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新一代测序技术的发展及应用前景

新一代测序技术的发展及应用前景
新一代测序技术的发展及应用前景

新一代测序技术的发展及应用前景

2010年第10期杨晓玲等:新一代测序技术的发展及应用前景 等交叉学科的迅猛发展。 1.1第二代测序——高通量低成本齐头并进以高通量低成本为主要特征的第二代测序,不再需要大肠杆菌进行体内扩增,而是直接通过聚合酶或者连接酶进行体外合成测序¨】。根据其原理又可分为两类:聚合酶合成测序和连接酶合成测序。1.1.1聚合酶合成测序法Roche公司推出的454技术开辟了高通量测序的先河。该技术通量可达Sangcr测序的几百倍,而成本却只有几十分之一,因此一经推出,便受到了国际上基因组学专家的广泛关注。454采用焦磷酸合成测序法HJ,避免了传统测序进行荧光标记以及跑胶等繁琐步骤,同时利用乳胶系统对DNA分子进行扩增,实现了大规模并行测序。截止到2010年4月,已有700多篇文献是采用了454测序技术(http://454.com/publications.and—resources/publications.asp),对该技术是一个极大的肯定。 Illumina公司推出的Solexa遗传分析仪是合成技术的进一步发展与延伸。该技术借助高密度的DNA单分子阵列,使得测序成本和效率均有了较大改善。同时Solexa公司提出的可逆终止子”1也是该技术获得认可的原因之一。与454相比。Solexa拥有更高的通量,更低的成本。虽然片段长度较短仍是主要的技术瓶颈,但是对于已有基因组的物种来说,Solexa理所当然成为第二代测序技术的首选。2008年以来,利用该技术开展的研究大幅度上升,报道文献达400多篇(http://www.illumina.com/systems/genome—analyzer_iix.ilmn)o 1.1.2连接酶合成测序法2007年ABI公司在Church小组拍1研究成果的基础上推出了SOLID测序仪。该技术的创新之处在于双碱基编码…的应用,即每个碱基被阅读两次,因此大大减少了测序带来的错误率,同时可以方便的区分SNP和测序错误。在测序过程中,仪器自动加入4种荧光标记的寡核苷酸探针,探针与引物发生连接反应,通过激发末端的荧光标记识别结合上的碱基类型。目前SOLID3.0测序通量可达20G,而测序片段仅有35—50bp,这使得该技术与Solexa相比,应用范围还不够广泛。ABI公司正加快研发进度,争取在片段长度方面做出重大突破。 DanaherMotion公司推出Polonator¨1测序仪同样也是基于Church小组的研究成果,但是该设备的成本要低很多,同时用户在使用时可以根据自己的研究目的设置不同的测序条件。而CompleteGe—nomics公司推出的DNA纳米阵列与组合探针锚定连接测序法"1则具有更高的容错能力,试剂的消耗也进一步减少,目前已顺利完成3个个体基因组的测序工作。 1.2第三代测序——单分子长片段有望实现第二代测序技术虽然在各方面都有了较大的突破,但是仍然建立在PCR扩增的基础上。为了避免PCR扩增带来的偏差,科学家目前正在研制对DNA单个分子直接测序的第三代测序仪。最具代表性的包括Heliscope单分子测序仪,单分子实时合成测序法,纳米孔测序技术等。 Helicos技术仍然是基于合成测序原理¨…,它采用了一种新的荧光类似物和灵敏的监测系统,能够直接记录到单个碱基的荧光,从而克服了其他方法须同时测数千个相同基因片段以增加信号亮度的缺陷。PacificBioscienees公司研发的单分子实时合成测序法充分利用了DNA聚合酶的特性,可以形象的描述为通过显微镜实时观测DNA聚合酶,并记录DNA合成的整个过程。纳米孔测序技术[11’121则是利用不同碱基在通过纳米小孔时引起的静电感应稍有不同,或者不同碱基通过小孔的能力各有差异,来加以区分不同的碱基信号。 2应用与实践 Kahvejian在2008年的一篇综述中提到¨“:“如果你可以随心所欲地测序,你会开展哪些研究?”。人类基因组计划的完成和近年来高通量测序的兴起,使越来越多的科研工作者认识到,我们对于生物界的认识才刚刚起步。基因图谱的绘制并不意味着所有遗传密码的破解,癌症基因组的开展也没有解决所有的医学难题。DNA变异的模式和进化机制,基因调控网络的结构和相互作用方式,复杂性状及疾病的分子遗传基础等,仍是困扰生物学家和医学家的难题,而高通量测序的广泛应用,也许可以让我们知道的更多。 2.1DNA水平的应用 2.1.1全基因组测序新一代测序技术极大地推

DNA测序技术的发展和其最新进展

DNA测序技术的发展及其最新进展 摘要:自从诺贝尔奖得主桑格于1977年发明了第一代DN测序技术以来,DNA测序技术已经作为重要的实验技术广泛的应用于现代生物学研究当中。经过了几十年的发展,DNA测序技术日臻成熟,并且以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经诞生。本文主要就每一代测序技术原理和特点及其最新进展做简要介绍。 关键词:DNA测序技术;第三代DNA测序技术;最新进展 The Development and New Progress of DNA Sequencing Technology Abstract: Since Nobel Prize Winner Sanger have founded the first generation of DNA Sequence technology in 1977, DNA sequencing technology has been widely used in modern biological researches as an important experimental. Over decades of year’s development, DNA sequence technology mature gradually and the third generation sequencing technologies characterized by single-molecule sequencing have also emerged. The mechanisms and features of each generation of sequencing technology and their latest progress will be discussed here. Key Words: DNA Sequence technology ; third generation DNA sequencing ;latest development 1.引言 DNA测序技术是分子生物学研究中最常用的技术,它的出现极大地推动了生物学的发展。自从1953年Watson和Crick发现DNA双螺旋结构后[1],人类就开始了对DNA序列的探索,在世界各地掀起了DNA测序技术的热潮。1977年Maxam和Gilbert报道了通过化学降解测定DNA序列的方法[2]。同一时期,Sanger发明了双脱氧链终止法[3]。20世纪90年代初出现的荧光自动测序技术将DNA测序带入自动化测序的时代。这些技术统称为第一代DNA测序技术。最近几年发展起来的第二代DNA测序技术则使得DNA测序进入了高通量、低成本的时代。目前,基于单分子读取技术的第三代测序技术已经出现,该技术测定DNA序列更快,并有望进一步降低测序成本,推进相关领域生物学研究。本文主要介绍DNA测序技术的发展历史及不同发展阶段各种主要测序技术的特点,并针对目前新一代DNA测序技术及目前国际DNA测序最新进展做简要综述。

新一代测序法简介

新一代测序法简介 新一代测序方法是一种直接测序法,它既可以分析基因和DNA的组成(定性分析),也可以测定同一类型基因在表达过程中产生的数量(定量分析),以及不同类型基因或DNA 之间的差别所在(交叉对比分析)。自2004年,454测序技术发展以来,已经出现的测序产品超过六种之多。这些产品的技术特点见下表: 产家名称产品技术特点优缺点 化学反应测序方法误读率样品准备高通量程度 Roche (454 Life Science) 焦磷酸标记的链 反应 焦磷酸基 标记 <1% 较复杂,需PCR 中等 Illumina(Solexa)四色可逆终止码合成法1%—3% 较复杂,需PCR 中—高ABI(SOLID) 双色可逆终止码合成法1%—5% 较复杂,需PCR 中—高Helicos Bioscience 单色可逆终止码合成法2%—8% 简单,无需PCR 高—超高Intelligent Biosystm 四色可逆终止码合成法1%—5% 较复杂,需PCR 中—高 Pacific Bioscience 四色焦磷酸基标 记焦磷酸基 标记 3%—8% 简单,无需PCR 高 VisiGen 焦磷酸基标记 FRET 焦磷酸基 标记 3%—8% 简单,无需PCR 高 在这些技术中,从所分析的样本在测序前是否需要扩增,大致可以分为两类,即克隆扩增型和单分子测序型。两种类型在测序技术上区别并不大,但对结果的影响却有不小的差别。主要体现在两个方面:(1)单分子测序更能反应细胞或组织内分子的真实情况,尤其是在需要定量分析的情况下。而克隆扩增型中的PCR反应使得样品中DNA分子的扩增机会并不完全均等,这会对基因表达的定量分析造成影响;(2)单分子测序具有通量更高的优势。克隆扩增使得同一类型的分子数目急剧上升,在提高同类型分在在固相表面出现的几率同时,也降低了不同类型分子出现的机会。 面重点介绍Pacific Biosciences公司推出的Single Molecule Real Time (SMRT?) DNA Sequencing(单分子实时DNA测序)。 首先,在这一测序技术中有主要有两个关键的技术: 一、荧光标记的脱氧核苷酸避免了碱基的空间位阻效应。显微镜现在也无法实现实时看到“单分子”,但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA 链的时候,它的荧光就同时能在DNA链上探测到。当它与DNA链形成化学键的时候,它的荧光基团就被DNA聚合酶切除,荧光消失。这种荧光标记的脱氧核苷酸不会影响DNA聚合酶的活性,并且在荧光被切除之后,合成的DNA链和天然的DNA链完全一样; 二、纳米微孔(Zero-mode waveguide (ZMW))。因为在显微镜实时记录DNA链上的荧光的时候,DNA链周围的众多的荧光标记的脱氧核苷酸形成了非常强大的荧光背景,这种强大的荧光背景使单分子的荧光探测成为不可能。Pacific Biosciences公司发明了一种直径只有10nm的纳米孔,单分子的DNA聚合酶被固定在这个孔内。在这么小的孔内,DNA链周围的荧光标记的脱氧核苷酸有限,而且由于A,T,C,G这四种荧光标记的脱氧核苷酸非常快速地从外面进入到孔内又出去,它们形成了非常稳定的背景荧光信号。而当某一种荧光标记的脱氧核苷酸被掺入到DNA链时,这种特定颜色的荧光会持续一小段时间,直到新的化学

纳米孔测序是极具前景的下一代测序技术

纳米孔测序是极具前景的下一代测序技术 Nanopore Sequencing 2019 - Patent Landscape Analysis 随着各种技术的新产品推出,哪些公司将在知识产权方面引领纳米孔测序? 纳米孔测序是极具前景的下一代测序技术 据麦姆斯咨询介绍,纳米孔测序是新一代测序(NGS)技术之一,被认为能够彻底革新DNA分析。随着时间地推移,目前已经开发出了不同形式的纳米孔测序技术,包括蛋白质纳米孔、固态纳米孔和复合纳米孔。该技术可以高速生成超长读数,减少样品制备时间以及将读数重组成原始序列所需要的数据处理时间。 这项新技术可以开发一个需要遗传指纹来快速识别癌症类型和病原体的全新客户群。根据DataBridge的数据,全球下一代测序市场将快速增长,市场规模预计将从2017年的48.3亿美元增长到2024年的163.5亿美元,2018~2024年期间的复合年增长率(CAGR)预计为19.2%。 目前,Oxford Nanopore Technologies是唯一一家将基于纳米孔的测序仪推向市场的公司。不过,还有其它几家公司正在开发自己的相关技术,Oxford Nanopore Technologies公司可能很快将不再是纳米孔测序仪的唯一供应商。例如,Two Pore Guys公司宣布将在2019年春季发布其产品套件。 随着新产品在未来的相继推出,了解纳米孔测序市场相关参与者的知识产权(IP)状况和策略,同时发现专利新申请人及其所带来的威胁至关重要。为此,著名市场研究机构Yole 子公司Knowmade深入调研了基于纳米孔的测序技术(蛋白质、固态和复合)及其应用(肿瘤学、植物遗传学等)中涉及的知识产权主要参与者。本报告可以帮助读者发现业务风险和机遇,预测新兴应用,支持战略决策以加强市场地位。 纳米孔测序全球专利申请趋势 对专利申请趋势的分析表明,从2008年到2013年,纳米孔测序相关的专利申请获得了重要增长。这一增长源自于学术研究团队(哈佛大学和加州大学)对纳米孔测序概念的验证。

新一代DNA测序技术总览

作者:尹银亮、陈会平、毛良伟译来源:生物谷 原文刊登于《分析化学》综述Analytical Chemistry 原文标题:Landscape of Next-Generation Sequencing Technologies 索引信息:https://www.wendangku.net/doc/2e13888055.html,/10.1021/ac2010857 | Anal. Chem. 2011, 83, 4327–4341 原文作者:Thomas P. Niedringhaus, Denitsa Milanova, Matthew B. Kerby, Michael P. Snyder,and Annelise E. Barro 译者资料: 尹银亮,香港华大基因研发中心有限公司email:stevenyinbio@https://www.wendangku.net/doc/2e13888055.html, 陈会平,毛良伟,武汉华大基因科技有限公司 【内容】 第二代测序 第二代测序成本 第三代测序技术 单分子测序法 边连接边测序法 边合成边测序法 纳米孔测序技术 蛋白质纳米孔测序法 固态纳米孔测序法 长距离阅读DNA的扩展方法 总结性评论 DNA测序正处在技术上天翻地覆剧变的阵痛之中,其突出特点是,测序通量(测序数据量)的大幅增长,原始数据中每个碱基的测序成本急剧下跌,并伴随着以巨资购买仪器以引进新技术的需求。以前看似高不可攀的奢侈性研究活动(如个人基因组测序,宏基因组学研究,以及对大量重要物种的测序),在短短几年之间,正以急速的步伐而变得越来越切实可行了。本篇综述将集中讨论在第三,第四代测序方法背后的故事:它们所面临的挑战;各种方法的局限性;以及它们带给我们的充满诱惑的前景。 第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆(Maxam)和吉尔伯特(Gilbert)发明的化学法(链降解). 在1977年,桑格测定了第一个基因组序列,是噬菌 体X174的,全长5375个碱基。其测序方法和历史过程以前已做过详细回顾。 后来的四色荧光桑格测序法(每一种荧光代表四种碱基中的一种)被用在自动毛细管电泳测序系统中,此系统由应用生物系统有限公司(Applied Biosystems Inc.)推上市场,后来该公司被整合入生命技术公司(Life Technologies)和贝克曼.考尔特公司(Beckman Coulter inc.)(见表1)。发表于2001年的第一个人类基因组

1.3多媒体技术的现状与发展前景

多媒体技术的现状与发展前景 【教材分析】 本节课所讲内容为第五章第一节的第一部分多媒体技术的发展与应用, 课本内容精简,只是对一些概念作了简单介绍,对多媒体技术的广泛应用也只是简单的分类罗列,如果全部采用传统”讲授”方式进行教学,枯燥乏味,又不易理解,对学生的吸引力不大,课堂效率不高。所以在本节课的安排上,我主要是采用学生自主学习法、基于问题的学习方法等,使学生在教师的适当引导下,有针对性地研究问题、解决问题,来实现教学目标。 【学生分析】 1、对“多媒体”的名词很熟悉,但是不知道多媒体的概念。 2、知道多媒体的应用,但是对多媒体的应用范围不了解。 3、对概念性的知识不感兴趣 【教学目标】 1.知识目标:了解多媒体技术的概念;体验多媒体技术的广泛应用及其重要作用;客观分析和评价多媒体技术的应用 2.能力目标:提高学生的发散思维能力,加强动手能力 3.德育目标::培养学生利用教材、网络自主学习的能力;让学生学会合作交流,培养良好的合作意识;培养学生的信息素养和正确的信息应用意识 【重点难点】 体验多媒体技术的广泛应用及其重要作用 【教学方法】 任务驱动法、学案导学法、诱思法等 【教学过程】 一、理解概念,夯实基础 【设计思想】对于媒体、多媒体、多媒体计算机这些名词同学们都已经不陌生了,但是对于这些概念的理解还存在偏颇,只有基本概念理解透彻了,才会给后面的学习打下坚实的基础。这些概念看起来比较简单,但是又容易与其它的概念相混淆,单纯的讲解对同学们的吸引力也不大,为此我在课本知识的基础上又找了两篇与课本知识联系紧密的材料,让同学们在做完学案的同时已经区别理解了这几个概念。 布置任务:预习课本“多媒体技术的发展”,参阅资料“什么是媒体”和“多媒体技术的概念”完成学案第一题。 二、创设问题情境,激发学习兴趣

多媒体技术的发展历程及概况论文

多媒体技术的发展历程及概况 张XX 江苏大学软件学院 摘要:多媒体技术是当今信息技术领域发展最快、最活跃的技术,是新一代电子技术发展和竞争的焦点。它的出现使得我们的计算机世界丰富多彩起来,也使得计算机世界充满了人性的气息。多媒体技术从问世起即引起人们的广泛关注,并迅速由科学研究走向应用、走向市场,其应用领域遍及人类社会的各个方面。多媒体技术的产生和发展,是技术和应用发展的必然。在信息社会,人们迫切希望计算机能以人类习惯的方式提供信息服务,因而多媒体技术应运而生。随着日益普及的高速信息网发展,它正被广泛应在我们的日常生活、咨询服务、教育、通信、医疗等诸多行业。 关键词:多媒体技术应用现状发展趋势 多媒体技术是当今信息技术领域发展最快、最活跃的技术,是新一代电子技术发展和竞争的焦点。多媒体技术融计算机、声音、文本、图像、动画、视频和通信等多种功能于一体,借助日益普及的高速信息网,可实现计算机的全球联网和信息资源共享,因此被广泛应用在咨询服务、图书、教育、通信、军事、金融、医疗等诸多行业,并正潜移默化地改变着我们生活的面貌。 1 多媒体技术涉及的内容 多媒体技术是使用计算机交互式综合技术和数字通信网络技术处理多种表示媒体——文本、图形、图像、视频和声音,使多种信息建立逻辑连接,集成为一个交互式系统。 它主要涉及如下几个部分: 1.1 多媒体数据压缩,图像处理:它包括HCI与交互介面设计、多模态转换、压缩与编码和虚拟现实等。 1.2 音频信息处理:它包括音乐合成、特定人与非特定人的语音识别、文字——语音的相互转换等。 1.3 多媒体数据库和基于内容检索:它包括多媒体数据库和基于多媒体数据库的检索等。 1.4 多媒体著作工具:它包括多媒体同步、超媒体和超文本等。 1.5 多媒体通信与分布式多媒体:它包括CSCW、会议系统、VOD和系统设计等。 1.6 多媒体应用:CAI与远程教学、GIS与数字地球、多媒体远程监控等。

DNA测序技术发展简史

DNA测序技术发展简史 摘要:本文回顾了1965年一来DNA测序技术的发展,重点介绍了双脱氧链终止测序法及Maxam-Gillbert DNA化学降解法的出现,以及其他的一些相关技术的发展,以简练清晰的脉络梳理了DNA测序技术的发展史。 关键词:DNA测序;双脱氧链终止测序法;Maxam-Gillbert DNA化学降解法 l953年,Watson和Crick提出DNA双螺旋结构模型以后,人们就开始探索研究DNA 一级结构的方法。1965年,美国Cornell大学以Rober Holley为首的科学家小组,第一次完成了长度为75个核苦酸的酵母丙氨酸tRNA的全序列测定并将结果发表在Science杂志上。其办法是利用各种RNA酶把tRNA降解成寡核苷酸,经分离纯化之后,再分别测定这些寡核苷酸短片段的核苷酸顺序掀开了DNA测序技术研究的序幕[1]。但那时由于没有找到分别降解四种脱氧核糖核酸的专一酶,只能通过测定RNA 的序列来推测DNA的序列,即先将RNA用酸水解或外切酶降解,再经双向电泳同系层析将其分开(小片段重叠法)。 1971年,华裔分子生物学家吴瑞博士(Dr.Ray Wu)在1968年独创性地设计了一种崭新的引物-延伸测序策略,发展出了测定DNA核苷酸序列的第一个方法,提高了DNA序列分析的速度,并于1971年首次成功地测定了λ噬菌体两个粘性末端的完整序列[2]。 l977年,英国剑桥大学分子生物学实验室的Fred Sanger领导的研究小组在吴瑞博士的基础上分别在Nature和PNAS发表文章,提出DNA聚合酶的双脱氧链终止原理测定核苷酸序列的方法,Sanger作为世界上第一个解决DNA测序的科学家,再一次荣获诺贝尔奖(1980年)[3]。DNA双脱氧链终止测序法,也称酶法或末端终止法,是利用2’,3’-双脱氧三磷酸核苷(2’,3’-ddNTP或简称ddNTP)来终止DNA的复制反应。ddNTP可以在DNA聚合酶作用下通过其5’-磷酸基团掺入到正在增长的DNA链中,但由于ddNTP在脱氧核糖的3’位置缺少一个羟基,它们不能同后续的dNTP形成磷酸二酯键(由M.R.Atkinson等人于1969年发现),从而中断延伸反应。该法将待测DNA样品分成四组,在每组DNA合成反应混合物的四种普通dNTP中加入少量的一种ddNTP,这样一来,链延伸将与偶然发生但却十分特异的链终止展开竞争,最终得到反应一系列的核苷酸链,其长度取决于从用以起始DNA合成的引物末端到出现过早链终止的位置之间的距离,由于这四组独立的酶反应中分别采用四种不同的ddNTP,将产生四组分别终止于模板链的每一个A、G、C或T的位置上的寡核苷酸,使用变性测序凝胶电泳分析这四组反应的产物,即可从放射自显影片上直接读出DNA的序列[4]。 而美国哈佛的Alan Maxam和Walter Gilbert领导的研究小组也几乎同时发明出DNA序列测定方法——Maxam-Gillbert DNA化学降解法测序,其基本原理是用特异的化学试剂修饰DNA分子中的不同碱基,然后用哌啶切断反应碱基的多核苷酸链。该法设计四组特异的反应:①G反应,用硫酸二甲酯使鸟嘌呤上的N7甲基化,加热引起甲基化鸟嘌呤脱落,导致多核苷酸链可在该处断裂;②G+A反应,用甲酸使A和G嘌呤环上的N原子质子化,从而使其糖苷键变得不稳定,再用哌啶使键断裂;③T+C反应,用肼使T和C的嘧啶环断裂,再用哌啶除去碱基;④C反应,在有盐存在时,只有C与肼反应,并被哌啶除去。这样一来,同一个末端标记的DNA片段在四组互相独立的化学反应中分别得到部分降解,每一组反应特异地针对某一种或某一类碱基,生成四组放射性标记的分子,从共同起点(放射性标记末端)延续到发生化学降解的位点,每组混合物中均含有长短不一的DNA分子,其长度取决于该组反应所针对的碱基在原DNA全片段上的位置。最后,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离此后组产物,再从放射自显影片上即可读出序列[5]。

多媒体技术发展趋势

多媒体技术发展趋势 1、发展趋势状况 总的来看,多媒体技术正向二个方而发展:一是网络化发展趋势,与宽带网络通信等技术相互结合,使多媒体技术进入科研设计、企业管理、办公自动化、远程教育、远程医疗、检索咨询,文化娱乐、自动测控等领域;二是多媒体终端的部件化、智能化和嵌入化,提高计算机系统本身的多媒体性能,开发智能化家电。 迎接21世纪国际竞争的挑战和教育改革的实践,由于技术的进步,特别是信息化步伐加快,使这一教育观念转变过程,不仅仅是思想解放,更是一个实践推动的过程。数字化技术将文件处理带入了新的领域,让人们可以用更快的速度生产文件,用更便捷的方式修改图像和文件,利用网络通讯把图像和文件迅速地传到四面八方。经过数字压缩,从根本上解决了录像带资源长期保存的问题。未来的人们需要某一内容时,可以通过网络调出,在网络终端上阅读,满意时,再从终端打印机上打印出来。因特网就是在这种背景下,不知不觉地走近了我们的生活。1997年,中国媒体对网络的报道不断升温,因特网信息服务提供商开始了商业运作,反映到教育领域,这些技术的变化,推动了学校电化教育的大力普及。很多在过去传统教育手段和方法下难于解决的问题,在今天的数字化方式下迎刃而解了。 2、蕴藏的巨大发展空间 先进的多媒体技术蕴藏着巨大的发展空间。 荷兰电子制造业巨头飞利浦电子公司(PhilipsElectronics)前天表示,它正在准备批量生产一种体积小巧、类似书籍大小的显示器,消费者将可以利用这种显示器下载报纸和杂志,然后把显示器卷起来收藏好。这种五英寸的显示器可以呈现出精细的影像,并能折放进钢笔大小的存放器中。如果它与手机相连接,还能用以下载网页、书籍或电子邮件。飞利浦表示,它利用由塑料制成的电子电路研发出了上述单色显示器。飞利浦研究部门发言人表示:“我们将可以批量生产这种显示器,它已经不再是一个研究项目,我们将建造一个试点生产线,预计可以在2005年投产,届时年产量可以达到100万台。” 时代的步伐把我们带到了21世纪,面对信息时代,世界上任何一件事物都是由信息组成的。网络、商务已经变成昨天的话题。人们工作依赖于信息,生活还是依赖于信息。作为商务活动中最传统的组成之一的名片依旧据占着历史。为什么没有多媒体名片?为什么没有internet名片?为什么没有pda名片?传统的名片以纸张为介质,传达姓名、电话、公司等极为有限的信息。对于今天的信息时代,这些信息显得有点“寒酸”。这点儿三言两语要把个人或公司介绍的比较详细是不可能的。怎样实现用名片的形式来表达更多的内容和完整的企业形象呢?多媒体技术给出了答案。把声音、影视,把交互,以至于三维、四维的元素以多媒体的形式表现在名片上,使多媒体技术应用的更广。 其实多媒体名片只是作为生活多媒化的起点,倡导多媒体的多元化,使多媒体不只应用在多媒体光盘上,在“蓝牙”、“pocket”等新技术下使多媒体技术、概念真正的走进生活,走进各个领域。

下一代测序技术

下一代测序技术 摘要:DNA测序技术对生物学的发展有着最根本的意义。Sanger法测序经过了30年的应用和发展,而在过去三年中,以454, solexa, SOLiD为代表的高通量测序平台已经大幅度降低了测序成本,提高了测序速度,成为基因组测序市场的主流。在此基础上,各种下一代测序技术正在快速研发,将使基因组测序和重测序的通量和成本更加平民化,为基因组学、遗传学、生物医学和健康科学等领域的发展创造更加广阔的前景。本文将对所有新的测序技术的原理、优势和应用进行总结和展望。 1977年Maxim、Gilbert发明的化学降解法测序技术和Sanger发明的双脱氧末端终止法测序技术不仅为他们赢得了诺贝尔奖,也使得从DNA序列层面研究分子遗传学成为可能。特别是后者,从最开始的凝胶电泳到越来越高通量的毛细管电泳,从开始的手工操作到越来越多自动测序仪的出现,各种改进的Sanger 测序技术统治了DNA测序领域三十年,至今仍在长片段测序,大片段文库测序方面有广泛的应用。人类基因组计划(HGP)的完成就是靠Sanger测序法。 在耗费了庞大成本的人类基因组计划宣布完成之后,越来越多的物种基因组测序工作对测序成本和通量提出了更高的要求,新一代测序技术(也被称为第二代测序技术)开始登上历史舞台。2005年454 life science公司率先推出了焦磷酸测序技术,使测序成本较Sanger法降低了100倍,速度快了(提高)100倍,人类基因组测序逐步进入了100,000美元时代。如今,454 FLX测序仪(Roche Applied Science)、基于“边合成边测序”的Solexa测序仪(Illumina Inc.)和使用“边连接边测序”的SOLiD测序仪(Applied Biosystems)已经成为基因组测序市场的主流机型。除此之外,2008年一年内又有HeliScope单分子测序仪(Helicos)和Polonator(Dover/Harvard)两种测序机型商品化。 在NHGRI(美国人类基因组研究中心)的支持和推动下,未来几年内测序成本将在目前基础上再下降100倍,最终使个人基因组测序成本降至1000美元,人类将革命性的进入个人基因组时代。高通量和低成本的测序技术将进入到普通实验室,基因组测序的简单化将使分子生物学飞跃发展,个人基因组测序产业化也将对健康医学等领域产生革命性的影响。本文将首先对目前已经商品化的新一代测序技术(454、Solexa、SOLiD、HeliScope)做一介绍和比较,再对正在研发中的各种下一代测序方法(第三代测序技术)的原理和应用做一详细的介绍和展望。 1. Roche 454测序技术 2005年454生命科学公司在《自然》杂志发表论文,介绍了一种区别于传统Sanger法的全新高通量测序方法,将测序成本降低了100倍以上,开创了第二代测序技术的先河,454测序仪也成为最先商品化的第二代测序仪。正是在此基础上,其它如Solexa、SOLiD等第二代测序仪才相继问世。454测序技术的原理在于首先使用乳液PCR(emulsion PCR)技术(图一a)扩增已经连接上接头的基因组文库片段,扩增子结合在28 μm的磁珠表面,将乳液破坏后用变性剂处理磁珠,再将含有扩增子的磁珠富集到芯片表面,用测序引物进行测序。在测序过程中,454使用了一种“焦磷酸测序技术”(Pyrosequencing),即在合成DNA 互补链的过程中,每加入一种单核苷酸(dNTP),如与模板链配对结合,就会释放出一个焦磷酸,与底物腺苷-5’-磷酸硫酸(APS)在A TP硫酸化酶作用下合成A TP,与荧光素(Luciferin)一起在荧光素酶(Luciferase)的作用下,会发出一个光信号,由芯片背后连接的电荷耦合装置(CCD,Charge Coupled Device)捕捉。454测序技术合成DNA链使用的是普通单核苷酸,没有任何标记,合成中也没有切割基团等生化反应,因此读长可以达到300-400bp。但没有阻断(block)和去阻断(de-block)过程也意味着对连续重复单核苷酸的阅读只能根据信号强度来判断,容易对其中插入和缺失碱基阅读错误。454测序技术相比较其他第二代测序技术如Solexa和SOLiD, 在读长上有着巨大的优势,但是目前成本要略高。总体而言,高读长使得454技术比较利于De Novo拼接和测序。

多媒体技术的发展前景展望

多媒体技术的发展前景展望 发表时间:2012-10-22T10:05:22.000Z 来源:《新校园》学习版2012年第7期供稿作者:杨忠彬[导读] 多媒体技术是从20 世纪80 年代中后期开始逐渐发展起来的,已是计算机领域中一个被广泛关注的热点领域。杨忠彬(乌兰浩特一中,内蒙古兴安137400) 多媒体技术是从20 世纪80 年代中后期开始逐渐发展起来的,已是计算机领域中一个被广泛关注的热点领域。它与通信、网络及传媒等相结合,对人类的学习、生活、工作产生了深远的影响。多媒体技术是使用计算机交互式综合技术和数字通信网络技术处理多种媒体信息———文本、图形、图像、视频和声音,使多种信息建立逻辑连接,集成为一个系统并具有交互性的技术。多媒体具有多样性、交互性、集成性、协同性、实时性等特性。它把机器处理的信息多维化,通过信息的捕获处理与展现,使之在交互过程中具有更加广阔和自由的空间,满足人类感官空间全方位的多媒体信息需求。 一、多媒体技术的应用 1.在办公教育培训中的应用。多媒体为丰富多彩的教学方法又增添了一种新的手段:音频、动画和视频。多媒体技术在有些领域的培训工作中发挥着重要的作用。 2.在通信与企业生产管理中的应用。通信技术与计算机技术相结合发展成为计算机网络技术。随着网络技术的发展完善,多媒体计算机技术也在通信技术中发挥着重要作用,人们能够通过多媒体计算机办公、上学、购物、打可视电话、观看电影及开电视会议。随着多媒体技术的出现,使计算机在工业领域的应用得到提升。 3.在电视广播业、出版业中的应用。现代广播电视要求具有灵活的交互功能,将来电视台所拥有的丰富的信息资源都以数字化多媒体信息的形式保存在一个巨大的信息库中,能最大限度地服务于观众。 4.在商业旅游中的应用。在广告和销售服务工作中,采用多媒体技术能高质量地、实时地、交互地接受和发布商业信息,提高产品促销的效果,为广大商家及时地赢得商机。通过多媒体技术的展示功能,人们可以不出去,就能欣赏美景。 5.在多媒体数据库中的应用。多媒体数据库是数据库技术与多媒体技术相结合的产物。它可以文字图像数据等多种媒体集成管理并综合表示,而且建立起对多媒体信息的检索和查询等管理机制。 总之,多媒体技术已被广泛应用在教育、军事、商业、文化等领域,并具有十分广泛的应用前景。 二、多媒体技术的发展前景 1.流媒体技术。传统多媒体手段由于其数据传输量大的特点而与现实的网络传输环境发生了矛盾,面临发展相对停滞的危机。解决问题的一个很好的方法就是采用流媒体技术。所谓“流”,是一种数据传输的方式,使用这种方式,信息的接收者在没有接到完整的信息前就能处理那些已收到的信息。这种一边接收、一边处理的方式,很好地解决了多媒体信息在网络上的传输问题。流媒体技术,大大地促进了多媒体技术在网络上的应用。网络的多媒体化趋势是不可逆转的,相信在很短的时间里,多媒体技术一定能在网络这片新天地里找到更大的发挥空间。 2.智能多媒体技术。多媒体技术充分利用了计算机的快速运算能力,综合处理声、文、图信息,用交互式弥补计算机智能的不足。发展智能多媒体技术包括很多方面:(1)文字的识别和输入。(2)语音的识别和输入。(3)自然语言理解和机器翻译。(4)图形的识别和理解。(5)机器人视觉和计算机视觉。(6)知识工程以及人工智能的一些课题。把人工智能领域某些研究课题和多媒体计算机技术很好地结合,就是多媒体计算机长远的发展方向。 3.虚拟现实。虚拟现实是一项与多媒体密切相关的边缘技术,它通过综合应用计算机图像处理、模拟与仿真、传感、显示系统等技术和设备,以模拟仿真的方式,给用户提供一个真实反映操作对象变化与相互作用的三维图像环境,从而构成一个虚拟世界,并通过特殊的输入输出设备提供给用户一个与该虚拟世界相互作用的三维交互式用户界面。虚拟现实技术结合了人工智能、计算机图形技术、人机接口技术、传感技术计算机动画等多种技术,它的应用广泛,发展潜力不可估量。虚拟现实技术的应用,能对多媒体领域产生重大影响,因此我们希望能够尽快获得突破性成果,以推出功能更强大的多媒体系统,服务于人类。 三、多媒体技术的发展趋势 1.进一步完善计算机支持的协同工作环境。多媒体融合了计算机的交互性、网络的分布性以及多媒体的综合集成性,它在工业产品的协同设计制造、远程会诊、不同地域位置的同行学术交流、师生间的协同式学习等多个领域具有广阔的应用前景。 2.将多媒体和通信技术融合到CPU 芯片中。多媒体技术正向着以下方向发展:高分辨率(以提高显示质量) 高速度化(以缩短处理时间) 简单化(以便于操作) 智能化(以提高信息识别能力) 标准化(以便于信息交换和资源共享) 从多媒体技术的发展趋势来看,多媒体技术的数字化将会是未来技术扩张的主流,而作为多媒体技术赖以存在和发展的重要基石,数字多媒体芯片技术将成为未来多媒体技术革命中的焦点,不管是从以PC 技术为依附的计算机多媒体应用,到移动通信业务的各种多媒体实现,以及未来3G 时代各种电子化装置的多媒体大融合,数字多媒体芯片都是无可置疑的主角。

下一代DNA测序技术研究进展综述

深度DNA测序技术在基因组测序中的研究策略和进展 摘要:回顾了经典DNA测序技术原理,重点阐述了深度测序技术在基因组测序中的研究策略,并结合目前比较常见的二代测序仪来分析比较相互之间的特点和优势,最后,对即将到来的三代测序法的研究进展给予了简单的介绍。 关键词:深度DNA测序基因组测序仪 DNA测序技术的发展过程漫长而艰辛,然而,我们现在获取的大部分DNA序列信息还是依靠基于Sanger在1977年建立的“DNA双脱氧链末端终止测序法”的DNA测序技术获得的。另外就是Maxam和Gilbert建立的“化学降解测序法”。在过去的七年当中,DNA测序技术的发展至少受到来自四个方面的影响:首先是人类基因组计划的出现,这项计划的实施过程中,科学家们面临了巨大的经费问题,因为传统的Sanger测序法无论怎么优化,都无法大幅度降低测序的成本,这很大程度促进了人们对在测序过程中如何降低成本的技术方面的研究。第二,人类以及其他主要模式生物参考序列数据库的建立使得短片段阅读(short-read)成为可能,这极大的促进了短片段测序技术的发展。第三,新型分子生物学技术的不断涌现导致了越来越多的诸如RNA表达染色体构象等生物现象的出现,这就需要有高通量DNA测序手段去解释这些问题,这也极大的促进了新型测序技术的发展。第四,其他学科领域的技术的发展,例如计算机技术,数据存储及分析技术,聚合酶工程技术等,极大地支持了DNA测序技术的应用。本文主要是对目前新一代DNA测序(也叫深度测序)技术(Next-generation DNA sequencing technologies)的研究策略及目前国际DNA测序最新进展做一简要的综述。 1.Sanger测序法 先来回顾一下经典的DNA测序法,从上世纪九十年代早期开始,几乎所有的DNA测序都是利用半自动化的毛细管电泳Sanger测序技术完成的(图1-a)。后来出现了高通量测序法,这种方法首先要对DNA预处理,获取大量的待测序模板即质粒或PCR产物。然后在测序一种发生测序生化反应,这个过程会产生大量长短不一(因为终止位点不一样),末端被荧光标记的延伸产物。再用分辨率高的毛细管凝胶电泳分离这些延伸产物,通过对延伸产物末端四种不同荧光颜色的区分,利用计算机软件自动“读

多媒体技术的发展与应用前景——燕山大学多媒体报告

多媒体技术的发展与应用前景 班级:通信工程1班 姓名:郭耀华 学号:120104030030 指导教师:刘凯老师 2015年5 月

多媒体技术的发展与应用前景 前言: 经过“多媒体技术”这门课程的学习,让我深入的了解了当代多媒体技术的知识。增加了自己对多媒体技术的认识。并且我要感谢一下我们的刘老师。虽然每次上课都在晚上或者周末,但您还是能认认真真的为我们讲课,如此敬业负责是很少有老师能够做到的,我很佩服您,也很喜欢听您的课。在此我要由衷的对您说声谢谢! 接下来,根据老师所讲的知识,还有网上查找的相关资料,对多媒体技术的发展与应用前景谈谈我自己的看法。 多媒体技术是当今信息技术领域发展最快、最活跃的技术,是新一代电子技术发展和竞争的焦点。它的出现使得我们的计算机世界丰富多彩起来,也使得计算机世界充满了人性的气息。多媒体技术从问世起即引起人们的广泛关注,并迅速由科学研究走向应用、走向市场,其应用领域遍及人类社会的各个方面。多媒体技术的产生和发展,是技术和应用发展的必然。在信息社会,人们迫切希望计算机能以人类习惯的方式提供信息服务,因而多媒体技术应运而生。随着日益普及的高速信息网发展,它正被广泛应在我们的日常生活、咨询服务、教育、通信、医疗等诸多行业。 多媒体包括文本、图形、静态图像、声音、动画、视频剪辑等基本要素。在进行多媒体教学课件设计的,也就是从这些要素的作用、特性出发,在教育学、心理学等原理的指导下,充分构思、组织多媒体要素,发挥各种媒体要素的长处,为不同学习类型的学习者提供不

同的学习媒体信息,从多种媒体渠道向学习者传递教育、教学信息。多媒体技术是20世纪90年代发展起来的新技术,是一种把文本、图形、视频、动画和声音等运载信息的媒体集成在一起,并通过计算机综合处理和控制的一种信息技术。它实质上是综合了计算机、图形学、图像处理、影视艺术、音乐美术、教育学、心理学、人工智能、信息学、电子技术学等众多学科与技术的一门技术,它集文字、图形、图像、声音、二维三维动画等各种信息于一体,能充分调动视觉和听觉处理功能。 1 多媒体系统的关键技术 1.1 音频信息处理的应用 在多媒体技术中,存储声音信息的文件格式主要是:VOC 文件、WAV 文件、AIF 文件、MIDI 文件、SON 文件及RMI 文件等。 (1)音频信息录制编辑 把音乐和语音加到多媒体应用中,是我们研究音频处理技术的目的,下面是常用的音频信息录制编辑软件。WaveEdit 工具的REC 命令;Sound Blaster 卡的VEdit2软件;Microsoft SoundSystem 卡的Quick Recorder 软件;Cooledit 软件;Wave Edit 工具;Creative WaveStudio。 (2)语音识别 计算机通过语音识别系统,将用户所输入的语音转换成电子文本的能力,就是所谓的语音识别。语音识别涉及语言学、计算机科学及信号处理等领域,甚至还涉及人的体态语言(人在说话时的表情、手

三代测序原理技术比较

导读从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)1,发展至今三十多年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。 摘要:从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)1,发展至今三十多年时间,测序 技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革,也都对基因组研究,疾病医疗研究,药物研发,育种等领域产生巨大的推动作用。在这里我主要对当前的测序技术以及它们的测序原理做一个简单的小结。 图1:测序技术的发展历程 生命体遗传信息的快速获得对于生命科学的研究有着十分重要的意义。以上(图1)所描述的是自沃森和克里克在1953年建立DNA双螺旋结构以来,整个测序技术的发展历程。 第一代测序技术 第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆(Maxam)和吉尔伯特(Gilbert)发明的化学法(链降解). 并在1977年,桑格测定了第一个基因组序列,是噬菌体X174的,全长5375个碱基1。自此,人类获得了窥探生命遗传差异本质的能力,并以此为开端步入基因组学时代。研究人员在Sanger法的多年实践之中不断对其进行改进。在2001年,完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础,Sanger法核心原理是:由于ddNTP的2’和3’都不含羟基,其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键,因此可以用来中断DNA 合成反应,在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddNTP(分为:ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP),通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列(图2)。这个网址为 sanger测序法制作了一个小短片,形象而生动。 值得注意的是,就在测序技术起步发展的这一时期中,除了Sanger法之外还出现了一些其他的测序技术,如焦磷酸测序法、链接酶法等。其中,焦磷酸测序法是后来Roche公司454技术所使用的测序方法2–4,而连接酶测序法是后来ABI公司SOLID技术使用的测序方法2,4,但他们的共同核心手段都是利用了Sanger1中的可中断DNA合成反应的dNTP。

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