棉花ALDH和MATE基因家族的全基因组鉴定和分析
目录
第一章引言 (1)
1.1植物耐盐性和抗旱性研究进展 (1)
1.1.1 盐和干旱胁迫对植物的危害 (1)
1.1.2 植物响应盐和干旱胁迫的生理机制 (2)
1.1.3 植物耐盐和抗旱性遗传机制 (2)
1.1.4 棉花耐盐和抗旱性 (4)
1.2植物醛脱氢酶研究进展 (4)
1.2.1 醛脱氢酶家族的分类与命名 (4)
1.2.2 ALDH家族的结构特征分析 (5)
1.2.3 醛脱氢酶的功能 (6)
1.2.4 植物ALDH基因与逆境胁迫 (7)
1.3MATE基因家族的研究进展 (8)
1.3.1 MATE基因家族的结构 (9)
1.3.2 MATE家族基因的生理功能 (9)
1.3.3 拟南芥MATE基因家族的研究进展 (9)
1.3.4 其它植物中MATE基因家族的研究进展 (10)
1.4本研究目的及意义 (11)
第二章亚洲棉ALDH基因家族的进化和表达分析 (12)
2.1材料与方法 (12)
2.1.1亚洲棉ALDH蛋白家族成员的鉴定与分类注释 (12)
2.1.2序列分析 (12)
2.1.3基因复制与共线性分析 (12)
2.1.5进化分析 (13)
2.1.6 亚洲棉的种植、处理和取样 (13)
2.1.7 RNA的提取与荧光定量PCR (13)
2.2结果与分析 (14)
2.2.1亚洲棉ALDH家族基因的鉴定与命名 (14)
2.2.2基因结构和蛋白结构域分析 (16)
2.2.3系统发育分析 (17)
2.2.4基因定位与共线性分析 (18)
2.2.5雷蒙德氏棉和亚洲棉ALDH基因家族的进化关系 (19)
2.2.6亚洲棉ALDH家族基因在非生物胁迫下的表达分析 (22)
2.3讨论与结论 (24)
2.3.1 亚洲棉ALDH家族基因的进化 (24)
2.3.2 GaALDH基因超家族的定位与复制 (24)
2.3.3 ALDH家族基因的功能与表达 (25)
第三章棉花MATE基因家族的全基因组分析 (28)
3.1材料与方法 (28)
3.1.1雷蒙德氏棉和亚洲棉MATE家族基因的鉴定与命名 (28)
3.1.2基因结构和蛋白结构域分析 (28)
3.1.3系统发育分析 (28)
3.1.4基因定位与共线性分析 (28)
3.1.5顺式作用元件分析 (29)
3.2结果与分析 (29)
3.2.1雷蒙德氏棉和亚洲棉MATE家族基因的鉴定与命名 (29)
3.2.2系统发育分析 (37)
3.2.3基因结构和蛋白结构域分析 (38)
3.2.4基因定位与复制分析 (42)
3.2.5雷蒙德氏棉和亚洲棉MATE基因家族的进化关系 (44)
3.2.6顺式作用元件分析 (46)
3.3讨论与结论 (49)
第四章全文结论 (52)
参考文献 (53)
致谢 (61)
作者简历 (62)
英文缩略表
英文缩写英文全称中文名称
ALDHs Aldehyde Dehydrogenases 醛脱氢酶
MATE Multidrug and Toxic Compound Extrusion 多药和有毒化合物排除家族SA Salicylic Acid 水杨酸
RNA Ribonucleic Acid 核糖核酸
mRNA Messenger RNA 信使RNA
DNA Deoxyribonucleic Acid 脱氧核糖核酸
cDNA Complementary DNA 互补DNA
PCR Polymerase Chain Reaction 聚合酶链式反应
KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因与基因组百科全书BLAST Basic Local Alignment Search Tool 局部比对基本检索工具
RT-PCR Reverse Transcription PCR 逆转录PCR
DEPC Diethyl Pyrocarbonate 焦炭酸二乙酯
NCBI National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心TM Transmembrane Region 跨膜区
OFR Open Reading Frame 开放阅读框
PEG Polyethylene Glycol 聚乙二醇
GSP Gene-Specific Primer 基因特异性