发展基于完整基因组构建进化树，即使用全基因组数据库进行基因组水
平上的对比；
利用生物体的蛋白质组构建进化树。
选取特征对比，不同长度的序列字符串进行对比后，对照其genome进行归一化；
ORF对比，将all predicted ORF采用COG的分类规则进行分类，再构建进化树4.什么是SNP？为什么SNP的研究是重要的？SNP研究有哪些优点？举出2~3个
SNP相关的网站。
答：SNP是指单核苷酸多态性，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性，代表了基因组水平上遗传密码的变异，由于这种变异很多以单碱基突变的形式出现，因此称为单核苷酸多态性；它反映了不同个体间、正常与异常个体之间基因组上的差别，现在这个概念有所扩大，不限于一个核苷酸的差异。
重要性：因为SNP研究是基因组领域理论成果走向应用的关键步骤，是联系基因型和表现型之间关系的桥梁，是研究人类基因组计划走向应用的重要步骤。
优点：（1）SNP在基因组中分布相当广泛，使人们有机会发现与各种疾病相关的基因组突变；
（2）不直接导致疾病基因表达的SNP，与某些疾病基因相邻，成为重要标记，有助于发现疾病基因
（3）从实验操作来看，通过SNP发现疾病相关基因突变，比通过家系发现更加容易。（4）基础研究中非常重要，如对Y染色体SNP分析有重要成果。
SNP的特点：
1.位点丰富
2.具有代表性
3.遗传稳定性
4.易于进行自动化，规模化分析，缩短了研究时间
SNP研究的意义：
通过大批量、高通量的SNP的发现与鉴定，人类SNP—Haplotype遗传图谱的构建，在连锁不平衡基础上的关联分析等，有望为人类致命基因的寻找和疾病的防治提供快速和有效的途径，一系列发现和检测SNP的方法，构建图谱的策略，及连锁不平衡和关联分析等技术，正在动植物研究领域中受到广泛的关注，毫无疑问将在分子和群体遗传、动植物育种和生物进化等研究领域中发挥越来越大的作用。
SNP相关的一些网站：
1)SNP Consortium's database()
2)NCBI SNP database将这些数据进行整理，去掉冗余，使每个SNP都是唯一的。此时的
SNP被称为reference SNP或refSNP。（()
3)The Human Genic Bi-Allelic Sequences Database(HGBASE) 这一数据库收录了人基因组中
所有已知的序列变化，包括：SNPs、序列的插入和缺失(Indels)、简单重复序列等。（）
4)The Human Gene Mutation Database（HGMD）()
5)The Protein Mutant Database(PMD)，蛋白突变数据库。收录了蛋白质特定位点的氨基酸
突变信息，以及这些突变对蛋白质结构功能的影响。（）
6)The Allele Frequency Database(ALFRED)：人类群体等位基因频率数据库，
5. 什么是系统生物学？系统生物学对生命科学概念上的发展？系统生物学对生物功能实现的理解有何本质变化？系统生物学的研究思路是什么？
答：系统生物学是指在系统的层面上研究生命活动。（研究一个生物系统中所有组成成分的构成，以及特定条件下组分间互作关系。）【系统生物学就是自基因组研究以来，各个层次的所有资料和数据（包括基因组测序数据，功能基因组数据，蛋白质三维结构信息以及相互作用的数据等）的整合，以及这些整合数据为基础建立数学模型，再以这些模型模拟仿真研究生命活动的影响之后生命活动的反应以及变化】
包含三个相互衔接的组成（三部曲）：
整合数据，即整合所有各个层次（DNA水平，RNA水平，蛋白质水平，蛋白质相互作用水平）的信息数据；
系统建模，即用这些信息构建描绘生命活动的数学模型；
预测未知，即用这个模型预测生命未来的发展及外界干扰后系统的变异（生命活动及外界因素变化对其产生的影响）。
学术概念上的发展主要有：
传统生物学是从基因组序列到结构，再到功能，而它从各个层次的相互作用到网络，再到功能。与以往不同的是，系统生物学一开始就考虑元件之间的相互作用，把整个生命活动作为网络，考虑其相互作用。
1)研究思路的变化：传统的分子生物学研究步骤一般为：DNA序列→蛋白结构→蛋白功
能（一维），而系统生物学是在二维的角度研究生命科学，即：相互作用→网络→功能，是由一组基因产生并相互作用共同实现的。
2)看待生命活动本质的变化：因为没有一个生命活动是靠一个基因完成的，生命活动是一
组基因相互作用实现的，这种相互作用形成一个网络，既包括每个单元的结构，又包括单元与单元之间的相互作用。因此，系统生物学不仅考虑每个基因的活动，还描述了基因间的相互作用并导致了网络的产生。（系统生物学与传统生物学看待生命活动有着本质的不同：系统生物学认为生命活动是由一组基因及其相互作用来实现其过程的，这种相互作用形成了一个网络，既包括每个单元的结构，又包括单元与单元之间的相互作用，因此在考虑结构的过程中考虑其结构间的相互作用，一组一组地研究。而传统的分子生物学考虑的只有结构，是一个一个地去研究。）
其对生物功能实现的理解发生了本质性变化：
它不仅考虑单个分子而且考虑其间相互作用，把整个生命活动作为一个相互作用的网络来研究其功能，基因组只是网络中的一部分，只有通过相互作用的网络才能体现功能；
通过系统地整合生物过程不同阶段的分散数据，如基因组，转录组，蛋白组，代谢组，可以对复杂的生物过程，如折叠、信号传导途径、代谢途径更好地模拟，研究生物过程的动态变化；
它不仅全息的了解复杂的生命系统中的所有成分以及他们之间的动态联系，还可以预测如果这个系统一旦受到了刺激和外界干扰，系统未来的行为是什么。
系统生物学与传统生物学有什么不同：
区别：传统生物学：序列→结构→功能，只考虑单个个体，单个gene，单个蛋白质系统生物学：相互作用→网络→功能，除考虑单个个体，单个gene，还考虑个体与个体之间的相互作用，把整个生命活动作为一个网络来考查它们的相互作用。
（传统分子生物学是从基因组中发现特殊序列，即基因，然后找到基因编码的蛋白，再通过测知其结构，而知其功能。而系统生物学研究是从各个层次的相互作用到网络，再到功能。系统生物学不仅考虑单个分子，而且考虑其间相互作用，认为生命活动由大量相互作用的结构单元组成，这些结构单元形成网络。基因组只是网络中的一部分，只有通过相互作用的网络才能体现功能。它不仅全息的了解复杂的生命系统中的所有成分以及他们之间的动态联系，还可以预测如果这个系统一旦受到了刺激和外界干扰，系统未来的行为是什么。）
系统生物学与分子生物学有什么不同：
区别：分子生物学：序列→结构→功能，只考虑单个gene，单个蛋白质
系统生物学：是研究生物系统组成成分的构成与相互关系的结构、动态与发生，以系统论和实验、计算方法整合研究为特征的生物学。系统生物学不同于以往仅仅关心个别的基因和蛋白质的分子生物学，在于研究细胞信号传导和基因调控网路、生物系统组成之间相互关系的结构和系统功能的涌现。
系统生物学的研究思路（研究流程）：
1.针对选定生物系统进行实验设计，了解系统所有组成成分：基因，RNA，蛋白,膜脂等
2.通过系统行为动力学分析，总结系统设计和控制规律
3.通过总结规律来提出新的实验设计，验证系统模拟的正确性
【分子生物学与系统生物学的区别与联系？
答：二者的区别和联系主要从宏观和微观上讲。分子生物学的研究采用典型的还原论方法，研究对象主要是分子水平上的，即生物系统中的大分子、信号分子的结构、生化性质以及功能，基因表达过程中的调控，以及DNA重组。分子生物学只研究系统的组成元素，最后给出系统的组成元素清单，它是系统生物学的基础，但它的研究结果只能解释生物系统的微观或局部现象，无法说明系统整体所具有的功能从何而来。而系统生物学作为一个整体，表现出完善的整体行为，而组成系统的细胞、基因、蛋白质等只能作为系统的一个构件、一个元素、通常情况下它无法表现出“系统”行为。系统生物学与分子生物学研究对象不同，系统生物学研究的是系统整体，研究由系统元素形成有功能的整体所依赖的组织方式和潜藏规则，它同时研究系统的不同层次，以及他们之间的相互作用关系，并将这些整合起来深刻挖掘系统整体的功能形成机制。
系统生物学虽然在研究对象上与分子生物学不同，但他们之间并不是完全不相关的，系统生物学的研究离不开分子生物学研究所给出的大量资料和数据，正是依赖这些，系统生物学才有了建模的基础。同时分子生物学的研究结果只有通过系统生物学进行整合才能从理论上对系统的宏观性质达到定性定量的理解，反过来，系统生物学的研究成果也可以用来指导分子生物学的实验设计。因此二者之间其实是相互补充的，只有结合起来，才能充分认识生命现象。】
6.（1）什么是非编码序列，非编码RNA，非编码基因？
（2）以人的基因组为例回答：在基因组中有多少非编码序列，有多少存在转录本，举2~3个非编码核酸的生物学功能？
答：（1）非编码序列是基因组中不编码蛋白质和多肽的序列；(基因组中不归属于基因调控元件，稳定元件之外的，也无明确生物学功能意义的基因序列统称为非编码序列，即不编码蛋白质同时也无明确生物学功能的序列)
非编码RNA是指来自基因组的非编码的转录元件，即基因组中非编码序列的转录产物/转录本；
非编码基因指那些具有明确生物学功能的非编码RNA在基因组上非编码序列上的位置，即功能性的非编码RNA对应基因组上的位置称为非编码基因；
（2）人类基因组中97～98%的序列是非编码序列，有70%～80%存在转录本，非编码核酸的生物学功能：
1)Xist:X-inactivation（X染色体失活）是哺乳动物的一种剂量补偿机制，其中一半拷贝转
录被抑制从而失活，抑制转录是通过一个2kb的非编码RNA（Xist RNA）实现的,xist RNA装配在失活X染色体的外侧，引起结构改变导致失活；
2)Small RNA and RNAi: RNAi是由RNA（siRNA、microRNA）导致的转录后基因沉默现
象，如由双链小RNA引起的干扰和转录后基因沉默现象，在植物病毒抗性和线虫中的转座子沉默；一些小核RNA调控基因转录。(单链易降解，但发现细胞中存在另一种pathway，双链小RNA进入细胞后结合组蛋白形成复合体，该复合体和识别并降解target) 3)piRNA（具有大量转录本，功能不详）和Prions（生物复杂度到一定程度后会出现发病
情况，可能和非编码RNA有关）等。
7.什么是基因组中的非编码区？请以人类基因组为例，说明：
（1）非编码区所占的比例？
（2）按在基因组中的位置（组成）（功能）区分，非编码序列有哪些组分？它们所占比例如何？
（3）按序列编码特征区分，非编码序列有哪些组分？它们所占比例如何？（4）请说明非编码区研究的重要性（可以举出一、两个典型非编码序列作为例子）
答：基因组中不能编码蛋白质的区段叫做非编码区。非编码区位于编码区前后，同属于一个基因，控制基因的表达和强弱。
（1）人类非编码区占97—98%
（2）按照在基因组中的位置（组成）来分，各个组分占基因组的份额：
编码基因（编码蛋白质和tRNA、rRNA）：1.5—2% ；
Intron（广义）：25% ；
端粒、中心粒等特定位置：12% ；
基因间序列：60—70% ；
按照在基因组中的功能区分，各个组分占基因组的份额：
功能蛋白质基因1.7%，功能RNA基因0.5%，总共大约1—3% ；
内含子：24% ；
Satellite DNA(主要分布在中心粒和端粒): 12% ；
基因间序列（Intergene DNA）：60—70% ；
（3）按照序列特征区分，各个组分占基因组的份额：
编码区（包括编码蛋白质和tRNA和rRNA的基因）占总基因组的2% ；
非编码区占到98%：其中：
简单重复序列：12% ；
散在重复序列：45% ；
假基因:1% ；
非编码非重复序列：35—40% ；
(4)举例：
非编码基因：1.SINE作为调节源，调节基因重组、交换，丰富多样性，获得新功能；
2.鸡溶菌酶基因中，位于编码区上游的CRI元件起着转录沉默子的作用；
3.nc—DNA产物有重要生物学功能，如tmRNA介导错误翻译蛋白的降解RNAi导致基
因沉默
非编码基因产物的功能：smallRNA是nc—DNA产物，是机体固有的，例如：microRNA，SiRNA小RNA对染色质的形状有关，也可直接关闭或删除部分DNA。NcRNA起着非常重要的生物学功能，如影响发育过程，调节转录、影响染色体复制、对RNA加工修饰、影响mRNA稳定性进而影响翻译、甚至影响蛋白降解转运；
Xist介导X染色体失活是通其编码的一个大的剪接过的多聚A非编码产物进行的。
（长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，
而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。
lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中约4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%），虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。）
（已有的研究结果表明，在高等生物中，小分子非编码RNA在干细胞干性维持、胚胎发育、细胞分化、凋亡、代谢、信号传导、感染以及免疫应答等几乎所有重要生命活动中发挥关键的调控作用，提示生物体内可能存在着由RNA介导的遗传信息表达调控网络。）8.精准医学的重大意义是什么？实现精准医学的重要基础是什么？
精准医学的重大意义；精准医学有可能导致医疗体系本质上的转变，把目前的医疗体系由诊断治疗过渡到健康保障，使得健康体系的关口前移，有可能产生新兴产业。健康人可以通过组学等一系列研究，对现在的健康作以评估。在健康检查的基础上，对未来可能导致疾病的部分进行干预，使得能够延缓疾病的发生，或者排除某些疾病的发生，使得健康得以保障。实现精准医学的重要基础：
1.必须获取分子水平上的数据信息，并挖掘其内涵，在挖掘组学数据时，一定要使用大数据分析技术，因此是大数据与组学的交汇。组学包括基因组，转录组，蛋白质组，代谢组；大数据包括人群和队列
2.建立分子水平上的知识与宏观疾病表型的联系，即基因型和表型的关联，搭建分子水平信息和疾病间的桥梁，在搭建桥梁时，生物信息学，生物网络，系统生物学的知识是其核心知识。
3.在此基础上，融合临床检验，影像学等指标，使得医学做得更加精准。
【定义：精准医学是以个体化医疗为基础、随着基因组测序技术快速进步以及生物信息与大数据科学的交叉应用而发展起来的新型医学概念与医疗模式。
本质上：是通过基因组、蛋白质组等组学技术和医学前沿技术，对于大样本人群与特定疾病类型进行生物标志物的分析与鉴定、验证与应用，从而精确寻找到疾病的原因和治疗的靶点，并对一种疾病不同状态和过程进行精确亚分类，最终实现对于疾病和特定患者进行个性化精准治疗的目的，提高疾病诊治与预防的效益。
精准医学是因人因病而异的、更加精确的个体化医疗，其进步之处是将人们对疾病机制的认识与生物大数据和信息科学相交叉，精确进行疾病分类及诊断，为疾病患者提供更具针对性和有效性的防疗措施，最终目的是更好地为患者服务。
与个体化医疗相比，精准医疗更重视“病”的深度特征和“药”的高度精准性；是在对人、病、药深度认识基础上，形成的高水平医疗技术。精准医学实现了从诊断治疗到健康保障这一本质性转变。
精准医学包括精准诊断和精准治疗，而“迈向精准医学”需要构造的生物医学知识网络是建立在系统生物学的基础之上。
实施精准医学计划的战略意义总共有4点：提高疾病诊治水平，惠及民生与国民健康;推动
医学科技前沿发展，增强国际竞争力;发展医药生物技术，促进医疗体制改革;形成经济新增长点，带动大健康产业发展。】
【有可能将基因组变异作为疾病诊断，精准医学导致医疗体系本质的转变，把目前阶段治疗过渡到健康保障，使健康体系关口前移，在健康筛查基础上，排除疾病发生。就是评估----检查----干预的过程。
基础：1获取分子水平上数据信息，挖掘信息内容，发展大数据新算法，理论技术如组学的信息。2 建立分子水平知识宏观疾病表型关联，搭建分子水平信息与疾病的桥梁。
问题：样本量少，有效治疗事件频率低，疾病相关复杂网络构建分析的困难。】
陈小伟老师部分：
1.芯片间标准化的方法：
排序：每列由小到大排序，而可以得到
每一组基因表达量的真实值
求排的平均值作为标准值
重排：按颜色重排
基本方法：芯片间标准化的目的是基于Gene1~Gene5五个基因表达量理论的和应该保持恒定，即S1~S3三列每一列的和是相等的。但实际测定过程中不可能完全相等，因此将这种不等归结于每一组芯片自身的差异而进行芯片间标准化，基本步骤为通过排序取平均重新排序的方法消除芯片间误差，从而可以得到每一组基因表达量的真实值。（老师给的这组芯片基因完全相同的情况下S3一列数据明显偏高，通过这种标准化实现了芯片间差异的消除）。
【Quantile归一化过程：
首先假设不同芯片整体分布一致，归一化后芯片的分布一样。
下图四个部分代表四步，行代表基因，列代表样本，图一对每个列的表达值排序，图二计算每行的平均值，图三用每行计算的平均值代替该行的原值，图四将排序后的行恢复到未排序前的位置。】
2.FDR控制假阳性的方法——Benjamini–Hochberg procedure
基本方法：对于m个独立的样本，其p-value记为p i，i=1,2,3…m；
（1）对所有的p-value进行从小到大排序p(1)≤p(2)≤p(m)；
（2）对于一个给定的α（此时的α即为统计里的显著水平，范围0~1，通常取0.05），找到最大的k值，满足；
（3）拒绝从p(1)~p(k)的无效假设H0（即表示p(1)~p(k)表达量存在显著差异）。
计算方法1（α=0.05）：
P(4)=0.03<0.05*4/6=0.033；P(5)=0.045>0.05*5/6=0.041；
k=4. 即G2, G6, G5, G4差异表达，FDR<0.05
计算方法2（q-value法）：
根据可以推出因此直接计算并与α进行对比即可：
由于G3的q-value 大于0.05，因此G2, G6, G5, G4差异表达。
【FDR 过程，如何控制FDR ：
首先，FDR 过程是为了控制假阳性率的过程。假阳性指样本本质为假但判定为真。比如在找到一组差异表达的基因之后，我们要考虑这个差异是否够显著，即假阳性率是否足够低。
BH 过程是FDR 矫正的一种，首先对检验得到的P 值进行排序，然后从1开始增加找K 的值，使K 满足，其中m 为个数，a 一般取0.05或0.1。所有满足P 值的基因认为表达有显著差异且假阳性不超过a 。】
3. 转录本表达量的表示方法（RPKM ：Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads ）：
（1）RPKM 的作用：
RNA-seq 是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法，在衡量基因表现量时，若是单纯以map 到的read 数来计算基因的表现量，在统计上是一件相当不合理的事，因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短的基因较高，如此一来，序列长的基因永远会被认为表现量较高，而错估基因真正的表现量，所以Ali Mortazavi 等人在2008年提出以RPKM 在估计基因的表现量
假设一个物种的基因组上只有两个基因，基因G1的外显子长8 Kb ，基因G2的外显子长2 Kb 。对该物种的一个样本做RNA-seq ，共得到23 millions 的read ，其中能够比对到G1的read 有16 million 个，能够比对到G2的有4 million 个.计算G1和G2的RPKM 。 Total mapped reads=16 million+4 million=20 million
G1: total exon reads=16,000,000 exon length=8kb
RPKM=16,000,000/(20*8)=100,000
G2: total exon reads=4,000,000 exon length=2kb
RPKM=4,000,000/(20*2)=100,000
total exon reads RPKM total mapped reads (millions) * exon length (KB)
（2）FPKM与RPKM的区别：
两者基本相同。RPKM代表Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads，FPKM 代表Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads。在RNA-Seq中，由于cDNA 来源于RNA的逆转录，转录物的表达量与cDNA片段成比例。RNA-Seq配对末端实验每个片段产生两个reads，但这并不意味着两个reads都可在图上标注。例如，第二个read低品质。如果我们对read计数而不是片段，我们可能对某些片段重复计数，而对另一些只计一次，导致对表达量估计的偏差。因此FPKM以片段为单位计数，而不是reads数。（来源于网上，原网址：）
预测：
1.高通量测序数据分析总括：
高通量测序数据库程序读出的reads数据及对应的质量分值以文件格式为fastq的格式保存。
①测序的原始数据为荧光信号，首先将荧光信号转换为序列信息，即读段数据及对应的质量分值；
②为了方便测序数据的发布和共享，一般需要对数据进行格式化转换，最常用的数据格式为fastq格式；
③对得到的原始数据必须对其质量进行评估，评估指标包括G、C含量，碱基质量，插入分布等。方便过滤掉质量较差的读段；
④若数据质量评估过关，接着将原始读长通过序列映射定位到基因组上；若无参考基因组，则必须使用denovo的组装方法；
⑤得到测序数据的组装图后，便可根据实验目的对组装好的数据进行相关分析，如分析基因的剪接位点，SNP位点，变异位点还可以分析基因的差异化表达（RNA-Seq），转录因子结合位点（Chip-Seq），甲基化模式（MeDIP-Seq），同时还可利用此数据发现新的编码基因和非编码基因；
⑥使用可视化组件对分析结果进行可视化处理。
2.表达谱数据分析流程
Intensity→Expression pro control→Normalization→Differential gene expression analysis
①基因芯片在一个颜色通道扫描后得到的原式图是色调单一，强度不同的亮点陈列图；
②将原始的图像数据转换为基因表达矩阵；
③对得到的基因表达矩阵的数据质量进行检测，对得到的数据进行统计学分析，从而估计和校正试验误差，筛选出有效数据。
④标准化就是消除基因芯片实验过程中系统变异对基因表达水平所带来的影响。标准化包括芯片内的标准化和芯片之间的数据标准化。芯片内的标准化方法，如局部加权线性回归标准化，参照点标准化，芯片之间的标准化方法如Quantile；
⑤前几部都是对表达谱数据的预处理，后期的数据分析包括差异基因表达分析、聚类分析、判别分析等；
a)差别基因表达分析可分析不同样本中起关键作用的基因，为后续研究提供方向；
b)聚类分析是基因表达谱最广泛使用的统计技术，聚类分析的目的再与寻找可能标准化或关
联的基因，从而预测位置基因的功能信息或已知基因的未知功能；
c)判别分析能够依据样本的某些特性，判别样本的所属类型，利用已有数据建立分类器，然后利用建立的分类器对未知样本的功能或状态进行预测。方法主要有SVM，贝叶斯分类和神经网络法等。
3.无生物学重复和有生物学重复时如何进行差异表达分析？
答：（1）无生物学重复：
方法：FC（Fold change倍数变化）
①描述数据初值与终值之间的差异（一般是两个差别表达基因间或处理与对照之间），用标准化后的两组数据相除得到的比例，一般2-fold表明两组数据是有显著差异的；
②这种计算方法可以得到一组相对值，而不是绝对值变化，消除了系统误差以便于统计学分析；
③一般得到的FC值与设定的阈值进行比较即可得到表达有差异的基因；
（2）有生物学重复：
方法：假设检验
a)具体步骤：①提出实际问题；②提出无效假设（H0）与备择假设（H1）；③选择显著性水平（一般α=0.05）；④选择统计模型与相应的统计量；⑤根据实验结果计算实验统计量；
⑥判断检验统计量的p-值(表示事件发生的概率具有偶然性)；⑦将p值同选定的显著性水平比较；⑧拒绝或不拒绝H0；⑨回答①所提出的实际问题。
b)假设检验根据数据类型（是否符合正态性）分为参数检验与非参数检验：
①参数检验：符合正态分布可使用，常用的方法主要有t检验法，配对t检验法、最小二乘法
②非参数检验：不符合正态分布可使用，常用的方法有Wilcoxon秩和检验法，其基本方法是根据表达量排序并按照排列顺序检验，检验结果较参数检验法更粗犷。
4.全基因组测序的步骤？
答：（1）第一期：基因组调研图
整体测序深度不低于20倍覆盖度。进行初步的数据分析，对基因组大小，GC含量等做出初步评估，确定框架图梯度文库构建具体策略；
（2）第二期：基因组框架图
基因组覆盖度达到90% 以上，基因区覆盖度达到95% 以上，单碱基的错误率达到1万分之一以内，整体测序覆盖深度不低于60倍覆盖度。同时对框架图进行基本基因注释和功能注释，和简单的比较基因组学分析。
（3）第三期：基因组精细图
基因组覆盖度达到95% 以上，基因区覆盖度达到98% 以上，单碱基的错误率达到10万分之一以内，整体基因组覆盖度不低于100倍，Scaffold N50大小不低于300Kb，对基因组精细图进行详细基因注释，基因功能注释，基因代谢途径注释和比较基因组学分析。
5.转录本测序，各数据分析工具的特点？
转录本测序可分为Small RNA-seq和RNA-seq：
①Small RNA-seq主要用于检测small RNA（主要是miRNA）的表达水平，发现新的small RNA
(完整)中科院生态学考博真题题汇总(2),推荐文档
2010年中科院生态中心考博生态学真题 一、名词解释 1、Climax 2、Biological invasion 3、Fundamental niche 4、Energy pyramid 5、Landscape process 6、Heat island 7、Ecosystem service 8、Allelopathy 9、r/k selection 10、Direct grandient anylisis 二、简答（六选四） 1、简述生产力与生物多样性之间的关系。 2、简述氮循环过程。 3、简述我国森林生态系统主要类型及特点。 4、简述植物对光照因子的响应方式。 5、简述生态敏感评价方法。 6、简述生态工程的基本原理。 三、论述（四选二） 1、论述城市生态系统的结构、功能与特征，并讨论其研究方法。 2、从碳循环的角度，论述未来全球气候变化对生态系统碳源和碳汇的影响。 3、举例说明景观生态学在生物多样性保护或区域生态环境保护中的作用。 4、从生态系统物质循环的角度，举例论述污染物的产生、传输、危害过程及控制对策。 1 何谓R对策和K对策？简述 r-K选择理论的生态学意义（10分）。 2 简述演替顶极理论的三个假说（10分）。 3 简述三级营养关系的概念并举例加以说明（10分）。 4 简述物种和群落或生态系统水平上生物多样性的测定方法（10分） 二论述题 1 我国近年来兴建了许多大型水利工程，这些工程对生态环境有哪些影响？试举例说明并提出环保对策（15分）。 2 外来种 (exotic species) 和入侵种 (invasive species) 有何不同？如何防止一种外来种成为入侵种？试举例说明（15分）。 3 水生植物在水环境保护中的作用有哪些？举例说明如何利用大型水生植物保护水环境（15 201X年中科院生态中心考博生态学真题 一、名词解释 1、MacArhthur平衡说 2、恢复生态学 3、净初级生产量 4、空间异质性 5、邻接效应 6、群落排序 7、湿地 8、他感作用 9、同资源种团 10、原生演替 二、简述题（每题8分，共48分） 1．岛屿生物地理学（Island Biogeography）与生物多样性保护。 2．碳（C）、氮（N）、磷（P）循环研究的重要性。（8分） 3．湖泊的富营养化形成机制及生态修复技术。(8分) 4．流域中水陆交错区（河岸带）的生态学意义。（8分) 5．生物入侵机制及生态效应。(8分)
生物信息学复习题及答案
生物信息学复习题 名词解释 1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。 （直系同源）：指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，它们具有相似的功能。 （旁系（并系）同源）：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因复制产生的一组基因，这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。 (异同源)：通过横向转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列，为异同源。 Score：The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。 6.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 7. E值：得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列。 值：得分为所要求的分值比对或更好的比对随机发生的概率。它是将观测得到的比对得分S，与同样长度和组成的随机序列作为查询序列进行数据库搜索进行比较得到的HSP（高分片段对）得分的期望分布联系起来计算的。通常使用低于来定义统计的显著性。P=1-e-E 9.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法,是序列相似性分析的基础，其不同的选择将会出现不同的分析结果。 10．空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。 ：美国国家生物技术信息学中心，属于美国国立医学图书馆的一部分，具有BLAST, Entrez ,GenBank等工具，还具有PubMed文献数据库。另外还具有Genome, dbEST, dbGSS , dbSTS, MMDB, OMIM, UniGene, Taxonomy, RefSeq, etc. 序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有大于号（>）开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件，其中大于号后可以跟上序列的相关信息，其他无特殊要求。 13genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释，主要包含生物功能或数据库信息；第三部分是feature，对序列的注释；第四部分是序列本身，以“统发生树（Phylogenetic tree ）是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。是用来研究物种进化与多样性的基础，是相近物种相关生物学数据的来源。17.基因树与物种树：物种树反映一组物种进化历程的系统树，其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程，而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树，而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因
中科院生态学试题
读书破万卷下笔如有神 生态学甲 20XX年 一、名词解释并区分以下6组概念（每组8分，共48分） 1.表型适应与进化适应 2.单体生物与构件生物 3.生境与生态位 4.捕食食物链与腐尸食物链 5.上行控制效应与下行控制效应 二、问答题（从以下6题中任选5题，每题15分，共计75分） 1、简述水对植物的生态作用，并分别说明植物是如何适应水体和沙漠两种不同生境的。 2、简述种群逻辑斯蒂增长dN/dt=rN（(K-N)/K）模型中的假说、参数r,k的生物学意义及r,k对策者的主要特征。 3、简述群落演替的概念、类型及其特征，并论述群落演替理论对退化群落自然恢复的指导意义。 4、何谓生态系统的分解作用？简述分解作用的三个过程及影响陆地生态系统土壤有机质分解作用的主要生态因子。 5.什么是生物多样性？导致生物多样性丧失的主要原因有哪些？阐述保护生物多样性的二种主要途径？ 6、简述全球变化的主要类型，阐述温室效应产生的主要原因及其对森林生态系统可能造成的不利影响？ 三、综合分析题（27分） 1、何谓外来入侵种（invasive species）？（3分） 2、简述生物入侵的一般过程（5分）。 3、目前在我国发现了一些外来入侵的植物（如紫茎泽兰）、外来入侵的植食性动物（如美国白蛾）暴发危害。试应用你所学的知识，以某种外来入侵的植物（如紫茎泽兰）或者外来入侵的植食性动物（如美国白蛾）为例（任选其中的一种），简明扼要回答以下问题： 1）可以通过那些方法调查得出该外来种种群发生的绝对密度？（2分） 2）假设该外来种与当地另一近缘种存在着竞争关系，试建立该外来种种群（N）与当地另一近缘种种群1（N）竞争的作用关系模型，并分析它们之间竞争作用的可能结果？（5分）23）从该外来种自身遗传特性及侵入地自然、生物环境的角度，探讨该外来种暴发的可能机制？（8分） 4）根据该外来种种群暴发的可能机制，从生态系统管理角度，提出对该外来种控制的对策（4分）。 20XX年
生物信息学题库
■一、选择题: 1.以下哪一个是mRNA条目序列号： A. J01536■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR 3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能 B. 不可能 4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS 5.下面哪个数据库面向人类疾病构建： A. EST B. PDB ■. OMIM D. HTGS 6.Refseq和GenBank有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B. GenBank提供的是非冗余序列 ■. Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息D. GenBank源于Refseq 7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez ■PubMed D. PROSITE 8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A. 因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B. 搜索结果很可能 一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同 9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W 10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 11.下列那个氨基酸最不容易突变： A. 丙氨酸B. 谷氨酰胺 C. 甲硫氨酸■半胱氨酸 12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变： A. 1% B. 20%■. 80% D. 250% 13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A. 全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B. 全局比对允许间隙，而局 部比对不允许C. 全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列 14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们，最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵：■BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1 C. BLOSUM80和PAM250 D. BLOSUM10和PAM1 15.与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别是：A. 最好用于比对相关性高的蛋白B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对 ■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对D. 它结合了全局比对和局部比对 16.如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6 17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择： A. blastn B. blastp C. tblastn D. tblastp■blastx 18.为什么ClustalW（一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序）不报告E值：A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用了局部比对 D. 因为是多序列比对 19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙，永远是空隙”规则的依据是：A. 保证空隙不会引物序列加入而填充B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别■假定最近序列空隙应 该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留 20.根据分子钟假说：A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率 B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合C. 对于每一个给定的蛋白质，分子进化的速率是逐 渐减慢的，就如同不准时的钟■对于每一个给定的蛋白质，其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定 21.系统发生树的两个特征是： A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度C. 进化分支和树根D. 序列比对和引导检测方法 22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法：A. 邻位连接法（NJ法）B. Kimura算法■最大似然法（ML）D. 非加权平均法（UPGMA） 23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是：■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵 B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列，而基于距离仅能用于DNA C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法 D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关 24.一个操作分类单元（OTU）可指：A. 多序列比对■蛋白质序列C. 进化分支D. 进化节点 25.构建进化树最直接的错误来源是：■多序列比对错误B. 采样的算法差异C. 假设进化分支是单一起源D. 尝试推测基因的进化关系 26.第一个被完整测定的基因组序列是：A. 啤酒酵母的3号染色体B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组 27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质：■10 B. 100 C. 1000 D. 10000 28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是：A. 软件太难使用■. 假阳性率太高，许多不是外显子的序列部分被错误指定C. 假阳性率太高，许 多不是外显子功能未知 D. 假阴性率太高，丢失太多外显子位点 29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以：A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染 30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp：A. 20000■. 200000 C. 2000000 D. 20000000
生物信息学题库说课材料
生物信息学题库
■一、选择题: 1.以下哪一个是mRNA条目序列号： A. J01536■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR 3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能 B. 不可能 4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■ dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS 5.下面哪个数据库面向人类疾病构建： A. EST B. PDB ■. OMIM D. HTGS 6.Refseq和GenBank有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B. GenBank提供的是非冗余序列 ■. Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息D. GenBank源于Refseq 7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez ■ PubMed D. PROSITE 8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A. 因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B. 搜索结果很可 能一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同 9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■ N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W 10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 11.下列那个氨基酸最不容易突变： A. 丙氨酸 B. 谷氨酰胺 C. 甲硫氨酸■半胱氨酸 12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变： A. 1% B. 20%■. 80% D. 250% 13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A. 全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B. 全局比对允许间隙，而 局部比对不允许C. 全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列 14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们，最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵：■ BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1 C. BLOSUM80和PAM250 D. BLOSUM10和PAM1 15.与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别是：A. 最好用于比对相关性高的蛋白B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对 ■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对D. 它结合了全局比对和局部比对 16.如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6 17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择： A. blastn B. blastp C. tblastn D. tblastp■ blastx 18.为什么ClustalW（一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序）不报告E值：A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用 了局部比对 D. 因为是多序列比对 19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙，永远是空隙”规则的依据是：A. 保证空隙不会引物序列加入而填充B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别■假定最近序列空 隙应该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留 20.根据分子钟假说： A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率 B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合C. 对于每一个给定的蛋白质，分子进化的速率是逐渐 减慢的，就如同不准时的钟■对于每一个给定的蛋白质，其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定 21.系统发生树的两个特征是： A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度C. 进化分支和树根D. 序列比对和引导检测方法 22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法： A. 邻位连接法（NJ法）B. Kimura算法■最大似然法（ML）D. 非加权平均法（UPGMA） 23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是：■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵 B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列，而基于距离仅能用于DNA C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法 D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关 24.一个操作分类单元（OTU）可指：A. 多序列比对■蛋白质序列C. 进化分支D. 进化节点 25.构建进化树最直接的错误来源是：■多序列比对错误B. 采样的算法差异C. 假设进化分支是单一起源D. 尝试推测基因的进化关系 26.第一个被完整测定的基因组序列是： A. 啤酒酵母的3号染色体B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组 27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质：■ 10 B. 100 C. 1000 D. 10000 28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是： A. 软件太难使用■. 假阳性率太高，许多不是外显子的序列部分被错误指定C. 假阳性 率太高，许多不是外显子功能未知 D. 假阴性率太高，丢失太多外显子位点 29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以： A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染 30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp： A. 20000■. 200000 C. 2000000 D. 20000000
生物信息学课后题及答案-推荐下载
生物信息学课后习题及答案 （由10级生技一、二班课代表整理） 一、绪论 1.你认为，什么是生物信息学？ 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋 白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。2.你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？（1）主要用于： 在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分 子进化、蛋白质结构预测等 在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS 、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。 （2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。 3.人类基因组计划与生物信息学有什么关系？ 人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作 。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。 4简述人类基因组研究计划的历程。 通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA 的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。 1990，人类基因组计划正式启动。 1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。 1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。Celera 公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。 1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。 2000，Celera 公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。 2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。 2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。2004，人类基因组完成图公布。 2.我国自主知识产权的主要基因组测序计划有哪些？水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），家猪（2012），大熊猫（2010） 2．第一章 、管路敷设技术通过管线不仅可以解决吊顶层配置不规范高中资料试卷问题，而且可保障各类管路习题到位。在管路敷设过程中，要加强看护关于管路高中资料试卷连接管口处理高中资料试卷弯扁度固定盒位置保护层防腐跨接地线弯曲半径标高等，要求技术交底。管线敷设技术包含线槽、管架等多项方式，为解决高中语文电气课件中管壁薄、接口不严等问题，合理利用管线敷设技术。线缆敷设原则：在分线盒处，当不同电压回路交叉时，应采用金属隔板进行隔开处理；同一线槽内，强电回路须同时切断习题电源，线缆敷设完毕，要进行检查和检测处理。、电气课件中调试对全部高中资料试卷电气设备，在安装过程中以及安装结束后进行 高中资料试卷调整试验；通电检查所有设备高中资料试卷相互作用与相互关系，根据生产工艺高中资料试卷要求，对电气设备进行空载与带负荷下高中资料试卷调控试验；对设备进行调整使其在正常工况下与过度工作下都可以正常工作；对于继电保护进行整核对定值，审核与校对图纸，编写复杂设备与装置高中资料试卷调试方案，编写重要设备高中资料试卷试验方案以及系统启动方案；对整套启动过程中高中资料试卷电气设备进行调试工作并且进行过关运行高中资料试卷技术指导。对于调试过程中高中资料试卷技术问题，作为调试人员，需要在事前掌握图纸资料、设备制造厂家出具高中资料试卷试验报告与相关技术资料，并且了解现场设备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况，然后根据规范与规程规定，制定设备调试高中资料试卷方案。 、电气设备调试高中资料试卷技术电力保护装置调试技术，电力保护高中资料试卷配置技术是指机组在进行继电保护高中资料试卷总体配置时，需要在最大限度内来确保机组高中资料试卷安全，并且尽可能地缩小故障高中资料试卷破坏范围，或者对某些异常高中资料试卷工况进行自动处理，尤其要避免错误高中资料试卷保护装置动作，并且拒绝动作，来避免不必要高中资料试卷突然停机。因此，电力高中资料试卷保护装置调试技术，要求电力保护装置做到准确灵活。对于差动保护装置高中资料试卷调试技术是指发电机一变压器组在发生内部故障时，需要进行外部电源高中资料试卷切除从而采用高中资料试卷主要保护装置。
中科院生态学考博真题题汇总全解-共18页
2019年中科院生态中心考博生态学真题 一、名词解释 1、Climax 2、Biological invasion 3、Fundamental niche 4、Energy pyramid 5、Landscape process 6、Heat island 7、Ecosystem service 8、Allelopathy 9、r/k selection 10、Direct grandient anylisis 二、简答（六选四） 1、简述生产力与生物多样性之间的关系。 2、简述氮循环过程。 3、简述我国森林生态系统主要类型及特点。 4、简述植物对光照因子的响应方式。 5、简述生态敏感评价方法。 6、简述生态工程的基本原理。 三、论述（四选二） 1、论述城市生态系统的结构、功能与特征，并讨论其研究方法。 2、从碳循环的角度，论述未来全球气候变化对生态系统碳源和碳汇的影响。 3、举例说明景观生态学在生物多样性保护或区域生态环境保护中的作用。 4、从生态系统物质循环的角度，举例论述污染物的产生、传输、危害过程及控制对策。 1 何谓R对策和K对策？简述 r-K选择理论的生态学意义（10分）。 2 简述演替顶极理论的三个假说（10分）。 3 简述三级营养关系的概念并举例加以说明（10分）。 4 简述物种和群落或生态系统水平上生物多样性的测定方法（10分） 二论述题 1 我国近年来兴建了许多大型水利工程，这些工程对生态环境有哪些影响？试举例说明并提出环保对策（15分）。 2 外来种 (exotic species) 和入侵种 (invasive species) 有何不同？如何防止一种外来种成为入侵种？试举例说明（15分）。 3 水生植物在水环境保护中的作用有哪些？举例说明如何利用大型水生植物保护水环境（15 201X年中科院生态中心考博生态学真题 一、名词解释 1、MacArhthur平衡说 2、恢复生态学 3、净初级生产量 4、空间异质性 5、邻接效应 6、群落排序 7、湿地 8、他感作用 9、同资源种团 10、原生演替 二、简述题（每题8分，共48分） 1．岛屿生物地理学（Island Biogeography）与生物多样性保护。 2．碳（C）、氮（N）、磷（P）循环研究的重要性。（8分） 3．湖泊的富营养化形成机制及生态修复技术。(8分) 4．流域中水陆交错区（河岸带）的生态学意义。（8分) 5．生物入侵机制及生态效应。(8分)
生物信息学试题整理
UTR的含义是（B ） A.编码区 B. 非编码区 C. motif的含义是（D ）。 A.基序 B. 跨叠克隆群 C. algorithm 的含义是（B ）。 A.登录号 B. 算法 C. RGR^ （D ）。 A.在线人类孟德尔遗传数据 D.水稻基因组计划 下列Fasta格式正确的是（B） 低复杂度区域 D. 幵放阅读框 碱基对 D. 结构域 比对 D. 类推 B. 国家核酸数据库 C. 人类基因组计划 A. seql: agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta B. >seq1 agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta C. seq1:agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta D. >seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（D） A. NDB 数据库 B. PDB 数据库 C. GenBank 数据库 D. SWISS-PROT 数
据库 Bioinformatics 的含义是（A ）。 A. 生物信息学 B. 基因组学 C. 蛋白质组学 D. 表观遗传学 Gen Bank中分类码PLN表示是（D ）。 A.哺乳类序列 B. 细菌序列 C.噬菌体序列 D. 植物、真菌和藻类序列 ortholog 的含义是（A）0 A.直系同源 B.旁系同源 C.直接进化 D.间接进化 从cDNA文库中获得的短序列是（D ）o A. STS B. UTR C. CDS D. EST con tig的含义是（B ）o A.基序 B. 跨叠克隆群 C. 碱基对 D. 结构域 TAIR （AtDB）数据库是（C）o A.线虫基因组 B. 果蝇基因组 C. 拟南芥数据库 D. 大肠杆菌基因组ORF的含义是（D ）o A.调控区 B. 非编码区 C.低复杂度区域 D. 幵放阅读框
中国科学院地理科学与资源研究所博士招生试题
中国科学院地理科学与资源研究所博士招生试题 2002年生态学试题 1.恢复生态学的概念，生态恢复的途径 2.碳C、氮N的循环过程 3.生态系统的调控机制、正反馈、负反馈 4.健康生态系统的特征 5.能量流动速率，如何测定？ 6.中国植被分布的地带性规律 7.尺度选择 2003年生态学试题 1.恢复生态学的概念，生态恢复的途径 2.陆地生态系统碳C、氮N的循环过程 3.生态系统健康 4.能量流动速率，如何测定？ 5.生态系统建模有哪些步骤和主要环节？ 6.生态系统服务价值评估 2005年 1.根据能量平衡原理和植物生理学角度，解释土壤－植物－大气系统水热流动的机制及调 控方法 2.决定净生态系统生产力的主要生物学过程 3.食物链结构与能量流动与物质循环的关系 4.用生态位（niche）的概念阐述中群间相互关系与资源利用策略 （生态位主要指某一物种或种群在生态系统内能最大限度的利用环境中的物质和能量的最佳位置，即人们通常所说的给物种在生态系统中定位。生态位和种群是一一对应的，也就是说一个生态位只能容纳一个特定的生物种群。在自然生态系统中，随着系统的演替向顶极群落阶段发展时，其生态位数目渐增，物种多样性指数增加，空白生态位逐渐被填充，生态位逐渐被饱和，从而构成复杂稳定和网络结构的生态系统。人工生态系统由于物种单一，生态位不饱和，是一种偏途顶极，当人为控制因素消除后人工生态系统易发生变化，是一种不稳定的生态系统。） 5.生态系统演替的不同阶段的结构与过程特征 6.气候变暖对植物分布、生产力和生态系统C/N循环的影响 7.从生态学角度说明一种环境问题（如荒漠化、水土流失、环境污染、水体福营养化）的 发生机制，生态系统影响过程与治理措施 8.生态系统可持续性的概念及评估指标 2002年环境经济学试题 1.试述现行国民经济核算体系的缺陷
2019版国科大生物信息学期末考试复习题
中科院生物信息学期末考试复习题 陈润生老师部分： 1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？ 答：生物信息学有三个方面的含义： 1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和 解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。 2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语 言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。 3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它 是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。 2.如何利用数据库信息发现新基因，其算法本质是什么？ 答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式： 1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因： （利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分，即基因家族、特殊序列间比较，Complexity analysis，Neural Network 2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs： （归属于同一基因的EST片断一定有overlapping，通过alignment可组装成一完整的基因，但EST片断太小，不存在数据来源，主要是拼接问题） 数据来源于大量的序列小片段，EST较短，故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有：构建数据库；将序列纯化格式标准化；从种子库中取序列和大库序列比对；延长种子序列，至不能再延长；放入contig库①构建若干数据库：总的纯化的EST数据库，种子数据库，载体数据库，杂质、引物数据库，蛋白数据库，cDNA数据库； ②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对，去除杂质； ③用种子和纯化的EST数据库比对 ④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较，判断是否为已有序列，再利用该大片段与纯化的EST数据库比对，重复以上步骤，直到序列不能再延伸； ⑤判断是否为全长cDNA序列。 （利用EST数据库：原理：当测序获得一条EST序列时，它来自哪一个基因的哪个区域是未知的（随机的），所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象，就能找出属于同一个基因的所有EST序列，进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止，公共EST数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上，平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。）
生物信息学试题
华中农业大学研究生课程考试试卷（B） 考试科目名称：生物信息学考试时间：2011年6月15日备注：所有答案均要写在答题纸上，否则，一律无效。 提示：（1）2小时答题时间；（2）课堂开卷，独立完成；（3）答题简明扼要 1．请查询序列AK101913（GenBank注册号）的相关信息并回答下列问题：（1）若用限制性内切酶PstΙ消化这条序列，可以得到几个片段？（4分） （2）该序列编码的蛋白质有多少个氨基酸？哪种氨基酸所占比例最高？等电点是多少？是否糖蛋白质？如果是糖蛋白，请给出具体类型及糖基化位点。（10分）（3）请分析该序列编码蛋白的保守结构域，根据你的分析，该蛋白可能具有什么样的生物学功能？（6分） 2．任选一种基因结构分析工具，预测序列J04982（GenBank注册号）的基因结构及其编码产物的理化性质。请注明分析工具的名称，以及是否采用某一物种的数据作为参照。 （1）根据你所选用的分析方法，这条序列编码多少个基因？分别包含有多少个exon？预测基因（如有多个基因请注明是第几个基因）是否有转录起点和PolyA加尾信号？ 分析结果是否与GenBank提供的注释信息相符合？（10分） （2）预测的第一个基因编码的蛋白质是否包含有信号肽（注明切割位点）和跨膜区域（注明跨膜区）？预测该蛋白的亚细胞定位。（10分） 注：3a、3b任选一题 3a．RZ220是水稻分子标记遗传连锁图上的一个分子标记，请回答下列有关问题：（1）这个分子标记/位点被定位于水稻的第几号染色体？在你检索的网站（请注明网址）多少水稻的遗传连锁图使用了该分子标记？请列出分子标记遗传连锁图的名称及 其类型（Map Type）（10分） （2）RZ220属于什么类型的分子标记？指出一个与该标记连锁或附近的QTL（注明其编号），并说明该QTL控制什么性状，列出定位该QTL的研究的相关文献。（10分） 3b．BM6506是羊分子标记遗传连锁图上的一个分子标记或位点，请回答下列有关问题：（请注明分析方法名称） （1）这个分子标记/位点被定位于羊的第几号染色体？（4分） （2）在SM1分子标记遗传连锁图上与这个分子标记/位点紧密连锁（两侧）的分子标记/位点的名称是什么？这个分子标记/位点在SM1分子标记遗传连锁图上的遗传位置 是多少？（8分） （3）列出一篇与该标记相关的文献及其在PubMed中的PMID号。（8分） 4．分析六条蛋白质序列（BAF63641、ABO31104、ACO11338、ABH07379、AAF65254、AAB38498）的同源性并回答下列问题（请注明分析方法名称）： （1）哪两条序列的进化关系最近，一致性（Identity）是多少？相似度（Similarity/Positive）是多少？（10分）
中科院研究生高级生态学考试要点
绪论 1、生态学的定义 生态学是研究生物与环境之间相互关系的科学。 生物的组织层次：基因、细胞、器官、个体、种群、群落、生态系统、景观、生物圈 2、生态学的发展过程 生态学的发展过程大致可分为4个时期：生态学的萌芽时期、建立时期、巩固时期、现代生态学时期。 ①萌芽时期（公元16世纪以前）：古代思想家、农学家对生物与环境关系的朴素整体观。 ②建立时期（17世纪至19世纪）：当时的科学活动强调科学调查和科学研究，生态理论开 始形成，并有了明确的生态学定义。 ③巩固时期（20世纪初至20世纪50年代）：生态学理论形成，种群和群落由定性向定量 描述及生态学验 方法发展的辉煌时期，“四大学派”出现（英美、法瑞、 苏联、北欧） ④现代生态学时期（20世纪60年代至今）：研究层次向微观和宏观发展，研究手段不断更 新，研究范围从纯自然现象研究拓展到自然— —经济——社会复合系统。 3、生态学的研究对象：生物类群、生态系统类型、研究性质和方法、应用领域 ①生态学研究对象复杂多样，范围广，从分子、细胞到生物圈，从微生物到动植物。 ②生态学研究对象尽管向宏观和微观两个方向发展，但其研究中心为种群、群落和生态系 统，属宏观生物 学范畴。 ③生态学研究的重点，在于生态系统和生物圈中各组分之间的相互作用。 4、生态学的分支学科 ①根据研究对象的组织水平划分：分子生态学、进化生态学、个体生态学（生理生态学）、 种群生态学、 群落生态 学、生态系统生态学、景观生态学、全球生态学。
②根据研究对象的分类学类群划分：微生物生态学、植物生态学、动物生态学、人类生态学、陆地植物生态学、哺乳动物生态学、昆虫生态学、地衣生态学，以及各个主要物种的生态学。 ③根据研究对象的生境类别划分：陆地生态学、海洋生态学、淡水生态学、岛屿生态学。 ④根据研究性质划分：理论生态学、应用生态学（农业生态学、森林生态学、草地生态学、 家畜生态学、 自然资源生态学、城市生态学、保育生态学、恢复生态学、生态工程学、人类生态学、生态 伦理学）。 ⑤边缘学科：数量生态学、化学生态学、物理生态学、经济生态学。 5、生态学的研究方法 ①野外观察和定位站②试验方法：原地实验和人工控制实验③数学模型与数量分析方 法 6、现代生态学的发展趋势 ①生态学的研究有越来越向宏观发展的趋势。 ②系统生态学的产生和发展，是现代生态学在方法论上的突破，是划时代的认识论的提高， 被称为“生态学领域的革命”。 ③一些新兴的生态学分支如进化生态学、行为生态学、化学生态学等的相继出现。 ④分子生态学的兴起是20世纪末生态学发展的最重要特征之一。 ⑤强调生态学的机理、过程与功能研究，重视地上生态学与地下生态学的耦合。从描述、 解释走向机理的 研究是 现代生态学的重要标志之一。 ⑥应用生态学的迅速发展也是现代生态学的重要特色之一。 7、生态学研究的热点 全球变化、生物多样性、可持续发展 2、论述生态研究的热点问题及发展趋势（04年生态中心） 答：目前生态学研究的热点问题主要有：全球变化、生物多样性和可持续发展。 ①全球变化：气候、大气、土壤和水化学的变化，以及土地种林利用所引起的生态学原理
生物信息学复习题及答案(陶士珩)
生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。 二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 ￥ 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 ? 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。[ 3） 三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999
中科院植物所生态学考研真题汇总
一、名词解释 1.协同进化 2.动态生命表 3.功能反应 4.初级生产力 5.基因流 6.生态效率 7.边缘效应 8.优势种 9.适应 10.内禀增长率 二、举例说明群落演替的过程特征、类型，并论述演替理论对退化群落恢复的指导意义 三、简述种群调节的几种主要学说及其争论焦点 四、写出种群指数增长、逻辑斯蒂曲线增长模型和两个种群间的竞争作用、捕食作用、寄生作用模型，并说明其中的r、k、a五个参数的生物学意义。 五、试比较单项极群落学说与多项极群落学说的差异 六、给出次级生产过程模式框图，并试述次级生产量估算的几种方法
一、名词解释 1.种群内禀增长率（intrinsic rate of increase） 2.竞争排斥原理 3.r，K对策者（r-strategist and K-strategist） 4.食物链 5边缘效应（edge effect） 6优势种（dominant） 7生态系统（ecosystem） 8生产力 二、简述题 1解释Lotka-volterra种间竞争模型，并说明它可能的几种结局 2简述种群调节的几种主要学说及其争论焦点 3简述群落演替的主要类型及其特点 4试论系统模型建立的几个步骤 5简述全球气候变化对生物个体、种群、群落和生态系统的潜在影响。
一、名词解释 1.层片（synusia） 2.净初级生产量（net primary production） 3.物质周转率（turnover） 4.光周期现象 5.边缘效应（edge effect） 6.尺度推绎（scaling） 7.生态交错带（ecotone） 8.能量金字塔（pyramid of energy） 9.斑块（缀块，patch） 10.温室效应 二、比较下述概念在涵义上的区别 1.光补偿点与光饱和点 2.r-对策与K-对策 3.动态生命表与静态生命表 4.原生演替与次生演替 5.优势种与建群种 三、简答题 1.从形态结构和生理特征两方面分别简述旱生植物对干旱环境的适应 2.陆地表面枯枝落叶的分解经历那些过程？在分解过程中，分解速率和待分解物质的多样性将如何变化？ 3.简述干扰在植物群落结构形成中的意义 4.简述有关群落演替的单元顶级论和多元顶级论 四、论述题 1.论述陆地生态系统的碳循环过程，以及人类活动对碳循环过程可能产生的影响 2.分析如何应用生态学原理控制或减缓因生境破碎化而造成的生物多样性下降的趋势