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pymol作图的一个实例演示教学

p y m o l作图的一个实

例

Pymol作图的实例

这是一个只是用鼠标操作的初步教程

Pdb文件3ODU.pdb

打开文件

pymol右侧

All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象

按钮A:代表对这个对象的各种action，

S：显示这个对象的某种样式，

H：隐藏某种样式，

L：显示某种label，

C：显示的颜色

下面是操作过程：

点击all中的H，选择everything，隐藏所有

点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质

点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择

点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择rename selection，窗口中出现

，更改sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调整窗口使此分子清楚显示。

寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：

IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线

，IDT行下面出现了新的一行

，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red red，把氢键显示为红色。

接着再显示跟IDT形成氢键的残基

点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR） 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献５.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子６.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.wendangku.net/doc/576189579.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。重要信息注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现，而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。提示本教程仍在完善之中，并且会在下一版本的APBS 开发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.wendangku.net/doc/576189579.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

pymol使用教程

扎染教案 (1)

《扎染》教案师大附中马丽娜一、教学目标 1、知识目标：让学生通过欣赏、观察与比较，了解扎染工艺的制作过程及方法。让学生在欣赏过程中感受和理解扎染工艺的美感、功用及人文价值； 2、能力目标：汲取扎染这一民间艺术的营养，巧用身边易于寻找的材料，联系生活实际，学习民间扎染工艺方法，仿民间艺术制作一块方巾。 3、情感目标：着力培养学生耐心细致的工作态度和对民间传统工艺的热爱。激发学生美化生活的愿望。二、教学重点和难点重点：感受材料的特性，紧紧围绕“扎”字有序地进行设计制作活动，体验扎染过程中色彩的肌理和色晕所带来的自然朦胧的美。即在学习活动过程中，运用布料、和绳线等媒材进行实践操作，并按自己的审美要求，在实际操作中感受色彩的变化。难点：染出美丽纹样的关键——扎三、教具：多媒体，实物展示四、教学过程：（一）导入：出示课件，大家看这两块布有什么特别之处吗？

（教师出示几块扎染布，请学生通过观察说出扎染布的特点，学生回答后，教师总结）你知道是用什么方法将图案染上去的吗？（二）新课讲授： 1、这种技法有着悠久历史，现在以我们周城白族最为著名，虽然我们没有条件亲身去那里感受这种传统工艺的技法，但老师给同学们找到了相关的视频，我们先来通过视频,初步去感受这种传统工艺所带来的艺术魅力。(通过视频内容提高学生习兴趣，感受我国民间艺术给生活带来的美好感受) 2.通过这段视频，大家因该已经知道，今天我们所要了解的这种民间传统工艺技法叫---扎染并引出课题“扎染” 思考什么是扎染？课件出示扎染的定义。扎染古称扎缬、绞缬、夹缬和染缬，是中国民间传统而独特的染色工艺。织物在染色时部分结扎起来使之不能着色的一种染色方法，中国传统的手工染色技术之一。（由定义中了解扎染的工具材料、方法步骤。并使学生明确，扎是为了“防染”，扎法不同染后的效果也不同。） 2、历史发展：扎染有着悠久历史。起源于黄河流域。起源于何时尚无定论。现存最早的扎染制品，是出于新疆地区公元408年东晋时期。目前，在我国以白族扎染最为著名扎染是最原始、最朴素的手工艺术，

(6)扎染教案

(6)扎染教案第一章扎染的概述教学目的：通过扎染理论的讲授使学生对民间扎染的历史、发展、演变有初步的了解和认识，并通过展示一些优秀的扎染作品，使学生体验扎染艺术的魅力，引发他们对扎染的兴趣。教学要点： (1)扎染的发展历史 (2)扎染的现状 (3)扎染的特色和成品欣赏 (4)扎染传承意义学习方法：以理论讲授为主。并贯穿扎染艺术的成品欣赏。第一节扎染的简介和发展历史 —、扎染的发展历史 IS扎染的简介：扎染是中国一种古老的防染工艺。它依据一定的花纹图案，先将织物进行捆扎然后进行染色。染色时折叠处不易上染，而未扎结处则容易着色，另外由于在染色过程中被捆扎的织物受到轻重、松紧不同的压力，被色浆浸渗的程度也不同，因此产生深浅虚实、变化多端的色晕的艺术效果。染成的图案纹样神奇多变，色泽鲜艳明快，图案简洁质朴，且有令人惊叹的艺术魅力肿花”和“底”之间往往还呈现出一定

的过渡性渐变的效果，多冰裂纹，自然天成，生动活泼，克服了画面、图案的呆板，使得花色更显丰富自然。扎染所得的图案纹样是一般印花工艺无法得到的，它不仅体现了艺术和技术完美结合的整体美，更折射出民族文化的光辉 ,具有浓郁的民族特色和较高的艺术价值，人们通常把它称为“没有针线的刺绣”、“不经编织的彩锦”。 2、扎染发展历史：扎染，又称绞纟飙是一种古老的采用结扎染色的工艺，是我国传统的手工染色技术之一，在我国有着悠久的历史。该工艺始于秦汉，兴于魏晋、南北朝，风盛唐代，至北宋仁宗皇帝，因扎染服装奢侈费工，下令禁绝，使中原扎染工艺一度失传。东晋时，此种工艺已在民间广为流传。南北朝时期，出现了历史上有名的”鹿胎紫纟颉“和“鱼子城”图案。隋唐时期, 绞纟颉更是风靡一时，史料记载的绞颂名称就有“大撮晕纟颉、玛瑙纟颉、醉眼纟颉、方胜颂、团宫纟颉“等。在新疆阿斯塔那墓出土的绞纟颉织物上的针眼和折皱至今仍依稀可见，显示了唐代高超的绞颂技术。北宋初，绞颂工艺仍然盛行。但在宋仁天圣年间，惟有兵士方可穿戴颂类服装，民间禁止使用纟颉类制品, 这项规定直到南宋时期才被废除。明清时期，洱海白族地区的染织技艺达到很高的水平，出了染布行会，明朝洱海卫红布、清代喜洲布和大理布均是名噪一时的畅销产品。到了民国时期，居家扎染已十分普遍，以一家一户为主的扎染作坊密集著称的周城、喜洲等乡镇，已经成为名传四方的扎染中心。1959年在我国新疆维吾尔自治区出土了公元384 年的扎染实物；1969年又在这

教学设计---扎染

课题：染出来的生活科目：高中美术教学对象：高二课时：1 提供者：陈宁利单位：慈溪杨贤江中学一、教学内容分析（简要说明课题来源、学习内容、这节课的价值以及学习内容的重要性）染出来的生活----扎染艺术，取自湘美版高中美术选修教材《工艺》，第二单元“染出来的生活”之扎染篇。主要学习扎染艺术的历史和艺术特色，扎染的工艺原理及流程；基本的扎法与纹样形成的规律创想扎染在生活中的运用。二、教学目标 1、学生通过学习，了解扎染艺术的历史和艺术特色，扎染的工艺流程；掌握基本的扎染制作方法； 2、学生能运用发现、探究、总结、实践等方式提高解决问题的能力，增强动手能力，开启发散思维，有设计目的地主动探索、创意新的方式方法。 3、通过学习学生能感受到“染”的艺术魅力，逐渐形成热爱传统艺术，热爱生活、美化生活、发展美术兴趣的情感和态度。 4、三、学习者特征分析学生的学习风格：高中生缺乏实践操作能力，做事的流程较乱，不注意细节和完整，但同时又对新生事物极感兴趣，扎染是平时生活中较少接触的工艺类别，课堂情绪较难控制。学习准备：材料很多而且具有一定的危险性，几乎和国画一样具有一次性的结果，所以课堂的纪律组织，和节奏教师一定要控制好。四、教学策略选择与设计设计的基本理念：激发学生在探究中自主学习、在实践操作中解决问题，在体验中感悟生活，形成良好的做事习惯，严谨有序的态度。工艺课组织教学的策略：聘请学生协助员4人，工具材料的对照表和工作注意事项各4份；学生观察员一人，观察表一份，数码相机一个。工具材料的对照表和工作注意事项各4份；观察表一份，数码相机一个；学习资料30工具、材料、安全、善后工作在备课时考虑充分。 A教师用：多媒体教具和扎染未拆的实物。展版、双面胶、扎染用材料（线、布、染料）、工具 B学生用：扎染材料：棉质布块30*30cm、针、棉麻线、玻璃线、染料扎染工具：染料盘、手套、夹子、笔刷、垫纸吸水布、塑料膜、尺子等、 C协助员和观察员：探究和自主学习的策略：直观感受、发现探究、讨论交流、尝试体验与课堂启发结合。通过以下教学程序达成教学设想：五、教学重点及难点

扎染相关制作步骤与捆扎技法及其图示

扎染相关制作步骤与捆扎技法及其图示Ⅰ.制作步骤：制做扎染一般需三个步骤：染前处理，捆扎染色，染后处理一、染前处理：为保证扎染制作过程中染色均匀，需对织物进行染前处理。因为织物上常带有浆料、助剂及一定成份的天然杂质。染前处理有：退浆：目的是除支浆料，可用碱液、氧化剂或淀粉酶等药剂加水沸煮布料退浆。用量：药剂为布重的3%，水为布重的30倍左右。精炼：目的是除去纤维上的天然杂质及残留浆料，右用烧碱加水沸煮。用量：烧碱为布重的3%，水为布重的30倍左右。漂白：用于除去色素及残留杂质，常用次氯酸钠或氧化氢加水沸煮。用量：漂白剂为布重的3%，水为布重的30倍左右。另外，丝绸的染前处理是用皂液加碳酸钠加水煮精炼。熨平待用：用电熨斗将漂洗过的布熨平以备描绘图案及捆扎用。二、捆扎染色：将已设计好的图案纹样用画粉在布上做记号或用绘稿液描上，然后捆扎或缝结布料。完成后浸入水中湿透，取出稍晾，待不滴水后放入已备好的染液中或浸染或煮染一定时间，然后用清水冲洗、晾干。三、染后处理：晾后的捆所物可在不完全干透时解开扎结处，并用熨斗趁潮湿熨平整，完成。附：（在扎染制成品完工后，还可采用了一些其它的技艺让产品更具艺术的魅力。这些技艺有手绣，手绘，刺绣，刺字，挑花。） Ⅱ.染色技法：一、浸染法（冷染法）：将扎好的织物放入配制好的染液中浸泡一定时间，染完后用清水冲洗，解结，熨平。常用纳夫托染料和活性染料。纳夫托染料及使用方法：工艺程序：溶解色酚==>织物打底==>晾水备用==>配显色剂==>放入织物==>显色==>配碱液==>碱洗==>冲洗晾干使用方法： 1、配制色酚打底液（配方如下）：

扎染教案

—扎染滕州市第二中学石岩

课业类型:高中美术鉴赏工艺模块课时安排: 1课时授课教师: 石岩【教材分析】扎染是我国传统印染技艺的重要组成部分，具有悠久的历史传统。据历史记载，早在东晋，扎结防染的绞缬绸已经有大批生产。长期以来一直受到广大人民群众的喜爱，时至今日，在云南的大理，湖南的凤凰，四川的自贡等地都大量制作、使用或出售扎染艺术品。通过学习手工扎染，也可使学生认识到扎染艺术是世界传统文化艺术的重要组成部分，增强保护人类艺术遗产和古老手工艺术、继承和发展世界传统文化的使命感和责任感。【教学目标】一、知识与能力目标：让学生了解手工扎染的含义、艺术特征和基本扎结技法、染色技法；二、过程与方法目标：使学生体会扎染的基本技法，同时又能巧妙的和文化衫的设计相融合，从而锻炼学生的艺术创造力；

三、情感态度与价值观目标：通过学习手工扎染，进一步了解我国优秀的民族传统艺术，正确认识它在世界艺术中的地位和价值，从而增强民族自豪感。【教学重点】了解手工扎染的基本扎结技法、染色技法。【教学难点】在体会“扎”、“染”基本技法的同时，和文化衫相结合，印染出具有设计感的作品。【教具准备】多媒体课件、棉布、线、染料、剪刀、染锅、搅拌棒、手套等。【教学过程】一、情景导入（一）魔术：现场制作一件扎染文化衫（二）导入课题：《七彩霓裳斑斓水色——扎染》二、扎染简介（一）定义：扎染古称扎缬、绞缬、夹缬和染缬，是中国民间传统而独特的染色工艺。（二）原理：织物在染色时部分扎结起来使之不能着色（三）历史：秦汉开始流行，西南少数民族地区一直沿用三、扎染制作流程

5、扎染教案上课讲义

手工扎染教学目标：知识目标：学生通过欣赏，观察与比较，了解扎染的制作方法和步骤，让学生在实践操作中感受扎染的奇妙效果。能力目标：汲取扎染工艺方法，能灵活的制作出扎染作品。情感目标：培养学生对中国民间艺术的热爱，激发学生美化生活的愿望。教学重点：围绕“扎”和“染”有序地进行设计制作活动。教学难点：1、然出美丽纹样的关键在于“扎”； 2、启发学生在实践中的创造性思维。教学准备：课件、白布、颜料、绳、围巾、豆子等。教学过程：一、情景导入：同学们，今天老师身上戴上了一件具有民族特色的饰品，是什么呢？拿下围巾展示给大家看，好看吗？知道是用什么方法制作的吗？（课件展示）：揭示课题：民间艺术——手工扎染在坐的同学大部分的土家族，你们都了解这种印花技艺吗？扎染作品我们可以在哪些地方寻觅到呢？想不想学呢？二、欣赏感受，拓展思维：首先请同学们观看一段视频 1、（课件展示）：民间扎染艺人张桂英的视频，在视频里的这个老人在做什么？你有什么发现？到底什么是扎染艺术呢？谁来说一下？ 2、（课件展示）扎染：是一种古老的民间艺术，古时被称为绞染或纹缬，主要以线、绳的捆与绑来起仿染作用。 “扎染”是湘西具有特色的纺织染色艺术，早在东晋南北朝时人们就把“扎染工艺”运用到衣裙服装上，距今已有2000年的历史了，手工扎染发展到今天已形成了独特的文化。同学们，我们生活在多姿多彩的世界离不开扎染的装扮和点缀，下面就和老

师一起来看看咱们生活中哪些地方可以找到用扎染装饰的饰品吧！ 3、（课件展示）：扎染制作各种装饰品同学们，欣赏完这么多扎染饰品是不是觉得咱们的民间艺术非常奇妙，想不想知道这么多美丽的奇妙的花纹是怎样形成的呢？三、探究新知：（教师提供扎染小成品发给每组同学一件）（想一想）请同学们打开老师已制作好的扎染小成品，认真观察，小组讨论研究扎染步骤和方法。观察完以后教师再引导学生回答： a、同学们认为是先扎疙瘩，还是先染色？ b、扎得紧还是松？观察完以后教师再引导学生回答：c、扎布有什么作用？ d、颜色是怎样染的？ e、染出各种美丽的花纹关键在哪里？ 1、（课件展示）：扎的方法：捆扎：（图片展示制作过程）将白布有规则或任意折叠，然后用麻线捆扎入染后晾干拆线，由于扎有松紧，上色便有深浅，呈现出变化的冰纹，这种方法适合扎成段的布料。针扎：（图片展示制作过程）是在白布上用针线扎成以留的花纹方入染缸，浸染，待干，将线拆去，紧扎的地方不上色，呈现出白色花纹。这种方法能扎比较细腻的图案。 2、（课件展示）：展示一组扎染作品，让学生猜一猜哪些是针扎作品，哪些是捆扎作品，为什么？（猜一猜）扎完以后还要怎么样？扎染染色是扎染制作技艺中最后的工序，具有独特韵味和魅力，取决于染色

扎染心得体会

扎染学习心得报告近日学校为培养我们的动手能力、实践能力及传承非文化物质遗产特意邀请了非文化物质传承人来我校指导教学，有幸我接触了一种我以前听过、看过，但从未真正体验过一种艺术扎染。现将学习情况汇报如下。一、学习的基本情况扎染是一种古老的防染工艺，通过学习我了解到了扎染大致分为四个步骤：扎染制作、染前处理、捆扎染色、染后处理。当我切身体验扎染的整个过程时不仅增强了自己的动手能力及实践能力更让我深深地懂得了扎染的价值，我想扎染独特的工艺表现效果在现代服装设计中具有广阔的发展空间和前景。二、深入探讨扎染的制作技法及经验《一》制作扎染技法捆扎法：捆扎法是将织物按照预先的设想，或揪起一点，或顺成长条，或做各种折叠处理后用棉线或麻绳捆扎。圆形扎：将织物揪起一点，用线绳扎紧，可扎成同样大小的花纹，也可由小到大排列，这是一种最基本的方法。折叠扎法：是扎染中应用最广泛的一种技法，对折后的织物捆扎染色后成为对称的单独图案纹样一反一正多次折叠后可制成二方连续图案纹样。平缝绕扎法：即可形成线性条纹又有圆形扎法的机理，是最普遍最常用的一种方法。平针绕扎法五角星 1、缝绞法缝绞法是用针线穿缝绞扎织物以形成防染，针法不同形成的效果不同。这是一种方便自由的方法，可充分表现设计者的创作自由。平针缝绞法：平针缝绞法可形成线状纹样，可组成条纹也可制作花形、叶形，用大针穿纯棉线，沿设计好的图案在织物上均匀平缝后拉紧。卷针缝绞法：利用针与布的卷缝可得到斜线的点状纹样。将织物对折，如图卷缝。用画笔画圆形，捏起双层卷缝后拉紧。成品《二》扎染技法所得经验 1、若染出后视觉冲击力不强解决办法：需要改进的就是轮廓使用两排紧密的平缝，使得线条变粗，来增强视觉冲击力。 2、面与面的构成混入了轮廓线解决办法：这是由于捆绑时没有捆到缝线处，改进方法就是轮廓线用两排或三排紧密的平缝，之后就要细心捆绑。

pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例这就是一个只就是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU、pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)就是选择的对象按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色下面就是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,就是配体点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选择rename selection,窗口中出现,更改sele为IDT,点击 (IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调整窗口使此分子清楚显示。寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键: IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object , 分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行 ,这就就是氢键的对象,点击这一行的C,选择red red,把氢键显示为红色。接着再显示跟IDT形成氢键的残基点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要就是 residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法（教程二）基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol> log_close 好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。首先： Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains

pymol 基本操作

简介＆安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码＄ mkdir pymol—src ＄ svn co pymol-src 然后进入源代码目录＃ cd pymol-src 开始依次编译＃ python setup.py install # python setup2。py install

扎染工艺手帕的制作

扎染工艺手帕的制作一、制定框架计划二、课时安排与内容衔接首先用4课时作授课与调查：向学生讲授扎染工艺历史，扎染制作工具和材料等，让学生研究性地学习、试验扎染的基本技法。然后可安排此项目活动的开展，课时数根据实际情况（包括活动条件水平、学生活动进展、课程生成深度）而定。最后安排项目展示和学生参与项目评价各一课时。三、教学内容、教学目标确立和教学媒体设计

三、教法和学法采用项目引导教学法和行为引导教学法，通过学生制作手帕的“行为”，使学生掌握知识、发展技能，培养对劳动和劳动人民的积极情感和重视技术应用的意识，进一步确立学生的环保意识、质量意识、安全意识、合作意识、创新意识和经济意识，注意渗透染整行业的职业引导。 1、导入首先展示丰富多彩的项目实物，激发学生兴趣。引导学生探究该项目的相关知识和技能。 2、授课 ·扎染手帕成品欣赏和扎染特色 ·扎染的原理、发展 ·扎染制作工具和材料 ·扎染工艺流程和基本技法 …… 3、调查研究

4、学生分组活动按组员不超过五人的规定让学生自由结成小组。按以下流程工作： 5、课堂评估请各组代表依次展示自己的活动和作品，课前可引导小组分别侧重于实物、计算机辅助、图文、表演、赠送礼品、出售商品、装饰品等展示形式。让小组作一些关于项目活动、分工情况、制作方法、设计意图的介绍。可安排其他学生提问，请代表作答复。教师作好各组的展示记录（包括产品是否优秀、分工是否合理、工作是否有实效、形式是否新颖、语言是否流利、语态是否自然、活动过程是否有违纪、不参与、安全卫生问题的发生等方方面面），作为对项目活动效果评价的重要依据。学生根据“劳技课学生参与评价表”(见附件)进行自我评价、组内成员评价、组外学生评价等多种形式的评价。教师汇总各途径的评价，对个人和小组作总结性的评价。

案例分析《扎染》

扎染五一前夕，我们开展了主题活动“勤劳的人们”。其中《小裁缝》活动开展过程中，我们设计了“扎染”活动。在主题性活动区“科学区”中投放了方形的白色棉布、小橡皮筋、水彩颜料等相关材料。幼儿第一次使用效果：当甜甜第一次选择做扎染工作的时候，特别高兴，用甜甜的话说：“我好兴奋啊，我可以自己做花布了。”甜甜将扎好的白布小心翼翼地浸在红色颜料水中，那是她最喜欢的颜色，浸了一会儿，她又小心翼翼地将布从颜料水中拿出，然后迫不及待地拆掉橡皮筋，想看看扎染的效果。红色的颜料从中心点慢慢地散开去，颜色由浓到淡，“哇，好漂亮啊！”甜甜高兴地手舞足蹈，她的情绪一下子感染了其他小朋友，大家在纷纷欣赏甜甜的扎染作品之后，也不由自主地加入了扎染的队伍。大家一边认真、细致地进行扎染，一边互相谈论着自己花布的色彩，有的说：“我的花布盛开了五颜六色的花朵。”有的说：“我的花布下起了一朵朵彩色的雪花。”还有的说：“我的花布要送给小熊做花裙子”……快乐的工作氛围，扎染出来的布也更加五彩缤纷。渐渐的，花布越来越多，一开始大家把布晾晒在椅子背上，可是随着扎染工作人员的增多，花布也越来越多，多得没处放了，怎么办呢？材料调整策略：活动结束时的谈话中，我们就“扎染好的花布怎么办”展开了讨论。幼儿积极踊跃地发表自己的见解，有的说：“晾干后拿到娃娃家去卖布。”有的说：“用一根绳子把花布悬挂起来，让大家参观。”还有的说：“放到美工区请美工区的小朋友设计、制作成漂亮的衣服。”……于是，我们将科学区的扎染和美工区的设计服装巧妙组合，使美工区囤积的大量花布有了明确的去向。幼儿第二次使用效果：科学区的幼儿将扎染好的花布送给美工区的幼儿，美工区的幼儿收到花布后高兴得不得了。一开始，大家把花布捧在手里爱不释手，哪里舍得裁剪。于是，我来到美工区，跟他们说：“这么漂亮的花布，如果能做成娃娃家小宝宝穿的衣服，那该多好啊！”文文马上接话说：“是的，我的外婆会做衣服，我知道怎么做衣服。”瑶瑶也说：“我也要做一件花花衣，送给小熊。”他们你一言、我一语，讨论地异常热闹。接着文文挑选了桌面上的一条裙子模型，熟练地拿起粉笔，在花布上依样画出衣服的模型，再拿起剪刀沿着粉笔划过的线

PyMOL Users Manual

4/8/2016PyMOL Users Manual Contents Previous Next Command Syntax and Atom Selections Syntax A typed PyMOL command always starts with a keyword that calls PyMOL to execute an action. It ends with a carriage return ("enter" on your keyboard). The simplest commands consist of a keyword alone. For example, typing quit will end your PyMOL session. The quit command never takes an argument. Many commands have default arguments, so you can type the keyword alone and PyMOL will supply the rest. For example, the default argument to zoom is the selection-expression all: E X A M P L E P y M O L>z o o m#A l l v i s i b l e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e i n c l u d e d i n t h e v i e w. For some keywords, certain arguments are required and others are supplied by default. For example, the keyword color requires one argument, the color-name. As for zoom, the default selection-expression is all: S Y N T A X c o l o r c o l o r-n a m e c o l o r c o l o r-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n E X A M P L E S P y M O L>c o l o r r e d#A l l t h e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e c o l o r e d r e d. P y M O L>c o l o r r e d,n a m e c a#O n l y t h e r e p r e s e n t a t i o n s o f #a t o m s n a m e d c-a l p h a a r e c o l o r e d r e d. When you type a command that has more than one argument, color color-name, selection-expression in this case, a comma must separate the arguments. Selection-expression s are an essential type of keyword argument. They can be simple or complex, with several different kinds of syntax. Selection-expressions Selection-expression s stand for lists of atoms in arguments that are subject to PyMOL commands. You can name the selections to facilitate their re-use, or you can specify them anonymously (without names). Object and selection names may include the upper or lower case characters A/a to Z/z, numerals 0 to 9, and the underscore character (_). Characters to avoid include: !@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>.?/ Selection-expression s describe the class of atoms you are referencing. Most of them require identi?ers to complete the speci?cation. For example, the selector resi references biopolymer residues by sequence number, and the identi?er gives the number. The selector name references atoms according to the names described in the PDB, and the identi?er gives the name (ca for alpha carbons, cb for beta carbons, etc). A handful of selection-expression s don't require identi?ers, but most do. PyMOL uses several logical operators to increase the generality or speci?city of selection-expression s. Logical combinations of selectors can get complex, so PyMOL accepts short forms and macros that express them with a minimum of keystrokes. This section describes named-selections, and then gives the syntax for making selections in a progression from simple one-word selectors to complex combinations of selectors, using macros and short forms. Named Atom Selections Atom selections can be named for repeated use by using the select command: S Y N T A X s e l e c t s e l e c t i o n-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #T h e s e l e c t i o n-n a m e a n d #t h e s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #a r e b o t h a r g u m e n t s t o s e l e c t #s o t h e y a r e s e p a r a t e d b y a c o m m a. E X A M P L E P y M O L>s e l e c t b b,n a m e c+o+n+c a#C r e a t e a n a t o m s e l e c t i o n n a m e d"b b" #i n c l u d i n g a l l a t o m s n a m e d #"C","O","N",o r"C A"; P y M O L>c o l o r r e d,b b#c o l o r t h e s e l e c t i o n r e d, P y M O L>h i d e l i n e s,b b#h i d e t h e l i n e r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>s h o w s t i c k s,b b#s h o w i t u s i n g t h e s t i c k r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>z o o m b b#a n d z o o m i n o n i t. In this case, the selection-expression is the property selector name, which takes the list of identi?ers ca+c+n+o to complete the speci?cation. Property selectors and their identi?ers are discussed below. Named atom selections appear in the PyMOL names list in the control panel. They are distinguished from objects by a surrounding set of parentheses. The control panel options available under the diamond menu differ between objects and atom-selections, because objects and named selections play slightly different roles in PyMOL. Named selections are pointers to subsets of data that are found under an object name. After an object is deleted, the data are no longer available, unless you reload the object. Any named selections that refer to atoms in that object will no longer work. But when named selections are deleted, the data are still available under the object name. Disabling objects eliminates them from the viewer, but disabling named-selections just turns off the pink dots that highlight them in the viewer. Atom-selections, named or not, can span multiple objects: E X A M P L E https://www.wendangku.net/doc/576189579.html,/newman/user/S0220commands.html1/6

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