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显示b 星座界线显示开关
显示v 星座名称显示开关
显示r 星座艺术图像显示开关
显示d 星名显示开关
显示n 星云名称显示开关:不显示/显示简称/显示全称
显示e 天球赤道坐标网格显示开关
显示z 循环显示:地平线/地平坐标网格/都不显示
显示p 循环显示:无行星标签/有行星标签/行星标签和轨道
显示g 地面显示开关
显示a 大气显示开关
显示f 地平雾气显示开关
显示q 方向基点(东、西、南、北)显示开关
显示o 切换月面显示比例(4倍/1倍)
显示t 天体追踪开关(移动天幕,始终将选中的天体显示在屏幕中央)显示s 恒星显示开关
显示4 或者,(逗号) 循环显示:黄道/黄道和行星轨道/不显示
显示5 或者 .(句号) 天球赤道显示开关
窗口及其他控制CTRL+s 截取屏幕图像写入stellarium*.bmp文件
窗口及其他控制CTRL+r 显示/关闭脚本记录器
窗口及其他控制CTRL+f 显示/关闭搜索窗口
窗口及其他控制h 显示/关闭帮助窗口
窗口及其他控制i 显示/关闭信息窗口
窗口及其他控制数字1 显示/关闭设置窗口
窗口及其他控制m 显示/关闭文字菜单
窗口及其他控制ESC 关闭打开的窗口(帮助、信息、设置等窗口)
时间和日期6 暂停时间流动(在脚本运行时为暂停脚本执行)
时间和日期7 设置时间流动速度为0(时间停止)
时间和日期8 将时间设为当前时间
时间和日期j 减慢时间流动(在脚本运行时为降低脚本速度)
时间和日期k 设置时间流动速度为正常
时间和日期l 加速时间流动(在脚本运行时为加快脚本速度)
时间和日期- 时间后退24小时
时间和日期= 时间前进24小时
时间和日期[ 时间后退7天
时间和日期] 时间前进7天
其他CTRL+c 停止脚本运行
其他CTRL+q 退出Stellarium(苹果机上是command+Q)其他< 减小音量(仅在脚本运行时)
其他> 增大音量(仅在脚本运行时)
其他9 循环设置流星雨流量:低/中/高/很高
其他CTRL+SHIFT+h 水平反转画面
其他CTRL+SHIFT+v 垂直反转画面
其他CTRL+[数字] 启动第[数字]号望远镜对准当前所选天体
分子动力学的模拟过程 分子动力学模拟作为一种应用广泛的模拟计算方法有其自身特定的模拟步骤,程序流程也相对固定。本节主要就分子动力学的模拟步骤和计算程序流程做一些简单介绍。 1. 分子动力学模拟步驟 分子动力学模拟是一种在微观尺度上进行的数值模拟方法。这种方法既可以得到一些使用传统方法,热力学分析法等无法获得的微观信息,又能够将实际实验研究中遇到的不利影响因素回避掉,从而达到实验研宄难以实现的控制条件。 分子动力学模拟的步骤为: (1)选取所要研究的系统并建立适当的模拟模型。 (2)设定模拟区域的边界条件,选取粒子间作用势模型。 (3)设定系统所有粒子的初始位置和初始速度。 (4)计算粒子间的相互作用力和势能,以及各个粒子的位置和速度。 (5)待体系达到平衡,统计获得体系的宏观特性。 分子动力学模拟的主要对象就是将实际物理模型抽象后的物理系统模型。因此,物理建模也是分子动力学模拟的一个重要的环节。而对于分子动力学模拟,主要还是势函数的选取,势函数是分子动力学模拟计算的核心。这是因为分子动力学模拟主要是计算分子间作用力,计算粒子的势能、位置及速度都离不开势函数的作用。系统中粒子初始位置的设定最好与实际模拟模型相符,这样可以使系统尽快达到平衡。另外,粒子的初始速度也最好与实际系统中分子的速度相当,这样可以减少计算机的模拟时间。 要想求解粒子的运动状态就必须把运动方程离散化,离散化的方法有经典Verlet算法、蛙跳算法(Leap-frog)、速度Veriet算法、Gear预估-校正法等。这些算法有其各自的优势,选取时可按照计算要求选择最合适的算法。 统计系统各物理量时,便又涉及到系统是选取了什么系综。只有知道了模拟系统采用的系综才能釆用相对应的统计方法更加准确,有效地进行统计计算,减少信息损失。 2. 分子动力学模拟程序流程 具体到分子动力学模拟程序的具体流程,主要包括: (1)设定和模拟相关的参数。 (2)模拟体系初始化。 (3)计算粒子间的作用力。 (4)求解运动方程。 (5)循环计算,待稳定后输出结果。 分子动力学模拟程序流程图如2.3所示。
虚拟天文馆“学习指南”(六下)
虚拟天文馆学习指南 学习者:六()姓名__________ 一、月球观察 (一)观察同一天的不同时间,月球运动的方向: 1.打开虚拟天文馆,设置地点:苏州;时间:2016年4月17日15时 2.缩小画面,点亮"基点"按钮,调整方向使地面水平(东、南、西三字呈一直线)。点击“加快时间”按钮: 从地面观察,在同一天的不同时间,月球的运动方向是自______向______。 3.我们还观察到不仅月球这样运动,其他星体(除北极星外)的运动方向也是自______向______的。 (二)观察不同日期的同一时间,月球的运动方向: 缩小画面,点亮"基点"按钮,调整方向使地面水平(东、南、西三字呈一直线)。 1.设置观察时间:2016年4月7日20时(农历三月初一),不关闭“日期时间”窗口, 逐一增加日期(时间始终为20时,分、秒忽略),连续观察月球的方位,直到2016年5月6日(农历三月三十)是一整个月。 2.同样的方法,继续往后推时间,观察下一个月的月球方位。你发现什么规律了么? 从地面观察,月球在不同日期的同一时间,运动的方向是自_____向_______的。(三)观察月球的样子(月相) 1.打开“日期时间”窗口,设置时间为2016年4月10日20时(初四,7、8、9日观察不到 月球)。不关闭“日期时间”窗口,点击月球。按画面右上角第二个“传感器”按钮,近距离观察月球的样子。注意:请不要用目镜观察,目镜观察到的图像是相反的。 2.逐一增加日期(时、分、秒忽略),连续观察月相的变化,找到规律,请连线。 收集于网络,如有侵权请联系管理员删除
青岛版小学科学教材六年级下册《太阳家族》说课 【教学内容】 本课是青岛版六三制科学教科书六年级下册第20课的内容,属于探索宇宙单元。通过小学科学课前期的学习,学生对地球进行了较深入地探究,知道了地球是太阳系的主要成员之一,认识了太阳、地球、月球三个天体的相互运动关系。但学生对太阳系的空间观念、太阳系的构成及成员之间的关系等相关内容了解得比较少。这节课就是通过各种相关资料的交流、模型的构建等活动,让学生比较深入地认识和了解太阳系,知道太阳系的组成及八大行星的排列顺序,初步了解八大行星的主要特点。 【教学目标】 科学探究方面:能运用搜集资料的方法了解和认识太阳系;能按照相应需求对有关信息进行筛选、处理,对有关数据进行比较、排序,能合理利用处理后的数据建立太阳系的模型。 情感、态度与价值观方面:善于大胆而合理地想象;愿意合作交流,共同探究;保持与发展渴望了解世界、乐于探究与发现周围事物奥秘的欲望。 科学知识方面:知道太阳系的组成以及八大行星的排列顺序,了解八大行星的特点。 【教学重难点】 根据以上教学目标,我确立了本课的教学重点,让学生知道太阳系的组成、了解八大行星的特点及掌握它们在太阳系中的排列顺序。其中让学生记住八大行星的排列顺序和在虚拟天空中找到八大行星是本课的难点。 【教学过程】 基于以上对本课的认识和分析,我以让学生自主建构太阳系模型为主要目的,按照生成问题——搜集信息——整理信息——应用信息——拓展信息的思路设计了以下五个环节。 第一环节:情境导入,生成问题。 上课伊始,教师首先利用课件出示一张海报,并介绍:这幅海报是专门为“太阳家族科普讲座”而精心制作的,遗憾的是如此精美的宣传海报却不能使用,请
一、NAMD NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 1. 软件所能模拟的体系的尺度,如微观,介观或跨尺度等 微观。 是众多md 软件中并行处理最好的,可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型,如MD,DPD,DFT,MC,量化,或交叉等 全原子md,有文献上也用它做过cgmd。 3. 软件能研究的相关领域,使用者的背景最好是? 使用的力场有charmm,x-plor,amber 等,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系。 也可进行团簇和CNT 系统的模拟 软件原理经典,操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的md,以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理,但知道一些最好。 5.软件主要包含的处理工具
namd 是计算部分,本身不能建模和数据分析(unix 的哲学kiss)。但vmd 同namd 系出同门,已同namd 实现无逢链接。 vmd 的tcl 脚本一定要搞懂,别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd,及其他数据统计分析软件(excel,OOo-calc 等足够了)NAMD在window环境下的编译安装 1.下载NAMD_ 2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下(建议最好直接是C:或D:下) 3.添加windows的环境变量:右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹,比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意:添加的变量名称要和文件夹得名称一致(如果文件夹得名称你改为namd,那么变量名称为C:NAMD) 文件才可以正确运行,并且要在conf文件所在目录执行命令。如:我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下,然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS
最佳答案 移动和选取前后翻页放大缩小 移动和选取CTRL+上下箭头放大缩小 移动和选取鼠标滚轮放大缩小 移动和选取鼠标左键选择天体 移动和选取鼠标右键取消天体选择 移动和选取反斜杠(\) 自动缩小 移动和选取正斜杠(/) 自动放大到所选物体 移动和选取空格键将所选物体置于屏幕中心 显示回车键切换赤道仪和经纬仪 显示F1 全屏显示模式开关 显示c 星座连线显示开关 显示b 星座界线显示开关 显示v 星座名称显示开关 显示r 星座艺术图像显示开关 显示d 星名显示开关 显示n 星云名称显示开关:不显示/显示简称/显示全称 显示e 天球赤道坐标网格显示开关 显示z 循环显示:地平线/地平坐标网格/都不显示 显示p 循环显示:无行星标签/有行星标签/行星标签和轨道 显示g 地面显示开关 显示a 大气显示开关 显示f 地平雾气显示开关 显示q 方向基点(东、西、南、北)显示开关 显示o 切换月面显示比例(4倍/1倍) 显示t 天体追踪开关(移动天幕,始终将选中的天体显示在屏幕中央)显示s 恒星显示开关 显示4 或者,(逗号) 循环显示:黄道/黄道和行星轨道/不显示 显示5 或者 .(句号) 天球赤道显示开关 窗口及其他控制CTRL+s 截取屏幕图像写入stellarium*.bmp文件 窗口及其他控制CTRL+r 显示/关闭脚本记录器 窗口及其他控制CTRL+f 显示/关闭搜索窗口 窗口及其他控制h 显示/关闭帮助窗口 窗口及其他控制i 显示/关闭信息窗口 窗口及其他控制数字1 显示/关闭设置窗口 窗口及其他控制m 显示/关闭文字菜单 窗口及其他控制ESC 关闭打开的窗口(帮助、信息、设置等窗口) 时间和日期6 暂停时间流动(在脚本运行时为暂停脚本执行) 时间和日期7 设置时间流动速度为0(时间停止) 时间和日期8 将时间设为当前时间 时间和日期j 减慢时间流动(在脚本运行时为降低脚本速度) 时间和日期k 设置时间流动速度为正常 时间和日期l 加速时间流动(在脚本运行时为加快脚本速度) 时间和日期- 时间后退24小时
首先介绍一下自己吧,本人毕业于南方某知名211大学药学系,目前于澳门科技大学攻读硕士研究生。从本科开始自己就在接触CADD(计算机辅助药物设计)方面的软件知识,在此将分享一些自己的纯干货!下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接,希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。 话不多说,下面进入正题。 首先我们搞清楚一个概念:什么是分子模拟对接。分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接,计算它们的结合能(KJ/MOL)大小来判断结合是否紧密,若结合效果比较理想,那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子,可以进一步进行实验室操作,避免盲目实验带来的人力经济损失。 接下来我将介绍一下本篇文章的主角,也是我们所要用到的软件PyRx、Chemdraw、AutodockTools以及PyMol。为了便于理解,简要概括之:Chemdraw为化合物分子绘图软件;PyRx为Autodock Vina算法搭载软件,能够调用其算法直接进行模拟对接;AutodockTools是PyMol为对接结果成像软件,可以进一步分析其结构。 下面正式进入正题,我将大致分为三个板块来进行推进:受体配体的准备;分子对接;结果分析。研究类型为:已知若干配体分子结构,通过受体蛋白测试配体分子活性。 本次筛选意在以COMT酶为受体,从20种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与COMT酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构,大大减少了随机筛选的盲目性,有利于进一步研究该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图1展示了20种不同环二肽结构物质的统一结构,随着R基团的不同,所对应的氨基酸也不同。而表1则展示了20种不同环二肽的分子式。 图1 Cycol[DOPA(6-NO2)-AA]
分类号密级 UDC编号 华中师范大学 硕士学位论文 虚拟天文台数据访问服务(VO-DAS)之任务调度研究 及VO-DAS的应用 田海俊 指导教师郑小平教授、赵永恒研究员、崔辰州副研究员 华中师范大学物理科学与技术学院申请学位级别硕士学科专业名称理论物理 论文提交日期2007年6月论文答辩日期2007年6月 培养单位物理科学与技术学院 学位授予单位华中师范大学 答辩委员会主席
Job Scheduling Research in Virtual Observatory Data Access Service(VO-DAS) and VO-DAS Application Hai-Jun Tian Supervisor: Prof.Xiao-Ping Zheng&Prof.Yong-Heng Zhao&Dr.Chen-Zhou Cui HuaZhong Normal University May,2007 Submitted in total ful?lment of the requirements for the degree of Master in Theory of Physics
摘要 天文观测数据资源具有时间跨度大、数据量大、存储管理分散、管理工具驳杂等特点。如何提供给天文学家一个统一访问这些分布存放的异构数据资源的方案,是虚拟天文台的一个重要研究课题。 计算机与互联网技术的飞速发展,网格技术、XML技术、语义网技术等全新IT技术的涌现,以及在此技术背景下,国际虚拟天文台联盟(IVOA)依据天文自身的特点不断提出并完善的各种规范标准,使得海量、分布式、多波段天文数据的无缝融合和处理成为可能。 对于异地异构数据的统一访问,我们基于开放网格服务架构(OGSA)提出了一种网格的解决方案:使用OGSA-DAI技术实现了对异地异构的天文星表数据、图像数据和光谱数据的统一封装(DataNode);利用ADQL语言完成对任务的统一描述;基于WSRF框架完善了对数据资源、计算资源以及存储资源的任务调度。我们设计的虚拟天文台数据访问服务(VO-DAS)实现了对数据资源、计算资源、存储资源的自动发现以及异地异构数据的联合访问并对访问结果进行数据分析的一体化工作模式,这将使天文数据源的多波段交叉证认、海量数据分析及对分析结果的可视化等成为可能。VO-DAS支持国际虚拟天文台联盟(IVOA)的各项相关标准,使得它具有良好的互操作性,它的对外接口简单实用、可以针对不同需求的天文数据用户发展出多种网格应用产品。 论文以VO-DAS的任务调度及其实现为重点,分别对VO-DAS的设计模式、Session 机制、生命周期、资源销毁、异常处理等模块进行了详细的阐述,并从多个角度分别给出了系统的设计图。为了验证以OGSA-DAI为基础的天文数据访问的可行性和性能,我们采用两个科学范例对VO-DAS原型进行了实验。 论文最后以VO-DAS对China-VO Ephemeris WS计算平台的扩展为例,介绍了VO-DAS外部接口的扩展方法,以及VO-DAS在星历计算方面的应用,并简要阐述了VO-DAS在其他方面的科学应用。 关键词:虚拟天文台,数据访问,网格技术,OGSA-DAI
3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费) AMBER (分子力学力场模拟程序) autodock (分子对接软件)(免费) GROMACS (分子动力学软件)(免费) GULP (General Utility Lattice Program)(免费) NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费) 高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索 等)(免费) 化合物活性预测程序PASS(部分免费) 计算材料科学Mathub C4:Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费) Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费) Democritus (分子动力学原理演示软件) DPD应用软件cerius2(免费) EMSL Computational Results DataBase (CRDB) MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费) XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费) 量子化学软件中文网 美国斯克利普斯研究院:金属蛋白质结构和设计项目(免费) https://www.wendangku.net/doc/db17140646.html,/(免费) 3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术) 3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D 分子对接)(免费)
福建师范大学地理科学学院(350007) 贺志康 巧用虚拟天文馆软件Stellarium 演示太阳周日视运动轨迹 在高中地理必修1[1]《地球的运动》这一节中,昼夜交替与正午太阳高度角的变化两部分内容都涉及到一个知识点即太阳的周日运动。2012年安徽高考文综选择题第30题的正确解答就需要先确定太阳的方位,相类似的题目也比较常见,但鉴于平时疏于观察与空间思维能力有限等原因,大部分学生对这个知识点感觉很困难,难以理解与掌握。可以说,太阳周日视运动既是重点,也是难点。通过虚拟天文馆软件Stellarium 模拟太阳周日视运动,演示其运动轨迹,形象而又生动,有助于学生从感性认识向理性认识的转变,利于学生对太阳周日视运动的理解。 一、虚拟天文馆软件简介 虚拟天文馆软件Stellarium 是一款免费的虚拟星象仪的计算机软件。它使用OpenGL 对星空进行实时渲染,在电脑桌面上生成一块虚拟3D 天空,所模拟的星空效果与用肉眼,望远镜或者天文望远镜进行实际观察所看到的星空基本没有什么区别,形象逼真。它可以根据观测者所在的地方时和位置,计算天空中太阳、月球、行星和恒星的位置,并将其显示出来。它还可以绘制星座、虚拟天文现象(如日食、月食和流星雨等)。总之,Stellarium 是一款功能极其强大的软件,深受广大天文爱好者的喜欢,对地理教师的教学也很有用。 二、部分操作按键 Stellarium 提供了较多的键盘操作指令,版本更新很快。现在以Stellarium 0.12.1为例,将部分可能与演示操作有关的按键列出(如表1),剩余部分的操作指令,读者如有兴趣,打开软件后,按F1键进一步了解。 表1 操作按键说明 按键说明鼠标滚轮放大缩小 鼠标左键选择天体或移动画面鼠标右键取消天体选择 F1说明F2设定F5日期及时间F6所在地点Z 地平坐标网格 Q 基点 J 减缓时间流逝K 正常时间速度8调至当前时刻L 加快时间流逝 Ctrl+Q 退出 三、演示过程 下载安装完Stellarium 后,打开软件,此时如果显示为英文,则按F2键,出现一个界面,点击中间的下拉菜单进行语言设置,将语言设置为简体中文。软件初始设置地点为法国巴黎,时间是与电脑时间同步。 以北京为例,来演示当地2013年6月1日的太阳周日视运动轨迹。按F6键,则会出现一个界面,在这个界面的右上角的下拉菜单中寻找“北京”,或者先通过其他途径找到北京的经纬度,再在该界面的左下角输入北京的经纬度数值。北京的经纬度为东经116.46°,北纬39.92°。然后按住左键,拉动画面,找到“东”方向。若找不到,按Q 键。同时按Z 键,此时画面会显示地平坐标网络。接着找到太阳,单击鼠标左键,将太阳选中,此时画面左上角会出现与太阳相关的天文参数,如太阳的星等、赤经与赤纬、时角与赤纬等,特别 摘要:介绍了虚拟天文馆软件Stellarium,列举了软件的主要操作按键,介绍了用软件演示太阳周日视运动的操作过程。 关键词:虚拟天文馆软件;Stellarium;太阳周日视运动
三种常用分子模拟软件介绍 一、NAMD NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。 1. 软件所能模拟的体系的尺度,如微观,介观或跨尺度等 微观。 是众多md 软件中并行处理最好的,可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型,如MD,DPD,DFT,MC,量化,或交叉等 全原子md,有文献上也用它做过cgmd。 3. 软件能研究的相关领域,使用者的背景最好是? 使用的力场有charmm,x-plor,amber 等,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系。 也可进行团簇和CNT 系统的模拟 软件原理经典,操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的md,以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理,但知道一些最好。
5.软件主要包含的处理工具 namd 是计算部分,本身不能建模和数据分析(unix 的哲学kiss)。但vmd 同namd 系出同门,已同namd 实现无逢链接。 vmd 的tcl 脚本一定要搞懂,别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd,及其他数据统计分析软件(excel,OOo-calc 等足够了)NAMD在window环境下的编译安装 1.下载NAMD_ 2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下(建议最好直接是C:或D:下) 3.添加windows的环境变量:右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹,比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意:添加的变量名称要和文件夹得名称一致(如果文件夹得名称你改为namd,那么变量名称为C:NAMD) 4.namd2.7需要后面跟conf 文件才可以正确运行,并且要在conf 文件所在目录执行命令。如:我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下,然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS
Below is presented a generalised procedure for performing a simulation. The exact steps and processes involved will vary depending on exactly what is being attempted. Use as a general guide only! 1> Clearly identify the property / phenomena of interest to be studied by performing the simulation. 2>Select the appropriate tools to be able to perform the simulation and observe the property / phenomena of interest. It is important to read and familiarise yourself with publications by other researchers on similar systems. Tools include: - software to perform the simulation with, consideration of force field may influence this decision. - force field which describes how the atoms / particles within the system interact with each other. Select one that is appropriate for the system being studied and the property / phenomena of interest. Very important and non-trivial step! 3>Obtain / generate the initial coordinate file for each molecule to be placed within the system. 4>Generate the raw starting structure for the system by placing the molecules within the coordinate file as appropriate. Molecules may be specifically placed or arranged randomly. 5>Obtain / generate the topology file for the system, using (for example) pdb2gmx, PRODRG or your favourite text editor in concert with chapter 5 of the GROMACS Manual. 6>Describe a simulation box (e.g. using editconf) whose size is appropriate for the eventual density you would like, fill it with solvent (e.g. using genbox), and add any counter-ions needed to neutralize the system (e.g. using grompp and genion). In these steps you may need to edit your topology file to stay
青岛出版社五年制小学四年级下册科学 《弯弯的月亮》教案研讨课 教学设计 淄博市张店区铁路小学张健 【教学目标】 科学概念: 1、月相:在地球上看,月亮有时候圆,有时候缺,在一个月的不同时期有不同的形状。 2、月相变化是月球围绕地球公转过程中形成的,变化是有一定规律的,在地球自转到一定的时间段,地球上的某个地点的人才可以看到相关的月相。 过程与方法: 1、先学会用软件模拟看月球,学会方法后,某一时间段,再持续地观察月相的变化过程。 2、根据已有的现象进行简单的逻辑推理而做出规律总结,同时能在小组合作模拟学习中学会观察,并会画图。 3、初步学习利用软件演示实验和画图的方式来了解地球自转,月球公转。 情感、态度、价值观: 1、初步意识到宇宙是一个变化的系统。 2、培养学生的自主性和合作意识。 【教学重点】月相在不同日期呈现不同的形状;月相的变化是有规律的。 【教学难点】要求学生根据电脑软件进行模拟演示观察月相,在观察过程中观察月相的形状、月相所在天空的位置、月相的农历时间。用地球仪模拟月球公转证明月相成因。 【教学准备】 教师准备:iPad、地球仪9个、特殊处理的乒乓球或者网球9个(每组1个)、月相变化的课件、手电(瓦数大的)每组一个。 学生准备:预习单,试验单,铅笔,直尺,手电等。 【教学过程】 一、情境导入认识月相 1. 创设情境,引出月相话题: 上课,起立。问好。“同学们,古人云月有阴晴圆缺,人有悲欢离合。月亮给了人们无数的遐想。今天老师领着同学们一起研究一下弯弯的月亮,(板书) 出示丰子恺的一张美术作品,“这是近代著名画家丰子恺的一幅作品,名字叫人散后一钩新月天如水,但是这张名画是有问题的,你知道在哪里吗?”好好听讲和思考,你就知道错在哪里了。
分子模拟技术在炼油领域的应用 摘要:分子模拟技术是近些年发展起来的一门新兴计算化学技术。本文简要介绍了近几年来分子模拟技术在炼油领域的应用,如炼油催化剂的开发、炼制过程反应化学研究以及油品添加剂分子设计等。分子模拟作为一种能模拟炼油过程细节的有效工具已经在炼油工业各个领域的研究中发挥了重大作用。 关键词:分子模拟技术;炼油领域;催化剂;反应化学;油品添加剂 1前言 20世纪80年代以来,随着计算机性能的提高以及各种计算化学方法的改进,分子模拟技术日渐成熟,并逐步发展成为人们进行科学研究的一项新的有效的工具。它借助计算机强大的计算能力和图像显示能力,从原子和分子水平上模拟分子的结构与行为,能够更好地帮助人们从微观角度认识物质的基本特征。分子模拟技术在炼油领域,如对各炼制过程核心转化规律的认识、渣油团聚物结构研究、油品添加剂分子设计以及分子筛催化剂等方面的应用,可以帮助研究人员更深人地理解所研究的体系,以便选择更合理的研发途径,更快地进行催化剂的改性和开发及改性以及油品添加剂新产品的研制,减少实验工作,推动炼油领域的技术进步。 2分子模拟技术简介 分子模拟是以计算机为工具,在原子水平上建立分子模型用以模拟分子的结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理化学性质。具体而言,就是先在计算机屏幕上构建分子模型,包括对所研究对象的原子位置的详细描述和建立分子间相互作用力方程,然后用恰当的统计力学关系对分子的位置和运动情况进行统计平均以求算所需的宏观性质。分子模拟技术包括量子力学、分子力学、蒙特卡洛和分子动力学等方法。 2.1量子力学方法 量子力学[1](QM)认为微观粒子运动服从Schrêdinger方程,分子或原子处于(稳)定态的Schrêdinger方程为本征值的方程:?7=E7。式中:?表示Hamilton
北京航空航天大学 专业综合实验报告 院宇航学院 级 111514 指导老师 2015年1月3日 S P 1952 V £ G UN' 号 11151146 姓 名 高荣荣 王海涌
星敏感器姿态确定仿真综合实验 摘要:通过对电子星图模拟器和星敏感器PC仿真平台的操作,实现星敏感器姿态确定,以及借助星象天文馆,来实现电子星图模拟器对星的标定。完成星敏感器系统仿真。 关键词:星敏感器定姿星图模拟星图姿态矩阵
一实验目的 通过电子星图模拟器(ESS和星敏感器PC仿真平台的操作,熟悉星图模拟和星敏感器姿态基本流程及各模块功能,完成星敏感器系统仿真。 二实验原理 1. 星图模拟原理 (1)星图模拟系统是一种近似模拟星空的仿真系统。为星敏感器算法调试、星敏感器产品 测试及天文导航半物理仿真系统运行提供标准的星图输入,并提供已知参考星光矢量及星像 中心的理想映射坐标。 分光学物理星模、电子星模和计算机软件星模三种。 (2)星图模拟系统的实现 旋转关系:0Z是光轴指向: 星图模拟是根据光轴指向及旋角(??,??,丫)所确定的既定视场,将其范围内的星空目标映 射到星敏感器CCD面阵上并模拟出目标 图像的过程。 其中,需要确定第二赤道坐标系、敏 感器固联(安装矩阵为常数阵)换关系。 令0-UVW为第二赤道坐标系,系下的 分量列阵的关系可以表示为: 2. 星敏感器定姿基本原理 OsXsYsZs—星敏感器坐标系 Ouv —CCD成像面坐标系 OsO之间距离f为光学透镜的焦距由图中的几何关系可得: 叫=arcta n比 第n颗星的单位矢量在星敏感器坐标系中的分量列阵: 航天器本体坐标系、星敏感器坐标系的转换矩阵。星,那么只考 虑第二赤道坐标系和星敏感器坐标系之间的转 令0' -XYZ为星敏感器坐标系。那么星光矢量在两个坐标[X,YZ]T = Tsi[U,V,W]T 其中Tsi为转换矩阵。 tan^n = V n f/COS^n ①=arctan—Vn------- f /cos% tan 叫
《看星座》教学设计 教学目标: 1.知道什么是恒星,什么是星座。 2.知道银河系的概况。 3.认识北斗星、北极星、大熊星座、小熊星座,能使用“虚拟天文馆软件”观察星空,利用大熊星座的北斗星找到北极星。 教学重点:看夜空,找星座。 教学难点:使用“虚拟天文馆软件”观察星空,利用大熊星座的北斗星找到北极星。 教学准备:课件、虚拟天文馆软件 教学过程: 一、导入新课 1.我们把天空中像太阳一样自身能发光、发热的气体星球叫做恒星。我们来猜测一下:宇宙中的恒星有多少颗呢? 学生猜测 这数以亿计的恒星组成了灿烂无比的星空,今天我们就来学习3看星座。 二、学习新课 (一)、建立“我的星座” 1.出示“冬季东南方星空图” 2.建立“我的星座”:请你在星图上选取几颗有特点的星星,用直线将它们连起来,组成一个星座并给它取一个形象的名字。 3.展示“我的星座”:学生和教师分别用计算机展示“我的星座”并进行解释说明。 4.了解西方星座知识:古人啊也是像我们这样把天空中的星星按照一定的特点,划分成不同的星座。现在我们通用的是1928年国际天文学联合会正式公布通用的星座88个北天28座、黄道12座、南天48座.你想了解一下它们吗?就请你阅读“看星座资料料包”中的“星座传说”和“星座知识” 学生阅读 5.使用“虚拟天文馆软件”寻找“我的星座”: ⑴.你对哪个星座感兴趣呢?生回答:……
⑵.你想找到你刚刚建立的那个星座吗?我们刚刚建立的“我的星座”其实是冬季东南方星空中最明显的“猎户座”他的特征就是有三颗明亮的星星紧密的排列成一条直线,发现了吗?其实就是老师刚刚命名的“天尺座”。你们想去天空中找到它们吗? ⑶.学生利用“虚拟天文馆软件”寻找感兴趣的星座和“我的星座”。 ⑷.汇报寻找过程及结果。 (二)、认识北斗星、北极星,并利用北斗星寻找北极星 1.品读带有星座的古诗: 读完之后你发现了什么?星星一直贯穿与我们的生活中。尤其是北斗星和北极星更是在中国人的心中有着不可替代的作用,你想在夜空中准确的找到它们吗? 2.介绍两种寻找北极星的方法 3.使用“虚拟天文馆软件”寻找北斗星和北极星 学生使用“虚拟天文馆软件”寻找 4.汇报展示寻找过程 5.教师小结 (三)、认识银河系 1.阅读有关银河系的拓展知识 学生阅读 2.介绍你了解的银河系 学生汇报 三、课外拓展 1.布置作业:寻找北斗星和北极星 今天,我们利用虚拟软件寻找到了北斗星和北极星,那么你能在夜晚找到他们吗? 学生交流寻找方法 请大家利用晴朗的夜晚寻找北斗星和北极星
6.数星星 【教学目标】 1.观察星空,知道星星有大小、明暗的区别。 2.知道星星也和太阳、月亮一样是天空中的星体。 3.能够对“为什么白天看不到星星”作出猜想,并与同伴一起探索其中的秘密。 4.愿意观察星星,对星空感兴趣。 【教学重点】 观察星空,知道星星有大小、明暗的区别。 【教学难点】 探索白天看到星星的秘密。 【教学准备】 教师材料:PPT、虚拟天文馆软件。 学生材料:不同规格的手电筒。 【教学时间】 1课时 【教学过程设计】 一、观察星空,激发兴趣 1.师:同学们,你们观察过星星吗?在观察星星的时候,你有疑问吗? 2.学生交流 3.我相信大家一定对夜空中的星星非常好奇。今天我们就一起来学习《数星星》(板书)4.每当夕阳西去,夜幕降临,天空便会上演一副神秘的画面(出示虚拟天文馆软件),我们一起借助虚拟天文馆,仔细的观察星星。 5.仔细观察这些星星,它们有什么不同? 6.学生交流 7.小结:天空的星星有大小不同,明暗程度不同。(板书) 8.大家观察的真仔细!(出示不同亮度的星星图片)你能给它们排排序吗?学生活动 9.提问:大家知道为什么有的星星亮,有的星星暗吗?学生猜想 10.播放视频《为什么星星的亮度不一样》 11.小结:在天文学上,我们把肉眼能够看到的星星设定为6等,最亮是一等星,最不亮的 第二单元天空中的星体-1-
是6等星。 [设计意图:提出观测任务,激发观察兴趣,知道星星有大小、明暗的区别。]二、探索白天看不到星星的秘密 1.请同学们再仔细观察星空(操作软件),你发现了什么?为什么白天看不到星星了? 2.学生大胆猜测 3.师:究竟是什么原因呢?我们通过实验来找出答案。 (1)怎么模拟夜晚? (2)用什么模拟星星? (3)怎么模拟天亮了? 4.学生针对如何做实验展开分组讨论 5.进行探究活动,并结合图片,说一说发现了什么。 6.总结:白天看不到星星的原因是:太阳光太强了。 [设计意图:对生活中的现象作出自己的猜想,并能在老师的指导下完成探究任务。] 三、联系实际,教会学生观测星空的方法 1.师:你们说的太棒了!通过刚才的实验,我们知道白天看不到星星的原因是太阳光太强了。夜晚才是观察星星的好时间。 2.(出示图片)比较两幅图中的场景有什么不一样?再解释一下这两幅图中的星星为什么一个少一个多? 3.学生交流 4.如果让你选地方进行观察,你会选择什么样的地方? 5.学生针对PPT中几个场景展开讨论:观察星星应该选择什么样的地方?6.(出示图片)结合图片,比较在月牙时和在满月时看到的星空图片,你有什么发现?你能解释一下为什么会这样了?那要想看到满天繁星,应该怎么做?7.师生小结:观测天空要选择光比较少的旷野,选择没有月亮或月亮较小的晴朗的夜晚。 8.鼓励学生选择合适的时间和地点去观测天空,并提示注意安全。 [设计意图:教会学生观测星空的正确方法,期望学生能够在真实的场景中观
实验5 Stellarium软件使用 一、Stellarium虚拟天文馆软件介绍 Stellarium是一个免费开源的桌面虚拟天文馆软件,可在Linux/Unix,Windows and MacOSX平台上运行。Stellarium使用OpenGL对星空进行实时渲染,在桌面上生成一片虚拟3D天空,因此星空效果和用肉眼、望远镜或者天文望远镜观察到的星空别无二致。Stellarium 提供了白天模式和夜间模式(图1),用户可以自行调节。Stellarium还有精准的赤道仪方位角测定功能,可以通过调整日期,时间和地点看到不同季节(图2)、不同地点(图3)的星空。 图1 Stellarium软件的白天和黑夜界面 图2Stellarium软件设定不同季节的星空界面
图3 Stellarium软件设定不同地点的星空界面 二、利用Stellarium模拟你熟悉的天象并截图说明 1、安装软件及操作 Stellarium是一款免费开源虚拟星象仪的计算机软件。其有Linux、Windows 和MacOS版本。本次实验是在Linux系统发行版Ubuntu上进行。 Ubuntu中获取Stellarium很简单,在软件中心搜索下载安装即可。
点击启动软件,软件界面和windows与Mac OS是一样的。点击鼠标拖动可以切换视角方向。
2、理解天球、地平坐标及赤道坐标 天球:以观测者为中心,以任意长为半径的假想的球,称为天球。强调两点:半径任意和天球中心。 天球坐标:由天球上的纬度和经度所组成的坐标,通常地平坐标,第一赤道坐标,第二赤道坐标,黄道坐标,银道坐标。 地平圈:通过底地心,并垂直于观测者所在的地点的垂线的平面于天球相割而成的圆为地平圈,也就是人们平时所说的地平线(只是没有严格定义)。 天赤道:实际为地球赤道平面任意扩展与天球相割而成的圆。 点为简要说明(有兴趣可以参考余明老师的《简明天文学教程》),天顶(底)为垂直于地平圈中心与天球相交的点,天北(南)极为垂直于天赤道与天球相交的点,上(下)点天赤道与天球相交且与天顶(底)和天北(南)极共面的点。四方点为与地平圈与天球且与天顶(底)和天北(南)极共面的点,靠近天南极为南点,剩下顺时针每相隔90,依次为西,北,东。图 5.10为上述的点与圈的展示。各类坐标的设置如表5.1所示。 图5.10 表5.1
北京航空航天大学 专业综合实验报告 学院宇航学院班级 111514 学号 11151146 姓名高荣荣 指导老师王海涌 2015年1月3日
星敏感器姿态确定仿真综合实验 摘要:通过对电子星图模拟器和星敏感器PC仿真平台的操作,实现星敏感器姿态确定,以及借助星象天文馆,来实现电子星图模拟器对星的标定。完成星敏感器系统仿真。 关键词:星敏感器定姿星图模拟星图姿态矩阵
一 实验目的 通过电子星图模拟器(ESS )和星敏感器PC 仿真平台的操作,熟悉星图模拟和星敏感器姿态基本流程及各模块功能,完成星敏感器系统仿真。 二 实验原理 1.星图模拟原理 (1)星图模拟系统是一种近似模拟星空的仿真系统。为星敏感器算法调试、星敏感器产品测试及天文导航半物理仿真系统运行提供标准的星图输入,并提供已知参考星光矢量及星像中心的理想映射坐标。 分光学物理星模、电子星模和计算机软件星模三种。 (2)星图模拟系统的实现 旋转关系:OZ 是光轴指向: 星图模拟是根据光轴指向及旋角( , ,γ)所确定的既定视场,将其范围内的星空目标映射到星敏感器CCD 面阵上并模拟出目标图像的过程。 其中,需要确定第二赤道坐标系、航天器本体坐标系、星敏感器坐标系的转换矩阵。星敏感器固联(安装矩阵为常数阵),那么只考虑第二赤道坐标系和星敏感器坐标系之间的转换关系。 令O-UVW 为第二赤道坐标系,令O ’-XYZ 为星敏感器坐标系。那么星光矢量在两个坐标系下的分量列阵的关系可以表示为:[X,Y,Z]T = Tsi[U,V,W]T ,其中Tsi 为转换矩阵。 2.星敏感器定姿基本原理 光轴n 颗星 OsXsYsZs — 星敏感器坐标系 Ouv — CCD 成像面坐标系 OsO 之间距离 f 为光学透镜的焦距 由图中的几何关系可得: 第 n 颗星的单位矢量在星敏感器坐标系中的分量列阵: tan tan /cos n n n n n u f v f αδα==arctan arctan /cos n n n n n u f v f αδα==