NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦
NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦
注：在本文中的叙述中，所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介
PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, National Institues of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medicine）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, National Center for Biotechnology Information）提供，可通过NCBI网站的Entrez检索系统（Entrez retrieval system）进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。其文献内容的提供方式，由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。如果该出版商有网站，则NCBI会提供相应的网络出口。MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括
基于互联网WWW的MEDLINE及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
提供MEDLINE、PreMEDLINE与其他相关数据库接入服务，如NCBI的其它数据库DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线，及NCBI外的其它数据库。
提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。
PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE 数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆（U.S.National Library of Medicine）最重要的书目文摘数据库，内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。
随着国内互联网的普及，网络已逐步地成为一名医务工作者获取多种信息的有效渠道。网络已成为医学研究者追踪国际研究进展，了解世界先进水平的一个重要手段。
传统的医学文献检索（MEDLINE）尽管在本地局域网提供的情况下，具有高速的特点。但与互联网
所提供的免费MEDLINE检索无法相比。
网上免费MEDLINE检索的主要优势包括：
更新速度快，能最快地了解世界各地的研究进展。
PubMed与MEDLINE的异同
MEDLINE是NLM最重要的索引期刊引文数据库和摘要（indexed journal citations），内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学，其内容已覆盖了美国及其它70多个国家和地区的4,500余种期刊。MEDLINE所提供的引文索引内容是世界范围内的，但其中大部分为英语语种期刊，或者是有英文摘要的期刊。MEDLINE检索内容可起始于1966年，引文条目已超过一千万条，但MEDLINE所提供的在线检索内容只起始于1976年，而早于60年代中期（1966）的引文条目，则可在NLM所提供的OLDMEDLINE服务在线检索。所有在MEDLINE数据库中的文献均已加上了主题词和发表类型。MEDLINE数据库内容是NLM PubMed的最主要检索内容。PubMed除了MEDLINE数据库的内容外，还包括：
与MEDLINE生命科学有关的其它研究领域（如天文技术）的文献资料
在期刊内容还未列入MEDLINE之前的文献资料
一些递交了全文到PubMed中心（PubMedCentral），并经NLM评述了的其它生命科学期刊文献资料
由上可见，通过PubMed检索的医学文献资料比单纯地检索MEDLINE所获得的信息内容更多，更广泛，可检索到与生命科学有关的其它学科（如天文技术）在生命科学的应用。当然，如果检索者需要特定地检索MEDLINE数据库内容，可在检索页面点击“Limit”并从“Subsets”中选择MEDLINE，可达到对MEDLINE数据库的专一限制性检索。关于PubMed与MEDLINE的具体异同，读者也可参阅NLM提供的在线资料（见后附录）。
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。
自动术语匹配
自动术语匹配（automatic term mapping）是指PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校地，将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则，依次为主题词表（MeSH (Medical Subject Headings) Translation Table），期刊表（Journals Translation Table），短词表（prase List），作者索引（Author Index）。
2.期刊匹配表（Journal Translation Table）
该表包含了期刊的全名（Full name of journals），MEDLINE期刊缩写（MEDLINE abbreviations），以及期刊的ISSN号（ISSN numbers for journals）。作用在于将检索框中的检索词自动地与期刊名称匹配，如检索
Med"[Journal]>。
3.短词表（Phrase List）
短词表源自MeSH，UMLS和Supplementary Concept Substance Names，如
4.作者索引（Author Index）
如果以上均未找到匹配项，且在检索词后还有一个或两个字母，PubMed将会自动地进行作者名称匹配。
都不行？
PubMed将短语打散后，再进行匹配，直到有匹配项为止。若还找不到，则将单个术语用
自由词检索特点
自由词检索即指在对检索词无任何（检索标签）修饰的情况下进行文献检索，如欲检索“小儿哮喘药物治疗”，只需在PubMed提供的检索框中输入
最常用的检索条目
最常用的检索条目包括作者
作者
检索格式：<"姓（last name, 全称），名（initials，单字母缩写）"[au]>。
如检索“smith ja”或“jones k”。以此格式进行名字的检索，PubMed会自动地将其识别为作者名（author field）检索。如果只输入“名（last name）”
1）将作者姓名用双引号，并加上检索标签（search tag）<[au]>
读懂PubMed网页内容
在检索文献时，如果检索者比较细心的话，会发现每一个检索条目中，在PMID后，会标记下述三个标签之一。这三个标签是什么意思呢？且看下面的详细解释。
[PubMed - indexed for MEDLINE]：已经加入的MeSH，发表类型，GenBank索取号及其它可索引数据资料的文献
[PubMed - in process]：已递交到PubMed数据库，但尚未加入MeSH等索引数据资料的文献[PubMed - as supplied by publisher]：特指由出版商提供的，未加入MEDLINE数据库的文献
从上面，又可再次的窥探PubMed与MEDLINE的异同，以及为何检索PubMed时，会比仅检索MEDLINE的文献条目要多！
日期及日期范围限定
格式：
钟的数字位数必须写足其标准格式，即分别为4、2、2、2、2位数，当不足两位数时，补上数字零，如<2002/01/19 22:01 [dp]>。上述格式中，除“年”外，其它均是可选项，如<1997/10/06 [edat]>、<1998/03/15 [dp]>、<1997 [edat]>、<1997/03 [dp]>等。
日期范围限定检索格式：
<1997/01/01 12:00 : 1998 [mhda]>等。
Limiting by Date（日期限定）使用Entrez下拉式菜单，可以把你的搜索范围设定在30天到10年，出版日期下拉菜单有Publication Date 与Entrez Date两项，以确定使用那种日期记法来设定搜索范围。使用From、To框输入一个时间段；以YYYY/MM/DD的格式输入日期（月和日可不填）
常用的检索标签
AB (Abstact)：文献摘要
AD (Affiliation)：第一作者的研究单位与地址，及资助号
AU (Author)：作者
CY (Contry)：期刊发表的国家
DP (Puclicaiton Date)：文献发表的日期
EDAT (Entrez Date)：文献录入PubMed的日期
FAU (Full Author Name)：所有作者的名字
IP (Issue)：期刊的期号
LA (Language)：文献发表的语言类别
MH (MeSH Terms)：NLM文献数据库中的医学主题词
MHDA (MeSH Date)：MeSH加入文献的日期。当医学主题词加入文献后，该日期才与EDAT日期一致
PMID (PubMed Unique Identifier)：每条PubMed文献的唯一识别符
PT (Publication Type)：文献发表的类型，如综述，病例报道等
PG Pagination The full pagination of the article
RF (Number of References)：特指综述（Review）类文献所引用参考文献的数目
SB (Subset)：副主题词
TA (Journal Title Abbreviation)：期刊名标准缩写
TI (Title)：文献标题
UI (MEDLINE Unique Identifier)：MEDLINE文献唯一识别符
VI (Volume)：期刊的卷号
检索技巧及注意事项小集锦
1. 输入布尔什操作符（包括AND，OR，NOT），所有字母必须大写。当输入多个布尔氏操作符时，其处理的顺序为从左到右。如欲改变此顺序，则可用括号将需要组合的检索式括起来组成一个相对独立的检索项，如
2. 不区分检索词的大小写，即检索“DNA”与“dna”是一样的。
3. 在对一些特定内容（如作者名，期刊名）进行检索时，应当养成用双引号将其括起来的习惯。因为，在无双引号将这些特定内容括起来，以告诉PubMeD搜索引擎“这是一个特定的检索词”的情况下，PubMed将自动地按照“术语自动匹配”原则对检索词识别后再检索，如当检索的期刊名为“Gene Therapy, Science, Cell”时，PubMed会自动地将其标记为MESH后再检索，而不是按照期刊名来检索。为了避免这种情况发生，检索式应当为<"Gene Therapy"[jt]>，<"Science"[jt]>或<"Cell"[jt]>。
4. 利用通配符<*>进行检索。在一个单词之后加上该通配符后，PubMed可检索以通配符前字母开头的至少150种相应单词，但，当使用这一功能时，就不能其“术语自动匹配”功能了。如
5. 进行特定短语搜索时，可用双引号将其括起来，不过，此时也同样丧失了“术语自动匹配”功能。
6. 对于特定内容的检索，如阅读一篇原文时，想对其后的某一篇参与文献检索。此时，如果用常规的PubMed检索策略就比较困难和哆嗦一点。不过，通过PubMed所提供的特殊检索功能，可达到此目的--单一文献匹配检索器（Single Citation Matcher）和批量文献匹配检索器（Batch Citation Matcher）。顾名思义，前者可以特定的条件（如期刊名、文献的卷号、发表日期、文献首页页码等）快速地找到所需文献；而后者，则对同一批文献进行检索，如检索Science期刊2002年第一期杂志。上述两上功能模块均可在PubMed检索页面的左侧导航栏中找到相应的连接标签。此外，还可通过EMAIL方式特定地查找文献资料（citation_matcher@https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,，在信的正文只输入“help”可获得应用该功能的帮助信息资料文件）。
7. 当使用检索标签（search tags）限定检索词属性时，检索标签应用方括号括起来，且对检索标签字母大小写不敏感（不影响检索结果），且检索标签与检索词之间是否有空格亦不敏感（不影响检索结果）。
推荐参考读物
PubMed概况简介
URL：https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/entrez/query/static/overview.html
PubMed提供了的官方在线帮助文件详细介绍了如何应用它来进行文献检索，以及检索中的技巧与注意事项问题。本文中的大部分内容均源于此帮助文件。
URL：https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/entrez/query/static/help/pmhelp.html
PubMed提供的在线FAQ文件
URL：https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/entrez/query/static/faq.html
NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦（二）
近年来，随着INTERNET的普及，一些机构通过INTERNET提供MEDLINE数据库免费检索服务，如美国国立卫生院提供的PubMed检索系统
https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/)、由广告商提供的HEALTHGATE检索系统http://www.healthgate/medline/search.html)和MEDSCAPE检索系统
https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/misc/formmedlineinflive.html/)、HELIX检索系统https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,)、MEDEC检索系统https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/)等、AVICENNA检索系统https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/)等。其中PubMed数据更新快，检索系统比较完善，深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。但由于不少使用者不熟悉PubMed的使用方法，因而不用或少用，即便使用，检索结果也不太满意。本文拟简要介绍PubMed及其具体操作方法。
PubMed检索系统所提供的书目信息数据库主要来源于MEDLINE和PREMEDLINE。其中PREMEDLINE是指将要进入MEDLINE数据库的文献先做成一个数据库，数据为每天更新。PubMed提供了强大的技术支持。使用户可以非常容易地在普通检索界面进行检索(普通检索界面可通过布尔逻辑组配执行高级检索界面的功能)。
1.主题检索
在检索式提问框中输入一个或更多的词，然后按回车键或用鼠标点击`search'按钮，PubMed就会利用`自动词语匹配'功能将重要的词或词组用`AND'组合在一起进行检索。当然，也可使用MeSH/副主题词组配格式(MeSH为Medical Subject Headings的缩写，是美国国立医学图书馆编写的医学主题词表)，如neoplasms/diet therapy［mh］**。“自动词语匹配”是检索系统将输入的检索词根据MeSH注释表、期刊名注释表、常用词组表和作者索引进行匹配。
1.1MeSH注释表
MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为
MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vitamin h,PubMed会这样检索：(“Biotin［MeSH］OR itaminh［tw］)--vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。
1.2期刊名注释表
包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Med［ta］”查询。
1.3常用词组表
如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表，例如cold compresses。
1.4作者索引
如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用`AND'组配并在所有字段中查找。
2. 作者姓名检索
输入作者姓名时应采用姓+名(名的首字母缩写，不用标点符号)的格式，例如Smith JA。PubMed将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。如果只输入作者的姓，PubMed会在包括作者字段在内的所有字段进行检索，例如只输入Yang,则PubMed 将象下面一样检索：Yin-Yang［mh］或Yang［tw］。此外，如果使用双引号“”将作者的姓全称和名的第一个首字母引起来，并用作者检索字段标识符［au］限制，如“smith j”［au］，PubMed将关闭自动截词，且检索姓名中名只有一个字母缩写的作者。
3. 期刊名称检索
可以输入期刊名全称检索，如molecular biology of the cell;期刊名MEDLINE缩写名称检索，如mol biol cell;或ISSN号检索，如1059-1524。
如果期刊名称正好是医学主题词表(MeSH)中的词，例如genetherapy、science、cell,PubMed会将其当作MeSH词进行检索。因此，在此种情况下应使用期刊名称检索字段标识［ta］，如genetherapy［ta］。
如果期刊名称是一个单词，也需要使用期刊名称检索字段标识，如scanning［ta］，否则会在所有字段检索该词。
推荐使用期刊名称全称或MEDLINE缩写形式检索期刊。同时需要注意的是，在以前的引文中，ISSN号是不能保证的。
4. 截词检索
在词的末尾加*号，PubMed就会检索出以该词为词根的所有词，例如，staph*，但不
包括*号后有一个空格的词组，譬如，infection*包括infections，但不包括infection control。此外，截词检索将关闭自动词语匹配功能，也不能进行扩展检索。如：heart attack*不会匹配MeSH词，也不会扩展检索my-ocardial infarction、myocardial stunning、shock,cardiogenic这些方面的文献。
5. 词组检索(规定PubMed检索一个词组)
如果PubMed检索在常用词组列表中已有的词组，如poi-son ivy,PubMed就会把它作为一个词组来检索。但有时Pubmed可能找不到相应的词组，如brca1，此时可通过给一个词组加上双引号，使得PubMed将其当作一个词来进行检索，如“brca1”。需注意的是，使用双引号规定PubMed进行词组检索，PubMed就不会执行自动词语匹配功能和扩展检索功能。
6. 每页显示的文献数量
PubMed将检索出的文献记录按每页20条显示(缺省值)。要改变缺省值，单击`number of documents to display perpage'下拉菜单，并选择一个更大的值。
7. 检索时间范围限制
使用`entrez date limit'下拉菜单可限制检索时间范围。`entrez date'是引文追加到PubMed数据库的日期。引文以文献记录入库时间顺序显示(倒序)。
8. 检出文献记录显示格式
使用“abstract report”(PubMed缺省显示方式)下拉菜单可选择文献记录显示形式。
①文摘报告：包括期刊出处、记录状况、论文名称、非英文文献说明、作者、作者单位、文摘(如有)、出版类型、PubMed和MEDLINE登记号等。
②引文报告：期刊出处、记录状况、论文名称、非英文文献说明、作者、作者单位、文摘(如有)、出版类型、MeSH词、资助号、PubMed和MEDLINE登记号等。
③MEDLINE报告：MEDLINE记录格式，采用二个字母的文献记录字段标识符。
9. PubMed检索规则与语法
①布尔运算符AND，OR，NOT必须大写，例如，vitaminc OR zinc；
②PubMed从左至右进行布尔运算。不过，你可以通过加圆括符改变运算顺序，如commoncoldAND(vitamincORzinc)。
③指定文献记录字段名称检索，如dna［mh］ANDcrick［au］and1993［dp］。下面列出常用字段名称缩写：
DP--出版日期采用YYYY/MM/DD［DP］格式，如1998/03/06［DP］。输入日期范围则用冒号连接，如1996：1998［DP］，1998/01：1998/04［dp］
AD--第一作者机构名称、地址、资助号如LM05545/LM/NLM［ad］
AU--作者姓名如o'brienj［au］
TA--期刊名称包括期刊名全称、简称、ISSN。jbiolchem［ta］或0021-9258［ta］
LA--文献出版语言Chinese［la］
MH-Mesh主题词neoplasms［mh］或neoplasms/dt［mh］
PT--出版类型review［pt］
TW--自由词AA001794［tw］
T1--文献标题内自由词leiomyosarcoma［ti］
④经常通过单击Details按钮观察PubMed怎样运算你的检索策略，并不断修正检索策略，以达到最佳检索结果。
10. PubMed在提供的文献记录中，有些记录中出现有彩色标记的期刊名称缩写按钮，用鼠标点击该按钮，部分期刊将免费提供该记录的全文。
PubMed使用手册
（一）PubMed简介：
1. PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
2. PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
3. PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。
4. PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。
5. PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
（二）页面介绍:
在你的浏览器中的URL地址框中健https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/
并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图：
主页面左侧框的介绍
·MeSh Browser你可以用它来分层流览MesH表
· Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。
· Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。
· Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。
· Old PubMed (使用以前的PubMed查询方式)
关于每一项的具体使用方法, 后面将会有详细介绍。
3) Related Resources
· Order Documents提供一种收费性质服务，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝（费用与发送方式各不相同）。
· Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。
· Consumer Health提供与MEDLINEplus的链接，MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。
· Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。
2. 主页面底部的介绍
Diclaimer 在这里可以得到版权的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。
· Write to the Help Desk发e-mail给NLM消费者服务部。
· NCBI|NLM|NIH这里是对创建和维护PubMed的机构网页链接。
3. 下面将举例说明查询的主体部分，也就是页面上部的使用方法。
假如我们这次的工作是查找与gallstone、pain有关的文献。
1. 在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是gallstone pain，然后单击“go”按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。
你可以随时向查询框输入查询词，点击“go”按钮开始新的查询。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。
在查询框前search提示后有一个下拉式菜单，你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。
o Structure 搜索分子结构数据库(MMDB)The Molecular Modeling Database，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。
o Genome 提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。
o PopSet 这个数据库中的内容是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。
1. 下面我们将详细介绍查询结果屏幕。
1. 显示选项（Display Option）
在Display后面有一个下拉式菜单，在这里可以选择各种显示选项。
简要格式（Summary）在缺省设置下PubMed采用这种显示格式，他所显示的内容包括以下几项：
作者：纪录中的所有作者都奖杯显示出来。
相关：列出相关内容，如文章、蛋白质、核苷酸等（列出的文章不以摘要格式显示）。
文章题目：英语以外的语种的题目将被翻译成英语，并且加上括号。
来源：提供文献所在期刊名的缩写，出版时间，卷，页数，也包括语种（针对非英语文献），出版类型。没有摘要的文献将显示“No abstract avilaible”
标识数字：提供PubMed标示（PMID）与MEDLINE唯一标识（UI）。
简报格式（Brief）显示的条目内容包括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed 唯一标识。
摘要格式（Abstract）将会显示以下几项内容：文献题目、作者、第一作者单位（地址）、期刊来源（期刊名简写、出版日期、卷、页数）、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
图例格式（Legend）：显示文献出处、名称、作者、第一作者单位（地址）、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
引证格式（Citation）提供如下信息：文献出处、文献题目、作者、第一作者单位（地址）、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH 词、人名作为主题、（如果存在）化学物质、（如果存在）巨大数字、PubMed与MEDLINE 的唯一标识。
MEDLINE格式（MEDLINE）用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的内容，使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序。
2. 查询概要（Retrieval Summary）查询概要显示了查到所有条目的数量，以及需要多少页来显示，缺省情况下20条/页。
Show后的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。
Page选择页数，PubMed根据你的选择而显示不同页的内容，所选中的页数以红色显示，单击〉〉或〈〈显示其他页码。
详细内容（Details）单击Details按钮可以显示你正在进行的查询方案，包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射；错误信息，比如禁用词、截断警告、错误拼写等；在编辑框中可以编辑一个新的查询方案，然后重新提交；在这里还可以保存查询方案。
o 你可以在Details的对话框中修改查询方案，然后点击“Search”按钮进行新的查询。
o Result下的数字是查询结果，并且可以链接到现今的查询结果。PubMed实际上是一个更大数据库PubRef的子集，PubMed的查询一般不包括PubRef中的条目，除非你在
编辑框中将“AND notpubref[sb]”删除。
o 在Details中保存一个查询方案：单击URL按钮，PubMed将返回到查询结果窗口，经过修改的查询方案将显示在对话框中，并且查询方案也被嵌入URL中，然后使用你的浏览器的书签功能将现在的URL保存成一个书签，保存后，可以编辑书签功能将此书签改为比较容易记忆的名字，使用方法与其他的书签相同。
o 定期查找功能如果你想每隔一段时间进行一次同样的查询，以找到最新的文献，可以这样作：第一步如保存查询方案，通过选择书签的方式重新运行查询方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜单将时间限定在搜索范围。
加入剪切板（Add to clipboard）剪切板可以帮你保存察看你在一个或多个查询里所查到的内容；剪切板中最大的保存数目是500条；如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进行任何操作达1小时，剪切板中的内容将会消失。要将条目加入剪切板，先将所需要的条目前的复选框选中，然后单击“Add to clipboard”按钮，一旦你将一条内容加入剪切板，纪录数字的颜色将会改变。
保存（Save）功能是保存查询到的条目。如须保存所有的查询结果，先在Display下的下拉菜单中选择所需显示格式，单级“Save”按钮。如果要保存特定的条目，现在条目前的复选框选中，点击“Save”按钮。最大的保存的数量是5000，如果你想保存超过这个书目的内容，PubMed将显示一条提示你修改查询的信息。
文本（Text）使用文本功能可以将条目以纯文本的方式重新显示，把那些Web与HTML 的内容去除，当看完纯文本的内容后，按浏览器的“Back”回到以前的Web页面。你可以使用此功能将PubMed侧框与按钮除掉，在用打印机打印。纯文本版本将会显示你所选中的条目的内容，如果没有选中任何条目，所有的条目内容都江北显示出来。
定购（Order）通过一些中间商得到文献的全文。
练习题：
1. 找出与Shingles、facial paralysis 有关的文献，用包括摘要与MeSH词的方式显示。
2. 找出与hypertension nosebleed有关的文献，在一页中显示所有查到的结果。
参考答案（可能会有不同）
特征栏
特征栏可以选择一些其他的功能
Limit 单击特征栏上的Limit显示Limit页，这里你可以设定：
o 将搜索范围设定在一个特定的域。
o 将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。
o 也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型（如综述）。
o 设定只搜索包含摘要的文献。
o 设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。
o 设定搜索范围为PubMed数据库的某一子数据库（如Abridged Index Medicus 或AIDS相关的条目）。
下面将逐一进行介绍：
Field Selection（域选择）
你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；打开下拉菜单选择你所需的域名。
Only items with abstract（只搜索包含摘要的条目）
如果将这个复选框选中，将只搜索包含摘要的文献。
Publication Type（出版类型）
其后的下拉菜单是常用的出版类型列表。
Language（语言）
将近40种语言列在此菜单里，都是在搜索时经常用到的。
Age（年龄）选择人类学研究的年龄组。
Gender（性别）在此下拉菜单选择人类学研究的性别组。
Human or Animal（人类或动物）在此下拉菜单选择研究对象。
Subset（子集）你可以将自己的搜索限制在下列4个组中的一个。
o 条目处理阶段
Publisher：出版商发送来的原样
PreMEDLINE：正要往MEDLINE中加入的纪录
MEDLINE：所有MeSH表索引的纪录
o 主题词过滤
AIDS：NLM…Saids数据库
o 期刊组
AIM：Abridged Index Medicus（120种英文期刊）
Dental：牙医学期看的子集
Nursing：护理学期刊的子集
o PubRef：这是一项将搜索词范围扩大的服务，选择此项将会搜索更广范围的科学期刊（如物理、天文等）而不是限定在PubMed中，这个选项也可以帮用户搜索到出版商网址上的文献全文。
Date(日期) PubMed 中包括自1966年来出版的文献，新条目周二到周四加入。在
PubMed中有两种日期表示方式：Entrez日期是条目最初被加入PubMed的日期，Publication （出版）日期是文献出版时的日期。PubMed已Entrez日期顺序来显示你的查询结果的，最新被加入的纪录第一个被显示出来。
Limiting by Date（日期限定）使用Entrez下拉式菜单，可以把你的搜索范围设定在30天到10年，出版日期下拉菜单有Publication Date 与Entrez Date两项，以确定使用那种日期记法来设定搜索范围。使用From、To框输入一个时间段；以YYYY/MM/DD的格式输入日期（月和日可不填）
Limit Indicator Limit旁边的复选框如果处于选中状态则表示限定条件生效，如果开始搜索，生效的限定条件将会以黄色框Display按钮的上面。注意再进行其他搜索前将Limit 前的复选框去掉，以消除限定条件。
Preview/Index（预览/索引）使用特征栏的Preview/Index可以做到：
o 在显示条目之前显示所查到的文献数。
o 随时通过增加查询单词来修改查询方案。
o 在特定的搜索域中向方案里加入查询词。
o 从Index中查看并选择词语来修改查询方案。
o 在你修改查询时查看方案。
下面将详细加以介绍：
Preview(预览)使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。在输入框中键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。
通过增加一个或多个单词来修改查询方案。向查询框中加入另一个词语点击Preview，你可以继续向框中加入多个词语，点击Preview直到你希望得到的内容,当修改查询时可以看到搜索方案与查询结果的数量。Preview显示的是历史记录中最近的三条记录，使用History可以看到最近100次的查询结果。History中的Clear History按纽也可以清除Preview/Index中的内容。
向下滚动Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中加入词语，单击Preview，向查询框中加入词语并且可以看到查询结果。
现在我们向查询框中加入MeSH词Nurse，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中填加一个词，单击Preview，你可以一直这样加入单词，单击Preview，直到完成你的搜索方案。Preriew自动使用“AND”运算符来将单词合为一体，即要求同时查询包含两个词的文献。
使用布尔运算符按纽。使用布尔运算符将你要查找的词语连接起来，OR代表的是要
查找的文献包括第一个搜索词或第二个词，NOT为“否”，包括第一个搜索词而不包括第二个词的文献。每加入一个搜索词都要点击Preview来列出搜索结果的数量。
查询举例
让我们查找一下有关碳水化合物(Carbohydrate)或大豆(Soybeans)对骨质疏松症影响的文献。
使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中加入一个词语，单击AND按纽，我们可以预览结果或者接续向文本框中填加搜索词，我们想找到有关Soybeans的文献，继续往下作，使用下拉菜单选择一个搜索域，向文本框中加入Soybeans，单击Preview来查看搜索结果
Index（索引）中选择搜索词
o 使用索引按钮可以从特定域中选择以索引的单词，并把他们加入查询方案之中。
o Index（索引）中你可以查看某一个特定搜索域中词语列表。
o 在这里也可以使用布尔运算符来建立一个查询方案。
举例说明：我们在下拉菜单中选择MeSH Terms作为搜索域，键入搜索词Strikes，点击Index按钮，PubMed以字母序显示所选定搜索域中相关的词语，使用滚动条来上下移动列表。在单词右边的括号里显示的是包括此词语的文献的数量。使用Up、Down按钮按页上下翻动列表。
对话框显示了搜索词与搜索域，Result显示了文献的数量。注意：Preview缺省是AND 将查询词语连在一起的。你可以使用布尔运算符按自己的要求将他们结合起来，但你在使用布尔运算符将查询词语输入对话框以后，必须点击Preview才能看到查询结果。
查询举例：
将以Legilation and Jurispradence为副标题的Strikes Employs与以Satistics and numerical为副标题的Strikes Employs点击高亮显示，单击AND按钮将选择的查询词加入对话框，选择缺省的设置是以OR连接起来的。按住Ctrl键，可以在列表中连续选择多个查询词，当你所有需要的查询词都被高亮显示后，单击AND或OR将他们加入对话框，这时在PubMed的对话框中是这样的内容：“Strikes,employee/legislation and jurispredence”[MeSH Terms] OR “Strikes,employee/statistics and numerical data”[MeSH Terms]”
让我们使用Index再把这次搜索修改一下，我们想把搜索缩小到有关Nurse与已设内容范围，在输入框中键入Nurse后点击Index，在索引中选择Nurse并单击AND将其加入对话框中。点击Preview按钮查看查询结果的数量，对话框中显示的是搜索词、搜索域与布尔运算符。
History（历史记录）历史记录中保存的是你所有的查询方案与查询结果，只有当你运行了一次查询之后，History中才有内容。History屏幕将会显示：你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。
使用History（历史记录）
你可以在查询方案中使用查询序数（the search Statement Number）,如#1、#2、#3等等。
例子：#1 AND #2、#7 AND #14。
如上个例子显示的，布尔运算符的字母必须大写。
History的一些小知识：
o History内所能记录的最大查询数是100
o 一旦查询数量超过100，PubMed会将最早的查询除去，加进最新的一次查询。
o 如果两次查询内容相同，PubMed会将头一次的去除。
o 注意：查询序数不能用在Detail中的保存到URL功能中，这是因为尽管查询方案被保存了，但你的History在你1小时没有动作后将会消失，这时你保存的方案中的查询序号也就会失效。
o 点击Clear History可以将History中的所有内容清除。
Clipboard（剪切板）剪切板可以帮助你保存或查看在一个后多个查询中选择的条目，然后就可以打印、保存、订购剪切板中的内容了。将条目左边的复选框选中，单击”Add to clipboard”就可以将其加入剪切板中，一旦某条被加入，剪切板的记录号码将会改变颜色。
剪切板使用的小知识
o 如果你没有用复选框选择任何条目，而去点击Add to clipboard，PubMed将会向其中加入500个条目。
o 剪切板中最大的储存数是500条。
o 剪切板中的内容如果你一小时没有任何操作将会消失。
使用剪切板
点击特征条上的Clipboard来观看剪切板中的内容，如果想删除剪切板中的某些项目，先将其左面的复选框选中，然后点击Remove from clipboard按钮；要想清空剪切板，不选任何条目，单击Remove from clipboard按钮
保存剪切板中的内容，首先选择一种显示方式，选中你想要的条目（如果想保存所有的条目，则哪个也不选），点击Save按钮。
Order（订购）在PubMed中查到的只是有关一篇文献的信息，而真正的文献全文是不提供的。PubMed的Order功能提供的就是通过一些中介机构来获得全文的服务，这项
服务通常是收费的。
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PubMed 检索系统https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/PubMed /
PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆（U.S.National Library of Medicine）最重要的书目文摘数据库，内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。
PubMed还通过电子通讯方式接受出版商提供的文献条目数据，这种条目带有[MEDLINE record in process]的说明，并标有[Record as supplied by publisher]的标识。这种条目每天都在不停地向PreMEDLINE数据库中传送，但其中有些条目由于超出了MEDLARS数据库的收录范围，将永远不会被PreMEDLINE或MEDLINE条目所取代，例如在综合性的科学杂志（Science或Nature）上发表的地理学文章等。
PubMed 系统的主要特点
PubMed 检索
Details 键的用法
存储检索策略--URL 键的用法
特征栏（Feature Bar）介绍
检索结果的显示、存盘、打印
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PubMed 系统的主要特点
1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping）
在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。
（1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin
[MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。
（2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。
（3）短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。
（4）著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。
如："single cell"，系统就会自动将其分成两个词：“single“和“cell”检索，其检索表达式为：“single AND cell”。要查验检索词的转换情况，可点击“Details”键。
2.截词检索功能
PubMed 允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如：键入“bacter *”，系统会找到那些前一部分是bacter的单词（如bacteria, bacterium, bacteriophage等），并对其分别进行检索。如果这咱词少于150个，PubMed会逐个词检索，若超过150个（如：Staph*）,PubMed 将显示如下警告信息：“Wildcard search for 'term*' used only the first 150 variations. Lengthen the root word to search for all endings"。截词功能只限于单词，对词组无效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括“infection control”等。
使用截词功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能。
3.强制检索功能
如上所述，在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“Go”，系统会高速用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索；但是，当键入的词语无匹配词时，PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显，这样检索的结果是不符合用户要求的。因此，PubMed允许使用双引号（“”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”，并用双引号引起来，然后点击“Go”，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。
使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。
4.链接功能
（1）链接相关文献。PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有“Related Articles”超链。点击该链，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。利用检索史（History）按钮能进一步限制相关文献。点击“History”，把相关检索式的编号录入检索提问框，然后再键入附加条件词，最后点“Go”。如在检索提问框中键入“#7 AND english[la]”，可将检索进一步限定在英文文献范围内。
（2）链接NCBI（National Center for Biotechnology Information）数据库。PubMed在其主页上与NCBI的5个数据库建立了超链接。这些数据库包括：Protein[氨基酸（蛋白质）序列]数据库，Nucleotide(DNA序列)数据库，Popset(种群、种系发生或突变序列)数据库，Structure（分子结构模型）数据库和Genome(基因组序列)数据库。
（3）链接外部资源。PubMed提供从检索结果到期刊全文、生物学数据、序列中心等的链接。该功能通过链接上述资源站点的方式来实现。在检索结果显示状态下，点击“LinkOut”进入相关网站。
（4）链接相关图书。点击“Books”，可参考相关书籍的文摘页。书籍文摘页上的某些短语是超链接，点击短语超链，可连到相关图书的页码表，可在表上找到有关短语。
此外，PubMed系统允许用户查看被引期刊名称表，点击主页上的PubMed Journal Brower即可，PubMed向用户提供期刊的缩写名称和ISSN号。
PubMed 检索
PubMed系统检索范围：MEDLINE数据库和PreMEDLINE数据库。
1.词语（主题）检索
在PubMed主页的提问框中键入英文单词或短语（大写或小写均可后回车或点击“Go”，PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。例如：键入“vitamin c common cold”后回车或点击“Go”，PubMed开始检索并将检索结果显示出来。
如果检索结果不符合要求，可以在提问框中增加或删除词语，或者在Details状态下（参见Details键的用法）来修改检索式，也可使用“Limits”（参见Limits的用法）选择限定条件后再进行检索。此外，用户可根据需要使用通配符“*”或双引号进行截词检索或强制检索。
2.著者检索
在提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓空格名字首字母
缩写，例如smith ja，然后回车或点击Go，系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。
如果在录入了著者的姓氏，系统将首先在MeSH转换表中查找该著者的姓。查到后，系统检索主题字段和题名与文摘字段，否则，系统将在全部字段中检索。
如果在著者姓名前后使用双引号，并用著者字段标识--[au]加以限定，如“smith ja”[au]，那么系统只检索著者字段。
3.刊名检索
在提问框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索，并显示检索结果。如果刊名与MeSH词表中的词相同，例如：Gene Therapy、Science或Cell等，PubMed将把这些词作为MeSH词检索。在这种情况下，需要用刊名字段标识--[ta]加以限定，如“gene therapy[ ta ]”。
单个词的刊名也需要用[ ta ]限定，如：Scanning[ ta ]。否则，系统将在全部字段中检索。使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。使用ISSN号进行检索，则不能保证检到数据库中较早的记录。
若刊名有括号，录入时应将括号省略。如：J Hand Surg[ Am ]应键入J Hand Surg Am。
4.布尔逻辑检索
PubMed系统允许使用布尔逻辑检索，但要在提问框中键入布尔逻辑运算符（AND，OR或NOT）。如：vitamin c OR zinc。
布尔逻辑检索的运算顺序为从左至右，但可使用圆括号来改变其运算顺序。如common cold AND (vitamin c OR zinc), 圆括号中的检索式最先运算。
布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段（字段标识要用方括号括起来，位于检索词这后）。其检索表达式的格式为：检索词[字段标识]布尔运算符检索词[字段标识]。如：dna[ mh ] AND crick [au ] AND 1993 [ dp ]; 又如：ansthma/therapy[ mh ] AND review[ pt ] AND child, preschool[ mh ]。各种字段标识见表1。
表1 字段标识一览表
字段标识字段名称简要说明
AD Affiliation 第一责任者的工作单位、地址，合同号
ALL All Fields 全字段
AU Author Name 著者姓名
RN EC/RN Number 酶学委员会分配给特定酶的编号和化学文献社的登记号
EDAT Entrez Date 录入PubMed系统数据库的日期
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】
N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一
PubMed检索机制及规则
PubMed检索机制及规则 PubMed的检索功能非常强大，在检索中可实现检索词的自动转换、通配符的使用等功能，也可以进行强制性检索。 1 词汇的自动转换功能 在PubMed主页的检索提问框中输入检索词进行检索时，系统将按顺序自动使用如下3种索引，对检索词进行转换后再进行检索。 1.1 Mesh转换表（MeSH Translation Table） 包括MeSH词、参见词、副主题词、出版类型、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS）、补充概念（物质）名称表等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词（或其它词表中的词）和Text word词（题名词和文摘词），并用“OR”组配进行检索，同时停止使用其它的索引进行转换。有些词在转换后可能会出现3个词进行检索。例如：键入“blood"，系统将其转换成"("blood"[MeSH Subheading] OR "blood"[MeSH Terms]) OR blood[Text Word]"后进行检索。 1.2 刊名转换表（Journal Tanslation Table） 包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其对应到相应的刊名进行检索。此外，该转换表能把键入的刊名全称转换为MEDLINE缩写后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine”,PubMed将其转换为“N Engl J Med”后进行检索。 1.3 著者索引（Author Index） 如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1-2个字母的短语，PubMed 即会自动查找著者索引。
如果仍然查不到相匹配的词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到为止。假如仍然不能找到匹配的词，系统将把各单词用“and”连接，在全部字段中进行查找。 要查看词汇的转换情况，可点击“Details”进行查看。 2 截词检索功能 PubMed 允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如：键入“flavor*”，系统会找到那些前一部分是flavor 的单词（如flavored, flavorful, flavoring等），并对其分别进行检索。如果这类词少于600个，PubMed会逐个词检索，若超过600个（如：ca*）,PubMed将显示警告信息，要求增加词汇的开头字母数量。截词功能只限于单词，对词组无效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括“infection control”等。 注意：使用截词检索功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能。 3 强制检索功能 如上所述，在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“Go”，系统会用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索；但是，当键入的词语无匹配词时，PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显，这样检索的结果是不符合用户要求的。因此，PubMed允许使用双引号（“”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”，并用双引号引起来，然后点击“Go”，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。
使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。
新版Pubmed检索攻略
新版Pubmed检索攻略 ——日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路 【科研热点】让你时间比别人花的少、知道的比他早！【基金专栏】国自然等各项基金独到经验见解【SCI 专栏】从开始到接收全程tips【实验技能】这么棒快告诉你老板！关注我们，为您的科研路提速 第一章PubMed概述 笔者最近接到很多同学的微信，说希望看到pubmed的搜索教程，然后就在网上进行了检索，发现网上的教程都是老版的pubmed，比如还有limit按钮等等，其实pubmed改版之后已经变得更加简洁，就行百度搜索框一样，只有一个框和go。而以前的5个功能按钮早早已经删除，在你搜索结果中才可以显示，在我们搜索的左侧。那么下面我们就开始学习学习pubmed的搜索技巧吧！ 我看到很多人用了几年的PubMed，还是只知道在检索框里输入一个关键字，然后按一下'Go'按钮这样一种单一原始的检索方式。虽然有一半左右的情况，这样的操作就足以得到令人满意的信息，但对于另一半情况，就没有那么幸运了，要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的'无用'信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。 令人费解的是，很多医务工作者宁可在每次检索时都花
上成倍的时间，却不愿花上几个小时的时间去认真研究PubMed。'君欲善其事，必先利其器'，PubMed就好像一 把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及至。 在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握PubMed，从而使自己的工作事半功倍。 第二章PUBMED简单检索技巧 一．在这一章里，我们将对如何应用PUBMED这一得力助手检索文献，作以简单介绍。 1．直接检索。当你打开浏览器，在地址栏内键入 https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/PubMed/ 或是百度pubmed，就进入了PUBMED检索系统主页。在靠近页面上部的地方，首先映入我们眼帘的，即是供我们输入所需查询内容的检索框。这就是改版之后的pubmed，是不是非常简洁？在检索框中输入查询词，然后单击'go'按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：PROTEIN、STRUCTURE、POPSET等等。 说到这里，很多人可能以为只需傻瓜式的输入几个字符
NCBI之PubMed完全攻略
PubMed完全攻略 第一章进入PubMed魔法学校--PubMed概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed 的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed挂钩的出版商会自动向PubMed提供最新的文献摘要，而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间，但借助于PubMed，我们仍旧可以随时掌握最新的动向，从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed提供文献的全文，有时甚至是免费的，这样，我们就可以在PubMed上真正享受"坐拥书城"的感觉了（关于如何获取全文将在以后的章节中详述）。 进入PubMed的主界面后，首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键（如下图）。
ncbi的使用方法
NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册 作者：未知来源：中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间：2006-12-27 NCBI 资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI 站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins （COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立
法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分 析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能 的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain 和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件
PubMed中医药信息检索方法
PubMed中医药信息检索方法 PubMed是美国国立医学图书馆开发的专业医学信息网络检索系统。它的后台数据库中不仅包括Medline数据库，还包括Old-Medline数据库的一些内容。数据库中所收录的医学文献信息最早的可以追溯到1953年，可以说是当今世界上回溯期限最长，内容最丰富的文摘索引型数据库。由于这个数据库对所有用户都是免费开放的，因此它在全世界医务工作者中，享有非常高的声誉。 很多医护人员都曾经使用过这个数据库，针对自己感兴趣的方面做前瞻或回顾性的研究，不过也许大家没有留意过，这个由美国国立医学图书馆开发的数据库中还收录了许多中医药方面的文献信息，在这里，我就主要向大家介绍一下，如何在PubMed检索系统中查找有关的中医药学方面的文献信息。 PubMed检索系统中含有比较丰富的中药信息，包括一般性中药信息、单味中药信息和中药方剂信息。内容涉及理论探讨、药理实验、临床观察等等。有很多中国学者的科研成果都被收录其中。但是，由于该数据库编制人员本身都对中国医药方面知识的不够了解，使得PubMed检索系统并没有对其中的中药信息进行深度标引。单味中药和中药方剂也没有统一的英文名称。单味中药的名称往往是汉语拼音名称、英文名称、拉丁药材名称、拉丁动植物学名混用。中药方剂名称则主要为汉语拼音或以汉语拼音加英文构成。这些都给检索人员在使用过程中带来了很多的不便，必须引起人们足够的重视。下面我们就结合几个例子来给大家介绍一下如何在PubMed中检索不同的中医药方面的文献信息： 一. 如果用户仅仅是想了解一般意义上的中药方面的信息，那么我们倾向于让大家使用PubMed检索系统提供的几个中医药学方面的主题词进行检索，例如：”medicine, Chinese traditional”, “drugs, Chinese herbal”, 和”medicine, oriental traditional”等。这些主题词都是PubMed系统所认可的表示中医药学方面的主题词，使用这几个主题词进行检索，能够有效的检索到一些中医药方面总论性的文献，适合泛读及做科普性的了解。举个例子，在PubMed 检索系统中，输入检索式”drugs, Chinese herbal OR medicine, Chinese traditional OR oriental traditional”，检出记录16628条。也就是说，目前在PubMed的后台数据库中，共有总论性的中医药学方面的文献1万6千多条。 二. 检索植物类中药的信息，可同时使用中药的汉语拼音名称、英文名称、拉丁药材名称、去掉定名人的拉丁植物学名。在使用中药的拉丁植物学名时，如果某味中药来自同属多个物种，或来自同科多个物种，则各个物种的拉丁植物学名均须检索。植物类中药上述各种名称
PubMed检索原理及途径
PubMed检索原理及途径 1. 检索原理 PubMed具有自动转换匹配功能（Automatic Term Mapping）。对于输入检索框中的检索词，将按照一定的顺序进行对照、匹配和转换，然后再进行检索。其顺序是：MESH转换表、期刊刊名转换表、短语表、著者索引。此外，还可进行短语检索，即将短语作为一个词组进行检索，可用双引号将其引起，此时系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。 2. 检索途径 ⑴基本检索 PubMed的主界面有一个简单的提问词输入框及辅助工具栏，此外，其左侧栏还提供了几种检索功能：Journals Database , MeSH Database , Single Citation Matcher, Batch Citation Matcher, Clinical Queries, Special Queries, LinkOut, My NCBI (Cubby)。在提问框输入自由词或检索表达式（可直接进行字段限定），点击go 即可进行自由词检索。同样可结合辅助工具栏按钮，进一步检索。 Limits：限定检索。PubMed限制内容较多，可对字段、出版类型、年龄、性别、语言、出版年限、收录进Entrez年限、是否具备摘要、检索范围等进行限制。 History：检索历史。可自动将检索式及结果数量记录到History屏，结合#号进一步检索。#号间可以用布尔逻辑符组佩检索，如#1 AND #2。 例:查找2004年以来的有关胎盘生长(placenta growth)和氧气(oxygen)的英文文献 步骤：PubMed主页→点击limits，限定时间2004；语种为English→页面最下端点击go，在检索词输入框中,输入placenta gr owth AND oxygen→点击go→得到检索结果。 ⑵主题词检索 点击主页左侧栏MeSH Database，或从上面数据库PubMed下拉菜单中选中MeSH, 即可进入MESH检索界面。 输入提问词，点击go。如不是MeSH词，系统则提供相关概念供选择。 选择出现的MeSH词，可察看下面对该MeSH词的注释。 点击该主题词进入副主题词选择，选中需要的副主题词，也可点击进行加权、不扩展检索。 然后从屏幕上方或下方的display行Send to框的下拉菜单中选择发送地方及组配方式，如要检索，发送到Search Box中，在Search Box中将显示检索表达式，可进行修改和继续添加。 最后点击Search PubMed进行检索。
ncbi中文说明书
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url]https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。
一步一步教你使用NCBI
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等 作者：urbest 2007-8-1 苏州大学生命科学学院
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下NCBI的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用STS查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、 启动子（Promoter） 下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Map viewer页面，网址为：https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 2．点击“GO”出现如下页面：
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST：下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。
PubMed检索完全攻略----好东西_吐血狂顶!
PubMed检索完全攻略----好东西，吐血狂顶！ 第一章进入PubMed魔法学校--PubMed 概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed 是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入： https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与
Pubmed基本的检索知识
Pubmed基本的检索知识 Pubmed是医学专业常用的数据库，对于医学科研工作至关重要，但是对于Pubmed最基本的检索知识你都了解吗？下面介绍了Pubmed三种检索方式，检验一下你都get到了吗？ Pubmed主界面 1基本检索
引文状态标记值分为： [PubMed-indexed for MEDLINE]、[PubMed-in process]、[PubMed-OLDMEDLINE]、[PubMed – as supplied by publisher]四种状态。 [PubMed-indexed for MEDLINE]： 被MEDLINE所收录并被标引MeSH主题词，具有完整的书目题录信息，检索此类文章方法:在检索框输入medline [sb]。 [PubMed-in process]： 每天收录由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未经过规范化处理的数据，该库中的记录只具有简单的书目信息和文摘、每星期当该库中数据被标引MeSH词、文献类型及其他数据时转入MedLine一次，而被处理前的数据从该数据库中删除。检索此类文章方法:在检索框输入inprocess [sb]。 [PubMed-OLDMEDLINE]：
含1950年至1965年期间发表的200万篇生物医学文献。OldMedline的记录没有MeSH字段和摘要。检索此类文章方法:在检索框输入oldmedline [sb] [PubMed –as supplied by publisher]： 是由出版商提供的电子文献MEDLINE收录范围的文献，每日被添加到In Process Citation中去，换上[PubMed – in process]的标记，并赋予一个MEDLINE的数据识别号UI；不属于MEDLINE收录范围的文献则只有PubMed数据识别号PMID 而没有MEDLINE UI。 布尔逻辑运算符（检索时需大写） AND 可用来表示其所连接的两个检索项的交叉部分，也即交集部分。如果用AND连接检索词A和检索词B，则检索式为：A AND B：表示让系统检索同时包含检索词A和检索词B的信息集合C。 OR 用于连接并列关系的检索词。用OR连接检索词A和检索词B，则检索式为：A OR B。表示让系统查找含有检索词A、B之一，或同时包括检索词A和检索词B的信息。 NOT 用于连接排除关系的检索词，即排除不需要的和影响检索结果的概念。用NOT
PubMed 文献检索完全攻略
PubMed检索完全攻略 第一章 进入PubMed魔法学校--PubMed 概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入： https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/ 就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这
PubMed检索
第一章进入PubMed魔法学校--PubMed 概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed 是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入： https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和
部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed 挂钩的出版商会自动向PubMed提供最新的文献摘要，而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间，但借助于PubMed，我们仍旧可以随时掌握最新的动向，从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed提供文献的全文，有时甚至是免费的，这样，我们就可以在PubMed上真正享受"坐拥书城"的感觉了（关于如何获取全文将在以后的章节中详述）。 进入PubMed的主界面后，首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键（如下图）。 这是PubMed的核心部分。大部分工作，我们只要利用这"一框五键"（检索框，Limit键, Preview/Index键, History键，Clipboard键和Details键）即可完成。 在主界面的左侧框（如左图），有： · Journal Browser 期刊浏览 · MeS h Browser可以用它来分层流览MeSH表 · Single Citation Matcher输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。 · Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 · Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。 · Old PubMed (使用旧式的PubMed查询方式) 3) Related Resources · Order Docume nts可以使用户在当地得到文献的全文，但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我将在后面的有关章节中详述。 · Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系
PubMed检索完全讲解
PubMed检索完全攻略----好东西，吐血狂顶！2011-11-21 08:57阅读(4)转载 第一章进入PubMed魔法学校--PubMed 概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed 是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入： https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？ PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医
NCBI资源介绍及使用手册
NCBI资源介绍及使用手册 NCBI资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了
在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件 在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。 GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合
PubMed检索完全攻略----好东西,值得分享!
PubMed检索完全攻略----好东西，值得分享！ 第一章进入PubMed魔法学校--PubMed 概述 有位退休的老教授不止一次的向我感叹："你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。"趁他打顿的时候，我告诉他，"快的话，可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。 尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：https://www.wendangku.net/doc/bf18228526.html,/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家
生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH ）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed 前都感谢NCBI 呢？ PubMed 覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed 挂钩的出版商会自动向PubMed 提供最新的文献摘要，而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间，但借助于PubMed ，我们仍旧可以随时掌握最新的动向，从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed 提供文献的全文，有时甚至是免费的，这样，我们就可以在PubMed 上真正享受"坐拥书城"的感觉了（关于如何获取全文将在以后的章节中详述）。 进入PubMed 的主界面后， 首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键（如下图）。 这是PubMed 的核心部分。大部分工作，我们只要利用这"一框五键"（检索框，Limit 键, Preview/Index 键, History 键，Clipboard 键和Details 键）即可完成。 在主界面的左侧框（如左图），有： · Journal Browser 期刊浏览 · MeSh Browser 可以用它来分层流览MeSH 表 · Single Citation Matcher 输入期刊的信息可以找到某 单篇的文献或整个期刊的内容。 · Batch Citution Matcher 用一种特定的形式输入期刊 的信息一次搜索多篇文献。 · Clinical Queries 这一部分为临床医生设置，通过过 滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、 病原学与预后。 · Old PubMed (使用旧式的PubMed 查询方式) 3) Related Resources · Order Documents 可以使用户在当地得到文献的全 文， 但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我 将在后面的有关章节中详述。